单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
41 2025-10-06
Myocardial Milieu Favors Local Differentiation of Regulatory T Cells
2023-03-03, Circulation research IF:16.5Q1
研究论文 本研究揭示了心肌微环境如何促进抗原特异性调节性T细胞的局部分化及其在心肌梗死后修复中的作用 首次证明心脏及其引流淋巴结通过促进具有抑制功能的抗原特异性调节性T细胞分化来主动塑造局部免疫反应 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 研究心肌微环境如何影响抗原特异性T辅助细胞的分化 小鼠心肌梗死模型中的抗原特异性CD4+ T细胞 免疫学 心血管疾病 单细胞转录组测序,流式细胞术,T细胞受体测序 转基因T细胞受体模型 基因表达数据,蛋白质表达数据 小鼠心肌组织样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
42 2025-10-06
Pioneer factor ASCL1 cooperates with the mSWI/SNF complex at distal regulatory elements to regulate human neural differentiation
2023-03-01, Genes & development IF:7.5Q1
研究论文 本研究揭示了先驱转录因子ASCL1在人类神经分化过程中通过与mSWI/SNF复合物在远端调控元件合作调控染色质重塑的新机制 发现ASCL1不仅作为经典先驱因子发挥作用,还能作为非先驱重塑因子与BAF SWI/SNF染色质重塑复合物相互作用,揭示其染色质重塑功能依赖于伴侣ATPase活性的新机制 研究主要关注ASCL1在神经分化中的功能,可能不适用于其他发育过程或细胞类型 探索先驱转录因子ASCL1在人类神经分化过程中调控染色质重塑的分子机制 人类神经分化过程中的先驱转录因子ASCL1及其与mSWI/SNF复合物的相互作用 发育生物学 NA 单细胞转录组测序 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
43 2025-10-06
Placental Inflammation Leads to Abnormal Embryonic Heart Development
2023-03-21, Circulation IF:35.5Q1
研究论文 本研究通过建立胎盘炎症模型,揭示了中性粒细胞驱动的胎盘炎症如何通过改变胎盘屏障功能导致胚胎心脏发育异常 首次阐明了胎盘炎症通过母源炎症单核细胞迁移至胚胎心脏,改变心脏巨噬细胞组成和心脏结构的机制 研究仅使用小鼠模型,人类临床相关性尚需验证 探究胎盘发育异常导致先天性心脏病的机制 妊娠期小鼠及其胚胎 发育生物学 先天性心脏病 流式细胞术, 组织学分析, 批量RNA测序, 单细胞测序, 超声心动图 NA 基因表达数据, 细胞组成数据, 组织图像, 心脏功能数据 妊娠期小鼠模型,在胚胎期4.5、7.5和14.5天以及出生后5和28天进行分析 NA 单细胞测序, 批量RNA测序 NA NA
44 2025-10-06
MARVEL: an integrated alternative splicing analysis platform for single-cell RNA sequencing data
2023-03-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 开发了一个用于单细胞RNA测序数据的综合可变剪接分析平台MARVEL 首个适用于平板和液滴法的综合单细胞剪接分析R包,能系统整合剪接和基因表达分析 NA 解决单细胞分辨率下剪接动态分析计算工具缺乏的问题 多种细胞类型(包括疾病状态)的单细胞RNA测序数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 多个公开数据集 NA 单细胞RNA-seq NA 适用于平板和液滴法的单细胞RNA测序数据
45 2025-10-06
Cancer-Associated Fibroblasts in Inflammation and Antitumor Immunity
2023-03-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1
综述 本文系统阐述了癌症相关成纤维细胞在肿瘤相关炎症和抗肿瘤免疫中的双重作用 通过单细胞测序技术揭示了CAF的异质性和可塑性,并系统总结了其在肿瘤促进性炎症和免疫抑制中的新机制 作为综述文章,不涉及原始实验数据,主要基于已有研究进行总结和分析 探讨癌症相关成纤维细胞在肿瘤微环境炎症反应和免疫调节中的作用机制 癌症相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的功能 肿瘤免疫学 癌症 单细胞测序 NA 文献资料 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
46 2025-10-06
Transcriptomic analyses reveal neuronal specificity of Leigh syndrome associated genes
2023-03, Journal of inherited metabolic disease IF:4.2Q2
研究论文 本研究通过转录组分析揭示了Leigh综合征相关基因在大脑中的神经元特异性表达模式 首次系统性地分析了所有Leigh综合征相关基因在大脑不同细胞类型中的表达特异性,并发现了与帕金森病和癫痫的遗传共通性 研究依赖于现有的公共数据库数据,缺乏实验验证 确定Leigh综合征相关基因在大脑中的细胞特异性,并探索与其他神经疾病的遗传共通性 Leigh综合征相关基因和大脑不同细胞类型 生物信息学 Leigh综合征 共表达网络分析, 表达加权细胞类型富集分析, 单细胞RNA测序 CoExp网络分析, EWCE分析 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 基于英国大脑表达联盟数据的分析 NA 单细胞RNA-seq, 转录组分析 NA NA
47 2025-10-06
Preparation of single-cell suspensions from the human placenta
2023-03, Nature protocols IF:13.1Q1
研究论文 开发了一种从人类胎盘组织制备高质量单细胞悬液的实验方案 首次描述了从胎盘组织制备单细胞悬液的标准化流程,填补了该领域的方法空白 需要具备胎盘结构基础知识的合格研究人员操作,未在多种实验条件下验证 建立适用于单细胞RNA测序的胎盘组织单细胞悬液制备方法 人类胎盘组织(基板、胎盘绒毛和绒毛膜羊膜) 单细胞测序技术 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞悬液 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 基于液滴的单细胞RNA测序技术
48 2025-10-06
Identifying Fibrogenic Cells Following Salivary Gland Obstructive Injury
2023-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术探索唾液腺梗阻性损伤后参与纤维化反应的基质细胞类型及其信号通路 首次结合单细胞RNA测序和Gli1谱系追踪技术系统分析唾液腺纤维化过程中的细胞动态变化 研究仅使用小鼠模型,Gli1信号通路在纤维化中的作用相对有限 鉴定唾液腺梗阻性损伤后参与纤维化反应的基质细胞类型和信号通路 雌性小鼠颌下唾液腺 单细胞生物学 唾液腺纤维化 单细胞RNA测序, 谱系追踪, 导管结扎手术 小鼠疾病模型 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 胚胎期16天和成年小鼠唾液腺组织 NA 单细胞RNA测序 NA NA
49 2025-10-06
exFINDER: identify external communication signals using single-cell transcriptomics data
2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了一种名为exFINDER的计算方法,用于从单细胞转录组数据中识别细胞接收的外部通讯信号 首次提出能够识别单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号的方法,而现有方法仅能推断数据中已测量细胞发送的信号 NA 开发计算工具以识别细胞接收的外部通讯信号 单细胞转录组测序数据中的细胞通讯信号 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 exFINDER算法 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
50 2025-10-07
Epigenetic and transcriptomic characterization reveals progression markers and essential pathways in clear cell renal cell carcinoma
2023-03-27, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 通过多组学方法揭示透明细胞肾细胞癌的肿瘤特异性标志物、表观遗传调控和空间异质性 首次整合单核RNA测序、单核ATAC测序和空间转录组学数据,鉴定出20个肿瘤特异性标志物并发现铜蓝蛋白在肿瘤-间质相互作用中的新功能 样本量相对有限(34例snRNA-seq,28例snATAC-seq),需要在更大队列中验证发现 阐明透明细胞肾细胞癌的进展标志物和关键通路 人类透明细胞肾细胞癌标本 数字病理学 肾细胞癌 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 多组学整合分析 基因组, 转录组, 表观基因组, 蛋白质组, 空间转录组 34例snRNA-seq样本,28例snATAC-seq样本 NA 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 NA NA
51 2025-03-20
LAL deficiency induced myeloid-derived suppressor cells as targets and biomarkers for lung cancer
2023-03, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本文探讨了溶酶体酸性脂肪酶(LAL)缺乏诱导的髓系来源抑制细胞(MDSCs)在肺癌中的潜在作用及其作为抗癌免疫治疗靶点和生物标志物的可能性 揭示了LAL缺乏如何通过改变代谢途径诱导MDSCs的产生,并展示了这些细胞在肿瘤免疫抑制和促进肿瘤生长中的作用 研究主要基于小鼠模型和人类血液样本,缺乏直接的人体组织验证 探索LAL缺乏诱导的MDSCs在肺癌中的机制及其作为治疗靶点的潜力 小鼠骨髓来源的Ly6G+髓系细胞和非小细胞肺癌(NSCLC)患者的血液样本 肿瘤免疫学 肺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq),流式细胞术 NA 基因表达数据,细胞表型数据 小鼠骨髓细胞和NSCLC患者的血液样本 NA NA NA NA
52 2024-08-08
Single-cell RNA sequencing reveals gonadal dynamic changes during sex differentiation in hermaphroditic protogynous orange-spotted grouper ( Epinephelus coioides)
2023-03-18, Zoological research IF:4.0Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
53 2025-10-07
Neoadjuvant chemotherapy plus nivolumab with or without ipilimumab in operable non-small cell lung cancer: the phase 2 platform NEOSTAR trial
2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1
研究论文 评估纳武利尤单抗联合化疗与联合伊匹木单抗在可手术非小细胞肺癌新辅助治疗中的疗效和生物标志物 首次在NEOSTAR平台试验中比较纳武利尤单抗+化疗与联合伊匹木单抗三药方案的病理缓解率,并通过单细胞测序和多平台免疫分析探索生物标志物 样本量较小(每组22例患者),II期试验需要更大规模验证 评估新辅助免疫治疗联合化疗在可手术非小细胞肺癌中的疗效和安全性 可手术的非小细胞肺癌患者 临床肿瘤学 肺癌 单细胞测序,多平台免疫分析,微生物组分析 NA 临床数据,基因组数据,微生物组数据 44例患者(每组22例) NA 单细胞RNA测序,免疫分析,微生物组测序 NA NA
54 2025-01-07
Protocols for single-cell RNA-seq and spatial gene expression integration and interactive visualization
2023-03-17, STAR protocols IF:1.3Q4
研究论文 本文提供了整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间基因表达数据的协议,并展示了如何创建交互式网络应用来可视化和分享结果 提供了使用Seurat和Giotto软件包整合scRNA-seq和空间转录组数据的详细协议,并展示了如何创建交互式网络应用 协议仅适用于特定数据集,可能不适用于所有类型的scRNA-seq和空间转录组数据 整合单细胞RNA测序和空间基因表达数据,以解析细胞类型分布 人类输尿管scRNA-seq数据集 生物信息学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞RNA测序数据,空间基因表达数据 NA NA NA NA NA
55 2024-10-12
Methylcellulose colony assay and single-cell micro-manipulation reveal progenitor-like cells in adult human pancreatic ducts
2023-03-14, Stem cell reports IF:5.9Q2
研究论文 本文通过微操作和三维集落分析,在成人胰腺外分泌组织中鉴定出类似祖细胞的细胞 首次在成人胰腺外分泌组织中发现具有自我更新和三系分化能力的祖细胞样细胞 研究主要在体外和动物模型中进行,尚未在人体内验证 探索成人胰腺中具有再生医学潜力的祖细胞 成人胰腺外分泌组织中的祖细胞样细胞 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 成人胰腺外分泌组织样本 NA NA NA NA
56 2024-10-06
