单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-09-15 |
DiSiR: fast and robust method to identify ligand-receptor interactions at subunit level from single-cell RNA-sequencing data
2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad030
PMID:36968431
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DiSiR的快速且稳健的方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别亚基水平的配体-受体相互作用 | DiSiR不仅能够分析现有的配体-受体相互作用数据库，还能识别未在数据库中列出的相互作用，并且相比其他基于排列的方法（如CellPhoneDB和ICELLNET）表现更优 | NA | 开发一种新的方法来分析单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用，特别是多亚基配体激活受体的信号通路 | 单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 排列方法 | RNA测序数据 | 模拟数据和真实数据（包括COVID肺部和类风湿性关节炎滑膜的单细胞RNA测序数据） | NA | NA | NA | NA |
| 82 | 2024-09-14 |
Prenatal low-dose methylmercury exposure causes premature neuronal differentiation and autism-like behaviors in a rodent model
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106093
PMID:36843845
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研究论文 | 研究探讨了孕期低剂量甲基汞暴露对小鼠神经发育和自闭症样行为的影响 | 首次揭示了孕期甲基汞暴露导致皮质放射状胶质前体细胞（RGPs）直接分化为皮质神经元，跳过中间祖细胞阶段，并发现二甲双胍可通过CREB/CBP相互作用逆转这一过程 | 研究仅在动物模型中进行，结果需在人类中进一步验证 | 探讨孕期甲基汞暴露对自闭症谱系障碍（ASD）发病的影响及其潜在机制 | 孕期暴露于甲基汞的小鼠及其神经发育和行为 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 成年小鼠和胚胎小鼠皮质样本 | NA | NA | NA | NA |
| 83 | 2024-09-14 |
Single-cell and bulk RNA sequencing identifies T cell marker genes score to predict the prognosis of pancreatic ductal adenocarcinoma
2023-03-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-30972-7
PMID:36878969
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索了T细胞标记基因评分（TMGS）在预测胰腺导管腺癌（PDAC）患者总生存期和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应中的预测能力 | 本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种新的生物标志物TMGS，用于预测PDAC患者的预后和治疗反应 | 本研究仅基于特定数据集进行分析，TMGS的泛化能力和在其他癌症类型中的适用性需要进一步验证 | 探索T细胞标记基因评分（TMGS）在预测胰腺导管腺癌（PDAC）患者预后和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应中的预测能力 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者的预后和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | LASSO-Cox回归 | RNA测序数据 | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA |
| 84 | 2024-09-14 |
Return of the Tbx5; lineage-tracing reveals ventricular cardiomyocyte-like precursors in the injured adult mammalian heart
2023-Mar-03, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-023-00280-9
PMID:36869039
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研究论文 | 本文通过发育方法和单细胞RNA测序技术，在成年哺乳动物心脏损伤模型中鉴定出一种表达Tbx5的心室心肌细胞样前体细胞群 | 首次在成年哺乳动物心脏损伤模型中鉴定出Tbx5表达的心室心肌细胞样前体细胞群，并发现其转录谱更接近于新生儿而非胚胎心肌细胞前体 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类心脏中验证 | 寻找能够进行心脏再生的细胞群，以解决心脏移植的局限性 | 成年哺乳动物心脏损伤后的心肌细胞再生能力 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 85 | 2024-09-14 |
Further refining the boundaries of the hippocampus CA2 with gene expression and connectivity: Potential subregions and heterogeneous cell types
2023-03, Hippocampus
IF:2.4Q3
DOI:10.1002/hipo.23508
PMID:36786207
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评论 | 本文回顾了海马体CA2区域的基因表达和连接性，并探讨了潜在的亚区域和异质细胞类型 | 利用DropViz单细胞转录组学和Mouse Connectome Project连接组学数据，提出了CA2区域细胞类型异质性和连接性的潜在差异 | NA | 探讨海马体CA2区域的基因表达和连接性，识别和表征潜在的亚区域 | 海马体CA2区域的基因表达和连接性 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 86 | 2024-09-14 |
Spatially informed clustering, integration, and deconvolution of spatial transcriptomics with GraphST
2023-03-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36796-3
PMID:36859400
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GraphST的图自监督对比学习方法，用于空间转录组学的空间聚类、多样本整合和细胞类型反卷积 | GraphST结合了图神经网络和自监督对比学习，通过最小化空间相邻点的嵌入距离来学习信息丰富且具有区分性的点表示，从而优于现有方法 | NA | 开发一种新的分析工具，用于空间转录组学的空间聚类、多样本整合和细胞类型反卷积 | 空间转录组学数据中的基因表达谱 | 生物信息学 | NA | 图神经网络，自监督对比学习 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 多个组织类型和技术平台的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 87 | 2024-09-14 |
SGLT2 inhibitors mitigate kidney tubular metabolic and mTORC1 perturbations in youth-onset type 2 diabetes
2023-03-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI164486
PMID:36637914
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研究论文 | 研究探讨了SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中对肾脏代谢和mTORC1信号通路的调节作用 | 首次通过单细胞RNA测序和形态学数据分析了SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中的分子机制 | 研究样本量较小，且仅限于青年2型糖尿病患者 | 探讨SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中对肾脏代谢和mTORC1信号通路的调节作用 | 青年2型糖尿病患者的肾脏组织 | NA | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 16名青年2型糖尿病患者和健康对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2024-09-14 |
De-novo reconstruction and identification of transcriptional gene regulatory network modules differentiating single-cell clusters
2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad018
PMID:36879901
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DiNiro的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建和识别区分单细胞簇的转录基因调控网络模块 | DiNiro方法能够揭示新的、相关的和深入的机制模型，不仅预测而且解释差异性细胞基因表达程序 | NA | 开发一种新的计算方法，从单细胞RNA测序数据中直接学习差异性调控疾病机制 | 单细胞RNA测序数据中的转录基因调控网络模块 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 89 | 2024-09-06 |
Transcriptomic profiling of cardiac tissues from SARS-CoV-2 patients identifies DNA damage
2023-03, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13577
PMID:36107637
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研究论文 | 研究分析了SARS-CoV-2患者心脏组织的转录组图谱，发现DNA损伤相关基因的上调 | 首次揭示了SARS-CoV-2感染患者心脏组织中DNA损伤和修复相关基因的上调，并通过γ-H2Ax免疫组化进一步验证 | 样本量较小，且仅包括SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者，可能影响结果的普适性 | 探讨SARS-CoV-2感染对心脏组织的分子影响 | SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 7例SARS-CoV-2患者、2例pH1N1患者和6例对照组患者的心脏组织 | NA | NA | NA | NA |
| 90 | 2024-08-04 |
A Universal Method for Crossing Molecular and Atlas Modalities using Simplex-Based Image Varifolds and Quadratic Programming
2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534622
PMID:37034802
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研究论文 | 本文阐明了一种在分子尺度转录组学和组织尺度图谱之间建立对应关系的解决方案 | 提出了一种通用算法，通过交替优化LDDMM和二次规划方法，解决坐标和潜在转录特征分数的最小化几何形状的变换 | NA | 研究目的在于结合分子和细胞数据，创建一个统一的坐标系统 | 主要涉及分子尺度转录组学数据和组织尺度图谱数据 | 数字病理学 | NA | LDDMM优化与二次规划 | NA | 转录组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal cancer-associated fibroblasts in glioblastoma with protumoral effects
2023-03-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI147087
PMID:36856115
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研究论文 | 该研究揭示了在胶质母细胞瘤中与癌症相关的成纤维细胞的肿瘤促进作用 | 首次在胶质母细胞瘤中识别与癌症相关的成纤维细胞及其与肿瘤干细胞的相互作用 | 研究未提及样本的时间跨度或CAF与其他细胞类型交互详细信息 | 旨在探讨胶质母细胞瘤中的CAFs及其与肿瘤干细胞的相互作用 | 研究对象为12名患者的胶质母细胞瘤样本中的CAFs | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 细胞样本 | 12名患者的胶质母细胞瘤 | NA | NA | NA | NA |
| 92 | 2024-08-05 |
The shaky foundations of simulating single-cell RNA sequencing data
2023-03-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02904-1
PMID:36991470
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研究论文 | 本文评估了合成单细胞RNA测序数据生成方法的能力 | 提出了对不同模拟器在检验数据相似性以及对现有工具影响的全面评估 | 大多数模拟器无法处理复杂设计，且引入了人工效应 | 探讨合成单细胞RNA测序数据生成方法的有效性 | 合成单细胞RNA测序数据生成方法及其与实验数据的比较 | 计算机视觉 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 合成数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 93 | 2024-08-05 |
Improving head and neck cancer therapies by immunomodulation of the tumour microenvironment
2023-03, Nature reviews. Cancer
DOI:10.1038/s41568-022-00531-9
PMID:36456755
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研究论文 | 本文探讨了通过免疫调节肿瘤微环境改善头颈部癌症治疗的策略 | 文章创新性在于全面分析了头颈部鳞状细胞癌的肿瘤微环境，包括免疫与非免疫细胞的相互作用 | 研究中可能存在样本选择的影响，以及对于小规模的不同TME特征的个体化分析不足 | 研究目的是提高头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤特异性T细胞反应 | 研究对象为头颈部鳞状细胞癌患者及其TME | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序，高维流式细胞术，空间多光谱成像 | NA | 数据集 | 利用了癌症基因组图谱等丰富的数据资源进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 94 | 2024-08-04 |
APOL1 kidney risk variants in glomerular diseases modeled in transgenic mice
2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.27.534273
PMID:37090576
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研究论文 | 本文研究了携带APOL1肾脏风险变异的小鼠模型中肾小管病的特征 | 研究提出了两种小鼠模型，以展示APOL1-G1等位基因在肾小管疾病中的作用，并发现了潜在的新的肾小管损伤标记 | 缺乏在人类模型中的直接验证和对比 | 探讨APOL1基因变异对不同小鼠模型中肾脏疾病的影响 | 研究对象是HIV相关肾病（HIVAN）小鼠模型和接收到干扰素-γ的APOL1转基因小鼠 | 数字病理 | 肾脏疾病 | RNA测序 | 转基因小鼠 | RNA序列 | 不同类型的转基因小鼠样本（具体数量未提及） | NA | NA | NA | NA |
| 95 | 2024-08-05 |
Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease
2023-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.01.530562
PMID:36993439
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研究论文 | 本研究探讨了Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化机制 | 揭示了Esm-1在糖尿病肾病发病机制中的作用及其在肾脏内皮细胞中的表达模式 | 未详细研究Esm-1在所有成熟组织中的表达及其潜在的生物学效应 | 研究Esm-1在糖尿病肾病中的表达和功能 | 研究对象包括成年人和小鼠的肾脏内皮细胞 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 27,786个肾脏内皮细胞，及20名健康受试者和41名糖尿病肾病患者 | NA | NA | NA | NA |
| 96 | 2024-08-05 |
Immature natural killer cells promote progression of triple-negative breast cancer
2023-03-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abl4414
PMID:36888695
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研究论文 | 这篇文章研究了不成熟的自然杀伤细胞在三阴性乳腺癌进展中的作用 | 识别了一种仅存在于三阴性乳腺癌样本中的不成熟NK细胞亚群，且其促进肿瘤进展的机制新颖 | 研究主要在小鼠模型中进行，临床转化需要进一步的验证 | 探讨自然杀伤细胞在三阴性乳腺癌中的潜在作用及机制 | 以多种三阴性乳腺癌和基底肿瘤样本为研究对象 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 样本 | 多个三阴性乳腺癌和基底肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 97 | 2024-08-05 |
Renal enhanced CT images reveal the tandem mechanism between tumor cells and immunocytes based on bulk/single-cell RNA sequencing
2023-Mar-18, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01011-5
PMID:36933049
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研究论文 | 这篇文章探讨了代谢重编程在透明细胞肾癌中的作用，尤其是谷氨酰胺代谢对肿瘤微环境的影响 | 文章首次揭示了谷氨酰胺代谢在透明细胞肾癌的免疫微环境形成中的关键作用，并构建了有效的影像基因组模型 | 样本主要来源于公开数据库，可能存在选择偏差，且未能全面覆盖不同的肾癌亚型 | 研究透明细胞肾癌中谷氨酰胺代谢的作用及其对肿瘤微环境和免疫细胞浸润的影响 | 涉及539个透明细胞肾癌样本和59个正常样本的数据分析 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | 转录组数据 | 539个透明细胞肾癌样本和59个正常样本 | NA | NA | NA | NA |
| 98 | 2024-08-05 |
Aberrant cell state plasticity mediated by developmental reprogramming precedes colorectal cancer initiation
2023-03-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf0927
PMID:36989360
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研究论文 | 该文章探讨了细胞状态可塑性的改变如何在结直肠癌发生之前发挥作用 | 提出了通过再生活性和发育重编程介导的异常细胞状态可塑性在癌症发生前的作用 | 研究主要基于小鼠模型，临床应用需进一步验证 | 研究细胞状态可塑性在结直肠癌发生中的角色 | 基因工程和致癌物诱导的小鼠模型和患者样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因组数据 | 来自小鼠模型的前癌变病变和一个患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 99 | 2024-08-05 |
Dysregulated miRNAs modulate tumor microenvironment associated signaling networks in pancreatic ductal adenocarcinoma
2023-Mar, Precision clinical medicine
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/pcmedi/pbad004
PMID:37007745
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研究论文 | 该文章探讨了微调miRNAs在胰腺导管腺癌(Tumor Microenvironment, TME)中的作用 | 本文创新性地重点分析了miRNAs如何影响胰腺导管腺癌微环境的信号网络，并提出了它们作为潜在的诊断和预后生物标志物的应用 | 研究主要集中于PDAC的miRNA表达，限制了对其他癌症类型的比较和理解 | 旨在深入理解miRNAs对胰腺导管腺癌微环境重塑的影响 | 主要研究来自胰腺导管腺癌患者的plasma和肿瘤组织中的miRNAs及其调控的信号通路 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA-seq, miRNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq) | NA | RNA数据 | 在研究中涉及了PDAC患者的plasma和肿瘤组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 100 | 2024-08-05 |
Prognostic subtypes of thyroid cancer was constructed based on single cell and bulk-RNA sequencing data and verified its authenticity
2023-Mar-18, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01027-x
PMID:36933059
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研究论文 | 通过单细胞和大规模RNA测序数据构建了甲状腺癌的预后亚型并验证其真实性 | 创新性地结合了单细胞RNA测序和全局RNA测序数据，构建了有效的预后模型并揭示了甲状腺癌的细胞微环境及肿瘤异质性 | 研究主要基于样本数据，对于临床广泛应用的验证仍需进一步研究 | 研究甲状腺癌的预后因素及其细胞微环境 | 23个甲状腺癌肿瘤样本的细胞类型及其微环境 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序(Sc-RNAseq) | NA | RNA数据 | 23个甲状腺癌肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |