单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-08 |
Parallel Dysregulated Immune Response in Severe Forms of COVID-19 and Bacterial Sepsis via Single-Cell Transcriptome Sequencing
2023-Mar-03, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines11030778
PMID:36979757
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，研究了COVID-19和细菌性脓毒症重症患者的免疫反应失调情况 | 发现了COVID-19和细菌性脓毒症重症患者在免疫反应上的相似性，并揭示了轻症和重症之间的基因表达差异 | NA | 旨在理解严重感染性疾病（如重症COVID-19或细菌性脓毒症休克）中的免疫机制，以更好地理解患者的临床轨迹和潜在治疗的成功 | COVID-19和细菌性脓毒症的重症患者 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 162 | 2024-08-05 |
Spatiotemporally deciphering the mysterious mechanism of persistent HPV-induced malignant transition and immune remodelling from HPV-infected normal cervix, precancer to cervical cancer: Integrating single-cell RNA-sequencing and spatial transcriptome
2023-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1219
PMID:36967539
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研究论文 | 本研究首次剖析了人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的宫颈癌变的时空机制 | 首次构建了HPV相关宫颈癌发生过程的时空图谱，并发现了三种独特的HPV相关上皮细胞群体及关键节点基因 | 样本量相对较小，仅包括九个患者样本，可能限制了研究结果的普适性 | 揭示持久HPV感染导致的宫颈癌发生机制及免疫重塑过程 | 来自正常宫颈、前体病变及宫颈癌的HPV感染患者样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序和空间转录组 | NA | 基因表达谱 | 九个患者样本，包括两例HPV阴性正常，两例HPV阳性正常，两例HPV阳性高等级鳞状上皮内病变（HSIL）和三例HPV阳性癌症样本 |
| 163 | 2024-08-05 |
AllenDigger, a Tool for Spatial Expression Data Visualization, Spatial Heterogeneity Delineation, and Single-Cell Registration Based on the Allen Brain Atlas
2023-Mar-30, The journal of physical chemistry. A
DOI:10.1021/acs.jpca.3c00145
PMID:36926884
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研究论文 | 本文介绍了一种用于空间基因表达数据可视化和单细胞注册的工具AllenDigger | 开发了一个工具包，可以方便地收集和预处理来自Allen脑图谱的表达数据，并允许可视化和表征大脑的空间异质性 | 本文讨论了一些技术挑战和尚不成熟的数据分析方法 | 研究空间转录组学在生物学中的应用，特别是大脑的空间基因表达 | 研究对象为小鼠大脑在不同发育阶段的基因表达数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 机器学习方法 | 图像 | NA |
| 164 | 2024-08-05 |
JAK-STAT activation contributes to cytotoxic T cell-mediated basal cell death in human chronic lung allograft dysfunction
2023-03-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.167082
PMID:36946463
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研究论文 | 该研究探讨了JAK-STAT信号通路在慢性肺移植物功能障碍中的作用 | 首次确定了JAK-STAT信号传导激活导致气道基底细胞死亡的机制 | 缺乏临床试验数据以支持研究发现 | 阐明慢性肺移植物功能障碍的发病机制 | 人类慢性肺移植物功能障碍患者的肺移植物组织 | 数字病理学 | 肺移植物功能障碍 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析 | NA | 组织样本 | 组成慢性肺移植物功能障碍患者的多个组织样本 |
| 165 | 2024-08-05 |
YBX1 integration of oncogenic PI3K/mTOR signalling regulates the fitness of malignant epithelial cells
2023-03-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37161-0
PMID:36949044
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研究论文 | 该文章分析了头颈癌中的YBX1与PI3K/mTOR信号通路的关系，对恶性上皮细胞的适应性进行了研究 | 文章首次揭示YBX1如何在不同亚型的头颈癌中调节细胞增殖和转移机制 | 缺乏临床治疗实验验证YBX1作为预后标志物的敏感性 | 研究YBX1集成致癌PI3K/mTOR信号传导如何影响恶性上皮细胞的适应性 | 头颈癌患者的单细胞序列和蛋白组学数据 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞测序 | NA | 蛋白组学数据 | NA |
| 166 | 2024-08-05 |
Localized microglia dysregulation impairs central nervous system myelination in development
2023-03-22, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01543-8
PMID:36949514
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研究论文 | 这篇文章探讨了局部小胶质细胞失调如何影响中枢神经系统的髓鞘形成。 | 揭示了小胶质细胞与成熟少突胶质细胞之间相互作用及干扰素信号在调节人脑发育髓鞘形成中的重要性 | 未详细探讨其他可能影响髓鞘形成的细胞类型和机制 | 研究人类发育髓鞘形成的细胞和分子机制 | 人类发育中的白质 | 数字病理学 | NA | 数字空间转录组学 | NA | NA | 稀有的人类发育白质样本 |
| 167 | 2024-08-08 |
Identification of diagnostic molecules and potential therapeutic agents for atopic dermatitis by single-cell RNA sequencing combined with a systematic computing framework that integrates network pharmacology
