单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-05	Single-cell profiling of the copy-number heterogeneity in colorectal cancer 2023-Mar-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000002469 PMID:36914941	研究论文	本文通过单细胞测序和拷贝数特征识别微卫星稳定（MSS）结直肠癌中肿瘤细胞类型	该研究首次结合单细胞测序和拷贝数改变，揭示了MSS结直肠癌中的肿瘤异质性	该研究的样本来自特定的患者群体，可能影响结果的普遍性	探讨结直肠癌肿瘤细胞的拷贝数异质性	19名韩国患者和5名比利时患者的组织样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	组织样本	26个组织样本来自19名韩国患者和15个组织样本来自5名比利时患者
182	2024-08-08	Generation of self-organized autonomic ganglion organoids from fibroblasts 2023-Mar-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106241 PMID:36922996	研究论文	本文通过特定的三重转录因子组合APH，成功将小鼠成纤维细胞重编程为自组织和网络化的诱导自主神经节（iAG）类器官，并对其进行了多种方法的表征	首次实现了从成纤维细胞生成自组织的自主神经节类器官，这些类器官具有自主神经元的分子特性、亚型多样性和电生理特征	NA	研究神经发育和疾病的机制，以及药物筛选和基于细胞的治疗方法的开发	自主神经节类器官及其在神经系统和心脏功能中的应用	细胞生物学	自主神经系统疾病	免疫染色、qRT-PCR、膜片钳和单细胞RNA测序	NA	细胞	小鼠成纤维细胞
183	2024-08-08	Increased neutrophils in inflammatory bowel disease accelerate the accumulation of amyloid plaques in the mouse model of Alzheimer's disease 2023-Mar-15, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-023-00257-7 PMID:36922861	研究论文	本文研究了炎症性肠病中的中性粒细胞如何加速阿尔茨海默病小鼠模型中淀粉样蛋白斑块的积累	首次揭示了中性粒细胞在急性肠炎后侵入阿尔茨海默病大脑实质，并与疾病进展显著相关	NA	探究肠道炎症对阿尔茨海默病发病机制的影响	野生型和AppNL-G-F小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，免疫组织化学	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组织化学图像	野生型和AppNL-G-F小鼠各若干只
184	2024-08-05	Landscape of Exhausted T Cells in Tuberculosis Revealed by Single-Cell Sequencing 2023-Mar-14, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.02839-22 PMID:36916943	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析揭示了结核病中耗竭T细胞的转录组特征	识别了CD4和CD8 T细胞中的多个亚群及其特征，并探索了耗竭标记基因	样本可能局限于特定患者群体，需在更广泛的群体中验证	通过了解T细胞的变化，探讨结核分枝杆菌对宿主免疫系统的影响	从健康个体和结核病患者的外周血单核细胞中分离的CD4 T和CD8 T细胞	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	健康个体和结核病患者的外周血单核细胞样本
185	2024-08-05	Screening of potential immune-related genes expressed during sepsis using gene sequencing technology 2023-03-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-23062-7 PMID:36918563	研究论文	通过基因测序技术筛选出在脓毒症期间表达的潜在免疫相关基因	首次通过RNA测序和单细胞测序确立了在脓毒症中与生存率相关的六个关键基因	样本量较小，可能影响结果的广泛适用性	筛选脓毒症的潜在关键靶标	脓毒症患者与健康志愿者的外周血样本	数字病理学	脓毒症	RNA-seq、单细胞测序、RT-PCR	小鼠脓毒症模型	基因表达数据	脓毒症患者23个，健康志愿者10个，单细胞样本5个
186	2024-08-05	Enzalutamide-induced signatures revealed by epigenetic plasticity using single-cell multi-omics sequencing in prostate cancer 2023-Mar-14, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2023.02.022 PMID:36910711	研究论文	本研究通过单细胞多组学测序揭示了恩杂鲁胺诱导的前列腺癌表观遗传可塑性特征	整合单细胞测序技术，以揭示前列腺癌对恩杂鲁胺处理的表观遗传响应，提出新的组合药物策略	主要用于体外细胞系模型，可能无法完全反映真实临床情况	旨在解码恩杂鲁胺处理下前列腺癌的表观遗传可塑性	前列腺癌细胞系的单细胞转座酶可接近染色质和全转录组数据	数字病理学	前列腺癌	单细胞多组学测序	NA	基因组数据	七个特征基因集合的细胞群体
