单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 1721 - 1740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1721 | 2024-08-07 |
Predicting drug response from single-cell expression profiles of tumours
2023-12-01, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-023-03182-1
PMID:38041118
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研究论文 | 本文介绍了DREEP方法，用于从肿瘤单细胞表达谱预测药物反应，并验证了其在多个独立单细胞数据集上的准确性和鲁棒性 | DREEP利用公开的药理基因组屏幕数据和功能富集分析，从转录组数据预测单细胞药物敏感性 | NA | 提高癌症治疗的疗效和精确性 | 肿瘤单细胞表达谱和药物反应 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 计算方法 | 转录组数据 | 超过200个癌症细胞系 |
| 1722 | 2024-08-04 |
Molecular and spatial signatures of mouse brain aging at single-cell resolution
2023-01-05, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.12.010
PMID:36580914
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研究论文 | 本研究生成了小鼠大脑衰老的高分辨率细胞图谱 | 首次通过空间分辨的单细胞转录组学量化了小鼠大脑在衰老过程中细胞类型的基因表达和空间组织变化 | 主要集中在前额叶皮层和纹状体，可能不代表大脑其他区域的变化 | 理解与衰老相关的细胞和分子结构变化机制 | 小鼠大脑的非神经细胞和神经元 | 数字病理学 | 老年疾病 | 空间分辨的单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠样本 |
| 1723 | 2024-08-04 |
Deciphering driver regulators of cell fate decisions from single-cell transcriptomics data with CEFCON
2023-Dec-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44103-3
PMID:38123534
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研究论文 | 本文提出了CEFCON，一个以网络为基础的框架，用于从单细胞转录组数据中解析细胞命运决策的驱动调节因子 | CEFCON结合图神经网络和注意机制，从单细胞RNA测序数据中推导出细胞谱系特异的基因调控网络，并通过网络控制理论建模细胞命运动态 | NA | 研究细胞命运决策背后的调控机制 | 小鼠造血干细胞分化数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 图神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 1724 | 2024-08-07 |
The developmental hierarchy and scarcity of replicative slender trypanosomes in blood challenges their role in infection maintenance
2023-10-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2306848120
PMID:37824530
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研究论文 | 本文通过实验证明在急性与慢性感染的小鼠中，细胞周期停滞是不可逆的，并通过复制能力分析和单细胞转录组分析揭示了时间层次结构 | 本文首次展示了在感染建立后，血液中的增殖寄生虫异常稀少，这挑战了血液寄生虫通过增殖或抗原变异维持感染的能力 | NA | 探讨寄生虫在宿主体内的发展层次及其在感染维持中的作用 | 寄生虫的细胞周期停滞及其在感染中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠实验 |
| 1725 | 2024-08-04 |
Developmental estrogen exposure in mice disrupts uterine epithelial cell differentiation and causes adenocarcinoma via Wnt/β-catenin and PI3K/AKT signaling
2023-10, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002334
PMID:37856394
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研究论文 | 本研究探讨了发育期雌激素接触如何通过Wnt/β-catenin和PI3K/AKT信号通路影响子宫上皮细胞的分化并导致腺癌 | 本研究首次揭示了从发育期接触内分泌干扰化学物质到成人癌症发展的机制路径 | 研究主要基于小鼠模型，可能存在物种间差异的局限性 | 本研究旨在探究在发育期接触环境因素如何影响癌症风险及其机制 | 研究对象是小鼠模型，特别关注子宫腺癌及相关细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）和空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 1726 | 2024-08-07 |
Probing the communication patterns of different chondrocyte subtypes in osteoarthritis at the single cell level using pattern recognition and manifold learning
2023-09-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-41874-z
PMID:37660146
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组数据集探索不同软骨细胞亚型在骨关节炎中的协同和通信模式 | 首次基于单细胞层面的网络分析和模式识别，分析了不同软骨细胞亚型的活跃通信模式，并使用流形学习和定量对比分析了保守和特定的通信途径 | NA | 理解骨关节炎的微环境并优化细胞靶向疗法 | 不同软骨细胞亚型在人类软骨退化和再生中的通信模式 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞转录组 | 流形学习 | 转录组数据 | 1600个软骨细胞来自10名骨关节炎患者 |
| 1727 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis reveals diagnostic and prognostic signatures and immunoinfiltration in gastric cancer
2023-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107239
PMID:37450965
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研究论文 | 本研究探讨了与胃癌（GC）患者T细胞相关的预后基因特征，提供了预测患者生存率和免疫浸润水平的见解 | 建立了胃癌的单细胞转录组图谱，并识别了与T细胞相关的预后基因特征 | 样本数量较少，仅基于10个肿瘤样本和相应的正常样本进行分析 | 探讨可以预测胃癌患者预后的相关基因特征 | 胃癌患者的免疫相关预后基因特征 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | 细胞 | 10个肿瘤样本和相应正常样本，包含18416个细胞 |
| 1728 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing defines disease-specific differences between chronic nodular prurigo and atopic dermatitis
2023-08, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.04.019
PMID:37210042
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了慢性结节性痒疹（CNPG）与特应性皮炎（AD）以及健康对照个体皮肤病变中的分子差异 | 发现了CNPG和AD中免疫偏斜的类型2，以及CNPG特有的细胞外基质组织、胶原蛋白合成和纤维化特征 | NA | 旨在深入理解CNPG的病理机制以及CNPG与AD之间的分子关系 | 慢性结节性痒疹（CNPG）和特应性皮炎（AD）患者的皮肤病变 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | CNPG、AD患者及健康对照个体的皮肤病变样本 |
| 1729 | 2024-08-07 |
scJVAE: A novel method for integrative analysis of multimodal single-cell data
2023-05, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106865
PMID:37030268
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scJVAE的新方法，用于整合和学习多模态单细胞数据的联合表示，并去除批次效应 | scJVAE方法能够有效地去除批次效应并整合配对的scRNA-seq和scATAC-seq数据，优于现有的先进方法 | NA | 研究目的是开发一种新的方法来处理多模态单细胞数据的批次效应和联合表示 | 多模态单细胞数据，特别是scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 单细胞组学 | NA | 单细胞技术 | 变分自编码器（VAE） | 多模态数据 | 使用多种配对基因表达和开放染色质数据集进行评估 |
| 1730 | 2024-08-07 |
Connexin 43-mediated neurovascular interactions regulate neurogenesis in the adult brain subventricular zone
2023-04-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112371
PMID:37043357
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研究论文 | 本文探讨了连接蛋白43（Cx43）在成年大脑侧脑室下区（SVZ）中通过神经血管相互作用调节神经发生的作用 | 发现Cx43在SVZ中的神经干细胞（NSC）和内皮细胞（EC）中高度表达，其缺失导致NSC增殖和神经母细胞生成增加，表明Cx43介导的NSC-EC相互作用维持NSC静息状态 | NA | 研究Cx43在成年大脑SVZ中通过神经血管相互作用调节神经干细胞行为的机制 | 神经干细胞（NSC）和内皮细胞（EC）在成年大脑侧脑室下区（SVZ）的相互作用 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1731 | 2024-08-04 |
Single-Cell Transcriptomics To Define Plasmodium falciparum Stage Transition in the Mosquito Midgut
