单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-12	Single-cell transcriptome analysis reveals a cancer-associated fibroblast marker gene signature in hepatocellular carcinoma that predicts prognosis 2023-Mar, ILIVER.. DOI:10.1016/j.iliver.2022.12.002 PMID:40636406	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞的标记基因特征，该特征可预测预后	创建了一个预后相关的CAF标记基因特征（CAFMGS），为CAFs作为预后因素和治疗靶点的效用提供了新视角	CAFs在癌症发展过程中动态变化，当前针对CAFs的治疗策略大多失败	研究CAFs作为肝细胞癌预后因素和治疗靶点的效用	肝细胞癌（HCC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（Sc-RNA-seq）	CAFMGS模型	基因表达数据	使用GEO和TCGA数据库的数据，ICGC数据集用于验证
2	2025-06-23	Multiomic analyses implicate a neurodevelopmental program in the pathogenesis of cerebral arachnoid cysts 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02238-2 PMID:36879130	研究论文	通过多组学分析探讨神经发育程序在脑蛛网膜囊肿发病机制中的作用	首次整合患者-父母三人体外显子组测序、单细胞RNA测序转录组和患者病历自然语言处理数据，揭示脑蛛网膜囊肿的发病机制	研究结果仅为初步发现，需进一步验证	阐明脑蛛网膜囊肿的发病机制	617例患者-父母三人体外显子组测序数据、152,898个人类大脑和小鼠脑膜单细胞RNA测序转录组数据及患者病历自然语言处理数据	数字病理学	脑蛛网膜囊肿	外显子组测序、单细胞RNA测序、自然语言处理	NA	基因组数据、转录组数据、文本数据	617例患者-父母三人体外显子组测序数据、152,898个单细胞RNA测序转录组数据
3	2025-06-20	MerlinS13 phosphorylation controls meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2023-Mar-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2577844/v1 PMID:36993679	研究论文	研究探讨了MerlinS13磷酸化在脑膜瘤Wnt信号传导和磁共振成像特征中的作用	揭示了Merlin通过去磷酸化S13位点激活Wnt通路的机制，并建立了基于MRI的非侵入性生物标志物	未提及样本量的具体限制，但研究涉及细胞、异种移植和人类患者多个层面	阐明Merlin完整型脑膜瘤生长的生化机制并开发预测临床结果的非侵入性生物标志物	脑膜瘤细胞、异种移植模型和人类患者	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI图像	涉及细胞、异种移植和人类患者多个层面的样本（具体数量未说明）
4	2025-05-18	Identifying Fibrogenic Cells Following Salivary Gland Obstructive Injury 2023-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.09.531751 PMID:36945483	research paper	研究通过实验诱导小鼠颌下唾液腺纤维化反应，探讨了Gli1信号在纤维化中的作用	使用单细胞RNA测序技术鉴定了与纤维化相关的基质细胞亚群，并揭示了Gli1信号在唾液腺纤维化中的有限作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且Gli1信号的作用较小，可能忽略了其他重要信号通路	探讨唾液腺梗阻性损伤后纤维化反应的细胞和信号机制	雌性小鼠的颌下唾液腺	分子生物学	唾液腺疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	雌性小鼠颌下唾液腺样本
5	2025-05-14	exFINDER: identify external communication signals using single-cell transcriptomics data 2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.24.533888 PMID:37034624	research paper	介绍了一种名为exFINDER的方法，用于识别单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号	exFINDER能够识别由外部系统发送的信号，并推断外部信号-靶标信号网络（exSigNet），进行定量分析	未提及具体局限性	开发一种计算工具，用于推断单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号	单细胞转录组数据中的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	不同物种的scRNA-seq数据集
6	2025-05-07	Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534442 PMID:37034703	研究论文	介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，用于量化单细胞中磷酸化蛋白的动态变化，并将其与基因调控元件和转录目标联系起来	开发了一种简化的实验台抗体偶联方法，用于创建大规模定制抗体面板，实现蛋白质和scATAC-seq的同时分析，并通过桥接整合与scRNA-seq数据集结合	NA	旨在量化细胞内和核内磷酸化蛋白的动态变化，并探索其与基因调控和转录目标的关系	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官	单细胞测序技术	NA	Phospho-seq, scATAC-seq, scRNA-seq	NA	蛋白质组学数据、表观遗传学数据和转录组数据	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官
7	2025-03-28	Multi-omic analysis of the cardiac cellulome defines a vascular contribution to cardiac diastolic dysfunction in obese female mice 2023-03-29, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-023-00983-6 PMID:36988733	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了肥胖雌性小鼠心脏细胞组中血管对心脏舒张功能障碍的贡献	揭示了平滑肌细胞特异性矿物皮质激素受体（SMC-MR）缺失在预防肥胖相关冠状动脉和心脏舒张功能障碍中的作用，并发现了SMC-MR信号在心脏炎症和白细胞招募中的新机制	研究仅限于雌性小鼠模型，未涉及雄性小鼠或人类样本	探讨肥胖雌性小鼠中平滑肌细胞特异性矿物皮质激素受体缺失对冠状动脉和心脏舒张功能的影响	肥胖雌性小鼠及其心脏非心肌细胞群体	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因表达谱分析	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	肥胖雌性小鼠及其对照组
