单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2025-12-14
Single-cell profiling of alveolar rhabdomyosarcoma reveals RAS pathway inhibitors as cell-fate hijackers with therapeutic relevance
2023-02-10, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 本文通过单细胞RNA测序等技术揭示了肺泡型横纹肌肉瘤的细胞异质性,并发现RAS通路抑制剂能诱导肿瘤细胞向有利分化方向转变,具有治疗潜力 首次结合单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和高内涵成像解析aRMS的细胞层次,并筛选出能“劫持”肿瘤细胞命运的RAS通路抑制剂组合 研究主要基于患者来源的原代培养细胞,体内验证和临床转化仍需进一步探索 探究肺泡型横纹肌肉瘤的细胞异质性、发育停滞机制及潜在治疗靶点 患者来源的原代肺泡型横纹肌肉瘤细胞 数字病理学 横纹肌肉瘤 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 高内涵成像 NA 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 图像数据 患者来源的原代培养细胞(具体数量未明确) NA 单细胞RNA-seq NA NA
2 2025-11-27
Meta-Analysis of Human Cancer Single-Cell RNA-Seq Datasets Using the IMMUcan Database
2023-02-03, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 本文介绍了IMMUcan scDB数据库的开发与应用,这是一个专门用于人类癌症单细胞RNA测序数据的集成数据库 开发了首个专门针对人类癌症的单细胞RNA测序数据库,包含144个数据集和56种癌症类型,提供详细的临床、技术和生物学注释 数据库主要基于已发表研究,可能受原始数据质量和研究异质性的限制 通过整合和分析多个人类癌症单细胞RNA测序数据集,促进肿瘤微环境的研究 人类癌症单细胞RNA测序数据 生物信息学 癌症 单细胞RNA测序 细胞本体分类器 单细胞RNA测序数据 144个数据集,涵盖56种不同癌症类型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3 2025-10-05
Treatment of HCC with claudin-1-specific antibodies suppresses carcinogenic signaling and reprograms the tumor microenvironment
2023-02, Journal of hepatology IF:26.8Q1
研究论文 本研究通过靶向非连接性Claudin-1的单克隆抗体治疗肝细胞癌,揭示了其抑制肿瘤生长和重塑肿瘤微环境的作用机制 首次探索非连接性Claudin-1作为肝细胞癌治疗靶点的潜力,并开发特异性靶向该蛋白的人源化单克隆抗体 目前仍处于临床前研究阶段,尚未进行人体临床试验 研究Claudin-1作为肝细胞癌治疗靶点的可行性和作用机制 肝细胞癌患者来源的细胞模型和动物模型 肿瘤免疫学 肝细胞癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 大量患者来源的细胞系异种移植模型和患者来源的异种移植小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
4 2025-10-06
Probing regenerative heterogeneity of corticospinal neurons with scRNA-Seq
2023-Feb-21, Research square
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序探究皮质脊髓神经元在脊髓损伤后再生能力的异质性 首次使用基于贴片的scRNA-Seq对稀有再生神经元进行深度测序,发现抗氧化反应和线粒体生物合成在再生中的关键作用,并开发了再生分类器 仅对数百个表型鉴定的CST神经元进行测序,样本规模有限 探究皮质脊髓神经元再生能力的异质性机制 皮质脊髓神经元 单细胞基因组学 脊髓损伤 单细胞RNA测序,生物信息学分析,条件性基因敲除 监督分类方法(Garnett) 单细胞转录组数据 数百个表型鉴定的CST神经元 NA 单细胞RNA测序 NA 基于贴片的单细胞RNA测序
5 2025-10-06
CPA-Perturb-seq: Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators
2023-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了CPA-Perturb-seq方法,通过多重单细胞扰动筛选研究多聚腺苷酸化调控机制 首次将多重扰动筛选与3'单细胞RNA测序结合,开发了APARENT-Perturb深度学习模型解析调控代码 仅研究了42个已知CPA调控因子,可能遗漏其他重要调控因子 理解多聚腺苷酸化调控蛋白如何控制polyA位点选择 哺乳动物基因的多聚腺苷酸化调控机制 单细胞基因组学 NA 单细胞RNA测序,深度学习 多任务深度神经网络 单细胞转录组数据 42个CPA调控因子的多重扰动筛选 NA 单细胞RNA-seq NA 3' scRNA-seq
6 2025-10-06
Losartan controls immune checkpoint blocker-induced edema and improves survival in glioblastoma mouse models
2023-02-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究发现在胶质母细胞瘤中免疫检查点抑制剂会诱发脑水肿,而血管紧张素受体阻滞剂氯沙坦可预防此类水肿并改善生存率 首次揭示免疫检查点抑制剂引起脑水肿的机制,并发现氯沙坦可作为替代皮质类固醇的有效治疗药物 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 探索免疫检查点抑制剂治疗胶质母细胞瘤失败的原因及解决方案 胶质母细胞瘤小鼠模型及部分患者 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序,活体成像,CD8 T细胞阻断研究 NA 基因表达数据,影像数据 小鼠模型(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
7 2025-10-06
Neonatal hyperoxia induces activated pulmonary cellular states and sex-dependent transcriptomic changes in a model of experimental bronchopulmonary dysplasia
2023-02-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序探究高氧暴露对新生小鼠肺发育的影响及其性别依赖性分子机制 首次发现高氧诱导产生损伤相关短暂祖细胞(DATPs)和新型AT1细胞亚群,并揭示性别特异性肺再生反应差异 动物模型研究结果需在人类临床样本中进一步验证 探究高氧暴露在支气管肺发育不良中的性别依赖性分子和细胞编程机制 新生小鼠肺组织及人类新生儿肺细胞 单细胞组学 支气管肺发育不良 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
8 2025-10-06
A cellular taxonomy of the adult human spinal cord
2023-02-01, Neuron IF:14.7Q1
研究论文 通过单核RNA测序和空间转录组学技术构建了成人人类脊髓的细胞分类系统 首次系统性地建立了成人人类脊髓的细胞分类图谱,揭示了运动神经元的特异性分子特征 研究主要基于单核RNA测序数据,可能无法完全反映细胞在生理状态下的完整功能特性 构建人类脊髓细胞分类系统并探索其在人类疾病中的意义 成人人类脊髓组织 单细胞生物学 肌萎缩侧索硬化症 单核RNA测序, 空间转录组学, 抗体验证 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 NA NA 单核RNA测序, 空间转录组学 NA NA
9 2025-10-06
Zinc Supplementation Induced Transcriptional Changes in Primary Human Retinal Pigment Epithelium: A Single-Cell RNA Sequencing Study to Understand Age-Related Macular Degeneration
2023-02-28, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析锌补充对人类原代视网膜色素上皮细胞转录组的影响,探索其对年龄相关性黄斑变性的保护机制 首次在单细胞水平揭示锌补充通过调控ID1/ID3转录调节影响RPE细胞分化动态的分子机制 研究基于体外细胞培养模型,可能与体内实际情况存在差异;细胞培养时间较长(19周)可能引入额外变量 阐明锌补充延缓年龄相关性黄斑变性进展的分子机制 人类原代视网膜色素上皮细胞 单细胞转录组学 年龄相关性黄斑变性 单细胞RNA测序 无监督聚类分析,伪时间排序 单细胞转录组数据 在培养2、9、19周时分离的细胞,使用125 µM锌处理一周 NA 单细胞RNA测序 NA NA
10 2025-10-06
A program of successive gene expression in mouse one-cell embryos
2023-02-28, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 本研究通过高分辨率单细胞RNA测序揭示了小鼠单细胞胚胎中胚胎基因组激活的早期基因表达程序 首次在脊椎动物中精确描述了受精后4小时内启动的即时胚胎基因组激活程序,并发现其受癌症相关转录因子调控 研究仅限于小鼠模型,在其他哺乳动物中的适用性需要进一步验证 阐明哺乳动物胚胎发育起始阶段的转录调控机制 小鼠单细胞胚胎 发育生物学 NA 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 精确同步化的小鼠单细胞胚胎 NA 单细胞RNA-seq NA 高分辨率单细胞RNA测序
11 2025-10-06
Single cell transcriptomics identifies adipose tissue CD271+ progenitors for enhanced angiogenesis in limb ischemia
2023-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞转录组分析鉴定出脂肪组织CD271+祖细胞在肢体缺血中具有增强血管生成的能力 首次通过单细胞转录组技术从人类皮下脂肪组织中鉴定出CD271+祖细胞,并证明其具有优于传统脂肪基质细胞的血管生成能力 研究使用了异种移植模型,且发现胰岛素抵抗供体的CD271+祖细胞数量和功能显著降低 寻找治疗严重肢体缺血的更有效细胞疗法 人类皮下脂肪组织中的CD271+祖细胞 单细胞生物学 肢体缺血 单细胞转录组测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
12 2025-10-06
Genomic and microenvironmental heterogeneity shaping epithelial-to-mesenchymal trajectories in cancer
2023-02-11, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 提出一种基于转录组信号评估癌症上皮-间质转化轨迹的方法,并在7180个上皮来源肿瘤中识别出三种具有预后和治疗价值的宏观状态 开发了稳健评估单个肿瘤EMT转化的方法,首次系统识别出三种EMT宏观状态并揭示杂交状态的稳定性与非整倍性关联 EMT中间状态的分子特征仍需进一步验证,空间异质性分析可能受限于样本数量 探索癌症上皮-间质转化轨迹的分子特征和微环境影响 7180个上皮来源肿瘤样本 癌症基因组学 癌症 转录组测序, 空间转录组学, 单细胞测序 轨迹分析模型 转录组数据, 空间转录组数据, 单细胞数据 7180个肿瘤样本 NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq NA NA
13 2025-10-06
An in vitro approach to understand contribution of kidney cells to human urinary extracellular vesicles
2023-02, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1
研究论文 本研究通过体外培养人肾脏细胞系并分析其分泌的细胞外囊泡成分,探索不同肾脏细胞对尿液中细胞外囊泡的贡献 首次系统比较体外培养的多种人肾脏细胞系分泌的EV成分与尿液EV成分,建立体外模型解析生物体液中细胞类型特异性EV货物 研究基于条件永生化的细胞系,可能与原代细胞存在差异;体外环境无法完全模拟体内复杂微环境 理解不同肾脏细胞类型对尿液细胞外囊泡组成的贡献,探索肾脏疾病细胞类型特异性EV生物标志物 条件永生化的四种人肾脏细胞系(足细胞、肾小球内皮细胞、系膜细胞和近端小管细胞)及其分泌的细胞外囊泡 细胞生物学 肾脏疾病 miRNA测序, RNA测序, 串联质量标签蛋白质组学, 电子显微镜, 纳米颗粒跟踪分析, 蛋白质印迹 体外细胞模型 RNA测序数据, 蛋白质组数据, 显微镜图像 四种人肾脏细胞系及其分泌的EV,与人类尿液EV进行比较 NA RNA测序, 蛋白质组学, 单细胞转录组学 NA NA
14 2025-10-06
LRRC15 mediates an accessory interaction with the SARS-CoV-2 spike protein
2023-02, PLoS biology IF:7.8Q1
研究论文 本研究发现了SARS-CoV-2刺突蛋白与人类宿主因子LRRC15之间的新型辅助相互作用 首次发现LRRC15可作为SARS-CoV-2刺突蛋白的辅助结合受体,这种相互作用不同于已知的硫酸肝素或凝集素受体结合机制 LRRC15单独不足以允许病毒进入,其具体作用机制需要进一步研究 探索SARS-CoV-2刺突蛋白与人类细胞的额外相互作用机制 SARS-CoV-2病毒刺突蛋白和人类宿主因子 病毒学 COVID-19 细胞筛选、蛋白质组学、单细胞转录组学 NA 蛋白质相互作用数据、基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
15 2025-10-06
A chromosome-scale epigenetic map of the Hydra genome reveals conserved regulators of cell state
2023-02, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 本研究构建了水螅基因组染色体尺度的表观遗传图谱,揭示了细胞状态保守调控因子 发现了水螅基因组中存在包含转录共调控基因的大型染色质相互作用域,识别了两种先前未分子表征的细胞类型,并鉴定出可能自4亿年前水螅与水母分化以来保守的细胞类型特异性转录候选调控因子 NA 解析水螅干细胞维持和分化的转录调控机制 淡水息肉水螅的上皮和间质干细胞系统 基因组学 NA 单细胞RNA测序、染色质相互作用图谱、染色质可及性分析、序列保守性分析、组蛋白修饰分析 NA 基因组序列、单细胞转录组、表观基因组 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
16 2025-10-06
Regulators of male and female sexual development are critical for the transmission of a malaria parasite
2023-02-08, Cell host & microbe IF:20.6Q1
研究论文 本研究通过条形码突变体筛选和单细胞转录组分析,鉴定了疟原虫性别决定的关键基因及其调控机制 首次系统鉴定了疟原虫雄性和雌性性别决定的关键基因,揭示了LOTUS/OST-HTH结构域蛋白在雄性决定和锌指蛋白在雌性决定中的新功能 研究主要基于啮齿类疟原虫模型,在人类疟原虫中的保守性需要进一步验证 阐明疟原虫有性生殖发育的分子调控机制 伯氏疟原虫(Plasmodium berghei) 分子生物学 疟疾 条形码突变体筛选,单细胞转录组测序 NA 基因表达数据,突变表型数据 10种突变体寄生虫 NA 单细胞RNA测序 NA 高分辨率单细胞转录组分析
17 2025-10-06
PD-1 and TIM-3 differentially regulate subsets of mouse IL-17A-producing γδ T cells
2023-02-06, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了小鼠肺中产生IL-17A的γδ T细胞亚群在稳态和癌症状态下受PD-1和TIM-3差异性调控的机制 首次发现Vγ6+和Vγ4+ γδ T细胞亚群分别通过PD-1和TIM-3受到差异性调控,并证明这些细胞导致免疫检查点抑制剂治疗耐药 研究局限于小鼠模型,尚未在人类中验证 探究小鼠产生IL-17A的γδ T细胞亚群在稳态和癌症状态下的调控机制 小鼠肺组织中的Vγ6+组织驻留型和Vγ4+循环型γδ T细胞 免疫学 乳腺癌 单细胞RNA测序, 流式细胞术 NA 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 肿瘤游离和荷瘤小鼠的肺组织样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
18 2025-10-06
Spatial Gene Expression Changes in the Mouse Heart After Base-Targeted Irradiation
2023-02-01, International journal of radiation oncology, biology, physics
研究论文 本研究使用空间转录组学技术分析小鼠心脏基底区域靶向照射后的基因表达变化 首次在辐照组织中报告空间分辨的基因表达变化 仅使用两只小鼠(一只照射组,一只假照射对照组),样本量较小 表征心脏基底区域放射敏感性模型中基因表达的晚期变化 老年雌性C57BL/6小鼠 空间转录组学 心血管疾病 空间转录组学分析 NA 基因表达数据 2只小鼠(1只照射组,1只假照射对照组) NA 空间转录组学 NA NA
19 2025-10-06
The astroglial and stem cell functions of adult rat folliculostellate cells
2023-02, Glia IF:5.4Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序和免疫组织荧光分析揭示成年大鼠垂体滤泡星状细胞的星形胶质细胞和干细胞功能 首次在单细胞水平识别出垂体滤泡星状细胞的两个功能亚群,并发现其中一个亚群具有干细胞样特征 研究仅针对成年雌性大鼠,样本来源单一 解析垂体非激素产生细胞的转录组特征和功能 成年雌性大鼠垂体细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序, 免疫组织荧光 NA 单细胞转录组数据, 图像数据 成年雌性大鼠全垂体及分离的前后叶细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
20 2025-10-06
Nuclear factor I-C overexpression promotes monocytic development and cell survival in acute myeloid leukemia
2023-02, Leukemia IF:12.8Q1
研究论文 本研究揭示核因子I-C在急性髓系白血病中的过表达现象及其对单核细胞分化和细胞存活的影响 首次发现NFIC在69%AML患者中过表达,并证实其通过调控MLL-1等信号通路促进单核细胞分化和白血病细胞存活 研究主要基于细胞系和体外模型,缺乏体内动物模型的验证 探讨NFIC在急性髓系白血病发生发展中的生物学功能 急性髓系白血病患者样本、HSPCs、AML细胞系(THP-1)和小鼠MLL::AF9前白血病干细胞模型 血液肿瘤学 急性髓系白血病 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, shRNA基因敲低 NA 基因表达数据 AML患者样本(69%过表达NFIC) NA 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 NA NA
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