单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 308 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-09-14 |
Combined Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal the Metabolic Evolvement of Breast Cancer during Early Dissemination
2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205395
PMID:36594618
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了乳腺癌早期扩散过程中代谢变化的动态过程 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了乳腺癌细胞在早期扩散过程中从糖酵解向氧化磷酸化的转变 | 研究样本量较小，仅包括四名乳腺癌患者及其配对的转移性腋窝淋巴结 | 揭示乳腺癌早期扩散过程中的代谢变化 | 乳腺癌细胞及其在早期扩散过程中的代谢变化 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 65,968个细胞，来自四名乳腺癌患者及其配对的转移性腋窝淋巴结 |
| 42 | 2024-09-14 |
TCR-engineered adoptive cell therapy effectively treats intracranial murine glioblastoma
2023-02, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-006121
PMID:36808076
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研究论文 | 本文研究了TCR工程化的细胞疗法在治疗小鼠脑胶质母细胞瘤中的有效性 | 首次在临床前胶质瘤模型中生成了针对内源性新抗原的TCR转基因小鼠，并展示了新抗原特异性T细胞的转移治疗潜力 | MISTIC T细胞疗法在具有异质性mImp3表达的肿瘤小鼠中失效，展示了靶向治疗在多克隆人类肿瘤中的障碍 | 研究TCR工程化细胞疗法在治疗脑胶质母细胞瘤中的潜力 | 小鼠脑胶质母细胞瘤模型GL261 | 数字病理学 | 脑胶质母细胞瘤 | 单细胞PCR、流式细胞术、单细胞RNA测序、全外显子和RNA测序 | TCR转基因小鼠 | 基因组数据 | 多个GL261-bearing小鼠样本 |
| 43 | 2024-09-14 |
Human ureteric bud organoids recapitulate branching morphogenesis and differentiate into functional collecting duct cell types
2023-02, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01429-5
PMID:36038632
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研究论文 | 本文描述了从人类多能干细胞（hPSCs）高效、无血清分化为输尿管芽（UB）类器官和功能性集合管细胞的方法 | 本文首次展示了从hPSCs高效分化为UB类器官和功能性集合管细胞，并展示了其在三维基质中形成分支形态发生的能力 | NA | 研究旨在开发一种高效的方法，将人类多能干细胞分化为功能性输尿管和集合管上皮细胞，以促进肾脏再生医学 | 人类多能干细胞（hPSCs）及其分化产物输尿管芽（UB）类器官和集合管细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-09-13 |
Batch alignment of single-cell transcriptomics data using deep metric learning
2023-02-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36635-5
PMID:36810607
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度度量学习的scRNA-seq数据批次对齐模型scDML | scDML能够去除批次效应，提高聚类性能，准确恢复真实细胞类型，并在不同物种和组织中表现优于现有方法 | NA | 解决scRNA-seq数据中的批次效应问题，提高细胞类型检测的准确性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 深度度量学习 | 深度度量学习模型 | 转录组数据 | 涉及不同物种和组织的多个数据集 |
| 45 | 2024-09-13 |
Spatial transcriptomics analysis of zone-dependent hepatic ischemia-reperfusion injury murine model
2023-02-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04564-0
PMID:36804628
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研究论文 | 本研究结合组织病理学检查与空间转录组学，分析了小鼠肝脏缺血再灌注损伤模型的区域依赖性损伤模式及其相关分子变化 | 揭示了肝组织中对缺血再灌注损伤最敏感的区域，并预测了celastrol通过诱导缺血预处理来保护肝脏免受缺血再灌注损伤的机制 | NA | 探讨缺血再灌注损伤与肝脏异质性之间的关系 | 小鼠肝脏缺血再灌注损伤模型 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 46 | 2024-09-13 |
Single-cell pair-wise relationships untangled by composite embedding model
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106025
PMID:36824286
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研究论文 | 本文提出了一种名为SPRUCE的可扩展机器学习方法，用于解析单细胞RNA-seq数据中的细胞间通信模式 | 本文提出的SPRUCE方法能够系统地确定单细胞RNA-seq数据中的常见细胞间通信模式，并揭示了肿瘤异质性的一部分可以通过差异交互模式而非静态标记基因表达来更好地理解 | NA | 研究肿瘤微环境中的细胞间通信模式 | 乳腺癌数据集中的细胞间通信模式 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq | 复合嵌入模型 | RNA-seq数据 | 多个乳腺癌数据集 |
| 47 | 2024-09-13 |
Genomic and microenvironmental heterogeneity shaping epithelial-to-mesenchymal trajectories in cancer
2023-02-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36439-7
PMID:36774358
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研究论文 | 本文提出了一种基于转录组信号评估单个肿瘤中EMT转变的方法，并应用于7180个上皮来源的肿瘤，识别出具有预后和治疗价值的三种宏观状态 | 本文创新性地提出了评估EMT转变的方法，并结合空间转录组学和单细胞数据集，深入探讨了EMT转变的空间异质性和与肿瘤微环境中细胞的相互作用模式 | 本文主要基于转录组数据，未涉及其他类型的组学数据，可能限制了对EMT转变机制的全面理解 | 研究EMT转变的分子标志物及其在癌症进展中的作用 | 上皮来源的肿瘤及其EMT转变过程 | 数字病理学 | NA | 转录组学 | NA | 转录组数据 | 7180个上皮来源的肿瘤样本 |
| 48 | 2024-09-13 |
SampleQC: robust multivariate, multi-cell type, multi-sample quality control for single-cell data
2023-02-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02859-3
PMID:36765378
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研究论文 | 介绍了一种名为SampleQC的单细胞RNA测序数据质量控制方法，该方法通过高斯混合模型在多个样本中进行稳健拟合，提高了对稀有细胞类型的检测敏感性并减少了偏差 | 引入了一种新的质量控制方法SampleQC，通过高斯混合模型在多个样本中进行稳健拟合，相比现有方法提高了对稀有细胞类型的检测敏感性并减少了偏差 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据质量控制方法，以提高对稀有细胞类型的检测敏感性并减少偏差 | 单细胞RNA测序数据的质量控制 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 867,000个细胞，172个样本 |
| 49 | 2024-09-13 |
ZBTB12 is a molecular barrier to dedifferentiation in human pluripotent stem cells
2023-02-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36178-9
PMID:36759523
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研究论文 | 本文报道了ZBTB12作为人类多能干细胞去分化分子屏障的作用 | 首次揭示了ZBTB12在防止人类多能干细胞去分化中的关键作用，并阐明了其通过调节HERVH和lncRNAs表达的机制 | NA | 探讨细胞命运单向转变的分子机制 | 人类多能干细胞及其去分化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 50 | 2024-09-13 |
Common molecular features of H3K27M DMGs and PFA ependymomas map to hindbrain developmental pathways
2023-02-09, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01514-z
PMID:36759899
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研究论文 | 本文研究了H3K27M DMG和PFA室管膜瘤的共同分子特征，并将其映射到后脑发育途径 | 通过比较基因组、整体转录组、染色质相关特征和单细胞RNA测序数据，发现了两种肿瘤类别的共同分子特征 | NA | 探讨H3K27M DMG和PFA室管膜瘤的共同分子特征及其与后脑发育途径的关系 | H3K27M DMG和PFA室管膜瘤 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、染色质相关数据 | NA |
| 51 | 2024-09-13 |
In vivo imaging of inflammatory response in cancer research
2023-Feb-07, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-023-00261-x
PMID:36750856
|
综述 | 本文综述了使用双光子激发显微镜（2P-IVM）进行活体成像技术，以揭示癌症微环境中细胞间相互作用的研究现状 | 讨论了红移指示剂和光遗传学工具在2P-IVM中的潜在应用，并强调了2P-IVM在单细胞转录组学和数据驱动研究时代中的关键作用 | 体外重现肿瘤微环境中的动态事件尚未实现 | 总结2P-IVM在癌症研究中的应用，并探讨其未来发展方向 | 癌症微环境中的炎症反应和细胞间相互作用 | 数字病理学 | 癌症 | 双光子激发显微镜（2P-IVM） | NA | 图像 | NA |
| 52 | 2024-09-13 |
Single-cell transcriptome analysis reveals liver injury induced by glyphosate in mice
2023-Feb-04, Cellular & molecular biology letters
IF:9.2Q1
DOI:10.1186/s11658-023-00426-z
PMID:36739397
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了草甘膦对小鼠肝脏的损伤效应 | 首次生成了草甘膦暴露小鼠肝脏的单细胞RNA测序图谱，揭示了草甘膦引起的细胞组成变化、转录改变以及细胞间通讯失调 | NA | 探讨草甘膦对肝脏的毒性及其分子机制 | 草甘膦处理和未处理的小鼠肝脏组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 草甘膦处理和未处理的小鼠肝脏组织样本 |
| 53 | 2024-09-13 |
ScRNA-seq and ST-seq in liver research
2023-Feb-03, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-022-00152-5
PMID:36732412
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序（ST-seq）在肝脏研究中的应用及其对肝脏发育、再生和疾病研究的贡献 | 探讨了scRNA-seq和ST-seq，特别是ST-seq，在肝脏研究中的新机遇 | 讨论了ST-seq在肝脏研究中的局限性，包括敏感性、获取精确单细胞信息的能力有限以及数据处理方法等问题 | 探索scRNA-seq和ST-seq在肝脏研究中的进展及其对基础问题的研究潜力 | 肝脏发育、再生和疾病 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序（ST-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 54 | 2024-09-13 |
Integrated Single-Cell (Phospho-)Protein and RNA Detection Uncovers Phenotypic Characteristics and Active Signal Transduction of Human Antibody-Secreting Cells
2023-02, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2023.100492
PMID:36623694
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研究论文 | 本文结合体外分化B细胞为抗体分泌细胞（ASCs）的方法与多组学单细胞测序技术，检测和量化免疫球蛋白亚类特异性表面标记、转录组和信号转导通路成分 | 本文创新性地整合了mRNA、蛋白质表达和磷酸化蛋白质检测，形成了一个综合数据集，并揭示了不同ASCs在分泌不同抗体时的差异特征 | NA | 深入理解人类抗体分泌细胞的表型特征和活性信号转导 | 人类抗体分泌细胞（ASCs） | NA | NA | 多组学单细胞测序技术 | NA | mRNA、蛋白质表达、磷酸化蛋白质 | NA |
| 55 | 2024-09-13 |
A topographic atlas defines developmental origins of cell heterogeneity in the human embryonic lung
2023-02, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-022-01064-x
PMID:36646791
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研究论文 | 本文创建了一个早期人类肺发育的综合地形图谱，揭示了细胞异质性的发育起源 | 本文首次整合了单细胞RNA测序和空间转录组学，创建了一个交互式网络平台，展示了细胞分化和成熟的基因表达程序 | NA | 阐明人类胚胎肺中细胞异质性的起源和生成机制 | 早期人类肺发育中的83种细胞状态及其空间发育轨迹 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 56 | 2024-09-13 |
The Single-Cell Landscape of Intratumoral Heterogeneity and The Immunosuppressive Microenvironment in Liver and Brain Metastases of Breast Cancer
2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202203699
PMID:36529697
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研究论文 | 研究描述了乳腺癌肝和脑转移瘤的单细胞景观，揭示了免疫抑制微环境的复杂性 | 首次全面解析了乳腺癌肝和脑转移瘤的肿瘤内异质性和免疫抑制微环境 | NA | 探讨抗PD-1/L1耐药的潜在机制，并为这些患者开发更有效的免疫治疗策略 | 乳腺癌肝和脑转移瘤的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 44,473个细胞 |
| 57 | 2024-09-11 |
Subclonal evolution and expansion of spatially distinct THY1-positive cells is associated with recurrence in glioblastoma
2023-02, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2022.100872
PMID:36621024
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研究论文 | 研究揭示了胶质母细胞瘤复发与THY1阳性细胞的亚克隆进化和空间扩展之间的关系 | 首次揭示了THY1阳性细胞在胶质母细胞瘤复发中的作用，并提出了通过抑制TGFBRI活性来恢复对治疗的敏感性的新策略 | 研究主要基于小鼠模型和临床数据库分析，需要进一步的临床试验验证 | 探讨胶质母细胞瘤复发相关的分子机制，寻找新的治疗机会 | 胶质母细胞瘤患者样本和复发模型 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个患者样本和复发模型 |
| 58 | 2024-09-10 |
SOX2-positive retinal stem cells are identified in adult human pars plicata by single-cell transcriptomic analyses
2023-Feb, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.198
PMID:36582303
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析在成人人类睫状体区（pars plicata）中鉴定出SOX2阳性视网膜干细胞 | 首次通过单细胞RNA测序技术在成人人类睫状体区中鉴定出SOX2阳性视网膜干细胞，并验证了其增殖和分化潜力 | 研究仅限于成人人类睫状体区，未涉及其他眼部区域或不同年龄段 | 探索成人人类眼部组织中是否存在内源性视网膜干细胞，并评估其治疗视网膜疾病的潜力 | 成人人类睫状体区、睫状体平坦部、视网膜色素上皮、虹膜和神经视网膜中的细胞异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 成人人类眼部组织的多个亚区域 |
| 59 | 2024-08-05 |
Murine skin-derived multipotent papillary dermal fibroblast progenitors show germline potential in vitro
2023-02-03, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-023-03243-5
PMID:36737797
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研究论文 | 这篇文章描述了从小鼠皮肤中分离的多能乳头真皮成纤维细胞前体，首次展示了其在体外诱导生成雄性生殖细胞的能力 | 揭示了多能乳头真皮成纤维细胞前体具有生殖细胞潜力，并展示了其在体外形成雄性生殖细胞的能力 | 该研究主要基于实验室条件，具体的体内功能验证尚未完成 | 探索小鼠皮肤衍生的多能细胞的起源及其生成雄性生殖细胞的能力 | 研究对象为从新生小鼠皮肤中获取的多能乳头真皮成纤维细胞前体 | 组织工程 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA转录组数据 | 7543个单细胞转录组 |
| 60 | 2024-08-05 |
A robust model for cell type-specific interindividual variation in single-cell RNA sequencing data
2023-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.24.529987
PMID:36909553
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研究论文 | 本研究开发了一个新的模型CTMM，以检测和量化个体间的细胞类型特异性变异 | 创新点在于提出了CTMM模型，可以在单细胞RNA测序数据中识别个体之间的细胞类型特异性变异 | 样本规模较小可能会对结果的普适性产生影响 | 研究的目的是提高统计能力，以识别细胞类型特异性的生物学特征 | 研究对象为人类诱导多能干细胞中的转录组变异 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | CTMM | 转录组数据 | NA |