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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-19 |
Single-cell RNA sequencing identifies hippocampal microglial dysregulation in diet-induced obesity
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106164
PMID:36915697
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了高脂饮食诱导的肥胖对海马区小胶质细胞功能失调的影响及其与认知障碍的关联 | 利用单细胞转录组学分析，揭示了肥胖状态下海马小胶质细胞在细胞间通讯、免疫调节和蛋白质处理方面的动态变化机制 | 研究基于小鼠模型，其机制在人类中的适用性仍需进一步验证 | 探究肥胖诱导的认知障碍中海马小胶质细胞激活的精确分子机制 | 高脂饮食诱导的肥胖小鼠模型中的海马小胶质细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-03-06 |
APOE modulates microglial immunometabolism in response to age, amyloid pathology, and inflammatory challenge
2023-03-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112196
PMID:36871219
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研究论文 | 本研究探讨了APOE基因型如何通过免疫代谢机制影响小胶质细胞的功能，特别是在衰老、神经炎症和阿尔茨海默病病理背景下 | 结合了bulk、单细胞和空间转录组学，以及细胞特异性和空间分辨的代谢分析，系统性地揭示了APOE4在小胶质细胞免疫代谢调控中的核心作用 | 研究基于小鼠模型表达人类APOE，可能无法完全模拟人类疾病的所有复杂性 | 探究APOE基因型对小胶质细胞免疫代谢的调控作用及其在衰老、神经炎症和阿尔茨海默病病理中的影响 | 表达人类APOE的小鼠模型中的小胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学, 质谱成像 | NA | 转录组数据, 代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3 | 2026-02-20 |
Perivascular cells induce microglial phagocytic states and synaptic engulfment via SPP1 in mouse models of Alzheimer's disease
2023-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01257-z
PMID:36747024
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研究论文 | 本研究揭示了在阿尔茨海默病小鼠模型中，血管周围细胞通过分泌SPP1诱导小胶质细胞的吞噬状态并促进突触吞噬的机制 | 首次发现血管周围细胞分泌的SPP1是驱动小胶质细胞异常吞噬突触的关键信号分子，并阐明了其在AD病理中的作用机制 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类AD患者中得到验证 | 探究阿尔茨海默病中驱动小胶质细胞异常吞噬突触的分子信号 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的血管周围细胞、小胶质细胞和突触 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、细胞间相互作用分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-02-13 |
Deep learning in spatial transcriptomics: Learning from the next next-generation sequencing
2023-Mar, Biophysics reviews
IF:2.9Q2
DOI:10.1063/5.0091135
PMID:38505815
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综述 | 本文综述了空间转录组学中深度学习模型的应用，探讨了现有工具、挑战及未来方向 | 深入探讨深度学习在空间转录组学数据分析中的新兴应用，包括对齐、空间重建和空间聚类等前沿模型 | 深度学习模型在空间转录组学分析中仍处于早期阶段，应用范围有限且未充分探索 | 综述空间转录组学数据分析的现有工具，特别关注深度学习方法的进展与潜力 | 空间转录组学数据，包括基因表达谱和组织结构信息 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习 | 多模态数据（包括组织学图像、计数矩阵等） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-02-05 |
Identifying strengths and weaknesses of methods for computational network inference from single-cell RNA-seq data
2023-03-09, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkad004
PMID:36626328
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研究论文 | 本研究对11种单细胞RNA测序数据计算网络推断方法进行了扩展性基准测试，评估其在人类、小鼠和酵母数据集上的性能 | 首次在多个scRNA-seq数据集上系统比较了11种网络推断方法，并评估了先验知识、转录因子活性估计及数据插补对推断准确性的影响 | 黄金标准网络和评估指标存在局限性，且方法性能仍有提升空间 | 评估单细胞RNA测序数据中转录基因调控网络推断方法的性能 | 人类、小鼠和酵母的单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 多种网络推断方法（如SCENIC, PIDC, MERLIN, Correlation, Inferelator） | 单细胞RNA测序数据 | 七个已发表数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-12-30 |
SMASH: Scalable Method for Analyzing Spatial Heterogeneity of genes in spatial transcriptomics data
2023-Mar-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.23.533980
PMID:36993287
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研究论文 | 本文提出了一种名为SMASH的非参数方法，用于高效识别空间转录组数据中的空间变异基因，以平衡计算需求和统计功效 | SMASH方法在计算效率和统计功效之间取得了平衡，相比现有方法在模拟场景中表现出更优的统计能力和鲁棒性 | NA | 开发一种可扩展的方法来分析空间转录组数据中基因的空间异质性，识别与细胞/点空间位置共变表达的空间变异基因 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非参数方法 | 空间转录组数据 | 四个来自不同平台的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2025-12-24 |
Single-cell transcriptomics of adult skin VE-cadherin expressing lineages during hair cycle
2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.22.533784
PMID:36993228
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠毛发周期中表达VE-cadherin的皮肤细胞群体，揭示了血管内皮细胞在毛发生长过程中的动态变化 | 首次在单细胞分辨率下比较了毛发周期静止期和生长期中VE-cadherin表达细胞的转录组变化，发现了持续增殖的内皮细胞亚群和与血管重塑相关的代谢改变 | 研究仅针对VE-cadherin表达细胞群体，未涵盖皮肤中所有细胞类型；使用小鼠模型的结果向人类转化的适用性需要进一步验证 | 探究成年皮肤中血管内皮细胞谱系在毛发周期中的细胞和分子动力学变化 | 通过Cdh5-CreER遗传标记的VE-cadherin表达细胞，包括血液和淋巴管结构细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），荧光激活细胞分选（FACS） | NA | 单细胞转录组数据 | 从毛发周期静止期（telogen）和生长期（anagen）分选的VE-cadherin表达细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 8 | 2025-11-27 |
Phagocytosis of Glioma Cells Enhances the Immunosuppressive Phenotype of Bone Marrow-Derived Macrophages
2023-03-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1570
PMID:36622331
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现胶质母细胞瘤中表达巨噬细胞和肿瘤特征的双阳性TAMs亚群，并证明其通过吞噬胶质瘤细胞获得免疫抑制表型 | 首次鉴定出胶质母细胞瘤中表达双标记的TAMs亚群，并证明BMDMs通过吞噬胶质瘤细胞转化为免疫抑制表型的机制 | 研究主要基于体外实验和测序数据分析，需要进一步体内验证 | 探究肿瘤相关巨噬细胞如何转化为免疫抑制表型及其在肿瘤微环境中的作用 | 胶质母细胞瘤组织、骨髓来源巨噬细胞、肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞测序分析 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 全外显子测序 | NA | 基因表达数据, 基因组数据 | 胶质母细胞瘤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-23 |
Accurate estimation of rare cell type fractions from tissue omics data via hierarchical deconvolution
2023-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.532820
PMID:36993280
|
研究论文 | 提出一种名为HiDecon的分层反卷积方法，用于从组织组学数据中准确估计稀有细胞类型的比例 | 使用单细胞RNA测序参考和分层细胞类型树来建模细胞类型间的相似性和分化关系，通过跨层级协调细胞比例来校正估计偏差 | 需要单细胞RNA测序参考数据，且在细胞类型高度相关或极稀有情况下仍可能存在估计挑战 | 开发能够准确估计组织中细胞类型比例的方法，特别是针对稀有细胞类型 | 组织样本中的细胞类型比例 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，分层反卷积 | 分层反卷积模型 | 批量转录组数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-05 |
Integrative in situ mapping of single-cell transcriptional states and tissue histopathology in a mouse model of Alzheimer's disease
2023-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01251-x
PMID:36732642
|
研究论文 | 开发STARmap PLUS方法，结合空间转录组学和蛋白质检测，绘制阿尔茨海默病小鼠模型的单细胞转录状态与组织病理学图谱 | 首次实现高分辨率空间转录组学与蛋白质检测在同一组织切片中的整合，揭示淀粉样斑块周围的核心-壳结构细胞分布 | 仅在阿尔茨海默病小鼠模型中验证，样本量有限 | 研究阿尔茨海默病发病机制中的时空细胞和分子变化 | 阿尔茨海默病小鼠模型的脑组织 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学，蛋白质检测 | NA | 空间转录组数据，蛋白质表达数据，组织图像 | 8月龄和13月龄阿尔茨海默病小鼠脑组织 | NA | 空间转录组学 | STARmap PLUS | 高分辨率空间转录组学与蛋白质检测整合方法 |
| 11 | 2025-10-05 |
A molecularly defined and spatially resolved cell atlas of the whole mouse brain
2023-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.06.531348
PMID:36945367
|
研究论文 | 通过整合MERFISH和scRNA-seq技术，构建了全小鼠大脑的高分辨率空间细胞图谱 | 首次在全脑范围内实现单细胞水平的高通量空间转录组分析，识别了5000多个转录特征不同的细胞簇 | 研究仅针对成年小鼠大脑，尚未在人类或其他物种中验证 | 解析大脑的分子和细胞结构基础 | 成年小鼠全脑约800万个细胞 | 空间转录组学 | NA | 多重误差鲁棒荧光原位杂交(MERFISH), 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 空间基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 约800万个细胞 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | MERFISH技术检测>1100个基因, 整合scRNA-seq数据进行全转录组分析 |
| 12 | 2025-10-05 |
A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain
2023-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.06.531121
PMID:37034735
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研究论文 | 构建了成年小鼠全脑的高分辨率转录组和空间细胞类型图谱 | 结合单细胞RNA测序和MERFISH空间转录组技术，首次在单细胞水平创建了全脑尺度的分层细胞分类系统 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或人类大脑 | 建立哺乳动物大脑细胞类型的完整目录，理解大脑功能和组织原理 | 成年小鼠全脑细胞 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, MERFISH空间转录组 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | 约700万单细胞RNA测序细胞, 约430万MERFISH空间转录组细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | MERFISH空间转录组技术 |
| 13 | 2025-10-05 |
Protocol for multi-modal single-cell RNA sequencing on M. tuberculosis-infected mouse lungs
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102102
PMID:36853694
|
研究论文 | 开发了一种用于结核分枝杆菌感染小鼠肺组织的多模态单细胞RNA测序方案 | 同时获取每个感染细胞的转录组、表面标志物表达和细菌表型信息 | NA | 阐明不同免疫细胞在控制或促进结核分枝杆菌感染中的作用 | 结核分枝杆菌感染的肺巨噬细胞 | 单细胞测序 | 结核病 | 多模态单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,CITE-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-10-05 |
Revealing the Heterogeneity of the Tumor Ecosystem of Cholangiocarcinoma through Single-Cell Transcriptomics
2023-03-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12060862
PMID:36980203
|
综述 | 通过单细胞转录组学揭示胆管癌肿瘤生态系统的异质性 | 利用单细胞RNA测序技术首次系统解析胆管癌肿瘤生态系统中各类细胞的表型和功能多样性 | 当前研究存在样本量有限和技术方法标准化不足等局限性 | 探讨胆管癌肿瘤生态系统的细胞异质性和细胞间相互作用 | 胆管癌肿瘤生态系统中的基质细胞和恶性细胞 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-05 |
An analysis of classical multidimensional scaling with applications to clustering
2023-Mar, Information and inference : a journal of the IMA
DOI:10.1093/imaiai/iaac004
PMID:36761434
|
研究论文 | 本文分析了经典多维标度法的理论性能，并应用于噪声数据聚类 | 建立了分析经典多维标度法嵌入样本质量的理论框架，提出了信噪比缩放条件 | NA | 分析经典多维标度法的统计性能，为下游统计分析奠定基础 | 经典多维标度法及其在聚类分析中的应用 | 机器学习 | 癌症 | 多维标度法，距离聚类算法 | 经典多维标度法 | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据，自然语言数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
Multi-omic analysis of the cardiac cellulome defines a vascular contribution to cardiac diastolic dysfunction in obese female mice
2023-03-29, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-023-00983-6
PMID:36988733
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示平滑肌细胞盐皮质激素受体在肥胖雌性小鼠心脏舒张功能障碍中的关键作用 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统分析非心肌细胞群体，揭示血管平滑肌细胞MR信号在肥胖相关心脏功能障碍中的核心机制 | 研究仅限于雌性小鼠模型，未涉及雄性动物及人类临床样本验证 | 探究平滑肌细胞特异性MR缺失对肥胖相关冠状动脉和心脏舒张功能的影响 | 雌性小鼠（西方饮食诱导的肥胖模型） | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，基因表达谱分析 | NA | 基因表达数据，蛋白质表达数据 | 雌性小鼠（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
RevGel-seq: instrument-free single-cell RNA sequencing using a reversible hydrogel for cell-specific barcoding
2023-03-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-31915-y
PMID:36964177
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研究论文 | 介绍了一种基于可逆水凝胶技术的单细胞RNA测序方法RevGel-seq，无需专用仪器即可实现细胞特异性条形码标记 | 开发了无需微流控设备或液滴系统的单细胞RNA测序技术，通过可逆水凝胶固定细胞-磁珠复合物，提供实验设计的灵活性和样品处理的时间自由度 | 当前凝胶化设备的标准分析范围在10,000个输入细胞水平，可能限制更高通量应用 | 开发无需专用仪器的单细胞RNA测序技术 | 外周血单个核细胞(PBMC)、胰腺胰岛细胞、心肌细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 标准分析约10,000个细胞，展示了PBMC、胰岛细胞和心肌细胞的应用 | NA | 单细胞RNA-seq | RevGel-seq | 基于可逆水凝胶的单细胞条形码技术，无需微流控或液滴系统 |
| 18 | 2025-10-06 |
Cancer stem cells: Recent insights and therapies
2023-03, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2023.115441
PMID:36720355
|
综述 | 本文综述了癌症干细胞的最新研究进展及其治疗策略 | 整合单细胞测序和空间转录组分析技术研究癌症干细胞，并总结靶向消除癌症干细胞的治疗策略 | NA | 探讨癌症干细胞在癌症生物学中的基础作用及治疗应用 | 癌症干细胞及其与肿瘤微环境中其他细胞的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
Senescent cell population with ZEB1 transcription factor as its main regulator promotes osteoarthritis in cartilage and meniscus
2023-03, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2022-223227
PMID:36564153
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类膝关节软骨和半月板组织，发现了一个以ZEB1转录因子为主要调控因子的衰老细胞群在骨关节炎中起关键作用 | 首次在软骨和半月板组织中鉴定出共享的致病性衰老细胞亚群，并确定FAP和ZEB1作为该细胞群的主要调控因子 | 样本量相对有限（健康组n=6-7，OA组n=6），功能验证实验需要进一步扩展 | 研究骨关节炎发病机制中软骨和半月板组织的细胞异质性 | 人类膝关节软骨和半月板组织 | 单细胞生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，基因过表达和敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据，基因表达数据 | 软骨70,972个细胞，半月板78,017个细胞；来自健康（n=6-7）和OA（n=6）膝关节 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Multiomic analyses implicate a neurodevelopmental program in the pathogenesis of cerebral arachnoid cysts
2023-03, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-023-02238-2
PMID:36879130
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示神经发育程序在脑蛛网膜囊肿发病机制中的作用 | 首次采用系统水平的多组学方法整合三重外显子组测序、单细胞RNA测序和自然语言处理数据研究脑蛛网膜囊肿 | 研究结果为初步发现，需要在适当临床背景下进一步验证 | 阐明脑蛛网膜囊肿的发病机制 | 脑蛛网膜囊肿患者及其父母、人类大脑和小鼠脑膜组织 | 自然语言处理 | 脑蛛网膜囊肿 | 外显子组测序,单细胞RNA测序,自然语言处理 | 无监督聚类 | 基因组数据,转录组数据,医疗记录文本 | 617个患者-父母三重样本,152,898个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq,外显子组测序 | NA | NA |