单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-05 |
Data-driven microscopy allows for automated context-specific acquisition of high-fidelity image data
2023-03-27, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100419
PMID:37056378
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研究论文 | 本文介绍了一种数据驱动显微镜技术，可以自动获取背景特定的高保真图像数据。 | 提出了一种数据驱动显微镜(DDM)框架，结合实时的人群特征化，能够根据人群背景进行高保真成像。 | 尚未明确提及限制 | 研究目标是提高显微成像的质量和可重复性，特别是在样本人群背景下。 | 研究对象为细胞迁移和感染过程中感兴趣的事件。 | 数字病理学 | NA | 显微镜成像 | NA | 图像 | NA |
| 122 | 2024-08-08 |
A robust and efficient microvascular isolation method for multimodal characterization of the mouse brain vasculature
2023-03-27, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100431
PMID:37056377
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research paper | 本文开发了一种快速简单的脑血管片段分离方法，无需转基因报告基因，适用于多种实验模式 | 该方法能够快速简单地分离脑血管片段，适用于单细胞分析、蛋白质印迹和原代细胞培养等多种实验模式 | NA | 研究与疾病相关的脑血管变化 | 小鼠脑血管 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 22,515个细胞 |
| 123 | 2024-08-05 |
Epi-Impute: Single-Cell RNA-seq Imputation via Integration with Single-Cell ATAC-seq
2023-Mar-25, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24076229
PMID:37047200
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Epi-Impute的计算方法，用于通过整合表达和编程组学数据来解决单细胞RNA-seq数据中的丢失现象 | Epi-Impute利用单细胞ATAC-seq数据作为额外的信息来源，以减少丢失现象的数量，特别适用于稀疏的单细胞RNA-seq数据集 | NA | 提出一种新的方法来改进单细胞RNA-seq数据的缺失值填补 | 单细胞RNA-seq数据和单细胞ATAC-seq数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 124 | 2024-08-08 |
ERS International Congress 2022: highlights from the Basic and Translational Science Assembly
2023-Mar, ERJ open research
IF:4.3Q1
DOI:10.1183/23120541.00561-2022
PMID:37077558
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综述 | 本文综述了2022年欧洲呼吸学会国际大会中基础与转化科学会议的亮点内容 | 提出了人类肺细胞图谱(HLCA)作为健康人类肺部的新参考点，并结合单细胞RNA测序和空间数据，发现了新的细胞类型/状态和生态位 | NA | 探讨呼吸事件从出生到老年对气候变化相关空气质量变化的影响，以及转化研究中确定的哮喘新治疗靶点和免疫调节机制 | 呼吸事件、气候变化、空气质量、肺部疾病、哮喘治疗 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 空间数据 | NA |
| 125 | 2024-08-08 |
Sox11 is enriched in myogenic progenitors but dispensable for development and regeneration of skeletal muscle
2023-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.30.534956
PMID:37034612
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据分析，探讨了转录因子Sox11在肌肉干细胞分化和功能中的作用 | 发现Sox11在肌肉干细胞分化过程中表达增加，但在静止和衰老的肌肉干细胞中表达减少 | Sox11在肌肉发生中的具体功能尚未明确 | 研究Sox11在肌肉干细胞分化和肌肉再生中的作用 | 肌肉干细胞（MuSCs）及其在骨骼肌发育和再生中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 年轻和老年小鼠的肌肉再生样本 |
| 126 | 2024-08-08 |
Endothelial cells are a key target of IFN-g during response to combined PD-1/CTLA-4 ICB treatment in a mouse model of bladder cancer
2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534561
PMID:37034778
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索了在小鼠膀胱癌模型中，联合PD-1/CTLA-4免疫检查点阻断治疗对不同细胞类型的响应机制 | 首次揭示了内皮细胞在IFN-γ信号传导中作为ICB治疗响应的关键介质 | NA | 探索联合PD-1/CTLA-4免疫检查点阻断治疗在个体细胞类型中的响应机制 | 小鼠膀胱癌模型中的内皮细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 包含三种条件：未治疗的肿瘤、治疗的肿瘤和CD4+ T细胞耗竭后治疗的肿瘤 |
| 127 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome dataset of human and mouse in vitro adipogenesis models
2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.27.534456
PMID:37034809
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研究论文 | 本文介绍了人类和小鼠体外脂肪形成模型的单细胞转录组数据集，通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了3T3-L1和SGBS细胞在脂肪形成前后的转录变化。 | 首次提供了3T3-L1和SGBS细胞在脂肪形成过程中的单细胞转录组数据，有助于理解细胞间基因表达的变异性。 | NA | 研究人类和小鼠体外脂肪形成过程中的分子调控和细胞间基因表达的变异性。 | 3T3-L1和SGBS细胞在脂肪形成前后的转录变化。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 混合的3T3-L1和SGBS细胞 |
