单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-05 |
A Unified Deep Learning Framework for Single-Cell ATAC-Seq Analysis Based on ProdDep Transformer Encoder
2023-Mar-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24054784
PMID:36902216
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研究论文 | 提出了一种基于ProdDep Transformer编码器的统一深度学习框架用于分析单细胞ATAC-Seq数据 | 引入了PROTRAIT框架，结合了语法捕捉和细胞嵌入学习以实现对单细胞染色质可及性的预测 | 可能对特定类型的scATAC-seq数据集的适用性有局限，未详细讨论其他数据集的适用性 | 开发一个统一的深度学习框架以分析单细胞ATAC-Seq数据 | 单细胞转座酶可接近染色质分析的数据 | 数字病理学 | NA | NA | ProdDep Transformer | scATAC-seq数据 | 基于Buenrostro2018数据集的实验，涉及超过一百万个细胞 |
| 202 | 2024-08-05 |
CRYAA and GJA8 promote visual development after whisker tactile deprivation
2023-Mar, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e13897
PMID:36915480
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研究论文 | 本研究探讨了触觉剥夺对视觉发展的影响 | 首次揭示了CRYAA和GJA8在触觉剥夺后对视力恢复的作用 | 未涉及触觉剥夺对其他感官的综合影响 | 研究触觉剥夺对视觉发展的影响及其机制 | 年轻小鼠及人类胚胎视网膜单细胞测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 生物样本 | 使用了年轻小鼠的视网膜样本和人类胚胎的单细胞数据 |
| 203 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing reveals that endothelial cells, EndMT cells and mural cells contribute to the pathogenesis of cavernous malformations
2023-03, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-023-00962-w
PMID:36914857
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研究论文 | 本文通过单细胞 RNA 测序分析了与中央神经系统渗透的 cavernous malformations (CMs) 相关的细胞类型 | 首次在 CMs 中以单细胞水平识别了内皮细胞向间充质细胞转变（EndMT）细胞，并预测了转录因子 SPI1 作为 EndMT 的新驱动因子 | 研究只针对12个人类 CM 样本和3个对照样本，样本量相对较小 | 进一步理解 CMs 的疾病机制和治疗策略 | 从人类 CM 样本中分析未选择的可存活细胞，并对不同细胞类型及其相互作用进行评估 | 数字病理学 | NA | 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) | NA | 细胞 | 12个 CM 样本和3个对照样本，共112,670个高质量细胞 |
| 204 | 2024-08-08 |
Identification of fibrocyte cluster in tumors reveals the role in antitumor immunity by PD-L1 blockade
2023-03-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112162
PMID:36870329
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研究论文 | 研究探讨了纤维细胞在联合免疫治疗中的作用，特别是抗VEGF抗体和抗PD-L1抗体的联合使用对肿瘤浸润纤维细胞的影响 | 通过单细胞RNA测序识别出肿瘤浸润CD45细胞中的独特“纤维细胞簇”，并发现纤维细胞通过PD-L1阻断增强CD8 T细胞的共刺激活性 | NA | 研究纤维细胞在肿瘤免疫治疗中的作用及其机制 | 纤维细胞及其在肿瘤免疫治疗中的作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及肺癌患者的肿瘤浸润CD45细胞样本 |
| 205 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals immunosuppressive myeloid cell diversity during malignant progression in a murine model of glioma
2023-03-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112197
PMID:36871221
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了在小鼠胶质瘤模型中，从低级别胶质瘤（LGG）向高级别胶质瘤（HGG）恶性进展过程中肿瘤微环境（TME）的细胞异质性 | 首次揭示了在LGG向HGG恶性进展过程中，肿瘤微环境中巨噬细胞群从免疫激活表型向免疫抑制状态的转变 | NA | 研究胶质瘤恶性进展过程中肿瘤微环境中髓系细胞的多样性和作用 | 小鼠胶质瘤模型中的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 206 | 2024-08-08 |
scGAD: a new task and end-to-end framework for generalized cell type annotation and discovery
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad045
PMID:36869836
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研究论文 | 本文提出了一种新的任务和端到端框架scGAD，用于单细胞RNA测序数据的广义细胞类型注释和发现 | scGAD框架通过构建内在对应关系和设计基于软锚的自监督学习模块，能够处理参考数据中缺失的新细胞类型的细粒度语义知识，并有效处理批次效应和细胞类型偏移 | 现有方法很少探索参考数据中缺失的新细胞类型的细粒度语义知识，并且通常容易受到已知细胞类型分类中的批次效应影响 | 提出一种新的任务和算法框架，以改进单细胞RNA测序数据的细胞类型注释和发现 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释和发现 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | scGAD | 单细胞RNA测序数据 | 大量模拟数据集和真实数据集 |
| 207 | 2024-08-05 |
Targeting the metastatic niche: Single-cell lineage tracing in prime time
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106174
PMID:36895653
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观点 | 本文探讨了在癌症转移背景下，单细胞谱系追踪与CRISPR-Cas9的结合应用于药物开发的潜力 | 提出结合单细胞转录组学与CRISPR-Cas9的谱系追踪平台，以探索癌症转移中的新机制 | 未详细提供实验数据和具体案例，主要为理论探讨 | 研究单细胞谱系追踪在肿瘤药物开发中的重要性及其潜力 | 探索与癌症转移相关的药物靶点及其抗药机制 | 肿瘤学 | 转移性癌症 | CRISPR-Cas9 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 208 | 2024-08-08 |
Myeloid TLR4 signaling promotes post-injury withdrawal resolution of murine liver fibrosis
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106220
PMID:36876136
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研究论文 | 本研究探讨了在肝损伤后撤除治疗的情况下，髓系TLR4信号在肝纤维化消退中的作用 | 首次揭示了髓系TLR4信号在肝损伤撤除后促进肝纤维化消退的作用，并发现微生物群依赖性的消退延迟现象 | NA | 阐明肝纤维化在肝损伤撤除后的消退机制 | 小鼠肝纤维化模型中的髓系TLR4信号 | NA | 肝纤维化 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 两个小鼠模型 |
| 209 | 2024-08-08 |
Echinacea purpurea-derived homogeneous polysaccharide exerts anti-tumor efficacy via facilitating M1 macrophage polarization
2023-Mar-13, Innovation (Cambridge (Mass.))
DOI:10.1016/j.xinn.2023.100391
PMID:36873268
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研究论文 | 本文研究了从紫锥菊中提取的均质多糖EPPA通过促进M1巨噬细胞极化发挥抗肿瘤作用 | 首次从紫锥菊中分离并纯化出一种新型均质多糖EPPA，并揭示了其通过激活炎症小体和重编程转录组及代谢谱来促进M1巨噬细胞极化的机制 | NA | 探讨紫锥菊提取的均质多糖EPPA的抗肿瘤机制 | 紫锥菊提取的均质多糖EPPA及其对肿瘤微环境中免疫细胞的影响 | NA | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 210 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics uncovers the differentiation of a subset of murine esophageal progenitors into taste buds in vivo
2023-03-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add9135
PMID:36888721
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠食道祖细胞向味蕾的分化过程 | 首次发现食道味蕾的特定细胞组成及其来源于鳞状双能祖细胞 | 主要研究对象为小鼠，结果可能对其他物种不适用 | 探究小鼠食道的祖细胞及其向味蕾分化的机制 | 小鼠食道的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 211 | 2024-08-08 |
Tissue-embedded stretchable nanoelectronics reveal endothelial cell-mediated electrical maturation of human 3D cardiac microtissues
2023-03-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ade8513
PMID:36888704
|
研究论文 | 研究使用嵌入组织的可拉伸纳米电子器件揭示了人源3D心脏微组织中内皮细胞介导的电成熟过程 | 首次使用组织嵌入的可拉伸纳米电子器件长期稳定地监测人源3D心脏微组织的电活动，并结合机器学习方法分析心肌细胞电信号的发育轨迹 | NA | 探索干细胞疗法在心脏病治疗中的电整合机制 | 人源诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）和内皮细胞（hiPSC-ECs） | 数字病理学 | 心血管疾病 | 机器学习 | NA | 电信号和RNA序列 | NA |
| 212 | 2024-08-05 |
MMP14 cleaves PTH1R in the chondrocyte-derived osteoblast lineage, curbing signaling intensity for proper bone anabolism
2023-03-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.82142
PMID:36892459
|
研究论文 | 本文研究了膜型金属蛋白酶14（MMP14）在软骨细胞衍生的成骨细胞谱系中如何调节甲状旁腺激素（PTH）信号强度。 | 首次提出了MMP14介导的PTH信号调节的新模式，揭示了其在成骨谱系中的作用。 | 目前研究的范围主要集中在小鼠模型，可能无法完全应用于人类。 | 探讨MMP14在骨生成过程中对PTH信号的调控机制。 | 本研究对象为新生小鼠和成年小鼠的软骨细胞衍生的成骨细胞。 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 新生小鼠和成年小鼠的多个样本，具体数量不详 |
| 213 | 2024-08-05 |
Roles and mechanisms of tumour-infiltrating B cells in human cancer: a new force in immunotherapy
2023-Mar-09, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-023-00460-1
PMID:36890557
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综述 | 本文总结了肿瘤浸润性B细胞在人类癌症及治疗中的作用和机制 | 探讨B细胞在不同肿瘤中的双重作用，以及其对免疫检查点抑制剂反应的影响 | 研究中B细胞的生物学功能复杂，结果存在争议 | 阐明肿瘤浸润性B细胞在癌症免疫治疗中的作用和机制 | 重点研究肿瘤浸润性B细胞在多种实体瘤中的作用 | 免疫治疗 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 214 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals cell landscape following antimony exposure during spermatogenesis in Drosophila testes
2023-Mar-09, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-023-01391-4
PMID:36894529
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了锑暴露对果蝇睾丸中精子发生过程的影响及其转录调控机制 | 本研究首次揭示了锑暴露后果蝇睾丸中细胞组成的改变，并发现了与精子发生相关的多个新基因和代谢途径 | 研究仅限于果蝇模型，可能需要进一步的人体或哺乳动物模型验证 | 探讨锑暴露对果蝇精子发生的影响及其转录调控机制 | 果蝇睾丸中的精子发生过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 暴露于锑的果蝇睾丸样本 |
| 215 | 2024-08-08 |
Longitudinal single-cell profiling of chemotherapy response in acute myeloid leukemia
2023-03-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36969-0
PMID:36890137
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序结合microRNA-126报告基因的功能验证，前瞻性地识别急性髓系白血病（AML）患者和异种移植模型中的白血病干细胞（LSCs），并评估其对化疗的纵向反应。 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术，结合microRNA-126报告基因的功能验证，前瞻性地识别和评估AML患者和异种移植模型中的LSCs对化疗的反应。 | NA | 研究AML中LSCs对早期治疗抵抗和AML再生的贡献，并评估其对化疗的纵向反应。 | 急性髓系白血病（AML）患者和异种移植模型中的白血病干细胞（LSCs）。 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 大型AML队列 |
| 216 | 2024-08-05 |
Comparison of the Illumina NextSeq 2000 and GeneMind Genolab M sequencing platforms for spatial transcriptomics
2023-Mar-07, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09192-w
PMID:36882687
|
研究论文 | 本文比较了Illumina NextSeq 2000和GeneMind Genolab M两个测序平台在空间转录组学中的应用 | 验证了GeneMind Genolab M在转录组测序中与Illumina NextSeq 2000平台的性能一致性 | 未提及特定的局限性 | 评价两种基因测序平台的性能 | Illumina NextSeq 2000和GeneMind Genolab M测序平台 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 转录组数据 | 使用了相同组织点的样本进行比较 |
| 217 | 2024-08-08 |
Well-TEMP-seq as a microwell-based strategy for massively parallel profiling of single-cell temporal RNA dynamics
2023-03-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36902-5
PMID:36882403
|
research paper | 本文开发了一种名为Well-TEMP-seq的高通量、成本效益高、准确且高效的方法，用于大规模并行分析单细胞基因表达的时间动态 | Well-TEMP-seq结合了代谢RNA标记与单细胞RNA测序方法Well-paired-seq，能够区分每个单细胞中新转录的RNA与预存的RNA | NA | 揭示单细胞基因表达的时间动态 | 单细胞RNA的时间动态 | digital pathology | colorectal cancer | scRNA-seq | NA | RNA | 数千个单细胞 |
| 218 | 2024-08-08 |
Identification of phenotypically, functionally, and anatomically distinct stromal niche populations in human bone marrow based on single-cell RNA sequencing
2023-03-06, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81656
PMID:36876630
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研究论文 | 基于单细胞RNA测序技术，系统地表征了人类骨髓中非造血性基质细胞的组成，并研究了基质细胞调控原则及其与造血细胞的相互作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出六种转录和功能上不同的基质细胞群体，并利用RNA速度分析和体外增殖能力及分化潜能重现了基质细胞的分化层次 | NA | 深入理解人类骨髓微环境的细胞复杂性和基质-造血相互作用的机制 | 人类骨髓中的基质细胞及其与造血细胞的相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个单细胞样本 |
| 219 | 2024-08-08 |
scEvoNet: a gradient boosting-based method for prediction of cell state evolution
2023-Mar-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05213-3
PMID:36879200
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研究论文 | 本文介绍了一种基于梯度提升的预测细胞状态演化的方法scEvoNet | scEvoNet是首个用于研究细胞状态演化的scRNA-seq计算工具，能够识别细胞状态间的共享基因，指示进化分歧或共选现象 | NA | 探索细胞在不同生物体中的功能或发育历史，揭示细胞类型的核心分子特征和潜在的进化机制 | 跨物种或与癌症相关的scRNA-seq数据集中的细胞类型演化 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 梯度提升 | scRNA-seq数据 | 涉及癌症和发育数据集 |
| 220 | 2024-08-08 |
Characterization of bone marrow heterogeneity in NK-AML (M4/M5) based on single-cell RNA sequencing
2023-Mar-06, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-023-00391-5
PMID:36879313
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了6份骨髓抽吸样本中的39,288个细胞，包括5名NK-AML（M4/M5）患者和1名健康供体，以揭示NK-AML（M4/M5）的细胞异质性和基因表达特征 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术构建了NK-AML（M4/M5）的细胞异质性图谱，并鉴定了可能的生物标志物 | NA | 研究旨在揭示正常核型急性髓系白血病（NK-AML）中的细胞异质性和生物标志物，以推动精准医疗和靶向治疗的发展 | NK-AML（M4/M5）患者的骨髓细胞和健康供体的骨髓细胞 | 数字病理学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 39,288个细胞，来自6份骨髓抽吸样本，包括5名NK-AML（M4/M5）患者和1名健康供体 |