单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 1861 - 1880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1861 | 2024-08-04 |
Integration of Single-Cell RNA-Sequencing and Network Analysis to Investigate Mechanisms of Drug Resistance
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3163-8_7
PMID:37191792
|
研究论文 | 本研究探讨了抗癌药物耐药机制的单细胞RNA测序与网络分析的结合 | 提出了一种通过单细胞RNA测序结合网络分析的新方法，以识别与药物耐药相关的通路 | 未在摘要中提供具体的实验数据或样本限制信息 | 探索抗癌药物耐药的机制以发展替代治疗方法 | 药物敏感和耐药变体的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | PANDA | 表达数据 | NA |
| 1862 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing of neurofibromas reveals a tumor microenvironment favorable for neural regeneration and immune suppression in a neurofibromatosis type 1 porcine model
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1253659
PMID:37817770
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研究论文 | 本研究揭示了神经纤维瘤的细胞组成和信号传导，强调其肿瘤微环境对神经再生及免疫抑制的影响 | 首次在神经纤维瘤动物模型中观察到肿瘤相关的树突状细胞，并识别到新的成纤维细胞和免疫细胞群体 | 尚未探索成熟、非皮肤神经纤维瘤中的细胞信号网络 | 旨在探讨神经纤维瘤的细胞组成及其与正常组织的信号传导对比 | 研究对象为猪模型中的成熟神经纤维瘤及其相邻正常组织 | 数字病理学 | 神经纤维瘤病1型 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 组织样本 | 猪模型中的多个成熟神经纤维瘤样本 |
| 1863 | 2024-08-07 |
Immunological Analysis of Cryptococcal Meningoencephalitis in a Murine Model
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3199-7_5
PMID:37145276
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研究论文 | 本文描述了一种诱导产生与人类隐球菌病免疫病理学多个方面相符的C. neoformans中枢神经系统感染小鼠模型的方法，并进行了详细的免疫学分析 | 结合基因敲除小鼠、抗体阻断、细胞转移以及单细胞RNA测序等高通量技术，该模型为揭示隐球菌中枢神经系统疾病的发病机制提供了新见解 | NA | 研究隐球菌性脑膜脑炎的免疫学机制，以开发更有效的治疗策略 | 隐球菌性脑膜脑炎的免疫病理学和小鼠模型的建立 | NA | 隐球菌性脑膜脑炎 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 小鼠模型 |
| 1864 | 2024-08-07 |
Multi-omics segregate different transcriptomic impacts of anti-IL-17A blockade on type 17 T-cells and regulatory immune cells in psoriasis skin
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1250504
PMID:37781383
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研究论文 | 本研究探讨了系统性IL-17A阻断对银屑病皮肤中1型17 T细胞和调节性免疫细胞转录组的影响 | 首次通过多组学方法整合免疫细胞富集的scRNA-seq、微阵列和免疫组化数据，揭示了系统性IL-17A阻断在银屑病皮肤中对T17轴和调节性DC转录组的调控作用 | 研究样本量有限，且仅限于银屑病患者的皮肤样本，可能限制了结果的普遍性 | 寻找系统性IL-17A阻断促进银屑病皮肤免疫细胞亚群调节性转录组修饰的转化证据 | 银屑病患者的皮肤样本，包括治疗前后的6mm穿刺活检组织 | 数字病理学 | 银屑病 | scRNA-seq, 微阵列, 免疫组化 | NA | RNA | scRNA-seq样本18个，微阵列样本61个，免疫组化样本61个，正常对照皮肤scRNA-seq样本10个，微阵列样本8个 |
| 1865 | 2024-08-05 |
Single-Cell Suspension Preparation from Nile Tilapia Intestine for Single-Cell Sequencing
2023-02-10, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/64688
PMID:36847395
