单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-23	Computational Approaches and Challenges in Spatial Transcriptomics 2023-02, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2022.10.001 PMID:36252814	综述	本文综述了空间转录组学技术中的计算方法及其面临的挑战	本文提出了对空间转录组学技术中算法开发的展望	针对空间转录组学技术的算法设计仍处于初级阶段	探讨空间转录组学技术中的计算方法及其挑战	空间转录组学技术中的数据处理和分析方法	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
22	2024-09-23	A chromosome-scale epigenetic map of the Hydra genome reveals conserved regulators of cell state 2023-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277040.122 PMID:36639202	研究论文	本文生成了一个新的染色体规模表观遗传图谱，揭示了水螅基因组中细胞状态的保守调控因子	本文首次揭示了水螅基因组中大范围的染色质相互作用域，并发现了两种先前未被分子表征的细胞类型的转录组特征	NA	研究水螅中上皮和间质干细胞的转录调控机制	水螅的基因组、单细胞RNA测序图谱、染色质相互作用、染色质可及性、序列保守性和组蛋白修饰	基因组学	NA	单细胞RNA测序、染色质相互作用图谱、组蛋白修饰分析	NA	基因组数据、转录组数据	水螅及其AEP品系
23	2024-09-21	Single-cell RNA sequencing reveals the effects of chemotherapy on human pancreatic adenocarcinoma and its tumor microenvironment 2023-02-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36296-4 PMID:36781852	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了化疗对人类胰腺导管腺癌及其肿瘤微环境的影响	首次深入分析了化疗前后胰腺导管腺癌肿瘤微环境的单细胞特征，揭示了化疗对肿瘤细胞和免疫细胞的转录组影响	研究样本仅限于化疗前后的新鲜胰腺导管腺癌样本，可能无法全面代表所有患者的情况	探讨化疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响及其与免疫治疗抵抗的关系	化疗前后的胰腺导管腺癌样本及其肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	化疗前后的新鲜胰腺导管腺癌样本
24	2024-09-16	A cellular taxonomy of the adult human spinal cord 2023-02-01, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.01.007 PMID:36731429	研究论文	本文通过单核RNA测序结合空间转录组学和抗体验证，对成人脊髓进行了细胞分类	首次对成人脊髓进行了详细的细胞分类，并发现了与肌萎缩侧索硬化症（ALS）相关的基因特征	研究主要集中在成人脊髓，未涉及其他年龄段或病理状态	揭示成人脊髓的细胞多样性及其在人类疾病中的作用	成人脊髓中的神经元和胶质细胞	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	单核RNA测序、空间转录组学、抗体验证	NA	RNA序列	29个胶质细胞簇和35个神经元簇
25	2024-09-15	A cuproptosis-related signature for predicting the prognosis of gastric cancer 2023-Feb-28, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-23-62 PMID:36915443	研究论文	本文研究了铜死亡相关基因在胃癌中的表达及其对胃癌预后的预测作用	首次构建了铜死亡相关基因的特征，用于预测胃癌的预后	NA	研究铜死亡相关基因在胃癌中的作用及其对胃癌预后的预测价值	胃癌患者及铜死亡相关基因	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	LASSO回归分析	基因表达数据	NA
26	2024-09-14	Inferring neuron-neuron communications from single-cell transcriptomics through NeuronChat 2023-02-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36800-w PMID:36854676	研究论文	开发了一种名为NeuronChat的方法和软件包，用于从单细胞转录组数据中推断、可视化和分析神经元特异性通信网络	引入了NeuronChat，一种基于单细胞表达数据推断神经元间通信网络的新方法，并结合了人工整理的神经信号分子相互作用数据库	NA	开发和验证一种新方法，用于从单细胞转录组数据中推断神经元间的通信网络	神经元间的通信网络及其在不同生物背景下的变化	生物信息学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及多个已发表的数据集和三种不同的神经组织数据集
27	2024-09-14	Single-cell gene regulatory network prediction by explainable AI 2023-02-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1212 PMID:36629274	研究论文	本文提出了一种可解释的深度学习方法scGeneRAI，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	本文提出的方法能够从单细胞层面重建基因调控网络，而现有最先进的方法只能预测细胞群体的平均网络	NA	通过单细胞基因调控网络的预测，揭示肿瘤细胞和正常上皮细胞的特征网络模式，并识别特定患者肿瘤细胞中的子网络	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	机器学习	肺癌	单细胞RNA测序	深度学习	基因数据	一组人类肺癌的单细胞RNA测序数据
