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当前共找到 307 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-09-14 |
Single-cell gene regulatory network prediction by explainable AI
2023-02-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1212
PMID:36629274
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研究论文 | 本文提出了一种可解释的深度学习方法scGeneRAI，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 本文提出的方法能够从单细胞层面重建基因调控网络，而现有最先进的方法只能预测细胞群体的平均网络 | NA | 通过单细胞基因调控网络的预测，揭示肿瘤细胞和正常上皮细胞的特征网络模式，并识别特定患者肿瘤细胞中的子网络 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因数据 | 一组人类肺癌的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-09-14 |
Pitfalls and opportunities for applying latent variables in single-cell eQTL analyses
2023-02-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02873-5
PMID:36823676
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研究论文 | 本文探讨了在单细胞eQTL分析中应用潜在变量的陷阱和机遇 | 本文首次系统评估了PEER和PCA在单细胞eQTL分析中的表现，并提出了改进方法以提高eGenes的发现能力 | 本文主要集中在PEER和PCA方法的评估，未涵盖其他潜在变量方法 | 评估和改进在单细胞eQTL分析中使用潜在变量的方法 | 单细胞RNA-seq数据中的潜在变量应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq | PCA, PEER | 基因表达数据 | 不同细胞类型的单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2024-09-14 |
ASGARD is A Single-cell Guided Pipeline to Aid Repurposing of Drugs
2023-02-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36637-3
PMID:36813801
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研究论文 | 提出了一种名为ASGARD的单细胞引导药物再利用管道，通过定义药物评分来推荐药物，考虑所有细胞簇以解决每个患者内的细胞间异质性 | ASGARD在单药治疗方面显示出比基于大量细胞的药物再利用方法更好的平均准确性，并且在细胞簇级别的预测方法中也表现出色 | NA | 开发一种用于精准医学的单细胞引导药物再利用推荐工具 | 单细胞RNA测序数据和药物再利用 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | Triple-Negative-Breast-Cancer患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2024-09-14 |
Single-cell biological network inference using a heterogeneous graph transformer
2023-02-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36559-0
PMID:36810839
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研究论文 | 本文介绍了一种用于从单细胞多组学数据中推断生物网络的深度学习方法DeepMAPS | DeepMAPS通过使用异构图和多头图变换器，在局部和全局上下文中学习细胞和基因之间的关系，从而有效地推断不同细胞类型中的活性生物网络及其对外部刺激的响应 | NA | 开发一种能够从单细胞多组学数据中有效推断生物网络的工具 | 单细胞多组学数据中的生物网络 | 机器学习 | NA | 单细胞多组学 | 多头图变换器 | 单细胞多组学数据 | 包括肺肿瘤白细胞CITE-seq数据和匹配的弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤scRNA-seq和scATAC-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2024-09-14 |
Cell-type deconvolution of bulk RNA-Seq from kidney using opensource bioinformatic tools
2023-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.13.528258
PMID:36824792
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研究论文 | 本文介绍了一种利用开源生物信息学工具从肾脏组织中进行bulk RNA-Seq细胞类型反卷积的方法 | 提出了一种用户友好的开源方法，利用已发表的单细胞RNA-Seq数据作为参考，评估bulk RNA-Seq数据中异质组织的细胞类型组成 | 该方法依赖于已有的单细胞RNA-Seq数据作为参考，可能不适用于所有类型的组织或样本 | 旨在解决传统bulk RNA-Seq无法评估异质组织中细胞类型组成的问题，以区分生物差异和技术差异 | 研究对象为雌性和雄性狒狒的肾脏皮质bulk RNA-Seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-Seq | NA | RNA-Seq数据 | 雌性狒狒样本8个，雄性狒狒样本9个 | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2024-09-14 |
Modeling Blast Crisis Using Mutagenized Chronic Myeloid Leukemia-Derived Induced Pluripotent Stem Cells (iPSCs)
2023-02-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12040598
PMID:36831265
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研究论文 | 本文通过使用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟慢性髓性白血病（CML）的进展，特别是爆炸危机（BC-CML），以识别新的治疗靶点 | 首次使用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟慢性髓性白血病（CML）的进展，并识别出CD25作为CML进展的标志物 | 研究仅限于体外实验，尚未在临床上验证 | 模拟CML的进展并识别新的治疗靶点 | 慢性髓性白血病（CML）的诱导多能干细胞（iPSCs） | 细胞生物学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三组CML来源的iPSC细胞系，分别进行60天的ENU处理，并在造血分化第12天进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-09-14 |
Inducible disruption of Tet genes results in myeloid malignancy, readthrough transcription, and a heterochromatin-to-euchromatin switch
2023-02-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2214824120
PMID:37406303
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研究论文 | 本文研究了在小鼠基因组中诱导性删除所有三个TET基因对骨髓恶性肿瘤、转录通读和异染色质到常染色质转换的影响 | 本文首次揭示了TET酶在DNA去甲基化之外的作用，包括增加转录通读和改变三维基因组组织 | 本文主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究TET酶缺乏对体内基因表达和基因组组织的影响 | 小鼠基因组中的TET基因和骨髓细胞 | NA | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个骨髓细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-09-14 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling of the Mouse Testicular Germ Cells Reveals Important Role of Phosphorylated GRTH/DDX25 in Round Spermatid Differentiation and Acrosome Biogenesis during Spermiogenesis
2023-Feb-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043127
PMID:36834539
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组测序分析小鼠睾丸生殖细胞，揭示了磷酸化GRTH/DDX25在圆形精子细胞分化和顶体生物发生中的重要作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析了野生型、敲除和敲入小鼠的睾丸细胞，揭示了磷酸化GRTH在精子细胞分化和顶体形成中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种 | 探讨GRTH在不同精子发生阶段对生殖细胞发育的影响 | 小鼠睾丸生殖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 野生型、敲除和敲入小鼠的睾丸细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-09-14 |
Combined Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal the Metabolic Evolvement of Breast Cancer during Early Dissemination
2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205395
PMID:36594618
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了乳腺癌早期扩散过程中代谢变化的动态过程 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了乳腺癌细胞在早期扩散过程中从糖酵解向氧化磷酸化的转变 | 研究样本量较小，仅包括四名乳腺癌患者及其配对的转移性腋窝淋巴结 | 揭示乳腺癌早期扩散过程中的代谢变化 | 乳腺癌细胞及其在早期扩散过程中的代谢变化 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 65,968个细胞，来自四名乳腺癌患者及其配对的转移性腋窝淋巴结 | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-09-14 |
TCR-engineered adoptive cell therapy effectively treats intracranial murine glioblastoma
2023-02, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-006121
PMID:36808076
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研究论文 | 本文研究了TCR工程化的细胞疗法在治疗小鼠脑胶质母细胞瘤中的有效性 | 首次在临床前胶质瘤模型中生成了针对内源性新抗原的TCR转基因小鼠，并展示了新抗原特异性T细胞的转移治疗潜力 | MISTIC T细胞疗法在具有异质性mImp3表达的肿瘤小鼠中失效，展示了靶向治疗在多克隆人类肿瘤中的障碍 | 研究TCR工程化细胞疗法在治疗脑胶质母细胞瘤中的潜力 | 小鼠脑胶质母细胞瘤模型GL261 | 数字病理学 | 脑胶质母细胞瘤 | 单细胞PCR、流式细胞术、单细胞RNA测序、全外显子和RNA测序 | TCR转基因小鼠 | 基因组数据 | 多个GL261-bearing小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-09-13 |
Batch alignment of single-cell transcriptomics data using deep metric learning
2023-02-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36635-5
PMID:36810607
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度度量学习的scRNA-seq数据批次对齐模型scDML | scDML能够去除批次效应，提高聚类性能，准确恢复真实细胞类型，并在不同物种和组织中表现优于现有方法 | NA | 解决scRNA-seq数据中的批次效应问题，提高细胞类型检测的准确性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 深度度量学习 | 深度度量学习模型 | 转录组数据 | 涉及不同物种和组织的多个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-09-13 |
Spatial transcriptomics analysis of zone-dependent hepatic ischemia-reperfusion injury murine model
2023-02-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04564-0
PMID:36804628
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研究论文 | 本研究结合组织病理学检查与空间转录组学，分析了小鼠肝脏缺血再灌注损伤模型的区域依赖性损伤模式及其相关分子变化 | 揭示了肝组织中对缺血再灌注损伤最敏感的区域，并预测了celastrol通过诱导缺血预处理来保护肝脏免受缺血再灌注损伤的机制 | NA | 探讨缺血再灌注损伤与肝脏异质性之间的关系 | 小鼠肝脏缺血再灌注损伤模型 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-09-13 |
Single-cell pair-wise relationships untangled by composite embedding model
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106025
PMID:36824286
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研究论文 | 本文提出了一种名为SPRUCE的可扩展机器学习方法，用于解析单细胞RNA-seq数据中的细胞间通信模式 | 本文提出的SPRUCE方法能够系统地确定单细胞RNA-seq数据中的常见细胞间通信模式，并揭示了肿瘤异质性的一部分可以通过差异交互模式而非静态标记基因表达来更好地理解 | NA | 研究肿瘤微环境中的细胞间通信模式 | 乳腺癌数据集中的细胞间通信模式 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq | 复合嵌入模型 | RNA-seq数据 | 多个乳腺癌数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-09-13 |
SampleQC: robust multivariate, multi-cell type, multi-sample quality control for single-cell data
2023-02-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02859-3
PMID:36765378
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研究论文 | 介绍了一种名为SampleQC的单细胞RNA测序数据质量控制方法，该方法通过高斯混合模型在多个样本中进行稳健拟合，提高了对稀有细胞类型的检测敏感性并减少了偏差 | 引入了一种新的质量控制方法SampleQC，通过高斯混合模型在多个样本中进行稳健拟合，相比现有方法提高了对稀有细胞类型的检测敏感性并减少了偏差 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据质量控制方法，以提高对稀有细胞类型的检测敏感性并减少偏差 | 单细胞RNA测序数据的质量控制 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 867,000个细胞，172个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-09-13 |
ZBTB12 is a molecular barrier to dedifferentiation in human pluripotent stem cells
2023-02-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36178-9
PMID:36759523
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研究论文 | 本文报道了ZBTB12作为人类多能干细胞去分化分子屏障的作用 | 首次揭示了ZBTB12在防止人类多能干细胞去分化中的关键作用，并阐明了其通过调节HERVH和lncRNAs表达的机制 | NA | 探讨细胞命运单向转变的分子机制 | 人类多能干细胞及其去分化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-09-13 |
Common molecular features of H3K27M DMGs and PFA ependymomas map to hindbrain developmental pathways
2023-02-09, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01514-z
PMID:36759899
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研究论文 | 本文研究了H3K27M DMG和PFA室管膜瘤的共同分子特征，并将其映射到后脑发育途径 | 通过比较基因组、整体转录组、染色质相关特征和单细胞RNA测序数据，发现了两种肿瘤类别的共同分子特征 | NA | 探讨H3K27M DMG和PFA室管膜瘤的共同分子特征及其与后脑发育途径的关系 | H3K27M DMG和PFA室管膜瘤 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、染色质相关数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-09-13 |
In vivo imaging of inflammatory response in cancer research
2023-Feb-07, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-023-00261-x
PMID:36750856
|
综述 | 本文综述了使用双光子激发显微镜（2P-IVM）进行活体成像技术，以揭示癌症微环境中细胞间相互作用的研究现状 | 讨论了红移指示剂和光遗传学工具在2P-IVM中的潜在应用，并强调了2P-IVM在单细胞转录组学和数据驱动研究时代中的关键作用 | 体外重现肿瘤微环境中的动态事件尚未实现 | 总结2P-IVM在癌症研究中的应用，并探讨其未来发展方向 | 癌症微环境中的炎症反应和细胞间相互作用 | 数字病理学 | 癌症 | 双光子激发显微镜（2P-IVM） | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-09-13 |
Single-cell transcriptome analysis reveals liver injury induced by glyphosate in mice
2023-Feb-04, Cellular & molecular biology letters
IF:9.2Q1
DOI:10.1186/s11658-023-00426-z
PMID:36739397
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了草甘膦对小鼠肝脏的损伤效应 | 首次生成了草甘膦暴露小鼠肝脏的单细胞RNA测序图谱，揭示了草甘膦引起的细胞组成变化、转录改变以及细胞间通讯失调 | NA | 探讨草甘膦对肝脏的毒性及其分子机制 | 草甘膦处理和未处理的小鼠肝脏组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 草甘膦处理和未处理的小鼠肝脏组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-09-13 |
ScRNA-seq and ST-seq in liver research
2023-Feb-03, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-022-00152-5
PMID:36732412
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序（ST-seq）在肝脏研究中的应用及其对肝脏发育、再生和疾病研究的贡献 | 探讨了scRNA-seq和ST-seq，特别是ST-seq，在肝脏研究中的新机遇 | 讨论了ST-seq在肝脏研究中的局限性，包括敏感性、获取精确单细胞信息的能力有限以及数据处理方法等问题 | 探索scRNA-seq和ST-seq在肝脏研究中的进展及其对基础问题的研究潜力 | 肝脏发育、再生和疾病 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序（ST-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-09-13 |
Integrated Single-Cell (Phospho-)Protein and RNA Detection Uncovers Phenotypic Characteristics and Active Signal Transduction of Human Antibody-Secreting Cells
2023-02, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2023.100492
PMID:36623694
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研究论文 | 本文结合体外分化B细胞为抗体分泌细胞（ASCs）的方法与多组学单细胞测序技术，检测和量化免疫球蛋白亚类特异性表面标记、转录组和信号转导通路成分 | 本文创新性地整合了mRNA、蛋白质表达和磷酸化蛋白质检测，形成了一个综合数据集，并揭示了不同ASCs在分泌不同抗体时的差异特征 | NA | 深入理解人类抗体分泌细胞的表型特征和活性信号转导 | 人类抗体分泌细胞（ASCs） | NA | NA | 多组学单细胞测序技术 | NA | mRNA、蛋白质表达、磷酸化蛋白质 | NA | NA | NA | NA | NA |