单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-07 |
HIV Infection Elicits Differential Transcriptomic Remodeling in CD4+ T Cells with Variable Proliferative Responses to the T Cell Receptor Stimulus
2023-Mar-24, Pathogens (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/pathogens12040511
PMID:37111397
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研究论文 | 研究了HIV感染初期在不同增殖反应的CD4+ T细胞中引起的转录组重塑 | 识别了HIV感染初期在不同增殖状态细胞中引起的转录变化，这些变化可能与潜伏感染细胞的标记物一致 | 研究仅限于特定细胞类型和感染初期的转录变化，未涵盖整个潜伏库 | 为了更好地理解潜伏建立前的细胞环境，研究HIV感染初期在不同增殖反应的CD4+ T细胞中引起的转录组重塑 | CD4+ T细胞在HIV感染初期的转录组变化 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 不同增殖状态的CD4+ T细胞 |
| 102 | 2024-08-05 |
Comparative analysis between single-cell RNA-seq and single-molecule RNA FISH indicates that the pyrimidine nucleobase idoxuridine (IdU) globally amplifies transcriptional noise
2023-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.14.532632
PMID:36993609
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研究论文 | 这篇文章比较了单细胞RNA测序和单分子RNA FISH，表明嘧啶核苷酸类似物IdU可全局放大转录噪声 | 研究表明IdU作为全局穿透性的噪声增强分子，能够推动对转录噪声生理影响的研究 | 单细胞RNA测序的技术缺陷可能掩盖IdU诱导的转录噪声放大的结果 | 量化IdU诱导噪声放大在全局与部分渗透性之间的差异 | 对来自全转录组的多个基因进行的RNA噪声量化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单分子RNA FISH (smFISH) | NA | RNA数据 | 大约90%的基因 |
| 103 | 2024-08-07 |
Identifying Fibrogenic Cells Following Salivary Gland Obstructive Injury
2023-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.09.531751
PMID:36945483
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研究论文 | 本研究探讨了刺猬信号传导效应子Gli1在唾液腺纤维化反应中的作用，并通过单细胞RNA测序分析了纤维化过程中的细胞变化。 | 本研究首次详细分析了Gli1在唾液腺纤维化中的作用，并使用单细胞RNA测序技术揭示了纤维化过程中细胞亚群的变化。 | 研究主要集中在Gli1信号传导和其对纤维化的影响，未全面探讨其他可能的信号通路和细胞类型。 | 研究唾液腺纤维化过程中参与损伤反应和疾病进展的基质细胞和信号。 | 唾液腺纤维化过程中的基质细胞和信号传导。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 实验使用了雌性小鼠的下颌下唾液腺样本。 |
| 104 | 2024-08-05 |
Cell composition inference and identification of layer-specific spatial transcriptional profiles with POLARIS
2023-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add9818
PMID:36857450
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研究论文 | 本文介绍了一种称为POLARIS的空间转录组学分析方法 | POLARIS方法能够进行细胞类型去卷积，并能从组织学图像推断细胞组成及鉴定层特异性差异表达基因 | 该方法的应用仍依赖于高质量的组织学图像数据 | 研究空间转录组学技术在健康和疾病相关关键生物过程中的应用 | 四种组织的细胞组成和差异表达基因 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 组织学图像 | 四种组织样本 |
| 105 | 2024-08-05 |
A molecularly defined and spatially resolved cell atlas of the whole mouse brain
2023-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.06.531348
PMID:36945367
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研究论文 | 本研究生成了一个全面的成年小鼠大脑细胞图谱，涵盖了超过5000个转录上独特的细胞簇 | 首次应用MERFISH技术结合单细胞RNA测序生成整个小鼠大脑的细胞图谱，展示了细胞类型的分布及其相互作用 | 目前的研究仅限于小鼠大脑，尚未在其他哺乳动物中验证 | 探讨小鼠大脑中分子定义的细胞类型的空间组织和细胞相互作用 | 成年小鼠的大脑细胞，涉及约8百万个细胞的基因表达 | 数字病理学 | NA | MERFISH，单细胞RNA-sequencing (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 约800万细胞 |
| 106 | 2024-08-07 |
A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain
2023-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.06.531121
PMID:37034735
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研究论文 | 本文报道了成年小鼠全脑的高分辨率转录组和空间细胞类型图谱 | 该研究结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，创建了一个全面且高分辨率的细胞类型图谱，揭示了细胞类型在不同脑区的独特组织特征 | NA | 旨在理解脑功能，获取脑细胞类型的目录 | 成年小鼠的全脑细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），MERFISH | NA | 转录组数据 | 约700万细胞的scRNA-seq数据，约430万细胞的MERFISH数据 |
| 107 | 2024-08-05 |
SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data
2023-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01773-7
PMID:36797409
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研究论文 | 本文介绍了一个名为空间组学数据库(SODB)的网络平台，该平台提供丰富的数据资源和交互式数据分析模块 | SODB提供了一种统一的数据格式，兼容多种计算软件包，并介绍了独特的空间组学视图模块(SOView)，能够更好地分析和展示空间组学数据 | 可能尚未涵盖所有空间组学技术的实验数据 | 构建一个整合空间组学数据的数据库和分析工具 | 来自25种以上空间组学技术的2400多个实验数据 | 数字病理学 | NA | 空间组学 | NA | 实验数据 | 超过2400个实验 |
| 108 | 2024-08-07 |
Ploidy-stratified single cardiomyocyte transcriptomics map Zinc Finger E-Box Binding Homeobox 1 to underly cardiomyocyte proliferation before birth
2023-03-02, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-023-00979-2
PMID:36862248
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了出生前后心肌细胞的转录组变化，特别是锌指E盒结合同源盒1（ZEB1）在心肌细胞增殖中的作用 | 首次揭示了ZEB1在心肌细胞增殖和内复制中的关键作用，并提供了高分辨率的心肌细胞单细胞转录组图谱 | 研究仅限于小鼠模型，且样本量相对较小 | 识别出生前后心肌细胞增殖和终末分化相关的转录因子 | 心肌细胞的转录组和增殖机制 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自发育中（E16.5、P1和P5）小鼠心脏的固定心肌细胞 |
| 109 | 2024-08-07 |
Immune profiling and prognostic model of pancreatic cancer using quantitative pathology and single-cell RNA sequencing
2023-03-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04051-4
PMID:36944944
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研究论文 | 本研究利用定量病理学和单细胞RNA测序技术，对胰腺癌的免疫特征和预后模型进行了深入分析 | 首次结合定量病理学和单细胞RNA测序技术，揭示了胰腺癌的免疫微环境特征，并建立了基于免疫特征的风险评分预后模型 | NA | 旨在描绘胰腺导管腺癌的免疫景观，并确定免疫特征在肿瘤免疫微环境中的临床价值 | 胰腺导管腺癌及其免疫微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫组化（mIHC） | Cox回归分析 | 免疫特征数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 110 | 2024-08-07 |
Integrated transcriptional analysis reveals macrophage heterogeneity and macrophage-tumor cell interactions in the progression of pancreatic ductal adenocarcinoma
2023-Mar-02, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-10675-y
PMID:36864399
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研究论文 | 本研究通过综合转录组分析揭示了胰腺导管腺癌进展中巨噬细胞的异质性和巨噬细胞-肿瘤细胞相互作用 | 开发了一种结合批量和单细胞转录组测序的计算方法，用于描绘巨噬细胞异质性，并应用CellPhoneDB算法推断巨噬细胞-肿瘤相互作用网络 | NA | 识别肿瘤-巨噬细胞相互作用的分子机制，从而设计新的治疗策略 | 胰腺导管腺癌中的巨噬细胞及其与肿瘤细胞的相互作用 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组测序 | CellPhoneDB算法 | 转录组数据 | 多个巨噬细胞亚群和胰腺癌细胞系 |
| 111 | 2024-08-05 |
Molecular features and evolutionary trajectory of ASCL1+ and NEUROD1+ SCLC cells
2023-03, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-022-02103-y
PMID:36517551
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研究论文 | 本文探讨了ASCL1+和NEUROD1+小细胞肺癌细胞的分子特征和演化轨迹 | 发现ASCL1+和NEUROD1+ SCLC细胞在同一肿瘤组织中共存，并揭示了它们的不同生物学特征和代谢能力 | 未提及具体的样本量和研究范围的限制 | 研究小细胞肺癌（SCLC）亚型的生物学功能和演变过程 | 人类原发性小细胞肺癌组织中的ASCL1+和NEUROD1+细胞 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | NA |
| 112 | 2024-08-07 |
Single-cell profiling of the microenvironment in decidual tissue from women with missed abortions
2023-03, Fertility and sterility
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.fertnstert.2022.12.016
PMID:36528108
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研究论文 | 本研究旨在定义正常染色体和非整倍体流产及选择性终止妊娠中的蜕膜微环境 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了非整倍体流产蜕膜组织微环境的改变，并发现衰老的基质细胞比例与胚胎染色体异常的相关性 | 研究样本量较小，且仅限于特定时间段内的患者 | 探索流产中蜕膜组织的微环境变化及其与胚胎染色体异常的关系 | 34名经历流产的女性，包括6名选择性终止妊娠和28名非整倍体流产患者 | 数字病理学 | 妊娠并发症 | 单细胞RNA测序，逆转录定量聚合酶链反应 | NA | 转录组数据 | 16名女性的蜕膜组织进行单细胞RNA测序，18名女性的蜕膜组织进行逆转录定量聚合酶链反应 |
| 113 | 2024-08-07 |
LAL deficiency induced myeloid-derived suppressor cells as targets and biomarkers for lung cancer
2023-03, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-006272
PMID:36914206
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研究论文 | 本文研究了LAL缺乏诱导的骨髓源性抑制细胞（MDSCs）在肺癌中的作用，并探讨了其作为肺癌治疗靶点和生物标志物的潜力。 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了LAL缺陷小鼠MDSCs的分子和细胞差异，并发现阻断糖酵解途径中的丙酮酸脱氢酶（PDH）可以逆转MDSCs的免疫抑制和肿瘤生长刺激能力。 | NA | 探讨LAL缺乏诱导的MDSCs在肺癌中的作用机制，并评估其作为肺癌治疗靶点和生物标志物的潜力。 | LAL缺陷小鼠的骨髓源性抑制细胞（MDSCs）和非小细胞肺癌（NSCLC）患者的血液样本。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术 | NA | RNA | 小鼠的骨髓样本和非小细胞肺癌患者的血液样本 |
| 114 | 2024-08-07 |
scHOIS: Determining Cell Heterogeneity Through Hierarchical Clustering Based on Optimal Imputation Strategy
2023 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3203592
PMID:37815942
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研究论文 | 本文提出了一种基于最优插补策略的分层聚类算法scHOIS，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞异质性 | scHOIS算法通过两阶段处理，首先使用掩蔽非负矩阵分解近似原始观测数据，然后通过分层聚类对插补细胞进行分组，显著提高了细胞差异的区分能力和聚类性能 | NA | 开发有效的计算方法来解决单细胞RNA测序数据中的缺失值和聚类问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞异质性 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 非负矩阵分解(NMF) | 基因表达数据 | 使用真实世界数据集进行广泛实验 |
| 115 | 2024-08-05 |
Identification of the candidate genes of diagnosing rheumatoid arthritis using the single-cell sequencing technology and T cell subclusters analysis of patients with rheumatoid arthritis
2023-Mar, Archives of rheumatology
IF:1.1Q4
DOI:10.46497/ArchRheumatol.2022.9573
PMID:37235118
