单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-08-05	Single-cell RNA-seq uncovers cellular heterogeneity and provides a signature for paediatric sleep apnoea 2023-02, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01465-2022 PMID:36356973	研究论文	这篇文章通过单细胞转录组学分析揭示了阻塞性睡眠呼吸暂停（OSA）对外周血单核细胞（PBMC）构成的影响	提出了一个由32个基因组成的分子特征，可以精确区分OSA患者与各种对照组	文章未详细讨论样本大小和选取的具体标准	研究OSA对循环免疫细胞异质性的影响	外周血单核细胞（PBMC）	数字病理学	睡眠呼吸暂停	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	基因表达数据	独立PBMC大规模RNA表达数据集
282	2024-08-05	Human scattered tubular cells represent a heterogeneous population of glycolytic dedifferentiated proximal tubule cells 2023-02, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6029 PMID:36373978	研究论文	本研究表征了人类的散布管细胞（STCs）群体，这是一种在急性肾损伤后数量增加的特殊细胞群体	本研究首次揭示了人类STCs是异质性群体，并表明其代谢向糖酵解转变，可能促进肾损伤后的细胞存活	研究主要集中于人类STCs的特征，缺乏对其他类型肾细胞的全面比较	研究人类散布管细胞（STCs）的特征及其在肾损伤中的角色	研究对象为散布管细胞和肾小管上皮细胞	数字病理	肾脏疾病	RNA测序	NA	组织样本	分析了若干人类肾组织样本
283	2024-08-08	Single-cell atlas of epithelial and stromal cell heterogeneity by lobe and strain in the mouse prostate 2023-02, The Prostate DOI:10.1002/pros.24460 PMID:36373171	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了两种常用小鼠品系（FVB/NJ和C57BL/6J）的6个月龄小鼠前列腺中不同前列腺叶的细胞转录组	揭示了基底细胞和腔细胞在小鼠品系和前列腺叶之间存在特定的转录组差异，并发现了三种稀有的独立于品系和叶的细胞群	NA	评估组织微环境中细胞类型的复杂相互作用，以理解前列腺疾病的发生和发展及干预机会	小鼠前列腺中的上皮细胞和基质细胞	数字病理学	前列腺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	FVB/NJ品系2只小鼠，C57BL/6J品系3只小鼠，每只小鼠的前列腺分为前叶、背叶、侧叶和腹叶
284	2024-08-08	Cancer-associated fibroblasts potentiate colorectal cancer progression by crosstalk of the IGF2-IGF1R and Hippo-YAP1 signaling pathways 2023-02, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6033 PMID:36373776	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过IGF2-IGF1R和Hippo-YAP1信号通路的交叉对话促进结直肠癌（CRC）进展的新分子机制	发现CAFs分泌的胰岛素样生长因子2（IGF2）通过激活IGF1R和YAP1信号通路促进CRC的肿瘤生长、迁移和侵袭	NA	阐明CAF分泌的IGF2在结直肠癌发生中的新分子机制	癌症相关成纤维细胞（CAFs）和结直肠癌细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	HCT 116和DLD-1细胞，CRC类器官和体内研究
285	2024-08-08	C1Q labels a highly aggressive macrophage-like leukemia population indicating extramedullary infiltration and relapse 2023-02-16, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2022017046 PMID:36322939	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别并验证了一种表达C1Q的巨噬细胞样白血病亚群，该亚群与急性髓系白血病（AML）的髓外浸润（EMI）和复发有关。	首次发现C1Q标记的巨噬细胞样白血病亚群与AML的髓外浸润和复发密切相关，并揭示了其分子机制和潜在的治疗靶点。	研究主要基于单个病例和少数患者的数据，需要进一步的大规模临床验证。	探讨AML中髓外浸润的分子机制及其与不良预后的关系。	急性髓系白血病患者及其骨髓和髓外浸润样本。	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个AML患者样本
286	2024-08-05	Distinct Mechanisms of Mismatch-Repair Deficiency Delineate Two Modes of Response to Anti-PD-1 Immunotherapy in Endometrial Carcinoma 2023-02-06, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-0686 PMID:36301137	研究论文	本研究探讨了错配修复缺陷（MMRd）子类型在对抗PD-1免疫治疗中的不同反应机制	揭示了突变型与表观遗传型MMRd肿瘤在抗肿瘤免疫方面的不同机制和细胞特征	样本量较小，且仅覆盖两种类型的MMRd肿瘤	研究MMRd子型在抗PD-1免疫治疗中的反应差异	24名MMRd子型的子宫内膜癌患者	NA	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	细胞、基因组数据	24名MMRd子宫内膜癌患者
287	2024-08-05	Adenovirus-mediated Overexpression of FcγRIIB Attenuates Pulmonary Inflammation and Fibrosis 2023-02, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2022-0056OC PMID:36227848	研究论文	该文章研究了FcγRIIB在促进肺炎和纤维化中的保护作用。	该研究首次揭示了FcγRIIB在PF-ILDs中的重要作用，并通过腺病毒过表达提供了潜在的治疗策略。	研究中未明确探讨FcγRIIB在其他类型肺病中的角色。	探讨FcγRIIB在进行性纤维间质肺病中的作用及其作为治疗靶点的潜力。	研究对象为人类和小鼠肺中的FcγRIIB的表达及其功能。	数字病理学	肺纤维化	单细胞转录组学、腺病毒介导的基因过表达	小鼠模型	生物样本（肺组织）	包括三种遗传模型和一个治疗模型的小鼠
288	2024-08-08	Immunomodulatory Biomaterials and Emerging Analytical Techniques for Probing the Immune Micro-Environment 2023-02, Tissue engineering and regenerative medicine IF:4.4Q2 DOI:10.1007/s13770-022-00491-z PMID:36241939	综述	本文综述了生物材料植入后对局部免疫微环境的影响及其在组织修复或再生中的应用，特别讨论了单细胞RNA测序技术在软组织再生领域的应用潜力	本文首次全面讨论了单细胞RNA测序技术在生物材料诱导的免疫微环境中的应用，为设计免疫调节生物材料提供了参考	单细胞RNA测序技术在软组织再生领域的应用尚未得到充分开发	探讨生物材料对局部免疫微环境的影响及其在组织修复或再生中的应用	生物材料及其诱导的免疫微环境	生物材料	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
289	2024-08-08	Cntnap2-dependent molecular networks in autism spectrum disorder revealed through an integrative multi-omics analysis 2023-02, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-022-01822-1 PMID:36253443	研究论文	本研究通过综合多组学分析，揭示了自闭症谱系障碍中Cntnap2依赖的分子网络	首次通过结合Cntnap2敲除小鼠的定量蛋白质组代谢组数据与自闭症患者的多种组学数据，构建了Cntnap2相关的自闭症网络模型	研究主要集中在Cntnap2基因上，可能无法全面代表所有自闭症谱系障碍的分子机制	阐明自闭症谱系障碍中Cntnap2依赖的分子网络	Cntnap2敲除小鼠、自闭症患者及前脑类器官	生物信息学	自闭症谱系障碍	质谱分析	NA	蛋白质组学、代谢组学、转录组学	Cntnap2敲除小鼠、自闭症患者及前脑类器官样本
290	2024-08-05	A Survey on Methods for Predicting Polyadenylation Sites from DNA Sequences, Bulk RNA-seq, and Single-cell RNA-seq 2023-02, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2022.09.005 PMID:36167284	研究论文	本文全面概述了从DNA序列、整体RNA测序和单细胞RNA测序中预测聚腺苷酸化位点的方法	提出了评估不同工具预测的聚腺苷酸化位点可靠性的方法和选择适当方法的实用指南	研究中未提及对所讨论工具和方法的具体性能评估结果	探讨聚腺苷酸化在基因调控中的机制，及其相关的计算预测工具	主要研究对象为基因组数据中的聚腺苷酸化位点	计算生物学	NA	RNA测序	机器学习	基因组数据	来自外周血单核细胞的整体RNA测序和单细胞RNA测序数据
291	2024-08-08	A Novel MIP-1-Expressing Macrophage Subtype in BAL Fluid from Healthy Volunteers 2023-02, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2021-0123OC PMID:36174229	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了来自健康志愿者的BAL液中的细胞异质性，特别是巨噬细胞的亚型。	首次在健康个体的BAL液中鉴定出表达MIP-1的巨噬细胞亚群，并通过RNA杂交和重新分析已发表的肺单细胞数据验证了这一亚群的存在。	组织可用性仍然是使用单细胞基因组技术研究人体健康和疾病中细胞异质性的重要限制因素。	研究健康个体肺部巨噬细胞的异质性，并为未来研究健康和疾病中的肺部环境提供资源。	来自健康志愿者的BAL液中的细胞，特别是巨噬细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	从四名健康志愿者的BAL液中分离出超过40,000个细胞
292	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Reveals New Basic and Translational Insights in the Cystic Fibrosis Lung 2023-02, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2022-0038TR PMID:36194688	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在囊性纤维化（CF）肺研究中的应用，揭示了新的细胞和分子机制	利用scRNA-seq技术揭示了CF肺病的新细胞和分子叙述，并探讨了未来利用单细胞技术进行临床应用的机会	NA	探讨scRNA-seq在CF肺病研究中的应用及未来临床应用的可能性	囊性纤维化肺病	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
293	2024-08-08	Mostly natural sequencing-by-synthesis for scRNA-seq using Ultima sequencing 2023-02, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01452-6 PMID:36109685	研究论文	本文介绍了一种基于Ultima基因组平台的单细胞RNA测序（scRNA-seq）的mostly natural sequencing-by-synthesis（mnSBS）方法，并系统地将其与当前的scRNA-seq技术进行比较	mnSBS方法使用大部分天然、未修饰的核苷酸和少量的荧光标记核苷酸，提高了聚合酶的进程性和降低了成本	mnSBS方法在读取位置相对于注释基因边界的结果与Illumina测序存在细微差异，因为Ultima的单端读取更接近基因末端	开发一种成本效益高的单细胞RNA测序方法	单细胞RNA测序技术及其在不同生物和技术类型中的应用	基因组学	NA	mostly natural sequencing-by-synthesis (mnSBS)	NA	RNA	包括来自单个个体的5'和3' scRNA-seq、人外周血单个核细胞以及Perturb-Seq等多种类型的样本
294	2024-08-08	Fc Fragment of IgE Receptor Ig (FCER1G) acts as a key gene involved in cancer immune infiltration and tumour microenvironment 2023-02, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13557 PMID:36054819	研究论文	本研究基于多个数据库探讨了FcεRIγ在多种肿瘤中的表达模式、预后价值及其在肿瘤增殖、转移中的作用，并分析了其基因组改变和DNA甲基化水平，同时评估了FcεRIγ与肿瘤微环境中免疫浸润细胞的关联及其在免疫检查点阻断治疗中的预测作用。	首次进行了FcεRIγ作为免疫相关基因的泛癌分析，并验证了其在肿瘤免疫治疗中的潜在价值。	NA	探讨FcεRIγ在多种肿瘤中的作用及其在肿瘤免疫学中的潜在价值。	FcεRIγ基因在肿瘤中的表达及其与肿瘤微环境和免疫治疗的关系。	数字病理学	NA	免疫组化染色、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种肿瘤类型的多个样本
295	2024-08-08	Epithelial cell-expressed type II IL-4 receptor mediates eosinophilic esophagitis 2023-02, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.15510 PMID:36070083	研究论文	本文研究了IL-4和IL-13在嗜酸性食管炎（EoE）中的作用，特别是通过IL-13Rα1介导的信号传导	首次明确IL-13通过IL-13Rα1在EoE中的作用，并提出II型IL-4R作为未来治疗目标	NA	探讨IL-4和IL-13在嗜酸性食管炎中的作用及IL-13Rα1的介导效应	嗜酸性食管炎（EoE）及其相关细胞和分子机制	NA	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括WT、Il13ra1-/-和Krt14Cre/Il13ra1fl/fl小鼠以及人类EoE活检样本
296	2024-08-05	Single-cell profiles reveal distinctive immune response in atopic dermatitis in contrast to psoriasis 2023-02, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.15486 PMID:35986602	研究论文	本研究探讨了特应性皮炎和银屑病患者的免疫反应差异	首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序揭示特应性皮炎与银屑病在疾病驱动细胞类型及亚型上的不同	缺乏对其他类型慢性炎症皮肤疾病的比较分析	探讨特应性皮炎与银屑病的炎症特征及其严重程度的关联	特应性皮炎和银屑病患者的免疫细胞	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序和TCR测序	NA	细胞数据	来自特应性皮炎和银屑病患者的皮肤活检和血液样本
297	2024-08-05	Integration of Computational Analysis and Spatial Transcriptomics in Single-cell Studies 2023-02, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2022.06.006 PMID:35901961	review	本文回顾了单细胞转录组学和空间转录组学的技术特点以及计算数据分析的核心概念	强调了数据整合方法的应用挑战和研究结果的生物学背景解读	缺乏针对具体细胞类型或疾病的详细实例分析	探讨单细胞转录组学和空间转录组学在健康和疾病中的基本生物学问题	单细胞RNA测序和空间转录组学	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	NA	NA
298	2024-08-08	A Fc-VEGF chimeric fusion enhances PD-L1 immunotherapy via inducing immune reprogramming and infiltration in the immunosuppressive tumor microenvironment 2023-Feb, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-022-03255-9 PMID:35895109	研究论文	本文研究了Fc-VEGF嵌合抗体药物通过诱导免疫重编程和浸润来增强PD-L1免疫疗法在免疫抑制性肿瘤微环境中的效果	Fc-VEGF嵌合抗体药物通过血管正常化和肿瘤微环境重编程，增强了免疫细胞的浸润，并抑制了M2巨噬细胞的分化和血管生成相关因子的分泌	NA	探索Fc-VEGF嵌合抗体药物如何通过血管正常化和肿瘤微环境重编程来增强免疫疗法的效果	Fc-VEGF嵌合抗体药物在肿瘤微环境中的作用机制及其对免疫细胞浸润的影响	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
299	2024-08-08	Single-cell analysis of peripheral CD8+ T cell responses in patients receiving checkpoint blockade immunotherapy for cancer 2023-Feb, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-022-03263-9 PMID:35907015	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序结合T细胞受体测序技术，分析了接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者外周血中CD8+ T细胞的反应	首次详细描述了免疫检查点抑制剂治疗前后，患者外周血中CD8+ T细胞的转录组变化，并发现这些变化与患者的生存期相关	研究样本量较小，且结果在更大规模患者群体中的预测能力有待验证	探讨免疫检查点抑制剂治疗对癌症患者外周血中CD8+ T细胞反应的影响及其与临床疗效的关系	接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者外周血中的CD8+ T细胞	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	53名癌症患者
300	2024-08-08	Shh activation restores interneurons and cognitive function in newborns with intraventricular haemorrhage 2023-02-13, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awac271 PMID:35867870	研究论文	本文研究了早产儿脑室内出血（IVH）后认知功能障碍的机制，并探讨了Sonic Hedgehog信号通路的激活对神经发生和认知功能的恢复作用。	首次揭示了IVH通过下调Sonic Hedgehog信号通路减少内侧豆状核神经元前体细胞的数量，并提出通过激活该信号通路恢复神经发生和认知功能的治疗策略。	研究主要基于早产兔模型和人类早产儿尸检样本，需要进一步的人体临床试验验证。	探讨IVH对早产儿神经行为功能的影响及其机制，并评估Sonic Hedgehog信号通路激活的治疗潜力。	早产儿脑室内出血（IVH）及其对神经行为功能的影响。	神经科学	新生儿疾病	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	包括早产兔模型和人类早产儿尸检样本