单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-05 |
Molecular and spatial profiling of the paraventricular nucleus of the thalamus
2023-03-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81818
PMID:36867023
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研究论文 | 这篇文章探讨了丘脑旁室核的分子多样性和空间分布 | 文章首次揭示了小鼠脑中五种分子不同的PVT神经元亚型，并发现了新的分子梯度组织方式 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全代表其他物种的情况 | 本研究旨在阐明丘脑旁室核细胞类型的分子特征和空间分布 | 研究对象为小鼠的丘脑旁室核 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 基因组数据 | 大约五种分子不同的神经元亚型 |
| 222 | 2024-08-08 |
Gut microbiome is linked to functions of peripheral immune cells in transition cows during excessive lipolysis
2023-03-03, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-023-01492-3
PMID:36869370
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研究论文 | 研究探讨了过度脂解过程中肠道微生物群与过渡期奶牛外周免疫细胞功能之间的潜在联系 | 首次揭示了过度脂解期间肠道微生物群及其与次级胆酸合成相关的功能如何抑制过渡期奶牛单核细胞功能 | NA | 探究过度脂解期间肠道微生物群与过渡期奶牛免疫抑制之间的关系 | 过渡期奶牛的肠道微生物群和外周免疫细胞功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 16S扩增子测序, 宏基因组学, 靶向代谢组学 | NA | 转录组, 微生物组, 代谢组 | 涉及过度脂解和低/正常脂解的奶牛样本 |
| 223 | 2024-08-08 |
Tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant immunotherapy in non-small cell lung cancer revealed by single-cell RNA sequencing
2023-03-03, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01164-9
PMID:36869384
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了非小细胞肺癌患者在接受新辅助PD-1阻断联合化疗后肿瘤微环境的转录组变化 | 揭示了与治疗反应相关的特定癌症细胞转录组特征，并发现了预测免疫治疗反应的新生物标志物 | 研究受限于接受联合治疗的患者样本量较小 | 探索非小细胞肺癌患者在接受新辅助免疫治疗后的肿瘤微环境变化及其与治疗反应的关系 | 非小细胞肺癌患者的单细胞转录组 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 92,000个单细胞，来自3名治疗前和12名治疗后的非小细胞肺癌患者 |
| 224 | 2024-08-08 |
Single-Cell Characterization of the Frizzled 5 (Fz5) Mutant Mouse and Human Persistent Fetal Vasculature (PFV)
2023-03-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.64.3.8
PMID:36867129
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研究论文 | 本研究通过免疫组织化学和单细胞RNA测序技术，对Fz5突变小鼠和人类持续胎儿血管（PFV）的细胞组成和相关分子特征进行了表征 | 首次详细描述了PFV中的细胞类型及其分子特征，并揭示了Fz5突变小鼠和人类PFV之间的细胞类型和分子特征的相似性 | 研究样本仅包括Fz5突变小鼠和两个人类PFV样本，可能不足以全面代表所有PFV病例 | 旨在表征PFV的细胞组成和相关分子特征，并为深入理解该疾病奠定基础 | Fz5突变小鼠和人类PFV的细胞组成和分子特征 | 数字病理学 | 儿童失明 | 单细胞RNA测序（sc-RNAseq） | NA | 细胞 | Fz5突变小鼠和两个人类PFV样本 |
| 225 | 2024-08-08 |
Increased retinoic acid signaling decreases lung metastasis in salivary adenoid cystic carcinoma by inhibiting the noncanonical Notch1 pathway
2023-03, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-023-00957-7
PMID:36879115
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和外显子捕获测序，深入研究了唾液腺腺样囊性癌（SACC）肺转移的分子机制，并发现视黄酸信号通路的增强通过抑制非经典Notch1通路减少肺转移。 | 本文首次发现视黄酸（RA）作为内源性拮抗剂，通过纠正细胞分化错误，抑制SACC的肺转移。 | 研究仅基于两名无MYB-NFIB融合和NOTCH1突变的SACC患者样本，可能存在样本量不足的问题。 | 探索唾液腺腺样囊性癌肺转移的分子机制，并评估视黄酸信号通路在其中的作用。 | 唾液腺腺样囊性癌（SACC）患者的原发和转移组织。 | 数字病理学 | 唾液腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），外显子捕获测序 | NA | RNA | 两名SACC患者 |
| 226 | 2024-08-08 |
Single-cell gene set enrichment analysis and transfer learning for functional annotation of scRNA-seq data
2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad024
PMID:36879897
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研究论文 | 本文开发了两种新方法——单细胞基因集富集分析（scGSEA）和单细胞映射器（scMAP），用于自动化单细胞转录组数据的细胞功能注释 | scGSEA结合潜在数据表示和基因集富集分数以单细胞分辨率检测协调的基因活性；scMAP使用迁移学习技术将新细胞重新定位并情境化到参考细胞图谱中 | 大多数现有方法依赖于最初为批量RNA测序开发的技术，或仅利用从细胞聚类中识别的标记基因进行监督注释 | 克服现有细胞功能注释方法的局限性，自动化单细胞转录组数据的注释过程 | 单细胞转录组数据的细胞功能注释 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 迁移学习 | 单细胞转录组数据 | 使用模拟和真实数据集进行验证 |
| 227 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis reveals changes in BCG vaccine-injected mice modeling tuberculous meningitis brain infection
2023-03-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112177
PMID:36862557
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研究论文 | 该研究通过单细胞分析揭示了BCG疫苗注射的小鼠在结核性脑膜炎感染中的变化 | 首次展示了小鼠中M. bovis感染的单细胞转录组，增强了对结核性脑膜炎脑部感染及其神经并发症的理解 | 研究仅在小鼠模型中进行，可能无法完全转化到人类的情况中 | 探索结核性脑膜炎感染中脑部的单细胞转录组变化 | 使用小鼠模型研究BCG疫苗注射后对脑部感染的影响 | 数字病理学 | 结核性脑膜炎 | 10X Genomics单细胞测序 | NA | 细胞转录组数据 | 涉及多种细胞类型，共计15种 |
| 228 | 2024-08-08 |
Tcf21 marks visceral adipose mesenchymal progenitors and functions as a rate-limiting factor during visceral adipose tissue development
2023-03-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112166
PMID:36857185
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研究论文 | 本文报道了在腹腔脂肪组织（VAT）中特异性存在的Tcf21谱系细胞（Tcf21 LCs），这些细胞在VAT发育和扩张中起动态作用，并探讨了Tcf21在脂肪生成中的调控机制。 | 首次发现Tcf21谱系细胞在腹腔脂肪组织中的特异性存在，并通过多组学分析构建了调控Tcf21 LCs活性的基因调控网络。 | NA | 研究Tcf21在腹腔脂肪组织发育中的作用及其对脂肪生成的调控机制。 | Tcf21谱系细胞及其在腹腔脂肪组织中的功能。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 229 | 2024-08-08 |
Multi-organ single-cell analysis reveals an on/off switch system with potential for personalized treatment of immunological diseases
2023-03-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.100956
PMID:36858042
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研究论文 | 本文通过多器官单细胞RNA测序分析了胶原诱导关节炎小鼠模型，揭示了一个复杂的分子交互网络，该网络在不同器官中表现出高度异质性的表达变化，并提出了一种“开/关”开关系统，该系统可能用于个性化治疗免疫介导的炎症性疾病。 | 首次通过多器官单细胞RNA测序揭示了免疫介导炎症性疾病中的“开/关”开关系统，并展示了其在个性化治疗中的潜在应用。 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证该系统的有效性和普遍性。 | 揭示免疫介导炎症性疾病中的分子机制，并探索个性化治疗的新策略。 | 免疫介导的炎症性疾病（IMIDs）及其分子机制和治疗策略。 | 基因组学 | 免疫介导的炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过600份系统性红斑狼疮患者的血清样本 |
| 230 | 2024-08-05 |
STEEL enables high-resolution delineation of spatiotemporal transcriptomic data
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad068
PMID:36857617
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研究论文 | 本文提出了一种无监督的基于流形学习的算法STEEL，用于从空间转录组数据中识别领域 | STEEL在空间转录组数据中实现了高分辨率的细微结构表征，并能够将多个单独分析的组织切片整合为一个较大的数据集 | 在高珠密度但低转录检测效率的Slide-seq数据集中，STEEL的表现依然存在局限性 | 研究空间转录组技术中的领域识别和基因表达图谱重建 | 马鼠早期胚胎的空间转录组数据，包括外胚层、中胚层和内胚层的组织发展 | 数字病理 | NA | 空间转录组技术 | 无监督学习模型 | 转录组数据 | 空间转录组数据集来源于10X Visium平台和Slide-seq数据集 |
| 231 | 2024-08-05 |
Generation of a single-cell B cell atlas of antibody repertoires and transcriptomes to identify signatures associated with antigen specificity
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106055
PMID:36852274
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研究论文 | 这篇文章描述了通过单细胞测序技术生成小鼠B细胞抗体库和转录组的单细胞B细胞图谱。 | 文章首次揭示了年轻小鼠中存在的克隆扩展和类转换的抗原特异性B细胞，并探索了与抗原特异性相关的基因表达特征。 | 整合多种抗体库特征未能区分抗原特异性与非特异性B细胞，表明对B细胞选择过程的理解仍不完整。 | 研究B细胞克隆选择、扩展与抗原特异性之间的关系。 | 小鼠B细胞及其抗体库和转录组。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据, 抗体序列数据 | 100,000个B细胞 |
| 232 | 2024-08-08 |
Computational approach to evaluate scRNA-seq data quality and gene body coverage with SkewC
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.102038
PMID:36853658
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SkewC的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据质量评估工具，该工具基于基因体覆盖率及其偏斜度作为每个单细胞的质量指标 | SkewC能够区分典型细胞和偏斜细胞，且不依赖于生成数据的基础技术 | NA | 开发和评估单细胞RNA测序数据质量的新方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因体覆盖率数据 | NA |
| 233 | 2024-08-08 |
Protocol for multi-modal single-cell RNA sequencing on M. tuberculosis-infected mouse lungs
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102102
PMID:36853694
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研究论文 | 本文开发了一种技术，用于从活体感染了结核分枝杆菌（Mtb）的肺巨噬细胞中进行多模态单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 该协议同时获取每个感染细胞的转录组、表面标记表达和细菌表型 | NA | 阐明不同免疫细胞如何参与控制或促进结核分枝杆菌感染的进展 | 感染了结核分枝杆菌的肺巨噬细胞 | 数字病理学 | 结核病 | 多模态单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自小鼠、非人类灵长类动物和人类感染的组织 |
| 234 | 2024-08-08 |
Sertoli cells are the source of stem cell factor for spermatogenesis
2023-03-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200706
PMID:36861441
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和一系列荧光报告小鼠，研究了支持细胞在精子发生中作为干细胞因子（Scf）的生理来源的作用 | 首次系统地研究了睾丸间质细胞中关键生长因子的表达模式，并证明了支持细胞是Scf的生理来源，对精子发生至关重要 | NA | 探究支持细胞在精子发生中作为干细胞因子（Scf）的生理来源的作用 | 支持细胞、干细胞因子（Scf）、精子发生 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 一系列荧光报告小鼠 |
| 235 | 2024-08-05 |
Innate immune cell activation causes lung fibrosis in a humanized model of long COVID
2023-03-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2217199120
PMID:36848564
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研究论文 | 这篇文章探讨了先天免疫细胞激活引起的肺纤维化，尤其是在长新冠模型中 | 揭示了长新冠肺部纤维化的特定免疫特征及其与疾病严重性相关的标志性基因 | 尚未提及具体的临床试验阶段或患者样本的多样性 | 研究COVID-19后引起的肺纤维化的免疫机制与治疗方法 | 使用长新冠小鼠模型来分析免疫响应与肺纤维化的关系 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞转录组学和单细胞质量细胞术 | JUN小鼠模型 | 生物样本 | NA |
| 236 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis reveals dynamics of human B cell differentiation and identifies novel B and antibody-secreting cell intermediates
2023-03-02, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.83578
PMID:36861964
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了人类B细胞向抗体分泌细胞（ASCs）的分化过程，并发现了新的B细胞和ASCs中间体 | 首次在体外模型中鉴定出类似于生发中心的细胞群，并可能通过替代分化途径发展成记忆B细胞，从而重现体内人类生发中心反应 | NA | 深入理解控制ASCs分化的信号，以设计调节抗体形成的策略 | 人类幼稚B细胞向ASCs的分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 237 | 2024-08-08 |
Transcriptomic profile comparison reveals conservation of ionocytes across multiple organs
2023-03-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-30603-1
PMID:36864051
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研究论文 | 本文通过比较先前发表的表达FOXI1的细胞的转录组图谱，评估了多种器官中离子细胞的相似性，并识别了离子细胞家族的核心转录组特征 | 首次在多种器官中发现并比较了表达FOXI1的细胞，揭示了离子细胞在多个哺乳动物器官中的保守性 | NA | 评估不同器官中离子细胞的相似性，并识别其核心转录组特征 | 人类和/或小鼠的肾脏、气道、附睾、胸腺、皮肤、内耳、唾液腺和前列腺中的FOXI1+细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及人类和小鼠的多个器官的数据集 |
| 238 | 2024-08-05 |
Thyroid-stimulating hormone receptor signaling restores skeletal muscle stem cell regeneration in rats with muscular dystrophy
2023-03, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.add5275
PMID:36857434
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研究论文 | 本研究揭示了促甲状腺激素受体信号传导在改善肌肉萎缩症大鼠肌肉干细胞再生中的作用 | 首次发现EOM中的促甲状腺激素受体与肌肉干细胞衰老和再生相关 | 研究仅基于动物模型，尚需临床试验验证 | 探讨促甲状腺激素受体在肌肉再生中的潜在治疗作用 | Duchenne肌肉萎缩症患者及大鼠模型 | 数字病理学 | 肌肉萎缩症 | 单细胞转录组分析 | 大鼠模型 | 样本组织样本 | DMD患者和大鼠模型的样本 |
| 239 | 2024-08-05 |
Gene expression variability across cells and species shapes the relationship between renal resident macrophages and infiltrated macrophages
2023-Mar-01, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05198-z
PMID:36858955
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研究论文 | 本研究揭示了肾脏组织驻留巨噬细胞与浸润巨噬细胞之间关系的基因表达变异性 | 首次分析了不同物种肾脏巨噬细胞的转录差异和表达变异，揭示了其独特的基因调控网络 | 对信号通路的理解仍然不够全面，可能存在未考虑的因素 | 阐明肾脏巨噬细胞的演化过程及相关信号通路 | 对人、鼠和大鼠的肾脏组织驻留和浸润巨噬细胞进行单细胞转录组分析 | 数字病理 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 三种物种的肾脏巨噬细胞样本 |
| 240 | 2024-08-08 |
Scientific Advancements That Empower Us to Understand CRS Pathophysiology
2023-Mar, American journal of rhinology & allergy
IF:2.5Q1
DOI:10.1177/19458924221148026
PMID:36848272
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综述 | 本文综述了近年来科学技术的进步如何帮助我们更好地理解慢性鼻-鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）的病理生理机制 | 介绍了新型科学技术的应用，如3D细胞培养和单细胞RNA测序，以深入解析CRSwNP中的细胞相互作用和基因表达 | 动物模型在复制鼻息肉形成方面相对有限 | 总结和强调最新的科学进展，以丰富我们对CRSwNP的理解 | CRSwNP的分子和细胞机制 | NA | 慢性鼻-鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |