单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 307 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-15 |
Tumor Niche Network-Defined Subtypes Predict Immunotherapy Response of Esophageal Squamous Cell Cancer
2023-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.15.528539
PMID:36824935
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研究论文 | 本研究通过整合69名食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境单细胞转录组数据，定义了不同的ESCC亚型，并预测了免疫治疗反应 | 提出了基于肿瘤微环境转录网络的ESCC亚型分类方法，并验证了其对免疫治疗反应的预测能力 | NA | 研究食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境特征，并预测免疫检查点阻断疗法的反应 | 食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 69名食管鳞状细胞癌患者 |
| 2 | 2024-12-08 |
Chrna5 and lynx prototoxins identify acetylcholine super-responder subplate neurons
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.105992
PMID:36798433
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研究论文 | 研究通过复杂转基因小鼠模型探索Chrna5+神经元及其对内源性乙酰胆碱的敏感性，发现Chrna5+神经元中存在乙酰胆碱超反应者亚群，并利用单细胞转录组学揭示了其分子标记 | 首次发现Chrna5+神经元中的乙酰胆碱超反应者亚群，并确定了其独特的GPI锚定lynx原毒素基因表达模式 | NA | 探索Chrna5+神经元及其对内源性乙酰胆碱的敏感性，揭示其在注意力障碍中的潜在作用 | Chrna5+神经元及其对乙酰胆碱的反应 | 神经科学 | 注意力障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 复杂转基因小鼠模型 |
| 3 | 2024-11-15 |
Targeting Epsins to Inhibit Fibroblast Growth Factor Signaling While Potentiating Transforming Growth Factor-β Signaling Constrains Endothelial-to-Mesenchymal Transition in Atherosclerosis
2023-02-21, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 研究探讨了Epsin蛋白在动脉粥样硬化中的作用及其通过抑制EndoMT的治疗潜力 | 首次揭示了Epsin蛋白通过调节FGF和TGF-β信号通路促进EndoMT，并提出了一种新的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨Epsin蛋白在动脉粥样硬化中的分子机制及其治疗潜力 | Epsin蛋白、EndoMT、FGF和TGF-β信号通路 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、分子、细胞和生化分析 | NA | RNA | Apoe-/-小鼠模型和病毒诱导的动脉粥样硬化小鼠模型 |
| 4 | 2024-11-06 |
Treatment of HCC with claudin-1-specific antibodies suppresses carcinogenic signaling and reprograms the tumor microenvironment
2023-02, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2022.10.011
PMID:36309131
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研究论文 | 研究探讨了靶向非连接区Claudin-1（CLDN1）的单克隆抗体在肝细胞癌（HCC）治疗中的作用 | 首次探索了非连接区CLDN1作为HCC治疗靶点的潜力，并展示了其在抑制肿瘤生长和重编程肿瘤微环境中的显著效果 | 研究主要基于细胞系和动物模型，尚未进行临床试验 | 研究CLDN1作为HCC治疗靶点的潜力及其在抑制肿瘤生长和重编程肿瘤微环境中的作用 | 肝细胞癌（HCC）患者来源的细胞系和动物模型 | NA | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大量患者来源的细胞系和动物模型 |
| 5 | 2024-10-16 |
Bacterial droplet-based single-cell RNA-seq reveals antibiotic-associated heterogeneous cellular states
2023-02-16, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.01.002
PMID:36708705
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研究论文 | 介绍了一种名为BacDrop的高可扩展性细菌单细胞RNA测序技术，用于研究抗生素压力下的细胞异质性 | BacDrop技术克服了细菌单细胞RNA测序的许多挑战，能够处理数千到数百万个细胞，并揭示了抗生素压力下的细胞异质性 | NA | 研究细菌在抗生素压力下的细胞异质性 | 肺炎克雷伯菌临床分离株及其对抗生素压力的异质性反应 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千到数百万个细菌细胞 |
| 6 | 2024-10-10 |
Single-cell analysis identifies Ifi27l2a as a novel gene regulator of microglial inflammation in the context of aging and stroke
2023-Feb-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2557290/v1
PMID:36824976
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序识别Ifi27l2a作为调节小胶质细胞炎症的新基因，特别是在衰老和卒中的背景下 | 首次揭示Ifi27l2a在神经退行性疾病中的作用，并发现其在卒中后神经炎症中的关键调节作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体研究验证 | 识别调节小胶质细胞功能的新基因，以开发针对卒中等炎症相关疾病的新疗法 | 衰老小鼠脑组织中的小胶质细胞 | 数字病理学 | 卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括衰老小鼠脑组织、小胶质细胞培养物、卒中小鼠模型和人类尸检样本 |
| 7 | 2024-10-06 |
SARS-CoV-2 cellular tropism and direct multiorgan failure in COVID-19 patients: Bioinformatic predictions, experimental observations, and open questions
2023-Feb, Cell biology international
IF:3.3Q3
DOI:10.1002/cbin.11928
PMID:36229927
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综述 | 本文综述了SARS-CoV-2病毒的细胞趋向性及其在COVID-19患者中引发多器官衰竭的可能机制 | 首次广泛使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）基因表达数据集来预测SARS-CoV-2的细胞趋向性 | 并非所有预测的易感细胞在COVID-19患者中都会被感染 | 探讨SARS-CoV-2病毒的传播途径及其在COVID-19患者中引发多器官衰竭的原因 | SARS-CoV-2病毒的细胞趋向性及其与早期感染和多器官衰竭的关联 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8 | 2024-10-06 |
Human antibody BD-218 has broad neutralizing activity against concerning variants of SARS-CoV-2
2023-Feb-01, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2022.12.120
PMID:36528147
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研究论文 | 本文报道了一种名为BD-218的人类抗体，具有广泛的SARS-CoV-2变种中和活性 | BD-218抗体能够与SARS-CoV-2刺突蛋白的受体结合域上的新表位结合，显示出对多种变种（包括beta、delta和omicron变种）的广泛中和活性 | NA | 研究SARS-CoV-2变种的中和抗体，以提高现有抗COVID疗法的有效性 | BD-218抗体及其对SARS-CoV-2变种的中和活性 | NA | NA | 单细胞测序、生物化学方法、伪型病毒中和实验、冷冻电镜结构分析 | NA | 结构数据 | 从早期康复患者中筛选出的抗体 |
| 9 | 2024-10-02 |
Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq analysis of myogenic differentiation in pig
2023-02-01, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-023-01519-z
PMID:36726129
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和ATAC测序分析了猪骨骼肌分化的分子和细胞动态 | 首次在猪胚胎发育过程中对骨骼肌分化进行了单细胞分辨率的基因表达和染色质可及性分析 | 研究仅限于猪胚胎发育阶段，未涵盖成年猪或人类 | 深入理解猪胚胎骨骼肌分化的分子和细胞动态 | 猪胚胎的骨骼肌分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和ATAC测序 | NA | 基因表达数据和染色质可及性数据 | 猪胚胎的骨骼肌细胞 |
| 10 | 2024-10-02 |
A Zinc- and Calcium-Rich Lysosomal Nanoreactor Rescues Monocyte/Macrophage Dysfunction under Sepsis
2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205097
PMID:36596693
|
研究论文 | 本文研究了一种富含锌和钙的溶酶体纳米反应器在脓毒症中恢复单核细胞/巨噬细胞功能的作用 | 开发了一种名为Alpha-MOFs的纳米颗粒，通过释放溶酶体敏感的离子来提升单核细胞/巨噬细胞的吞噬能力 | NA | 研究脓毒症中单核细胞/巨噬细胞功能失调的机制，并开发新的治疗方法 | 脓毒症中的单核细胞/巨噬细胞及其吞噬功能 | NA | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 外周血单核细胞 |
| 11 | 2024-09-30 |
Complex Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Data
2023-Feb, Biochemistry. Biokhimiia
DOI:10.1134/S0006297923020074
PMID:37072324
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的不同方法，讨论了生物信息学工具的优缺点，并提供了成功应用的示例和改进建议 | 强调了创建新的多组学协议以更全面地理解单个细胞的必要性 | 讨论了现有生物信息学工具的优缺点 | 探讨单细胞RNA测序数据分析的方法及其在临床和研究中的应用 | 单细胞RNA测序数据及其在疾病分子机制分析中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12 | 2024-09-30 |
Reconstruction of the tumor spatial microenvironment along the malignant-boundary-nonmalignant axis
2023-02-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36560-7
PMID:36806082
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研究论文 | 开发了一种名为Cottrazm的工具，结合空间转录组学、苏木精和伊红染色图像以及单细胞转录组学，用于描绘肿瘤边界并重建细胞类型特异性基因表达谱 | 首次将空间转录组学与病理学图像和单细胞转录组学结合，以描绘肿瘤边界并重建细胞类型特异性基因表达谱 | NA | 揭示肿瘤空间微环境的结构和功能特征 | 肿瘤边界及其与恶性细胞和非恶性细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学、苏木精和伊红染色、单细胞转录组学 | NA | 图像、基因表达数据 | NA |
| 13 | 2024-09-30 |
CPA-Perturb-seq: Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators
2023-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.09.527751
PMID:36798324
|
研究论文 | 本文介绍了CPA-Perturb-seq方法，用于多重单细胞分析替代多聚腺苷酸化调控因子 | 开发了一种新的统计框架，用于识别扰动依赖的内含子和串联多聚腺苷酸化的变化，并训练了一个多任务深度神经网络来预测扰动响应 | NA | 更好地理解CPA调控机制如何影响多聚腺苷酸位点的选择 | 42个已知的CPA调控因子及其对多聚腺苷酸位点使用的影响 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | 多任务深度神经网络 | RNA序列 | 42个已知的CPA调控因子 |
| 14 | 2024-09-23 |
Transcriptomic changes in single yeast cells under various stress conditions
2023-Feb-24, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09184-w
PMID:36829151
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研究论文 | 研究了在不同胁迫条件下单个酵母细胞的转录组变化 | 利用全长的单细胞RNA测序技术，提供了比传统群体细胞方法更精细的酵母胁迫响应图谱 | 单细胞间的技术噪声和批次效应可能会显著影响结果 | 探讨酵母在胁迫条件下的转录组变化 | 酵母细胞在不同胁迫条件下的转录组 | 基因组学 | NA | 全长单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 117个酵母细胞，分别在三种胁迫条件下（低渗条件、葡萄糖饥饿和氨基酸饥饿）进行测序 |
| 15 | 2024-09-23 |
Progress in Discovering Transcriptional Noise in Aging
2023-Feb-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043701
PMID:36835113
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综述 | 本文综述了衰老过程中转录噪音的发现进展 | 提出了基于网络分析的基因间协调水平分析等新方法来定义转录噪音 | 实验观察数量有限，单细胞RNA测序存在技术噪音，缺乏标准或最佳的数据分析测量方法 | 回顾近期技术进展、当前知识和挑战，以更好地理解衰老中的转录噪音 | 衰老过程中的转录噪音 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 16 | 2024-09-23 |
STAT3 protects HSCs from intrinsic interferon signaling and loss of long-term blood-forming activity
2023-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.10.528069
PMID:36798265
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研究论文 | 研究探讨了STAT3在造血干细胞和祖细胞中的功能及其对长期造血活性的保护作用 | 首次通过混合骨髓嵌合小鼠模型，揭示了STAT3在造血干细胞和祖细胞中的关键作用，并提出了使用靶向合成致死方法与STAT3抑制剂结合来清除缺陷或疾病造血干细胞和祖细胞的潜力 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证STAT3功能的直接相关性 | 探讨STAT3在造血干细胞和祖细胞中的功能及其对长期造血活性的影响 | 造血干细胞和祖细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 20%的造血系统中使用CreER介导的删除方法建立了混合骨髓嵌合小鼠模型 |
| 17 | 2024-09-23 |
Using single-cell RNA sequencing to generate cell-type-specific split-GAL4 reagents throughout development
2023-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.03.527019
PMID:36778312
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据生成基于基因特异性调控元件的细胞类型特异性split-GAL4工具，用于果蝇发育过程中的细胞类型研究 | 本文提出了一种基于单细胞RNA测序数据的高效流程，用于生成细胞类型特异性的split-GAL4工具，解决了现有增强子驱动的GAL4工具在表达模式预测上的不足 | NA | 开发新的细胞类型特异性工具，用于果蝇发育过程中特定细胞类型的靶向操作 | 果蝇的神经发育和视觉系统 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNAseq) | NA | 基因表达数据 | 大量编码内含子MiMIC/CRIMIC线 |
| 18 | 2024-09-23 |
Ligament injury in adult zebrafish triggers ECM remodeling and cell dedifferentiation for scar-free regeneration
2023-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.03.527039
PMID:36778403
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研究论文 | 研究了成年斑马鱼颌关节韧带损伤后的无瘢痕再生过程 | 首次展示了成年斑马鱼颌关节韧带能够进行快速且完全的无瘢痕愈合，并揭示了免疫-间充质相互作用在ECM重塑中的作用 | NA | 探讨成年斑马鱼韧带损伤后的无瘢痕再生机制 | 成年斑马鱼的颌关节韧带 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及成年斑马鱼的颌关节韧带样本 |
| 19 | 2024-09-23 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.01.526609
PMID:36778447
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研究论文 | 本文评估了七种现有单细胞多组学数据整合方法的性能，特别是它们在整合未配对和配对的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据方面的能力 | 本文首次系统性地比较了多种单细胞多组学数据整合方法，并探讨了配对数据在整合未配对数据中的作用 | 研究结果表明，多组学数据的数量对细胞类型注释至关重要，但未探讨其他可能影响整合效果的因素 | 评估现有单细胞多组学数据整合方法的性能，探讨配对数据在整合未配对数据中的作用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 未具体说明样本数量 |
| 20 | 2024-09-23 |
Aortic Stress Activates an Adaptive Program in Thoracic Aortic Smooth Muscle Cells That Maintains Aortic Strength and Protects Against Aneurysm and Dissection in Mice
2023-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.122.318135
PMID:36579645
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研究论文 | 研究了主动脉平滑肌细胞在应激下的适应性反应及其对主动脉瘤和夹层的影响 | 揭示了YAP信号在主动脉平滑肌细胞适应性反应中的关键作用，并证明了其在预防主动脉瘤和夹层中的重要性 | NA | 探讨主动脉平滑肌细胞在应激下的转录和表观遗传调控机制及其对主动脉瘤和夹层的保护作用 | 小鼠模型中的主动脉平滑肌细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序 | NA | 基因表达数据和染色质可及性数据 | NA |