单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-09-14	De-novo reconstruction and identification of transcriptional gene regulatory network modules differentiating single-cell clusters 2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad018 PMID:36879901	研究论文	本文介绍了一种名为DiNiro的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建和识别区分单细胞簇的转录基因调控网络模块	DiNiro方法能够揭示新的、相关的和深入的机制模型，不仅预测而且解释差异性细胞基因表达程序	NA	开发一种新的计算方法，从单细胞RNA测序数据中直接学习差异性调控疾病机制	单细胞RNA测序数据中的转录基因调控网络模块	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
42	2024-09-06	Transcriptomic profiling of cardiac tissues from SARS-CoV-2 patients identifies DNA damage 2023-03, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13577 PMID:36107637	研究论文	研究分析了SARS-CoV-2患者心脏组织的转录组图谱，发现DNA损伤相关基因的上调	首次揭示了SARS-CoV-2感染患者心脏组织中DNA损伤和修复相关基因的上调，并通过γ-H2Ax免疫组化进一步验证	样本量较小，且仅包括SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者，可能影响结果的普适性	探讨SARS-CoV-2感染对心脏组织的分子影响	SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者的心脏组织	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	7例SARS-CoV-2患者、2例pH1N1患者和6例对照组患者的心脏组织
43	2024-08-04	A Universal Method for Crossing Molecular and Atlas Modalities using Simplex-Based Image Varifolds and Quadratic Programming 2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.28.534622 PMID:37034802	研究论文	本文阐明了一种在分子尺度转录组学和组织尺度图谱之间建立对应关系的解决方案	提出了一种通用算法，通过交替优化LDDMM和二次规划方法，解决坐标和潜在转录特征分数的最小化几何形状的变换	NA	研究目的在于结合分子和细胞数据，创建一个统一的坐标系统	主要涉及分子尺度转录组学数据和组织尺度图谱数据	数字病理学	NA	LDDMM优化与二次规划	NA	转录组学数据	NA
44	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal cancer-associated fibroblasts in glioblastoma with protumoral effects 2023-03-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI147087 PMID:36856115	研究论文	该研究揭示了在胶质母细胞瘤中与癌症相关的成纤维细胞的肿瘤促进作用	首次在胶质母细胞瘤中识别与癌症相关的成纤维细胞及其与肿瘤干细胞的相互作用	研究未提及样本的时间跨度或CAF与其他细胞类型交互详细信息	旨在探讨胶质母细胞瘤中的CAFs及其与肿瘤干细胞的相互作用	研究对象为12名患者的胶质母细胞瘤样本中的CAFs	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	细胞样本	12名患者的胶质母细胞瘤
45	2024-08-05	The shaky foundations of simulating single-cell RNA sequencing data 2023-03-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02904-1 PMID:36991470	研究论文	本文评估了合成单细胞RNA测序数据生成方法的能力	提出了对不同模拟器在检验数据相似性以及对现有工具影响的全面评估	大多数模拟器无法处理复杂设计，且引入了人工效应	探讨合成单细胞RNA测序数据生成方法的有效性	合成单细胞RNA测序数据生成方法及其与实验数据的比较	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序	NA	合成数据	NA
46	2024-08-05	Improving head and neck cancer therapies by immunomodulation of the tumour microenvironment 2023-03, Nature reviews. Cancer DOI:10.1038/s41568-022-00531-9 PMID:36456755	研究论文	本文探讨了通过免疫调节肿瘤微环境改善头颈部癌症治疗的策略	文章创新性在于全面分析了头颈部鳞状细胞癌的肿瘤微环境，包括免疫与非免疫细胞的相互作用	研究中可能存在样本选择的影响，以及对于小规模的不同TME特征的个体化分析不足	研究目的是提高头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤特异性T细胞反应	研究对象为头颈部鳞状细胞癌患者及其TME	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序，高维流式细胞术，空间多光谱成像	NA	数据集	利用了癌症基因组图谱等丰富的数据资源进行分析
