单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 307 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-08 |
Transcriptome analysis creates a new era of precision medicine for managing recurrent hepatocellular carcinoma
2023-Feb-07, World journal of gastroenterology
IF:4.3Q1
DOI:10.3748/wjg.v29.i5.780
PMID:36816628
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综述 | 本文综述了转录组分析技术在管理复发性肝细胞癌中的应用，包括实时定量逆转录PCR、微阵列和RNA测序等方法，以及单细胞RNA测序技术在研究癌细胞与免疫环境相互作用中的革命性作用 | 单细胞RNA测序技术的发展为研究癌细胞与免疫环境的复杂相互作用提供了新的视角，有助于进一步探索不同免疫细胞在肝细胞癌复发中的作用及潜在治疗靶点的识别 | NA | 总结转录组分析在复发性肝细胞癌诊断、监测和治疗中的主要发现和见解 | 复发性肝细胞癌的病理机制、诊断、监测和治疗 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 转录组分析技术，包括实时定量逆转录PCR、微阵列、RNA测序和单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 162 | 2024-08-08 |
Identification and Biological Validation of a Chemokine/Chemokine Receptor-Based Risk Model for Predicting Immunotherapeutic Response and Prognosis in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2023-Feb-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043317
PMID:36834729
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研究论文 | 本研究旨在建立一个基于趋化因子/趋化因子受体的风险模型，以改善头颈鳞状细胞癌患者的免疫治疗反应和预后 | 开发了一个基于六个基因的趋化因子/趋化因子受体风险模型，通过LASSO Cox分析对患者进行分层，并在多个维度上验证了筛选出的基因 | NA | 建立一个基于趋化因子/趋化因子受体的风险模型，以预测头颈鳞状细胞癌患者的免疫治疗反应和预后 | 头颈鳞状细胞癌患者 | NA | 头颈鳞状细胞癌 | RT-qPCR, scRNA-seq | LASSO Cox分析 | 基因数据 | TCGA-HNSCC队列中的患者 |
| 163 | 2024-08-08 |
Neonatal Plasma Exosomes Contribute to Endothelial Cell-Mediated Angiogenesis and Cardiac Repair after Acute Myocardial Infarction
2023-Feb-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043196
PMID:36834610
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研究论文 | 研究探讨了新生儿血浆外泌体在急性心肌梗死后通过内皮细胞介导的血管生成和心脏修复中的作用 | 构建了外泌体配体与心脏内皮细胞之间的系统性通信网络，揭示了28种外泌体配体通过识别五种心脏内皮细胞受体促进血管生成的效果 | NA | 探索急性心肌梗死后新生儿血浆外泌体在心脏修复中的作用及其机制 | 新生儿血浆外泌体、心脏内皮细胞及急性心肌梗死后的心脏修复 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 蛋白质组学和单细胞转录组学分析 | NA | 蛋白质和转录组数据 | 新生儿小鼠血浆外泌体及成年小鼠心脏组织 |
| 164 | 2024-08-05 |
Contribution of Retrotransposons to the Pathogenesis of Type 1 Diabetes and Challenges in Analysis Methods
2023-Feb-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043104
PMID:36834511
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综述 | 本文回顾了反转录转座子在1型糖尿病发病机制中的作用及分析方法的挑战 | 探讨了病毒和反转录转座子在1型糖尿病易感性中的作用，提出了它们可能为遗传易感性与环境因素之间的缺失环节 | 对反转录转座子分析方法的挑战进行了探讨，但未提供具体的解决方案 | 研究反转录转座子与1型糖尿病之间的关系 | 反转录转座子、人内源性逆转录病毒和非长末端重复反转录转座子 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | NA |
| 165 | 2024-08-08 |
Preparation of a Non-Cardiomyocyte Cell Suspension for Single-Cell RNA Sequencing from a Post-Myocardial Infarction Adult Mouse Heart
2023-02-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/64290
PMID:36805629
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研究论文 | 本文介绍了一种从心肌梗死后成年小鼠心脏中制备非心肌细胞悬液用于单细胞RNA测序的实验方案 | 设计了一种改进的实验方案，通过选择温和的消化酶、控制消化时间和应用荧光激活细胞分选（FACS）来提高细胞活力 | NA | 研究心肌梗死后心脏微环境 | 非心肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 心肌梗死后成年小鼠心脏中的非心肌细胞 |
| 166 | 2024-08-05 |
A combined analysis of bulk and single-cell sequencing data reveals metabolic enzyme, pyruvate dehydrogenase E1 subunit beta (PDHB), as a prediction biomarker for the tumor immune response and immunotherapy
2023-Feb, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e13456
PMID:36816316
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学分析，揭示了代谢酶丙酮酸脱氢酶E1亚基β（PDHB）作为肿瘤免疫反应和免疫疗法的预测生物标志物 | 本文首次系统性地研究了PDHB在多种人类癌症中的表达异常及其与患者预后的相关性 | 研究主要基于已有数据库的生物信息学分析，缺乏临床实验验证 | 探索PDHB在肿瘤免疫反应和预测免疫疗法响应中的潜在作用 | 研究对象包括多种人类癌症以及肾透明细胞癌和肾乳头状细胞癌患者 | 数字病理学 | 肾癌 | 生物信息学分析 | NA | 临床数据 | 多个癌症数据集中的患者临床数据，具体样本大小未详细说明 |
| 167 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome sequencing of macrophages in common cardiovascular diseases
2023-02-01, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiac014
PMID:36822177
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综述 | 本文总结了单细胞转录组测序在常见心血管疾病中研究巨噬细胞变化的应用 | 强调了单细胞RNA测序在发现巨噬细胞异质性方面的优势 | 未涉及具体实验结果，聚焦于已有研究的综述 | 深入了解巨噬细胞在心血管疾病中的功能和特征 | 研究了动脉粥样硬化、心肌梗死和心力衰竭等常见心血管疾病中的巨噬细胞变化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | NA | NA |
| 168 | 2024-08-08 |
"Spatial transcriptomics for respiratory research and medicine." S. Curras-Alonso, J. Soulier, T. Walter, et al. Eur Respir J 2021; 58: 2004314
2023-Feb, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.54314-2020
PMID:36822638
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 169 | 2024-08-08 |
A robust and accurate single-cell data trajectory inference method using ensemble pseudotime
2023-Feb-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05179-2
PMID:36803767
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研究论文 | 提出了一种名为scTEP的新型轨迹推断框架，利用集成伪时间推断单细胞数据轨迹 | scTEP通过利用多个聚类结果来推断鲁棒的伪时间，并使用伪时间来微调学习到的轨迹，提高了轨迹推断的准确性和鲁棒性 | NA | 开发一种新的单细胞数据轨迹推断方法，以提高推断的准确性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 41个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 170 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome sequencing allows genetic separation, characterization and identification of individuals in multi-person biological mixtures
2023-02-20, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04557-z
PMID:36805025
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研究论文 | 本文探讨了使用单细胞转录组测序（scRNA-seq）结合专用生物信息学流程（De-goulash）来解决多人生物混合物中个体识别的问题 | 开发了一种新方法，并通过自发生成的多人血液混合物scRNA-seq数据和从公共单一个体scRNA-seq数据集组装的模拟混合物进行了测试 | 需要进一步优化和实施，以应用于更具挑战性的生物混合物，如犯罪现场的混合物 | 验证单细胞方法在解卷积生物混合物并随后遗传特征化和个体识别分离混合物贡献者的可行性 | 多人血液混合物中的个体识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | De-goulash | 单细胞转录组数据 | 涉及2至9人的平衡和不平衡血液混合物，比例高达1:60 |
| 171 | 2024-08-08 |
Single cell epigenomic and transcriptomic analysis uncovers potential transcription factors regulating mitotic/meiotic switch
2023-02-17, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-05671-w
PMID:36797258
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研究论文 | 本研究通过单细胞分辨率下的染色质可及性（scATAC-seq）和转录动力学（scRNA-seq）分析，揭示了在小鼠胚胎卵巢的雌性生殖细胞中调控有丝/减数分裂转换的潜在转录因子 | 采用严格的转录因子筛选框架和转录因子相互作用算法，整合转录水平、染色质可及性和基序评分，首次鉴定出14个潜在调控有丝/减数分裂转换的转录因子 | NA | 揭示雌性生殖细胞中有丝/减数分裂转换的复杂机制 | 小鼠胚胎卵巢的雌性生殖细胞 | 基因组学 | 生殖系统疾病 | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 小鼠胚胎卵巢的雌性生殖细胞从E11.5到13.5 |
| 172 | 2024-08-08 |
Single-cell heterogeneity and dynamic evolution of Ph-like acute lymphoblastic leukemia patient with novel TPR-PDGFRB fusion gene
2023-Feb-17, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-023-00380-8
PMID:36797781
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，展示了携带新型TPR-PDGFRB融合基因的Ph样急性淋巴细胞白血病患者的全面细胞图谱，并揭示了疾病进展中的转录组进化。 | 首次揭示了Ph样急性淋巴细胞白血病患者中与疾病进展相关的异质性，并发现了与不良预后相关的复发富集B细胞亚群。 | 研究仅基于单一患者的数据，可能限制了结果的普遍性和广泛应用。 | 探讨Ph样急性淋巴细胞白血病患者的单细胞异质性和疾病动态演化。 | 携带新型TPR-PDGFRB融合基因的Ph样急性淋巴细胞白血病患者。 | 数字病理学 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单一患者 |
| 173 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis reveals stem cell-like subsets in the progression of Waldenström's macroglobulinemia
2023-Feb-17, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-023-00382-6
PMID:36797797
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了健康供体、IgM单克隆丙种球蛋白病未明意义（IgM MGUS）和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症（WM）患者的CD19+和CD19-CD38+细胞，揭示了WM进展中的干细胞样亚群。 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了IgM MGUS和WM患者中CD3+CD19+细胞可能具有干细胞样特性，并发现了MYD88在肿瘤发生中的早期事件。 | NA | 研究IgM MGUS向WM进展的机制及细胞景观。 | 健康供体、IgM MGUS和WM患者的CD19+和CD19-CD38+细胞。 | 数字病理学 | 瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康供体、IgM MGUS和WM患者的CD19+和CD19-CD38+细胞样本 |
| 174 | 2024-08-08 |
Inhibition of inflammatory microglia by dietary fiber and short-chain fatty acids
2023-02-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-27086-x
PMID:36797287
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研究论文 | 研究评估了短链脂肪酸（SCFAs）对脂多糖（LPS）刺激的小鼠小胶质细胞的抗炎作用，这些小胶质细胞来自喂食菊粉（一种可溶性纤维）的小鼠，以及体外应用SCFAs到原代小胶质细胞 | 发现SCFAs通过减少组蛋白去乙酰化酶活性和核因子-κB的核转位来降低小胶质细胞的炎症反应，且SCFAs的抗炎作用不依赖于单羧酸转运蛋白 | 未检测到SCFA受体Ffar2或Ffar3的表达，且抑制单羧酸转运蛋白并未影响SCFAs的抗炎效果，暗示SCFAs可能通过表观遗传机制直接调节小胶质细胞 | 研究饮食纤维和短链脂肪酸对炎症小胶质细胞的抑制作用 | 小鼠小胶质细胞和短链脂肪酸（SCFAs） | NA | 神经炎症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠小胶质细胞 |
| 175 | 2024-08-08 |
FOXG1 drives transcriptomic networks to specify principal neuron subtypes during the development of the medial pallium
2023-02-15, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ade2441
PMID:36791184
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研究论文 | 本研究通过删除FOXG1转录因子和单细胞RNA测序技术，探索了内侧壁（MP）主要神经元亚型在发育过程中的分子机制 | 揭示了FOXG1调控的转录组网络在MP神经元亚型特化中的作用 | NA | 阐明内侧壁主要神经元亚型特化的分子机制及相关神经病理学 | 内侧壁的神经元亚型，包括上层 retrosplenial 皮质锥体神经元、subiculum 锥体神经元、CA1-PyNs、CA3-PyNs 和齿状回颗粒细胞 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | E17.5 小鼠的内侧壁组织 |
| 176 | 2024-08-08 |
Profiling the peripheral immune response to ex vivo TNF stimulation in untreated juvenile idiopathic arthritis using single cell RNA sequencing
2023-Feb-15, Pediatric rheumatology online journal
DOI:10.1186/s12969-023-00787-x
PMID:36793127
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了未治疗的幼年特发性关节炎患者在接受体外TNF刺激后的外周免疫反应 | 开发了一种新的分析流程scPool，通过将细胞先汇集到伪细胞中再进行表达分析，有助于区分TNF刺激、JIA疾病状态和个体供体的影响 | 样本量较小，仅包括六名新诊断的JIA儿童和两名健康对照 | 验证单细胞RNA测序技术在个性化转录组学研究中的应用，以表征患者特定的免疫特征 | 未治疗的幼年特发性关节炎患者和健康对照的外周血样本 | 数字病理学 | 幼年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 六名新诊断的JIA儿童和两名健康对照 |
| 177 | 2024-08-08 |
Regulon active landscape reveals cell development and functional state changes of human primary osteoblasts in vivo
2023-02-15, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-022-00448-2
PMID:36793138
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据，应用单细胞调控网络推断和聚类方法，识别了人类原代成骨细胞中协同调控基因的模块（regulons），并重建了基于regulon活性的成骨细胞发育轨迹，验证了重要regulons的功能。 | 首次基于细胞regulon活性景观描述了人类成骨细胞在体内的独特特征，并识别了与免疫、细胞增殖和分化相关的关键细胞阶段或亚型。 | NA | 揭示人类成骨细胞在体内的细胞发育和功能状态变化，以及这些变化与骨代谢和相关疾病的关系。 | 人类原代成骨细胞 | 数字病理学 | 骨代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个成骨细胞样本 |
| 178 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of ascites fluid illustrates heterogeneity and therapy-induced evolution during gastric cancer peritoneal metastasis
2023-02-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36310-9
PMID:36788228
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研究论文 | 该研究描述了胃癌腹腔转移中肿瘤与免疫细胞的单细胞转录组特征 | 揭示了不同类型的单核细胞样树突状细胞的演变及其与抗肿瘤治疗的关系 | 样本量相对较小，仅包含35名患者 | 探讨腹腔液生态系统的异质性及其在胃癌腹腔转移中的角色 | 191,987个来自胃癌腹腔转移患者的癌症/免疫细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞转录组数据 | 35名患者，191,987个细胞 |
| 179 | 2024-08-05 |
Identification of a hypoxia-related gene prognostic signature in colorectal cancer based on bulk and single-cell RNA-seq
2023-02-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-29718-2
PMID:36781976
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研究论文 | 本研究旨在建立一个与缺氧相关的基因预后签名，以预测结直肠癌患者的总体存活率 | 构建了一个六个缺氧相关基因的预后模型，具有优越的存活率预测能力 | 样本量仅限于TCGA和两个GEO数据集，可能存在一定的局限性 | 研究缺氧相关基因在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其对患者总体存活率的预测能力 | 结直肠癌患者的肿瘤样本和正常样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、RT-PCR | 最小绝对收缩和选择算子回归算法（LASSO） | 基因表达数据 | 涉及十对结直肠癌正常和癌组织样本 |
| 180 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-sequencing identifies disease-associated oligodendrocytes in male APP NL-G-F and 5XFAD mice
2023-02-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36519-8
PMID:36781874
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，在雄性App和5xFAD阿尔茨海默病小鼠模型及人类死后大脑中，识别出与疾病相关的少突胶质细胞亚群，并探讨了Erk1/2信号通路在其中的作用 | 首次在阿尔茨海默病模型中识别出疾病相关少突胶质细胞亚群，并发现Erk1/2信号通路的异常激活与其功能障碍相关 | NA | 探究少突胶质细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 雄性App和5xFAD阿尔茨海默病小鼠模型及人类死后大脑中的少突胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 雄性App和5xFAD小鼠及人类死后大脑样本 |