187	2024-08-08	B Lymphocyte Development in the Bursa of Fabricius of Young Broilers is Influenced by the Gut Microbiota 2023-Mar-14, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.04799-22 PMID:36917000	研究论文	本研究探讨了肠道微生物群对年轻肉鸡法氏囊B淋巴细胞发育的影响	发现了肠道微生物群与法氏囊B细胞发育的关联，并识别出Taf1作为B细胞谱系分化的一个新关键调节因子	肠道微生物群介导B细胞发育及其调控机制的研究尚不充分	研究肠道微生物群在早期生命中对B细胞发育和宿主体液免疫成熟的调控作用	年轻肉鸡的肠道微生物群和法氏囊B细胞发育	免疫学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	涉及抗生素处理的鸡只样本
188	2024-08-08	Atf4 regulates angiogenic differences between alveolar bone and long bone macrophages by regulating M1 polarization, based on single-cell RNA sequencing, RNA-seq and ATAC-seq analysis 2023-03-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04046-1 PMID:36918894	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、RNA-seq和ATAC-seq分析，探讨了Atf4在调节齿槽骨和长骨巨噬细胞血管生成差异中的作用，特别是通过调节M1极化。	首次揭示了Atf4在齿槽骨和长骨巨噬细胞血管生成差异中的作用，并通过实验证实了Atf4通过激活M1极化来调节Vegfa的表达。	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人体样本中验证这些发现。	探讨齿槽骨和长骨巨噬细胞在血管生成方面的差异，并揭示Atf4在这一过程中的作用。	齿槽骨和长骨的巨噬细胞，以及它们在血管生成中的差异。	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA-seq，ATAC-seq	NA	RNA	小鼠的齿槽骨和长骨样本
189	2024-08-08	Cell-specific clock-controlled gene expression program regulates rhythmic fiber cell growth in cotton 2023-03-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02886-0 PMID:36918913	研究论文	本研究通过优化原生质体制备方法，结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq），系统地表征了野生型和无毛/无棉絮（fl）棉花外珠被细胞，揭示了纤维细胞生长的分子机制。	首次揭示了纤维细胞特异性的昼夜节律钟控基因表达程序，为通过工程化纤维细胞的昼夜节律来改善纤维特性提供了新途径。	NA	探究棉花纤维细胞生长的分子机制。	野生型和无毛/无棉絮（fl）棉花的外珠被细胞。	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据	野生型和无毛/无棉絮（fl）棉花的外珠被细胞
190	2024-08-08	Single-cell analyses reveal distinct expression patterns and roles of long non-coding RNAs during hESC differentiation into pancreatic progenitors 2023-03-13, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03259-x PMID:36907881	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了长非编码RNA在人胚胎干细胞向胰腺前体细胞分化过程中的表达模式和作用	首次全面描述了长非编码RNA在人胚胎干细胞分化过程中的表达特征，并揭示了特定长非编码RNA在胰腺前体细胞生成中的关键作用	NA	深入理解人胚胎干细胞的分化过程，特别是长非编码RNA在此过程中的作用	人胚胎干细胞及其向胰腺前体细胞的分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	77,382个细胞
191	2024-08-08	Single-cell and spatial dissection of precancerous lesions underlying the initiation process of oral squamous cell carcinoma 2023-Mar-13, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-023-00532-4 PMID:36914617	研究论文	本文构建了单细胞转录组图谱和空间转录组图谱，以解析口腔鳞状细胞癌（OSCC）前病变阶段的细胞组成和空间结构	首次揭示了前病变阶段的细胞景观及其在OSCC启动中的作用，特别是发现了一种独特的免疫抑制性单核细胞亚型和VEGF信号的空间切换调控	NA	阐明口腔鳞状细胞癌前病变阶段的细胞景观及其在癌症启动中的作用	口腔黏膜的早期OSCC、伴随中至重度异型增生的邻近前病变以及匹配的正常区域	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞转录组测序，空间转录组测序	NA	转录组数据	9名人类口腔黏膜活检样本
192	2024-08-05	Glycyrrhizic acid inhibits myeloid differentiation of hematopoietic stem cells by binding S100 calcium binding protein A8 to improve cognition in aged mice 2023-Mar-11, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-023-00337-9 PMID:36906583	研究论文	该研究探讨了甘草酸通过与S100钙结合蛋白A8结合，抑制造血干细胞的髓系分化，从而改善老年小鼠的认知能力。	本研究首次揭示了甘草酸通过调节免疫细胞群体以改善老年小鼠的认知能力的具体机制。	该研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全推断人类的相应机制。	研究甘草酸对老年小鼠免疫系统的影响及其改善认知能力的机制。	研究对象为年轻小鼠、老年小鼠及甘草酸处理的老年小鼠的外周血单核细胞。	数字病理学	衰老疾病	单细胞测序	NA	细胞数据	涉及年轻小鼠、老年小鼠及甘草酸处理的老年小鼠的样本
193	2024-08-05	Multi-omics and experimental analysis unveil theragnostic value and immunological roles of inner membrane mitochondrial protein (IMMT) in breast cancer 2023-03-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04035-4 PMID:36899366	研究论文	这项研究揭示了内膜线粒体蛋白（IMMT）在乳腺癌中的治疗诊断价值及其免疫学角色	首次将多组学分析与实验验证结合，揭示IMMT在乳腺癌临床意义及其在免疫微环境中的作用	IMMT的预后意义受到多种细胞成分和肿瘤突变负荷（TMB）水平的影响	评估内膜线粒体蛋白在乳腺癌中的诊断和预后价值	乳腺癌患者的内膜线粒体蛋白及其对肿瘤免疫微环境的影响	数字病理	乳腺癌	多组学分析，siRNA敲低	NA	临床样本，细胞样本	临床样本及单细胞分析
194	2024-08-08	CAF signature predicts the prognosis of colorectal cancer patients: A retrospective study based on bulk RNA sequencing and single-cell RNA sequencing data 2023-Mar-10, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000033149 PMID:36897717	研究论文	本研究基于批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了一个基于癌症相关成纤维细胞（CAFs）标志基因的结直肠癌（CRC）预后模型	首次基于CAFs标志基因构建了CRC患者的生存预测签名，并揭示了肿瘤抑制微环境和失调的免疫检查点基因在CRC组织中对患者不良预后的部分作用	NA	建立一个基于CAFs标志基因的CRC预后模型	结直肠癌患者的预后预测	数字病理学	结直肠癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	数据来自癌症基因组图谱数据库和基因表达综合数据库，具体样本数量未详细说明
195	2024-08-08	Quantitative Evaluation of Stem-like Markers of Human Glioblastoma Using Single-Cell RNA Sequencing Datasets 2023-Mar-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15051557 PMID:36900348	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据集对37名胶质母细胞瘤患者的干细胞标志物进行定量评估	首次通过单细胞RNA测序数据集对胶质母细胞瘤干细胞标志物进行大规模定量评估和选择	研究主要集中在实验室和临床治疗中的应用，未涉及其他可能的临床场景	评估和选择胶质母细胞瘤干细胞标志物的效率和可行性	胶质母细胞瘤干细胞标志物	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	37名胶质母细胞瘤患者，共2173个干细胞标志物候选