47	2024-08-04	Skin γδ T cell inflammatory responses are hardwired in the thymus by oxysterol sensing via GPR183 and calibrated by dietary cholesterol 2023-03-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2023.01.025 PMID:36842431	研究论文	本研究探讨了胆固醇代谢物氧化甾醇如何影响γδ T细胞的组织常驻性和功能。	首次揭示了GPR183在皮肤γδ T细胞发育和炎症反应中的重要作用，以及饮食对其调控的影响。	研究中未提及样本的多样性以及长期胆固醇摄入对结果的潜在影响。	探讨胆固醇代谢物在γδ T细胞中的作用及其对皮肤免疫和炎症的影响。	对γδ T细胞在皮肤中的发育和功能进行研究，尤其是Tγδ17细胞。	免疫学	银屑病	单细胞转录组测序	小鼠模型	细胞实验数据	暂未提供样本数量
48	2024-08-04	APOL1 kidney risk variants in glomerular diseases modeled in transgenic mice 2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534273 PMID:37090576	研究论文	本文研究了携带APOL1肾脏风险变异的小鼠模型中肾小管病的特征	研究提出了两种小鼠模型，以展示APOL1-G1等位基因在肾小管疾病中的作用，并发现了潜在的新的肾小管损伤标记	缺乏在人类模型中的直接验证和对比	探讨APOL1基因变异对不同小鼠模型中肾脏疾病的影响	研究对象是HIV相关肾病（HIVAN）小鼠模型和接收到干扰素-γ的APOL1转基因小鼠	数字病理	肾脏疾病	RNA测序	转基因小鼠	RNA序列	不同类型的转基因小鼠样本（具体数量未提及）
49	2024-08-04	Apoptotic cell fragments locally activate tingible body macrophages in the germinal center 2023-03-16, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.02.004 PMID:36868219	研究论文	文章探讨了凋亡细胞碎片如何在生发中心局部激活蜕变体巨噬细胞	研究揭示了蜕变体巨噬细胞的前体来源及其对凋亡细胞的捕获机制	本文没有讨论其他类型巨噬细胞的潜在作用	研究凋亡细胞在免疫反应中的作用及其对巨噬细胞的影响	研究对象为在淋巴结的蜕变体巨噬细胞及其与凋亡细胞的相互作用	数字病理学	自身免疫病	单细胞转录组学	NA	细胞	免疫淋巴结中的单细胞簇
50	2024-08-05	Epigenetic and transcriptomic characterization reveals progression markers and essential pathways in clear cell renal cell carcinoma 2023-03-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37211-7 PMID:36973268	研究论文	本文通过表征透明细胞肾细胞癌的表观遗传学和转录组学，揭示了进展标志物和关键通路	采用多组学分层方法确定了20个肿瘤特异性标志物，提供了新的肿瘤进展机理洞察	NA	揭示透明细胞肾细胞癌的细胞结构及肿瘤发生中的关键标志物和通路	34个和28个人类透明细胞肾细胞癌样本进行单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序	数字病理学	肾癌	snRNA-seq和snATAC-seq	NA	样本数据	34个和28个清晰细胞肾细胞癌样本
51	2024-08-05	Reprogramming the tumor microenvironment leverages CD8+ T cell responses to a shared tumor/self antigen in ovarian cancer 2023-Mar-16, Molecular therapy oncolytics IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.omto.2023.02.002 PMID:36875325	研究论文	本文研究了CXCR4拮抗剂武装的溶瘤病毒疗法对卵巢癌微环境和抗肿瘤免疫的影响	提出CXCR4-A武装的溶瘤病毒疗法在耐受性的肿瘤微环境中增强CD8 T细胞反应的机制	研究主要集中在转基因小鼠模型上，临床应用效果尚未证实	探索增强卵巢癌免疫治疗效果的新策略	使用SV40 T抗原卵巢癌的小鼠模型	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	图像，基因组数据	使用了抗原天真的野生型小鼠和转基因小鼠
52	2024-08-05	Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease 2023-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.01.530562 PMID:36993439	研究论文	本研究探讨了Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化机制	揭示了Esm-1在糖尿病肾病发病机制中的作用及其在肾脏内皮细胞中的表达模式	未详细研究Esm-1在所有成熟组织中的表达及其潜在的生物学效应	研究Esm-1在糖尿病肾病中的表达和功能	研究对象包括成年人和小鼠的肾脏内皮细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	27,786个肾脏内皮细胞，及20名健康受试者和41名糖尿病肾病患者
53	2024-08-04	Proteomic Profiling of Fallopian Tube-Derived Extracellular Vesicles Using a Microfluidic Tissue-on-Chip System 2023-Mar-27, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering10040423 PMID:37106610	研究论文	本研究建立了一种微流控平台来培养人类输卵管上皮以收集细胞外囊泡，并首次报告了295种常见的输卵管衍生小细胞外囊泡蛋白	首次描述了由人类输卵管衍生的小细胞外囊泡蛋白质组成及其与腺癌转录组的关联	目前对hFTE衍生的小细胞外囊泡的内容和功能理解有限	旨在揭示输卵管来源的小细胞外囊泡的基线蛋白质谱以及其在卵巢癌发生中的潜在作用	研究对象是人类输卵管上皮和其衍生的小细胞外囊泡	数字病理学	卵巢癌	质谱分析	微流控组织芯片	蛋白质	295种小细胞外囊泡蛋白
54	2024-08-05	Loss of MC1R signaling implicates TBX3 in pheomelanogenesis and melanoma predisposition 2023-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.10.532018 PMID:37090624	研究论文	本研究揭示了MC1R信号传导缺失如何通过TBX3影响红色头发颜色（RHC）性状和黑色素瘤的易感性	首次发现TBX3在红色头发颜色性状中的作用，并揭示其与黑色素瘤易感性之间的关系	研究主要基于小鼠模型，结果是否完全适用于人类尚需进一步验证	探究MC1R信号传导缺失如何通过改变黑色素生成影响黑色素瘤的易感性	研究对象为来自RHC小鼠模型的黑素细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因数据	通过RHC小鼠模型提取的黑素细胞
55	2024-08-04	APOE modulates microglial immunometabolism in response to age, amyloid pathology, and inflammatory challenge 2023-03-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112196 PMID:36871219	研究论文	这篇文章系统地探讨了APOE在年龄、神经炎症和阿尔茨海默病病理中的作用	通过结合多种技术，该研究揭示了APOE4在微胶质细胞免疫代谢中的中心作用	本研究主要基于小鼠模型，结果可能无法完全推广到人类	研究APOE在老化、神经炎症和阿尔茨海默病病理中的作用	表达有人的APOE的小鼠	数字病理学	阿尔茨海默病	RNA测序	NA	转录组数据	NA
56	2024-08-05	Immature natural killer cells promote progression of triple-negative breast cancer 2023-03-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abl4414 PMID:36888695	研究论文	这篇文章研究了不成熟的自然杀伤细胞在三阴性乳腺癌进展中的作用	识别了一种仅存在于三阴性乳腺癌样本中的不成熟NK细胞亚群，且其促进肿瘤进展的机制新颖	研究主要在小鼠模型中进行，临床转化需要进一步的验证	探讨自然杀伤细胞在三阴性乳腺癌中的潜在作用及机制	以多种三阴性乳腺癌和基底肿瘤样本为研究对象	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	样本	多个三阴性乳腺癌和基底肿瘤样本
57	2024-08-05	MerlinS13 phosphorylation controls meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2023-Mar-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2577844/v1 PMID:36993679	研究论文	本研究揭示了Merlin S13磷酸化对脑膜瘤Wnt信号传导和MRI特征的影响	本研究首次明确了Merlin在维持脑膜瘤Wnt信号传导中的作用并提出了一种新的非侵入性影像生物标志物	研究中对Merlin完整性的生物化学机制仍存在一定的不完全理解	探讨脑膜瘤中Merlin的生化机制及其临床结果的预测	研究对象包括脑膜瘤细胞、异种移植模型及人类患者	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、亲近标记蛋白质组学质谱	NA	影像	涉及人类患者及异种移植模型的研究样本
58	2024-08-05	Renal enhanced CT images reveal the tandem mechanism between tumor cells and immunocytes based on bulk/single-cell RNA sequencing 2023-Mar-18, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01011-5 PMID:36933049	研究论文	这篇文章探讨了代谢重编程在透明细胞肾癌中的作用，尤其是谷氨酰胺代谢对肿瘤微环境的影响	文章首次揭示了谷氨酰胺代谢在透明细胞肾癌的免疫微环境形成中的关键作用，并构建了有效的影像基因组模型	样本主要来源于公开数据库，可能存在选择偏差，且未能全面覆盖不同的肾癌亚型	研究透明细胞肾癌中谷氨酰胺代谢的作用及其对肿瘤微环境和免疫细胞浸润的影响	涉及539个透明细胞肾癌样本和59个正常样本的数据分析	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	LASSO-Cox回归模型	转录组数据	539个透明细胞肾癌样本和59个正常样本
59	2024-08-04	Identifying strengths and weaknesses of methods for computational network inference from single-cell RNA-seq data 2023-03-09, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkad004 PMID:36626328	研究论文	本文对十一种近期的网络推断方法在七个已发布的单细胞RNA测序数据集上的性能进行评估	扩展的基准研究评估了不同类型的黄金标准网络和评估指标	推断网络准确性的改进方法和更好的黄金标准仍然需要	研究不同方法在单细胞RNA测序数据上推断转录基因调控网络的有效性	评估十一种方法在不同物种（人类、小鼠和酵母）上处理的scRNA-seq数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	SCENIC, PIDC, MERLIN, Correlation	转录组数据	七个已发布的数据集
60	2024-08-05	Aberrant cell state plasticity mediated by developmental reprogramming precedes colorectal cancer initiation 2023-03-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adf0927 PMID:36989360	研究论文	该文章探讨了细胞状态可塑性的改变如何在结直肠癌发生之前发挥作用	提出了通过再生活性和发育重编程介导的异常细胞状态可塑性在癌症发生前的作用	研究主要基于小鼠模型，临床应用需进一步验证	研究细胞状态可塑性在结直肠癌发生中的角色	基因工程和致癌物诱导的小鼠模型和患者样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因组数据	来自小鼠模型的前癌变病变和一个患者的样本