单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 329 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-16 |
Single-cell RNA sequencing reveals cell landscape following antimony exposure during spermatogenesis in Drosophila testes
2023-Mar-09, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-023-01391-4
PMID:36894529
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示锑暴露对果蝇睾丸精子发生过程中细胞景观的影响 | 首次在单细胞分辨率下揭示锑暴露对果蝇睾丸精子发生的转录调控机制，并发现新的基因（如Dup98B）在精子发生过程中的状态偏向表达 | 未提及具体局限性 | 研究锑暴露对果蝇睾丸精子发生的影响及单细胞分辨率下的转录调控机制 | 果蝇睾丸细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 果蝇暴露于锑10天的睾丸样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-05-01 |
Inhibition of a signaling modality within the gp130 receptor enhances tissue regeneration and mitigates osteoarthritis
2023-03-22, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abq2395
PMID:36947594
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研究论文 | 研究发现gp130受体内的一个信号模块抑制后可以增强组织再生并缓解骨关节炎 | 首次发现gp130受体中的Y814酪氨酸作为细胞应激传感器，通过遗传和药理手段调控其活性可促进组织再生并抑制炎症 | 主要基于小鼠模型，在犬模型中初步验证但缺乏大动物和人体研究数据 | 探究gp130受体信号调控对组织再生和骨关节炎的影响机制 | 小鼠（野生型和F814突变体）、大鼠和犬的皮肤伤口及关节组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠（具体数量未明确）、大鼠和犬各若干只 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-05-01 |
Reprogramming the tumor microenvironment leverages CD8+ T cell responses to a shared tumor/self antigen in ovarian cancer
2023-Mar-16, Molecular therapy oncolytics
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.omto.2023.02.002
PMID:36875325
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研究论文 | 利用CXCR4拮抗剂武装的溶瘤病毒疗法重编程肿瘤微环境，诱导针对肿瘤/自身抗原的CD8+ T细胞反应，提高卵巢癌治疗效果 | 首次通过CXCR4拮抗剂武装的溶瘤病毒靶向免疫抑制性肿瘤微环境，打破对弱免疫原性自身抗原的耐受，诱导肿瘤/自身特异性CD8 T细胞反应 | 研究基于小鼠模型，未涉及人类患者样本；依赖SV40 T抗原作为模型抗原，可能不完全代表人类卵巢癌中复杂的内源性肿瘤抗原 | 探究CXCR4拮抗剂武装的溶瘤病毒疗法对肿瘤进展和抗肿瘤免疫的影响 | 原位生长的SV40 T抗原卵巢癌小鼠模型（野生型和Tg转基因小鼠） | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 免疫染色 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型（具体数量未说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-04-30 |
Tumor PD-L1 engages myeloid PD-1 to suppress type I interferon to impair cytotoxic T lymphocyte recruitment
2023-03-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.02.005
PMID:36917954
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研究论文 | 该研究揭示肿瘤细胞PD-L1通过与髓系细胞PD-1结合，激活SHP2抑制I型干扰素信号通路，从而削弱细胞毒性T淋巴细胞向肺转移灶的募集，促进肿瘤免疫逃逸 | 首次发现肿瘤PD-L1并非直接抑制T细胞活性，而是通过髓系PD-1介导的SHP2-IFN-I-STAT1-CXCL9信号轴调控CTL募集，并证实该机制在肺转移中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅显示相关性，未完全验证机制；未阐明其他肿瘤模型或器官转移中的普适性 | 阐明肿瘤细胞PD-L1在肿瘤免疫逃逸中通过髓系细胞介导的分子机制 | 肿瘤细胞（PD-L1）、髓系细胞（PD-1）、细胞毒性T淋巴细胞、小鼠肺转移模型 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型（未明确具体数量）；人癌症患者样本（数量未指定） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-04-20 |
Protocol for multi-modal single-cell RNA sequencing on M. tuberculosis-infected mouse lungs
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102102
PMID:36853694
|
研究论文 | 本文开发了一种用于M. tuberculosis感染小鼠肺组织的多模态单细胞RNA测序协议 | 同时获取每个感染细胞的转录组、表面标志物表达和细菌表型信息 | NA | 阐明不同免疫细胞如何控制或促进M. tuberculosis感染 | M. tuberculosis感染的小鼠肺组织巨噬细胞 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 多模态单细胞分析 | NA | NA |
| 6 | 2026-04-09 |
