单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 307 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-05 |
Central lung gene expression associates with myofibroblast features in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-02, BMJ open respiratory research
IF:3.6Q1
DOI:10.1136/bmjresp-2022-001391
PMID:36725082
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研究论文 | 本文探讨了特发性肺纤维化中，中心肺组织的基因表达与肌成纤维细胞特征之间的关系 | 通过RNA测序揭示了中心IPF肺组织中的独特基因表达特征，并与疾病进展相关联 | 本研究未阐明所观察到的基因表达变化的具体机制 | 旨在确定特发性肺纤维化中心和外周肺组织中细胞类型间的关系 | 特发性肺纤维化中心和外周的肺组织样本 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了成对的特发性肺纤维化中心和外周肺组织样本以及非特发性肺组织 |
| 222 | 2024-08-05 |
Tumor stemness score to estimate epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) and cancer stem cells (CSCs) characterization and to predict the prognosis and immunotherapy response in bladder urothelial carcinoma
2023-02-01, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-023-03239-1
PMID:36721217
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研究论文 | 该研究通过肿瘤干性评分来评估膀胱尿路癌中的上皮-间充质转化和癌症干细胞特征，并预测预后和免疫治疗反应 | 建立了一个肿瘤干性评分系统，通过分析不同的EMT过程和CSC特征，提供了肿瘤侵袭和转移机制的更好理解 | NA | 研究膀胱尿路癌中肿瘤干性、EMT及其与免疫治疗反应的关系 | 膀胱尿路癌患者的肿瘤样本及细胞系 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序，实时定量PCR，RNA-seq | NA | 细胞样本和基因表达数据 | 3846 BLCA细胞，6个细胞系，1627 BLCA样本，以及来自32种其他类型肿瘤的9858个样本 |
| 223 | 2024-08-08 |
Additive efficacy of a bispecific anti-TNF/IL-6 nanobody compound in translational models of rheumatoid arthritis
2023-02, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abq4419
PMID:36724239
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研究论文 | 研究双特异性抗TNF/IL-6纳米抗体化合物在类风湿性关节炎转化模型中的加性疗效 | 开发了一种双特异性抗TNF/IL-6纳米抗体化合物，显示出比单特异性治疗更好的疗效 | NA | 探讨同时抑制TNF和IL-6是否能提高治疗类风湿性关节炎的疗效 | 类风湿性关节炎患者和胶原诱导性关节炎小鼠模型 | 生物医学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自类风湿性关节炎患者的成纤维样滑膜细胞和T细胞 |
| 224 | 2024-08-08 |
VSELs and OSCs together sustain oogenesis in adult ovaries and their dysfunction results in age-related senescence, PCOS, POI and cancer
2023-Feb-01, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-022-01093-y
PMID:36726163
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研究论文 | 本文通过重新分析单细胞RNA测序数据，成功检测到卵巢干细胞（OSCs）和减数分裂标记，支持成年人类卵巢中的新卵子发生。同时，详细研究了卵巢表面上皮细胞（OSE）涂片，揭示了VSELs/OSCs在生理条件下的新功能。 | 本文首次通过先进的软件重新分析单细胞RNA测序数据，成功检测到卵巢干细胞（OSCs）和减数分裂标记，支持成年人类卵巢中的新卵子发生。此外，详细研究了VSELs/OSCs在生理条件下的功能，揭示了其在卵巢功能维持中的重要作用。 | 本文对VSELs的生物学相关性及其与OSCs的关系仍持批评态度，需要进一步的研究来证实这些发现。 | 研究卵巢干细胞（VSELs和OSCs）在成年卵巢中的功能及其在卵巢疾病中的作用。 | 卵巢干细胞（VSELs和OSCs）及其在成年卵巢中的功能。 | 数字病理学 | 卵巢疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 细胞 | 小鼠和人类卵巢样本 |
| 225 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals homogeneous transcriptome patterns and low variance in a suspension CHO-K1 and an adherent HEK293FT cell line in culture conditions
2023-Feb-20, Journal of biotechnology
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.jbiotec.2023.01.006
PMID:36708997
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研究论文 | 本研究使用全长覆盖的单细胞RNA测序技术，比较了悬浮CHO-K1和贴壁HEK293FT细胞在标准化和均质培养条件下的转录组多样性 | 首次详细分析了在标准化培养条件下，悬浮CHO-K1和贴壁HEK293FT细胞的单细胞转录组模式和变异 | 研究主要集中在细胞周期对转录组变异的影响，未深入探讨其他潜在的环境因素 | 探究重组哺乳动物宿主细胞系在工业生产治疗性蛋白质中的转录组多样性和变异机制 | 悬浮CHO-K1和贴壁HEK293FT细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 四个96孔板的CHO-K1单细胞 |
| 226 | 2024-08-08 |
The Transcriptional Response to Lung-Targeting Lipid Nanoparticles in Vivo
2023-02-08, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.2c04479
PMID:36701517
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研究论文 | 研究了带电脂质纳米粒子（LNPs）在肺部递送mRNA时的转录反应 | 首次详细研究了带电LNPs在肺部递送mRNA时的生物学反应，并使用单细胞RNA测序技术进行了转录组分析 | 研究仅限于特定的137种LNPs和19种细胞类型，可能无法完全代表所有LNPs的反应 | 评估带电LNPs在肺部递送mRNA时的细胞反应差异 | 137种LNPs和19种细胞类型 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 835条潜在通路中，27条在肺部上调，其中19条与RNA或蛋白质代谢相关 |
| 227 | 2024-08-05 |
Endoderm-derived islet1-expressing cells differentiate into endothelial cells to function as the vascular HSPC niche in zebrafish
2023-02-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.12.013
PMID:36693371
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研究论文 | 本研究揭示了内源性islet1表达细胞如何分化为内皮细胞并在斑马鱼中作为血管HSPC生态位的功能 | 发现内源性islet1表达细胞是 venous 内皮细胞的前体，从而揭示了内皮细胞的特殊化与其来源之间的关系 | 研究仅局限于斑马鱼胚胎，尚未验证在其他物种中的普适性 | 探讨内皮细胞如何获得其特定功能及其在血液干细胞生态位中的角色 | 以斑马鱼胚胎中的内源性islet1表达细胞为研究对象 | 数字病理学 | NA | 活体成像、单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 斑马鱼胚胎样本数不明确 |
| 228 | 2024-08-08 |
BLTSA: pseudotime prediction for single cells by branched local tangent space alignment
2023-02-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad054
PMID:36692140
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研究论文 | 本文提出了一种名为BLTSA的方法，用于推断多分支轨迹中单细胞的伪时间 | BLTSA方法通过识别轨迹中的尖端和分支细胞，并基于局部欧几里得邻域确定局部坐标，最后通过对齐局部坐标来获得所有单细胞的全局坐标，从而在处理单细胞数据的高噪声水平方面具有优势 | NA | 研究基于基因表达模式的细胞分化轨迹中的细胞伪时间计算推断方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞动态过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个模拟数据集和五个真实数据集 |
| 229 | 2024-08-05 |
Roadmap of the Early Events of In Vivo Somatic Cell Reprogramming
2023-02, Cellular reprogramming
IF:1.2Q4
DOI:10.1089/cell.2022.0160
PMID:36695734
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研究论文 | 本研究揭示了小鼠胰腺在部分重编程过程中转录动态的早期事件 | 研究发现胰腺中部分重编程后的转录组特征在多种组织中存在保守途径，指向早期重编程、再生和年轻化的关键过程 | NA | 探讨体内体细胞重编程的早期事件及其转录动态 | 小鼠胰腺及其他组织在OSKM诱导下的转录组特征 | 生物医学 | NA | 单细胞转录组学和成像技术 | NA | 转录组数据 | 小鼠胰腺样本 |
| 230 | 2024-08-08 |
Increased CYR61 expression activates CCND1/c-Myc pathway to promote nasal epithelial cells proliferation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2023-02, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2023.109235
PMID:36681101