simpleaf: A simple, flexible, and scalable framework for single-cell transcriptomics data processing using alevin-fry
2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍了一个名为simpleaf的框架,用于简化使用alevin-fry生态系统的单细胞转录组数据处理 simpleaf简化了单细胞数据处理的复杂性,同时保留了alevin-fry工具的性能和灵活性,并增加了新的功能和能力 NA 简化单细胞转录组数据处理的复杂性,同时保留工具的性能和灵活性 单细胞转录组数据 生物信息学 NA 单细胞转录组测序 NA 转录组数据 NA NA NA NA NA
57 2024-09-30
LPS-induced acute neuroinflammation, involving interleukin-1 beta signaling, leads to proteomic, cellular, and network-level changes in the prefrontal cortex of mice
2023-Mar, Brain, behavior, & immunity - health
研究论文 研究了外周感染诱导的神经炎症对小鼠前额叶皮层电生理和蛋白质组学的影响 首次比较了IL-1β对前额叶皮层锥体细胞和中间神经元的电生理效应,并发现了LPS处理后前额叶皮层电生理和分子水平的显著变化 NA 探讨外周感染诱导的急性系统性炎症对前额叶皮层认知功能的影响 小鼠前额叶皮层的电生理和蛋白质组学变化 神经科学 NA 电生理记录、2-D差异凝胶电泳、质谱分析 NA 电生理数据、蛋白质组数据 雄性小鼠 NA NA NA NA
58 2024-09-28
Pan-cancer classification of single cells in the tumour microenvironment
2023-03-23, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文介绍了一种名为scATOMIC的模块化注释工具,用于恶性与非恶性细胞的分类,并展示了其在肿瘤微环境中的应用 scATOMIC通过训练超过30万细胞的数据,定义了19种常见癌症的泛癌参考,采用分层方法,优于当前的分类方法 NA 开发一种高精度的细胞分类工具,以深入理解肿瘤微环境中的细胞机制 恶性与非恶性细胞的分类 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA RNA 超过30万癌症、免疫和基质细胞,以及225个肿瘤活检样本,包含超过35万癌症和多种肿瘤微环境细胞 NA NA NA NA
59 2024-09-25
Glioblastoma induces the recruitment and differentiation of hybrid neutrophils from skull bone marrow
2023-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 研究揭示了胶质母细胞瘤诱导颅骨骨髓中的混合中性粒细胞招募和分化的机制 首次发现胶质母细胞瘤能够诱导颅骨骨髓中的混合中性粒细胞分化,并抑制肿瘤生长 研究主要基于患者和鼠类的胶质母细胞瘤样本,需要进一步验证在其他肿瘤类型中的适用性 探讨肿瘤相关中性粒细胞在胶质母细胞瘤生物学中的作用 胶质母细胞瘤、肿瘤相关中性粒细胞、颅骨骨髓 NA 脑肿瘤 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 患者和鼠类的胶质母细胞瘤样本 NA NA NA NA
60 2024-09-25
Pairing of single-cell RNA analysis and T cell antigen receptor profiling indicates breakdown of T cell tolerance checkpoints in atherosclerosis
2023-Mar, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1
研究论文 本文通过单细胞RNA测序与T细胞抗原受体测序相结合的方法,研究了动脉粥样硬化斑块、动脉三级淋巴器官和淋巴结中的T细胞耐受检查点 首次揭示了动脉粥样硬化斑块中T细胞耐受检查点的破坏模式,并发现人类冠状动脉和颈动脉斑块中存在类似的CD8 T细胞耐受功能障碍 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,可能无法完全代表人类动脉粥样硬化的复杂性 探讨动脉粥样硬化中T细胞耐受检查点的功能障碍 动脉粥样硬化斑块、动脉三级淋巴器官、淋巴结和血液中的T细胞 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序、T细胞抗原受体测序 NA RNA 小鼠和人类样本 NA NA NA NA
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