单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-04	Deep learning in spatial transcriptomics: Learning from the next next-generation sequencing 2023-Mar, Biophysics reviews IF:2.9Q2 DOI:10.1063/5.0091135 PMID:38505815	综述	本文综述了用于空间转录组学分析的深度学习方法	提出了利用深度学习模型解决空间转录组学特定挑战的新方法	目前深度学习模型尚处于初期阶段，需要进一步探索	研究深度学习在空间转录组学中的应用及其潜力	空间转录组学的数据分析方法	机器学习	NA	转录组学	深度学习模型	多模态数据，包括组织学图像和计数矩阵	NA
82	2024-08-07	A Refined Single Cell Landscape of Haematopoiesis in the Mouse Foetal Liver 2023-Mar-23, Journal of developmental biology IF:2.2Q3 DOI:10.3390/jdb11020015 PMID:37092477	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对小鼠胎肝中的造血细胞进行了精细的细胞图谱构建	发现了小鼠胎肝中一种类似于人类已知的胎盘中等血红蛋白特征，以及一种先前未被识别的原始红细胞群	NA	获得胎肝中造血细胞的精细单细胞图谱	小鼠胎肝中的造血细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括了比先前数据集更多的细胞的E12.5小鼠胎肝样本
83	2024-08-07	Single-Cell Kinetic Modeling of β-Lapachone Metabolism in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2023-Mar-17, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox12030741 PMID:36978989	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，模拟了β-拉帕醌在头颈鳞状细胞癌中的代谢过程，并分析了其在肿瘤和健康组织中的细胞反应异质性	首次利用单细胞RNA测序数据进行系统级模拟，揭示了β-拉帕醌治疗引起的氧化应激反应在健康和恶性细胞模型中的差异	研究仅基于10个HNSCC患者肿瘤的转录组数据，样本量较小	探究头颈鳞状细胞癌中β-拉帕醌代谢的细胞反应异质性	头颈鳞状细胞癌中的β-拉帕醌代谢	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	10个HNSCC患者肿瘤样本
84	2024-08-07	Plasticity in airway smooth muscle differentiation during mouse lung development 2023-03-13, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.02.002 PMID:36868232	研究论文	研究探讨了在小鼠肺部发育过程中，平滑肌分化对气道上皮分支形态的影响	发现胚胎期气道平滑肌表现出可塑性，并证实合成型平滑肌层促进气道分支形态发生	NA	探究平滑肌分化在肺部发育中的作用及其机制	小鼠胚胎肺部平滑肌分化	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	Srf基因缺失的小鼠胚胎肺部样本
85	2024-08-07	Endothelial and Leptin Receptor+ cells promote the maintenance of stem cells and hematopoiesis in early postnatal murine bone marrow 2023-03-13, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.02.003 PMID:36868235	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了出生后4天、14天和8周的小鼠骨髓基质细胞，探讨了早期新生小鼠骨髓中内皮细胞和瘦素受体阳性细胞在造血干细胞和造血维持中的作用。	首次详细描述了早期新生小鼠骨髓中瘦素受体阳性细胞和内皮细胞在造血干细胞和造血维持中的作用，并揭示了这些细胞表达的干细胞因子在不同造血阶段的作用。	NA	探究早期新生小鼠骨髓中内皮细胞和瘦素受体阳性细胞在造血干细胞和造血维持中的作用。	小鼠骨髓中的内皮细胞和瘦素受体阳性细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	出生后4天、14天和8周的小鼠骨髓基质细胞
86	2024-08-07	Tumor PD-L1 engages myeloid PD-1 to suppress type I interferon to impair cytotoxic T lymphocyte recruitment 2023-03-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.02.005 PMID:36917954	研究论文	研究揭示了肿瘤细胞PD-L1通过与骨髓细胞PD-1相互作用，抑制I型干扰素信号通路，从而影响细胞毒性T淋巴细胞在肺转移中的招募	首次报道了肿瘤细胞PD-L1通过与骨髓细胞PD-1结合，激活SHP2，抑制I型干扰素和STAT1信号通路，减少Cxcl9表达，从而影响细胞毒性T淋巴细胞在肺转移中的招募	研究主要在肿瘤小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨肿瘤细胞PD-L1在肿瘤免疫逃逸中的分子机制	肿瘤细胞PD-L1、骨髓细胞PD-1、细胞毒性T淋巴细胞	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肿瘤小鼠模型和人类癌症患者
87	2024-08-04	Transcriptomic analyses reveal neuronal specificity of Leigh syndrome associated genes 2023-03, Journal of inherited metabolic disease IF:4.2Q2 DOI:10.1002/jimd.12578 PMID:36502462	研究论文	本研究揭示了与Leigh综合征相关基因在神经元中的特异性表达	本研究首次通过转录组分析探讨了Leigh综合征相关基因在大脑不同细胞类型中的特异性和潜在的临床重叠性	当前仅针对已有的基因进行了分析，未探索新的可能的病因	目标是确定与Leigh综合征相关基因在大脑的细胞特异性及其与其他疾病的潜在相似性	与Leigh综合征相关的所有基因及其在大脑中的表达模式	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	基于现有的英国大脑表达联盟数据进行的分析
88	2024-08-04	Nephronectin is required to maintain right lung lobar separation during embryonic development 2023-03-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00505.2021 PMID:36719987	研究论文	本研究探讨了Nephronectin在胚胎发育过程中维持右肺叶分离的作用	首次揭示了Nephronectin通过整合素α8维持右肺叶分离的机制	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于其他生物	研究Nephronectin在肺发育中的潜在角色	使用全身敲除的小鼠胚胎进行研究	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	生物样本	使用的样本为敲除小鼠胚胎和成年的肺组织
89	2024-08-07	Haplotype-aware analysis of somatic copy number variations from single-cell transcriptomes 2023-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01468-y PMID:36163550	研究论文	本文介绍了一种名为Numbat的计算方法，该方法结合了从群体分型中获得的单细胞转录组中的等位基因和表达信号，以增强对拷贝数变异的检测	Numbat利用亚克隆之间的进化关系，迭代推断单细胞拷贝数谱和肿瘤克隆系统发育，无需样本匹配的DNA数据或先验基因分型	NA	开发一种新的计算方法，以提高从单细胞转录组中检测拷贝数变异的准确性	单细胞转录组中的拷贝数变异	数字病理学	多发性骨髓瘤，胃癌，乳腺癌，甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	22个肿瘤样本
90	2024-08-07	Preparation of single-cell suspensions from the human placenta 2023-03, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-022-00772-w PMID:36451054	研究论文	本文描述了一种从人类胎盘中制备高质量单细胞悬液的协议	首次描述了从胎盘制备单细胞悬液的协议	NA	制备高质量单细胞悬液以进行单细胞RNA测序	人类胎盘组织，包括基底层、胎盘绒毛和绒毛膜羊膜	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	NA
91	2024-08-07	Senescent cell population with ZEB1 transcription factor as its main regulator promotes osteoarthritis in cartilage and meniscus 2023-03, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2022-223227 PMID:36564153	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析健康和骨关节炎（OA）膝关节的关节软骨和半月板组织，发现了一个与OA和衰老相关的细胞亚群，该亚群受转录因子ZEB1和成纤维细胞活化蛋白（FAP）调控。	首次在单细胞水平上识别出关节软骨和半月板中与骨关节炎和衰老相关的细胞亚群，并确定ZEB1和FAP为主要调控因子，为OA治疗提供了新的潜在靶点。	研究仅限于单细胞RNA测序和免疫组织化学分析，未涉及临床试验或治疗干预。	旨在通过单细胞水平分析，识别和理解骨关节炎中关节软骨和半月板的关键病理细胞亚群及其调控机制。	人类健康和骨关节炎膝关节的关节软骨和半月板组织。	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	健康膝关节样本各6例和7例，骨关节炎膝关节样本各6例。
92	2024-08-07	Tubular-specific expression of HIV protein Vpr leads to severe tubulointerstitial damage accompanied by progressive fibrosis and cystic development 2023-03, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2022.12.012 PMID:36565808	研究论文	本研究利用一种新型诱导性管状上皮细胞特异性Vpr转基因小鼠模型，展示了Vpr表达导致渐进性管间质损伤、间质炎症和纤维化以及管状囊肿发展的过程	首次详细研究了Vpr在体内的管状损伤和慢性肾脏疾病（CKD）发病机制，并揭示了Vpr介导的转录组响应在特定管状亚群中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨HIV病毒蛋白Vpr在管状细胞中的表达对肾脏疾病进展和纤维化的影响	HIV病毒蛋白Vpr在管状上皮细胞中的表达及其对肾脏疾病的影响	NA	慢性肾脏疾病	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	RNA	小鼠模型
93	2024-08-07	Glioma epileptiform activity and progression are driven by IGSF3-mediated potassium dysregulation 2023-03-01, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.01.013 PMID:36787748	研究论文	本研究探讨了恶性胶质瘤中癫痫样活动和进展的分子机制，发现IGSF3介导的钾失调是关键因素	首次揭示了IGSF3通过与Kir4.1相互作用抑制钾缓冲，导致肿瘤进展和癫痫样活动	NA	探究恶性胶质瘤中癫痫样活动和肿瘤进展的分子机制	恶性胶质瘤患者肿瘤中的基因表达和神经电路功能	数字病理学	脑肿瘤	scRNA-seq, ECoG记录	NA	基因表达数据, 电生理数据	人类和鼠类样本
94	2024-08-07	Tubular Epithelial Cell HMGB1 Promotes AKI-CKD Transition by Sensitizing Cycling Tubular Cells to Oxidative Stress: A Rationale for Targeting HMGB1 during AKI Recovery 2023-03-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000024 PMID:36857499	研究论文	本文研究了高迁移率族蛋白B1（HMGB1）在管状上皮细胞中通过使循环中的管状细胞对氧化应激敏感，从而促进急性肾损伤（AKI）向慢性肾脏病（CKD）的转变，并提出针对HMGB1在AKI恢复期间的治疗策略。	本文首次提出细胞内HMGB1通过降低管状细胞对长时间缺血应激的适应性，从而在AKI-CKD转变中发挥作用，并探讨了针对细胞内和细胞外HMGB1的治疗潜力。	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探讨HMGB1在AKI向CKD转变中的作用，并寻找新的治疗策略。	研究对象包括人及小鼠的急性肾损伤和慢性肾脏病。	NA	肾脏病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	涉及人及小鼠的AKI和CKD样本，具体数量未详细说明。
95	2024-08-07	Lysyl oxidase regulates epithelial differentiation and barrier integrity in eosinophilic esophagitis 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534387 PMID:37034590	研究论文	本文研究了赖氨酰氧化酶（LOX）在嗜酸性食管炎（EoE）中调控上皮细胞分化和屏障完整性的功能	首次揭示了LOX在食管上皮细胞中的非经典信号分子作用，通过激活骨形态发生蛋白（BMP）途径维持上皮稳态	NA	探究LOX在嗜酸性食管炎中对上皮细胞分化和屏障完整性的调控作用	人食管上皮细胞	NA	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序，定量逆转录-聚合酶链反应，蛋白质印迹，组织学	NA	RNA	患者来源的类器官
96	2024-08-04	Species-specific regulation of XIST by the JPX/FTX orthologs 2023-03-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad029 PMID:36727460	研究论文	本研究探讨了JPX和FTX同源基因对XIST的物种特异性调控	揭示了人类和小鼠之间JPX对XIST表达的调控差异，尽管其主要序列没有保守性	本研究主要集中于人类和小鼠的比较，可能无法推广到其他物种	研究X染色体失活过程中XIST的调控机制及其在不同物种中的功能保守性	主要研究FTX和JPX这两个lncRNA基因在不同物种中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	分析了早期人类胚胎发育中单细胞的RNA-seq数据以及小鼠的多能干细胞或分化后细胞
97	2024-08-07	Characterization of Intestinal Mesenchymal Stromal Cells From Patients With Inflammatory Bowel Disease for Autologous Cell Therapy 2023-03-03, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szad003 PMID:36869704	研究论文	研究评估了来自炎症性肠病患者自体肠道间充质基质细胞（MSCs）的适应性和功能性，作为细胞疗法的潜在平台	首次详细分析了自体肠道MSCs的基因表达、细胞亚型组成及表面标记物和分泌组在IFN-γ刺激后的变化	研究未涉及长期临床试验结果，未评估细胞疗法的长期安全性和有效性	评估自体肠道MSCs作为炎症性肠病细胞疗法的潜力	来自克罗恩病、溃疡性结肠炎患者及对照组的黏膜活检衍生的MSCs	NA	炎症性肠病	流式细胞术，RNA测序，Luminex分析	NA	细胞	克罗恩病11例，溃疡性结肠炎12例，对照组14例
98	2024-08-05	Placental Inflammation Leads to Abnormal Embryonic Heart Development 2023-03-21, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.122.061934 PMID:36484244	研究论文	本研究探讨了胎盘炎症如何导致异常的胚胎心脏发育	发现中性粒细胞驱动的胎盘炎症会导致胎盘发育不良和心脏功能障碍	未涉及更大样本量或不同物种的验证	探讨胎盘发育不良与先天性心脏病间的机制关系	使用小鼠模型研究妊娠期间的胎盘和胚胎心脏发育	数字病理学	先天性心脏病	流式细胞术、组织学、RNA测序	NA	组织样本	小鼠胚胎14.5天和出生后5天及28天的样本
99	2024-08-07	A TREM2-activating antibody with a blood-brain barrier transport vehicle enhances microglial metabolism in Alzheimer's disease models 2023-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01240-0 PMID:36635496	研究论文	本文描述了一种高亲和力的人源TREM2激活抗体，该抗体通过单价的转铁蛋白受体（TfR）结合位点工程化，称为抗体运输载体（ATV），以促进血脑屏障的转运，从而增强阿尔茨海默病模型中的小胶质细胞代谢。	开发了一种新型的高亲和力TREM2激活抗体，结合了抗体运输载体（ATV）技术，以改善血脑屏障的穿透性和小胶质细胞的代谢活性。	NA	探索通过激活TREM2受体来改善阿尔茨海默病患者脑内小胶质细胞功能和代谢的治疗策略。	TREM2激活抗体及其在阿尔茨海默病模型中的应用。	生物技术	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用人诱导多能干细胞（iPSC）衍生的小胶质细胞和阿尔茨海默病小鼠模型进行研究。
100	2024-08-04	LINE-1 retrotransposon expression in cancerous, epithelial and neuronal cells revealed by 5' single-cell RNA-Seq 2023-03-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad049 PMID:36744437	研究论文	本研究开发了一种新方法以测量癌细胞、上皮细胞和神经细胞中LINE-1逆转录子表达	提出了5' scL1seq方法，能够在成千上万的单细胞中测量LINE-1的表达，并发现了人类上皮细胞和小鼠海马神经元中的LINE-1表达	缺乏对LINE-1在健康与疾病中作用的全面理解	准确理解LINE-1在不同细胞中的表达及其与衰老相关疾病的联系	癌细胞、上皮细胞和神经细胞	数字病理学	衰老相关疾病	5'单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA数据	成千上万的单细胞