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研究论文 | 本研究展示了一种优化的鲤鱼肠道单细胞悬浮液制备协议 | 提出并优化了针对尼罗河罗非鱼肠道的单细胞悬浮液制备方法 | 该方法主要针对特定鱼类的肠道，其他组织或鱼种可能需要进一步优化 | 开发高质量单细胞悬浮液制备方案以支持单细胞层级研究 | 尼罗河罗非鱼的肠道细胞 | 数字病理学 | NA | 胶原酶/解聚酶 | NA | 细胞悬浮液 | NA |
| 1866 | 2024-08-05 |
Cancer stem cells: Recent insights and therapies
2023-03, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2023.115441
PMID:36720355
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综述 | 本篇综述讨论了癌症干细胞的最新特征、标记和机制研究进展。 | 探讨了单细胞测序和空间转录组分析在癌症干细胞研究中的应用，提出新的治疗策略。 | NA | 深入了解癌症干细胞在癌症生物学中的基本角色。 | 癌症干细胞及其与肿瘤微环境中其他细胞的相互作用。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序、空间转录组分析 | NA | NA | NA |
| 1867 | 2024-08-07 |
Deep scRNA sequencing reveals a broadly applicable Regeneration Classifier and implicates antioxidant response in corticospinal axon regeneration
2023-Dec-20, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.09.019
PMID:37848024
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研究论文 | 本研究通过深度单细胞RNA测序分析了再生皮质脊髓束神经元的异质性，并开发了一个广泛适用的再生分类器，揭示了抗氧化应答在皮质脊髓轴突再生中的作用 | 本研究首次通过深度单细胞RNA测序揭示了再生皮质脊髓束神经元的转录组特征，并开发了一个可预测不同神经元类型再生潜力的再生分类器 | 研究仅限于PTEN和SOCS3删除后的再生皮质脊髓束神经元，未来研究需要扩展到其他条件和神经元类型 | 探索促进脊髓损伤后皮质脊髓束再生的生物学机制 | 再生皮质脊髓束神经元及其再生潜力 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数百个表型确定的神经元 |
| 1868 | 2024-08-05 |
Integrative multi-omic profiling of adult mouse brain endothelial cells and potential implications in Alzheimer's disease
2023-11-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113392
PMID:37925638
|
研究论文 | 本文生成了成年小鼠脑内皮细胞的综合分子图谱，探讨其在阿尔茨海默病中的潜在影响 | 研究首次整合了多组学数据，以揭示脑内皮细胞的功能异质性及其分子基础 | 该研究主要基于小鼠模型，可能限制了结果在人的适用性 | 研究血脑屏障的分子基础及其在神经疾病中的作用 | 成年小鼠脑内皮细胞及其在阿尔茨海默病中的变化 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | RNA测序和蛋白质组学 | 单细胞RNA测序 | 分子数据 | 涉及成年小鼠和人脑组织 |
| 1869 | 2024-08-05 |
Spatial Mapping of Genes Implicated in SARS-CoV-2 Neuroinvasion to Dorsolateral Prefrontal Cortex Gray Matter
2023-Jan, COVID
DOI:10.3390/covid3010005
PMID:36714172
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学方法分析与SARS-CoV-2神经侵犯相关的基因异质性 | 首次对与SARS-CoV-2脑内渗透相关的基因在背外侧前额皮质的空间分布进行表征 | 目前对SARS-CoV-2神经侵犯的基因水平生物学理解仍然很有限 | 探究 SARS-CoV-2 对人类背外侧前额皮质的影响及相关基因的空间分布 | 人类背外侧前额皮质组织样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | 4 |
| 1870 | 2024-08-05 |
Identification and targeting of cancer-associated fibroblast signature genes for prognosis and therapy in Cutaneous melanoma
2023-12, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107597
PMID:37875042
|
研究论文 | 本研究探讨了与皮肤黑素瘤相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）标志基因，并提出潜在的治疗靶点 | 首次识别了FBLN1和COL5A1作为皮肤黑素瘤的CAF特异性生物标志物，提供了新的治疗方向 | 尚需更多临床数据验证所识别的CAF标志基因与预后的相关性 | 探索皮肤黑素瘤中CAF标志基因的潜力并提出治疗靶点 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 数字病理学 | 皮肤黑素瘤 | 加权基因共表达网络分析、单细胞测序分析、空间转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1871 | 2024-08-07 |
BHLHE40 drives protective polyfunctional CD4 T cell differentiation in the female reproductive tract against Chlamydia
2023-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.02.565369
PMID:37961221
|
研究论文 | 研究探讨了BHLHE40蛋白在女性生殖道中对沙眼衣原体感染的保护性T细胞反应中的作用 | 首次揭示了BHLHE40在调节CD4 T细胞多功能性分化中的关键作用 | NA | 研究BHLHE40在女性生殖道中对沙眼衣原体感染的保护性T细胞反应中的作用 | BHLHE40蛋白在女性生殖道中对沙眼衣原体感染的保护性T细胞反应中的作用 | 免疫学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序结合TCR分析 | NA | RNA | 使用BHLHE40缺陷小鼠进行实验 |
| 1872 | 2024-08-05 |
Exercise Training Reduces the Inflammatory Response and Promotes Intestinal Mucosa-Associated Immunity in Lynch Syndrome
2023-11-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0088
PMID:37724990
|
研究论文 | 本研究评估了一项为期12个月的有氧运动干预对林奇综合症患者免疫系统的影响 | 首次明确了运动对高癌症风险群体免疫系统的生物学影响 | 研究为非随机和序贯干预分配，样本量较小 | 探讨运动干预在林奇综合症患者中的潜在益处 | 21名患有林奇综合症的患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 代谢组学、mRNA测序、空间转录组学 | NA | 生物标志物数据 | 21名患者 |
| 1873 | 2024-08-07 |
Multi-dimensional single-cell characterization revealed suppressive immune microenvironment in AFP-positive hepatocellular carcinoma
2023-Jun-19, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-023-00563-x
PMID:37336873
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了AFP阴性和阳性肝细胞癌及其邻近正常组织的特征，揭示了AFP阳性肝细胞癌中抑制性免疫微环境的机制 | 本研究首次揭示了AFP阳性肝细胞癌中TAM-SPP1的富集及其在调节免疫微环境中的作用，并提出SPP1-CD44轴作为治疗靶点 | NA | 旨在识别AFP阴性和阳性肝细胞癌的特征及其潜在治疗靶点 | AFP阴性肝细胞癌（ANHC）、AFP阳性肝细胞癌（APHC）及其邻近正常组织 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6个ANHC样本、6个APHC样本和4个邻近正常组织样本，以及30个HCC样本和59个HCC样本用于进一步验证 |
| 1874 | 2024-08-07 |
Thymic Carcinoma: Unraveling Neuroendocrine Differentiation and Epithelial Cell Identity Loss
2023-12-25, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16010115
PMID:38201543
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研究论文 | 本文探讨了胸腺癌的神经内分泌分化及上皮细胞身份丧失的基因表达特征 | 发现胸腺癌表现出偏向于簇细胞和离子细胞的神经内分泌表型，并鉴定了HDAC9和NFATC1作为神经内分泌组在成人胸腺上皮细胞和胸腺癌中的特征性表达 | 需要进一步研究HDAC9和NFATC1在胸腺上皮中的作用及其作为胸腺上皮肿瘤治疗靶点的潜力 | 探索胸腺癌的神经内分泌分化及上皮细胞身份丧失的机制 | 胸腺癌的基因表达特征及其与簇细胞、离子细胞和神经内分泌细胞的关系 | 数字病理学 | 胸腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自正常人胸腺的单细胞RNA测序数据集，并分析了公开的胸腺上皮细胞和肺癌的mRNA表达及甲基化状态数据 |
| 1875 | 2024-08-05 |
The origin and structural evolution of de novo genes in Drosophila
2023-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.13.532420
PMID:37425675
|
研究论文 | 这篇文章研究了果蝇中新基因的起源和结构演化 | 该研究结合高质量全基因组比对、生物信息学分析和计算结构建模，提供了对特定谱系基因的系统性概述 | 对基因结构和功能起源的理解仍然有限，缺乏系统的研究 | 研究果蝇中新基因的起源、演化和蛋白质结构 | 研究特定谱系基因的蛋白质候选者 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, Alphafold2, ESMFold, 分子动力学 | NA | 基因组数据 | 分析了555个基因候选者 |
| 1876 | 2024-08-07 |
Identification of Cell Type-Specific Effects of DNMT3A Mutations on Relapse in Acute Myeloid Leukemia
2023-Oct-31, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2023.0093
PMID:37853686
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了急性髓系白血病（AML）不同阶段（诊断、完全缓解和复发）的骨髓单个核细胞，以探索DNMT3A突变在细胞类型特异性效应及其对AML复发的影响 | 本研究通过改进R882突变的靶向单细胞RNA测序检测，发现了从完全缓解到复发期间主要残留的突变细胞类型，并揭示了这些细胞与AML和白血病细胞相关的基因特征 | NA | 探索DNMT3A突变在急性髓系白血病中的细胞类型特异性效应及其对复发的影响 | 急性髓系白血病患者的骨髓单个核细胞 | 数字病理学 | 血液病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自同一患者在不同AML阶段的骨髓单个核细胞 |
| 1877 | 2024-08-05 |
Integration of Single-Cell RNA-Seq Datasets: A Review of Computational Methods
2023-Feb-28, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2023.0009
PMID:36859475
|
综述 | 本文总结了单细胞RNA测序数据集整合方法的概念和优缺点 | 提供了对不同整合方法的全面综述，强调了去除批次效应的方法学进展 | 未能深入探讨所有可能的整合方法和实际应用中的挑战 | 审视和总结单细胞RNA测序数据集整合的计算方法 | 针对公共库中单细胞RNA测序数据集的整合分析方法 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | NA | NA |
| 1878 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics shows dose-dependent disruption of hepatic zonation by TCDD in mice
2023-01-31, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfac109
PMID:36222588
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研究论文 | 这篇文章使用单细胞转录组学研究TCDD对小鼠肝区分的剂量依赖性破坏。 | 文章通过单细胞核RNA测序和空间转录组学首次揭示了TCDD引起的剂量依赖性基因表达变化和肝区分的破坏。 | 本研究受限于使用小鼠模型，可能无法完全代表人类的生理和病理状态。 | 研究TCDD对小鼠肝脏细胞特异性和空间分布的影响。 | 研究对象为给药后接受TCDD处理的小鼠肝脏细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞核RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 131,613个细胞核 |
| 1879 | 2024-08-05 |
RENGE infers gene regulatory networks using time-series single-cell RNA-seq data with CRISPR perturbations
2023-12-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05594-4
PMID:38155269
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research paper | 本研究提出了RENG，利用时间序列单细胞CRISPR数据推断基因调控网络 | RENG能够区分直接和间接调控，超越当前方法在基因调控网络推断的准确性 | 该方法的局限性在于依赖于时间序列单细胞数据 | 研究目的是推断基因调控网络 | 研究对象为人诱导多能干细胞的单细胞RNA-seq数据 | 数字病理 | NA | CRISPR扰动 | NA | 单细胞RNA-seq | 来自人诱导多能干细胞的数据集 |
| 1880 | 2024-08-05 |
scPML: pathway-based multi-view learning for cell type annotation from single-cell RNA-seq data
2023-12-14, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05634-z
PMID:38097699
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研究论文 | 本文提出了scPML模型，该模型通过不同的基因信号通路数据来进行细胞类型注释 | scPML模型利用基因信号通路数据来分割细胞的遗传特征，改善了细胞注释的泛化能力和鲁棒性 | 现有方法在细胞注释任务中缺乏良好的泛化性和鲁棒性，尤其在技术差异和基因异质性方面存在挑战 | 本文旨在提升单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性 | 研究对象为不同物种、平台和组织中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因信号通路数据 | 涉及多个物种和组织的细胞样本 |