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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing of a novel model of neonatal bile duct ligation in mice identifies macrophage heterogeneity in obstructive cholestasis
2023-08-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-41207-0
PMID:37644108
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研究论文 | 本研究开发了一种新型新生小鼠胆道梗阻模型,并通过单细胞测序揭示了梗阻性胆汁淤积中巨噬细胞的异质性 | 创建了死亡率低的新生儿胆道结扎模型,首次通过单细胞RNA测序比较不同病因胆汁淤积中巨噬细胞功能的特异性差异 | 研究仅限于小鼠模型,需要进一步与人类数据进行比较验证 | 阐明梗阻性胆汁淤积中巨噬细胞亚群的特异性功能和作用机制 | 新生BALB/c小鼠胆道结扎模型和轮状病毒诱导的胆道闭锁模型 | 单细胞生物学 | 梗阻性胆汁淤积 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,组织学染色 | 动物模型 | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,组织学图像数据 | 新生BALB/c小鼠胆道结扎模型和对照组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 162 | 2025-10-05 |
A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers
2023-12, Neuropathology and applied neurobiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1111/nan.12942
PMID:37812061
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研究论文 | 通过高通量单细胞RNA测序方法鉴定人脑周细胞特异性标志物 | 首次使用EasySci单细胞转录组测序技术系统鉴定人脑周细胞特异性基因标志物SLC6A12和SLC19A1 | 在其他人体器官(肾、肺、肝、肌肉)中未观察到相同的周细胞染色模式,组织特异性较强 | 鉴定和优化人脑周细胞的通用组织学标志物 | 人和小鼠不同脑区的周细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 免疫组化, 免疫印迹 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 多个人和小鼠脑区样本,以及肾、肺、肝、肌肉等器官探索性样本 | NA | 单细胞RNA-seq | EasySci | 高通量低成本单细胞转录组测序方法 |
| 163 | 2025-10-05 |
Spatial atlas of the mouse central nervous system at molecular resolution
2023-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06569-5
PMID:37758947
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研究论文 | 本研究使用STARmap PLUS原位测序技术构建了小鼠中枢神经系统的分子分辨率空间图谱 | 开发了STARmap PLUS原位测序方法,首次在三维空间中以单细胞分辨率绘制了全脑分子细胞类型图谱 | 仅检测了1,022个基因,需要通过整合其他数据来推断全转录组表达谱 | 构建小鼠中枢神经系统的分子分辨率空间图谱 | 成年小鼠大脑和脊髓 | 空间转录组学 | NA | 原位测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,空间位置数据 | 109万个高质量细胞 | NA | 原位测序,单细胞RNA测序 | STARmap PLUS | STARmap PLUS原位测序技术,体素尺寸194×194×345纳米 |
| 164 | 2025-10-05 |
A spatially resolved atlas of the human lung characterizes a gland-associated immune niche
2023-01, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01243-4
PMID:36543915
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研究论文 | 本研究通过多组学单细胞技术和空间转录组学构建了人类肺部空间分辨图谱,揭示了气管粘膜下腺中的免疫细胞生存微环境 | 发现了气管粘膜下腺中IgA浆细胞的生存微环境,并证明腺上皮细胞通过表达CCL28、APRIL和IL-6招募B细胞和IgA浆细胞,促进其局部存活和抗体分泌 | NA | 重新定义肺和气管的组织结构,解析人类肺部的空间组织结构 | 健康人类肺部的五个近端到远端位置 | 空间转录组学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 多组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 人类肺部五个解剖位置的样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 165 | 2025-10-05 |
Rapid and signal crowdedness-robust in situ sequencing through hybrid block coding
2023-11-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2309227120
PMID:37963245
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研究论文 | 介绍一种名为SPRINTseq的新型原位测序方法,通过混合块编码和分子稀释策略实现快速、高分辨率的空间转录组分析 | 结合混合块编码和分子稀释策略,解决了现有方法在分辨率、灵敏度或速度方面的限制 | NA | 开发改进的空间转录组技术以探索复杂生物过程和疾病机制 | 小鼠大脑冠状切片中的453,843个细胞 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 原位测序 | NA | 空间转录组数据 | 4个小鼠大脑冠状切片中的453,843个细胞,恢复超过1.42亿个转录本 | NA | 空间转录组学,原位测序 | SPRINTseq | 使用108个基因panel的混合块编码和分子稀释策略 |