2023-Mar-22, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01005-3
PMID:36944896
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序结合系统计算框架，识别了特应性皮炎的诊断分子和潜在治疗药物 | 结合单细胞RNA测序和网络药理学的系统计算框架，为特应性皮炎的诊断和治疗提供了新的方法 | NA | 深入理解特应性皮炎的病理生物学和分子调控机制，开发更好的治疗方法 | 特应性皮炎的细胞类型、相关基因及潜在治疗药物 | 生物信息学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 包括来自GSE180885的单细胞RNA测序数据和GSE193309的批量RNA测序数据 |
| 168 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomic analysis of normal and pathological tissues from the same patient uncovers colon cancer progression
2023-Mar-21, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01002-w
PMID:36944972
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了同一患者正常和病理组织中结肠癌的进展轨迹 | 揭示了结肠癌进展过程中的细胞演变轨迹和新的相关基因 | 研究仅基于单一患者的样本，可能无法广泛适用于所有患者 | 阐明正常结肠细胞向腺瘤和癌症的演变轨迹 | 正常结肠、腺瘤和癌症组织的单细胞分析 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序 | NA | 组织样本 | 同一患者的正常、腺瘤和癌症组织样本 |
| 169 | 2024-08-05 |
The short isoform of MS4A7 is a novel player in glioblastoma microenvironment, M2 macrophage polarization, and tumor progression
2023-Mar-21, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02766-1
PMID:36944954
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研究论文 | 研究表明MS4A7-s在胶质母细胞瘤微环境中发挥重要作用，并影响M2巨噬细胞的极化和肿瘤进展 | 首次发现短异构体MS4A7-s在胶质母细胞瘤中对M2特异性巨噬细胞的影响，揭示其作为预后标志物的潜力 | 研究主要集中在细胞和动物模型，而不包括临床试验数据 | 探索胶质母细胞瘤微环境中的功能性膜蛋白异构体及其对巨噬细胞极化的影响 | 胶质母细胞瘤患者样本中的短异构体MS4A7-s | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA-seq和RNA-seq | NA | 临床样本 | 胶质母细胞瘤患者队列 |
| 170 | 2024-08-05 |
Use of machine learning-based integration to develop a monocyte differentiation-related signature for improving prognosis in patients with sepsis
2023-03-20, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-023-00634-5
PMID:36941583
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研究论文 | 本研究利用机器学习整合开发出与单核细胞分化相关的标志物以改善脓毒症患者的预后 | 文章创新性在于构建了基于单核细胞分化相关基因的预后标志物，并使用多种机器学习组合进行 prognostic 签名构建 | 临床验证样本数量较少，可能影响结果的普适性和准确性 | 旨在改善脓毒症患者的早期诊断和预后 | 研究对象为 12 名脓毒症患者的单细胞测序数据 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞测序 | Lasso + CoxBoost | 细胞数据 | 共 52 个样本，包括 12 名患者的单细胞数据和 40 个临床样本 |
| 171 | 2024-08-05 |
Robust classification using average correlations as features (ACF)
2023-Mar-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05224-0
PMID:36941542
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研究论文 | 本研究提出了一种通过平均相关性作为特征的分类方法，以应对单细胞转录组学中的缺失值问题 | 提出了一种新的分类方法ACF，通过训练可调的机器学习模型在类间和类内相关性上进行分类，超越了现有的KNN和基于分布的分类方法 | 未提及具体的局限性 | 研究如何利用平均相关性处理单细胞转录组及其他组学技术中的缺失值 | 主要对象是单细胞RNA测序和自下而上的蛋白质组学产生的真实数据集 | 机器学习 | NA | NA | KNN | 数据集 | 使用了真实数据集，但具体样本大小未明示 |
| 172 | 2024-08-08 |
Application of single-cell RNA sequencing in probing oligodendroglia heterogeneity and neurological disorders
2023-Mar-20, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.22-306
PMID:36927646
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在探究少突胶质细胞异质性和神经疾病中的应用 | 介绍了单细胞RNA测序技术作为一种新工具，用于在转录组水平上特异性地识别细胞类型，并探讨其在少突胶质细胞谱系相关问题中的应用 | NA | 总结单细胞RNA测序技术的最新进展及其在少突胶质细胞异质性和神经疾病中的应用 | 少突胶质细胞及其在神经疾病中的作用 | 数字病理学 | 神经疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 173 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis of tumor heterogeneity and intercellular networks in human urothelial carcinoma
2023-Mar-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000002573
PMID:36939254
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了人类尿路上皮癌中的肿瘤异质性和细胞间网络 | 本研究首次详细描述了尿路上皮癌中肿瘤细胞和肿瘤微环境的异质性，并揭示了其对治疗反应的影响 | 研究样本仅限于七名患者，可能限制了结果的普遍性 | 旨在深入理解尿路上皮癌中的肿瘤内异质性和免疫抑制性肿瘤微环境，并为开发新型治疗提供基础支持 | 尿路上皮癌患者的肿瘤组织及其匹配的正常组织 | 数字病理学 | 尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 七名尿路上皮癌患者及其肿瘤组织和匹配的正常组织 |
| 174 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics using multiplexed deterministic barcoding in tissue