Multiomic analyses implicate a neurodevelopmental program in the pathogenesis of cerebral arachnoid cysts
2023-03, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-023-02238-2
PMID:36879130
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨了脑蛛网膜囊肿的发病机制，揭示了其与神经发育程序的关联 | 首次整合患者-父母外显子组、单细胞RNA测序转录组和医疗记录自然语言处理数据，系统性分析脑蛛网膜囊肿的遗传基础和临床亚型 | 研究样本量相对有限，且主要基于外显子组数据，可能遗漏非编码区域的变异 | 阐明脑蛛网膜囊肿的发病机制及其与神经发育障碍的关联 | 脑蛛网膜囊肿患者及其父母、人类和小鼠的脑及脑膜单细胞转录组数据 | 自然语言处理 | 脑蛛网膜囊肿 | 外显子组测序、单细胞RNA测序、自然语言处理 | NA | 基因组数据、转录组数据、文本数据 | 617个患者-父母三重外显子组、152,898个人类和小鼠脑及脑膜单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-04-07 |
Molecular and spatial profiling of the paraventricular nucleus of the thalamus
2023-03-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81818
PMID:36867023
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和多重荧光原位杂交技术，揭示了小鼠丘脑室旁核的分子多样性和空间组织特征 | 首次识别了五种分子上不同的PVT神经元亚型，并发现了以前未知的分子梯度组织模式，提供了对PVT与皮层连接的新见解 | 研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他物种；单核RNA测序可能无法完全捕获所有细胞类型的转录组信息 | 阐明丘脑室旁核的分子身份和空间分布，以理解其功能多样性 | 小鼠丘脑室旁核的神经元 | 神经科学 | NA | 单核RNA测序，多重荧光原位杂交 | NA | RNA序列数据，图像数据 | 未明确指定样本数量，但基于小鼠脑组织 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2026-04-03 |
JAK-STAT activation contributes to cytotoxic T cell-mediated basal cell death in human chronic lung allograft dysfunction
2023-03-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.167082
PMID:36946463
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了JAK-STAT信号通路在慢性肺同种异体移植物功能障碍（CLAD）中通过上调气道基底细胞MHC-I表达、介导细胞毒性T细胞杀伤的机制 | 首次在人类CLAD移植组织中结合单细胞RNA测序与空间转录组学分析，发现JAK-STAT信号通过上调气道基底细胞MHC-I表达介导T细胞杀伤的新机制 | 研究基于移植组织样本，样本来源有限；机制验证主要在观察层面，缺乏体内干预实验 | 探究慢性肺同种异体移植物功能障碍（CLAD）的发病机制 | 人类肺移植受者的移植组织（CLAD患者） | 数字病理学 | 肺移植相关疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | RNA测序数据，空间转录组数据 | 人类肺移植受者的移植组织样本（具体数量未说明） | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 9 | 2026-04-01 |
Lineage plasticity enables low-ER luminal tumors to evolve and gain basal-like traits
2023-03-01, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-023-01621-8
PMID:36859337
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研究论文 | 本研究揭示了低雌激素受体（ER）表达的管腔型乳腺肿瘤可通过谱系可塑性演化并获得基底样特征 | 首次通过谱系追踪和单细胞RNA测序证明低ER管腔肿瘤可通过谱系可塑性演化出基底样特征，并发现SOX10是这一过程的关键驱动因子 | 研究主要基于MMTV-PyMT小鼠模型，人类肿瘤中的验证尚需进一步研究 | 探究低ER管腔型乳腺肿瘤如何演化并获得基底样特征的分子机制 | MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤模型及乳腺肿瘤细胞 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 谱系追踪，单细胞RNA测序 | MMTV-PyMT小鼠肿瘤模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-03-31 |
Proteomic Profiling of Fallopian Tube-Derived Extracellular Vesicles Using a Microfluidic Tissue-on-Chip System
2023-Mar-27, Bioengineering (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/bioengineering10040423
PMID:37106610
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研究论文 | 本研究建立了一个微流控组织芯片系统，用于培养人输卵管上皮细胞并收集其分泌的小细胞外囊泡，首次报道了295种常见的hFTE sEV蛋白，并揭示了这些蛋白与输卵管组织转录组之间的相关性 | 首次利用微流控平台培养人输卵管上皮细胞进行sEV收集，并通过质谱蛋白质组学分析，首次报道了295种常见的hFTE sEV蛋白质，并关联了sEV蛋白谱与组织空间转录组数据 | 研究受限于生物材料的可用性和适当的培养方法，且样本规模可能较小 | 研究人输卵管上皮细胞来源的小细胞外囊泡的蛋白质组成及其功能，探索其在卵巢癌发生和生殖功能中的作用 | 人输卵管上皮细胞及其分泌的小细胞外囊泡 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 质谱蛋白质组学分析，空间转录组学分析 | 微流控组织芯片系统 | 蛋白质组数据，转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | GeoMx Cancer Transcriptome Atlas | NA |
| 11 | 2026-03-19 |
Single-cell RNA sequencing identifies hippocampal microglial dysregulation in diet-induced obesity
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106164
PMID:36915697
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了高脂饮食诱导的肥胖对海马区小胶质细胞功能失调的影响及其与认知障碍的关联 | 利用单细胞转录组学分析，揭示了肥胖状态下海马小胶质细胞在细胞间通讯、免疫调节和蛋白质处理方面的动态变化机制 | 研究基于小鼠模型，其机制在人类中的适用性仍需进一步验证 | 探究肥胖诱导的认知障碍中海马小胶质细胞激活的精确分子机制 | 高脂饮食诱导的肥胖小鼠模型中的海马小胶质细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-03-06 |
APOE modulates microglial immunometabolism in response to age, amyloid pathology, and inflammatory challenge
2023-03-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112196
PMID:36871219
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研究论文 | 本研究探讨了APOE基因型如何通过免疫代谢机制影响小胶质细胞的功能，特别是在衰老、神经炎症和阿尔茨海默病病理背景下 | 结合了bulk、单细胞和空间转录组学，以及细胞特异性和空间分辨的代谢分析，系统性地揭示了APOE4在小胶质细胞免疫代谢调控中的核心作用 | 研究基于小鼠模型表达人类APOE，可能无法完全模拟人类疾病的所有复杂性 | 探究APOE基因型对小胶质细胞免疫代谢的调控作用及其在衰老、神经炎症和阿尔茨海默病病理中的影响 | 表达人类APOE的小鼠模型中的小胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学, 质谱成像 | NA | 转录组数据, 代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2026-02-20 |
Perivascular cells induce microglial phagocytic states and synaptic engulfment via SPP1 in mouse models of Alzheimer's disease
2023-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01257-z
PMID:36747024
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研究论文 | 本研究揭示了在阿尔茨海默病小鼠模型中，血管周围细胞通过分泌SPP1诱导小胶质细胞的吞噬状态并促进突触吞噬的机制 | 首次发现血管周围细胞分泌的SPP1是驱动小胶质细胞异常吞噬突触的关键信号分子，并阐明了其在AD病理中的作用机制 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类AD患者中得到验证 | 探究阿尔茨海默病中驱动小胶质细胞异常吞噬突触的分子信号 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的血管周围细胞、小胶质细胞和突触 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、细胞间相互作用分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-02-13 |
Deep learning in spatial transcriptomics: Learning from the next next-generation sequencing
2023-Mar, Biophysics reviews
IF:2.9Q2
DOI:10.1063/5.0091135
PMID:38505815
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综述 | 本文综述了空间转录组学中深度学习模型的应用，探讨了现有工具、挑战及未来方向 | 深入探讨深度学习在空间转录组学数据分析中的新兴应用，包括对齐、空间重建和空间聚类等前沿模型 | 深度学习模型在空间转录组学分析中仍处于早期阶段，应用范围有限且未充分探索 | 综述空间转录组学数据分析的现有工具，特别关注深度学习方法的进展与潜力 | 空间转录组学数据，包括基因表达谱和组织结构信息 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习 | 多模态数据（包括组织学图像、计数矩阵等） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2026-02-05 |
Identifying strengths and weaknesses of methods for computational network inference from single-cell RNA-seq data
2023-03-09, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkad004
PMID:36626328
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研究论文 | 本研究对11种单细胞RNA测序数据计算网络推断方法进行了扩展性基准测试，评估其在人类、小鼠和酵母数据集上的性能 | 首次在多个scRNA-seq数据集上系统比较了11种网络推断方法，并评估了先验知识、转录因子活性估计及数据插补对推断准确性的影响 | 黄金标准网络和评估指标存在局限性，且方法性能仍有提升空间 | 评估单细胞RNA测序数据中转录基因调控网络推断方法的性能 | 人类、小鼠和酵母的单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 多种网络推断方法（如SCENIC, PIDC, MERLIN, Correlation, Inferelator） | 单细胞RNA测序数据 | 七个已发表数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-12-30 |
SMASH: Scalable Method for Analyzing Spatial Heterogeneity of genes in spatial transcriptomics data
2023-Mar-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.23.533980
PMID:36993287
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研究论文 | 本文提出了一种名为SMASH的非参数方法，用于高效识别空间转录组数据中的空间变异基因，以平衡计算需求和统计功效 | SMASH方法在计算效率和统计功效之间取得了平衡，相比现有方法在模拟场景中表现出更优的统计能力和鲁棒性 | NA | 开发一种可扩展的方法来分析空间转录组数据中基因的空间异质性，识别与细胞/点空间位置共变表达的空间变异基因 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非参数方法 | 空间转录组数据 | 四个来自不同平台的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 17 | 2025-12-24 |
Single-cell transcriptomics of adult skin VE-cadherin expressing lineages during hair cycle
2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.22.533784
PMID:36993228
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠毛发周期中表达VE-cadherin的皮肤细胞群体，揭示了血管内皮细胞在毛发生长过程中的动态变化 | 首次在单细胞分辨率下比较了毛发周期静止期和生长期中VE-cadherin表达细胞的转录组变化，发现了持续增殖的内皮细胞亚群和与血管重塑相关的代谢改变 | 研究仅针对VE-cadherin表达细胞群体，未涵盖皮肤中所有细胞类型；使用小鼠模型的结果向人类转化的适用性需要进一步验证 | 探究成年皮肤中血管内皮细胞谱系在毛发周期中的细胞和分子动力学变化 | 通过Cdh5-CreER遗传标记的VE-cadherin表达细胞，包括血液和淋巴管结构细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），荧光激活细胞分选（FACS） | NA | 单细胞转录组数据 | 从毛发周期静止期（telogen）和生长期（anagen）分选的VE-cadherin表达细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 18 | 2025-11-27 |
Phagocytosis of Glioma Cells Enhances the Immunosuppressive Phenotype of Bone Marrow-Derived Macrophages
2023-03-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1570
PMID:36622331
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现胶质母细胞瘤中表达巨噬细胞和肿瘤特征的双阳性TAMs亚群，并证明其通过吞噬胶质瘤细胞获得免疫抑制表型 | 首次鉴定出胶质母细胞瘤中表达双标记的TAMs亚群，并证明BMDMs通过吞噬胶质瘤细胞转化为免疫抑制表型的机制 | 研究主要基于体外实验和测序数据分析，需要进一步体内验证 | 探究肿瘤相关巨噬细胞如何转化为免疫抑制表型及其在肿瘤微环境中的作用 | 胶质母细胞瘤组织、骨髓来源巨噬细胞、肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞测序分析 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 全外显子测序 | NA | 基因表达数据, 基因组数据 | 胶质母细胞瘤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子测序 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-23 |
Accurate estimation of rare cell type fractions from tissue omics data via hierarchical deconvolution
2023-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.532820
PMID:36993280
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研究论文 | 提出一种名为HiDecon的分层反卷积方法，用于从组织组学数据中准确估计稀有细胞类型的比例 | 使用单细胞RNA测序参考和分层细胞类型树来建模细胞类型间的相似性和分化关系，通过跨层级协调细胞比例来校正估计偏差 | 需要单细胞RNA测序参考数据，且在细胞类型高度相关或极稀有情况下仍可能存在估计挑战 | 开发能够准确估计组织中细胞类型比例的方法，特别是针对稀有细胞类型 | 组织样本中的细胞类型比例 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，分层反卷积 | 分层反卷积模型 | 批量转录组数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-10-05 |
Integrative in situ mapping of single-cell transcriptional states and tissue histopathology in a mouse model of Alzheimer's disease
2023-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01251-x
PMID:36732642
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研究论文 | 开发STARmap PLUS方法，结合空间转录组学和蛋白质检测，绘制阿尔茨海默病小鼠模型的单细胞转录状态与组织病理学图谱 | 首次实现高分辨率空间转录组学与蛋白质检测在同一组织切片中的整合，揭示淀粉样斑块周围的核心-壳结构细胞分布 | 仅在阿尔茨海默病小鼠模型中验证，样本量有限 | 研究阿尔茨海默病发病机制中的时空细胞和分子变化 | 阿尔茨海默病小鼠模型的脑组织 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学，蛋白质检测 | NA | 空间转录组数据，蛋白质表达数据，组织图像 | 8月龄和13月龄阿尔茨海默病小鼠脑组织 | NA | 空间转录组学 | STARmap PLUS | 高分辨率空间转录组学与蛋白质检测整合方法 |