| 166 | 2025-10-05 |
NMDAR antagonists suppress tumor progression by regulating tumor-associated macrophages
2023-11-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302126120
PMID:37967215
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研究论文 | 本研究揭示了NMDAR在肿瘤相关巨噬细胞中的免疫抑制作用及其拮抗剂的抗肿瘤潜力 | 首次发现NMDAR激活通过钙内流和活性氧生成驱动肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制功能,并证明NMDAR拮抗剂可逆转此过程 | 研究主要聚焦于肝细胞肉瘤和纤维肉瘤模型,尚未验证其他肿瘤类型 | 探究NMDAR在肿瘤微环境中对巨噬细胞的调控机制及治疗潜力 | 肿瘤相关巨噬细胞、T细胞、NK细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞肉瘤、纤维肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 167 | 2025-10-05 |
Controlling donor and newborn neuron migration and maturation in the eye through microenvironment engineering
2023-11-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302089120
PMID:37931105
|
研究论文 | 通过微环境工程控制供体和新生神经元在眼中的迁移与成熟 | 建立了'计算模拟-体外实验-体内验证'框架,首次利用单细胞转录组数据筛选出SDF1作为引导分子,在视网膜中构建人工梯度显著促进神经元迁移 | 研究仅聚焦于视网膜神经节细胞,未验证该方法在其他神经元类型或脑区的普适性 | 开发控制移植后供体细胞行为的精准方法,促进神经元整合 | 视网膜神经节细胞(RGCs) | 神经科学 | 青光眼 | 单细胞转录组测序,计算机模拟分析,体外功能实验 | NA | 基因表达数据,细胞迁移数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 168 | 2025-10-05 |
A cellular and molecular spatial atlas of dystrophic muscle
2023-07-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2221249120
PMID:37410813
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研究论文 | 通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据,构建了营养不良肌肉的高分辨率细胞和分子空间图谱 | 首次将空间转录组学与单细胞RNA测序相结合,揭示了DMD肌肉中细胞群体的非均匀分布和异步再生特征 | 研究基于D2-mdx小鼠模型,结果向人类DMD的转化需要进一步验证 | 研究杜氏肌营养不良症中异步肌肉再生对疾病进展的生物学机制 | 严重营养不良的D2-mdx小鼠模型的肌肉组织 | 空间生物学 | 杜氏肌营养不良症 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间基因表达数据, 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 169 | 2025-10-05 |
Integrative in situ mapping of single-cell transcriptional states and tissue histopathology in a mouse model of Alzheimer's disease
2023-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01251-x
PMID:36732642
|
研究论文 | 开发STARmap PLUS方法,结合空间转录组学和蛋白质检测,绘制阿尔茨海默病小鼠模型的单细胞转录状态与组织病理学图谱 | 首次实现高分辨率空间转录组学与蛋白质检测在同一组织切片中的整合,揭示淀粉样斑块周围的核心-壳结构细胞分布 | 仅在阿尔茨海默病小鼠模型中验证,样本量有限 | 研究阿尔茨海默病发病机制中的时空细胞和分子变化 | 阿尔茨海默病小鼠模型的脑组织 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,蛋白质检测 | NA | 空间转录组数据,蛋白质表达数据,组织图像 | 8月龄和13月龄阿尔茨海默病小鼠脑组织 | NA | 空间转录组学 | STARmap PLUS | 高分辨率空间转录组学与蛋白质检测整合方法 |
| 170 | 2025-10-05 |
Insights gained from single-cell analysis of chimeric antigen receptor T-cell immunotherapy in cancer
2023-11-08, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00486-4
PMID:37941075
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综述 | 探讨单细胞分析在嵌合抗原受体T细胞免疫疗法中的应用与进展 | 系统总结单细胞测序技术如何优化CAR-T细胞疗法的受体设计、基因修饰和制造条件 | NA | 分析CAR-T免疫疗法在临床实践中失败的原因及单细胞测序技术带来的突破 | 嵌合抗原受体T细胞免疫疗法 | 单细胞分析 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 171 | 2025-10-05 |
Netrin-1 blockade inhibits tumour growth and EMT features in endometrial cancer