2023-03-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37111-w
PMID:36934108
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研究论文 | 本研究提出了在组织中采用多重确定性条形码技术的空间转录组学方法 | 开发了新型微流控芯片，具有高达50µm的空间分辨率，并优化了生化协议，显著提高了每个点的读取和基因计数 | NA | 探索空间转录组学在生物医学研究中的应用 | 五种不同鼠类器官的空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | xDBiT | NA | 转录组数据 | 来自五种不同鼠类器官的16个空间转录组数据集 |
| 175 | 2024-08-05 |
LACE 2.0: an interactive R tool for the inference and visualization of longitudinal cancer evolution
2023-Mar-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05221-3
PMID:36932333
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研究论文 | 本文介绍了LACE 2.0，一个用于推断和可视化癌症进化的交互式R工具 | 改进了数据管理和推断引擎，并连接到公共数据库，提供了新的关键功能 | NA | 开发用于推断肿瘤进化历史的计算方法 | 患者来源模型的单细胞测序实验数据 | 数字病理学 | 癌症 | 变异调用 | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 176 | 2024-08-05 |
spSeudoMap: cell type mapping of spatial transcriptomics using unmatched single-cell RNA-seq data
2023-03-17, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01168-5
PMID:36932388
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研究论文 | 本文提出了一种方法spSeudoMap，用于使用未匹配的单细胞RNA-seq数据进行空间转录组学的细胞类型映射 | spSeudoMap创新性地创建虚拟细胞混合物，以克服单细胞数据与空间转录组数据之间的细胞类型和细胞组成不匹配问题 | 本文未讨论在其他类型组织或不同条件下方法的适用性 | 本研究旨在改善单细胞数据与空间转录组数据的整合，以便更好地预测空间细胞组成 | 研究对象包括脑部和乳腺癌组织中的细胞亚群 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 领域适应模型 | 基因表达数据 | NA |
| 177 | 2024-08-08 |
Identification of FCN1 as a novel macrophage infiltration-associated biomarker for diagnosis of pediatric inflammatory bowel diseases
2023-03-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04038-1
PMID:36932401
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研究论文 | 本研究通过机器学习算法识别出FCN1作为儿童炎症性肠病（PIBD）的新的巨噬细胞浸润相关生物标志物，并验证了其在PIBD诊断中的应用。 | 首次发现FCN1作为PIBD的诊断标志物，并揭示了其在巨噬细胞中的表达与炎症反应的关系。 | NA | 旨在发现和验证儿童炎症性肠病的新型诊断标志物。 | FCN1在PIBD中的表达及其与巨噬细胞浸润的关系。 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 机器学习算法（LASSO和mSVM-RFE）、CIBERSORT方法、免疫印迹、qRT-PCR、免疫染色 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | 包括GSE117993和GSE126124数据集、PIBD患者结肠活检、幼鼠DSS诱导的结肠炎模型和THP-1衍生的巨噬细胞。 |
| 178 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome reveals Staphylococcus aureus modulating fibroblast differentiation in the bone-implant interface
2023-03-16, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-023-00632-7
PMID:36927352
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研究论文 | 本研究旨在阐明骨-植入物界面中的细胞异质性，并探讨成纤维细胞对植入物相关金黄色葡萄球菌感染的反应 | 发现了骨-植入物界面中存在CTHRC1+成纤维细胞，并揭示了成纤维细胞分化的双极模式 | NA | 阐明骨-植入物界面中的细胞异质性，并探讨成纤维细胞对植入物相关金黄色葡萄球菌感染的反应 | 人类骨-植入物界面中的细胞类型和基因表达 | 数字病理学 | 植入物相关感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 3例植入物关节感染患者和2例无菌松动患者的人体周围组织 |
| 179 | 2024-08-08 |
Domain adaptation for supervised integration of scRNA-seq data
2023-03-16, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04668-7
PMID:36928806
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研究论文 | 本文提出了一种名为SIDA的监督策略，用于整合scRNA-seq数据，利用细胞类型注释指导不同批次的整合 | SIDA采用了最初在计算机视觉领域提出的域适应方法，能够生成全面的参考数据集，提高自动化细胞类型映射分析的准确性 | NA | 解决大规模scRNA-seq研究中由于批次产生的非平凡批次效应问题 | scRNA-seq数据整合 | 计算机视觉 | NA | 域适应 | NA | scRNA-seq数据 | NA |
| 180 | 2024-08-05 |
Spatial Transcriptomics Arena (STAr): an Integrated Platform for Spatial Transcriptomics Methodology Research
2023-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.10.532127
PMID:36945650
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研究论文 | 本文设计了Spatial Transcriptomics Arena (STAr)平台，以促进空间转录组学研究 | 开发了一个集成平台，包含多种数据集和分析方法，旨在提供无偏见的评估以帮助选择合适的空间基因检测方法 | 现有公共空间转录组数据集分散，处理方式不同，给开发计算方法的研究者带来障碍 | 研究空间转录组学方法的评估和比较 | 针对空间变异基因进行方法的开发和评估 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 数据集 | 193个数据集，来自七种技术和七种统计方法 |