单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-03-28	Multi-omic analysis of the cardiac cellulome defines a vascular contribution to cardiac diastolic dysfunction in obese female mice 2023-03-29, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-023-00983-6 PMID:36988733	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了肥胖雌性小鼠心脏细胞组中血管对心脏舒张功能障碍的贡献	揭示了平滑肌细胞特异性矿物皮质激素受体（SMC-MR）缺失在预防肥胖相关冠状动脉和心脏舒张功能障碍中的作用，并发现了SMC-MR信号在心脏炎症和白细胞招募中的新机制	研究仅限于雌性小鼠模型，未涉及雄性小鼠或人类样本	探讨肥胖雌性小鼠中平滑肌细胞特异性矿物皮质激素受体缺失对冠状动脉和心脏舒张功能的影响	肥胖雌性小鼠及其心脏非心肌细胞群体	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因表达谱分析	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	肥胖雌性小鼠及其对照组
2	2025-03-26	Epigenetic and transcriptomic characterization reveals progression markers and essential pathways in clear cell renal cell carcinoma 2023-03-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37211-7 PMID:36973268	research paper	该研究通过单核RNA测序和单核ATAC测序技术，结合大量蛋白质组学数据，揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤特异性标志物及其表观遗传调控机制	通过多组学分层方法鉴定了20个肿瘤特异性标志物，揭示了铜蓝蛋白（CP）表达与生存率降低的关联，并探讨了CP在调节透明细胞肾细胞癌间质和肿瘤-间质相互作用中的角色	样本量相对较小（34例snRNA-seq和28例snATAC-seq样本），可能限制了结果的普遍性	揭示透明细胞肾细胞癌的肿瘤特异性标志物及其表观遗传调控机制，以增进对该癌症发病机理的理解	人类透明细胞肾细胞癌（ccRCC）标本	digital pathology	renal cell carcinoma	snRNA-seq, snATAC-seq, bulk proteogenomics, spatial transcriptomics	NA	genomic, transcriptomic, proteomic, epigenomic data	34例snRNA-seq和28例snATAC-seq的人类ccRCC标本
3	2025-03-20	LAL deficiency induced myeloid-derived suppressor cells as targets and biomarkers for lung cancer 2023-03, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-006272 PMID:36914206	研究论文	本文探讨了溶酶体酸性脂肪酶（LAL）缺乏诱导的髓系来源抑制细胞（MDSCs）在肺癌中的潜在作用及其作为抗癌免疫治疗靶点和生物标志物的可能性	揭示了LAL缺乏如何通过改变代谢途径诱导MDSCs的产生，并展示了这些细胞在肿瘤免疫抑制和促进肿瘤生长中的作用	研究主要基于小鼠模型和人类血液样本，缺乏直接的人体组织验证	探索LAL缺乏诱导的MDSCs在肺癌中的机制及其作为治疗靶点的潜力	小鼠骨髓来源的Ly6G+髓系细胞和非小细胞肺癌（NSCLC）患者的血液样本	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	基因表达数据，细胞表型数据	小鼠骨髓细胞和NSCLC患者的血液样本
4	2025-03-16	APOE modulates microglial immunometabolism in response to age, amyloid pathology, and inflammatory challenge 2023-03-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112196 PMID:36871219	研究论文	本文探讨了APOE基因型如何调控小胶质细胞的免疫代谢，特别是在衰老、神经炎症和阿尔茨海默病病理背景下	结合了批量、单细胞和空间转录组学，以及细胞特异性和空间分辨的代谢分析，系统性地研究了APOE在不同条件下的作用	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类情况	研究APOE基因型对小胶质细胞免疫代谢的调控作用	表达人类APOE的小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	RNA测序（RNA-seq）、空间转录组学、质谱成像	NA	转录组数据、代谢数据	NA
5	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals gonadal dynamic changes during sex differentiation in hermaphroditic protogynous orange-spotted grouper ( Epinephelus coioides) 2023-03-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2022.312 PMID:36650066	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
6	2025-02-19	Multiomic analyses implicate a neurodevelopmental program in the pathogenesis of cerebral arachnoid cysts 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02238-2 PMID:36879130	研究论文	本文通过多组学分析探讨了脑蛛网膜囊肿（ACs）的发病机制，揭示了神经发育程序在其中的作用	首次通过整合患者-父母三体外显子组、单细胞RNA测序转录组和患者病历的自然语言处理数据，揭示了ACs的发病机制及其与神经发育的关系	研究结果仅为初步指示，需进一步临床验证	阐明脑蛛网膜囊肿（ACs）的发病机制及其与神经发育的关系	617例患者-父母三体、152,898个人类大脑和小鼠脑膜单细胞RNA测序转录组数据及患者病历	数字病理学	脑蛛网膜囊肿	外显子组测序、单细胞RNA测序、自然语言处理	无监督聚类	基因组数据、转录组数据、文本数据	617例患者-父母三体、152,898个单细胞RNA测序数据
7	2025-02-11	Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534442 PMID:37034703	研究论文	本文介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，旨在量化磷酸化的细胞内和核内蛋白质，并将其活性与顺式调控元件和转录目标联系起来	Phospho-seq是一种创新的集成方法，能够同时分析蛋白质和scATAC-seq，并与scRNA-seq数据集整合，从而定义细胞状态和轨迹，重建基因调控关系，并表征神经发育中异质细胞信号传导的原因和后果	NA	研究细胞内蛋白质动态的多模态分析，以更好地理解细胞信号传导在细胞行为和命运调控中的作用	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官	生物信息学	NA	scATAC-seq, scRNA-seq, 抗体偶联方法	NA	蛋白质数据、基因表达数据、染色质可及性数据	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官
8	2025-02-06	MARVEL: an integrated alternative splicing analysis platform for single-cell RNA sequencing data 2023-03-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1260 PMID:36631981	研究论文	本文介绍了一个名为MARVEL的综合R包，用于单细胞RNA测序数据的剪接分析	MARVEL是首个适用于板式和液滴式方法生成的RNA测序数据的单细胞剪接分析工具，填补了该领域计算工具的空白	NA	开发一个综合工具来分析单细胞RNA测序数据中的剪接动态	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	多个公开数据集中的多种细胞类型
9	2025-02-01	Neoadjuvant chemotherapy plus nivolumab with or without ipilimumab in operable non-small cell lung cancer: the phase 2 platform NEOSTAR trial 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-022-02189-0 PMID:36928818	研究论文	本研究探讨了在可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者中，新辅助化疗联合纳武利尤单抗（Nivo）加或不加伊匹木单抗（Ipi）的疗效	首次在NEOSTAR试验中比较了Nivo+CT和Ipi+Nivo+CT两种新辅助治疗方案的主要病理反应（MPR）率，并发现Ipi+Nivo+CT组MPR率更高	样本量较小，且未对所有患者进行肿瘤EGFR/ALK改变的全面筛查	评估新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂在可手术NSCLC患者中的疗效和安全性	可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者	肿瘤学	肺癌	单细胞测序和多平台免疫分析	NA	临床数据	44名患者（Nivo+CT组22名，Ipi+Nivo+CT组22名）
10	2025-01-07	Protocols for single-cell RNA-seq and spatial gene expression integration and interactive visualization 2023-03-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102047 PMID:36853708	研究论文	本文提供了整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间基因表达数据的协议，并展示了如何创建交互式网络应用来可视化和分享结果	提供了使用Seurat和Giotto软件包整合scRNA-seq和空间转录组数据的详细协议，并展示了如何创建交互式网络应用	协议仅适用于特定数据集，可能不适用于所有类型的scRNA-seq和空间转录组数据	整合单细胞RNA测序和空间基因表达数据，以解析细胞类型分布	人类输尿管scRNA-seq数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据，空间基因表达数据	NA
11	2024-10-20	Perivascular cells induce microglial phagocytic states and synaptic engulfment via SPP1 in mouse models of Alzheimer's disease 2023-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01257-z PMID:36747024	研究论文	研究探讨了在阿尔茨海默病模型中，周围血管细胞通过SPP1诱导小胶质细胞吞噬状态和突触吞噬的作用	首次揭示了SPP1在周围血管细胞与小胶质细胞间对话中的功能，调节小胶质细胞介导的突触吞噬	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨阿尔茨海默病中突触丢失的机制	小胶质细胞、周围血管细胞、突触	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
12	2024-10-19	Integrative in situ mapping of single-cell transcriptional states and tissue histopathology in a mouse model of Alzheimer's disease 2023-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01251-x PMID:36732642	研究论文	本文介绍了一种名为STARmap PLUS的方法，结合高分辨率空间转录组学和蛋白质检测，用于在小鼠阿尔茨海默病模型中进行单细胞转录状态和组织病理学的整合原位映射	本文创新性地将高分辨率空间转录组学与蛋白质检测结合，提供了疾病进展的综合细胞图谱	NA	揭示阿尔茨海默病在小鼠模型中的时空动态变化，理解疾病机制和进展	小鼠阿尔茨海默病模型的大脑组织	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学	NA	图像	8个月和13个月龄的小鼠阿尔茨海默病模型大脑组织样本
13	2024-10-12	Methylcellulose colony assay and single-cell micro-manipulation reveal progenitor-like cells in adult human pancreatic ducts 2023-03-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.02.001 PMID:36868230	研究论文	本文通过微操作和三维集落分析，在成人胰腺外分泌组织中鉴定出类似祖细胞的细胞	首次在成人胰腺外分泌组织中发现具有自我更新和三系分化能力的祖细胞样细胞	研究主要在体外和动物模型中进行，尚未在人体内验证	探索成人胰腺中具有再生医学潜力的祖细胞	成人胰腺外分泌组织中的祖细胞样细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	成人胰腺外分泌组织样本
14	2024-10-06	simpleaf: A simple, flexible, and scalable framework for single-cell transcriptomics data processing using alevin-fry 2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.28.534653 PMID:37034702	研究论文	介绍了一个名为simpleaf的框架，用于简化使用alevin-fry生态系统的单细胞转录组数据处理	simpleaf简化了单细胞数据处理的复杂性，同时保留了alevin-fry工具的性能和灵活性，并增加了新的功能和能力	NA	简化单细胞转录组数据处理的复杂性，同时保留工具的性能和灵活性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
15	2024-09-30	LPS-induced acute neuroinflammation, involving interleukin-1 beta signaling, leads to proteomic, cellular, and network-level changes in the prefrontal cortex of mice 2023-Mar, Brain, behavior, & immunity - health DOI:10.1016/j.bbih.2023.100594 PMID:36713475	研究论文	研究了外周感染诱导的神经炎症对小鼠前额叶皮层电生理和蛋白质组学的影响	首次比较了IL-1β对前额叶皮层锥体细胞和中间神经元的电生理效应，并发现了LPS处理后前额叶皮层电生理和分子水平的显著变化	NA	探讨外周感染诱导的急性系统性炎症对前额叶皮层认知功能的影响	小鼠前额叶皮层的电生理和蛋白质组学变化	神经科学	NA	电生理记录、2-D差异凝胶电泳、质谱分析	NA	电生理数据、蛋白质组数据	雄性小鼠
16	2024-09-28	Pan-cancer classification of single cells in the tumour microenvironment 2023-03-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37353-8 PMID:36959212	研究论文	本文介绍了一种名为scATOMIC的模块化注释工具，用于恶性与非恶性细胞的分类，并展示了其在肿瘤微环境中的应用	scATOMIC通过训练超过30万细胞的数据，定义了19种常见癌症的泛癌参考，采用分层方法，优于当前的分类方法	NA	开发一种高精度的细胞分类工具，以深入理解肿瘤微环境中的细胞机制	恶性与非恶性细胞的分类	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过30万癌症、免疫和基质细胞，以及225个肿瘤活检样本，包含超过35万癌症和多种肿瘤微环境细胞
17	2024-09-25	Glioblastoma induces the recruitment and differentiation of hybrid neutrophils from skull bone marrow 2023-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.24.534105 PMID:36993266	研究论文	研究揭示了胶质母细胞瘤诱导颅骨骨髓中的混合中性粒细胞招募和分化的机制	首次发现胶质母细胞瘤能够诱导颅骨骨髓中的混合中性粒细胞分化，并抑制肿瘤生长	研究主要基于患者和鼠类的胶质母细胞瘤样本，需要进一步验证在其他肿瘤类型中的适用性	探讨肿瘤相关中性粒细胞在胶质母细胞瘤生物学中的作用	胶质母细胞瘤、肿瘤相关中性粒细胞、颅骨骨髓	NA	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	患者和鼠类的胶质母细胞瘤样本
18	2024-09-25	Myocardial Milieu Favors Local Differentiation of Regulatory T Cells 2023-03-03, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.122.322183 PMID:36744467	研究论文	研究心肌微环境如何影响局部调节性T细胞的分化	首次揭示了心肌微环境通过促进抗原特异性Treg细胞的分化来塑造局部免疫反应	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	探讨心肌微环境对T辅助细胞分化的影响	心肌微环境中的抗原特异性CD4+ T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	小鼠心肌梗死模型
19	2024-09-25	Pairing of single-cell RNA analysis and T cell antigen receptor profiling indicates breakdown of T cell tolerance checkpoints in atherosclerosis 2023-Mar, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-023-00218-w PMID:37621765	研究论文	本文通过单细胞RNA测序与T细胞抗原受体测序相结合的方法，研究了动脉粥样硬化斑块、动脉三级淋巴器官和淋巴结中的T细胞耐受检查点	首次揭示了动脉粥样硬化斑块中T细胞耐受检查点的破坏模式，并发现人类冠状动脉和颈动脉斑块中存在类似的CD8 T细胞耐受功能障碍	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全代表人类动脉粥样硬化的复杂性	探讨动脉粥样硬化中T细胞耐受检查点的功能障碍	动脉粥样硬化斑块、动脉三级淋巴器官、淋巴结和血液中的T细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、T细胞抗原受体测序	NA	RNA	小鼠和人类样本
20	2024-09-23	SARS-CoV-2 leverages airway epithelial protective mechanism for viral infection 2023-Mar-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106175 PMID:36788793	研究论文	研究分析了SARS-CoV-2在人源化模型中早期感染的单细胞RNA测序数据，揭示了病毒在支气管上皮中触发的细胞系统级响应的关键机制	发现了SARS-CoV-2病毒通过纤毛细胞前体优先进入组织，并引发感染的正反馈循环，这一过程被细胞间通信缓解，为理解病毒与屏障组织之间的相互作用提供了新视角	研究主要集中在早期感染阶段，对于病毒感染的长期动态和影响需要进一步研究	揭示SARS-CoV-2在支气管上皮中早期感染的机制，并探讨可能的治疗策略	SARS-CoV-2病毒在人源化模型中的早期感染机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA