单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-04	Apoptotic cell fragments locally activate tingible body macrophages in the germinal center 2023-03-16, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.02.004 PMID:36868219	研究论文	文章探讨了凋亡细胞碎片如何在生发中心局部激活蜕变体巨噬细胞	研究揭示了蜕变体巨噬细胞的前体来源及其对凋亡细胞的捕获机制	本文没有讨论其他类型巨噬细胞的潜在作用	研究凋亡细胞在免疫反应中的作用及其对巨噬细胞的影响	研究对象为在淋巴结的蜕变体巨噬细胞及其与凋亡细胞的相互作用	数字病理学	自身免疫病	单细胞转录组学	NA	细胞	免疫淋巴结中的单细胞簇
62	2024-08-05	Reprogramming the tumor microenvironment leverages CD8+ T cell responses to a shared tumor/self antigen in ovarian cancer 2023-Mar-16, Molecular therapy oncolytics IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.omto.2023.02.002 PMID:36875325	研究论文	本文研究了CXCR4拮抗剂武装的溶瘤病毒疗法对卵巢癌微环境和抗肿瘤免疫的影响	提出CXCR4-A武装的溶瘤病毒疗法在耐受性的肿瘤微环境中增强CD8 T细胞反应的机制	研究主要集中在转基因小鼠模型上，临床应用效果尚未证实	探索增强卵巢癌免疫治疗效果的新策略	使用SV40 T抗原卵巢癌的小鼠模型	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	图像，基因组数据	使用了抗原天真的野生型小鼠和转基因小鼠
63	2024-08-05	Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease 2023-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.01.530562 PMID:36993439	研究论文	本研究探讨了Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化机制	揭示了Esm-1在糖尿病肾病发病机制中的作用及其在肾脏内皮细胞中的表达模式	未详细研究Esm-1在所有成熟组织中的表达及其潜在的生物学效应	研究Esm-1在糖尿病肾病中的表达和功能	研究对象包括成年人和小鼠的肾脏内皮细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	27,786个肾脏内皮细胞，及20名健康受试者和41名糖尿病肾病患者
64	2024-08-04	Proteomic Profiling of Fallopian Tube-Derived Extracellular Vesicles Using a Microfluidic Tissue-on-Chip System 2023-Mar-27, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering10040423 PMID:37106610	研究论文	本研究建立了一种微流控平台来培养人类输卵管上皮以收集细胞外囊泡，并首次报告了295种常见的输卵管衍生小细胞外囊泡蛋白	首次描述了由人类输卵管衍生的小细胞外囊泡蛋白质组成及其与腺癌转录组的关联	目前对hFTE衍生的小细胞外囊泡的内容和功能理解有限	旨在揭示输卵管来源的小细胞外囊泡的基线蛋白质谱以及其在卵巢癌发生中的潜在作用	研究对象是人类输卵管上皮和其衍生的小细胞外囊泡	数字病理学	卵巢癌	质谱分析	微流控组织芯片	蛋白质	295种小细胞外囊泡蛋白
65	2024-08-05	Loss of MC1R signaling implicates TBX3 in pheomelanogenesis and melanoma predisposition 2023-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.10.532018 PMID:37090624	研究论文	本研究揭示了MC1R信号传导缺失如何通过TBX3影响红色头发颜色（RHC）性状和黑色素瘤的易感性	首次发现TBX3在红色头发颜色性状中的作用，并揭示其与黑色素瘤易感性之间的关系	研究主要基于小鼠模型，结果是否完全适用于人类尚需进一步验证	探究MC1R信号传导缺失如何通过改变黑色素生成影响黑色素瘤的易感性	研究对象为来自RHC小鼠模型的黑素细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因数据	通过RHC小鼠模型提取的黑素细胞
66	2024-08-05	Immature natural killer cells promote progression of triple-negative breast cancer 2023-03-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abl4414 PMID:36888695	研究论文	这篇文章研究了不成熟的自然杀伤细胞在三阴性乳腺癌进展中的作用	识别了一种仅存在于三阴性乳腺癌样本中的不成熟NK细胞亚群，且其促进肿瘤进展的机制新颖	研究主要在小鼠模型中进行，临床转化需要进一步的验证	探讨自然杀伤细胞在三阴性乳腺癌中的潜在作用及机制	以多种三阴性乳腺癌和基底肿瘤样本为研究对象	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	样本	多个三阴性乳腺癌和基底肿瘤样本
67	2024-08-05	Renal enhanced CT images reveal the tandem mechanism between tumor cells and immunocytes based on bulk/single-cell RNA sequencing 2023-Mar-18, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01011-5 PMID:36933049	研究论文	这篇文章探讨了代谢重编程在透明细胞肾癌中的作用，尤其是谷氨酰胺代谢对肿瘤微环境的影响	文章首次揭示了谷氨酰胺代谢在透明细胞肾癌的免疫微环境形成中的关键作用，并构建了有效的影像基因组模型	样本主要来源于公开数据库，可能存在选择偏差，且未能全面覆盖不同的肾癌亚型	研究透明细胞肾癌中谷氨酰胺代谢的作用及其对肿瘤微环境和免疫细胞浸润的影响	涉及539个透明细胞肾癌样本和59个正常样本的数据分析	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	LASSO-Cox回归模型	转录组数据	539个透明细胞肾癌样本和59个正常样本
68	2024-08-04	Identifying strengths and weaknesses of methods for computational network inference from single-cell RNA-seq data 2023-03-09, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkad004 PMID:36626328	研究论文	本文对十一种近期的网络推断方法在七个已发布的单细胞RNA测序数据集上的性能进行评估	扩展的基准研究评估了不同类型的黄金标准网络和评估指标	推断网络准确性的改进方法和更好的黄金标准仍然需要	研究不同方法在单细胞RNA测序数据上推断转录基因调控网络的有效性	评估十一种方法在不同物种（人类、小鼠和酵母）上处理的scRNA-seq数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	SCENIC, PIDC, MERLIN, Correlation	转录组数据	七个已发布的数据集
69	2024-08-05	Aberrant cell state plasticity mediated by developmental reprogramming precedes colorectal cancer initiation 2023-03-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adf0927 PMID:36989360	研究论文	该文章探讨了细胞状态可塑性的改变如何在结直肠癌发生之前发挥作用	提出了通过再生活性和发育重编程介导的异常细胞状态可塑性在癌症发生前的作用	研究主要基于小鼠模型，临床应用需进一步验证	研究细胞状态可塑性在结直肠癌发生中的角色	基因工程和致癌物诱导的小鼠模型和患者样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因组数据	来自小鼠模型的前癌变病变和一个患者的样本
70	2024-08-05	Dysregulated miRNAs modulate tumor microenvironment associated signaling networks in pancreatic ductal adenocarcinoma 2023-Mar, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbad004 PMID:37007745	研究论文	该文章探讨了微调miRNAs在胰腺导管腺癌(Tumor Microenvironment, TME)中的作用	本文创新性地重点分析了miRNAs如何影响胰腺导管腺癌微环境的信号网络，并提出了它们作为潜在的诊断和预后生物标志物的应用	研究主要集中于PDAC的miRNA表达，限制了对其他癌症类型的比较和理解	旨在深入理解miRNAs对胰腺导管腺癌微环境重塑的影响	主要研究来自胰腺导管腺癌患者的plasma和肿瘤组织中的miRNAs及其调控的信号通路	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, miRNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq)	NA	RNA数据	在研究中涉及了PDAC患者的plasma和肿瘤组织样本
71	2024-08-05	Integrated transcriptomics contrasts fatty acid metabolism with hypoxia response in β-cell subpopulations associated with glycemic control 2023-Mar-28, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-023-09232-5 PMID:36978008	研究论文	本研究整合了胰岛单细胞和整体RNA测序数据，以识别与糖尿病相关的β细胞亚群。	通过整合单细胞和整体胰岛转录组，该研究探索了β细胞异质性，识别出新的亚群和与肥胖相关的遗传通路。	本研究的限制在于主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的β细胞功能。	研究不同β细胞功能对糖尿病的影响，为疗法开发提供信息。	本研究主要针对胰腺β细胞亚群在肥胖小鼠中的基因表达特征。	数字病理学	糖尿病	RNA测序	NA	基因表达数据	使用了SM/J小鼠的单细胞和整体RNA测序数据
72	2024-08-05	Prognostic subtypes of thyroid cancer was constructed based on single cell and bulk-RNA sequencing data and verified its authenticity 2023-Mar-18, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01027-x PMID:36933059	研究论文	通过单细胞和大规模RNA测序数据构建了甲状腺癌的预后亚型并验证其真实性	创新性地结合了单细胞RNA测序和全局RNA测序数据，构建了有效的预后模型并揭示了甲状腺癌的细胞微环境及肿瘤异质性	研究主要基于样本数据，对于临床广泛应用的验证仍需进一步研究	研究甲状腺癌的预后因素及其细胞微环境	23个甲状腺癌肿瘤样本的细胞类型及其微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(Sc-RNAseq)	NA	RNA数据	23个甲状腺癌肿瘤样本
73	2024-08-05	Sortilin enhances fibrosis and calcification in aortic valve disease by inducing interstitial cell heterogeneity 2023-03-07, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehac818 PMID:36660854	研究论文	本研究探讨了sortilin在钙化性主动脉瓣病（CAVD）病理生理中的作用及其对瓣膜间质细胞（VICs）转变的影响	首次识别sortilin作为钙化性主动脉瓣病中关键因素，并发现了一种新型的炎症肌成纤维细胞-成骨细胞混合表型（IMO-VIC）	研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全反映人类的疾病机制	阐明sortilin在主动脉瓣钙化中的作用及其潜在的治疗靶点	研究对象为主动脉瓣间质细胞（VICs）及其在钙化性主动脉瓣病中的转变	数字病理学	主动脉瓣疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	生物样本（VICs）	使用sortilin缺陷的小鼠模型和人类初级VIC样本，样本数量未具体说明
