单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5352 篇文献，本页显示第 1881 - 1900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1881 | 2024-08-07 |
Profiles of Wnt pathway gene expression during tooth morphogenesis
2023, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2023.1316635
PMID:38274045
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研究论文 | 本研究通过荧光多重杂交和单细胞RNA测序技术，分析了Wnt信号通路基因在牙齿形态发生过程中的表达模式 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了Wnt信号通路基因在牙齿发育不同阶段的表达模式，并揭示了其在牙本质和牙釉质矿化后的表达变化 | 研究主要集中在小鼠和人类牙齿发育的特定阶段，可能无法完全代表所有牙齿发育过程 | 探讨Wnt信号通路基因在牙齿形态发生中的作用及其表达模式 | Wnt信号通路基因在小鼠和人类牙齿发育中的表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类牙齿发育的不同阶段样本 |
| 1882 | 2024-08-07 |
A glycosylation-related gene signature predicts prognosis, immune microenvironment infiltration, and drug sensitivity in glioma
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1259051
PMID:38293671
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研究论文 | 本研究通过分析糖基化相关基因在胶质瘤中的表达，预测患者的预后、免疫微环境浸润及药物敏感性 | 首次利用糖基化相关基因构建预测胶质瘤预后和免疫反应的基因签名，并分析其对药物敏感性的影响 | NA | 研究糖基化相关基因在胶质瘤中的作用，预测患者的预后和免疫反应 | 胶质瘤患者的预后、免疫微环境浸润及药物敏感性 | 数字病理学 | 脑瘤 | RNA测序 | LASSO-regularized Cox模型 | RNA-seq数据 | 使用了来自TCGA、CGGA、GEO和Rembrandt数据库的临床信息、bulk RNA-seq数据和单细胞RNA测序数据，以及来自GTEx数据库的正常脑组织RNA测序数据 |
| 1883 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis of corneal organoids during development
2023-12-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.10.022
PMID:38039970
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人诱导多能干细胞（iPSC）衍生的角膜类器官在1至4个月发育过程中的细胞异质性 | 首次详细描述了角膜类器官在成熟过程中的细胞组成和分化动态 | NA | 研究角膜类器官在不同发育阶段的细胞异质性及其与胎儿角膜发育的比较 | 人诱导多能干细胞衍生的角膜类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 1至4个月大的角膜类器官样本 |
| 1884 | 2024-08-07 |
Exploring the role of LIAS-related cuproptosis in systemic lupus erythematosus
2023-Dec, Lupus
IF:1.9Q3
DOI:10.1177/09612033231211429
PMID:37903189
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研究论文 | 本研究探讨了LIAS相关铜死亡在系统性红斑狼疮中的作用机制 | 首次深入研究了铜死亡相关基因在系统性红斑狼疮中的分子机制 | 研究主要基于RNA测序数据，可能需要更多实验验证 | 探索铜死亡及其相关基因在系统性红斑狼疮中的作用机制 | 系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞 | NA | 系统性红斑狼疮 | RNA测序 | NA | RNA | 系统性红斑狼疮患者和健康个体的外周血单个核细胞样本 |
| 1885 | 2024-08-05 |
CellTICS: an explainable neural network for cell-type identification and interpretation based on single-cell RNA-seq data
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad449
PMID:38061196
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研究论文 | CellTICS是一个用于基于单细胞RNA-seq数据的细胞类型识别和解释的可解释神经网络 | CellTICS通过优先考虑细胞特异性表达的标记基因和生物路径层次结构，提供了一种生物学上可解释的方法，并能揭示定义细胞类型的通路 | 目前尚未提及该方法的具体局限性 | 旨在理解细胞类型的功能单位及其共享功能的生物学基础 | 研究对象是细胞类型及相关的生物路径 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | RNA-seq数据 | NA |
