单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-05 |
Time has come to address the spatiotemporal combinatorial model for CCN proteins biological activitites by spatial transcriptomics and genome wide association studies
2023-Mar, Journal of cell communication and signaling
IF:3.6Q3
DOI:10.1007/s12079-023-00729-y
PMID:36752900
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评论 | 本文提出了通过空间转录组学和全基因组关联研究来解决CCN蛋白生物活性的时空组合模型。 | 文章强调了需要通过广泛的协作方法来研究CCN3生物学状态中的开放问题 | 未提供具体的实验数据或研究结果 | 探讨CCN3生物学中的未解问题 | CCN蛋白，特别是CCN3的生物学方向 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，基因组关联研究 | NA | NA | NA |
| 262 | 2024-08-08 |
Revealing EXPH5 as a potential diagnostic gene biomarker of the late stage of COPD based on machine learning analysis
2023-03, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106621
PMID:36746116
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研究论文 | 本研究通过机器学习分析揭示EXPH5基因作为慢性阻塞性肺病（COPD）晚期潜在的诊断基因生物标志物 | 首次识别EXPH5基因作为COPD晚期的诊断生物标志物，并分析了其在不同COPD阶段与免疫细胞浸润的关系 | 研究仅基于两个GEO数据集，样本量和数据多样性可能有限 | 寻找用于早期诊断COPD的关键基因，并分析COPD早期和晚期阶段之间的免疫细胞浸润 | EXPH5基因在COPD诊断中的作用及其与免疫细胞浸润的关系 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺病 | GSEA分析 | LASSO和SVM-RFE | 基因表达数据 | 157个差异表达基因（DEGs） |
| 263 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome reveals cellular heterogeneity and lineage-specific regulatory changes of fibroblasts in post-traumatic urethral stricture
2023-Mar, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2023.101431
PMID:36748064
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了创伤后尿道狭窄组织中的成纤维细胞异质性和细胞间通讯 | 首次揭示了创伤后尿道狭窄组织中成纤维细胞的亚群及其在纤维化过程中的分子类型，并识别了成纤维细胞与血管内皮细胞间的通讯 | NA | 探索创伤后尿道狭窄组织中成纤维细胞的异质性和细胞间通讯 | 创伤后尿道狭窄组织及其邻近正常组织的成纤维细胞 | 数字病理学 | 尿道狭窄 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 13,411个细胞 |
| 264 | 2024-08-08 |
Cytohesin-4 Upregulation in Glioma-Associated M2 Macrophages Is Correlated with Pyroptosis and Poor Prognosis
2023-Mar, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-023-02104-3
PMID:36749492
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研究论文 | 本研究探讨了细胞质素-4（CYTH4）在胶质瘤相关M2巨噬细胞中的上调与焦亡及不良预后的关系 | 首次揭示了CYTH4在胶质瘤中的表达与M2巨噬细胞及焦亡的关联 | NA | 研究CYTH4在胶质瘤中的表达及其与预后的关系 | CYTH4在胶质瘤M2巨噬细胞中的表达及其生物标志物潜力 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 多个胶质瘤单细胞RNA测序数据集及TCGA和CGGA的批量数据 |
| 265 | 2024-08-08 |
An analysis of classical multidimensional scaling with applications to clustering
2023-Mar, Information and inference : a journal of the IMA
DOI:10.1093/imaiai/iaac004
PMID:36761434
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研究论文 | 本文提供了一个理论框架，用于分析经典多维尺度法产生的嵌入样本的质量，并聚焦于对噪声数据的聚类分析 | 本文首次提供了经典多维尺度法的统计性能理论结果，并确定了信号噪声比的条件，使得该方法结合基于距离的聚类算法能恢复所有样本的聚类标签 | NA | 分析经典多维尺度法的性能，并应用于噪声数据的聚类 | 经典多维尺度法产生的嵌入样本 | 机器学习 | NA | 多维尺度法 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、自然语言数据 | NA |
| 266 | 2024-08-05 |
SMURF: embedding single-cell RNA-seq data with matrix factorization preserving self-consistency
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad026
PMID:36715274
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研究论文 | 该文章提出了一种名为SMURF的工具，用于从单细胞RNA测序数据中提取低维嵌入。 | SMURF利用矩阵分解和混合的Poisson-Gamma发散作为目标，保持自我一致性，而不是传统的插补方法。 | 该文章没有明确指出局限性 | 研究单细胞RNA测序数据的细胞特异性转录组学，旨在改善细胞嵌入的发现效果。 | 该研究对象为细胞和基因的低维嵌入。 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | NA | 细胞数据 | 涉及多个模拟和八个网络实验室的scRNA数据集，无具体样本数量 |
| 267 | 2024-08-05 |
Denoising adaptive deep clustering with self-attention mechanism on single-cell sequencing data
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad021
PMID:36715275
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研究论文 | 本文提出了一种新的自适应模糊聚类模型，旨在利用去噪自编码器和自注意力机制分析单细胞RNA测序数据 | 文章创新性地引入了联合学习和自适应反馈机制，提高了聚类精度和稳定性 | 实验只在16个真实的scRNA-seq数据集上进行了验证，可能缺乏对其他类型数据的普适性 | 研究旨在提高单细胞RNA测序样本的聚类分析能力 | 研究对象为单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 数字病理学 | NA | 去噪自编码器 | 自适应模糊聚类模型 | RNA测序数据 | 16个真实scRNA-seq数据集 |
| 268 | 2024-08-05 |
scGGAN: single-cell RNA-seq imputation by graph-based generative adversarial network
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad040
PMID:36733262
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研究论文 | 本文提出了一种新的模型scGGAN，通过图卷积网络和生成对抗网络对单细胞RNA测序数据进行插补 | 创新之处在于考虑了基因之间的内在关系，并结合图卷积网络和生成对抗网络来处理scRNA-seq数据插补 | 未提到具体的实验限制 | 研究目标是提高单细胞RNA测序数据的插补质量 | 研究对象为单细胞RNA测序数据及其相关的基因序列数据 | 机器学习 | NA | 生成对抗网络（GAN） | 图卷积网络（GCN） | 单细胞RNA测序数据 | 模拟和真实的scRNA-seq数据集 |
| 269 | 2024-08-05 |
How does neurovascular unit dysfunction contribute to multiple sclerosis?
2023-03, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2023.106028
PMID:36736923
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研究论文 | 本文探讨了神经血管单元功能障碍如何影响多发性硬化症的发展 | 提出神经血管单元功能障碍可能是导致多发性硬化症的主要病理因素，并探讨其作为未来治疗靶点的适宜性 | 当前对多发性硬化症的致病机制仍未明了，进一步研究仍需进行 | 研究多发性硬化症的风险因素和病理生理，并讨论神经血管单元在疾病进展中的作用 | 多发性硬化症患者以及其神经血管单元的细胞组成 | 神经科学 | 多发性硬化症 | 单细胞转录组测序 | NA | 细胞生物学数据，基因组数据 | NA |
| 270 | 2024-08-05 |
Molecular characterization of human cytomegalovirus infection with single-cell transcriptomics
2023-03, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-023-01325-x
PMID:36732471
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学分析人类巨细胞病毒(HCMV)感染的进展 | 揭示了早期病毒基因表达水平及宿主细胞内源性干扰素刺激基因表达在HCMV感染结果中的重要作用 | 未明确分析其他免疫细胞类型在感染中的作用 | 探讨人类巨细胞病毒感染的分子机制 | 单核细胞和巨噬细胞的HCMV感染 | 数字病理 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 271 | 2024-08-05 |
Current "state of the art" on dendritic cell-based cancer vaccines in melanoma
2023-03-01, Current opinion in oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/CCO.0000000000000926
PMID:36721893
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综述 | 本文回顾了树突细胞在黑色素瘤癌症疫苗中的作用及其最新进展 | 探讨了使用单细胞测序方法重新分类树突细胞，并讨论了如何操控特定的树突细胞亚群以诱导有效和持久的抗肿瘤反应 | 肿瘤内给药限制了疫苗的适用性，仅适用于可达的病变患者 | 阐明树突细胞在癌症免疫中的独特角色及其在疫苗开发中的应用 | 重点研究树突细胞亚群及其在抗肿瘤免疫中的功能 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 272 | 2024-08-05 |
Low Expression of BRCA1 as a Potential Relapse Predictor in B-Cell Acute Lymphoblastic Leukemia
2023-03-01, Journal of pediatric hematology/oncology
DOI:10.1097/MPH.0000000000002595
PMID:36730467
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研究论文 | 本研究探讨了BRCA1低表达在B细胞急性淋巴细胞白血病复发预测中的潜在作用 | 确定了BRCA1基因表达的降低与B-ALL复发之间的关联性，并提出其作为一种潜在的分子预后标志物 | 本研究的样本可能不足以全面验证BRCA1作为复发预测标志物的有效性 | 旨在研究BRCA1表达与B细胞急性淋巴细胞白血病复发的关系 | B-ALL患者的BRCA1基因表达及其与复发的相关性 | 数字病理学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 微阵列分析和单细胞RNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 273 | 2024-08-05 |
Development and validation of a prognostic model based on a single-cell RNA-seq in Wilms tumor in children
2023-03, Journal of investigative medicine : the official publication of the American Federation for Clinical Research
IF:2.5Q3
DOI:10.1177/10815589221143739
PMID:36718830
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研究论文 | 本文分析了儿童威尔姆斯肿瘤的不同细胞类型间的异质性，并建立了一个预后模型 | 基于单细胞RNA-seq数据构建了一个综合预后模型并识别了预后生物标志物 | 外部验证集的样本量和多样性可能影响模型的普适性 | 建立儿童威尔姆斯肿瘤的预后模型 | 儿童威尔姆斯肿瘤组织中的恶性肿瘤细胞 | 数字病理学 | 威尔姆斯肿瘤 | 单细胞RNA-seq | COX回归分析和LASSO回归 | 基因表达数据 | 215个恶性肿瘤细胞中筛选出的不同表达基因 |
| 274 | 2024-08-05 |
Th17.1 cell driven sarcoidosis-like inflammation after anti-BCMA CAR T cells in multiple myeloma
2023-03, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-023-01824-0
PMID:36720972
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research paper | 本研究展示了一例在多发性骨髓瘤中接受反BCMA CAR T细胞治疗后出现的肺部炎症的案例研究 | 提出了由Th17.1驱动的自身免疫机制作为该现象的生物学基础，并且通过多种影像学跟踪剂与FDG PET成像结合，能够区分免疫介导的变化和真正的疾病复发 | 研究基于单个病例，可能无法代表所有患者的情况 | 探讨抗BCMA CAR T细胞治疗后可能出现的肺部炎症及其诊断挑战 | 接受抗BCMA CAR T细胞治疗的多发性骨髓瘤患者 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单病例研究 |
| 275 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-Seq reveals CVI-mAb-induced Lyve1+ M2-like macrophages reduce atherosclerotic plaque area in Apoe-/- mice
2023-Mar, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.109794
PMID:36736225
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研究论文 | 本研究揭示了CVI-mAb诱导的Lyve1+ M2样巨噬细胞在Apoe-/-小鼠中减少动脉粥样硬化斑块面积的作用 | 识别出在CVI-mAb治疗下的Apoe-/-小鼠中几乎独占的Lyve1+ M2样巨噬细胞亚群及其在脂质代谢中的特殊功能 | 对于其他巨噬细胞亚群的疗效仍未完全理解 | 研究不同巨噬细胞表型在动脉粥样硬化中的作用及其潜在的治疗益处 | Apoe-/-小鼠中的F4/80+巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了Apoe-/-小鼠的多个组别，包括普通饮食、高脂饮食及CVI-mAb治疗组 |
| 276 | 2024-08-08 |
GPS2-mediated regulation of the adipocyte secretome modulates adipose tissue remodeling at the onset of diet-induced obesity
2023-03, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2023.101682
PMID:36731652
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研究论文 | 本研究探讨了GPS2在调节脂肪细胞分泌组中的作用，及其在饮食诱导肥胖早期阶段对脂肪组织重塑的影响 | 揭示了GPS2缺失导致脂肪细胞适应高脂饮食引起的代谢压力受损，并通过调节分泌因子影响脂肪组织微环境 | NA | 旨在更好地理解饮食诱导肥胖早期阶段脂肪组织扩张和适应的调控机制 | 脂肪细胞与基质细胞之间的交流 | NA | 肥胖 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、半定量蛋白质组学 | NA | RNA、蛋白质 | 野生型和脂肪细胞特异性GPS2敲除（GPS2-AKO）小鼠 |
| 277 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis of pyroptosis-related gene signatures for glioblastoma immune microenvironment and target therapy
2023-Mar, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13376
PMID:36681858
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研究论文 | 本研究分析了与焦亡相关的基因特征在胶质母细胞瘤免疫微环境中的作用及靶向治疗的潜力 | 首次探讨了焦亡与胶质母细胞瘤亚型及免疫环境的关系，并利用机器学习算法筛选出潜在治疗化合物 | 研究仅基于73个胶质母细胞瘤样本，样本量相对较小 | 探讨焦亡在胶质母细胞瘤进展与免疫反应中的角色 | 73个胶质母细胞瘤样本，具体分类为不同亚型 | 数字病理 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA-seq，机器学习算法 | 无 | 样本数据 | 73个胶质母细胞瘤样本 |
| 278 | 2024-08-08 |
The power of combined spatial transcriptomics and genome wide association studies (GWAS) approaches to heritable prostate cancer
2023-Mar, Journal of cell communication and signaling
IF:3.6Q3
DOI:10.1007/s12079-023-00724-3
PMID:36692634
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 279 | 2024-08-08 |
Peripheral blood mononuclear cell tissue factor (F3 gene) transcript levels and circulating extracellular vesicles are elevated in severe coronavirus 2019 (COVID-19) disease
2023-03, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH
IF:5.5Q1
DOI:10.1016/j.jtha.2022.11.033
PMID:36696180
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研究论文 | 研究探讨了严重COVID-19患者中外周血单个核细胞的组织因子（F3基因）转录水平及循环中的细胞外囊泡的升高情况 | 首次揭示了SARS-CoV-2感染导致系统性组织因子（F3）转录水平升高及循环细胞外囊泡的增加，这些可能与疾病相关的凝血、血栓形成及相关的死亡率有关 | NA | 探究COVID-19疾病中过度凝血的机制 | COVID-19患者的血液样本 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 独立队列的COVID-19患者 |
| 280 | 2024-08-05 |
DIST: spatial transcriptomics enhancement using deep learning
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad013
PMID:36653906
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研究论文 | 此文章提出了一种基于深度学习的DIST方法，用于增强空间转录组学的基因表达测量 | 文章创新地利用自监督学习和迁移学习来改善基因表达的表达质量和深度 | 文章未提及特定的限制条件 | 研究旨在通过新的方法提升空间转录组学的基因表达数据的质量 | 研究对象为转录组测量中的基因表达数据 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | NA | 基因表达数据 | NA |