28	2024-09-14	Pitfalls and opportunities for applying latent variables in single-cell eQTL analyses 2023-02-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02873-5 PMID:36823676	研究论文	本文探讨了在单细胞eQTL分析中应用潜在变量的陷阱和机遇	本文首次系统评估了PEER和PCA在单细胞eQTL分析中的表现，并提出了改进方法以提高eGenes的发现能力	本文主要集中在PEER和PCA方法的评估，未涵盖其他潜在变量方法	评估和改进在单细胞eQTL分析中使用潜在变量的方法	单细胞RNA-seq数据中的潜在变量应用	基因组学	NA	单细胞RNA-seq	PCA, PEER	基因表达数据	不同细胞类型的单细胞RNA-seq数据
29	2024-09-14	ASGARD is A Single-cell Guided Pipeline to Aid Repurposing of Drugs 2023-02-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36637-3 PMID:36813801	研究论文	提出了一种名为ASGARD的单细胞引导药物再利用管道，通过定义药物评分来推荐药物，考虑所有细胞簇以解决每个患者内的细胞间异质性	ASGARD在单药治疗方面显示出比基于大量细胞的药物再利用方法更好的平均准确性，并且在细胞簇级别的预测方法中也表现出色	NA	开发一种用于精准医学的单细胞引导药物再利用推荐工具	单细胞RNA测序数据和药物再利用	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	Triple-Negative-Breast-Cancer患者样本
30	2024-09-14	Single-cell biological network inference using a heterogeneous graph transformer 2023-02-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36559-0 PMID:36810839	研究论文	本文介绍了一种用于从单细胞多组学数据中推断生物网络的深度学习方法DeepMAPS	DeepMAPS通过使用异构图和多头图变换器，在局部和全局上下文中学习细胞和基因之间的关系，从而有效地推断不同细胞类型中的活性生物网络及其对外部刺激的响应	NA	开发一种能够从单细胞多组学数据中有效推断生物网络的工具	单细胞多组学数据中的生物网络	机器学习	NA	单细胞多组学	多头图变换器	单细胞多组学数据	包括肺肿瘤白细胞CITE-seq数据和匹配的弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤scRNA-seq和scATAC-seq数据
31	2024-09-14	Cell-type deconvolution of bulk RNA-Seq from kidney using opensource bioinformatic tools 2023-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.13.528258 PMID:36824792	研究论文	本文介绍了一种利用开源生物信息学工具从肾脏组织中进行bulk RNA-Seq细胞类型反卷积的方法	提出了一种用户友好的开源方法，利用已发表的单细胞RNA-Seq数据作为参考，评估bulk RNA-Seq数据中异质组织的细胞类型组成	该方法依赖于已有的单细胞RNA-Seq数据作为参考，可能不适用于所有类型的组织或样本	旨在解决传统bulk RNA-Seq无法评估异质组织中细胞类型组成的问题，以区分生物差异和技术差异	研究对象为雌性和雄性狒狒的肾脏皮质bulk RNA-Seq数据	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	雌性狒狒样本8个，雄性狒狒样本9个
32	2024-09-14	Modeling Blast Crisis Using Mutagenized Chronic Myeloid Leukemia-Derived Induced Pluripotent Stem Cells (iPSCs) 2023-02-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12040598 PMID:36831265	研究论文	本文通过使用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟慢性髓性白血病（CML）的进展，特别是爆炸危机（BC-CML），以识别新的治疗靶点	首次使用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟慢性髓性白血病（CML）的进展，并识别出CD25作为CML进展的标志物	研究仅限于体外实验，尚未在临床上验证	模拟CML的进展并识别新的治疗靶点	慢性髓性白血病（CML）的诱导多能干细胞（iPSCs）	细胞生物学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三组CML来源的iPSC细胞系，分别进行60天的ENU处理，并在造血分化第12天进行分析
33	2024-09-14	Inducible disruption of Tet genes results in myeloid malignancy, readthrough transcription, and a heterochromatin-to-euchromatin switch 2023-02-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2214824120 PMID:37406303	研究论文	本文研究了在小鼠基因组中诱导性删除所有三个TET基因对骨髓恶性肿瘤、转录通读和异染色质到常染色质转换的影响	本文首次揭示了TET酶在DNA去甲基化之外的作用，包括增加转录通读和改变三维基因组组织	本文主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究TET酶缺乏对体内基因表达和基因组组织的影响	小鼠基因组中的TET基因和骨髓细胞	NA	血液系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个骨髓细胞样本
34	2024-09-14	Single-Cell Transcriptomic Profiling of the Mouse Testicular Germ Cells Reveals Important Role of Phosphorylated GRTH/DDX25 in Round Spermatid Differentiation and Acrosome Biogenesis during Spermiogenesis 2023-Feb-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24043127 PMID:36834539	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析小鼠睾丸生殖细胞，揭示了磷酸化GRTH/DDX25在圆形精子细胞分化和顶体生物发生中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序分析了野生型、敲除和敲入小鼠的睾丸细胞，揭示了磷酸化GRTH在精子细胞分化和顶体形成中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探讨GRTH在不同精子发生阶段对生殖细胞发育的影响	小鼠睾丸生殖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	野生型、敲除和敲入小鼠的睾丸细胞
35	2024-09-14	Combined Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal the Metabolic Evolvement of Breast Cancer during Early Dissemination 2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202205395 PMID:36594618	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了乳腺癌早期扩散过程中代谢变化的动态过程	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了乳腺癌细胞在早期扩散过程中从糖酵解向氧化磷酸化的转变	研究样本量较小，仅包括四名乳腺癌患者及其配对的转移性腋窝淋巴结	揭示乳腺癌早期扩散过程中的代谢变化	乳腺癌细胞及其在早期扩散过程中的代谢变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学	NA	转录组数据	65,968个细胞，来自四名乳腺癌患者及其配对的转移性腋窝淋巴结
36	2024-09-14	TCR-engineered adoptive cell therapy effectively treats intracranial murine glioblastoma 2023-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-006121 PMID:36808076	研究论文	本文研究了TCR工程化的细胞疗法在治疗小鼠脑胶质母细胞瘤中的有效性	首次在临床前胶质瘤模型中生成了针对内源性新抗原的TCR转基因小鼠，并展示了新抗原特异性T细胞的转移治疗潜力	MISTIC T细胞疗法在具有异质性mImp3表达的肿瘤小鼠中失效，展示了靶向治疗在多克隆人类肿瘤中的障碍	研究TCR工程化细胞疗法在治疗脑胶质母细胞瘤中的潜力	小鼠脑胶质母细胞瘤模型GL261	数字病理学	脑胶质母细胞瘤	单细胞PCR、流式细胞术、单细胞RNA测序、全外显子和RNA测序	TCR转基因小鼠	基因组数据	多个GL261-bearing小鼠样本
37	2024-09-14	Human ureteric bud organoids recapitulate branching morphogenesis and differentiate into functional collecting duct cell types 2023-02, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01429-5 PMID:36038632	研究论文	本文描述了从人类多能干细胞（hPSCs）高效、无血清分化为输尿管芽（UB）类器官和功能性集合管细胞的方法	本文首次展示了从hPSCs高效分化为UB类器官和功能性集合管细胞，并展示了其在三维基质中形成分支形态发生的能力	NA	研究旨在开发一种高效的方法，将人类多能干细胞分化为功能性输尿管和集合管上皮细胞，以促进肾脏再生医学	人类多能干细胞（hPSCs）及其分化产物输尿管芽（UB）类器官和集合管细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
38	2024-09-13	Batch alignment of single-cell transcriptomics data using deep metric learning 2023-02-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36635-5 PMID:36810607	研究论文	本文开发了一种基于深度度量学习的scRNA-seq数据批次对齐模型scDML	scDML能够去除批次效应，提高聚类性能，准确恢复真实细胞类型，并在不同物种和组织中表现优于现有方法	NA	解决scRNA-seq数据中的批次效应问题，提高细胞类型检测的准确性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	深度度量学习	深度度量学习模型	转录组数据	涉及不同物种和组织的多个数据集
39	2024-09-13	Spatial transcriptomics analysis of zone-dependent hepatic ischemia-reperfusion injury murine model 2023-02-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04564-0 PMID:36804628	研究论文	本研究结合组织病理学检查与空间转录组学，分析了小鼠肝脏缺血再灌注损伤模型的区域依赖性损伤模式及其相关分子变化	揭示了肝组织中对缺血再灌注损伤最敏感的区域，并预测了celastrol通过诱导缺血预处理来保护肝脏免受缺血再灌注损伤的机制	NA	探讨缺血再灌注损伤与肝脏异质性之间的关系	小鼠肝脏缺血再灌注损伤模型	数字病理学	肝脏疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
40	2024-09-13	Single-cell pair-wise relationships untangled by composite embedding model 2023-Feb-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106025 PMID:36824286	研究论文	本文提出了一种名为SPRUCE的可扩展机器学习方法，用于解析单细胞RNA-seq数据中的细胞间通信模式	本文提出的SPRUCE方法能够系统地确定单细胞RNA-seq数据中的常见细胞间通信模式，并揭示了肿瘤异质性的一部分可以通过差异交互模式而非静态标记基因表达来更好地理解	NA	研究肿瘤微环境中的细胞间通信模式	乳腺癌数据集中的细胞间通信模式	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA-seq	复合嵌入模型	RNA-seq数据	多个乳腺癌数据集