74	2024-08-04	Single-cell transcriptomics uncovers a non-autonomous Tbx1-dependent genetic program controlling cardiac neural crest cell development 2023-03-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37015-9 PMID:36941249	研究论文	这篇文章揭示了一个非自主的Tbx1依赖的基因程序，该程序控制心脏神经嵴细胞的发展	首次使用单细胞RNA测序揭示了心脏神经嵴细胞的动态转变及其在Tbx1缺失下的非自主变化	未提及研究的限制	探讨心脏神经嵴细胞在发育过程中的命运动态	对照小鼠胚胎和Tbx1失活小鼠的神经嵴细胞进行单细胞RNA测序	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	来自对照小鼠和Tbx1失活小鼠的神经嵴细胞
75	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing identifies hippocampal microglial dysregulation in diet-induced obesity 2023-Mar-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106164 PMID:36915697	研究论文	本文利用单细胞RNA测序研究饮食诱导肥胖下海马微胶质细胞的失调	利用小鼠高脂饮食模型揭示饮食诱导肥胖对海马微胶质细胞活化的深刻影响	关于肥胖期间微胶质细胞活化的确切机制尚未完全理解	探讨肥胖对海马微胶质细胞的影响及其与认知障碍之间的关系	肥胖小鼠模型中的海马微胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	研究了饮食诱导肥胖下的海马微胶质细胞，在高脂饮食下观察了不同时间点的变化
76	2024-08-05	Extracellular vesicle distribution and localization in skeletal muscle at rest and following disuse atrophy 2023-03-10, Skeletal muscle IF:5.3Q2 DOI:10.1186/s13395-023-00315-1 PMID:36895061	研究论文	本研究调查了静息及失用萎缩后骨骼肌中的细胞外囊泡分布和定位	本文首次揭示了α-鞘糖蛋白和miR-1在血清细胞外囊泡中不可检测，并且细胞外囊泡生物发生因子在多种骨骼肌细胞类型中表达	在大鼠的尾部悬置实验中，未发现血清细胞外囊泡浓度的变化	调查骨骼肌中细胞外囊泡的生物发生因子、标记物表达及其在细胞类型中的定位	研究对象为大鼠和人类模型中的骨骼肌细胞外囊泡	数字病理	NA	qPCR、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、荧光相关光谱测量、免疫组化	NA	血清样本	在大鼠和人类模型中均涉及样本
77	2024-08-04	Conserved Transcriptome Features Define Prepubertal Primate Spermatogonial Stem Cells as Adark Spermatogonia and Identify Unique Regulators 2023-Mar-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24054755 PMID:36902187	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析未成熟的猕猴和狒狒睾丸细胞，探讨了人类前青春期生精干细胞的分子特征及调控因子	确定了前青春期人类生精干细胞的分子特征，并发现了新的调控通路，这可能有助于其体外选择和传播	尚未确定专门的生物标志物来明确识别前青春期生精干细胞	明确前青春期生精干细胞的分子身份	猕猴、狒狒与人类的生精干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未成熟的猕猴和狒狒睾丸细胞
78	2024-08-05	Accurate estimation of rare cell type fractions from tissue omics data via hierarchical deconvolution 2023-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.15.532820 PMID:36993280	研究论文	提出了一种新的Hierarchical Deconvolution方法以准确估计组织样本中稀有细胞类型的比例	该方法采用单细胞RNA测序参考和层次细胞类型树，能够在相关细胞类型之间传递信息并改进稀有细胞的比例估计	现有方法对于细胞类型不明显的组织样本估计困难	提高组织样本中细胞类型比例的估计精度	组织样本中的细胞类型及其相关细胞比例	数字病理	NA	单细胞RNA测序	层次细胞类型树	转录组数据	通过模拟和真实数据应用进行了验证
79	2024-08-04	YAP1 and WWTR1 expression inversely correlates with neuroendocrine markers in Merkel cell carcinoma 2023-03-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI157171 PMID:36719743	研究论文	本文探讨了Merkel细胞癌（MCC）中YAP1和WWTR1的表达与神经内分泌标志物之间的反向关系	研究揭示了MCC中NE基因表达的异质性，并发现YAP1/WWTR1沉默对MCPyV阳性MCC的发展至关重要	目前的临床诊断标志物无法区分MCPyV阳性和阴性亚型，且MCC肿瘤的表达谱尚未探索	研究MCC的转录环境及其与YAP1和WWTR1的关系	针对来自患者的肿瘤活检和细胞系进行的RNA-Seq分析	数字病理学	皮肤癌	RNA-Seq	NA	转录组数据	多个肿瘤活检样本和细胞系
80	2024-08-07	Multiplexed evaluation of mouse wound tissue using oligonucleotide barcoding with single-cell RNA sequencing 2023-03-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101946 PMID:36525348	研究论文	本文介绍了一种使用寡核苷酸条形码标记和混合多个愈合伤口样本的单细胞RNA测序协议	提出了使用寡核苷酸条形码技术降低单细胞RNA测序成本的方法	目前仅适用于小鼠，但可扩展到其他物种如大鼠、猪和人类	开发一种成本效益高的方法来研究复杂组织的单细胞RNA测序	愈合伤口组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个样本