单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-09-16 |
Unraveling Psychiatric Disorders through Neural Single-Cell Transcriptomics Approaches
2023-03-22, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes14030771
PMID:36981041
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综述 | 本文综述了通过单细胞和单核转录组技术揭示精神障碍分子和细胞异质性的最新进展 | 强调了非神经元细胞在精神障碍病理中的重要作用 | NA | 更新当前关于大脑转录组的发现，并探讨在抑郁症、压力、神经退行性疾病、精神分裂症、阿片类药物使用障碍以及酒精和精神兴奋剂滥用中识别的转录组改变的分子研究 | 人类和动物模型中的精神障碍 | 数字病理学 | 精神疾病 | 单细胞和单核转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22 | 2024-09-16 |
The cell type composition of the adult mouse brain revealed by single cell and spatial genomics
2023-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.06.531307
PMID:36945580
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研究论文 | 本文通过结合单核RNA测序和空间转录组学技术，构建了成年小鼠大脑中每个神经解剖结构的细胞类型图谱 | 首次全面揭示了成年小鼠大脑中各神经解剖结构的细胞类型组成，并开发了一个用于遗传访问每种细胞类型的框架 | NA | 构建成年小鼠大脑中每个神经解剖结构的细胞类型图谱 | 成年小鼠大脑中的细胞类型及其在神经解剖结构中的位置 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 整个小鼠大脑 |
| 23 | 2024-09-16 |
Revealing the Heterogeneity of the Tumor Ecosystem of Cholangiocarcinoma through Single-Cell Transcriptomics
2023-03-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12060862
PMID:36980203
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综述 | 本文综述了通过单细胞转录组学揭示胆管癌肿瘤生态系统的异质性 | 利用单细胞RNA测序技术详细描述了肿瘤内基质和恶性细胞的异质性，提供了肿瘤和基质细胞（包括浸润性免疫细胞）的表型和功能多样性的新视角 | 讨论了当前研究中的局限性，并提出了未来的研究方向和潜在的临床应用 | 探讨胆管癌肿瘤生态系统中细胞成分的异质性及其相互作用 | 胆管癌肿瘤生态系统中的细胞异质性及其相互作用 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 24 | 2024-09-16 |
Sensitive cluster-free differential expression testing
2023-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.08.531744
PMID:36945506
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研究论文 | 本文介绍了一种无聚类的差异表达测试框架miloDE，用于单细胞RNA测序数据 | 提出了miloDE框架，通过利用单细胞数据的图表示法，将相对同质的相邻细胞分配到重叠的邻域中，从而避免了传统聚类方法的局限性 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中差异表达测试的敏感性和特异性 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括模拟数据和真实数据，真实数据涉及缺乏Tal1的嵌合小鼠胚胎和特发性肺纤维化患者中的巨噬细胞 |
| 25 | 2024-09-15 |
A comprehensive benchmarking with practical guidelines for cellular deconvolution of spatial transcriptomics
2023-03-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37168-7
PMID:36941264
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研究论文 | 本文对18种现有的细胞反卷积方法进行了全面的基准测试，并提供了实用的选择指南 | 本文通过评估准确性、鲁棒性和可用性，对18种方法进行了全面的比较，并提供了决策树风格的指南和推荐 | NA | 评估和比较现有的细胞反卷积方法，并提供选择指南 | 18种细胞反卷积方法和50个真实世界及模拟数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | 50个真实世界和模拟数据集 |
| 26 | 2024-09-15 |
Benchmarking integration of single-cell differential expression
2023-03-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37126-3
PMID:36944632
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研究论文 | 本文对46种单细胞差异表达分析工作流程进行了基准测试，评估了批次效应、测序深度和数据稀疏性对其性能的影响 | 首次系统性地评估了多种单细胞差异表达分析方法在不同条件下的表现，并提出了在特定条件下表现优异的方法 | 研究主要集中在模拟数据和真实数据上的表现，未涉及实际临床应用中的验证 | 评估不同单细胞差异表达分析方法在处理批次效应、测序深度和数据稀疏性方面的性能 | 46种单细胞差异表达分析工作流程 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个批次的数据 |
| 27 | 2024-09-15 |
Key transcription factors influence the epigenetic landscape to regulate retinal cell differentiation
2023-03-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad026
PMID:36715342
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研究论文 | 研究揭示了关键转录因子如何影响表观遗传景观以调控视网膜细胞分化 | 通过scATAC-seq和CUT&Tag技术，系统分析了早期视网膜细胞分化过程中表观遗传景观的变化，并揭示了关键转录因子在调控基因表达中的作用 | NA | 深入理解中枢神经系统发育过程中神经细胞类型的形成机制 | 视网膜细胞分化过程中的表观遗传变化和关键转录因子的调控作用 | NA | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, CUT&Tag | NA | 基因表达数据 | NA |
| 28 | 2024-09-15 |
Hierarchical cell-type identifier accurately distinguishes immune-cell subtypes enabling precise profiling of tissue microenvironment with single-cell RNA-sequencing
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad006
PMID:36681937
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研究论文 | 本文介绍了一种基于基因集分析的分层细胞类型识别工具HiCAT，用于单细胞RNA测序数据中免疫细胞亚型的精确注释 | HiCAT通过三层分类树结构，逐级识别主要类型、次要类型和子集，显著提高了免疫细胞亚型识别的准确性 | NA | 开发一种能够准确区分免疫细胞亚型并用于组织微环境精确分析的工具 | 免疫细胞亚型及其在组织微环境中的作用 | 单细胞RNA测序 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 29 | 2024-09-15 |
Resolving the lineage relationship between malignant cells and vascular cells in glioblastomas
2023-03-16, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwac006
PMID:36929001
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研究论文 | 研究探讨了胶质母细胞瘤中恶性细胞与血管细胞之间的谱系关系 | 首次通过单细胞RNA测序和拷贝数变异分析，揭示了胶质母细胞瘤细胞与血管细胞的谱系差异，排除了胶质母细胞瘤细胞向血管细胞转分化的可能性 | 研究仅限于小鼠模型和人类样本的单细胞分析，未涉及其他动物模型或更广泛的临床样本 | 探讨胶质母细胞瘤中恶性细胞与血管细胞的谱系关系，为靶向治疗提供理论依据 | 胶质母细胞瘤中的恶性细胞和血管细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个遗传性胶质母细胞瘤小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本 |
| 30 | 2024-09-15 |
SMPD1 expression profile and mutation landscape help decipher genotype-phenotype association and precision diagnosis for acid sphingomyelinase deficiency
2023-Mar-13, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-023-00272-1
PMID:36907956
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研究论文 | 研究探讨了酸性鞘磷脂酶缺乏症（ASMD）的基因型-表型关联和精准诊断 | 首次阐明了SMPD1基因突变对细胞类型和组织水平的影响，为NPD的基因型-表型关联提供了新的见解 | NA | 探索NPD的基因型-表型关联和病理生理特征 | 酸性鞘磷脂酶缺乏症（ASMD）患者 | 遗传学 | 罕见遗传病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 144例NPD患者 |
| 31 | 2024-09-15 |
Interpretable and context-free deconvolution of multi-scale whole transcriptomic data with UniCell deconvolve
2023-03-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36961-8
PMID:36906603
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研究论文 | 介绍了一种名为UniCell: Deconvolve Base (UCDBase)的预训练深度学习模型，用于无上下文参考数据的多尺度全转录组数据的去卷积 | 提出了一个预训练的、可解释的深度学习模型UCDBase，能够在没有上下文参考数据的情况下对空间、bulk-RNA-Seq和scRNA-Seq数据进行细胞类型分数的去卷积和细胞身份预测 | NA | 开发一种新的深度学习模型，用于多尺度全转录组数据的去卷积和细胞身份预测 | 空间、bulk-RNA-Seq和scRNA-Seq数据中的细胞类型分数和细胞身份 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度学习模型 | 转录组数据 | 训练数据包括来自898项研究的超过2800万个注释的单细胞，涵盖840种独特的细胞类型 |
| 32 | 2024-09-15 |
Adipose tissue at single-cell resolution
2023-03-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2023.02.002
PMID:36889280
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在脂肪组织中的应用，重点介绍了从单细胞和单核转录组学中获得的生物学见解 | 利用单细胞转录组学技术，深入解析了脂肪组织中细胞类型的多样性和细胞状态的变化 | NA | 探讨单细胞转录组学在脂肪组织研究中的应用及其对组织可塑性的贡献 | 小鼠和人类脂肪组织 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类脂肪组织样本 |
| 33 | 2024-09-15 |
Mitochondrial metabolism of the facultative parasite Chilodonella uncinata (Alveolata, Ciliophora)
2023-Mar-07, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-023-05695-3
PMID:36882771
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研究论文 | 研究了Chilodonella uncinata的线粒体形态和代谢特征 | 首次研究了Chilodonella uncinata的线粒体代谢 | 仅基于单细胞转录组数据进行分析，缺乏实验验证 | 描述Chilodonella uncinata线粒体的形态特征和代谢特性 | Chilodonella uncinata的线粒体 | NA | NA | 荧光染色、透射电子显微镜、单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 单个Chilodonella uncinata细胞 |
| 34 | 2024-09-15 |
DiSiR: fast and robust method to identify ligand-receptor interactions at subunit level from single-cell RNA-sequencing data
2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad030
PMID:36968431
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DiSiR的快速且稳健的方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别亚基水平的配体-受体相互作用 | DiSiR不仅能够分析现有的配体-受体相互作用数据库，还能识别未在数据库中列出的相互作用，并且相比其他基于排列的方法（如CellPhoneDB和ICELLNET）表现更优 | NA | 开发一种新的方法来分析单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用，特别是多亚基配体激活受体的信号通路 | 单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 排列方法 | RNA测序数据 | 模拟数据和真实数据（包括COVID肺部和类风湿性关节炎滑膜的单细胞RNA测序数据） |
| 35 | 2024-09-14 |
Prenatal low-dose methylmercury exposure causes premature neuronal differentiation and autism-like behaviors in a rodent model
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106093
PMID:36843845
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研究论文 | 研究探讨了孕期低剂量甲基汞暴露对小鼠神经发育和自闭症样行为的影响 | 首次揭示了孕期甲基汞暴露导致皮质放射状胶质前体细胞（RGPs）直接分化为皮质神经元，跳过中间祖细胞阶段，并发现二甲双胍可通过CREB/CBP相互作用逆转这一过程 | 研究仅在动物模型中进行，结果需在人类中进一步验证 | 探讨孕期甲基汞暴露对自闭症谱系障碍（ASD）发病的影响及其潜在机制 | 孕期暴露于甲基汞的小鼠及其神经发育和行为 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 成年小鼠和胚胎小鼠皮质样本 |
| 36 | 2024-09-14 |
Single-cell and bulk RNA sequencing identifies T cell marker genes score to predict the prognosis of pancreatic ductal adenocarcinoma
2023-03-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-30972-7
PMID:36878969
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索了T细胞标记基因评分（TMGS）在预测胰腺导管腺癌（PDAC）患者总生存期和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应中的预测能力 | 本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种新的生物标志物TMGS，用于预测PDAC患者的预后和治疗反应 | 本研究仅基于特定数据集进行分析，TMGS的泛化能力和在其他癌症类型中的适用性需要进一步验证 | 探索T细胞标记基因评分（TMGS）在预测胰腺导管腺癌（PDAC）患者预后和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应中的预测能力 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者的预后和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | LASSO-Cox回归 | RNA测序数据 | 多组学数据 |
| 37 | 2024-09-14 |
Return of the Tbx5; lineage-tracing reveals ventricular cardiomyocyte-like precursors in the injured adult mammalian heart
2023-Mar-03, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-023-00280-9
PMID:36869039
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研究论文 | 本文通过发育方法和单细胞RNA测序技术，在成年哺乳动物心脏损伤模型中鉴定出一种表达Tbx5的心室心肌细胞样前体细胞群 | 首次在成年哺乳动物心脏损伤模型中鉴定出Tbx5表达的心室心肌细胞样前体细胞群，并发现其转录谱更接近于新生儿而非胚胎心肌细胞前体 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类心脏中验证 | 寻找能够进行心脏再生的细胞群，以解决心脏移植的局限性 | 成年哺乳动物心脏损伤后的心肌细胞再生能力 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 38 | 2024-09-14 |
Further refining the boundaries of the hippocampus CA2 with gene expression and connectivity: Potential subregions and heterogeneous cell types
2023-03, Hippocampus
IF:2.4Q3
DOI:10.1002/hipo.23508
PMID:36786207
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评论 | 本文回顾了海马体CA2区域的基因表达和连接性，并探讨了潜在的亚区域和异质细胞类型 | 利用DropViz单细胞转录组学和Mouse Connectome Project连接组学数据，提出了CA2区域细胞类型异质性和连接性的潜在差异 | NA | 探讨海马体CA2区域的基因表达和连接性，识别和表征潜在的亚区域 | 海马体CA2区域的基因表达和连接性 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 39 | 2024-09-14 |
Spatially informed clustering, integration, and deconvolution of spatial transcriptomics with GraphST
2023-03-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36796-3
PMID:36859400
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GraphST的图自监督对比学习方法，用于空间转录组学的空间聚类、多样本整合和细胞类型反卷积 | GraphST结合了图神经网络和自监督对比学习，通过最小化空间相邻点的嵌入距离来学习信息丰富且具有区分性的点表示，从而优于现有方法 | NA | 开发一种新的分析工具，用于空间转录组学的空间聚类、多样本整合和细胞类型反卷积 | 空间转录组学数据中的基因表达谱 | 生物信息学 | NA | 图神经网络，自监督对比学习 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 多个组织类型和技术平台的数据 |
| 40 | 2024-09-14 |
SGLT2 inhibitors mitigate kidney tubular metabolic and mTORC1 perturbations in youth-onset type 2 diabetes
2023-03-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI164486
PMID:36637914
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研究论文 | 研究探讨了SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中对肾脏代谢和mTORC1信号通路的调节作用 | 首次通过单细胞RNA测序和形态学数据分析了SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中的分子机制 | 研究样本量较小，且仅限于青年2型糖尿病患者 | 探讨SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中对肾脏代谢和mTORC1信号通路的调节作用 | 青年2型糖尿病患者的肾脏组织 | NA | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 16名青年2型糖尿病患者和健康对照组 |