| 128 | 2024-08-05 |
exFINDER: identify external communication signals using single-cell transcriptomics data
2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.24.533888
PMID:37034624
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研究论文 | 本文介绍了一种名为exFINDER的方法，用于利用单细胞转录组数据识别细胞接收到的外部信号 | exFINDER通过利用信号通路的先验知识，能够发现激活特定目标基因的外部信号，并推断外部信号-靶标信号网络 | NA | 研究旨在开发一种方法识别通过单细胞转录组数据接收到的外部信号 | 使用不同物种的scRNA-seq数据集进行外部信号的识别和分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个不同物种的scRNA-seq数据集 |
| 129 | 2024-08-05 |
Single-Cell Sequencing-Based Validation of T Cell-Associated Diagnostic Model Genes and Drug Response in Crohn's Disease
2023-Mar-23, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24076054
PMID:37047025
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研究论文 | 该研究旨在通过单细胞测序验证与T细胞相关的克罗恩病诊断模型基因及其药物反应 | 首次将单细胞表达谱数据与T细胞标记基因的诊断与药物反应相结合 | 样本数量较少，可能影响研究结果的广泛适用性 | 进一步探索克罗恩病的诊断及T细胞标记基因表达的药物预测 | 22例克罗恩病或正常样本的单细胞表达谱数据 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞测序 | TNF中心的5基因诊断模型 | 单细胞表达谱数据 | 22个样本 |
| 130 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of peripheral blood from high-altitude pulmonary hypertension patients identifies a distinct monocyte phenotype
2023-03-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37527-4
PMID:37002243
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析高海拔肺动脉高压患者的外周血，识别出一种独特的单核细胞表型 | 发现高海拔肺动脉高压患者外周血单核细胞的特定亚群体及其与缺氧诱导转录因子-1α的下调相关 | 关于其他免疫细胞类型的具体影响和机制尚未深入研究 | 探讨高海拔肺动脉高压患者外周循环中的免疫谱系 | 高海拔肺动脉高压患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞转录组学 | NA | 外周血单核细胞 | HAPH患者的外周血单核细胞样本 |
| 131 | 2024-08-08 |
Brassinosteroid gene regulatory networks at cellular resolution in the Arabidopsis root
2023-03-31, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf4721
PMID:36996230
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研究论文 | 本文通过时间序列单细胞RNA测序技术，研究了拟南芥根中细胞分辨率下的油菜素内酯基因调控网络，揭示了油菜素内酯在细胞增殖到伸长转变中的作用。 | 本文首次在单细胞分辨率下研究了油菜素内酯在拟南芥根中的基因调控网络，揭示了油菜素内酯信号网络在细胞增殖到伸长转变中的作用。 | NA | 研究油菜素内酯在拟南芥根中细胞分辨率下的基因调控网络及其在细胞生长中的作用。 | 拟南芥根中的油菜素内酯响应基因表达及其在不同细胞类型和发育阶段中的调控网络。 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 不同细胞类型和发育阶段的拟南芥根细胞 |
| 132 | 2024-08-05 |
SMASH: Scalable Method for Analyzing Spatial Heterogeneity of genes in spatial transcriptomics data
2023-Mar-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.23.533980
PMID:36993287
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研究论文 | 本研究提出了一种名为SMASH的方法，用于分析空间转录组数据中的基因空间异质性 | SMASH是一种非参数方法，在计算需求和统计能力之间取得平衡，克服了现有方法的局限 | 未提及具体的局限性 | 旨在识别与细胞/点的空间位置变化相关的空间变异基因 | 采用不同平台的四个空间转录组数据集进行研究 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 非参数方法 | 基因表达数据 | 四个不同平台的空间转录组数据集 |
| 133 | 2024-08-08 |
Reprogramming anchorage dependency by adherent-to-suspension transition promotes metastatic dissemination
2023-03-30, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-023-01753-7
PMID:36991428
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研究论文 | 本文研究了通过粘附到悬浮转变（AST）机制重新编程固体肿瘤细胞的锚定依赖性，促进肿瘤细胞的转移扩散 | 发现了一种生物现象AST，通过特定的造血转录调节因子将粘附细胞重新编程为悬浮细胞，这一机制被固体肿瘤细胞利用以扩散成循环肿瘤细胞（CTCs） | NA | 探索肿瘤细胞转移扩散过程中锚定依赖性的重新编程机制 | 乳腺癌和黑色素瘤的小鼠异种移植模型及新发转移患者的原发肿瘤、CTCs和转移瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌, 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 组织染色 | NA | RNA | 乳腺癌和黑色素瘤的小鼠异种移植模型及新发转移患者的样本 |
| 134 | 2024-08-08 |
Clinical and biological heterogeneities in triple-negative breast cancer reveals a non-negligible role of HER2-low
2023-03-30, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-023-01639-y
PMID:36998014
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研究论文 | 本研究探讨了HER2-low在三阴性乳腺癌（TNBC）中的临床和生物学特性 | 首次详细比较了HER2-low和HER2-negative TNBC在临床特征和肿瘤生物学特性上的差异 | 研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 探究HER2-low在三阴性乳腺癌中的临床和生物学影响 | 251名三阴性乳腺癌患者，包括157名HER2-low和94名HER2-negative患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 251名患者，其中157名HER2-low和94名HER2-negative |
| 135 | 2024-08-08 |
Understanding host response to infectious salmon anaemia virus in an Atlantic salmon cell line using single-cell RNA sequencing
2023-Mar-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09254-z
PMID:36991327
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了大西洋鲑鱼细胞系在感染传染性鲑鱼贫血病毒（ISAV）后的转录组变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术深入研究了ISAV感染早期阶段的宿主-病毒相互作用 | NA | 深入理解大西洋鲑鱼在ISAV感染期间的细胞反应和宿主-病毒相互作用 | 大西洋鲑鱼细胞系在ISAV感染后的转录组变化 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了鲑鱼头部肾脏（SHK-1）细胞在ISAV感染后24小时、48小时和96小时的样本 |
| 136 | 2024-08-08 |
Supervised learning of high-confidence phenotypic subpopulations from single-cell data
2023-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.23.533712
PMID:36993424
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研究论文 | 开发了一种名为PENCIL的监督学习框架，用于从单细胞数据中识别与表型相关的亚群 | 首次在框架中嵌入特征选择功能，实现同时选择信息特征和识别细胞亚群，提高了表型亚群识别的准确性 | NA | 准确识别从异质细胞群中与表型相关的细胞亚群，揭示驱动生物或临床表型的潜在机制 | 单细胞数据中的细胞亚群 | 机器学习 | NA | 监督学习 | PENCIL框架 | 单细胞数据 | 分析了100万个细胞 |
| 137 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics of adult skin VE-cadherin expressing lineages during hair cycle
2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.22.533784
PMID:36993228
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研究论文 | 本研究揭示了在毛发生长周期中成体皮肤内表现VE-钙粘附蛋白的细胞的单细胞转录组学变化 | 该研究首次通过单细胞RNA测序技术深入分析了皮肤内VE-钙粘附蛋白表达细胞在毛发生长周期各阶段的动态 | 研究只涉及了小鼠模型，结果可能在其他物种中不完全适用 | 探讨成体皮肤内血管内皮系细胞在毛发生长周期中的动态变化 | 主要研究表现VE-钙粘附蛋白的内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | FACS分选的VE-钙粘附蛋白表达细胞（确切样本量未提供） |
| 138 | 2024-08-05 |
Inference of single cell profiles from histology stains with the Single-Cell omics from Histology Analysis Framework (SCHAF)
2023-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.21.533680
PMID:36993643
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研究论文 | 本研究开发了一个名为SCHAF的框架，能够从H&E组织图像生成空间分辨率的单细胞组学数据集 | 该研究利用对抗性机器学习方法，将组织切片的H&E图像与单细胞RNA测序数据有效结合，提供了单细胞的空间信息 | 本文主要集中于肺癌和转移性乳腺癌样本，可能限制了其方法的广泛适用性 | 探讨如何从组织切片获取单细胞的分子信息和空间结构 | 研究对象为来自肺癌和转移性乳腺癌的人类肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌、转移性乳腺癌 | 对抗性机器学习 | NA | 图像 | 两个类型的人类肿瘤样本 |
| 139 | 2024-08-08 |
An evaluation of statistical differential analysis methods in single-cell RNA-seq data
2023-Mar-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2670717/v1
PMID:36993457
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研究论文 | 本文评估了五种开源流行方法在单细胞RNA测序数据中进行基因差异表达分析的性能 | 本文通过模拟研究和真实数据示例，评估了五种方法在不同样本大小、分布假设和数据中零比例下的表现 | NA | 评估单细胞RNA测序数据中基因差异表达分析方法的性能 | 单细胞RNA测序数据中的基因差异表达分析方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同样本大小，包括每组100个样本 |
| 140 | 2024-08-08 |
HIV-1 Vpr combats the PU.1-driven antiviral response in primary human macrophages
2023-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.21.533528
PMID:36993393
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研究论文 | 研究探讨了HIV-1辅助蛋白Vpr在人类原代巨噬细胞中对抗PU.1驱动的抗病毒反应的作用 | 发现Vpr通过靶向主转录调节因子PU.1，重编程HIV感染的巨噬细胞基因表达，并揭示了Vpr在非旁观者巨噬细胞中通过PU.1非依赖机制对抗HIV感染的固有免疫反应 | 未观察到PU.1对HIV基因转录的直接影响 | 阐明Vpr在HIV感染原代巨噬细胞中的作用 | HIV-1辅助蛋白Vpr和PU.1在HIV感染中的作用 | NA | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 原代人类巨噬细胞 |