单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-06 |
exFINDER: identify external communication signals using single-cell transcriptomics data
2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.24.533888
PMID:37034624
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研究论文 | 开发了一种名为exFINDER的计算方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞接收的外部通讯信号 | 首次提出能够识别单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号的方法，而现有方法仅能推断数据中已测量细胞发送的信号 | NA | 开发计算工具以识别细胞接收的外部通讯信号 | 单细胞转录组测序数据中的细胞通讯信号 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | exFINDER算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2025-10-07 |
Epigenetic and transcriptomic characterization reveals progression markers and essential pathways in clear cell renal cell carcinoma
2023-03-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37211-7
PMID:36973268
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研究论文 | 通过多组学方法揭示透明细胞肾细胞癌的肿瘤特异性标志物、表观遗传调控和空间异质性 | 首次整合单核RNA测序、单核ATAC测序和空间转录组学数据，鉴定出20个肿瘤特异性标志物并发现铜蓝蛋白在肿瘤-间质相互作用中的新功能 | 样本量相对有限（34例snRNA-seq，28例snATAC-seq），需要在更大队列中验证发现 | 阐明透明细胞肾细胞癌的进展标志物和关键通路 | 人类透明细胞肾细胞癌标本 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | 多组学整合分析 | 基因组, 转录组, 表观基因组, 蛋白质组, 空间转录组 | 34例snRNA-seq样本，28例snATAC-seq样本 | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 43 | 2025-03-20 |
LAL deficiency induced myeloid-derived suppressor cells as targets and biomarkers for lung cancer
2023-03, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-006272
PMID:36914206
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研究论文 | 本文探讨了溶酶体酸性脂肪酶（LAL）缺乏诱导的髓系来源抑制细胞（MDSCs）在肺癌中的潜在作用及其作为抗癌免疫治疗靶点和生物标志物的可能性 | 揭示了LAL缺乏如何通过改变代谢途径诱导MDSCs的产生，并展示了这些细胞在肿瘤免疫抑制和促进肿瘤生长中的作用 | 研究主要基于小鼠模型和人类血液样本，缺乏直接的人体组织验证 | 探索LAL缺乏诱导的MDSCs在肺癌中的机制及其作为治疗靶点的潜力 | 小鼠骨髓来源的Ly6G+髓系细胞和非小细胞肺癌（NSCLC）患者的血液样本 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | 小鼠骨髓细胞和NSCLC患者的血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals gonadal dynamic changes during sex differentiation in hermaphroditic protogynous orange-spotted grouper ( Epinephelus coioides)
2023-03-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2025-10-07 |
Neoadjuvant chemotherapy plus nivolumab with or without ipilimumab in operable non-small cell lung cancer: the phase 2 platform NEOSTAR trial
2023-03, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-022-02189-0
PMID:36928818
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研究论文 | 评估纳武利尤单抗联合化疗与联合伊匹木单抗在可手术非小细胞肺癌新辅助治疗中的疗效和生物标志物 | 首次在NEOSTAR平台试验中比较纳武利尤单抗+化疗与联合伊匹木单抗三药方案的病理缓解率，并通过单细胞测序和多平台免疫分析探索生物标志物 | 样本量较小（每组22例患者），II期试验需要更大规模验证 | 评估新辅助免疫治疗联合化疗在可手术非小细胞肺癌中的疗效和安全性 | 可手术的非小细胞肺癌患者 | 临床肿瘤学 | 肺癌 | 单细胞测序，多平台免疫分析，微生物组分析 | NA | 临床数据，基因组数据，微生物组数据 | 44例患者（每组22例） | NA | 单细胞RNA测序，免疫分析，微生物组测序 | NA | NA |
| 46 | 2025-01-07 |
Protocols for single-cell RNA-seq and spatial gene expression integration and interactive visualization
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102047
PMID:36853708
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研究论文 | 本文提供了整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间基因表达数据的协议，并展示了如何创建交互式网络应用来可视化和分享结果 | 提供了使用Seurat和Giotto软件包整合scRNA-seq和空间转录组数据的详细协议，并展示了如何创建交互式网络应用 | 协议仅适用于特定数据集，可能不适用于所有类型的scRNA-seq和空间转录组数据 | 整合单细胞RNA测序和空间基因表达数据，以解析细胞类型分布 | 人类输尿管scRNA-seq数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据，空间基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-10-12 |
Methylcellulose colony assay and single-cell micro-manipulation reveal progenitor-like cells in adult human pancreatic ducts
2023-03-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.02.001
