单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis deciphers key transitional signatures associated with oncogenic evolution in human intramucosal oesophageal squamous cell carcinoma
2023-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1203
PMID:36855810
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research paper | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了人黏膜内食管鳞状细胞癌中与致癌进化相关的关键过渡特征。 | 本研究首次在单细胞水平上系统描述了人黏膜内食管鳞状细胞癌的细胞图谱，并发现了与转移和血管生成相关的新型恶性细胞亚群。 | 研究需要新鲜且高质量的标本，这些标本通常来自内镜下切除的组织，这限制了研究的广泛应用。 | 旨在系统描述人黏膜内食管鳞状细胞癌的细胞图谱。 | 人黏膜内食管鳞状细胞癌的细胞图谱。 | digital pathology | 食管鳞状细胞癌 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 共分析了164,715个细胞。 |
| 242 | 2024-08-08 |
Lineage plasticity enables low-ER luminal tumors to evolve and gain basal-like traits
2023-03-01, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-023-01621-8
PMID:36859337
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研究论文 | 研究探讨了低雌激素受体（ER）表达的管腔型乳腺癌如何通过谱系可塑性获得基底样特征 | 发现低ER表达的管腔型乳腺癌中，SOX10作为潜在的驱动因子，促使肿瘤细胞获得新的管腔-基底表型，增加了肿瘤内部的管腔-基底异质性 | NA | 研究乳腺癌亚型的分子特征及其对治疗决策和预后预测的影响 | 低雌激素受体表达的管腔型乳腺癌及其向基底样特征的转变 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤模型进行谱系追踪研究 |
| 243 | 2024-08-08 |
Kif5a Regulates Mitochondrial Transport in Developing Retinal Ganglion Cells In Vitro
2023-03-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.64.3.4
PMID:36862119
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研究论文 | 本研究探讨了Kif5a蛋白在体外培养的视网膜神经节细胞发育过程中对线粒体运输的调控作用 | 首次揭示了Kif5a在视网膜神经节细胞发育过程中对线粒体前向和逆向运输的影响 | 研究仅限于体外实验，未来需进一步探索Kif5a在活体视网膜神经节细胞中的作用 | 理解线粒体在视网膜神经节细胞成熟过程中的运输动态及其调控机制 | 视网膜神经节细胞的线粒体运输 | NA | NA | 免疫淘选、MitoTracker染色、活细胞成像、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 来自不同发育阶段的大鼠的初级视网膜神经节细胞 |
| 244 | 2024-08-08 |
Single-cell proteomics enabled by next-generation sequencing or mass spectrometry
2023-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01791-5
PMID:36864196
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review | 本文讨论了通过质谱和测序方法在单细胞水平检测蛋白质的挑战，并回顾了这些技术的最新进展 | 提出了技术进步和互补方法的空间，以最大化两类技术的优势 | NA | 探讨单细胞蛋白质组学技术的发展和应用 | 单细胞蛋白质检测技术 | digital pathology | NA | NGS, mass spectrometry | NA | protein | large numbers of single cells |
| 245 | 2024-08-08 |
scSTAR reveals hidden heterogeneity with a real-virtual cell pair structure across conditions in single-cell RNA sequencing data
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad062
PMID:36813563
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研究论文 | 本文介绍了scSTAR方法，通过构建真实-虚拟细胞对结构，分析跨条件下的单细胞RNA测序数据中的细胞状态转换 | scSTAR方法通过最大化两个特征空间之间的协方差，使用偏最小二乘法和最小平方误差方法，克服了现有方法在细胞状态短期演化上的限制 | NA | 研究细胞状态转换在时间解析生物现象中的应用 | 单细胞RNA测序数据中的细胞状态转换 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 偏最小二乘法，最小平方误差方法 | RNA测序数据 | 11种癌症数据来自The Cancer Genome Atlas Program |
| 246 | 2024-08-05 |
HSP70 regulates lipid metabolism of decidual macrophages to maintain normal pregnancy
2023-03, Journal of reproductive immunology
IF:2.9Q2
DOI:10.1016/j.jri.2023.103829
PMID:36805906
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研究论文 | 本研究探讨了HSP70如何通过调节决策巨噬细胞的脂质代谢维持正常妊娠 | 揭示了HSP70在维持正常妊娠中的新机制，尤其是在反复流产患者的巨噬细胞功能调节中 | 仅限于使用单细胞测序数据，缺乏大规模临床样本验证 | 研究HSP70在维持正常妊娠和调节决策巨噬细胞代谢中的角色 | 研究对象为正常妊娠和反复流产患者的决策巨噬细胞 | 数字病理学 | 反复流产 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3579个巨噬细胞 |
| 247 | 2024-08-08 |
CLAIRE: contrastive learning-based batch correction framework for better balance between batch mixing and preservation of cellular heterogeneity
