单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1681	2024-08-07	A Comparison of the Various Methods for Selecting Features for Single-Cell RNA Sequencing Data in Alzheimer's Disease 2023, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-31982-2_27 PMID:37486500	研究论文	本文比较了用于阿尔茨海默病中单细胞RNA测序数据特征选择的不同方法	本文采用了专门为单细胞RNA测序设计的特征选择算法，并将其应用于阿尔茨海默病的研究	NA	研究旨在评估和比较不同标记基因选择方法在阿尔茨海默病中的性能	阿尔茨海默病中的单细胞RNA测序数据	生物医学研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	支持向量机 (SVM), k-最近邻算法 (k-NN), 线性判别分析 (LDA)	单细胞RNA测序数据	NA
1682	2024-08-07	Construction and evaluation of endometriosis diagnostic prediction model and immune infiltration based on efferocytosis-related genes 2023, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2023.1298457 PMID:38370978	研究论文	本研究构建并评估了基于吞噬作用相关基因的子宫内膜异位症诊断预测模型及免疫浸润	本研究首次识别并验证了与子宫内膜异位症相关的13个吞噬作用相关差异表达基因，并构建了诊断模型	研究主要基于公共数据库和机器学习技术，临床样本验证有限	旨在识别子宫内膜异位症的诊断标志物并构建诊断模型	子宫内膜异位症及其相关的吞噬作用相关基因	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO和SVM回归模型	基因表达数据	涉及多个公共数据库中的数据集
1683	2024-08-07	Single-cell profiling reveals the trajectory of FOLR2-expressing tumor-associated macrophages to regulatory T cells in the progression of lung adenocarcinoma 2023-08-02, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-023-06021-6 PMID:37532692	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了肺腺癌（LUAD）中免疫抑制微环境的形成机制，揭示了FOLR2表达的肿瘤相关巨噬细胞向调节性T细胞的转变轨迹。	首次通过单细胞转录组图谱揭示了从癌前到侵袭性LUAD的免疫抑制微环境形成的潜在轨迹，包括ARM-RETN/TAM-FOLR2/DCs/CD4NR4A3/CD4FOXP3的转变。	研究样本量较小，仅包括12个LUAD样本和3个正常肺样本，可能影响结果的普遍性。	探究肺腺癌中免疫抑制微环境的细胞机制。	肺腺癌样本和正常肺样本中的细胞成分和转录组。	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	12个肺腺癌样本和3个正常肺样本
1684	2024-08-07	Localizing Hormone Receptor Expression to Cellular Compartments in Idiopathic Subglottic Stenosis 2023-12, The Laryngoscope DOI:10.1002/lary.30856 PMID:37382162	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，定位了特发性声门下狭窄（iSGS）患者中雌激素受体（ESR1和ESR2）和孕激素受体（PGR）在特定细胞亚群中的表达	首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了iSGS患者中激素受体在不同细胞亚群中的表达模式	研究样本量较小，且仅限于iSGS患者，可能影响结果的普遍性	探究雌激素和孕激素受体在iSGS病理发生中的作用机制	特发性声门下狭窄（iSGS）患者的气道瘢痕和健康黏膜组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	25,974个单独测序的细胞，来自7例声门下瘢痕和3例匹配的无影响黏膜的iSGS患者
1685	2024-08-07	A gain-of-function variation in PLCG1 causes a new immune dysregulation disease 2023-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.06.020 PMID:37422272	研究论文	本文研究了一种新的免疫调节疾病，由PLCG1酶的获得性功能变异引起	首次报道了人类疾病中的生殖系PLCG1突变，并揭示了PLCG1激活变异在免疫失调中的关键作用	NA	探究PLCG1激活变异在免疫失调中的分子发病机制	PLCG1激活变异对蛋白质功能和免疫信号的影响	NA	免疫调节疾病	全外显子测序, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 定量PCR, 飞行时间流式细胞术, 免疫印迹, 流式细胞术, 荧光素酶测定, IP-One ELISA, 钙通量测定	NA	RNA, 蛋白质	一名早期发病的免疫失调疾病患者, COS-7和Jurkat细胞系
1686	2024-08-07	Predicting drug response from single-cell expression profiles of tumours 2023-12-01, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-023-03182-1 PMID:38041118	研究论文	本文介绍了DREEP方法，用于从肿瘤单细胞表达谱预测药物反应，并验证了其在多个独立单细胞数据集上的准确性和鲁棒性	DREEP利用公开的药理基因组屏幕数据和功能富集分析，从转录组数据预测单细胞药物敏感性	NA	提高癌症治疗的疗效和精确性	肿瘤单细胞表达谱和药物反应	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	计算方法	转录组数据	超过200个癌症细胞系
1687	2024-08-04	Molecular and spatial signatures of mouse brain aging at single-cell resolution 2023-01-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.12.010 PMID:36580914	研究论文	本研究生成了小鼠大脑衰老的高分辨率细胞图谱	首次通过空间分辨的单细胞转录组学量化了小鼠大脑在衰老过程中细胞类型的基因表达和空间组织变化	主要集中在前额叶皮层和纹状体，可能不代表大脑其他区域的变化	理解与衰老相关的细胞和分子结构变化机制	小鼠大脑的非神经细胞和神经元	数字病理学	老年疾病	空间分辨的单细胞转录组学	NA	基因表达数据	多个小鼠样本
1688	2024-08-04	Deciphering driver regulators of cell fate decisions from single-cell transcriptomics data with CEFCON 2023-Dec-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44103-3 PMID:38123534	研究论文	本文提出了CEFCON，一个以网络为基础的框架，用于从单细胞转录组数据中解析细胞命运决策的驱动调节因子	CEFCON结合图神经网络和注意机制，从单细胞RNA测序数据中推导出细胞谱系特异的基因调控网络，并通过网络控制理论建模细胞命运动态	NA	研究细胞命运决策背后的调控机制	小鼠造血干细胞分化数据	数字病理学	NA	RNA-seq	图神经网络	单细胞RNA测序数据	NA
1689	2024-08-07	The developmental hierarchy and scarcity of replicative slender trypanosomes in blood challenges their role in infection maintenance 2023-10-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2306848120 PMID:37824530	研究论文	本文通过实验证明在急性与慢性感染的小鼠中，细胞周期停滞是不可逆的，并通过复制能力分析和单细胞转录组分析揭示了时间层次结构	本文首次展示了在感染建立后，血液中的增殖寄生虫异常稀少，这挑战了血液寄生虫通过增殖或抗原变异维持感染的能力	NA	探讨寄生虫在宿主体内的发展层次及其在感染维持中的作用	寄生虫的细胞周期停滞及其在感染中的作用	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	小鼠实验
1690	2024-08-04	Developmental estrogen exposure in mice disrupts uterine epithelial cell differentiation and causes adenocarcinoma via Wnt/β-catenin and PI3K/AKT signaling 2023-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002334 PMID:37856394	研究论文	本研究探讨了发育期雌激素接触如何通过Wnt/β-catenin和PI3K/AKT信号通路影响子宫上皮细胞的分化并导致腺癌	本研究首次揭示了从发育期接触内分泌干扰化学物质到成人癌症发展的机制路径	研究主要基于小鼠模型，可能存在物种间差异的局限性	本研究旨在探究在发育期接触环境因素如何影响癌症风险及其机制	研究对象是小鼠模型，特别关注子宫腺癌及相关细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和空间转录组学	NA	NA	NA
1691	2024-08-07	Probing the communication patterns of different chondrocyte subtypes in osteoarthritis at the single cell level using pattern recognition and manifold learning 2023-09-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-41874-z PMID:37660146	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据集探索不同软骨细胞亚型在骨关节炎中的协同和通信模式	首次基于单细胞层面的网络分析和模式识别，分析了不同软骨细胞亚型的活跃通信模式，并使用流形学习和定量对比分析了保守和特定的通信途径	NA	理解骨关节炎的微环境并优化细胞靶向疗法	不同软骨细胞亚型在人类软骨退化和再生中的通信模式	数字病理学	骨关节炎	单细胞转录组	流形学习	转录组数据	1600个软骨细胞来自10名骨关节炎患者
1692	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis reveals diagnostic and prognostic signatures and immunoinfiltration in gastric cancer 2023-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107239 PMID:37450965	研究论文	本研究探讨了与胃癌（GC）患者T细胞相关的预后基因特征，提供了预测患者生存率和免疫浸润水平的见解	建立了胃癌的单细胞转录组图谱，并识别了与T细胞相关的预后基因特征	样本数量较少，仅基于10个肿瘤样本和相应的正常样本进行分析	探讨可以预测胃癌患者预后的相关基因特征	胃癌患者的免疫相关预后基因特征	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	细胞	10个肿瘤样本和相应正常样本，包含18416个细胞
1693	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing defines disease-specific differences between chronic nodular prurigo and atopic dermatitis 2023-08, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.04.019 PMID:37210042	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了慢性结节性痒疹（CNPG）与特应性皮炎（AD）以及健康对照个体皮肤病变中的分子差异	发现了CNPG和AD中免疫偏斜的类型2，以及CNPG特有的细胞外基质组织、胶原蛋白合成和纤维化特征	NA	旨在深入理解CNPG的病理机制以及CNPG与AD之间的分子关系	慢性结节性痒疹（CNPG）和特应性皮炎（AD）患者的皮肤病变	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	CNPG、AD患者及健康对照个体的皮肤病变样本
1694	2024-08-07	scJVAE: A novel method for integrative analysis of multimodal single-cell data 2023-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106865 PMID:37030268	研究论文	本文介绍了一种名为scJVAE的新方法，用于整合和学习多模态单细胞数据的联合表示，并去除批次效应	scJVAE方法能够有效地去除批次效应并整合配对的scRNA-seq和scATAC-seq数据，优于现有的先进方法	NA	研究目的是开发一种新的方法来处理多模态单细胞数据的批次效应和联合表示	多模态单细胞数据，特别是scRNA-seq和scATAC-seq数据	单细胞组学	NA	单细胞技术	变分自编码器（VAE）	多模态数据	使用多种配对基因表达和开放染色质数据集进行评估
1695	2024-08-07	Connexin 43-mediated neurovascular interactions regulate neurogenesis in the adult brain subventricular zone 2023-04-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112371 PMID:37043357	研究论文	本文探讨了连接蛋白43（Cx43）在成年大脑侧脑室下区（SVZ）中通过神经血管相互作用调节神经发生的作用	发现Cx43在SVZ中的神经干细胞（NSC）和内皮细胞（EC）中高度表达，其缺失导致NSC增殖和神经母细胞生成增加，表明Cx43介导的NSC-EC相互作用维持NSC静息状态	NA	研究Cx43在成年大脑SVZ中通过神经血管相互作用调节神经干细胞行为的机制	神经干细胞（NSC）和内皮细胞（EC）在成年大脑侧脑室下区（SVZ）的相互作用	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1696	2024-08-04	Single-Cell Transcriptomics To Define Plasmodium falciparum Stage Transition in the Mosquito Midgut 2023-Feb-27, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.03671-22 PMID:36847501	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析了疟原虫在蚊子肠道中的发育过程	揭示了疟原虫在蚊子肠道中早期到晚期发展的转录组特征，并发现了一些新的生物标志物	对其他发育阶段或其他蚊子种类的适用性未进行探索	深入理解疟原虫在蚊子体内发育期间的生物学特性	疟原虫Plasmodium falciparum在蚊子肠道的发育过程	数字病理学	疟疾	单细胞转录组学	NA	转录组数据	覆盖疟原虫从配子到ookinete的多个阶段
1697	2024-08-07	Exploring the potential mechanisms of impairment on genitourinary system associated with coronavirus disease 2019 infection: Bioinformatics and molecular simulation analyses 2023-Feb-07, Asian journal of urology IF:2.4Q2 DOI:10.1016/j.ajur.2022.12.004 PMID:36776826	研究论文	本研究通过生物信息学和分子模拟分析，探讨了新冠病毒感染对泌尿生殖系统损害的潜在机制	本研究揭示了ACE2、TMPRSS2和CD147在正常泌尿生殖器官中的高表达，并分析了这些蛋白在多种肿瘤和慢性肾脏疾病中的表达情况，以及它们在泌尿生殖器官中的细胞特异性表达模式	NA	探索新冠病毒感染对泌尿生殖系统损害的潜在机制	ACE2、TMPRSS2、CD147等蛋白在泌尿生殖器官中的表达模式及其与新冠病毒感染的关系	生物信息学	泌尿生殖系统疾病	单细胞RNA测序、基因集富集分析	NA	基因表达数据	涉及膀胱、肾脏、前列腺和睾丸等多种泌尿生殖器官的细胞
1698	2024-08-07	Cross-species analysis of transcriptome emphasizes a critical role of TNF-α in mediating MAP2K7/AKT2 signaling in zearalenone-induced apoptosis 2023-10-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2023.132226 PMID:37549580	研究论文	本研究通过跨物种转录组分析，探讨了玉米赤霉烯酮（ZEN）诱导的细胞凋亡中TNF-α介导的MAP2K7/AKT2信号通路的关键作用	首次综合运用比较转录组分析、单细胞转录组分析和加权基因共表达网络分析（WGCNA），结合体内基因敲除和体外RNA干扰技术，揭示了ZEN诱导的细胞凋亡中TNF-α-MAP2K7/AKT2轴的主要信号通路	NA	探究ZEN诱导的细胞凋亡机制，并为因ZEN导致的畜牧业和人类生殖健康损失提供新的潜在治疗靶点	猪和鼠的颗粒细胞（pGCs和mGCs）	数字病理学	生殖健康风险	比较转录组分析、单细胞转录组分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、基因敲除、RNA干扰	NA	转录组数据	涉及猪和鼠的颗粒细胞
1699	2024-08-04	Neural connectivity molecules best identify the heterogeneous clock and dopaminergic cell types in the Drosophila adult brain 2023-02-22, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ade8500 PMID:36812309	研究论文	这篇文章研究了果蝇成年脑中时钟和多巴胺细胞类型的异质性	首次揭示了成体脑中多巴胺神经元与时钟神经元在基因表达上的相似异质性，并强调了神经连接分子在识别细胞类型中的重要性	研究主要集中于果蝇成年大脑的特定神经元类型，结果可能不适用于其他物种或更广泛的神经元类型	确定果蝇成体大脑中多巴胺神经元和时钟神经元的异质性及其基因表达特点	成年果蝇的大脑多巴胺神经元和时钟神经元	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	成年果蝇的大脑多个神经元群体
1700	2024-08-04	Reactive astrogliosis in the era of single-cell transcriptomics 2023, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2023.1173200 PMID:37153637	综述	本文概述了通过单细胞转录组学定义的反应性星形胶质细胞群体在多种神经病理中的作用	揭示了反应性星形胶质细胞在神经病理中的多样性及其时间和空间上的不同表达模式	未详细探讨特定疾病模型中的机制，可能影响对复杂病理的理解	探讨反应性星形胶质细胞在不同神经病理中的作用及其转录组特征	反应性星形胶质细胞及其在神经病理中的表现	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多种神经病理的数据集，具体样本量未明确