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研究论文 | 本研究探讨了CYR61、CCND1和c-Myc在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中的表达及其作用 | 发现CYR61通过上调CCND1和c-Myc水平促进鼻上皮细胞增殖，并能与ITGA2相互作用 | NA | 探索CYR61、CCND1和c-Myc在CRSwNP中的表达及其对鼻上皮细胞增殖的影响 | CYR61、CCND1、c-Myc以及鼻上皮细胞 | NA | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、实时PCR、双标记免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 鼻组织样本及人鼻上皮细胞（HNEC） |
| 231 | 2024-08-05 |
Integrated single-cell profiling dissects cell-state-specific enhancer landscapes of human tumor-infiltrating CD8+ T cells
2023-02-16, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2022.12.029
PMID:36657444
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研究论文 | 本文通过单细胞染色质分析揭示了人类肿瘤浸润CD8+ T细胞的细胞状态特异性增强子景观 | 本研究识别了四种癌症类型中功能性和功能障碍CD8 TIL状态的基因调控景观，并揭示了增强子-启动子相互作用及其在TIL功能障碍中的共同染色质轨迹 | 对人类肿瘤浸润淋巴细胞的异质性功能和功能障碍状态的转录调控仍未完全了解 | 本研究旨在揭示人类肿瘤浸润淋巴细胞中的细胞状态特异性基因调控线索 | 研究对象为人类肿瘤浸润的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肿瘤 | CRISPR | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 覆盖四种癌症类型的多个肿瘤实体匹配样本 |
| 232 | 2024-08-05 |
Type 2 diabetes candidate genes, including PAX5, cause impaired insulin secretion in human pancreatic islets
2023-02-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI163612
PMID:36656641
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研究论文 | 本研究识别了与2型糖尿病（T2D）相关的人类胰腺岛候选基因，揭示了其对胰岛素分泌的影响 | 首次发现PAX5等新基因在2型糖尿病的胰岛素分泌损伤中的关键作用 | 研究主要基于人类胰腺岛细胞，缺乏对其他组织或细胞类型的验证 | 研究识别与2型糖尿病相关的候选基因及其在病理生理学中的作用 | 约300个个体的人类胰腺岛 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠基因敲除模型 | 基因表达数据 | 约300个个体的人类胰腺岛样本 |
| 233 | 2024-08-08 |
Efficacy, Mechanism, and Structure-Activity Relationship of 6-Methoxy Benzofuran Derivatives as a Useful Tool for Senile Osteoporosis
2023-02-09, Journal of medicinal chemistry
IF:6.8Q1
DOI:10.1021/acs.jmedchem.2c01377
PMID:36662031
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research paper | 本研究探讨了6-甲氧基苯并呋喃衍生物对老年骨质疏松症的治疗和预防效果及其作用机制和结构活性关系 | 发现6-甲氧基苯并呋喃衍生物在促进骨形成方面比传统药物和特立帕肽更有效 | NA | 研究6-甲氧基苯并呋喃衍生物作为老年骨质疏松症治疗药物的效能和机制 | 老年骨质疏松症 | NA | 老年疾病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了老年C57和SAMP-6小鼠模型以及斑马鱼骨质疏松模型 |
| 234 | 2024-08-05 |
Adversarial dense graph convolutional networks for single-cell classification
2023-02-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad043
PMID:36661313
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研究论文 | 本文提出了一种对抗稠密图卷积网络架构用于单细胞分类 | 引入了稠密连接机制和基于注意力的特征聚合以增强特征学习，并使用特征重建模块来保持原始数据的特征 | NA | 在单细胞转录组学应用中有效识别多细胞生物中的细胞类型及基因关系的深入研究 | 单细胞分类 | 数字病理学 | NA | 对抗学习 | 稠密图卷积网络 | NA | NA |
| 235 | 2024-08-08 |
Matching queried single-cell open-chromatin profiles to large pools of single-cell transcriptomes and epigenomes for reference supported analysis
2023-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277015.122
PMID:36653120
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研究论文 | 本文介绍了scEpiSearch工具，该工具能够搜索、比较和独立分类单细胞开放染色质 profiles，与大量单细胞表达和开放染色质数据集进行匹配 | scEpiSearch在搜索准确性和单细胞 profiles 的低维共嵌入方面优于多种方法，不受平台和物种限制 | NA | 开发新的方法和搜索工具，以实现对单细胞 transcriptome 和 epigenome 数据集的真正利用 | 单细胞开放染色质 profiles 与大量参考细胞的匹配 | 生物信息学 | 急性白血病 | NA | NA | 单细胞数据 | 包括K562细胞、急性白血病患者样本和胚胎干细胞(ESCs)的单细胞开放染色质 profiles |
| 236 | 2024-08-05 |
Hyperprogression of cutaneous T cell lymphoma after anti-PD-1 treatment
2023-02-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.164793
PMID:36649072
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研究论文 | 本研究探讨了在抗PD-1治疗后皮肤T细胞淋巴瘤患者的超进展现象 | 本研究提供了PD-1作为肿瘤抑制因子在恶性T细胞中的作用的新证据 | 样本仅来自单个患者，缺乏大规模临床验证 | 揭示抗PD-1治疗导致T细胞恶性肿瘤超进展的机制 | 来自一名晚期皮肤T细胞淋巴瘤患者的原发恶性T细胞 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序、全基因组测序、全外显子测序 | NA | 基因组数据 | 1名患者的恶性T细胞 |
| 237 | 2024-08-08 |
Skin programming of inflammatory responses to Staphylococcus aureus is compartmentalized according to epidermal keratinocyte differentiation status
2023-02-22, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljac088
PMID:36637891
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研究论文 | 本文探讨了表皮角质形成细胞分化状态对金黄色葡萄球菌炎症反应的皮肤编程的影响 | 首次详细研究了角质形成细胞分化状态与皮肤微生物群之间的相互作用，并探讨了这些相互作用如何影响抗菌反应 | 研究主要集中在体外模型上，可能与体内实际情况存在差异 | 验证皮肤微生物群是否参与调节角质形成细胞分化并影响抗菌反应 | 表皮模型在共生菌（表皮葡萄球菌）和病原菌（金黄色葡萄球菌）挑战下的反应 | NA | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6391个角质形成细胞，来自对照组（2044个细胞）、表皮葡萄球菌挑战组（2028个细胞）和金黄色葡萄球菌挑战组（2319个细胞） |
| 238 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis identifies Versican(+) myofibroblast as a hallmark for thoracic aortic aneurysm marked by activation of PI3K-AKT signaling pathway
2023-02-05, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.12.086
PMID:36621113
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，识别出Versican阳性肌成纤维细胞作为胸主动脉瘤的标志，并发现PI3K-AKT信号通路的激活与此相关 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出Versican阳性肌成纤维细胞作为胸主动脉瘤的典型细胞标志，并揭示了PI3K-AKT信号通路的激活在其中的作用 | 研究样本量相对较小，可能需要进一步扩大样本以验证结果的普遍性 | 探究胸主动脉瘤的分子机制，并寻找新的预防和治疗方法 | 胸主动脉瘤的细胞类型及其分子机制 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 共使用了3个对照组和8个胸主动脉瘤样本，涉及48,128个胸主动脉细胞 |
| 239 | 2024-08-05 |
Robust single-cell matching and multimodal analysis using shared and distinct features
2023-02, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01709-7
PMID:36624212
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MARIO的细胞匹配算法，用于多模态数据分析 | 该算法同时考虑了共享特征和独特特征，能够避免亚优匹配 | 该研究中没有具体提及算法在其他细胞类型匹配上的表现 | 旨在提高单细胞数据在多种实验来源下的对齐能力 | 主要研究对象为单细胞蛋白质组和多模态方法的数据 | 数字病理 | COVID-19 | 单细胞蛋白质组学 | NA | 多模态数据，包括空间技术 | 通过对COVID-19肺部尸检的组织巨噬细胞和支气管肺泡灌洗液中恢复的巨噬细胞进行匹配 |
| 240 | 2024-08-05 |
SP1 impacts the primordial to primary follicle transition by regulating cholesterol metabolism in granulosa cells
2023-02, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201274RR
PMID:36624701
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子SP1在卵巢原始到初级卵泡转变中的作用 | 该研究首次揭示了SP1通过调控胆固醇代谢在卵细胞中的重要性 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全代表其他物种的生物学机制 | 探索SP1在调控卵巢原始到初级卵泡转变中的作用 | 主要研究卵巢中颗粒细胞的胆固醇代谢和原始卵泡转变 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 研究使用了小鼠样本 |