单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-18	Revealing the Heterogeneity of the Tumor Ecosystem of Cholangiocarcinoma through Single-Cell Transcriptomics 2023-03-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12060862 PMID:36980203	综述	本文通过单细胞转录组学探讨胆管癌肿瘤生态系统的异质性及其临床意义	利用scRNA-seq技术前所未有地揭示胆管癌肿瘤和基质细胞（包括浸润免疫细胞）的表型和功能多样性	讨论了当前研究的局限性	研究胆管癌肿瘤生态系统的异质性及其在肿瘤发生和治疗抵抗中的作用	胆管癌肿瘤生态系统中的各种细胞成分	数字病理	胆管癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	NA
2	2025-09-09	An analysis of classical multidimensional scaling with applications to clustering 2023-Mar, Information and inference : a journal of the IMA DOI:10.1093/imaiai/iaac004 PMID:36761434	研究论文	本文提出了分析经典多维缩放嵌入样本质量的理论框架，并应用于噪声数据聚类	建立了经典多维缩放统计性能的理论分析框架，提供了信噪比缩放条件以保证聚类标签的完全恢复	NA	分析经典多维缩放技术的统计性能并应用于聚类任务	噪声数据、癌症基因表达数据、单细胞RNA测序数据和自然语言数据	机器学习	癌症	经典多维缩放、基于距离的聚类算法	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、自然语言数据	NA
3	2025-07-29	Senescent cell population with ZEB1 transcription factor as its main regulator promotes osteoarthritis in cartilage and meniscus 2023-03, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2022-223227 PMID:36564153	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人膝关节软骨和半月板组织，发现了一个与骨关节炎相关的衰老细胞群，其主调控因子为ZEB1转录因子	首次在软骨和半月板组织中鉴定出一个共享的致病性衰老细胞群，并确定ZEB1和FAP为其主要调控因子，为骨关节炎治疗提供了新的靶点	样本量相对较小（健康组n=6-7，OA组n=6），且仅针对膝关节组织	探究骨关节炎发病机制并寻找潜在治疗靶点	人膝关节软骨和半月板组织	单细胞组学	骨关节炎	scRNA-seq, 免疫组化, 基因过表达和敲除	NA	单细胞转录组数据	软骨70,972个细胞，半月板78,017个细胞（来自6-7例健康样本和6例OA样本）
4	2025-07-24	Multiomic analyses implicate a neurodevelopmental program in the pathogenesis of cerebral arachnoid cysts 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02238-2 PMID:36879130	研究论文	通过多组学分析探讨神经发育程序在脑蛛网膜囊肿发病机制中的作用	首次整合患者-父母三重外显子组、单细胞RNA测序转录组和患者医疗记录的自然语言处理数据，揭示了脑蛛网膜囊肿的发病机制	研究结果仅为初步指示，需进一步验证	阐明脑蛛网膜囊肿的发病机制	617例患者-父母三重外显子组、152,898个人类大脑和小鼠脑膜单细胞RNA测序转录组及患者医疗记录	数字病理学	脑蛛网膜囊肿	外显子组测序、单细胞RNA测序、自然语言处理	NA	基因组数据、转录组数据、文本数据	617例患者-父母三重外显子组、152,898个单细胞RNA测序样本
5	2025-07-22	Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534442 PMID:37034703	研究论文	介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，用于量化单细胞中磷酸化蛋白的动态变化，并将其与转录调控元件和目标联系起来	开发了一种简化的抗体偶联方法，创建大规模定制抗体面板，实现蛋白质和scATAC-seq的同时分析，并通过桥接整合与scRNA-seq数据集结合	未提及具体的技术限制或样本量限制	研究细胞内蛋白质动态变化及其与转录调控的关系	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官	单细胞测序技术	NA	Phospho-seq, scATAC-seq, scRNA-seq, 抗体偶联	NA	单细胞蛋白质组、表观基因组和转录组数据	细胞系、诱导多能干细胞和脑类器官
6	2025-07-21	Characterization of Intestinal Mesenchymal Stromal Cells From Patients With Inflammatory Bowel Disease for Autologous Cell Therapy 2023-03-03, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szad003 PMID:36869704	研究论文	本研究评估了炎症性肠病患者自体肠道间充质基质细胞（MSCs）的适应性和功能性，作为细胞治疗的潜在平台	研究发现IBD患者的MSCs具有正常的转录和免疫调节特性，且能够充分扩增，为自体细胞治疗提供了新的可能性	研究样本量较小（克罗恩病11例，溃疡性结肠炎12例，对照组14例），可能影响结果的普遍性	评估自体肠道MSCs在炎症性肠病治疗中的适用性	克罗恩病、溃疡性结肠炎患者及对照组的肠道MSCs	细胞治疗	炎症性肠病	显微镜检查、流式细胞术、bulk和单细胞RNA测序、30-plex Luminex panel	NA	基因表达数据、细胞表型数据	克罗恩病11例，溃疡性结肠炎12例，对照组14例
7	2025-07-20	Integrated transcriptomics contrasts fatty acid metabolism with hypoxia response in β-cell subpopulations associated with glycemic control 2023-Mar-28, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-023-09232-5 PMID:36978008	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究肥胖SM/J小鼠中β细胞亚群的基因表达及其与血糖控制相关的遗传网络	整合单细胞和批量RNA测序数据，识别与肥胖中β细胞功能相关的新亚群和遗传通路	研究仅针对肥胖SM/J小鼠，结果可能不适用于其他模型或人类	探索β细胞异质性及其对糖尿病治疗的影响	肥胖SM/J小鼠的胰腺胰岛β细胞	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	肥胖SM/J小鼠的胰腺胰岛β细胞
8	2025-07-20	Extracellular vesicle distribution and localization in skeletal muscle at rest and following disuse atrophy 2023-03-10, Skeletal muscle IF:5.3Q2 DOI:10.1186/s13395-023-00315-1 PMID:36895061	研究论文	本研究探讨了骨骼肌中细胞外囊泡（EVs）的分布和定位，以及在废用性萎缩后的变化	揭示了骨骼肌EVs的生物发生因子表达和细胞定位，并比较了废用性萎缩对EV浓度的影响	研究未明确EVs在骨骼肌适应性反应中的具体作用机制	研究骨骼肌EVs的生物发生、标记表达、细胞定位及废用性萎缩对其浓度的影响	大鼠和人类的骨骼肌及血清中的EVs	细胞生物学	骨骼肌萎缩	密度梯度超速离心、荧光相关光谱测量、qPCR、scRNA-seq、免疫组织化学、纳米颗粒追踪分析	NA	RNA测序数据、血清EV浓度数据	大鼠和人类模型
9	2025-07-12	Single-cell transcriptome analysis reveals a cancer-associated fibroblast marker gene signature in hepatocellular carcinoma that predicts prognosis 2023-Mar, ILIVER.. DOI:10.1016/j.iliver.2022.12.002 PMID:40636406	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞的标记基因特征，该特征可预测预后	创建了一个预后相关的CAF标记基因特征（CAFMGS），为CAFs作为预后因素和治疗靶点的效用提供了新视角	CAFs在癌症发展过程中动态变化，当前针对CAFs的治疗策略大多失败	研究CAFs作为肝细胞癌预后因素和治疗靶点的效用	肝细胞癌（HCC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（Sc-RNA-seq）	CAFMGS模型	基因表达数据	使用GEO和TCGA数据库的数据，ICGC数据集用于验证
10	2025-06-20	MerlinS13 phosphorylation controls meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2023-Mar-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2577844/v1 PMID:36993679	研究论文	研究探讨了MerlinS13磷酸化在脑膜瘤Wnt信号传导和磁共振成像特征中的作用	揭示了Merlin通过去磷酸化S13位点激活Wnt通路的机制，并建立了基于MRI的非侵入性生物标志物	未提及样本量的具体限制，但研究涉及细胞、异种移植和人类患者多个层面	阐明Merlin完整型脑膜瘤生长的生化机制并开发预测临床结果的非侵入性生物标志物	脑膜瘤细胞、异种移植模型和人类患者	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI图像	涉及细胞、异种移植和人类患者多个层面的样本（具体数量未说明）
11	2025-05-18	Identifying Fibrogenic Cells Following Salivary Gland Obstructive Injury 2023-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.09.531751 PMID:36945483	research paper	研究通过实验诱导小鼠颌下唾液腺纤维化反应，探讨了Gli1信号在纤维化中的作用	使用单细胞RNA测序技术鉴定了与纤维化相关的基质细胞亚群，并揭示了Gli1信号在唾液腺纤维化中的有限作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且Gli1信号的作用较小，可能忽略了其他重要信号通路	探讨唾液腺梗阻性损伤后纤维化反应的细胞和信号机制	雌性小鼠的颌下唾液腺	分子生物学	唾液腺疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	雌性小鼠颌下唾液腺样本
12	2025-05-14	exFINDER: identify external communication signals using single-cell transcriptomics data 2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.24.533888 PMID:37034624	research paper	介绍了一种名为exFINDER的方法，用于识别单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号	exFINDER能够识别由外部系统发送的信号，并推断外部信号-靶标信号网络（exSigNet），进行定量分析	未提及具体局限性	开发一种计算工具，用于推断单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号	单细胞转录组数据中的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	不同物种的scRNA-seq数据集
13	2025-03-28	Multi-omic analysis of the cardiac cellulome defines a vascular contribution to cardiac diastolic dysfunction in obese female mice 2023-03-29, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-023-00983-6 PMID:36988733	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了肥胖雌性小鼠心脏细胞组中血管对心脏舒张功能障碍的贡献	揭示了平滑肌细胞特异性矿物皮质激素受体（SMC-MR）缺失在预防肥胖相关冠状动脉和心脏舒张功能障碍中的作用，并发现了SMC-MR信号在心脏炎症和白细胞招募中的新机制	研究仅限于雌性小鼠模型，未涉及雄性小鼠或人类样本	探讨肥胖雌性小鼠中平滑肌细胞特异性矿物皮质激素受体缺失对冠状动脉和心脏舒张功能的影响	肥胖雌性小鼠及其心脏非心肌细胞群体	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因表达谱分析	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	肥胖雌性小鼠及其对照组
14	2025-03-26	Epigenetic and transcriptomic characterization reveals progression markers and essential pathways in clear cell renal cell carcinoma 2023-03-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37211-7 PMID:36973268	research paper	该研究通过单核RNA测序和单核ATAC测序技术，结合大量蛋白质组学数据，揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤特异性标志物及其表观遗传调控机制	通过多组学分层方法鉴定了20个肿瘤特异性标志物，揭示了铜蓝蛋白（CP）表达与生存率降低的关联，并探讨了CP在调节透明细胞肾细胞癌间质和肿瘤-间质相互作用中的角色	样本量相对较小（34例snRNA-seq和28例snATAC-seq样本），可能限制了结果的普遍性	揭示透明细胞肾细胞癌的肿瘤特异性标志物及其表观遗传调控机制，以增进对该癌症发病机理的理解	人类透明细胞肾细胞癌（ccRCC）标本	digital pathology	renal cell carcinoma	snRNA-seq, snATAC-seq, bulk proteogenomics, spatial transcriptomics	NA	genomic, transcriptomic, proteomic, epigenomic data	34例snRNA-seq和28例snATAC-seq的人类ccRCC标本
15	2025-03-20	LAL deficiency induced myeloid-derived suppressor cells as targets and biomarkers for lung cancer 2023-03, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-006272 PMID:36914206	研究论文	本文探讨了溶酶体酸性脂肪酶（LAL）缺乏诱导的髓系来源抑制细胞（MDSCs）在肺癌中的潜在作用及其作为抗癌免疫治疗靶点和生物标志物的可能性	揭示了LAL缺乏如何通过改变代谢途径诱导MDSCs的产生，并展示了这些细胞在肿瘤免疫抑制和促进肿瘤生长中的作用	研究主要基于小鼠模型和人类血液样本，缺乏直接的人体组织验证	探索LAL缺乏诱导的MDSCs在肺癌中的机制及其作为治疗靶点的潜力	小鼠骨髓来源的Ly6G+髓系细胞和非小细胞肺癌（NSCLC）患者的血液样本	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	基因表达数据，细胞表型数据	小鼠骨髓细胞和NSCLC患者的血液样本
16	2025-03-16	APOE modulates microglial immunometabolism in response to age, amyloid pathology, and inflammatory challenge 2023-03-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112196 PMID:36871219	研究论文	本文探讨了APOE基因型如何调控小胶质细胞的免疫代谢，特别是在衰老、神经炎症和阿尔茨海默病病理背景下	结合了批量、单细胞和空间转录组学，以及细胞特异性和空间分辨的代谢分析，系统性地研究了APOE在不同条件下的作用	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类情况	研究APOE基因型对小胶质细胞免疫代谢的调控作用	表达人类APOE的小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	RNA测序（RNA-seq）、空间转录组学、质谱成像	NA	转录组数据、代谢数据	NA
17	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals gonadal dynamic changes during sex differentiation in hermaphroditic protogynous orange-spotted grouper ( Epinephelus coioides) 2023-03-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2022.312 PMID:36650066	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
18	2025-02-06	MARVEL: an integrated alternative splicing analysis platform for single-cell RNA sequencing data 2023-03-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1260 PMID:36631981	研究论文	本文介绍了一个名为MARVEL的综合R包，用于单细胞RNA测序数据的剪接分析	MARVEL是首个适用于板式和液滴式方法生成的RNA测序数据的单细胞剪接分析工具，填补了该领域计算工具的空白	NA	开发一个综合工具来分析单细胞RNA测序数据中的剪接动态	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	多个公开数据集中的多种细胞类型
19	2025-02-01	Neoadjuvant chemotherapy plus nivolumab with or without ipilimumab in operable non-small cell lung cancer: the phase 2 platform NEOSTAR trial 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-022-02189-0 PMID:36928818	研究论文	本研究探讨了在可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者中，新辅助化疗联合纳武利尤单抗（Nivo）加或不加伊匹木单抗（Ipi）的疗效	首次在NEOSTAR试验中比较了Nivo+CT和Ipi+Nivo+CT两种新辅助治疗方案的主要病理反应（MPR）率，并发现Ipi+Nivo+CT组MPR率更高	样本量较小，且未对所有患者进行肿瘤EGFR/ALK改变的全面筛查	评估新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂在可手术NSCLC患者中的疗效和安全性	可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者	肿瘤学	肺癌	单细胞测序和多平台免疫分析	NA	临床数据	44名患者（Nivo+CT组22名，Ipi+Nivo+CT组22名）
20	2025-01-07	Protocols for single-cell RNA-seq and spatial gene expression integration and interactive visualization 2023-03-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102047 PMID:36853708	研究论文	本文提供了整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间基因表达数据的协议，并展示了如何创建交互式网络应用来可视化和分享结果	提供了使用Seurat和Giotto软件包整合scRNA-seq和空间转录组数据的详细协议，并展示了如何创建交互式网络应用	协议仅适用于特定数据集，可能不适用于所有类型的scRNA-seq和空间转录组数据	整合单细胞RNA测序和空间基因表达数据，以解析细胞类型分布	人类输尿管scRNA-seq数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据，空间基因表达数据	NA