单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-23	Progress in Discovering Transcriptional Noise in Aging 2023-Feb-12, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24043701 PMID:36835113	综述	本文综述了衰老过程中转录噪音的发现进展	提出了基于网络分析的基因间协调水平分析等新方法来定义转录噪音	实验观察数量有限，单细胞RNA测序存在技术噪音，缺乏标准或最佳的数据分析测量方法	回顾近期技术进展、当前知识和挑战，以更好地理解衰老中的转录噪音	衰老过程中的转录噪音	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
22	2024-09-23	STAT3 protects HSCs from intrinsic interferon signaling and loss of long-term blood-forming activity 2023-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.10.528069 PMID:36798265	研究论文	研究探讨了STAT3在造血干细胞和祖细胞中的功能及其对长期造血活性的保护作用	首次通过混合骨髓嵌合小鼠模型，揭示了STAT3在造血干细胞和祖细胞中的关键作用，并提出了使用靶向合成致死方法与STAT3抑制剂结合来清除缺陷或疾病造血干细胞和祖细胞的潜力	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证STAT3功能的直接相关性	探讨STAT3在造血干细胞和祖细胞中的功能及其对长期造血活性的影响	造血干细胞和祖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	20%的造血系统中使用CreER介导的删除方法建立了混合骨髓嵌合小鼠模型
23	2024-09-23	Using single-cell RNA sequencing to generate cell-type-specific split-GAL4 reagents throughout development 2023-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.03.527019 PMID:36778312	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据生成基于基因特异性调控元件的细胞类型特异性split-GAL4工具，用于果蝇发育过程中的细胞类型研究	本文提出了一种基于单细胞RNA测序数据的高效流程，用于生成细胞类型特异性的split-GAL4工具，解决了现有增强子驱动的GAL4工具在表达模式预测上的不足	NA	开发新的细胞类型特异性工具，用于果蝇发育过程中特定细胞类型的靶向操作	果蝇的神经发育和视觉系统	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNAseq)	NA	基因表达数据	大量编码内含子MiMIC/CRIMIC线
24	2024-09-23	Ligament injury in adult zebrafish triggers ECM remodeling and cell dedifferentiation for scar-free regeneration 2023-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.03.527039 PMID:36778403	研究论文	研究了成年斑马鱼颌关节韧带损伤后的无瘢痕再生过程	首次展示了成年斑马鱼颌关节韧带能够进行快速且完全的无瘢痕愈合，并揭示了免疫-间充质相互作用在ECM重塑中的作用	NA	探讨成年斑马鱼韧带损伤后的无瘢痕再生机制	成年斑马鱼的颌关节韧带	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及成年斑马鱼的颌关节韧带样本
25	2024-09-23	Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2023-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.01.526609 PMID:36778447	研究论文	本文评估了七种现有单细胞多组学数据整合方法的性能，特别是它们在整合未配对和配对的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据方面的能力	本文首次系统性地比较了多种单细胞多组学数据整合方法，并探讨了配对数据在整合未配对数据中的作用	研究结果表明，多组学数据的数量对细胞类型注释至关重要，但未探讨其他可能影响整合效果的因素	评估现有单细胞多组学数据整合方法的性能，探讨配对数据在整合未配对数据中的作用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据，染色质可及性数据	未具体说明样本数量
26	2024-09-23	Aortic Stress Activates an Adaptive Program in Thoracic Aortic Smooth Muscle Cells That Maintains Aortic Strength and Protects Against Aneurysm and Dissection in Mice 2023-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.122.318135 PMID:36579645	研究论文	研究了主动脉平滑肌细胞在应激下的适应性反应及其对主动脉瘤和夹层的影响	揭示了YAP信号在主动脉平滑肌细胞适应性反应中的关键作用，并证明了其在预防主动脉瘤和夹层中的重要性	NA	探讨主动脉平滑肌细胞在应激下的转录和表观遗传调控机制及其对主动脉瘤和夹层的保护作用	小鼠模型中的主动脉平滑肌细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序	NA	基因表达数据和染色质可及性数据	NA
27	2024-09-23	Computational Approaches and Challenges in Spatial Transcriptomics 2023-02, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2022.10.001 PMID:36252814	综述	本文综述了空间转录组学技术中的计算方法及其面临的挑战	本文提出了对空间转录组学技术中算法开发的展望	针对空间转录组学技术的算法设计仍处于初级阶段	探讨空间转录组学技术中的计算方法及其挑战	空间转录组学技术中的数据处理和分析方法	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
28	2024-09-23	A chromosome-scale epigenetic map of the Hydra genome reveals conserved regulators of cell state 2023-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277040.122 PMID:36639202	研究论文	本文生成了一个新的染色体规模表观遗传图谱，揭示了水螅基因组中细胞状态的保守调控因子	本文首次揭示了水螅基因组中大范围的染色质相互作用域，并发现了两种先前未被分子表征的细胞类型的转录组特征	NA	研究水螅中上皮和间质干细胞的转录调控机制	水螅的基因组、单细胞RNA测序图谱、染色质相互作用、染色质可及性、序列保守性和组蛋白修饰	基因组学	NA	单细胞RNA测序、染色质相互作用图谱、组蛋白修饰分析	NA	基因组数据、转录组数据	水螅及其AEP品系
29	2024-09-21	Single-cell RNA sequencing reveals the effects of chemotherapy on human pancreatic adenocarcinoma and its tumor microenvironment 2023-02-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36296-4 PMID:36781852	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了化疗对人类胰腺导管腺癌及其肿瘤微环境的影响	首次深入分析了化疗前后胰腺导管腺癌肿瘤微环境的单细胞特征，揭示了化疗对肿瘤细胞和免疫细胞的转录组影响	研究样本仅限于化疗前后的新鲜胰腺导管腺癌样本，可能无法全面代表所有患者的情况	探讨化疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响及其与免疫治疗抵抗的关系	化疗前后的胰腺导管腺癌样本及其肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	化疗前后的新鲜胰腺导管腺癌样本
30	2024-09-16	A cellular taxonomy of the adult human spinal cord 2023-02-01, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.01.007 PMID:36731429	研究论文	本文通过单核RNA测序结合空间转录组学和抗体验证，对成人脊髓进行了细胞分类	首次对成人脊髓进行了详细的细胞分类，并发现了与肌萎缩侧索硬化症（ALS）相关的基因特征	研究主要集中在成人脊髓，未涉及其他年龄段或病理状态	揭示成人脊髓的细胞多样性及其在人类疾病中的作用	成人脊髓中的神经元和胶质细胞	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	单核RNA测序、空间转录组学、抗体验证	NA	RNA序列	29个胶质细胞簇和35个神经元簇
31	2024-09-15	A cuproptosis-related signature for predicting the prognosis of gastric cancer 2023-Feb-28, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-23-62 PMID:36915443	研究论文	本文研究了铜死亡相关基因在胃癌中的表达及其对胃癌预后的预测作用	首次构建了铜死亡相关基因的特征，用于预测胃癌的预后	NA	研究铜死亡相关基因在胃癌中的作用及其对胃癌预后的预测价值	胃癌患者及铜死亡相关基因	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	LASSO回归分析	基因表达数据	NA
32	2024-09-14	Inferring neuron-neuron communications from single-cell transcriptomics through NeuronChat 2023-02-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36800-w PMID:36854676	研究论文	开发了一种名为NeuronChat的方法和软件包，用于从单细胞转录组数据中推断、可视化和分析神经元特异性通信网络	引入了NeuronChat，一种基于单细胞表达数据推断神经元间通信网络的新方法，并结合了人工整理的神经信号分子相互作用数据库	NA	开发和验证一种新方法，用于从单细胞转录组数据中推断神经元间的通信网络	神经元间的通信网络及其在不同生物背景下的变化	生物信息学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及多个已发表的数据集和三种不同的神经组织数据集
33	2024-09-14	Single-cell gene regulatory network prediction by explainable AI 2023-02-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1212 PMID:36629274	研究论文	本文提出了一种可解释的深度学习方法scGeneRAI，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	本文提出的方法能够从单细胞层面重建基因调控网络，而现有最先进的方法只能预测细胞群体的平均网络	NA	通过单细胞基因调控网络的预测，揭示肿瘤细胞和正常上皮细胞的特征网络模式，并识别特定患者肿瘤细胞中的子网络	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	机器学习	肺癌	单细胞RNA测序	深度学习	基因数据	一组人类肺癌的单细胞RNA测序数据
34	2024-09-14	Pitfalls and opportunities for applying latent variables in single-cell eQTL analyses 2023-02-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02873-5 PMID:36823676	研究论文	本文探讨了在单细胞eQTL分析中应用潜在变量的陷阱和机遇	本文首次系统评估了PEER和PCA在单细胞eQTL分析中的表现，并提出了改进方法以提高eGenes的发现能力	本文主要集中在PEER和PCA方法的评估，未涵盖其他潜在变量方法	评估和改进在单细胞eQTL分析中使用潜在变量的方法	单细胞RNA-seq数据中的潜在变量应用	基因组学	NA	单细胞RNA-seq	PCA, PEER	基因表达数据	不同细胞类型的单细胞RNA-seq数据
35	2024-09-14	ASGARD is A Single-cell Guided Pipeline to Aid Repurposing of Drugs 2023-02-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36637-3 PMID:36813801	研究论文	提出了一种名为ASGARD的单细胞引导药物再利用管道，通过定义药物评分来推荐药物，考虑所有细胞簇以解决每个患者内的细胞间异质性	ASGARD在单药治疗方面显示出比基于大量细胞的药物再利用方法更好的平均准确性，并且在细胞簇级别的预测方法中也表现出色	NA	开发一种用于精准医学的单细胞引导药物再利用推荐工具	单细胞RNA测序数据和药物再利用	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	Triple-Negative-Breast-Cancer患者样本
36	2024-09-14	Single-cell biological network inference using a heterogeneous graph transformer 2023-02-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36559-0 PMID:36810839	研究论文	本文介绍了一种用于从单细胞多组学数据中推断生物网络的深度学习方法DeepMAPS	DeepMAPS通过使用异构图和多头图变换器，在局部和全局上下文中学习细胞和基因之间的关系，从而有效地推断不同细胞类型中的活性生物网络及其对外部刺激的响应	NA	开发一种能够从单细胞多组学数据中有效推断生物网络的工具	单细胞多组学数据中的生物网络	机器学习	NA	单细胞多组学	多头图变换器	单细胞多组学数据	包括肺肿瘤白细胞CITE-seq数据和匹配的弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤scRNA-seq和scATAC-seq数据
37	2024-09-14	Cell-type deconvolution of bulk RNA-Seq from kidney using opensource bioinformatic tools 2023-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.13.528258 PMID:36824792	研究论文	本文介绍了一种利用开源生物信息学工具从肾脏组织中进行bulk RNA-Seq细胞类型反卷积的方法	提出了一种用户友好的开源方法，利用已发表的单细胞RNA-Seq数据作为参考，评估bulk RNA-Seq数据中异质组织的细胞类型组成	该方法依赖于已有的单细胞RNA-Seq数据作为参考，可能不适用于所有类型的组织或样本	旨在解决传统bulk RNA-Seq无法评估异质组织中细胞类型组成的问题，以区分生物差异和技术差异	研究对象为雌性和雄性狒狒的肾脏皮质bulk RNA-Seq数据	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	雌性狒狒样本8个，雄性狒狒样本9个
38	2024-09-14	Modeling Blast Crisis Using Mutagenized Chronic Myeloid Leukemia-Derived Induced Pluripotent Stem Cells (iPSCs) 2023-02-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12040598 PMID:36831265	研究论文	本文通过使用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟慢性髓性白血病（CML）的进展，特别是爆炸危机（BC-CML），以识别新的治疗靶点	首次使用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟慢性髓性白血病（CML）的进展，并识别出CD25作为CML进展的标志物	研究仅限于体外实验，尚未在临床上验证	模拟CML的进展并识别新的治疗靶点	慢性髓性白血病（CML）的诱导多能干细胞（iPSCs）	细胞生物学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三组CML来源的iPSC细胞系，分别进行60天的ENU处理，并在造血分化第12天进行分析
39	2024-09-14	Inducible disruption of Tet genes results in myeloid malignancy, readthrough transcription, and a heterochromatin-to-euchromatin switch 2023-02-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2214824120 PMID:37406303	研究论文	本文研究了在小鼠基因组中诱导性删除所有三个TET基因对骨髓恶性肿瘤、转录通读和异染色质到常染色质转换的影响	本文首次揭示了TET酶在DNA去甲基化之外的作用，包括增加转录通读和改变三维基因组组织	本文主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究TET酶缺乏对体内基因表达和基因组组织的影响	小鼠基因组中的TET基因和骨髓细胞	NA	血液系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个骨髓细胞样本
40	2024-09-14	Single-Cell Transcriptomic Profiling of the Mouse Testicular Germ Cells Reveals Important Role of Phosphorylated GRTH/DDX25 in Round Spermatid Differentiation and Acrosome Biogenesis during Spermiogenesis 2023-Feb-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24043127 PMID:36834539	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析小鼠睾丸生殖细胞，揭示了磷酸化GRTH/DDX25在圆形精子细胞分化和顶体生物发生中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序分析了野生型、敲除和敲入小鼠的睾丸细胞，揭示了磷酸化GRTH在精子细胞分化和顶体形成中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探讨GRTH在不同精子发生阶段对生殖细胞发育的影响	小鼠睾丸生殖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	野生型、敲除和敲入小鼠的睾丸细胞