8	2025-03-26	Epigenetic and transcriptomic characterization reveals progression markers and essential pathways in clear cell renal cell carcinoma 2023-03-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37211-7 PMID:36973268	research paper	该研究通过单核RNA测序和单核ATAC测序技术，结合大量蛋白质组学数据，揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤特异性标志物及其表观遗传调控机制	通过多组学分层方法鉴定了20个肿瘤特异性标志物，揭示了铜蓝蛋白（CP）表达与生存率降低的关联，并探讨了CP在调节透明细胞肾细胞癌间质和肿瘤-间质相互作用中的角色	样本量相对较小（34例snRNA-seq和28例snATAC-seq样本），可能限制了结果的普遍性	揭示透明细胞肾细胞癌的肿瘤特异性标志物及其表观遗传调控机制，以增进对该癌症发病机理的理解	人类透明细胞肾细胞癌（ccRCC）标本	digital pathology	renal cell carcinoma	snRNA-seq, snATAC-seq, bulk proteogenomics, spatial transcriptomics	NA	genomic, transcriptomic, proteomic, epigenomic data	34例snRNA-seq和28例snATAC-seq的人类ccRCC标本
9	2025-03-20	LAL deficiency induced myeloid-derived suppressor cells as targets and biomarkers for lung cancer 2023-03, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-006272 PMID:36914206	研究论文	本文探讨了溶酶体酸性脂肪酶（LAL）缺乏诱导的髓系来源抑制细胞（MDSCs）在肺癌中的潜在作用及其作为抗癌免疫治疗靶点和生物标志物的可能性	揭示了LAL缺乏如何通过改变代谢途径诱导MDSCs的产生，并展示了这些细胞在肿瘤免疫抑制和促进肿瘤生长中的作用	研究主要基于小鼠模型和人类血液样本，缺乏直接的人体组织验证	探索LAL缺乏诱导的MDSCs在肺癌中的机制及其作为治疗靶点的潜力	小鼠骨髓来源的Ly6G+髓系细胞和非小细胞肺癌（NSCLC）患者的血液样本	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	基因表达数据，细胞表型数据	小鼠骨髓细胞和NSCLC患者的血液样本
10	2025-03-16	APOE modulates microglial immunometabolism in response to age, amyloid pathology, and inflammatory challenge 2023-03-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112196 PMID:36871219	研究论文	本文探讨了APOE基因型如何调控小胶质细胞的免疫代谢，特别是在衰老、神经炎症和阿尔茨海默病病理背景下	结合了批量、单细胞和空间转录组学，以及细胞特异性和空间分辨的代谢分析，系统性地研究了APOE在不同条件下的作用	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类情况	研究APOE基因型对小胶质细胞免疫代谢的调控作用	表达人类APOE的小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	RNA测序（RNA-seq）、空间转录组学、质谱成像	NA	转录组数据、代谢数据	NA
11	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals gonadal dynamic changes during sex differentiation in hermaphroditic protogynous orange-spotted grouper ( Epinephelus coioides) 2023-03-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2022.312 PMID:36650066	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
12	2025-02-06	MARVEL: an integrated alternative splicing analysis platform for single-cell RNA sequencing data 2023-03-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1260 PMID:36631981	研究论文	本文介绍了一个名为MARVEL的综合R包，用于单细胞RNA测序数据的剪接分析	MARVEL是首个适用于板式和液滴式方法生成的RNA测序数据的单细胞剪接分析工具，填补了该领域计算工具的空白	NA	开发一个综合工具来分析单细胞RNA测序数据中的剪接动态	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	多个公开数据集中的多种细胞类型
13	2025-02-01	Neoadjuvant chemotherapy plus nivolumab with or without ipilimumab in operable non-small cell lung cancer: the phase 2 platform NEOSTAR trial 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-022-02189-0 PMID:36928818	研究论文	本研究探讨了在可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者中，新辅助化疗联合纳武利尤单抗（Nivo）加或不加伊匹木单抗（Ipi）的疗效	首次在NEOSTAR试验中比较了Nivo+CT和Ipi+Nivo+CT两种新辅助治疗方案的主要病理反应（MPR）率，并发现Ipi+Nivo+CT组MPR率更高	样本量较小，且未对所有患者进行肿瘤EGFR/ALK改变的全面筛查	评估新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂在可手术NSCLC患者中的疗效和安全性	可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者	肿瘤学	肺癌	单细胞测序和多平台免疫分析	NA	临床数据	44名患者（Nivo+CT组22名，Ipi+Nivo+CT组22名）
