单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5352 篇文献，本页显示第 1741 - 1760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1741 | 2024-08-07 |
Assessing the effects of aging on the liver endothelial cell landscape using single-cell RNA sequencing
2023-02-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000021
PMID:36724124
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肝脏内皮细胞在老化过程中的转录组变化 | 首次详细描述了老化对肝脏内皮细胞分子调控机制的影响，并发现了两种特异性表达于老年小鼠内皮细胞的亚型 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现 | 探究老化对肝脏内皮细胞分子机制的影响 | 肝脏内皮细胞及其在老化过程中的变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 年轻和老年小鼠的肝脏内皮细胞 |
| 1742 | 2024-08-07 |
Exosomal proteomics identifies RAB13 as a potential regulator of metastasis for HCC
2023-01-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000006
PMID:36633475
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法和体内外实验，首次鉴定了RAB13作为肝细胞癌（HCC）来源外泌体中调控转移的关键蛋白 | 首次发现RAB13在HCC转移中的调控作用，并通过体内外实验验证了其功能 | NA | 探索癌症细胞来源的外泌体蛋白在肿瘤转移中的生物学功能和分子机制 | 肝细胞癌（HCC）的转移机制 | 数字病理学 | 肝癌 | 批量基因表达分析、单细胞RNA测序数据分析、基因集富集分析 | NA | RNA测序数据 | 包括体外HCC细胞系和体内移植瘤小鼠模型 |
| 1743 | 2024-08-04 |
A comparative atlas of single-cell chromatin accessibility in the human brain
2023-10-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf7044
PMID:37824643
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研究论文 | 本文探讨了人脑中单细胞的染色质可及性及其对神经精神障碍的影响 | 通过snATAC-seq技术，揭示了107种不同细胞类型及其在基因组中使用的候选顺式调控DNA元素 | 研究仅限于三名成年人的样本，可能影响结果的普遍性 | 研究人脑中细胞身份和功能的调控程序 | 分析来自三名成人的42个脑区的111万个细胞 | 数字病理学 | 神经精神疾病 | snATAC-seq | 深度学习模型 | 细胞数据 | 3名成年人的42个脑区，合计111万个细胞 |
| 1744 | 2024-08-07 |
Protein arginine N-methyltransferase 4 (PRMT4) contributes to lymphopenia in experimental sepsis
2023-04, Thorax
IF:9.0Q1
DOI:10.1136/thoraxjnl-2021-217526
PMID:35354645
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研究论文 | 本文研究了蛋白质精氨酸N-甲基转移酶4（PRMT4）在实验性脓毒症中对淋巴细胞减少的作用 | 发现了PRMT4在脓毒症患者和实验模型中系统性升高，并揭示了其在淋巴细胞凋亡中的关键作用 | NA | 探讨PRMT4在脓毒症中对淋巴细胞减少的影响及其机制 | PRMT4在脓毒症患者和实验模型中的表达及其对淋巴细胞和单核细胞的影响 | NA | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及脓毒症患者的人体样本以及细胞和动物脓毒症模型 |
| 1745 | 2024-08-04 |
LINE-1 retrotransposon expression in cancerous, epithelial and neuronal cells revealed by 5' single-cell RNA-Seq
2023-03-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad049
PMID:36744437
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研究论文 | 本研究开发了一种新方法以测量癌细胞、上皮细胞和神经细胞中LINE-1逆转录子表达 | 提出了5' scL1seq方法，能够在成千上万的单细胞中测量LINE-1的表达，并发现了人类上皮细胞和小鼠海马神经元中的LINE-1表达 | 缺乏对LINE-1在健康与疾病中作用的全面理解 | 准确理解LINE-1在不同细胞中的表达及其与衰老相关疾病的联系 | 癌细胞、上皮细胞和神经细胞 | 数字病理学 | 衰老相关疾病 | 5'单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA数据 | 成千上万的单细胞 |
| 1746 | 2024-08-07 |
A comprehensive single cell data analysis of lymphoblastoid cells reveals the role of super-enhancers in maintaining EBV latency
2023-01, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.28362
PMID:36453088
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析了淋巴母细胞中的Epstein-Barr病毒（EBV）生命周期，揭示了超级增强子在维持EBV潜伏期中的作用 | 发现了两个新的细胞簇，它们在EBV裂解基因表达上有所不同，并且通过CRISPR-mediated扰动证明了宿主超级增强子及其目标基因对于维持EBV潜伏期是必需的 | NA | 探究EBV在淋巴母细胞中的生命周期及其与宿主基因表达的关系 | 淋巴母细胞中的Epstein-Barr病毒（EBV） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 九个公开可用的淋巴母细胞系 |
| 1747 | 2024-08-04 |
Enrichment of a neutrophil-like monocyte transcriptional state in glioblastoma myeloid suppressor cells
2023-Dec-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3793353/v1
PMID:38234734
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研究论文 | 研究发现胶质母细胞瘤（GBM）患者的单核细胞来源的抑制细胞（M-MDSC）表现出异质性，尤其是富集在类中性粒细胞的转录状态中 | 首次描述了GBM患者M-MDSC的发育来源和表型特征，并识别出了一种新型的单核细胞生成途径NeuMo | 未完全阐明M-MDSC的确切发育过程和所有表型标记 | 揭示胶质母细胞瘤中M-MDSC的异质性和其在肿瘤免疫抑制中的作用 | 胶质母细胞瘤患者的血液样本中的单核细胞来源抑制细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 来自多位（具体数量未提供）胶质母细胞瘤患者的血液样本 |
| 1748 | 2024-08-04 |
Predicting the Structural Impact of Human Alternative Splicing
2023-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.21.572928
PMID:38187531
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研究论文 | 本研究探讨了人类替代剪接对蛋白质结构的影响 | 我们使用AlphaFold2预测了超过11,000个人类同种异构体的结构，揭示了替代剪接所引发的结构变化 | 本研究主要集中在少数技术指标上，可能未能全面覆盖所有替代剪接对结构的影响 | 研究替代剪接对蛋白质结构和功能的影响 | 人类蛋白质同种异构体及其替代剪接变体 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, AlphaFold2 | NA | 结构数据 | 超过11,000个人类同种异构体 |
| 1749 | 2024-08-04 |
CD4+ T cells are homeostatic regulators during Mtb reinfection
2023-Dec-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.20.572669
PMID:38187598
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研究论文 | 该文研究了CD4+ T细胞在Mtb再感染期间的调节作用 | 研究表明CD4 T细胞在再感染环境中通过减少肺部炎症和调节CD8 T细胞活性来提供长期的保护作用 | 目前对再感染后肺部细胞环境的变化了解仍然有限 | 探讨CD4 T细胞在Mtb再感染中的作用及其对疾病严重性的影响 | 采用非人灵长类动物的再感染模型观察CD4 T细胞对保护反应的影响 | 免疫学 | 结核病 | PET-CT、流式细胞术和单细胞RNA测序 | NA | 临床和微生物学数据 | 非人灵长类动物模型 |
| 1750 | 2024-08-07 |
Single-cell morphological and transcriptome analysis unveil inhibitors of polyploid giant breast cancer cells in vitro
2023-12-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05674-5
PMID:38129519
|
研究论文 | 本文通过单细胞形态学和转录组分析，识别了抑制体外多倍体巨型乳腺癌细胞的化合物 | 建立了高吞吐量和精确度的单细胞形态学分析流程，并结合scRNA-Seq技术，揭示了乳腺癌多倍体巨型细胞的细胞周期、代谢和铁死亡敏感性的变化 | NA | 发现有效的抗多倍体巨型癌细胞化合物 | 多倍体巨型乳腺癌细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-Seq | NA | 单细胞数据 | NA |
| 1751 | 2024-08-04 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-Dec-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44142-w
PMID:38123561
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研究论文 | 该文章分析了斑马鱼视网膜中受伤诱导和发育神经发生的基因调控网络 | 展示了损伤如何诱导穆勒胶质细胞重编程为类似晚期视网膜前体细胞的状态 | 需要进一步确认不同视网膜细胞亚型损伤的转录因子基因表达差异及其再生结果的机制 | 研究斑马鱼在视网膜受损后的再生能力及其与发育过程的关系 | 斑马鱼视网膜中的穆勒胶质细胞及其分化为神经前体细胞的过程 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序和ATAC测序 | NA | 基因表达数据 | 开发和再生的视网膜样本 |
| 1752 | 2024-08-04 |
Differential detection workflows for multi-sample single-cell RNA-seq data
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.17.572043
PMID:38187695
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研究论文 | 本文开发了一种评估差异检测的工作流程，在单细胞转录组中测试基因在样本或细胞中的检测差异 | 提出了一种统一的工作流程，联合评估差异表达和差异检测 | 本文未提及具体的局限性 | 探索单细胞转录组学中基因表达的差异及其分布特性 | 多样本单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用了模拟和两个案例研究 |
| 1753 | 2024-08-04 |
Pathway centric analysis for single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics data with GSDensity
2023-Dec-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44206-x
PMID:38110427
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GSDensity的图建模方法，能够对单细胞和空间转录组数据进行通路中心的分析。 | GSDensity方法能够在没有进行聚类的情况下，准确检测生物学上不同的细胞，并揭示现有方法未能识别的新型细胞-通路关联。 | 本研究的局限性未在摘要中提到 | 研究旨在提供一种新的方法来分析复杂的单细胞和空间转录组数据。 | 研究对象包括小鼠大脑发育各阶段和人类肿瘤的空间转录组数据。 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | 图模型 | 单细胞和空间转录组数据 | 涉及六种不同肿瘤类型的样本 |
| 1754 | 2024-08-04 |
Unagi: Deep Generative Model for Deciphering Cellular Dynamics and In-Silico Drug Discovery in Complex Diseases
2023-Dec-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3676579/v1
PMID:38196613
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研究论文 | 本文介绍了UNAGI，一种深度生成神经网络，旨在分析时间序列单细胞转录组数据。 | 本文的创新点在于开发了一种专门用于解析复杂疾病中细胞动态和药物发现的深度生成模型UNAGI。 | 本文未具体说明UNAGI在不同疾病应用中的局限性。 | 研究的目的是通过深度学习分析细胞动态，以改进疾病进程分析和药物发现。 | 研究对象主要是来自特发性肺纤维化患者的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞测序 | 深度生成神经网络 | 文本 | NA |
| 1755 | 2024-08-04 |
A neuronal coping mechanism linking stress-induced anxiety to motivation for reward
2023-12-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh9620
PMID:38055830
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研究论文 | 这篇文章展示了急性压力如何通过激活小鼠的GABA能神经元影响焦虑和奖励动机。 | 研究揭示了应激、焦虑与动机之间的神经基础，并首次探索IPN GABA能神经元在应激应对机制中的作用。 | 研究主要在小鼠模型中进行，是否适用于其他物种尚不明确。 | 本研究旨在揭示压力如何通过神经机制影响焦虑和奖励动机。 | 本研究的对象为小鼠，特别是研究其GABA能神经元的活动。 | 神经科学 | 焦虑症 | 光遗传学，单细胞测序，光纤光度测定 | NA | 生物体实验数据 | 使用多个小鼠进行实验，具体样本数量未在摘要中明确 |
| 1756 | 2024-08-04 |
Hemorrhage-activated NRF2 in tumor-associated macrophages drives cancer growth, invasion, and immunotherapy resistance
2023-Dec-07, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI174528
PMID:38060331
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研究论文 | 这篇文章探讨了肿瘤相关巨噬细胞中由出血激活的NRF2如何促进癌症生长、侵袭和免疫治疗抵抗。 | 文章首次揭示了肿瘤内出血通过NRF2激活的巨噬细胞促进癌症发展的新机制。 | 研究主要集中在小鼠模型上，临床转化的有效性和适用性尚未得到验证 | 研究目的是探索出血在癌症进展和治疗反应中的独立作用。 | 研究对象为肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中如何发育与功能。 | 数字病理学 | 肠癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组测序 | NA | 细胞，组织样本 | 用于实验的样本数量和种类未在摘要中明确提及 |
| 1757 | 2024-08-04 |
Spatial gene expression in the adult rat patellar tendon
2023-Dec, Matrix biology plus
DOI:10.1016/j.mbplus.2023.100138
PMID:38124714
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研究论文 | 本研究探讨了成年大鼠髌腱的空间基因表达特征 | 发现了一个新的空间调控基因(AABR07000398.1)，其功能尚不明确 | 仅使用了两份雄性大鼠髌腱样本，样本量较小 | 确定髌腱的基因表达谱及其空间分布 | 雄性大鼠的髌腱样本 | 数字病理 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 2个雄性大鼠髌腱样本 |
| 1758 | 2024-08-04 |
Semi-reference based cell type deconvolution with application to human metastatic cancers
2023-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad109
PMID:38143958
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研究论文 | 本研究介绍了一种新颖的解卷积方法SECRET，用于从大规模RNA-seq数据中准确估计细胞类型比例 | SECRET方法允许在参考数据中未代表的细胞类型情况下灵活选择参考数据，并且在合成数据上表现出优越的准确性 | 未提及具体的限制信息 | 研究如何从大规模RNA-seq数据中提取细胞类型特异性信息 | 研究以人类转移性癌症为对象 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 1759 | 2024-08-07 |
Connecting single-cell transcriptomes to projectomes in mouse visual cortex
2023-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.25.568393
PMID:38168270
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研究论文 | 本文通过收集小鼠视觉皮层兴奋性神经元的Patch-seq和全脑形态学数据集，定义了16种综合形态-电-转录组（MET）类型，并重建了300个神经元的完整形态，通过多步骤分类器统一两个数据集，研究了转录组变异与形态学和电生理表型的关系，并预测了个体神经元的投射目标。 | 本文创新性地将单细胞转录组数据与全脑形态学数据相结合，通过多步骤分类器统一数据集，建立了小鼠视觉皮层兴奋性神经元的综合分类系统，并揭示了细胞类型特异性的跨半球投射。 | NA | 研究小鼠视觉皮层兴奋性神经元的综合形态-电-转录组类型，并预测其投射目标。 | 小鼠视觉皮层兴奋性神经元的转录组、形态学和电生理特性。 | 数字病理学 | NA | Patch-seq | 多步骤分类器 | 转录组数据、形态学数据 | 300个神经元 |
| 1760 | 2024-08-04 |
Chimeric Antigen Receptor T Cell Therapy Targeting Epithelial Cell Adhesion Molecule in Gastric Cancer: Mechanisms of Tumor Resistance
2023-Nov-23, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15235552
PMID:38067255
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研究论文 | 该研究开发了一种针对上皮细胞粘附因子（EpCAM）的嵌合抗原受体（CAR）T细胞，用于治疗胃癌，并探讨肿瘤如何逃逸免疫监视及对CAR T细胞疗法的抗性机制 | 首次通过全身CAR T细胞成像和单细胞多组学分析揭示了肿瘤与肿瘤浸润淋巴细胞之间复杂的相互作用 | 研究主要集中在胃癌模型，结果可能不完全适用于其他癌症类型 | 揭示肿瘤逃逸免疫监视和发展抗性机制的精确机制 | 胃癌模型中肿瘤细胞和肿瘤浸润的淋巴细胞 | 数字病理 | 胃癌 | CAR T细胞成像、单细胞多组学分析 | NA | 图像、转录组数据 | 在胃癌模型中分析的CD8和CD4 T细胞 |