单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-08-08 |
Context-dependent gene regulatory network reveals regulation dynamics and cell trajectories using unspliced transcripts
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac633
PMID:36653899
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研究论文 | 本文提出构建基于单细胞RNA测序数据的上下文依赖基因调控网络（CDGRNs），利用剪接和未剪接转录本的表达水平，揭示基因调控动态和细胞分化轨迹 | 本文创新性地将基因调控网络分解为对应不同转录组上下文的子网络，并通过高斯混合模型推断转录因子和目标基因的共识活性调控对 | NA | 研究目的是揭示基因调控网络在不同细胞类型中的动态变化及其与细胞分化的关系 | 研究对象包括基因调控网络、转录因子和目标基因、细胞分化轨迹 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 转录本表达数据 | NA |
| 282 | 2024-08-08 |
Length biases in single-cell RNA sequencing of pre-mRNA
2023-Mar-08, Biophysical reports
IF:2.4Q3
DOI:10.1016/j.bpr.2022.100097
PMID:36660179
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序数据中前体mRNA长度的偏差问题，并提出了一种基于长度的捕获偏差模型来解释这一现象 | 提出了一个基于长度的捕获偏差模型，用于解释单细胞RNA测序数据中前体mRNA长度的偏差 | 需要仔细评估噪声源以进行定量推断 | 研究单细胞RNA测序数据中的前体mRNA长度偏差及其对数据解释的影响 | 单细胞RNA测序数据中的前体mRNA长度偏差 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 马尔可夫链 | RNA测序数据 | NA |
| 283 | 2024-08-05 |
CHRNA1 and its correlated-myogenesis/cell cycle genes are prognosis-related markers of metastatic melanoma
2023-Mar, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2023.101425
PMID:36654921
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研究论文 | 研究发现与转移性黑色素瘤相关的CHRNs及其基因在预后中起重要作用 | 通过生物信息学分析识别出与转移性黑色素瘤相关的重要CHRNs及其相关基因 | 未具体说明具体样本数量及研究范围的限制 | 探讨CHRNs及其相关基因在转移性黑色素瘤中的作用 | 转移性黑色素瘤样本及相关基因 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA |
| 284 | 2024-08-08 |
Systematic single-cell dissecting reveals heterogeneous oncofetal reprogramming in the tumor microenvironment of gastric cancer
2023-Mar, Human cell
IF:3.4Q3
DOI:10.1007/s13577-023-00856-z
PMID:36662371
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研究论文 | 本研究利用非负矩阵分解（NMF）算法对胃癌（GC）的单细胞RNA测序数据进行分析，揭示了肿瘤微环境中不同细胞类型的异质性癌胎儿重编程。 | 首次系统地分析了胃癌肿瘤微环境中癌胎儿重编程的异质性，并确定了新的癌胎儿细胞亚型作为胃癌患者的预后因子和免疫检查点阻断的预测因子。 | NA | 研究胃癌肿瘤微环境中癌胎儿重编程的异质性及其对细胞功能和患者预后的影响。 | 胃癌肿瘤微环境中的癌相关成纤维细胞（CAFs）、肿瘤相关内皮细胞（TECs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解（NMF） | RNA测序数据 | 大样本量的胃癌患者 |
| 285 | 2024-08-08 |
MARVEL: an integrated alternative splicing analysis platform for single-cell RNA sequencing data
2023-03-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1260
PMID:36631981
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研究论文 | 介绍了一个名为MARVEL的综合R包，用于单细胞RNA测序数据的剪接分析 | MARVEL是首个适用于板式和液滴式方法生成RNA测序数据的单细胞剪接分析工具 | NA | 开发和验证一个用于单细胞剪接分析的综合工具 | 单细胞RNA测序数据中的选择性剪接 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个公开可用的数据集，涵盖多种细胞类型 |
| 286 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals gonadal dynamic changes during sex differentiation in hermaphroditic protogynous orange-spotted grouper ( Epinephelus coioides)
2023-03-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 287 | 2024-08-08 |
Phagocytosis of Glioma Cells Enhances the Immunosuppressive Phenotype of Bone Marrow-Derived Macrophages
2023-03-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1570
PMID:36622331
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和全外显子测序数据，研究了胶质母细胞瘤组织中的肿瘤相关巨噬细胞（TAM），并发现了一种同时表达巨噬细胞和肿瘤特征的TAM亚型，即双阳性TAM | 首次揭示了骨髓来源的巨噬细胞通过吞噬胶质瘤细胞形成具有增强免疫抑制表型的双阳性TAM，这一发现有助于理解TAM介导的免疫抑制过程 | NA | 探讨肿瘤相关巨噬细胞如何转变为免疫抑制表型及其对肿瘤微环境的影响 | 胶质母细胞瘤组织中的肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 288 | 2024-08-05 |
scRNA-seq analysis reveals toxicity mechanisms in shrimp hemocytes subjected to nitrite stress
2023-Mar, Chemosphere
IF:8.1Q1
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了在亚硝酸盐压力下虾血细胞的毒性机制 | 识别了9个血细胞群体中394个特定的亚硝酸盐应答基因，揭示了血细胞亚群对亚硝酸盐的响应异质性 | 未提供对亚硝酸盐暴露下虾血细胞毒性机制的详细和全面的分析 | 探讨亚硝酸盐对虾血细胞的毒性效应及其机制 | 对虾血细胞在亚硝酸盐暴露下的反应进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 24000个虾血细胞 |
| 289 | 2024-08-05 |
Lineage tracing reveals fate bias and transcriptional memory in human B cells
2023-03, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202201792
PMID:36639222
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研究论文 | 这篇文章结合了单细胞转录组和谱系追踪以理解人类B细胞的命运选择 | 研究揭示了人类B细胞在分化过程中的命运偏向和转录记忆 | 该研究主要集中于体外分化，未完全模拟体内环境 | 探讨人类B细胞的分化过程及其命运选择机制 | 人类B细胞及其克隆 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因序列 | IgM+ B细胞及人类骨髓中的浆细胞 |
| 290 | 2024-08-08 |
Heterogeneity of Islet Cells during Embryogenesis and Differentiation
2023-03, Diabetes & metabolism journal
IF:6.8Q1
DOI:10.4093/dmj.2022.0324
PMID:36631992
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术研究胚胎发育和分化过程中胰岛细胞异质性的进展，并探讨了其在糖尿病再生医学中的应用前景 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了胰岛素产生细胞的详细转录组，并推断了细胞转换过程中的发育轨迹和基因调控网络 | NA | 探讨胰岛细胞在胚胎发育和分化过程中的异质性，以及其在糖尿病再生医学中的应用潜力 | 胰岛细胞在胚胎发育和分化过程中的异质性 | 干细胞研究 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 291 | 2024-08-08 |
CD161 Characterizes an Inflamed Subset of Cytotoxic T Lymphocytes Associated with Prolonged Survival in Human Papillomavirus-Driven Oropharyngeal Cancer
2023-03-01, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0454
PMID:36633583
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研究论文 | 研究探讨了人乳头瘤病毒（HPV）驱动型口咽癌中细胞毒性T淋巴细胞（CTL）的异质性及其与预后的关系 | 首次鉴定了CD161作为HPV阳性口咽癌中CTL亚群的潜在标志物，并揭示了其与免疫检查点阻断疗法的协同作用 | 研究结果需要在更多独立队列中进一步验证 | 探究HPV驱动型口咽癌中CTL的表型、功能及其与预后的关系 | HPV驱动型口咽癌中的细胞毒性T淋巴细胞 | 免疫学 | 口咽癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、药理学抑制和免疫荧光染色 | NA | 细胞 | 两个独立队列的数据 |
| 292 | 2024-08-08 |
Highly efficient generation of blastocyst-like structures from spliceosomes-repressed mouse totipotent blastomere-like cells
2023-03, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-022-2209-3
PMID:36633710
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研究论文 | 本研究展示了通过剪接体抑制诱导的全能性类似细胞（TBLCs）高效生成类囊胚结构的能力 | 首次证明了剪接体抑制诱导的TBLCs能够以高效率形成类囊胚结构，并能从单个TBLC开始生成类囊胚 | 研究主要集中在体外实验，尚未完全验证这些类囊胚结构在体内环境中的发育潜能 | 探索和优化从全能性类似细胞生成类囊胚结构的方法，以用于早期小鼠胚胎发育的研究 | 剪接体抑制诱导的全能性类似细胞（TBLCs）及其生成的类囊胚结构 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及多个微孔中的TBLCs |
| 293 | 2024-08-08 |
Transcriptional and mutational signatures of the Drosophila ageing germline
2023-03, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-022-01958-x
PMID:36635344
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研究论文 | 研究探讨了果蝇衰老生殖细胞的转录和突变特征 | 发现老年果蝇的早期生殖细胞与年轻果蝇在进入精子发生时具有相似的突变负荷，但老年果蝇在精子发生过程中清除突变的能力较弱，且突变可能在精子发生过程中增加 | NA | 探索衰老生殖细胞的转录和突变特征 | 年轻和老年雄性果蝇的睾丸 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序，基因组测序（DNA测序） | NA | 基因表达数据，突变数据 | 年轻和老年雄性果蝇的睾丸及体细胞 |
| 294 | 2024-08-08 |
Integrative Single-Cell Analysis Reveals Transcriptional and Epigenetic Regulatory Features of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2023-03-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-2224
PMID:36607615
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）分析了19例透明细胞肾细胞癌（ccRCC）样本，揭示了ccRCC的转录和表观遗传调控特征 | 本研究首次综合分析了ccRCC的单细胞转录组和染色质可及性图谱，并鉴定了两种长链非编码RNA（RP11-661C8.2和CTB-164N12.1），这些RNA促进了ccRCC的侵袭和迁移 | NA | 深入理解透明细胞肾细胞癌的功能状态和调控动态 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的转录和表观遗传调控特征 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 19例透明细胞肾细胞癌样本 |
| 295 | 2024-08-05 |
Comparing RNA-sequencing datasets from astrocytes, oligodendrocytes, and microglia in multiple sclerosis identifies novel dysregulated genes relevant to inflammation and myelination
2023-03, WIREs mechanisms of disease
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/wsbm.1594
PMID:36600404
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研究论文 | 本研究整合了多项RNA测序研究，以识别和回顾与多发性硬化症中神经系统胶质细胞相关的差异调控基因及通路的新的模式 | 本研究通过整合多个RNA测序数据集，识别与炎症和髓鞘形成相关的新型失调基因 | 缺乏对个别研究结果之间的报道和对比 | 该研究旨在调查多发性硬化症中神经系统特定胶质细胞中的基因表达变化 | 研究对象包括来自动物模型及初级患者组织的星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 分子生物学 | 多发性硬化症 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 296 | 2024-08-05 |
COVID-19 and non-alcoholic fatty liver disease: Biological insights from multi-omics data
2023-03, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.15509
PMID:36593576
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研究论文 | 通过整合多组学数据，我们探讨了COVID-19与非酒精性脂肪肝病（NAFLD）之间的共同病理生理机制 | 本研究通过功能富集分析揭示了COVID-19与NAFLD之间共享的生物疾病机制，特别关注性别特异性的途径 | 该研究可能未涵盖所有潜在的遗传和代谢因素，导致生物机制的理解不够全面 | 研究COVID-19与非酒精性脂肪肝病的共同病理机制及其在性别方面的差异 | 重点研究COVID-19感染和NAFLD在生物学过程中的共同遗传风险因素 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝病 | 多组学数据整合 | 单细胞转录组学 | 基因组学和代谢组学数据 | 健康和COVID-19组织标本中的肝细胞和Kupffer细胞 |
| 297 | 2024-08-08 |
Cell diversity and immune infiltration in the parathyroid tumour microenvironment
2023-03-01, Endocrine-related cancer
IF:4.1Q2
DOI:10.1530/ERC-22-0325
PMID:36602147
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了甲状旁腺腺瘤组织中的细胞多样性和免疫浸润情况 | 首次详细描述了甲状旁腺腺瘤中的八种主要细胞类型及其亚群，并揭示了肿瘤内分泌细胞的静息状态、免疫抑制微环境以及炎症相关的肿瘤相关成纤维细胞 | NA | 探究甲状旁腺肿瘤微环境中的细胞多样性和免疫浸润特征 | 甲状旁腺腺瘤组织中的细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 甲状旁腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 27,251个细胞来自4个甲状旁腺腺瘤组织样本 |
| 298 | 2024-08-08 |
Distinct fibroblast progenitor subpopulation expedites regenerative mucosal healing by immunomodulation
2023-03-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20221350
PMID:36584405
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研究论文 | 本文识别了一种关键的成纤维细胞亚群——出生后配对相关同源盒-1+（Prx1+）细胞，这些细胞通过促进早期免疫反应加速黏膜愈合 | 首次发现Prx1+成纤维细胞在生理和损伤条件下表现出祖细胞特征，并能分化为具有免疫调节功能的SCA1+成纤维细胞，从而加速伤口愈合 | 研究主要基于小鼠模型，尚需在人类中进一步验证 | 探究成纤维细胞亚群在黏膜愈合中的作用机制 | 成纤维细胞亚群Prx1+细胞及其在黏膜愈合中的作用 | NA | NA | 移植和遗传消融模型、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 小鼠模型 |
| 299 | 2024-08-08 |
The Heterogeneous Cellular States of Glioblastoma Stem Cells Revealed by Single Cell Analysis
2023-03-02, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxac088
PMID:36583266
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序数据，结合谱系和干细胞特性，识别并分析了胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的细胞状态及其与患者临床结果的相关性 | 首次在人类肿瘤微环境中研究GSCs的细胞状态，并识别出两种不同的GSCs亚群：增殖性GSCs（pGSCs）和静止性GSCs（qGSCs），并构建了一个8基因的预后标志物 | NA | 揭示胶质母细胞瘤干细胞的异质性及其与肿瘤发展和临床结果的相关性 | 胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）及其细胞状态 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 6个独立的胶质母细胞瘤（GBM）队列 |
| 300 | 2024-08-08 |
Protocol to dissociate healthy and infected murine- and hamster-derived lung tissue for single-cell transcriptome analysis
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101957
PMID:36542521
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研究论文 | 本文提供了一种将健康和感染的小鼠及仓鼠肺组织转化为具有代表性的多样性、存活的单细胞悬液的协议，用于单细胞转录组分析 | 本文介绍了一种新的肺组织处理方法，包括血管灌注、肺切除、酶消化和机械分离，以及红细胞裂解和分离细胞计数 | 目前仍需进一步提高肺内皮细胞的比例，同时不损害细胞的存活率 | 研究传染病中的宿主-病原体相互作用 | 小鼠和仓鼠的肺组织 | 数字病理学 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |