单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 307 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-08-05 |
The amniotic fluid proteome changes with term labor and informs biomarker discovery in maternal plasma
2023-02-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-28157-3
PMID:36823217
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研究论文 | 本文利用一种适配体基础平台表征了1,310种羊水蛋白，并发现其在足月分娩时发生显著变化 | 提出了羊水蛋白组在足月分娩期间的变化，并为生物标志物的发现提供了新的见解 | 未系统评估羊水蛋白变化与母体血浆中蛋白质变化之间的具体机制 | 探索足月分娩期间羊水蛋白组的变化及其在母体血浆中的反映 | 主要研究对象为羊水中的蛋白质及其与母体血浆中的变化 | 数字病理学 | NA | 适配体基础平台 | NA | 蛋白质组数据 | 1,310种羊水蛋白 |
| 142 | 2024-08-05 |
Reconstructing clonal tree for phylo-phenotypic characterization of cancer using single-cell transcriptomics
2023-02-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36202-y
PMID:36813776
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研究论文 | 本研究介绍了一种整合大规模基因组数据与单细胞RNA测序数据的高保真克隆树重建方法 | 提出了PhylEx方法，能够以较高的准确性重建克隆树，并超越了现有的表达聚类方法 | 尚未提及具体的局限性 | 通过重建克隆树以深入了解癌症的演化机制和功能状态 | 研究对象为高分级浆液性卵巢癌细胞系及乳腺癌数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据和RNA测序数据 | 合成数据和特征明确的高分级浆液性卵巢癌细胞系数据集 |
| 143 | 2024-08-05 |
Metagenomic and single-cell RNA-Seq survey of the Helicobacter pylori-infected stomach in asymptomatic individuals
2023-02-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.161042
PMID:36810249
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研究论文 | 本研究深入描述了无症状Helicobacter pylori感染者的胃部微生物和免疫细胞环境 | 发现无症状H. pylori感染者胃部ILC3s占主导地位，且NKp44+ ILC3s比例显著增加 | 研究主要集中于无症状个体，可能无法普遍适用于其他人群 | 深入了解H. pylori感染时胃部微生物群和免疫细胞的变化 | 无症状H. pylori感染者和未感染者的胃组织样本 | 数字病理学 | NA | 宏基因组测序、单细胞RNA测序、流式细胞术、荧光显微镜 | NA | 组织样本 | 收集了人类胃组织样本 |
| 144 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic dissection of the cellular and molecular events underlying the triclosan-induced liver fibrosis in mice
2023-02-22, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00441-3
PMID:36814339
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，深入解析了三氯生诱导的小鼠肝脏纤维化的细胞和分子机制 | 首次提供了三氯生响应的小鼠肝脏单细胞图谱，并详细描绘了三氯生诱导的肝毒性和纤维化的关键细胞和分子过程 | NA | 阐明三氯生在初始阶段对肝脏毒性作用的细胞和分子机制 | 三氯生诱导的小鼠肝脏纤维化 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过76,000个细胞，属于13种主要细胞类型 |
| 145 | 2024-08-05 |
An adverse tumor-protective effect of IDO1 inhibition
2023-02-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.100941
PMID:36812891
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研究论文 | 本文探讨了IDO1抑制对黑色素瘤细胞在T细胞攻击下的保护作用 | 揭示了IDO1抑制对黑色素瘤细胞的负面保护作用，并探讨了相关机制 | 研究集中于黑色素瘤细胞，结果可能不适用于其他类型肿瘤 | 重新审视IDO1在肿瘤细胞中的作用 | 黑色素瘤细胞及其对T细胞来源的干扰素-γ的反应 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA测序和核糖体剖析 | 单细胞测序 | 生物分子数据 | 包括患者黑色素瘤样本 |
| 146 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Macrophages Are Involved in the Pathogenesis of Human Sporadic Acute Type A Aortic Dissection
2023-02-20, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13020399
PMID:36830768
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研究论文 | 本研究通过scRNA-seq分析了巨噬细胞在成人散发性急性A型主动脉夹层（ATAAD）中的作用 | 揭示了巨噬细胞在ATAAD病理进程中的异质性及其特定亚群的炎症作用 | 样本量较小，仅包括九名患者 | 研究巨噬细胞在成人散发性急性A型主动脉夹层中的作用 | 来自六名ATAAD患者和三名心脏移植供体的主动脉壁组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 组织样本 | 九个样本，来自六名ATAAD患者和三名心脏移植供体 |
| 147 | 2024-08-08 |
Single cell and lineage tracing studies reveal the impact of CD34+ cells on myocardial fibrosis during heart failure
2023-02-20, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-023-03256-0
PMID:36805782
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术，探讨了CD34+细胞在心脏衰竭过程中的心肌纤维化作用及其机制 | 首次揭示了非骨髓来源的CD34+细胞在心脏肥大中的细胞动态变化，以及这些细胞在心肌纤维化中的关键作用 | NA | 深入研究CD34+细胞在心脏衰竭中的命运和分化机制，探索其干预策略 | CD34+细胞在心脏衰竭中的作用及其对心肌纤维化的影响 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 59,505个来自小鼠心脏的单细胞和22,537个来自人类心脏的单细胞 |
| 148 | 2024-08-08 |
GSDME-mediated pyroptosis promotes the progression and associated inflammation of atherosclerosis
2023-02-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36614-w
PMID:36807553
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研究论文 | 本研究通过生成ApoE和GSDME双缺陷小鼠模型，探讨GSDME介导的焦亡在动脉粥样硬化进展及其相关炎症中的作用。 | 首次揭示了GSDME在动脉粥样硬化中的作用及其通过STAT3的转录调控机制。 | NA | 研究GSDME介导的焦亡在动脉粥样硬化进展中的作用及其潜在治疗价值。 | ApoE和GSDME双缺陷小鼠模型，以及人动脉粥样硬化单细胞转录组。 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | ApoE和GSDME双缺陷小鼠，人动脉粥样硬化样本 |
| 149 | 2024-08-08 |
Transcriptional heterogeneity in human diabetic foot wounds
2023-Feb-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.16.528839
PMID:36824808
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了非糖尿病和糖尿病患者的慢性足溃疡，揭示了糖尿病足溃疡中转录变化的机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了糖尿病足溃疡中的转录变化，包括角质形成细胞分化减少、成纤维细胞功能和谱系改变以及巨噬细胞代谢、炎症和细胞外基质生产缺陷 | NA | 探究糖尿病足溃疡的细胞和分子机制 | 非糖尿病和糖尿病患者的慢性足溃疡 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过400万美国患者和全球超过700万患者的数据 |
| 150 | 2024-08-08 |
Stepwise fate conversion of supporting cells to sensory hair cells in the chick auditory epithelium
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106046
PMID:36818302
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了鸡基底乳头在毛细胞再生过程中支持细胞向毛细胞的命运转换机制 | 本文首次通过单细胞RNA测序揭示了支持细胞向毛细胞命运转换的动态基因表达变化和伪时间轨迹分析 | NA | 确定支持细胞向毛细胞转换的机制 | 鸡基底乳头中的支持细胞和毛细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 151 | 2024-08-08 |
A quantitative evaluation of topological motifs and their coupling in gene circuit state distributions
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106029
PMID:36824273
|
研究论文 | 本文提出了一种新的计算框架，用于系统地、高通量地定量评估转录调控电路模体及其耦合对动态生物系统功能的影响 | 该框架能够识别四节点基因电路、电路模体及其耦合，这些是导致各种基因表达状态分布的原因，包括从单细胞RNA测序数据中得出的分布 | NA | 旨在更好地理解基因调控机制在创建和维持细胞状态中的作用 | 转录调控电路模体及其耦合对动态生物系统功能的影响 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 152 | 2024-08-08 |
E2F1 Mediates SOX17 Deficiency-Induced Pulmonary Hypertension
2023-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.15.528740
PMID:36824855
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研究论文 | 研究探讨了SOX17缺乏在肺动脉高压（PH）发展中的作用及其机制 | 首次报道了SOX17基因变异在特发性肺动脉高压（PAH）发病机制中的具体作用 | 研究主要基于小鼠模型和人类肺组织样本，可能需要更多临床数据验证 | 探究SOX17缺乏在肺动脉高压发展中的作用 | 人类肺组织、内皮细胞及Sox17基因敲除小鼠 | NA | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序分析 | NA | 细胞 | 包括IPAH患者的肺组织和内皮细胞，以及Sox17基因敲除小鼠 |
| 153 | 2024-08-08 |
The pseudokinase Trib1 regulates the transition of exhausted T cells to a KLR + CD8 + effector state and its deletion improves checkpoint blockade
2023-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.16.528833
PMID:36824931
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研究论文 | 研究通过删除伪激酶Trib1，调节耗竭T细胞向KLR+ CD8+效应状态的转变，并改善检查点阻断疗法的效果 | 首次证明删除伪激酶Trib1可以促进耗竭T细胞向KLR+ CD8+效应状态的转变，并增强检查点抑制剂疗法的效果 | NA | 研究调节耗竭T细胞向效应状态转变的分子机制，并探索其对检查点阻断疗法的影响 | 耗竭T细胞及其向效应状态的转变 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、RNA速度分析和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq） | NA | 细胞 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 154 | 2024-08-08 |
Cell type-specific Interaction Analysis using Doublets in scRNA-seq (CIcADA)
2023-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.13.528326
PMID:36824707
|
研究论文 | 本文开发了一种名为CIcADA的分析流程，用于在单细胞RNA测序数据中识别和分析生物学上的双细胞 | CIcADA通过多标签细胞类型评分识别潜在的双细胞，并通过与相同细胞类型组成的合成双细胞进行比较，来表征相互作用动态 | NA | 开发一种新的分析方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别和分析双细胞，以揭示细胞间的相互作用和细胞过程 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞 | 生物信息学 | 肿瘤 | scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | 多个肿瘤单细胞RNA测序数据集 |
| 155 | 2024-08-08 |
Differential Expression of LLT1, SLAM Receptors CS1 and 2B4 and NCR Receptors NKp46 and NKp30 in Pediatric Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL)
2023-Feb-15, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043860
PMID:36835271
|
研究论文 | 研究分析了LLT1、SLAM受体CS1和2B4以及NCR受体NKp46和NKp30在儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）中的表达差异 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析了这些免疫受体在ALL患者中的表达模式，并观察到化疗前后表达的变化 | 样本量相对较小，且仅限于特定数据门户的数据 | 探讨特定免疫受体在儿童急性淋巴细胞白血病中的表达差异及其在免疫监视中的作用 | LLT1、CS1、2B4、NKp30和NKp46在ALL患者中的表达 | NA | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA和细胞表面蛋白 | 42名ALL患儿和20名健康儿童 |
| 156 | 2024-08-05 |
Unraveling Spatial Gene Associations with SEAGAL: a Python Package for Spatial Transcriptomics Data Analysis and Visualization
2023-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.13.528331
PMID:36824948
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研究论文 | 本研究介绍了一个名为SEAGAL的Python软件包，用于空间转录组学数据分析与可视化 | SEAGAL能有效检测与可视化空间基因相关性，填补了传统共表达分析在单基因和基因集合水平的信息利用不足 | NA | 开发一个工具，通过空间转录组学数据分析空间基因关联 | 空间转录组数据集，包括基因表达和对齐的空间坐标 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 157 | 2024-08-05 |
SINFONIA: Scalable Identification of Spatially Variable Genes for Deciphering Spatial Domains
2023-02-13, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12040604
PMID:36831270
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SINFONIA的新方法，用于识别空间变异基因。 | SINFONIA通过集成策略提供了一种可扩展的方法来识别空间变异基因，并能无缝集成到现有分析工作流程中。 | 尽管SINFONIA表现优越，但仍需验证在其他类型的空间转录组数据中的通用性。 | 研究目标是提高对空间转录组学中空间变异基因的识别能力。 | 使用15个不同协议生成的空间转录组数据集进行评估。 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 集成策略 | 转录组数据 | 15个空间转录组数据集 |
| 158 | 2024-08-08 |
The Application of Single-Cell RNA Sequencing in the Inflammatory Tumor Microenvironment
2023-02-10, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13020344
PMID:36830713
|
研究论文 | 本文总结了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在炎症性肿瘤微环境（TME）中的应用 | scRNA-seq能够检测单个细胞水平的转录水平，揭示浸润免疫细胞和癌细胞的异质性和进化轨迹 | NA | 解释肿瘤的启动和进展，并指导抗癌免疫治疗 | 炎症性肿瘤微环境中的细胞组成和功能 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 159 | 2024-08-08 |
Identification of an Autophagy-Related Signature for Prognosis and Immunotherapy Response Prediction in Ovarian Cancer
2023-02-09, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13020339
PMID:36830707
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研究论文 | 本研究通过分析卵巢癌患者的基因转录组数据，识别与自噬相关的预后标志物，并探讨其对免疫治疗反应的预测价值 | 首次筛选出与卵巢癌预后和免疫治疗反应相关的自噬核心基因，并构建了自噬相关预后标志物 | 需要更多的验证来确认自噬相关标志物的预测准确性 | 探索自噬相关基因作为卵巢癌预后标志物和免疫治疗反应预测因子的可行性 | 卵巢癌患者的基因转录组数据和免疫微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化（IHC）、基因集富集分析（GSEA）、ESTIMATE和CIBERSORT分析 | 机器学习、逐步Cox回归和LASSO-Cox分析 | 基因转录组数据 | 374名卵巢癌患者和7名卵巢癌患者的单细胞RNA测序数据 |
| 160 | 2024-08-05 |
The "3Ds" of Growing Kidney Organoids: Advances in Nephron Development, Disease Modeling, and Drug Screening
2023-02-08, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12040549
PMID:36831216
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综述 | 本文概述了肾脏类器官的研究进展，重点关注肾小管的发育、疾病建模和药物筛选 | 文章介绍了利用微流控生物反应器、单细胞转录组学和生物信息学分析加速发展肾脏类器官的技术进展 | 尽管取得了一些进展，仍面临将肾脏类器官应用于肾脏替代疗法的显著挑战 | 探讨肾脏类器官在肾脏发育、疾病建模和个性化药物筛选中的应用 | 研究对象包括从干细胞和患者细胞衍生出的肾脏类器官 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 微流控培养技术、单细胞转录组学 | 肾脏类器官 | NA | NA |