196	2024-08-05	Crosstalk between Mesenchymal Stem Cells and Cancer Stem Cells Reveals a Novel Stemness-Related Signature to Predict Prognosis and Immunotherapy Responses for Bladder Cancer Patients 2023-Mar-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24054760 PMID:36902193	研究论文	该文章揭示了间充质干细胞与癌干细胞之间的相互作用，并发展出一种与干性相关的特征以预测膀胱癌患者的预后和免疫治疗反应	首次识别了三种间充质干细胞和癌干细胞亚群，并开发了新颖的干性相关特征用于预后和免疫治疗反应预测	尚未明确所有潜在的治疗靶点，且所使用的数据集有限	该研究的目的是解读间充质干细胞与癌干细胞的通信网络，并识别潜在的治疗靶点	研究对象包括膀胱癌中的间充质干细胞和癌干细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	转录组数据	两个数据集（GSE130001和GSE146137）以及两个PD-(L)1处理的队列（IMvigor210和Rose2021UC）
197	2024-08-05	A Unified Deep Learning Framework for Single-Cell ATAC-Seq Analysis Based on ProdDep Transformer Encoder 2023-Mar-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24054784 PMID:36902216	研究论文	提出了一种基于ProdDep Transformer编码器的统一深度学习框架用于分析单细胞ATAC-Seq数据	引入了PROTRAIT框架，结合了语法捕捉和细胞嵌入学习以实现对单细胞染色质可及性的预测	可能对特定类型的scATAC-seq数据集的适用性有局限，未详细讨论其他数据集的适用性	开发一个统一的深度学习框架以分析单细胞ATAC-Seq数据	单细胞转座酶可接近染色质分析的数据	数字病理学	NA	NA	ProdDep Transformer	scATAC-seq数据	基于Buenrostro2018数据集的实验，涉及超过一百万个细胞
198	2024-08-05	CRYAA and GJA8 promote visual development after whisker tactile deprivation 2023-Mar, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e13897 PMID:36915480	研究论文	本研究探讨了触觉剥夺对视觉发展的影响	首次揭示了CRYAA和GJA8在触觉剥夺后对视力恢复的作用	未涉及触觉剥夺对其他感官的综合影响	研究触觉剥夺对视觉发展的影响及其机制	年轻小鼠及人类胚胎视网膜单细胞测序数据	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	生物样本	使用了年轻小鼠的视网膜样本和人类胚胎的单细胞数据
199	2024-08-05	Single-cell sequencing reveals that endothelial cells, EndMT cells and mural cells contribute to the pathogenesis of cavernous malformations 2023-03, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-023-00962-w PMID:36914857	研究论文	本文通过单细胞 RNA 测序分析了与中央神经系统渗透的 cavernous malformations (CMs) 相关的细胞类型	首次在 CMs 中以单细胞水平识别了内皮细胞向间充质细胞转变（EndMT）细胞，并预测了转录因子 SPI1 作为 EndMT 的新驱动因子	研究只针对12个人类 CM 样本和3个对照样本，样本量相对较小	进一步理解 CMs 的疾病机制和治疗策略	从人类 CM 样本中分析未选择的可存活细胞，并对不同细胞类型及其相互作用进行评估	数字病理学	NA	单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq)	NA	细胞	12个 CM 样本和3个对照样本，共112,670个高质量细胞
200	2024-08-08	Identification of fibrocyte cluster in tumors reveals the role in antitumor immunity by PD-L1 blockade 2023-03-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112162 PMID:36870329	研究论文	研究探讨了纤维细胞在联合免疫治疗中的作用，特别是抗VEGF抗体和抗PD-L1抗体的联合使用对肿瘤浸润纤维细胞的影响	通过单细胞RNA测序识别出肿瘤浸润CD45细胞中的独特“纤维细胞簇”，并发现纤维细胞通过PD-L1阻断增强CD8 T细胞的共刺激活性	NA	研究纤维细胞在肿瘤免疫治疗中的作用及其机制	纤维细胞及其在肿瘤免疫治疗中的作用	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肺癌患者的肿瘤浸润CD45细胞样本