单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-09-15	Mitochondrial metabolism of the facultative parasite Chilodonella uncinata (Alveolata, Ciliophora) 2023-Mar-07, Parasites & vectors IF:3.0Q1 DOI:10.1186/s13071-023-05695-3 PMID:36882771	研究论文	研究了Chilodonella uncinata的线粒体形态和代谢特征	首次研究了Chilodonella uncinata的线粒体代谢	仅基于单细胞转录组数据进行分析，缺乏实验验证	描述Chilodonella uncinata线粒体的形态特征和代谢特性	Chilodonella uncinata的线粒体	NA	NA	荧光染色、透射电子显微镜、单细胞转录组分析	NA	转录组数据	单个Chilodonella uncinata细胞
42	2024-09-15	DiSiR: fast and robust method to identify ligand-receptor interactions at subunit level from single-cell RNA-sequencing data 2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad030 PMID:36968431	研究论文	本文介绍了一种名为DiSiR的快速且稳健的方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别亚基水平的配体-受体相互作用	DiSiR不仅能够分析现有的配体-受体相互作用数据库，还能识别未在数据库中列出的相互作用，并且相比其他基于排列的方法（如CellPhoneDB和ICELLNET）表现更优	NA	开发一种新的方法来分析单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用，特别是多亚基配体激活受体的信号通路	单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	排列方法	RNA测序数据	模拟数据和真实数据（包括COVID肺部和类风湿性关节炎滑膜的单细胞RNA测序数据）
43	2024-09-14	Prenatal low-dose methylmercury exposure causes premature neuronal differentiation and autism-like behaviors in a rodent model 2023-Mar-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106093 PMID:36843845	研究论文	研究探讨了孕期低剂量甲基汞暴露对小鼠神经发育和自闭症样行为的影响	首次揭示了孕期甲基汞暴露导致皮质放射状胶质前体细胞（RGPs）直接分化为皮质神经元，跳过中间祖细胞阶段，并发现二甲双胍可通过CREB/CBP相互作用逆转这一过程	研究仅在动物模型中进行，结果需在人类中进一步验证	探讨孕期甲基汞暴露对自闭症谱系障碍（ASD）发病的影响及其潜在机制	孕期暴露于甲基汞的小鼠及其神经发育和行为	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	成年小鼠和胚胎小鼠皮质样本
44	2024-09-14	Single-cell and bulk RNA sequencing identifies T cell marker genes score to predict the prognosis of pancreatic ductal adenocarcinoma 2023-03-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-30972-7 PMID:36878969	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索了T细胞标记基因评分（TMGS）在预测胰腺导管腺癌（PDAC）患者总生存期和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应中的预测能力	本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种新的生物标志物TMGS，用于预测PDAC患者的预后和治疗反应	本研究仅基于特定数据集进行分析，TMGS的泛化能力和在其他癌症类型中的适用性需要进一步验证	探索T细胞标记基因评分（TMGS）在预测胰腺导管腺癌（PDAC）患者预后和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应中的预测能力	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的预后和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	LASSO-Cox回归	RNA测序数据	多组学数据
45	2024-09-14	Return of the Tbx5; lineage-tracing reveals ventricular cardiomyocyte-like precursors in the injured adult mammalian heart 2023-Mar-03, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-023-00280-9 PMID:36869039	研究论文	本文通过发育方法和单细胞RNA测序技术，在成年哺乳动物心脏损伤模型中鉴定出一种表达Tbx5的心室心肌细胞样前体细胞群	首次在成年哺乳动物心脏损伤模型中鉴定出Tbx5表达的心室心肌细胞样前体细胞群，并发现其转录谱更接近于新生儿而非胚胎心肌细胞前体	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类心脏中验证	寻找能够进行心脏再生的细胞群，以解决心脏移植的局限性	成年哺乳动物心脏损伤后的心肌细胞再生能力	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
46	2024-09-14	Further refining the boundaries of the hippocampus CA2 with gene expression and connectivity: Potential subregions and heterogeneous cell types 2023-03, Hippocampus IF:2.4Q3 DOI:10.1002/hipo.23508 PMID:36786207	评论	本文回顾了海马体CA2区域的基因表达和连接性，并探讨了潜在的亚区域和异质细胞类型	利用DropViz单细胞转录组学和Mouse Connectome Project连接组学数据，提出了CA2区域细胞类型异质性和连接性的潜在差异	NA	探讨海马体CA2区域的基因表达和连接性，识别和表征潜在的亚区域	海马体CA2区域的基因表达和连接性	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
47	2024-09-14	Spatially informed clustering, integration, and deconvolution of spatial transcriptomics with GraphST 2023-03-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36796-3 PMID:36859400	研究论文	本文介绍了一种名为GraphST的图自监督对比学习方法，用于空间转录组学的空间聚类、多样本整合和细胞类型反卷积	GraphST结合了图神经网络和自监督对比学习，通过最小化空间相邻点的嵌入距离来学习信息丰富且具有区分性的点表示，从而优于现有方法	NA	开发一种新的分析工具，用于空间转录组学的空间聚类、多样本整合和细胞类型反卷积	空间转录组学数据中的基因表达谱	生物信息学	NA	图神经网络，自监督对比学习	图神经网络	基因表达数据	多个组织类型和技术平台的数据
48	2024-09-14	SGLT2 inhibitors mitigate kidney tubular metabolic and mTORC1 perturbations in youth-onset type 2 diabetes 2023-03-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI164486 PMID:36637914	研究论文	研究探讨了SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中对肾脏代谢和mTORC1信号通路的调节作用	首次通过单细胞RNA测序和形态学数据分析了SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中的分子机制	研究样本量较小，且仅限于青年2型糖尿病患者	探讨SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中对肾脏代谢和mTORC1信号通路的调节作用	青年2型糖尿病患者的肾脏组织	NA	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	16名青年2型糖尿病患者和健康对照组
49	2024-09-14	De-novo reconstruction and identification of transcriptional gene regulatory network modules differentiating single-cell clusters 2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad018 PMID:36879901	研究论文	本文介绍了一种名为DiNiro的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建和识别区分单细胞簇的转录基因调控网络模块	DiNiro方法能够揭示新的、相关的和深入的机制模型，不仅预测而且解释差异性细胞基因表达程序	NA	开发一种新的计算方法，从单细胞RNA测序数据中直接学习差异性调控疾病机制	单细胞RNA测序数据中的转录基因调控网络模块	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
50	2024-09-06	Transcriptomic profiling of cardiac tissues from SARS-CoV-2 patients identifies DNA damage 2023-03, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13577 PMID:36107637	研究论文	研究分析了SARS-CoV-2患者心脏组织的转录组图谱，发现DNA损伤相关基因的上调	首次揭示了SARS-CoV-2感染患者心脏组织中DNA损伤和修复相关基因的上调，并通过γ-H2Ax免疫组化进一步验证	样本量较小，且仅包括SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者，可能影响结果的普适性	探讨SARS-CoV-2感染对心脏组织的分子影响	SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者的心脏组织	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	7例SARS-CoV-2患者、2例pH1N1患者和6例对照组患者的心脏组织
51	2024-08-04	A Universal Method for Crossing Molecular and Atlas Modalities using Simplex-Based Image Varifolds and Quadratic Programming 2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.28.534622 PMID:37034802	研究论文	本文阐明了一种在分子尺度转录组学和组织尺度图谱之间建立对应关系的解决方案	提出了一种通用算法，通过交替优化LDDMM和二次规划方法，解决坐标和潜在转录特征分数的最小化几何形状的变换	NA	研究目的在于结合分子和细胞数据，创建一个统一的坐标系统	主要涉及分子尺度转录组学数据和组织尺度图谱数据	数字病理学	NA	LDDMM优化与二次规划	NA	转录组学数据	NA
52	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal cancer-associated fibroblasts in glioblastoma with protumoral effects 2023-03-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI147087 PMID:36856115	研究论文	该研究揭示了在胶质母细胞瘤中与癌症相关的成纤维细胞的肿瘤促进作用	首次在胶质母细胞瘤中识别与癌症相关的成纤维细胞及其与肿瘤干细胞的相互作用	研究未提及样本的时间跨度或CAF与其他细胞类型交互详细信息	旨在探讨胶质母细胞瘤中的CAFs及其与肿瘤干细胞的相互作用	研究对象为12名患者的胶质母细胞瘤样本中的CAFs	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	细胞样本	12名患者的胶质母细胞瘤
53	2024-08-05	The shaky foundations of simulating single-cell RNA sequencing data 2023-03-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02904-1 PMID:36991470	研究论文	本文评估了合成单细胞RNA测序数据生成方法的能力	提出了对不同模拟器在检验数据相似性以及对现有工具影响的全面评估	大多数模拟器无法处理复杂设计，且引入了人工效应	探讨合成单细胞RNA测序数据生成方法的有效性	合成单细胞RNA测序数据生成方法及其与实验数据的比较	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序	NA	合成数据	NA
54	2024-08-05	Improving head and neck cancer therapies by immunomodulation of the tumour microenvironment 2023-03, Nature reviews. Cancer DOI:10.1038/s41568-022-00531-9 PMID:36456755	研究论文	本文探讨了通过免疫调节肿瘤微环境改善头颈部癌症治疗的策略	文章创新性在于全面分析了头颈部鳞状细胞癌的肿瘤微环境，包括免疫与非免疫细胞的相互作用	研究中可能存在样本选择的影响，以及对于小规模的不同TME特征的个体化分析不足	研究目的是提高头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤特异性T细胞反应	研究对象为头颈部鳞状细胞癌患者及其TME	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序，高维流式细胞术，空间多光谱成像	NA	数据集	利用了癌症基因组图谱等丰富的数据资源进行分析
55	2024-08-04	Skin γδ T cell inflammatory responses are hardwired in the thymus by oxysterol sensing via GPR183 and calibrated by dietary cholesterol 2023-03-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2023.01.025 PMID:36842431	研究论文	本研究探讨了胆固醇代谢物氧化甾醇如何影响γδ T细胞的组织常驻性和功能。	首次揭示了GPR183在皮肤γδ T细胞发育和炎症反应中的重要作用，以及饮食对其调控的影响。	研究中未提及样本的多样性以及长期胆固醇摄入对结果的潜在影响。	探讨胆固醇代谢物在γδ T细胞中的作用及其对皮肤免疫和炎症的影响。	对γδ T细胞在皮肤中的发育和功能进行研究，尤其是Tγδ17细胞。	免疫学	银屑病	单细胞转录组测序	小鼠模型	细胞实验数据	暂未提供样本数量
56	2024-08-04	APOL1 kidney risk variants in glomerular diseases modeled in transgenic mice 2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534273 PMID:37090576	研究论文	本文研究了携带APOL1肾脏风险变异的小鼠模型中肾小管病的特征	研究提出了两种小鼠模型，以展示APOL1-G1等位基因在肾小管疾病中的作用，并发现了潜在的新的肾小管损伤标记	缺乏在人类模型中的直接验证和对比	探讨APOL1基因变异对不同小鼠模型中肾脏疾病的影响	研究对象是HIV相关肾病（HIVAN）小鼠模型和接收到干扰素-γ的APOL1转基因小鼠	数字病理	肾脏疾病	RNA测序	转基因小鼠	RNA序列	不同类型的转基因小鼠样本（具体数量未提及）
57	2024-08-04	Apoptotic cell fragments locally activate tingible body macrophages in the germinal center 2023-03-16, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.02.004 PMID:36868219	研究论文	文章探讨了凋亡细胞碎片如何在生发中心局部激活蜕变体巨噬细胞	研究揭示了蜕变体巨噬细胞的前体来源及其对凋亡细胞的捕获机制	本文没有讨论其他类型巨噬细胞的潜在作用	研究凋亡细胞在免疫反应中的作用及其对巨噬细胞的影响	研究对象为在淋巴结的蜕变体巨噬细胞及其与凋亡细胞的相互作用	数字病理学	自身免疫病	单细胞转录组学	NA	细胞	免疫淋巴结中的单细胞簇
58	2024-08-05	Reprogramming the tumor microenvironment leverages CD8+ T cell responses to a shared tumor/self antigen in ovarian cancer 2023-Mar-16, Molecular therapy oncolytics IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.omto.2023.02.002 PMID:36875325	研究论文	本文研究了CXCR4拮抗剂武装的溶瘤病毒疗法对卵巢癌微环境和抗肿瘤免疫的影响	提出CXCR4-A武装的溶瘤病毒疗法在耐受性的肿瘤微环境中增强CD8 T细胞反应的机制	研究主要集中在转基因小鼠模型上，临床应用效果尚未证实	探索增强卵巢癌免疫治疗效果的新策略	使用SV40 T抗原卵巢癌的小鼠模型	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	图像，基因组数据	使用了抗原天真的野生型小鼠和转基因小鼠
59	2024-08-05	Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease 2023-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.01.530562 PMID:36993439	研究论文	本研究探讨了Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化机制	揭示了Esm-1在糖尿病肾病发病机制中的作用及其在肾脏内皮细胞中的表达模式	未详细研究Esm-1在所有成熟组织中的表达及其潜在的生物学效应	研究Esm-1在糖尿病肾病中的表达和功能	研究对象包括成年人和小鼠的肾脏内皮细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	27,786个肾脏内皮细胞，及20名健康受试者和41名糖尿病肾病患者
60	2024-08-04	Proteomic Profiling of Fallopian Tube-Derived Extracellular Vesicles Using a Microfluidic Tissue-on-Chip System 2023-Mar-27, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering10040423 PMID:37106610	研究论文	本研究建立了一种微流控平台来培养人类输卵管上皮以收集细胞外囊泡，并首次报告了295种常见的输卵管衍生小细胞外囊泡蛋白	首次描述了由人类输卵管衍生的小细胞外囊泡蛋白质组成及其与腺癌转录组的关联	目前对hFTE衍生的小细胞外囊泡的内容和功能理解有限	旨在揭示输卵管来源的小细胞外囊泡的基线蛋白质谱以及其在卵巢癌发生中的潜在作用	研究对象是人类输卵管上皮和其衍生的小细胞外囊泡	数字病理学	卵巢癌	质谱分析	微流控组织芯片	蛋白质	295种小细胞外囊泡蛋白