2023-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06367-z
PMID:37532934
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研究论文 | 本研究评估了netrin-1阻断剂NP137在子宫内膜癌中的抗肿瘤效果及其对上皮间质转化的抑制作用 | 首次报道netrin-1阻断在子宫内膜癌中的临床应用,并发现其能同时诱导肿瘤消退和抑制EMT | I期临床试验样本量较小(14例患者),需要更大规模研究验证 | 评估netrin-1阻断作为子宫内膜癌治疗策略的有效性和作用机制 | 子宫内膜癌小鼠模型和14例晚期子宫内膜癌患者 | 癌症研究 | 子宫内膜癌 | RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据, 转录组数据 | 14例患者(临床试验)加上小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 172 | 2025-10-05 |
Analysis of Donor Pancreata Defines the Transcriptomic Signature and Microenvironment of Early Neoplastic Lesions
2023-06-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0013
PMID:37021392
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研究论文 | 本研究通过分析脑死亡供体的胰腺组织,首次揭示了成人健康胰腺和早期胰腺肿瘤病变的转录组特征和微环境 | 首次使用脑死亡供体胰腺避免了组织缺血损伤,结合多重免疫组化、单细胞RNA测序和空间转录组学技术,首次全面表征了成人健康胰腺和散发性PanIN病变的独特微环境 | 样本量相对有限(30例供体),且仅包含无已知胰腺疾病的个体 | 研究健康成人胰腺和早期胰腺肿瘤病变的转录组特征和微环境特征 | 脑死亡供体的胰腺组织,包括健康胰腺组织、胰腺癌组织和癌旁组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多重免疫组化,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 组织图像,单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 30例不同年龄和种族的脑死亡供体胰腺样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重免疫组化 | NA | NA |
| 173 | 2025-10-05 |
It is better to light a candle than to curse the darkness: single-cell transcriptomics sheds new light on pancreas biology and disease
2023-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2022-329313
PMID:36997301
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综述 | 本文综述单细胞转录组学技术如何革新我们对胰腺生物学和疾病机制的理解 | 利用单细胞转录组学技术首次揭示胰腺中未被描述的上皮细胞和基质细胞类型及其在疾病进展中的动态变化 | NA | 总结单细胞转录组学在胰腺生物学和疾病研究中的应用进展 | 胰腺组织及其相关疾病(特别是胰腺导管腺癌) | 单细胞生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 174 | 2025-10-05 |
Uncovering the spatial landscape of molecular interactions within the tumor microenvironment through latent spaces
2023-04-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.03.004
PMID:37080163
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研究论文 | 开发了一种名为SpaceMarkers的生物信息学算法,通过空间转录组数据的潜在空间分析推断细胞间相互作用的分子变化 | 提出首个通过潜在空间分析从空间转录组数据推断细胞间相互作用分子变化的算法 | 需要匹配的单细胞RNA-seq数据进行验证和进一步量化 | 揭示肿瘤微环境中分子相互作用的空间景观 | 转移性、浸润性和前体病变以及免疫治疗处理的组织样本 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 潜在空间分析, 迁移学习 | 空间转录组数据, 单细胞RNA-seq数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | Visium | Visium空间转录组学 |
| 175 | 2025-10-05 |
Deep scRNA sequencing reveals a broadly applicable Regeneration Classifier and implicates antioxidant response in corticospinal axon regeneration
2023-12-20, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.09.019
PMID:37848024
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研究论文 | 通过深度单细胞RNA测序揭示了一个广泛适用的再生分类器,并证明抗氧化反应在皮质脊髓轴突再生中的重要作用 | 开发了可广泛应用的再生分类器,首次发现抗氧化反应和线粒体生物合成在皮质脊髓轴突再生中的关键作用 | 仅对数百个表型鉴定的神经元进行测序,样本规模有限 | 研究中枢神经系统轴突再生的分子机制,特别是皮质脊髓束的再生潜力 | 皮质脊髓束神经元,特别是在PTEN和SOCS3缺失后的再生神经元 | 单细胞基因组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | 监督分类(Garnett) | 单细胞转录组数据 | 数百个表型鉴定的神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基于patch的单细胞RNA测序 |
| 176 | 2025-10-05 |
Brain-wide correspondence of neuronal epigenomics and distant projections
2023-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06823-w
PMID:38092919
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研究论文 | 通过epi-retro-seq技术将小鼠全脑33,034个神经元的表观基因组与远距离投射联系起来 | 首次在全脑范围内将单细胞表观基因组与神经元远距离投射特征进行系统关联 | 研究仅限于小鼠模型,样本来源区域划分可能不够精细 | 解析神经元表观基因组特征与远距离投射功能之间的关系 | 小鼠全脑33,034个神经元,涉及32个脑区向24个靶区的225种投射组合 | 神经科学 | NA | epi-retro-seq, 空间转录组学 | NA | 表观基因组数据, 转录组数据, 空间定位数据 | 33,034个神经元,32个脑区,24个投射靶区 | NA | 单细胞表观基因组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 177 | 2025-10-05 |
Single-cell DNA methylome and 3D multi-omic atlas of the adult mouse brain
2023-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06805-y
PMID:38092913
|
研究论文 | 本研究构建了成年小鼠大脑的单细胞DNA甲基组和3D多组学图谱 | 首次在空间背景下生成全脑单细胞甲基组和染色质构象联合图谱,识别了4673个细胞群和274个跨模态注释亚类 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类或其他物种 | 构建大脑细胞类型及其基因调控景观的完整分子图谱 | 成年小鼠大脑117个解剖区域的细胞 | 表观基因组学 | 神经系统疾病 | 单核甲基组测序(snmC-seq3), 多组学测序(snm3C-seq), 空间转录组学 | NA | 甲基组数据, 染色质构象数据, 转录组数据 | 301,626个甲基组和176,003个染色质构象-甲基组联合图谱 | NA | 单细胞甲基组测序, 单细胞多组学测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 178 | 2025-10-05 |
The molecular cytoarchitecture of the adult mouse brain
2023-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06818-7
PMID:38092915
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据构建成年小鼠大脑细胞类型综合图谱 | 首次将高通量单核RNA测序与近细胞分辨率的Slide-seq空间转录组技术相结合,系统绘制全脑细胞类型图谱 | 研究仅限于小鼠模型,人类大脑的细胞架构可能存在差异 | 构建哺乳动物大脑细胞类型的综合空间图谱 | 成年小鼠大脑 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | 单核RNA测序, Slide-seq空间转录组 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 全脑范围样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Slide-seq | 近细胞分辨率的空间转录组方法 |
| 179 | 2025-10-05 |
Molecularly defined and spatially resolved cell atlas of the whole mouse brain
2023-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06808-9
PMID:38092912
|
研究论文 | 本研究通过整合空间分辨单细胞转录组技术,构建了首个全小鼠大脑的高分辨率分子定义细胞图谱 | 首次实现了全脑范围的单细胞空间转录组分析,整合了MERFISH和scRNA-seq数据,系统鉴定了5,000多个转录 distinct 细胞簇和300多种主要细胞类型 | 研究仅针对成年小鼠大脑,人类大脑的复杂性可能有所不同;技术方法可能对某些低表达基因检测灵敏度有限 | 构建全脑范围的分子定义细胞空间图谱,解析大脑细胞类型组成和空间组织规律 | 成年小鼠全脑约1,000万个细胞 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | 多重误差鲁棒荧光原位杂交,单细胞RNA测序 | NA | 空间基因表达数据,单细胞转录组数据 | 约1,000万个细胞,覆盖整个成年小鼠大脑 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 整合MERFISH和scRNA-seq技术的空间分辨单细胞表达谱分析 |
| 180 | 2025-10-05 |
Differences in cell shape, motility, and growth reflect chromosomal number variations that can be visualized with live-cell ChReporters
2023-12-01, Molecular biology of the cell
IF:3.1Q3
DOI:10.1091/mbc.E23-06-0207
PMID:37903225
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研究论文 | 利用活细胞染色体报告系统研究染色体数目变化对细胞形态、运动和生长的影响 | 开发了活细胞'ChReporter'方法,可实时识别单个染色体缺失的细胞,并揭示染色体数目变化与细胞机械表型的关系 | 染色体报告系统阳性克隆的机械表型-基因型关系较为复杂,研究主要集中于标准癌细胞系 | 理解染色体数目变化如何影响细胞形态、运动能力和生长特性 | 标准癌细胞系及其克隆种群 | 细胞生物学 | 癌症 | 活细胞成像, 单细胞RNA测序, 药物反应测试 | NA | 图像, 基因表达数据, 药物反应数据 | 标准癌细胞系及其克隆种群 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |