单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-09-23 |
Microbial stimulation of oxytocin release from the intestinal epithelium via secretin signaling
2023-Mar-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.09.531917
PMID:36945649
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研究论文 | 研究揭示了肠道微生物通过分泌素信号刺激肠道上皮释放催产素 | 首次发现肠道上皮细胞能够产生和分泌催产素，并揭示了肠道微生物通过分泌素信号途径促进催产素释放的机制 | NA | 探讨肠道微生物如何通过分泌素信号刺激肠道上皮释放催产素，从而促进宿主健康 | 肠道微生物、催产素、分泌素、肠道上皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、组织成像 | NA | RNA序列、组织图像 | 人类和小鼠的肠道组织及肠道类器官 |
| 22 | 2024-09-20 |
Single-cell transcriptomes in the heart: when every epigenome counts
2023-03-17, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvac040
PMID:35325060
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综述 | 本文综述了心脏中单细胞转录组学的研究进展，探讨了细胞异质性的生物学意义及其在心脏功能和疾病中的作用 | 本文通过全面分析心脏中的单细胞转录组学数据，提出了新的心脏功能模型和假设，并讨论了新兴的表观基因组学方法与单细胞RNA测序的结合 | NA | 探讨心脏中单细胞转录组学的生物学意义及其在心脏功能和疾病中的作用 | 心脏中的单细胞转录组学数据和新兴的表观基因组学方法 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23 | 2024-09-17 |
Machine Learning for Uncovering Biological Insights in Spatial Transcriptomics Data
2023-Mar-29, ArXiv
PMID:37033464
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研究论文 | 本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具 | 本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具 | 本文未具体提及研究中的局限性 | 探讨机器学习在空间转录组学数据中揭示生物学见解的应用 | 空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 机器学习 | 深度学习 | 空间转录组学数据 | NA |
| 24 | 2024-09-17 |
Cultured Mesenchymal Cells from Nasal Turbinate as a Cellular Model of the Neurodevelopmental Component of Schizophrenia Etiology
2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534295
PMID:37034711
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研究论文 | 研究使用从鼻甲中培养的间充质细胞作为精神分裂症神经发育病因学的细胞模型 | 首次比较了从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系与中鼻甲活检样本的单细胞RNA测序数据，并将其与嗅觉神经上皮的数据进行了比较 | 研究仅限于特定的细胞系和样本，可能无法完全代表精神分裂症的复杂性 | 探讨精神分裂症神经发育分子机制的生物模型 | 从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系和中鼻甲活检样本 | 细胞生物学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两个CNON细胞系和两个中鼻甲活检样本 |
| 25 | 2024-09-17 |
Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics
2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.03.527053
PMID:36993340
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研究论文 | 本文介绍了一种名为gpsFISH的计算方法，用于优化已知细胞类型的基因选择，以实现目标空间转录组学 | 提出了一种新的计算方法gpsFISH，通过建模和调整平台效应来优化基因选择，超越了现有方法 | 现有基因选择方法依赖于scRNA-seq数据，忽略了技术之间的平台效应 | 开发一种新的基因选择方法，以优化目标空间转录组学中的基因检测 | 基因面板的选择，以优化已知细胞类型的检测 | 空间转录组学 | NA | 计算方法 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26 | 2024-09-17 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification
2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.21.533713
PMID:36993544
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BSP的新方法，用于在二维和三维空间转录组数据中快速且稳健地识别空间变异基因 | BSP方法是一种空间粒度引导的非参数模型，能够处理二维和三维空间转录组数据，具有更高的准确性、鲁棒性和效率 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在空间转录组数据中识别空间变异基因 | 二维和三维空间转录组数据中的空间变异基因 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 非参数模型 | 基因表达数据 | NA |
| 27 | 2024-09-17 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification
2023-Mar-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2687726/v1
PMID:36993309
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BSP的新方法，用于从二维和三维空间转录组数据中识别空间变异基因 | BSP方法是一种空间粒度引导的非参数模型，能够在二维和三维空间转录组数据中快速且稳健地识别空间变异基因 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从二维和三维空间转录组数据中有效识别空间变异基因 | 空间变异基因 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 非参数模型 | 转录组数据 | 多种类型的空间转录组技术在癌症、神经科学、类风湿性关节炎和肾脏研究中的应用 |
| 28 | 2024-09-17 |
Pioneer factor ASCL1 cooperates with the mSWI/SNF complex at distal regulatory elements to regulate human neural differentiation
2023-03-01, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.350269.122
PMID:36931659
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研究论文 | 研究了先驱转录因子ASCL1与mSWI/SNF复合物在远端调控元件上的相互作用，以调节人类神经分化 | 揭示了ASCL1在人类神经发生中激活长程调控元件的新机制，并发现了其染色质重塑功能依赖于合作伙伴ATPase活性 | NA | 探讨先驱转录因子ASCL1在人类神经分化中的作用及其与mSWI/SNF复合物的相互作用 | ASCL1在人类神经分化中的功能及其与mSWI/SNF复合物的相互作用 | 基因表达调控 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 29 | 2024-09-16 |
Unraveling Psychiatric Disorders through Neural Single-Cell Transcriptomics Approaches
2023-03-22, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes14030771
PMID:36981041
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综述 | 本文综述了通过单细胞和单核转录组技术揭示精神障碍分子和细胞异质性的最新进展 | 强调了非神经元细胞在精神障碍病理中的重要作用 | NA | 更新当前关于大脑转录组的发现，并探讨在抑郁症、压力、神经退行性疾病、精神分裂症、阿片类药物使用障碍以及酒精和精神兴奋剂滥用中识别的转录组改变的分子研究 | 人类和动物模型中的精神障碍 | 数字病理学 | 精神疾病 | 单细胞和单核转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 30 | 2024-09-16 |
The cell type composition of the adult mouse brain revealed by single cell and spatial genomics
2023-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.06.531307
PMID:36945580
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研究论文 | 本文通过结合单核RNA测序和空间转录组学技术，构建了成年小鼠大脑中每个神经解剖结构的细胞类型图谱 | 首次全面揭示了成年小鼠大脑中各神经解剖结构的细胞类型组成，并开发了一个用于遗传访问每种细胞类型的框架 | NA | 构建成年小鼠大脑中每个神经解剖结构的细胞类型图谱 | 成年小鼠大脑中的细胞类型及其在神经解剖结构中的位置 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 整个小鼠大脑 |
| 31 | 2024-09-16 |
Revealing the Heterogeneity of the Tumor Ecosystem of Cholangiocarcinoma through Single-Cell Transcriptomics
2023-03-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12060862
PMID:36980203
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综述 | 本文综述了通过单细胞转录组学揭示胆管癌肿瘤生态系统的异质性 | 利用单细胞RNA测序技术详细描述了肿瘤内基质和恶性细胞的异质性，提供了肿瘤和基质细胞（包括浸润性免疫细胞）的表型和功能多样性的新视角 | 讨论了当前研究中的局限性，并提出了未来的研究方向和潜在的临床应用 | 探讨胆管癌肿瘤生态系统中细胞成分的异质性及其相互作用 | 胆管癌肿瘤生态系统中的细胞异质性及其相互作用 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 32 | 2024-09-16 |
Sensitive cluster-free differential expression testing
2023-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.08.531744
PMID:36945506
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研究论文 | 本文介绍了一种无聚类的差异表达测试框架miloDE，用于单细胞RNA测序数据 | 提出了miloDE框架，通过利用单细胞数据的图表示法，将相对同质的相邻细胞分配到重叠的邻域中，从而避免了传统聚类方法的局限性 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中差异表达测试的敏感性和特异性 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括模拟数据和真实数据，真实数据涉及缺乏Tal1的嵌合小鼠胚胎和特发性肺纤维化患者中的巨噬细胞 |
| 33 | 2024-09-15 |
A comprehensive benchmarking with practical guidelines for cellular deconvolution of spatial transcriptomics
2023-03-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37168-7
PMID:36941264
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研究论文 | 本文对18种现有的细胞反卷积方法进行了全面的基准测试，并提供了实用的选择指南 | 本文通过评估准确性、鲁棒性和可用性，对18种方法进行了全面的比较，并提供了决策树风格的指南和推荐 | NA | 评估和比较现有的细胞反卷积方法，并提供选择指南 | 18种细胞反卷积方法和50个真实世界及模拟数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | 50个真实世界和模拟数据集 |
| 34 | 2024-09-15 |
Benchmarking integration of single-cell differential expression
2023-03-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37126-3
PMID:36944632
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研究论文 | 本文对46种单细胞差异表达分析工作流程进行了基准测试，评估了批次效应、测序深度和数据稀疏性对其性能的影响 | 首次系统性地评估了多种单细胞差异表达分析方法在不同条件下的表现，并提出了在特定条件下表现优异的方法 | 研究主要集中在模拟数据和真实数据上的表现，未涉及实际临床应用中的验证 | 评估不同单细胞差异表达分析方法在处理批次效应、测序深度和数据稀疏性方面的性能 | 46种单细胞差异表达分析工作流程 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个批次的数据 |
| 35 | 2024-09-15 |
Key transcription factors influence the epigenetic landscape to regulate retinal cell differentiation
2023-03-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad026
PMID:36715342
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研究论文 | 研究揭示了关键转录因子如何影响表观遗传景观以调控视网膜细胞分化 | 通过scATAC-seq和CUT&Tag技术，系统分析了早期视网膜细胞分化过程中表观遗传景观的变化，并揭示了关键转录因子在调控基因表达中的作用 | NA | 深入理解中枢神经系统发育过程中神经细胞类型的形成机制 | 视网膜细胞分化过程中的表观遗传变化和关键转录因子的调控作用 | NA | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, CUT&Tag | NA | 基因表达数据 | NA |
| 36 | 2024-09-15 |
Hierarchical cell-type identifier accurately distinguishes immune-cell subtypes enabling precise profiling of tissue microenvironment with single-cell RNA-sequencing
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad006
PMID:36681937
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研究论文 | 本文介绍了一种基于基因集分析的分层细胞类型识别工具HiCAT，用于单细胞RNA测序数据中免疫细胞亚型的精确注释 | HiCAT通过三层分类树结构，逐级识别主要类型、次要类型和子集，显著提高了免疫细胞亚型识别的准确性 | NA | 开发一种能够准确区分免疫细胞亚型并用于组织微环境精确分析的工具 | 免疫细胞亚型及其在组织微环境中的作用 | 单细胞RNA测序 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 37 | 2024-09-15 |
Resolving the lineage relationship between malignant cells and vascular cells in glioblastomas
2023-03-16, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwac006
PMID:36929001
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研究论文 | 研究探讨了胶质母细胞瘤中恶性细胞与血管细胞之间的谱系关系 | 首次通过单细胞RNA测序和拷贝数变异分析，揭示了胶质母细胞瘤细胞与血管细胞的谱系差异，排除了胶质母细胞瘤细胞向血管细胞转分化的可能性 | 研究仅限于小鼠模型和人类样本的单细胞分析，未涉及其他动物模型或更广泛的临床样本 | 探讨胶质母细胞瘤中恶性细胞与血管细胞的谱系关系，为靶向治疗提供理论依据 | 胶质母细胞瘤中的恶性细胞和血管细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个遗传性胶质母细胞瘤小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本 |
| 38 | 2024-09-15 |
SMPD1 expression profile and mutation landscape help decipher genotype-phenotype association and precision diagnosis for acid sphingomyelinase deficiency
2023-Mar-13, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-023-00272-1
PMID:36907956
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研究论文 | 研究探讨了酸性鞘磷脂酶缺乏症（ASMD）的基因型-表型关联和精准诊断 | 首次阐明了SMPD1基因突变对细胞类型和组织水平的影响，为NPD的基因型-表型关联提供了新的见解 | NA | 探索NPD的基因型-表型关联和病理生理特征 | 酸性鞘磷脂酶缺乏症（ASMD）患者 | 遗传学 | 罕见遗传病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 144例NPD患者 |
| 39 | 2024-09-15 |
Interpretable and context-free deconvolution of multi-scale whole transcriptomic data with UniCell deconvolve
2023-03-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36961-8
PMID:36906603
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研究论文 | 介绍了一种名为UniCell: Deconvolve Base (UCDBase)的预训练深度学习模型，用于无上下文参考数据的多尺度全转录组数据的去卷积 | 提出了一个预训练的、可解释的深度学习模型UCDBase，能够在没有上下文参考数据的情况下对空间、bulk-RNA-Seq和scRNA-Seq数据进行细胞类型分数的去卷积和细胞身份预测 | NA | 开发一种新的深度学习模型，用于多尺度全转录组数据的去卷积和细胞身份预测 | 空间、bulk-RNA-Seq和scRNA-Seq数据中的细胞类型分数和细胞身份 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度学习模型 | 转录组数据 | 训练数据包括来自898项研究的超过2800万个注释的单细胞，涵盖840种独特的细胞类型 |
| 40 | 2024-09-15 |
Adipose tissue at single-cell resolution
2023-03-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2023.02.002
PMID:36889280
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在脂肪组织中的应用，重点介绍了从单细胞和单核转录组学中获得的生物学见解 | 利用单细胞转录组学技术，深入解析了脂肪组织中细胞类型的多样性和细胞状态的变化 | NA | 探讨单细胞转录组学在脂肪组织研究中的应用及其对组织可塑性的贡献 | 小鼠和人类脂肪组织 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类脂肪组织样本 |