单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 1941 - 1960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1941 | 2024-08-07 |
The construction of a testis transcriptional cell atlas from embryo to adult reveals various somatic cells and their molecular roles
2023-11-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04722-2
PMID:38012716
|
研究论文 | 本文构建了一个从胚胎到成年的睾丸转录细胞图谱，揭示了各种体细胞及其分子作用 | 通过整合单细胞RNA测序数据，构建了跨五个发育阶段的睾丸转录细胞图谱，并使用多种分析技术进行了全面分析 | NA | 更好地理解睾丸从胚胎到成年的发育变化 | 睾丸中的体细胞和生殖细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过26,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1942 | 2024-08-04 |
Talniflumate abrogates mucin immune suppressive barrier improving efficacy of gemcitabine and nab-paclitaxel treatment in pancreatic cancer
2023-11-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04733-z
PMID:37996891
|
研究论文 | 本研究探讨了talniflumate如何克服粘蛋白的免疫抑制屏障，从而增强吉西他滨和纳米紫杉醇在胰腺癌治疗中的疗效 | 本研究揭示了GCNT3作为粘蛋白表达的主要调节因子，并提出其作为talniflumate作用的可行靶点 | 研究中使用的样本量较小，仅分析了43个胰腺管内乳头状粘液瘤（IPMN），且主要集中于特定的粘蛋白通路 | 研究旨在识别肿瘤微环境中的免疫抑制机制，并提高对胰腺癌的治疗效果 | 研究对象包括低级和高级胰腺管内乳头状粘液瘤，胰腺癌类器官及T细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | 小鼠同种异体模型 | 基因表达数据 | 43个胰腺管内乳头状粘液瘤样本（12个低级，31个高级） | NA | NA | NA | NA |
| 1943 | 2024-08-07 |
Correction: iDESC: identifying differential expression in single-cell RNA sequencing data with multiple subjects
2023-Oct-19, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05523-6
PMID:37858060
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1944 | 2024-08-07 |
iDESC: identifying differential expression in single-cell RNA sequencing data with multiple subjects
2023-Aug-22, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05432-8
PMID:37608264
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研究论文 | 本文开发了iDESC方法，用于在包含多个受试者的单细胞RNA测序数据中检测细胞类型特异性的差异表达基因 | iDESC采用零膨胀负二项混合模型，同时考虑了受试者效应和数据中的脱落事件，提高了差异表达分析的准确性和稳健性 | NA | 开发和评估一种新的方法，用于在单细胞RNA测序数据中进行差异表达分析，特别是在考虑多个受试者效应和数据脱落事件的情况下 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项混合模型 | RNA测序数据 | 多个受试者 | NA | NA | NA | NA |
| 1945 | 2024-08-04 |
Debiased personalized gene coexpression networks for population-scale scRNA-seq data
2023-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277363.122
PMID:37295843
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研究论文 | 本文提出了一种名为Dozer的方法，用于修正来自scRNA-seq数据集的基因-基因相关性估计。 | Dozer能够消除来自低稀疏表达基因的相关性估计偏差，并能准确量化个体间的网络级变异。 | 尽管Dozer在多种情况下表现出鲁棒性，但仍可能受到技术限制和数据噪声的影响。 | 本研究旨在估计个性化的基因共表达网络，以便在单细胞RNA-seq数据中量化表达变异。 | 研究对象包括来自不同个体的人诱导多能干细胞和阿尔茨海默病后人类组织提取的少突胶质细胞。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 普瓦松测量模型 | 基因表达数据 | 涉及不同个体的多条人诱导多能干细胞系和人类组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1946 | 2024-08-04 |
Evaluation of zero counts to better understand the discrepancies between bulk and single-cell RNA-Seq platforms
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.09.035
PMID:37841335
|
研究论文 | 文章探讨了批量RNA测序与单细胞RNA测序之间的差异以及零计数的影响 | 发现RNA完整性、基因长度及转录本数量对零计数的影响，为跨平台表达偏移修正开发新方法提供了基础 | 仅通过四组配对数据分析，样本量或数据丰富性可能有限 | 旨在理解批量与单细胞RNA测序在表达测量上的差异 | 研究对象为测序平台的技术和生物因素以及基因和生物通路 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 四组配对数据集，每组含多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1947 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing provides novel insights to pathologic pathways in abdominal aortic aneurysm
2023, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2023.1172080
PMID:37288252
|
review | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在腹主动脉瘤发病机制研究中的应用 | 单细胞RNA测序技术提供了无偏见的、全局性的转录组特征视图，有助于识别腹主动脉瘤形成的关键通路 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在腹主动脉瘤分析中的应用趋势和未来潜力 | 腹主动脉瘤的发病机制 | digital pathology | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1948 | 2024-08-04 |
Identification of biomarkers of renal ischemia-reperfusion injury by bioinformatics analysis and single-cell sequencing analysis combined with in vivo validation
2023-12, Transplant immunology
IF:1.6Q3
DOI:10.1016/j.trim.2023.101928
PMID:37704087
|
研究论文 | 本文研究了与肾缺血再灌注损伤相关的中心基因和通路 | 本研究识别了cyp1a1和pdk4作为肾缺血的潜在生物标志物，并展示了其良好的诊断价值 | 未提及该研究的局限性 | 探索肾缺血再灌注损伤的生物标志物 | 小鼠肾缺血样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞分析、qRT-PCR | NA | 转录组表达数据 | 小鼠肾缺血样本的转录组数据，共发现157个差异表达基因 | NA | NA | NA | NA |
| 1949 | 2024-08-07 |
Human γδ T cell identification from single-cell RNA sequencing datasets by modular TCR expression
2023-11-24, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiad069
PMID:37437101
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于TCR模块基因表达评分策略，用于从单细胞RNA测序数据中准确识别人类γδ T细胞 | 提出了一种新的TCR模块评分策略，无需额外的单细胞γδ T细胞受体测序或CITE-seq数据，即可在大型单细胞RNA测序数据集中识别γδ T细胞 | NA | 开发一种新的方法，用于在大型单细胞RNA测序数据集中准确识别γδ T细胞 | 人类γδ T细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 多个不同组织和不同亚型的γδ T细胞的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1950 | 2024-08-07 |
Cellular and Transcriptional Dynamics during Brown Adipose Tissue Regeneration under Acute Injury
2023, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0268
PMID:38434240
|
research paper | 本文建立了一种新的棕色脂肪组织（BAT）损伤与再生模型（BAT-IR），并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序研究了BAT在急性损伤后的细胞和转录组动态变化。 | 首次详细描述了BAT在急性损伤后的再生过程，并鉴定了参与再生的特定纤维脂肪生成和髓系祖细胞群。 | NA | 探究棕色脂肪组织在急性损伤后的再生机制。 | 棕色脂肪组织（BAT）及其在急性损伤后的再生过程。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1951 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-sequencing uncovers the dynamic changes of tumour immune microenvironment in advanced lung adenocarcinoma
2023-12-11, BMJ open respiratory research
IF:3.6Q1
DOI:10.1136/bmjresp-2023-001878
PMID:38081768
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了晚期肺腺癌肿瘤免疫微环境的动态变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肺腺癌肿瘤微环境中未被充分认识的细胞组成和动态变化 | 研究仅基于34名患者的样本，可能存在样本量不足的问题 | 阐明肺腺癌的细胞组成并揭示其肿瘤微环境的先前未被充分认识的特征 | 肺腺癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 106,829个高质量细胞来自34名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1952 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals endometrial immune microenvironment in minimal/mild endometriosis
2023-06-05, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxad029
PMID:36869723
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了极轻度/轻度子宫内膜异位症患者的子宫内膜免疫微环境特征 | 首次在单细胞分辨率下系统地分析了子宫内膜异位症患者的子宫内膜白细胞类型、炎症环境和受损的容受性 | 样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在系统地理解子宫内膜异位症患者的子宫内膜白细胞类型、炎症环境和受损的容受性 | 子宫内膜异位症患者和对照组的子宫内膜细胞 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 138,057个子宫内膜细胞，来自6名子宫内膜异位症患者和7名对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 1953 | 2024-08-07 |
Single Cell Transcriptomics Identifies Distinct Choroid Cell Populations Involved in Visually Guided Eye Growth
2023-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.30.542876
PMID:37398381
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了鸡视网膜色素上皮层（choroid）在视觉引导眼球生长过程中的细胞群体及其基因表达变化 | 首次提供了视网膜色素上皮层主要细胞类型及其在视觉引导眼球生长过程中的基因表达变化的综合图谱 | 基因表达变化主要较小（< 2倍），且最高变化出现在一个罕见的细胞群体中 | 阐明视网膜色素上皮层在视觉引导眼球生长过程中的作用 | 鸡视网膜色素上皮层的细胞群体及其在视觉引导眼球生长过程中的基因表达变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 24个不同的细胞集群，代表了95%的总视网膜色素上皮层细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1954 | 2024-08-04 |
TIME for Bugs: The Immune Microenvironment and Microbes in Precancer
2023-09-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.)
DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-23-0087
PMID:37428011
|
综述 | 本文探讨了在癌前状态下免疫微环境和微生物的作用 | 本文提出了在癌前阶段利用药物和生活方式干预改变免疫微环境的潜力 | 文章主要基于现有的数据和研究，可能缺乏新的实验结果 | 进一步澄清癌前免疫微环境的特征，并探讨癌症预防策略 | 癌前组织和早期肿瘤的免疫微环境与微生物 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学和蛋白质组学 | NA | 数据综述 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1955 | 2024-08-04 |
Dissecting and improving gene regulatory network inference using single-cell transcriptome data
2023-09, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277488.122
PMID:37580132
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组数据系统性地揭示并改善基因调控网络的推断精度 | 本研究通过使用前信使RNA信息来提高基因调控推断的准确性，提出了一种新的方法 | 研究中可能存在模拟数据集的局限性，实际应用中的复杂性可能带来挑战 | 探讨影响基因调控网络推断准确性的因素及改进方法 | 单细胞转录组数据及其在基因调控网络推断中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 动力学建模 | 转录组数据 | 公共单细胞RNA-seq数据集和实验数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1956 | 2024-08-07 |
Fast and accurate out-of-core PCA framework for large scale biobank data
2023-09, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277525.122
PMID:37620119
|
研究论文 | 本文提出了一种基于随机奇异值分解（RSVD）算法的新型主成分分析（PCA）框架PCAone，通过窗口优化方案加速收敛并提高准确性，同时支持外存和多线程实现 | PCAone算法在计算时间上显著优于现有方法，同时保持与较慢的IRAM方法相当的准确性 | NA | 开发快速且内存高效的PCA方法以应对大规模生物银行数据处理挑战 | 大规模真实世界数据集，包括UK Biobank数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 随机奇异值分解（RSVD） | 主成分分析（PCA） | 基因组数据 | UK Biobank数据包含约50万个体和610万个常见单核苷酸多态性；单细胞RNA测序数据包含130万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1957 | 2024-08-04 |
Nephronectin is required to maintain right lung lobar separation during embryonic development
2023-03-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00505.2021
PMID:36719987
|
研究论文 | 本研究探讨了Nephronectin在胚胎发育过程中维持右肺叶分离的作用 | 首次揭示了Nephronectin通过整合素α8维持右肺叶分离的机制 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于其他生物 | 研究Nephronectin在肺发育中的潜在角色 | 使用全身敲除的小鼠胚胎进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本 | 使用的样本为敲除小鼠胚胎和成年的肺组织 | NA | NA | NA | NA |
| 1958 | 2024-08-07 |
Haplotype-aware analysis of somatic copy number variations from single-cell transcriptomes
2023-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01468-y
PMID:36163550
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Numbat的计算方法，该方法结合了从群体分型中获得的单细胞转录组中的等位基因和表达信号，以增强对拷贝数变异的检测 | Numbat利用亚克隆之间的进化关系，迭代推断单细胞拷贝数谱和肿瘤克隆系统发育，无需样本匹配的DNA数据或先验基因分型 | NA | 开发一种新的计算方法，以提高从单细胞转录组中检测拷贝数变异的准确性 | 单细胞转录组中的拷贝数变异 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤，胃癌，乳腺癌，甲状腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 22个肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1959 | 2024-08-07 |
Tubular-specific expression of HIV protein Vpr leads to severe tubulointerstitial damage accompanied by progressive fibrosis and cystic development
2023-03, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2022.12.012
PMID:36565808
|
研究论文 | 本研究利用一种新型诱导性管状上皮细胞特异性Vpr转基因小鼠模型，展示了Vpr表达导致渐进性管间质损伤、间质炎症和纤维化以及管状囊肿发展的过程 | 首次详细研究了Vpr在体内的管状损伤和慢性肾脏疾病（CKD）发病机制，并揭示了Vpr介导的转录组响应在特定管状亚群中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨HIV病毒蛋白Vpr在管状细胞中的表达对肾脏疾病进展和纤维化的影响 | HIV病毒蛋白Vpr在管状上皮细胞中的表达及其对肾脏疾病的影响 | NA | 慢性肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | RNA | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1960 | 2024-08-07 |
Glioma epileptiform activity and progression are driven by IGSF3-mediated potassium dysregulation
2023-03-01, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.01.013
PMID:36787748
|
研究论文 | 本研究探讨了恶性胶质瘤中癫痫样活动和进展的分子机制，发现IGSF3介导的钾失调是关键因素 | 首次揭示了IGSF3通过与Kir4.1相互作用抑制钾缓冲，导致肿瘤进展和癫痫样活动 | NA | 探究恶性胶质瘤中癫痫样活动和肿瘤进展的分子机制 | 恶性胶质瘤患者肿瘤中的基因表达和神经电路功能 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | scRNA-seq, ECoG记录 | NA | 基因表达数据, 电生理数据 | 人类和鼠类样本 | NA | NA | NA | NA |