| 1886 | 2024-08-07 |
Tick extracellular vesicles impair epidermal homeostasis through immune-epithelial networks during hematophagy
2023-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.10.566612
PMID:37986907
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研究论文 | 研究通过结合单细胞RNA测序、流式细胞术、小鼠遗传学和活体显微镜等方法，探讨了蜱虫外泌体如何通过干扰组织修复相关网络来破坏表皮稳态。 | 首次揭示了蜱虫外泌体通过影响表皮γδ T细胞频率和共受体表达，进而影响角质形成细胞功能，从而干扰组织修复过程。 | 研究主要集中在小鼠模型和特定的蜱虫种类，可能不完全适用于所有蜱虫种类或人类。 | 探讨蜱虫外泌体如何影响表皮稳态和组织修复过程。 | 蜱虫外泌体、表皮稳态、组织修复过程、γδ T细胞、角质形成细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术、活体显微镜 | NA | RNA | 涉及三种具有医学重要性的蜱虫种类和野生型动物的皮肤表皮样本 |
| 1887 | 2024-08-05 |
Denoising sparse microbial signals from single-cell sequencing of mammalian host tissues
2023-Sep, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00507-1
PMID:37946872
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研究论文 | 本研究开发了一种名为SAHMI的计算资源，用于从哺乳动物组织的转录组测序中识别真实存在的微生物核酸并过滤掉污染物和虚假的分类分配 | 提出了一种新的计算工具SAHMI，能够有效区分真菌和污染物，从而改善微生物信号的识别 | 可能需要进一步验证SAHMI在不同组织和样本类型中的普适性 | 研究如何从单细胞测序中去噪稀疏的微生物信号 | 哺乳动物组织中的微生物和宿主细胞 | 数字病理学 | NA | 转录组测序 | 计算资源 | 基因组数据 | 多种组织中的已知微生物感染 |
| 1888 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis of ADSC Interactions with Fibroblasts and Endothelial Cells in Scleroderma Skin
2023-07-05, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12131784
PMID:37443817
|
研究论文 | 本文通过模拟ADSCs与硬皮病皮肤中的成纤维细胞和内皮细胞的相互作用，旨在揭示其抗纤维化和抗炎作用的机制。 | 本文利用单细胞RNA测序数据和生物信息学工具，探索了ADSCs与成纤维细胞和内皮细胞的配体-受体相互作用，并发现了与炎症和细胞外基质相互作用相关的差异表达基因。 | 本文主要基于模拟和数据分析，尚未进行实验验证，因此其发现的机制需要进一步的实验支持。 | 揭示ADSCs在硬皮病皮肤中的抗纤维化和抗炎作用机制。 | ADSCs与硬皮病皮肤中的成纤维细胞和内皮细胞的相互作用。 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 3名瘦患者和10名对照组及12名硬皮病患者 |
| 1889 | 2024-08-07 |
scViewer: An Interactive Single-Cell Gene Expression Visualization Tool
2023-05-27, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12111489
PMID:37296611
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研究论文 | 介绍了一个名为scViewer的交互式单细胞基因表达可视化工具，该工具基于R/Shiny应用程序，旨在简化scRNA-seq数据的分析和可视化 | scViewer提供了一个用户友好的图形用户界面，支持细胞类型特异性基因表达、基因共表达分析以及考虑细胞和样本水平变化的差异表达分析 | NA | 开发一个易于探索的单细胞基因表达可视化工具，以促进scRNA-seq数据的多条件比较分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了一个公开的阿尔茨海默病研究中的脑细胞数据集 |
| 1890 | 2024-08-07 |
Impact of ferroptosis-related risk genes on macrophage M1/M2 polarization and prognosis in glioblastoma
2023, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2023.1294029
PMID:38283752
|
研究论文 | 研究铁死亡相关风险基因对胶质母细胞瘤中巨噬细胞M1/M2极化及患者预后的影响 | 首次探讨了十四种铁死亡相关风险基因在胶质母细胞瘤中的作用，并阐明了这些基因对M1/M2巨噬细胞极化和患者预后的影响 | NA | 探索铁死亡对胶质母细胞瘤中巨噬细胞极化和患者预后的影响 | 铁死亡相关风险基因、巨噬细胞M1/M2极化、患者预后 | 数字病理学 | 脑癌 | LASSO Cox回归模型、CIBERSORTx反卷积算法、qPCR、western blot | NA | 基因表达数据 | 包括来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)、中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)和一个单细胞RNA测序数据集(GSE84465)的样本 |
| 1891 | 2024-08-07 |
Large-scale analysis of cell-cell communication reveals angiogenin-dependent tumor progression in clear cell renal cell carcinoma
2023-Dec-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108367
PMID:38025776
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，深入分析了透明细胞肾细胞癌中的细胞间通信网络，并揭示了血管生成素依赖的肿瘤进展机制 | 本研究首次识别了50个癌细胞与其他细胞间特定的通信通道，并发现了两个新的血管生成素介导的相互作用 | NA | 揭示透明细胞肾细胞癌中细胞间通信的分子机制 | 透明细胞肾细胞癌中的细胞间通信网络 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 1892 | 2024-08-05 |
Hierarchical and automated cell-type annotation and inference of cancer cell of origin with Census
2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad714
PMID:38011649
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研究论文 | 本研究开发了Census，一种自动化的细胞类型定位和癌细胞源推断方法 | Census提供了对正常细胞的深度注释并能够识别恶性细胞及其最可能的来源细胞，克服了现有方法的多项局限 | 现有的自动注释方法需要大量参考数据集，并且存在高计算时间和浅层注释解析的问题 | 旨在提高单细胞RNA测序数据的细胞类型注释效率和准确性 | 研究对象为来自哺乳动物组织的正常细胞和癌细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 梯度增强决策树 | 文本 | 在44个正常和癌症的人类及小鼠组织数据集中进行了基准测试 |
| 1893 | 2024-08-05 |
A rat liver cell atlas reveals intrahepatic myeloid heterogeneity
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108213
PMID:38026201
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研究论文 | 这项研究使用单细胞转录组学来了解大鼠肝脏的复杂细胞网络 | 该文章揭示了不同大鼠品系之间的肝脏转录组差异 | 没有提及关于样本的长期跟踪研究和功能验证的局限性 | 的本研究旨在解开大鼠肝脏中细胞和分子来源的变异 | 该研究对象为健康的暗黑阿古提和刘易斯大鼠品系 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 健康的暗黑阿古提和刘易斯大鼠品系的肝脏样本 |
| 1894 | 2024-08-05 |
DNA-GPS: A theoretical framework for optics-free spatial genomics and synthesis of current methods
2023-10-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.08.005
PMID:37751737
|
研究论文 | 本文提出了一种名为DNA-GPS的理论框架，用于无光学的空间基因组学 | 提出DNA-GPS这一新框架，结合数学制图和位置索引的思路，实现了大规模的无光学空间基因组学 | 讨论了当前空间基因组学技术在分辨率和规模上的权衡及其局限性 | 旨在为大规模无光学空间基因组学提供理论基础 | 对现有空间基因组学技术进行分类并进行分析 | 数字病理学 | NA | NA | 数学制图 | 分子特征数据 | NA |
| 1895 | 2024-08-07 |
Landscape of mast cell populations across organs in mice and humans
2023-10-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230570
PMID:37462672
|
research paper | 本文通过结合全组织成像和单细胞RNA测序数据，对小鼠和人类在稳态下的MCs进行了跨器官分析 | 首次在全器官水平上分析了小鼠和人类的MCs亚型，并揭示了不同亚型的转录组核心特征 | NA | 研究小鼠和人类不同器官中肥大细胞（MCs）的分布和特征 | 小鼠和人类的肥大细胞（MCs）及其亚型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠和人类的多个器官 |
| 1896 | 2024-08-07 |
Proteomic and transcriptomic screening demonstrates increased mast cell-derived CCL23 in systemic mastocytosis
2023-07, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.01.033
PMID:36813186
|
研究论文 | 本研究通过血浆蛋白质组学筛选和单细胞转录组分析，鉴定了系统性肥大细胞增多症（SM）中由肥大细胞衍生的CCL23蛋白，可能作为血液生物标志物。 | 首次发现CCL23在SM中的表达与疾病严重程度正相关，并可能作为SM的特异性生物标志物。 | NA | 旨在识别肥大细胞衍生的蛋白质，作为SM的血液生物标志物。 | 系统性肥大细胞增多症（SM）患者和健康个体的血浆蛋白质和单细胞转录组。 | NA | 系统性肥大细胞增多症 | 血浆蛋白质组学筛选，单细胞转录组分析 | NA | 蛋白质，RNA | SM患者和健康个体的血浆样本 |
| 1897 | 2024-08-07 |
Type 2 inflammation reduces SARS-CoV-2 replication in the airway epithelium in allergic asthma through functional alteration of ciliated epithelial cells
2023-07, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.03.021
PMID:37001649
|
研究论文 | 本文研究了过敏性哮喘患者气道中2型炎症如何通过改变纤毛上皮细胞的功能来减少SARS-CoV-2的复制 | 发现了过敏性哮喘患者对SARS-CoV-2的固有保护机制，这种机制与纤毛上皮细胞的功能下调有关 | NA | 旨在识别2型炎症在气道中保护免受严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的机制 | 从过敏原敏感的哮喘儿童和健康非敏感儿童中获取的支气管气道上皮细胞（AECs） | 数字病理学 | 过敏性哮喘 | RNA测序 | NA | 细胞样本 | 来自过敏性哮喘儿童和健康非敏感儿童的支气管气道上皮细胞样本 |
| 1898 | 2024-08-05 |
Unraveling the timeline of gene expression: A pseudotemporal trajectory analysis of single-cell RNA sequencing data
2023, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.134078.2
PMID:37994351
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研究论文 | 本研究展示了一种对小鼠乳腺单细胞RNA测序数据进行伪时间轨迹分析的全面工作流程 | 提出了一种新的分析方法，利用伪时间轨迹推断细胞分化和发育过程 | 主要集中在小鼠乳腺样本上，可能对其他生物体的适用性有限 | 旨在通过单细胞RNA测序分析细胞的发育和分化轨迹 | 小鼠乳腺中的细胞群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠乳腺样本 |
| 1899 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals cancer stem-like cells and dynamics in tumor microenvironment during cholangiocarcinoma progression
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1250215
PMID:38020927
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了胆管癌进展过程中肿瘤微环境中癌症干细胞样细胞的转录特征和动态变化 | 首次在YAP/AKT小鼠模型中通过单细胞RNA测序揭示了胆管癌进展过程中癌症干细胞样细胞及其微环境的动态变化 | NA | 深入理解胆管癌进展过程中癌症干细胞样细胞和肿瘤微环境的转录特征 | 胆管癌中的癌症干细胞样细胞及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从YAP/AKT小鼠模型的三个不同肿瘤发生时间点收集的细胞样本 |
| 1900 | 2024-08-05 |
Hexagonal image segmentation on spatially resolved transcriptomics
2023-12, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2023.11.002
PMID:37931852
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研究论文 | 该文章提出了一种新颖的六边形卷积神经网络用于空间转录组的图像分割 | 引入了六边形卷积网络和监督学习方法，以提高空间转录组数据中的噪声处理和特征识别 | 文章中未提及数据集的多样性或适用性相关的限制 | 研究空间转录组学中空间域的识别问题 | DLPFC数据集中的空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 卷积神经网络 | 六边形卷积神经网络(hexCNN) | 图像 | NA |