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术分析类风湿关节炎患者外周血单核细胞中的细胞异质性并鉴定关键基因 | 首次通过单细胞测序分析确定九个与RA发生密切相关的候选基因 | 研究的样本量和数据来源可能影响结果的普遍性 | 分析类风湿关节炎患者外周血单核细胞中细胞类型的异质性 | 类风湿关节炎患者的外周血单核细胞及其T细胞亚群 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞测序 | NA | 细胞数据 | 10,483个细胞 |
| 116 | 2024-08-05 |
scTransSort: Transformers for Intelligent Annotation of Cell Types by Gene Embeddings
2023-03-28, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13040611
PMID:37189359
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研究论文 | 本研究提出了一种基于基因嵌入的智能细胞类型标注方法scTransSort | 创新点在于采用transformer的思想进行单细胞转录组数据的细胞类型分类，自动提取有效特征而无需手动标记 | 缺乏对大规模样本的广泛验证，尚需在更多类型的细胞上进行验证 | 研究单细胞RNA测序技术中的细胞类型识别 | 对来自35个人类和26只小鼠组织的细胞进行分类和标注 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | transformer | 基因表达数据 | 来自35个人类和26只小鼠组织的细胞 |
| 117 | 2024-08-05 |
The EBV Gastric Cancer Resource (EBV-GCR): A Suite of Tools for Investigating EBV-Associated Human Gastric Carcinogenesis
2023-03-27, Viruses
DOI:10.3390/v15040853
PMID:37112833
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研究论文 | 本研究构建了一个名为EBV胃癌资源（EBV-GCR）的在线工具套件，用于研究EBV相关的人类胃癌发生 | 创新性地整合了TCGA和单细胞RNA测序数据，提供了探究EBV在胃癌中的作用的独特机会 | 未明确说明具体的局限性 | 研究EBV在胃癌发生中的作用及EBVaGC和EBVnGC之间的差异 | EBV相关的胃腺癌（EBVaGC）和EBV阴性胃腺癌（EBVnGC） | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组学和基因组学数据 | 包括数千个主要人类癌症样本的公共数据集 |
| 118 | 2024-08-05 |
Identification and Characterisation of Infiltrating Immune Cells in Malignant Pleural Mesothelioma Using Spatial Transcriptomics
2023-Mar-28, Methods and protocols
IF:2.3Q3
DOI:10.3390/mps6020035
PMID:37104017
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研究论文 | 本文描述了一种使用空间转录组学技术映射和表征恶性胸膜间皮瘤中肿瘤浸润免疫细胞的方法 | 提出了基于Visium技术的空间转录组学协议，增强了肿瘤特异性免疫细胞基因特征的识别和空间分辨率 | 关于肿瘤微环境中免疫组成的了解仍然有限 | 探讨肿瘤微环境中的免疫细胞特征，以提高免疫检查点抑制剂的疗效与安全性 | 恶性胸膜间皮瘤中的浸润免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 119 | 2024-08-08 |
Identification of distinct tumor cell patterns with single-cell RNA sequencing integrating primary lung adenocarcinoma and brain metastasis tumor
2023-Mar-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-23-107
PMID:37057123
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，整合原发性肺腺癌和脑转移瘤的数据，分析肿瘤细胞的异质性并识别潜在的治疗靶点 | 本研究首次整合了原发性肺腺癌和脑转移瘤的单细胞RNA测序数据，揭示了脑转移瘤细胞的高度异质性及其潜在的恶性细胞来源 | 研究样本量较小，仅包括8名未经治疗的肺腺癌脑转移患者，可能影响结果的普遍性 | 旨在解析肿瘤细胞的异质性并识别潜在的治疗靶点 | 肺腺癌及其脑转移瘤的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 8名未经治疗的肺腺癌脑转移患者及10个原发性肺腺癌样本及其匹配的正常组织 |
| 120 | 2024-08-05 |
Single-Cell Isolation Microfluidic Chip Based on Thermal Bubble Micropump Technology
2023-Mar-30, Sensors (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/s23073623
PMID:37050683
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研究论文 | 本研究介绍了一种基于热气泡微泵技术的微流体芯片，用于单细胞的分离。 | 该方法通过匹配流道的流阻实现单细胞分离，无需注射泵和蠕动泵，大大简化了操作流程。 | 目前单细胞的捕获率约为75%，尚未实现100%的捕获率。 | 研究旨在开发一种高通量的单细胞分离技术。 | 研究对象为单细胞，包括细胞悬浮液和聚苯乙烯微珠。 | 数字病理学 | NA | 热气泡微泵技术 | 微流体芯片 | 细胞悬液、微珠 | 多个单细胞和聚苯乙烯微珠样本 |