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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1801 | 2024-08-07 |
Novel tumor-associated macrophage populations and subpopulations by single cell RNA sequencing
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1264774
PMID:38347955
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综述 | 本文通过单细胞RNA测序技术探讨了四种新型肿瘤相关巨噬细胞亚群在不同实体瘤中的核心基因特征及其功能 | 利用单细胞RNA测序技术识别与特定功能相关的肿瘤相关巨噬细胞亚群 | 单细胞RNA测序识别的细胞类型和亚群与其实际功能之间可能存在潜在的脱节 | 探讨肿瘤相关巨噬细胞在不同实体瘤中的亚群及其功能 | 肿瘤相关巨噬细胞及其亚群 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同实体瘤组织中的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1802 | 2024-08-07 |
Identifying biomarkers of heterogeneity and transplantation efficacy in retinal pigment epithelial cells
2023-12-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230913
PMID:37728563
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研究论文 | 本文通过批量和单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了成人RPE干细胞衍生的RPE细胞产品,评估了其在体外和体内的功能细胞整合及视觉恢复效果 | 本文首次鉴定了lncRNA(TREX)作为体内疗效的预测标记物,并通过敲低和过表达实验验证了其在细胞整合和视觉恢复中的作用 | NA | 提高视网膜色素上皮细胞移植疗法的疗效和安全性 | 视网膜色素上皮细胞的异质性和移植效果的生物标志物 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及Royal College of Surgeons大鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 1803 | 2024-08-05 |
Tumor macrophage functional heterogeneity can inform the development of novel cancer therapies
2023-12, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2023.10.007
PMID:37995659
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研究论文 | 本文讨论了肿瘤相关巨噬细胞的功能异质性及其对癌症新疗法开发的影响 | 识别出巨噬细胞的分子亚型和功能,从而发现新的治疗靶点 | 传统治疗方法未能提供改变临床实践的突破性进展 | 提高对肿瘤微环境中巨噬细胞作用的理解,并推动新型靶向治疗的发展 | 聚焦于肿瘤微环境中的巨噬细胞功能及其潜在治疗靶点 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1804 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas of immunocytes in the spleen of a mouse model of Wiskott-Aldrich syndrome
2023 Nov-Dec, Cellular immunology
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.cellimm.2023.104783
PMID:37944382
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,对Wiskott-Aldrich综合征小鼠模型的脾脏免疫细胞进行了全面的转录组分析 | 首次在单细胞分辨率下揭示了WAS-KO小鼠脾脏免疫细胞的转录特征,并鉴定了与疾病病理相关的新基因 | NA | 探究Wiskott-Aldrich综合征小鼠模型脾脏免疫细胞的免疫缺陷机制 | WAS-KO小鼠脾脏的免疫细胞 | 数字病理学 | 免疫缺陷疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 11,269个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1805 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals subtype-specific molecular profiles in Nrf2-deficient macrophages from murine atherosclerotic aortas
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1249379
PMID:37965327
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研究论文 | 本研究分析了小鼠动脉粥样硬化主动脉中缺乏Nrf2的巨噬细胞亚群的转录组 | 揭示了Nrf2缺乏导致的巨噬细胞亚型特异性转录组变化与炎症、铁稳态和细胞损伤或死亡途径之间的联系 | 仅使用了特定的小鼠模型,可能限制了结果的普遍适用性 | 研究Nrf2在小鼠动脉粥样硬化中的具体作用 | 来自小鼠动脉粥样硬化主动脉的不同Nrf2缺乏的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA表达数据 | 实验中使用了Cdh5表达细胞中的Nrf2失活小鼠和适当的对照小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 1806 | 2024-08-04 |
mitoSplitter: A mitochondrial variants-based method for efficient demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq
2023-09-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2307722120
PMID:37725654
|
研究论文 | 本文开发了一种基于线粒体变体的方法‘mitoSplitter’,用于高效地解混合池化的单细胞RNA-seq数据 | 提出利用线粒体RNA变体进行解混合的新算法,从而克服传统方法的局限 | 在多样本和大规模细胞数据的情况下,仍可能存在一定的挑战与限制 | 旨在提高单细胞RNA-seq数据分析的效率,减少批次效应 | 研究五种非小细胞肺癌细胞系对BET化学降解的反应 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA数据 | 10个样本,60000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1807 | 2024-08-07 |
A Refined Single Cell Landscape of Haematopoiesis in the Mouse Foetal Liver
2023-Mar-23, Journal of developmental biology
IF:2.2Q3
DOI:10.3390/jdb11020015
PMID:37092477
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,对小鼠胎肝中的造血细胞进行了精细的细胞图谱构建 | 发现了小鼠胎肝中一种类似于人类已知的胎盘中等血红蛋白特征,以及一种先前未被识别的原始红细胞群 | NA | 获得胎肝中造血细胞的精细单细胞图谱 | 小鼠胎肝中的造血细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括了比先前数据集更多的细胞的E12.5小鼠胎肝样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1808 | 2024-08-07 |
Smoking induces shifts in cellular composition and transcriptome within the bronchial mucus barrier
2023-02, Respirology (Carlton, Vic.)
DOI:10.1111/resp.14401
PMID:36414410
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研究论文 | 本研究评估了吸烟对支气管黏液屏障细胞组成和基因表达的影响,并探讨了基于单细胞RNA测序的细胞解卷积方法在预测RNA测序数据中细胞类型组成的能力 | 研究首次使用细胞解卷积方法预测RNA测序数据中的细胞类型组成,并验证了该方法的有效性 | 研究样本量相对较小,且仅限于特定的疾病和吸烟状态群体 | 理解吸烟暴露对支气管黏液屏障黏膜损伤的机制 | 支气管黏液屏障的细胞组成和基因表达 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 细胞解卷积 | RNA测序数据 | 共149名参与者,包括56名慢性阻塞性肺疾病患者,77名无慢性阻塞性肺疾病参与者,以及16名停止吸烟一年的参与者 | NA | NA | NA | NA |
| 1809 | 2024-08-04 |
Single-cell and bulk RNA sequencing analysis of B cell marker genes in TNBC TME landscape and immunotherapy
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1245514
PMID:38111587
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研究论文 | 本研究旨在通过分析三阴性乳腺癌(TNBC)患者的B细胞标记基因来调查其预后特征 | 建立了基于B细胞标记基因的肿瘤微环境预测模型,以预测TNBC患者的预后和免疫治疗反应 | 鉴于样本量仅限于四个TNBC患者,可能限制了结果的普遍适用性 | 探索三阴性乳腺癌患者的预后特征 | 四名TNBC患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | RNA测序 | NA | 细胞和基因表达数据 | 参与研究的样本量为四名TNBC患者的22,106个细胞和20,556个基因 | NA | NA | NA | NA |
| 1810 | 2024-08-07 |
Loss of CFTR function in macrophages alters the cell transcriptional program and delays lung resolution of inflammation
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1242381
PMID:38035088
|
研究论文 | 本文研究了囊性纤维化(CF)中CFTR基因功能丧失对巨噬细胞的影响及其对肺部炎症消退的延迟作用 | 首次报道了CFTR功能丧失在巨噬细胞中引起的细胞转录程序改变,以及这种改变对肺部炎症消退的影响 | NA | 探讨CFTR功能丧失与中性粒细胞性炎症之间的关系 | CFTR基因功能丧失对巨噬细胞和肺部炎症的影响 | NA | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1811 | 2024-08-04 |
Unravelling spatial gene associations with SEAGAL: a Python package for spatial transcriptomics data analysis and visualization
2023-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad431
PMID:37436699
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SEAGAL的Python包,用于分析和可视化空间转录组数据。 | SEAGAL包能够在单基因和基因集水平上检测和可视化空间基因相关性,突破了传统共表达分析的局限。 | 尚未提及具体局限性。 | 旨在通过空间转录组分析揭示基因的空间相关性。 | 对空间转录组数据集中的基因表达和空间坐标进行分析。 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1812 | 2024-08-04 |
Single-cell profiling identifies ACE+ granuloma macrophages as a nonpermissive niche for intracellular bacteria during persistent Salmonella infection
2023-01-06, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add4333
PMID:36608122
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研究论文 | 本研究揭示了ACE+ granuloma巨噬细胞在持久性沙门氏菌感染中作为非允许性细胞生态位的作用 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了ACE巨噬细胞的功能多样性及其在细菌持久感染中的角色 | 研究仅限于小鼠模型,可能无法完全反映人类感染中的机制 | 探讨巨噬细胞在沙门氏菌持久感染中的功能及其异质性 | 沙门氏菌感染的小鼠模型中的巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1813 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveals peripheral immune responses in non-segmental vitiligo
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1221260
PMID:38077333
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研究论文 | 这项研究使用单细胞RNA测序揭示了非分段性白癜风患者的外周免疫反应 | 首次系统性研究了非分段性白癜风患者外周血液中循环免疫细胞的类型和功能 | 样本量较小,仅包括五个白癜风患者和三个健康对照组 | 研究白癜风患者外周免疫反应的机制 | 五个进展性非分段性白癜风患者和三个健康对照者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 白癜风 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 五个白癜风患者,三个健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 1814 | 2024-08-07 |
A novel signature predicts prognosis and immunotherapy in lung adenocarcinoma based on cancer-associated fibroblasts
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1201573
PMID:37325647
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研究论文 | 本研究旨在探讨肺腺癌中癌症相关成纤维细胞(CAFs)的特征,并开发一种风险标志物以预测肺腺癌患者的预后 | 本研究开发了一种新的风险标志物,结合临床病理特征的诺模图,用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 研究结果需要在体内实验中进一步验证 | 研究肺腺癌中CAFs的特征,并开发一种风险标志物以预测患者的预后 | 肺腺癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs) | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序 | Lasso回归 | RNA测序数据 | 1731个差异表达基因(DEGs)中的492个基因用于构建风险标志物 | NA | NA | NA | NA |
| 1815 | 2024-08-07 |
Identification of the immune-associated characteristics and predictive biomarkers of keratoconus based on single-cell RNA-sequencing and bulk RNA-sequencing
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1220646
PMID:37965330
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(bulk RNA-seq)数据,探讨了圆锥角膜(KC)的免疫相关特征及其预测性生物标志物。 | 首次综合利用scRNA-seq和bulk RNA-seq技术,结合机器学习算法,识别出与KC进展相关的关键免疫细胞簇和预测性基因标志物。 | 研究依赖于现有的数据库和公开的测序数据,可能存在样本选择偏倚;机器学习模型的泛化能力需进一步验证。 | 旨在探讨圆锥角膜是否为炎症性疾病,并识别其免疫相关特征和预测性生物标志物。 | 圆锥角膜的免疫细胞簇和相关基因表达模式。 | 数字病理学 | 圆锥角膜 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序(bulk RNA-seq) | 随机森林(RF),支持向量机(SVM),最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归分析 | RNA序列数据 | 涉及多个细胞簇和1362个差异表达基因(DEGs) | NA | NA | NA | NA |
| 1816 | 2024-08-07 |
Differential in vivo labeling with barcoded antibodies allows for simultaneous transcriptomic profiling of airway, lung tissue and intravascular immune cells
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1227175
PMID:38094305
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研究论文 | 本文介绍了一种基于条形码抗体差异标记的方法,用于同时分析气道、肺组织和血管内免疫细胞的转录组特征 | 该方法不仅提供了基本的空间信息,还允许直接比较不同解剖部位的细胞,并且比传统的单细胞RNA测序方法更节省时间和成本 | NA | 开发一种新的方法来同时分析气道、肺组织和血管内免疫细胞的转录组特征 | 气道、肺组织和血管内免疫细胞的转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 在小鼠细菌性肺感染的临床前模型中进行了可行性验证 | NA | NA | NA | NA |
| 1817 | 2024-08-05 |
Central role of lung macrophages in SARS-CoV-2 physiopathology: a cross-model single-cell RNA-seq perspective
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1197588
PMID:37350967
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研究论文 | 本研究探讨了肺巨噬细胞在SARS-CoV-2生理病理学中的核心作用 | 通过跨物种单细胞RNA测序分析揭示了细胞因子产生的巨噬细胞与肺泡细胞在病毒转录本中的主要贡献 | 尚未深入理解细胞因子生产的触发和解决机制,以及其与感染细胞之间的关系 | 研究SARS-CoV-2感染中肺巨噬细胞的作用及其与COVID-19严重性之间的关系 | 主要研究Syrian hamsters和African green monkeys中的巨噬细胞和肺泡细胞 | 数字病理学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | Syrian hamsters和African green monkeys的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1818 | 2024-08-07 |
A novel DNA damage repair-related gene signature predicting survival, immune infiltration and drug sensitivity in cervical cancer based on single cell sequencing
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1198391
PMID:37449209
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研究论文 | 本研究基于单细胞测序数据,开发了一种与DNA损伤修复(DDR)相关的基因签名,用于预测宫颈癌(CC)的生存、免疫浸润和药物敏感性。 | 构建了一种新的DDR相关基因签名,该签名在预测宫颈癌预后方面表现优于其他临床特征。 | 需要进一步的实验验证ITGB1在宫颈癌细胞DDR能力中的作用机制。 | 开发一种DDR相关基因签名,用于评估宫颈癌的预后。 | 宫颈癌及其相关的DNA损伤修复机制。 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归分析 | 基因表达数据 | 使用了来自GSE168652和TCGA-CESC队列的数据,具体样本数量未在摘要中明确。 | NA | NA | NA | NA |
| 1819 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the lineage of malignant epithelial cells and upregulation of TAGLN2 promotes peritoneal metastasis in gastric cancer
2023-Dec, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-023-03194-6
PMID:37247132
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胃腺癌样本,揭示了恶性上皮细胞的分化轨迹及TAGLN2在胃癌腹膜转移中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了从正常黏膜到肿瘤组织再到腹膜转移的发展曲线,并验证了TAGLN2在胃癌腹膜转移中的关键作用 | 研究样本数量较少,仅基于单一患者的数据 | 探索胃癌腹膜转移的分子机制并寻找潜在的治疗靶点 | 胃腺癌样本,包括原发肿瘤、邻近非肿瘤组织、腹膜转移样本及正常腹膜样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 四个胃腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1820 | 2024-08-05 |
Single-Cell Discovery and Multiomic Characterization of Therapeutic Targets in Multiple Myeloma
2023-04-14, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1769
PMID:36779841
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研究论文 | 这项研究分析了多发性骨髓瘤患者的骨髓抽吸样本,以发现治疗靶标。 | 研究发现了38个多发性骨髓瘤标记基因,其中11个尚未被认识为治疗靶点。 | 样本量有限可能影响结果的广泛适用性,但结果仍然展示了较高的一致性。 | 旨在开发一种识别肿瘤标记的新策略,以促进靶向癌症治疗的进展。 | 研究对象为41名多发性骨髓瘤患者的53个骨髓抽吸样本。 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 41名多发性骨髓瘤患者的53个骨髓抽吸样本 | NA | NA | NA | NA |