2023-Feb-27, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.03671-22
PMID:36847501
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学分析了疟原虫在蚊子肠道中的发育过程 | 揭示了疟原虫在蚊子肠道中早期到晚期发展的转录组特征，并发现了一些新的生物标志物 | 对其他发育阶段或其他蚊子种类的适用性未进行探索 | 深入理解疟原虫在蚊子体内发育期间的生物学特性 | 疟原虫Plasmodium falciparum在蚊子肠道的发育过程 | 数字病理学 | 疟疾 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 覆盖疟原虫从配子到ookinete的多个阶段 |
| 1732 | 2024-08-07 |
Exploring the potential mechanisms of impairment on genitourinary system associated with coronavirus disease 2019 infection: Bioinformatics and molecular simulation analyses
2023-Feb-07, Asian journal of urology
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.ajur.2022.12.004
PMID:36776826
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研究论文 | 本研究通过生物信息学和分子模拟分析，探讨了新冠病毒感染对泌尿生殖系统损害的潜在机制 | 本研究揭示了ACE2、TMPRSS2和CD147在正常泌尿生殖器官中的高表达，并分析了这些蛋白在多种肿瘤和慢性肾脏疾病中的表达情况，以及它们在泌尿生殖器官中的细胞特异性表达模式 | NA | 探索新冠病毒感染对泌尿生殖系统损害的潜在机制 | ACE2、TMPRSS2、CD147等蛋白在泌尿生殖器官中的表达模式及其与新冠病毒感染的关系 | 生物信息学 | 泌尿生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序、基因集富集分析 | NA | 基因表达数据 | 涉及膀胱、肾脏、前列腺和睾丸等多种泌尿生殖器官的细胞 |
| 1733 | 2024-08-07 |
Cross-species analysis of transcriptome emphasizes a critical role of TNF-α in mediating MAP2K7/AKT2 signaling in zearalenone-induced apoptosis
2023-10-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2023.132226
PMID:37549580
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研究论文 | 本研究通过跨物种转录组分析，探讨了玉米赤霉烯酮（ZEN）诱导的细胞凋亡中TNF-α介导的MAP2K7/AKT2信号通路的关键作用 | 首次综合运用比较转录组分析、单细胞转录组分析和加权基因共表达网络分析（WGCNA），结合体内基因敲除和体外RNA干扰技术，揭示了ZEN诱导的细胞凋亡中TNF-α-MAP2K7/AKT2轴的主要信号通路 | NA | 探究ZEN诱导的细胞凋亡机制，并为因ZEN导致的畜牧业和人类生殖健康损失提供新的潜在治疗靶点 | 猪和鼠的颗粒细胞（pGCs和mGCs） | 数字病理学 | 生殖健康风险 | 比较转录组分析、单细胞转录组分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、基因敲除、RNA干扰 | NA | 转录组数据 | 涉及猪和鼠的颗粒细胞 |
| 1734 | 2024-08-04 |
Neural connectivity molecules best identify the heterogeneous clock and dopaminergic cell types in the Drosophila adult brain
2023-02-22, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ade8500
PMID:36812309
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研究论文 | 这篇文章研究了果蝇成年脑中时钟和多巴胺细胞类型的异质性 | 首次揭示了成体脑中多巴胺神经元与时钟神经元在基因表达上的相似异质性，并强调了神经连接分子在识别细胞类型中的重要性 | 研究主要集中于果蝇成年大脑的特定神经元类型，结果可能不适用于其他物种或更广泛的神经元类型 | 确定果蝇成体大脑中多巴胺神经元和时钟神经元的异质性及其基因表达特点 | 成年果蝇的大脑多巴胺神经元和时钟神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 成年果蝇的大脑多个神经元群体 |
| 1735 | 2024-08-04 |
Reactive astrogliosis in the era of single-cell transcriptomics
2023, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2023.1173200
PMID:37153637
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综述 | 本文概述了通过单细胞转录组学定义的反应性星形胶质细胞群体在多种神经病理中的作用 | 揭示了反应性星形胶质细胞在神经病理中的多样性及其时间和空间上的不同表达模式 | 未详细探讨特定疾病模型中的机制，可能影响对复杂病理的理解 | 探讨反应性星形胶质细胞在不同神经病理中的作用及其转录组特征 | 反应性星形胶质细胞及其在神经病理中的表现 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多种神经病理的数据集，具体样本量未明确 |
| 1736 | 2024-08-04 |
FXYD3 functionally demarcates an ancestral breast cancer stem cell subpopulation with features of drug-tolerant persisters
2023-11-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI166666
PMID:37966117
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研究论文 | 该文章研究了FXYD3在三阴性乳腺癌干细胞亚群体中的功能及其耐药特征 | 发现了以FXYD3为标志的乳腺癌干细胞亚群，并揭示了其与药物耐受性持久存活者的关系 | 研究主要集中在三阴性乳腺癌，可能不适用于其他类型的癌症 | 探讨肿瘤中癌症干细胞的异质性及其在化疗中的敏感性 | 三阴性乳腺癌（TNBC）中的癌症干细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | NA | NA |
| 1737 | 2024-08-07 |
Mechanisms underlying the therapeutic effects of cinobufagin in treating melanoma based on network pharmacology, single-cell RNA sequencing data, molecular docking, and molecular dynamics simulation
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1315965
PMID:38348352
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研究论文 | 本研究旨在预测蟾毒灵在黑色素瘤中的潜在作用靶点，通过网络药理学、单细胞RNA测序数据、分子对接和分子动力学模拟等方法进行分析 | 本研究结合多种先进技术，如单细胞RNA测序和分子动力学模拟，以揭示蟾毒灵治疗黑色素瘤的新机制 | 研究结论缺乏相关实验数据支持，需要进一步实验验证 | 预测蟾毒灵在黑色素瘤中的潜在作用靶点 | 蟾毒灵在黑色素瘤中的作用机制 | 分子生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | NA | 基因表达数据 | 使用GSE46517和GSE215120数据集中的样本 |
| 1738 | 2024-08-05 |
Type I interferon signature and cycling lymphocytes in macrophage activation syndrome
2023-11-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI165616
PMID:37751296
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研究论文 | 本文研究了与Still病相关的巨噬细胞激活综合征（MAS）中的I型干扰素特征和循环淋巴细胞。 | 该研究揭示了MAS患者中I型干扰素过量产生与IL-15的协同作用，导致CD38+HLA-DR+循环淋巴细胞的生成，这为理解MAS的免疫机制提供了新见解。 | 该研究主要基于对外周血单核细胞的分析，尚需进一步验证其在不同患者群体中的普遍性。 | 旨在更深入地理解Still病和巨噬细胞激活综合征的免疫学特征。 | 研究对象为健康对照组与有或没有MAS的Still病患者。 | 数字病理学 | Still病 | bulk RNA-Seq, single-cell RNA-Seq, 质量细胞术, 流式细胞术 | NA | RNA数据 | 超过65,000个PBMC样本 |
| 1739 | 2024-08-05 |
SnapATAC2: a fast, scalable and versatile tool for analysis of single-cell omics data
2023-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.11.557221
PMID:37745443
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研究论文 | 本文介绍了一种新算法SnapATAC2，用于单细胞组学数据的分析。 | 提出了一种快速非线性降维算法，能够高效捕捉单细胞组学数据的异质性，同时运行时间和内存使用与细胞数量线性相关。 | 未提及具体的限制 | 旨在提高对复杂组织中动态基因调控的理解。 | 分析单细胞组学数据，包括单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq等。 | 单细胞组学 | NA | NA | NA | 单细胞组学数据 | 使用了多种单细胞组学数据类型 |
| 1740 | 2024-08-07 |
Plakoglobin is a mechanoresponsive regulator of naive pluripotency
2023-07-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39515-0
PMID:37419903
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研究论文 | 本文研究了机械力对小鼠胚胎干细胞原始多能性的调控作用，特别是通过微流控技术调控细胞微环境，发现Plakoglobin在维持原始多能性中的关键作用 | 首次揭示了Plakoglobin作为机械敏感调节因子在原始多能性中的作用，并提供了一种研究体积限制对细胞命运转变影响的新范式 | NA | 探讨机械刺激如何转化为转录程序，以深入了解哺乳动物植入前发育的机制 | 小鼠胚胎干细胞 | NA | NA | 微流控技术 | NA | 单细胞转录组 | NA |