PMID:36868230
|
研究论文 | 本文通过微操作和三维集落分析，在成人胰腺外分泌组织中鉴定出类似祖细胞的细胞 | 首次在成人胰腺外分泌组织中发现具有自我更新和三系分化能力的祖细胞样细胞 | 研究主要在体外和动物模型中进行，尚未在人体内验证 | 探索成人胰腺中具有再生医学潜力的祖细胞 | 成人胰腺外分泌组织中的祖细胞样细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 成人胰腺外分泌组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-10-06 |
simpleaf: A simple, flexible, and scalable framework for single-cell transcriptomics data processing using alevin-fry
2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534653
PMID:37034702
|
研究论文 | 介绍了一个名为simpleaf的框架，用于简化使用alevin-fry生态系统的单细胞转录组数据处理 | simpleaf简化了单细胞数据处理的复杂性，同时保留了alevin-fry工具的性能和灵活性，并增加了新的功能和能力 | NA | 简化单细胞转录组数据处理的复杂性，同时保留工具的性能和灵活性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-09-30 |
LPS-induced acute neuroinflammation, involving interleukin-1 beta signaling, leads to proteomic, cellular, and network-level changes in the prefrontal cortex of mice
2023-Mar, Brain, behavior, & immunity - health
DOI:10.1016/j.bbih.2023.100594
PMID:36713475
|
研究论文 | 研究了外周感染诱导的神经炎症对小鼠前额叶皮层电生理和蛋白质组学的影响 | 首次比较了IL-1β对前额叶皮层锥体细胞和中间神经元的电生理效应，并发现了LPS处理后前额叶皮层电生理和分子水平的显著变化 | NA | 探讨外周感染诱导的急性系统性炎症对前额叶皮层认知功能的影响 | 小鼠前额叶皮层的电生理和蛋白质组学变化 | 神经科学 | NA | 电生理记录、2-D差异凝胶电泳、质谱分析 | NA | 电生理数据、蛋白质组数据 | 雄性小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-09-28 |
Pan-cancer classification of single cells in the tumour microenvironment
2023-03-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37353-8
PMID:36959212
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scATOMIC的模块化注释工具，用于恶性与非恶性细胞的分类，并展示了其在肿瘤微环境中的应用 | scATOMIC通过训练超过30万细胞的数据，定义了19种常见癌症的泛癌参考，采用分层方法，优于当前的分类方法 | NA | 开发一种高精度的细胞分类工具，以深入理解肿瘤微环境中的细胞机制 | 恶性与非恶性细胞的分类 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过30万癌症、免疫和基质细胞，以及225个肿瘤活检样本，包含超过35万癌症和多种肿瘤微环境细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-09-25 |
Glioblastoma induces the recruitment and differentiation of hybrid neutrophils from skull bone marrow
2023-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.24.534105
PMID:36993266
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研究论文 | 研究揭示了胶质母细胞瘤诱导颅骨骨髓中的混合中性粒细胞招募和分化的机制 | 首次发现胶质母细胞瘤能够诱导颅骨骨髓中的混合中性粒细胞分化，并抑制肿瘤生长 | 研究主要基于患者和鼠类的胶质母细胞瘤样本，需要进一步验证在其他肿瘤类型中的适用性 | 探讨肿瘤相关中性粒细胞在胶质母细胞瘤生物学中的作用 | 胶质母细胞瘤、肿瘤相关中性粒细胞、颅骨骨髓 | NA | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 患者和鼠类的胶质母细胞瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-09-25 |
Pairing of single-cell RNA analysis and T cell antigen receptor profiling indicates breakdown of T cell tolerance checkpoints in atherosclerosis
2023-Mar, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-023-00218-w
PMID:37621765
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序与T细胞抗原受体测序相结合的方法，研究了动脉粥样硬化斑块、动脉三级淋巴器官和淋巴结中的T细胞耐受检查点 | 首次揭示了动脉粥样硬化斑块中T细胞耐受检查点的破坏模式，并发现人类冠状动脉和颈动脉斑块中存在类似的CD8 T细胞耐受功能障碍 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全代表人类动脉粥样硬化的复杂性 | 探讨动脉粥样硬化中T细胞耐受检查点的功能障碍 | 动脉粥样硬化斑块、动脉三级淋巴器官、淋巴结和血液中的T细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、T细胞抗原受体测序 | NA | RNA | 小鼠和人类样本 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-09-23 |
SARS-CoV-2 leverages airway epithelial protective mechanism for viral infection
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106175
PMID:36788793
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研究论文 | 研究分析了SARS-CoV-2在人源化模型中早期感染的单细胞RNA测序数据，揭示了病毒在支气管上皮中触发的细胞系统级响应的关键机制 | 发现了SARS-CoV-2病毒通过纤毛细胞前体优先进入组织，并引发感染的正反馈循环，这一过程被细胞间通信缓解，为理解病毒与屏障组织之间的相互作用提供了新视角 | 研究主要集中在早期感染阶段，对于病毒感染的长期动态和影响需要进一步研究 | 揭示SARS-CoV-2在支气管上皮中早期感染的机制，并探讨可能的治疗策略 | SARS-CoV-2病毒在人源化模型中的早期感染机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-09-23 |
Microbial stimulation of oxytocin release from the intestinal epithelium via secretin signaling
2023-Mar-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.09.531917
PMID:36945649
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研究论文 | 研究揭示了肠道微生物通过分泌素信号刺激肠道上皮释放催产素 | 首次发现肠道上皮细胞能够产生和分泌催产素，并揭示了肠道微生物通过分泌素信号途径促进催产素释放的机制 | NA | 探讨肠道微生物如何通过分泌素信号刺激肠道上皮释放催产素，从而促进宿主健康 | 肠道微生物、催产素、分泌素、肠道上皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、组织成像 | NA | RNA序列、组织图像 | 人类和小鼠的肠道组织及肠道类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-09-20 |
Single-cell transcriptomes in the heart: when every epigenome counts
2023-03-17, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvac040
PMID:35325060
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综述 | 本文综述了心脏中单细胞转录组学的研究进展，探讨了细胞异质性的生物学意义及其在心脏功能和疾病中的作用 | 本文通过全面分析心脏中的单细胞转录组学数据，提出了新的心脏功能模型和假设，并讨论了新兴的表观基因组学方法与单细胞RNA测序的结合 | NA | 探讨心脏中单细胞转录组学的生物学意义及其在心脏功能和疾病中的作用 | 心脏中的单细胞转录组学数据和新兴的表观基因组学方法 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-09-17 |
Machine Learning for Uncovering Biological Insights in Spatial Transcriptomics Data
2023-Mar-29, ArXiv
PMID:37033464
|
研究论文 | 本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具 | 本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具 | 本文未具体提及研究中的局限性 | 探讨机器学习在空间转录组学数据中揭示生物学见解的应用 | 空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 机器学习 | 深度学习 | 空间转录组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-09-17 |
Cultured Mesenchymal Cells from Nasal Turbinate as a Cellular Model of the Neurodevelopmental Component of Schizophrenia Etiology
2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534295
PMID:37034711
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研究论文 | 研究使用从鼻甲中培养的间充质细胞作为精神分裂症神经发育病因学的细胞模型 | 首次比较了从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系与中鼻甲活检样本的单细胞RNA测序数据，并将其与嗅觉神经上皮的数据进行了比较 | 研究仅限于特定的细胞系和样本，可能无法完全代表精神分裂症的复杂性 | 探讨精神分裂症神经发育分子机制的生物模型 | 从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系和中鼻甲活检样本 | 细胞生物学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两个CNON细胞系和两个中鼻甲活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-09-17 |
Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics
2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.03.527053
PMID:36993340
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为gpsFISH的计算方法，用于优化已知细胞类型的基因选择，以实现目标空间转录组学 | 提出了一种新的计算方法gpsFISH，通过建模和调整平台效应来优化基因选择，超越了现有方法 | 现有基因选择方法依赖于scRNA-seq数据，忽略了技术之间的平台效应 | 开发一种新的基因选择方法，以优化目标空间转录组学中的基因检测 | 基因面板的选择，以优化已知细胞类型的检测 | 空间转录组学 | NA | 计算方法 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-09-17 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification
2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.21.533713
PMID:36993544
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BSP的新方法，用于在二维和三维空间转录组数据中快速且稳健地识别空间变异基因 | BSP方法是一种空间粒度引导的非参数模型，能够处理二维和三维空间转录组数据，具有更高的准确性、鲁棒性和效率 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在空间转录组数据中识别空间变异基因 | 二维和三维空间转录组数据中的空间变异基因 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 非参数模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-09-17 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification
2023-Mar-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2687726/v1
PMID:36993309
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BSP的新方法，用于从二维和三维空间转录组数据中识别空间变异基因 | BSP方法是一种空间粒度引导的非参数模型，能够在二维和三维空间转录组数据中快速且稳健地识别空间变异基因 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从二维和三维空间转录组数据中有效识别空间变异基因 | 空间变异基因 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 非参数模型 | 转录组数据 | 多种类型的空间转录组技术在癌症、神经科学、类风湿性关节炎和肾脏研究中的应用 | NA | NA | NA | NA |