14	2025-01-07	Protocols for single-cell RNA-seq and spatial gene expression integration and interactive visualization 2023-03-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102047 PMID:36853708	研究论文	本文提供了整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间基因表达数据的协议，并展示了如何创建交互式网络应用来可视化和分享结果	提供了使用Seurat和Giotto软件包整合scRNA-seq和空间转录组数据的详细协议，并展示了如何创建交互式网络应用	协议仅适用于特定数据集，可能不适用于所有类型的scRNA-seq和空间转录组数据	整合单细胞RNA测序和空间基因表达数据，以解析细胞类型分布	人类输尿管scRNA-seq数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据，空间基因表达数据	NA
15	2024-10-20	Perivascular cells induce microglial phagocytic states and synaptic engulfment via SPP1 in mouse models of Alzheimer's disease 2023-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01257-z PMID:36747024	研究论文	研究探讨了在阿尔茨海默病模型中，周围血管细胞通过SPP1诱导小胶质细胞吞噬状态和突触吞噬的作用	首次揭示了SPP1在周围血管细胞与小胶质细胞间对话中的功能，调节小胶质细胞介导的突触吞噬	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨阿尔茨海默病中突触丢失的机制	小胶质细胞、周围血管细胞、突触	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
16	2024-10-19	Integrative in situ mapping of single-cell transcriptional states and tissue histopathology in a mouse model of Alzheimer's disease 2023-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01251-x PMID:36732642	研究论文	本文介绍了一种名为STARmap PLUS的方法，结合高分辨率空间转录组学和蛋白质检测，用于在小鼠阿尔茨海默病模型中进行单细胞转录状态和组织病理学的整合原位映射	本文创新性地将高分辨率空间转录组学与蛋白质检测结合，提供了疾病进展的综合细胞图谱	NA	揭示阿尔茨海默病在小鼠模型中的时空动态变化，理解疾病机制和进展	小鼠阿尔茨海默病模型的大脑组织	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学	NA	图像	8个月和13个月龄的小鼠阿尔茨海默病模型大脑组织样本
17	2024-10-12	Methylcellulose colony assay and single-cell micro-manipulation reveal progenitor-like cells in adult human pancreatic ducts 2023-03-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.02.001 PMID:36868230	研究论文	本文通过微操作和三维集落分析，在成人胰腺外分泌组织中鉴定出类似祖细胞的细胞	首次在成人胰腺外分泌组织中发现具有自我更新和三系分化能力的祖细胞样细胞	研究主要在体外和动物模型中进行，尚未在人体内验证	探索成人胰腺中具有再生医学潜力的祖细胞	成人胰腺外分泌组织中的祖细胞样细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	成人胰腺外分泌组织样本
18	2024-10-06	simpleaf: A simple, flexible, and scalable framework for single-cell transcriptomics data processing using alevin-fry 2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.28.534653 PMID:37034702	研究论文	介绍了一个名为simpleaf的框架，用于简化使用alevin-fry生态系统的单细胞转录组数据处理	simpleaf简化了单细胞数据处理的复杂性，同时保留了alevin-fry工具的性能和灵活性，并增加了新的功能和能力	NA	简化单细胞转录组数据处理的复杂性，同时保留工具的性能和灵活性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
19	2024-09-30	LPS-induced acute neuroinflammation, involving interleukin-1 beta signaling, leads to proteomic, cellular, and network-level changes in the prefrontal cortex of mice 2023-Mar, Brain, behavior, & immunity - health DOI:10.1016/j.bbih.2023.100594 PMID:36713475	研究论文	研究了外周感染诱导的神经炎症对小鼠前额叶皮层电生理和蛋白质组学的影响	首次比较了IL-1β对前额叶皮层锥体细胞和中间神经元的电生理效应，并发现了LPS处理后前额叶皮层电生理和分子水平的显著变化	NA	探讨外周感染诱导的急性系统性炎症对前额叶皮层认知功能的影响	小鼠前额叶皮层的电生理和蛋白质组学变化	神经科学	NA	电生理记录、2-D差异凝胶电泳、质谱分析	NA	电生理数据、蛋白质组数据	雄性小鼠
20	2024-09-28	Pan-cancer classification of single cells in the tumour microenvironment 2023-03-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37353-8 PMID:36959212	研究论文	本文介绍了一种名为scATOMIC的模块化注释工具，用于恶性与非恶性细胞的分类，并展示了其在肿瘤微环境中的应用	scATOMIC通过训练超过30万细胞的数据，定义了19种常见癌症的泛癌参考，采用分层方法，优于当前的分类方法	NA	开发一种高精度的细胞分类工具，以深入理解肿瘤微环境中的细胞机制	恶性与非恶性细胞的分类	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过30万癌症、免疫和基质细胞，以及225个肿瘤活检样本，包含超过35万癌症和多种肿瘤微环境细胞