2023-03-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad099
PMID:36821425
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研究论文 | 本文介绍了一种基于对比学习的批量校正框架CLAIRE，旨在优化批量混合与细胞异质性保留之间的平衡 | 提出了两种互补策略：构建策略和细化策略，以改进正样本对的适当性，从而实现更优的混合-异质性权衡 | NA | 改进单细胞RNA测序数据集整合中的批量效应去除与生物异质性保留 | 单细胞RNA测序数据集的批量校正 | 机器学习 | NA | 对比学习 | 深度神经网络 | RNA测序数据 | 涉及六个真实数据集 |
| 248 | 2024-08-08 |
scGCL: an imputation method for scRNA-seq data based on graph contrastive learning
2023-03-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad098
PMID:36825817
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研究论文 | 本文提出了一种基于图对比学习的scRNA-seq数据插补方法scGCL | scGCL结合图对比学习和零膨胀负二项分布（ZINB）来估计缺失值，并通过对比学习总结全局和局部语义信息，增强目标节点的表示 | NA | 旨在减少scRNA-seq数据的技术噪声并促进下游分析 | scRNA-seq数据的基因表达水平插补 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 图对比学习 | 自编码器 | scRNA-seq数据 | 14个scRNA-seq数据集 |
| 249 | 2024-08-08 |
Microglial subpopulations with distinct transcriptome signatures vary across brain regions in the resting mouse brain
2023-Mar, Journal of pharmacological sciences
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.jphs.2022.12.010
PMID:36828616
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，在静息状态下的脑中识别出具有独特转录组特征的微胶质亚群，并探讨了这些亚群在不同脑区的分布及其与微胶质激活的关系 | 首次揭示了静息状态下脑中微胶质亚群的异质性及其与微胶质激活的关系 | NA | 探究微胶质亚群在生理条件下的异质性及其与微胶质激活的关系 | 小鼠脑中的微胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 250 | 2024-08-08 |
OX40 agonism enhances PD-L1 checkpoint blockade by shifting the cytotoxic T cell differentiation spectrum
2023-03-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.100939
PMID:36796366
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研究论文 | 本文通过高维单细胞分析技术，研究了OX40共刺激和PD-1抑制通路联合靶向治疗对T细胞状态的影响，并探讨了这些变化与免疫检查点治疗反应的关系。 | 首次揭示了OX40激动剂通过改变细胞毒性T细胞分化谱增强PD-L1检查点阻断的效果，并发现了与治疗反应相关的NK细胞受体表达的CD8 T细胞。 | 研究主要在肿瘤小鼠模型中进行，需要在更多癌症患者中验证这些发现。 | 探究OX40和PD-1通路联合治疗对T细胞状态的影响及其在免疫检查点治疗中的作用。 | 肿瘤小鼠模型及免疫治疗反应的癌症患者。 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序和质谱流式细胞术 | NA | 单细胞数据 | 肿瘤小鼠及免疫治疗反应的癌症患者 |
| 251 | 2024-08-05 |
Identifying spatial domain by adapting transcriptomics with histology through contrastive learning
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad048
PMID:36781228
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研究论文 | 本文提出一种新方法ConGI，通过对比学习将基因表达与组织病理图像结合，准确识别空间域 | 该研究提出三种对比损失函数，使得基因表达和图像数据的共同表示得以学习，从而增强了空间域识别的准确性 | 本文未详细探讨提出的方法在大规模数据集上的表现 | 研究空间转录组学中通过结合组织病理图像来准确识别空间域 | 本研究对象包括肿瘤和正常组织的空间转录组数据集 | 数字病理学 | NA | 对比学习 | NA | 基因表达和图像数据 | NA |
| 252 | 2024-08-08 |
Multi-omics analysis reveals Mn exposure affects ferroptosis pathway in zebrafish brain
2023-Mar-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2023.114616
PMID:36796209
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和代谢组学分析，探讨了锰暴露对斑马鱼大脑中铁死亡信号通路的影响。 | 本研究首次揭示了锰暴露通过影响铁死亡信号通路导致神经毒性的新机制。 | NA | 探究锰暴露引起的神经毒性机制。 | 斑马鱼大脑中的不同细胞类型及其转录组和代谢过程。 | 数字病理学 | 神经毒性 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据，代谢组数据 | 斑马鱼大脑中的10种细胞类型 |
| 253 | 2024-08-05 |
Trajectory Inference for Unraveling Dynamic Biological Processes from Raman Spectral Data
2023-03-07, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.2c04901
PMID:36788139
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研究论文 | 本文提出了一种基于Raman光谱数据推断动态生物过程的轨迹推断方法 | 该研究将轨迹推断方法扩展到Raman光谱，探索脂肪细胞分化的动态 | NA | 研究细胞异质性在生物医学问题中的作用 | 脂肪细胞分化的动态 | 数字病理学 | NA | Raman光谱 | 轨迹推断模型 | 光谱数据 | NA |
| 254 | 2024-08-05 |
Exploring the Mechanism of Microfracture in the Treatment of Porcine Full-Thickness Cartilage Defect
2023-03, The American journal of sports medicine
DOI:10.1177/03635465231153630
PMID:36802853
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研究论文 | 本研究探讨了微骨折在治疗全层软骨缺损中的机制 | 利用单细胞转录组测序技术，识别了微骨折后不同修复阶段的特征细胞亚群 | 未提及具体的样本量或临床试验数据 | 阐明微骨折治疗软骨缺损的修复机制 | 对巴马小型猪的全层关节软骨缺损和微骨折进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 细胞数据 | 巴马小型猪的右膝关节建立的全层软骨缺损和微骨折模型 |
| 255 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq data analysis based on directed graph neural network
2023-03, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2023.02.008
PMID:36804214
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研究论文 | 本研究开发了一种基于定向图神经网络的单细胞RNA测序数据分析方法 | 提出了图自编码器和图注意力网络，以解决单细胞RNA测序数据分析中的稀疏性和基因表达复杂差异模式 | 样本数量和数据集类型可能限制了方法的普遍适用性 | 提高单细胞RNA-seq分析的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据 | 计算机视觉 | NA | NA | 定向图神经网络 | RNA测序数据 | 四个具有金标准细胞标签的单细胞RNA-seq数据集 |
| 256 | 2024-08-05 |
scMAGS: Marker gene selection from scRNA-seq data for spatial transcriptomics studies
2023-03, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106634
PMID:36774895
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研究论文 | 提出了一种用于选择空间转录组学研究中标记基因的新方法scMAGS | scMAGS通过在标记基因选择步骤之前识别候选基因的过滤步骤实现了创新 | 该研究未提及具体限制因素 | 开发一种用于空间转录组学研究中的标记基因选择方法 | 标记基因的选择，基于单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 处理包含数百万个细胞的大型数据集 |
| 257 | 2024-08-05 |
Soluble adenylyl cyclase coordinates intracellular pH homeostasis and biomineralization in calcifying cells of a marine animal
2023-03-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00524.2022
PMID:36779665
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研究论文 | 该文章探讨了可溶性腺苷酸酰化酶如何协调海洋动物矿化细胞的细胞内pH稳态和生物矿化 | 首次阐明了可溶性腺苷酸酰化酶在海胆幼虫矿化原始间充质细胞中的时空表达及其对pH调节和生物矿化的影响 | 未具体提及本研究的局限性 | 研究可溶性腺苷酸酰化酶在海洋动物矿化细胞中的作用及机制 | 海胆幼虫的矿化原始间充质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学，原位杂交，免疫细胞化学 | NA | 图像，转录组数据 | 具体样本量未提及 |
| 258 | 2024-08-05 |
Comprehensive landscape of the IPAF inflammasomes in pan-cancer: A bulk omics research and single-cell sequencing validation
2023-03, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106622
PMID:36780800
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研究论文 | 本文对IPAF炎症小体在33种肿瘤中的综合分析进行了研究 | 研究首次探讨IPAF炎症小体在多种肿瘤中的作用及其在肿瘤免疫中的潜在价值 | 尚不清楚IPAF炎症小体在所有类型肿瘤中的具体机制和影响 | 分析IPAF炎症小体在全癌症谱中的作用及其对免疫治疗的潜在影响 | 33种不同类型的肿瘤中IPAF炎症小体相关基因的表达 | 数字病理学 | 多种癌症 | 基因表达分析和单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 33种肿瘤 |
| 259 | 2024-08-08 |
Heterogeneity of macrophages in atherosclerosis revealed by single-cell RNA sequencing
2023-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201932RR
PMID:36786718
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在动脉粥样硬化斑块中揭示巨噬细胞异质性的最新进展 | 首次全面绘制了斑块中巨噬细胞亚群和表型的图谱，并更新了巨噬细胞亚群的定义和分类 | NA | 探讨动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性及其在疾病发生发展中的作用 | 巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的亚群和表型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 260 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling identifies T cell subsets associated with control of tuberculosis dissemination
2023-03, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2023.109266
PMID:36796469
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和T细胞受体测序，分析了结核病患者和健康对照者的T细胞亚群，以识别与结核病控制相关的T细胞亚群 | 首次通过单细胞技术揭示了结核病患者中特定T细胞亚群的变化，特别是GZMK表达的CD8细胞毒性T细胞和SOX4表达的CD4中心记忆T细胞的减少，以及MKI67表达的增殖性CD3 T细胞的增加 | NA | 识别与结核病控制相关的T细胞亚群 | 结核病患者和健康对照者的T细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞转录组测序, T细胞受体测序 | UMAP聚类 | 转录组数据 | 结核病患者和健康对照者的总T细胞 |