单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 1641 - 1660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1641 | 2024-08-07 |
Single-cell mapping of combinatorial target antigens for CAR switches using logic gates
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01686-y
PMID:36797491
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研究论文 | 本研究通过构建单细胞表达图谱，整合了来自412个肿瘤和12个正常器官的约140万个肿瘤细胞、肿瘤浸润正常细胞和参考正常细胞，以解析组织复杂性至单个细胞水平，并利用随机森林和卷积神经网络的两步筛选方法，选择对区分单个恶性细胞和正常细胞贡献最大的基因对，评估基于配对基因组合表达模式的AND、OR和NOT逻辑门的肿瘤覆盖率和特异性，并通过单细胞转录组耦合表位分析验证了在卵巢癌和结直肠癌中识别的AND、OR和NOT开关靶点。 | 本研究通过构建大规模的单细胞表达图谱，结合机器学习和深度学习技术，创新性地筛选和验证了用于CAR细胞疗法的组合靶抗原逻辑门开关。 | NA | 旨在解决肿瘤内异质性对CAR细胞疗法中靶抗原选择的关键挑战。 | 研究对象包括肿瘤细胞、肿瘤浸润正常细胞和参考正常细胞。 | 数字病理学 | 卵巢癌、结直肠癌 | 单细胞转录组分析 | 卷积神经网络 | 单细胞表达数据 | 约140万个细胞，来自412个肿瘤和12个正常器官 |
| 1642 | 2024-08-07 |
scPrisma infers, filters and enhances topological signals in single-cell data using spectral template matching
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01663-5
PMID:36849830
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研究论文 | 本文提出了一种名为scPrisma的光谱计算方法，用于在单细胞数据中推断、过滤和增强拓扑信号 | scPrisma方法利用拓扑先验来解耦、增强和过滤单细胞数据中的不同生物过程信号，如周期性和线性信号 | NA | 开发一种新的计算方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的生物信号 | 单细胞RNA测序数据中的细胞周期、昼夜节律和空间分区等生物过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 光谱计算方法 | 单细胞数据 | 涉及HeLa细胞、肝小叶、Chlamydomonas和大脑中的视交叉上核等多种样本 |
| 1643 | 2024-08-07 |
The next generation of single-cell sequencing methods can be microfluidics-free
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01710-1
PMID:36879009
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1644 | 2024-08-07 |
Neutrophilic granulocyte-derived B-cell activating factor supports B cells in skin lesions in hidradenitis suppurativa
2023-04, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.10.034
PMID:36481267
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研究论文 | 本研究旨在探讨支持藏毛窦病灶中B细胞/浆细胞持续存在的介质 | 发现中性粒细胞衍生的B细胞激活因子（BAFF）在藏毛窦病灶中支持B细胞/浆细胞的持续存在和功能 | NA | 研究藏毛窦病灶中支持B细胞/浆细胞持续存在的介质 | 藏毛窦病患者的皮肤样本和对照组样本 | 免疫学 | 藏毛窦病 | mRNA测序、定量PCR、流式细胞术、免疫荧光染色 | NA | RNA测序数据 | 多个藏毛窦病患者和对照组的皮肤样本 |
| 1645 | 2024-08-07 |
Cellular and Transcriptional Dynamics during Brown Adipose Tissue Regeneration under Acute Injury
2023, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0268
PMID:38434240
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research paper | 本文建立了一种新的棕色脂肪组织（BAT）损伤与再生模型（BAT-IR），并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序研究了BAT在急性损伤后的细胞和转录组动态变化。 | 首次详细描述了BAT在急性损伤后的再生过程，并鉴定了参与再生的特定纤维脂肪生成和髓系祖细胞群。 | NA | 探究棕色脂肪组织在急性损伤后的再生机制。 | 棕色脂肪组织（BAT）及其在急性损伤后的再生过程。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 1646 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-sequencing uncovers the dynamic changes of tumour immune microenvironment in advanced lung adenocarcinoma
2023-12-11, BMJ open respiratory research
IF:3.6Q1
DOI:10.1136/bmjresp-2023-001878
PMID:38081768
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了晚期肺腺癌肿瘤免疫微环境的动态变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肺腺癌肿瘤微环境中未被充分认识的细胞组成和动态变化 | 研究仅基于34名患者的样本，可能存在样本量不足的问题 | 阐明肺腺癌的细胞组成并揭示其肿瘤微环境的先前未被充分认识的特征 | 肺腺癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 106,829个高质量细胞来自34名患者 |
| 1647 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals endometrial immune microenvironment in minimal/mild endometriosis
2023-06-05, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxad029
PMID:36869723
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了极轻度/轻度子宫内膜异位症患者的子宫内膜免疫微环境特征 | 首次在单细胞分辨率下系统地分析了子宫内膜异位症患者的子宫内膜白细胞类型、炎症环境和受损的容受性 | 样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在系统地理解子宫内膜异位症患者的子宫内膜白细胞类型、炎症环境和受损的容受性 | 子宫内膜异位症患者和对照组的子宫内膜细胞 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 138,057个子宫内膜细胞，来自6名子宫内膜异位症患者和7名对照组 |
| 1648 | 2024-08-07 |
Single Cell Transcriptomics Identifies Distinct Choroid Cell Populations Involved in Visually Guided Eye Growth
2023-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.30.542876
PMID:37398381
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了鸡视网膜色素上皮层（choroid）在视觉引导眼球生长过程中的细胞群体及其基因表达变化 | 首次提供了视网膜色素上皮层主要细胞类型及其在视觉引导眼球生长过程中的基因表达变化的综合图谱 | 基因表达变化主要较小（< 2倍），且最高变化出现在一个罕见的细胞群体中 | 阐明视网膜色素上皮层在视觉引导眼球生长过程中的作用 | 鸡视网膜色素上皮层的细胞群体及其在视觉引导眼球生长过程中的基因表达变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 24个不同的细胞集群，代表了95%的总视网膜色素上皮层细胞 |
| 1649 | 2024-08-04 |
TIME for Bugs: The Immune Microenvironment and Microbes in Precancer
2023-09-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.)
DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-23-0087
PMID:37428011
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综述 | 本文探讨了在癌前状态下免疫微环境和微生物的作用 | 本文提出了在癌前阶段利用药物和生活方式干预改变免疫微环境的潜力 | 文章主要基于现有的数据和研究，可能缺乏新的实验结果 | 进一步澄清癌前免疫微环境的特征，并探讨癌症预防策略 | 癌前组织和早期肿瘤的免疫微环境与微生物 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学和蛋白质组学 | NA | 数据综述 | NA |
| 1650 | 2024-08-04 |
Dissecting and improving gene regulatory network inference using single-cell transcriptome data
2023-09, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277488.122
PMID:37580132
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组数据系统性地揭示并改善基因调控网络的推断精度 | 本研究通过使用前信使RNA信息来提高基因调控推断的准确性，提出了一种新的方法 | 研究中可能存在模拟数据集的局限性，实际应用中的复杂性可能带来挑战 | 探讨影响基因调控网络推断准确性的因素及改进方法 | 单细胞转录组数据及其在基因调控网络推断中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 动力学建模 | 转录组数据 | 公共单细胞RNA-seq数据集和实验数据集 |
| 1651 | 2024-08-07 |
Fast and accurate out-of-core PCA framework for large scale biobank data
2023-09, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277525.122
PMID:37620119
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机奇异值分解（RSVD）算法的新型主成分分析（PCA）框架PCAone，通过窗口优化方案加速收敛并提高准确性，同时支持外存和多线程实现 | PCAone算法在计算时间上显著优于现有方法，同时保持与较慢的IRAM方法相当的准确性 | NA | 开发快速且内存高效的PCA方法以应对大规模生物银行数据处理挑战 | 大规模真实世界数据集，包括UK Biobank数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 随机奇异值分解（RSVD） | 主成分分析（PCA） | 基因组数据 | UK Biobank数据包含约50万个体和610万个常见单核苷酸多态性；单细胞RNA测序数据包含130万个细胞 |
| 1652 | 2024-08-04 |
Analysis of Donor Pancreata Defines the Transcriptomic Signature and Microenvironment of Early Neoplastic Lesions
2023-06-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0013
PMID:37021392
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研究论文 | 该文章分析了来自脑死亡供体的胰腺组织，以定义早期肿瘤病变的转录组特征和微环境。 | 首次对健康成人胰腺和散发性PanIN病变的独特微环境进行了特征描述 | 供体胰腺组织样本的获取受到限制，仅来自脑死亡供体 | 旨在揭示成人健康胰腺及早期肿瘤病变的转录组特征 | 研究对象为脑死亡供体的胰腺组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、复合免疫组化 | NA | 组织样本 | 30个胰腺组织样本 |
| 1653 | 2024-08-04 |
Nephronectin is required to maintain right lung lobar separation during embryonic development
2023-03-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00505.2021
PMID:36719987
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研究论文 | 本研究探讨了Nephronectin在胚胎发育过程中维持右肺叶分离的作用 | 首次揭示了Nephronectin通过整合素α8维持右肺叶分离的机制 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于其他生物 | 研究Nephronectin在肺发育中的潜在角色 | 使用全身敲除的小鼠胚胎进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本 | 使用的样本为敲除小鼠胚胎和成年的肺组织 |
| 1654 | 2024-08-07 |
Haplotype-aware analysis of somatic copy number variations from single-cell transcriptomes
2023-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01468-y
PMID:36163550
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Numbat的计算方法，该方法结合了从群体分型中获得的单细胞转录组中的等位基因和表达信号，以增强对拷贝数变异的检测 | Numbat利用亚克隆之间的进化关系，迭代推断单细胞拷贝数谱和肿瘤克隆系统发育，无需样本匹配的DNA数据或先验基因分型 | NA | 开发一种新的计算方法，以提高从单细胞转录组中检测拷贝数变异的准确性 | 单细胞转录组中的拷贝数变异 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤，胃癌，乳腺癌，甲状腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 22个肿瘤样本 |
| 1655 | 2024-08-07 |
Preparation of single-cell suspensions from the human placenta
2023-03, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-022-00772-w
PMID:36451054
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研究论文 | 本文描述了一种从人类胎盘中制备高质量单细胞悬液的协议 | 首次描述了从胎盘制备单细胞悬液的协议 | NA | 制备高质量单细胞悬液以进行单细胞RNA测序 | 人类胎盘组织，包括基底层、胎盘绒毛和绒毛膜羊膜 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | NA |
| 1656 | 2024-08-07 |
Tubular-specific expression of HIV protein Vpr leads to severe tubulointerstitial damage accompanied by progressive fibrosis and cystic development
2023-03, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2022.12.012
PMID:36565808
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研究论文 | 本研究利用一种新型诱导性管状上皮细胞特异性Vpr转基因小鼠模型，展示了Vpr表达导致渐进性管间质损伤、间质炎症和纤维化以及管状囊肿发展的过程 | 首次详细研究了Vpr在体内的管状损伤和慢性肾脏疾病（CKD）发病机制，并揭示了Vpr介导的转录组响应在特定管状亚群中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨HIV病毒蛋白Vpr在管状细胞中的表达对肾脏疾病进展和纤维化的影响 | HIV病毒蛋白Vpr在管状上皮细胞中的表达及其对肾脏疾病的影响 | NA | 慢性肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | RNA | 小鼠模型 |
| 1657 | 2024-08-07 |
Glioma epileptiform activity and progression are driven by IGSF3-mediated potassium dysregulation
2023-03-01, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.01.013
PMID:36787748
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研究论文 | 本研究探讨了恶性胶质瘤中癫痫样活动和进展的分子机制，发现IGSF3介导的钾失调是关键因素 | 首次揭示了IGSF3通过与Kir4.1相互作用抑制钾缓冲，导致肿瘤进展和癫痫样活动 | NA | 探究恶性胶质瘤中癫痫样活动和肿瘤进展的分子机制 | 恶性胶质瘤患者肿瘤中的基因表达和神经电路功能 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | scRNA-seq, ECoG记录 | NA | 基因表达数据, 电生理数据 | 人类和鼠类样本 |
| 1658 | 2024-08-07 |
Tubular Epithelial Cell HMGB1 Promotes AKI-CKD Transition by Sensitizing Cycling Tubular Cells to Oxidative Stress: A Rationale for Targeting HMGB1 during AKI Recovery
2023-03-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000024
PMID:36857499
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研究论文 | 本文研究了高迁移率族蛋白B1（HMGB1）在管状上皮细胞中通过使循环中的管状细胞对氧化应激敏感，从而促进急性肾损伤（AKI）向慢性肾脏病（CKD）的转变，并提出针对HMGB1在AKI恢复期间的治疗策略。 | 本文首次提出细胞内HMGB1通过降低管状细胞对长时间缺血应激的适应性，从而在AKI-CKD转变中发挥作用，并探讨了针对细胞内和细胞外HMGB1的治疗潜力。 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体研究来验证这些发现。 | 探讨HMGB1在AKI向CKD转变中的作用，并寻找新的治疗策略。 | 研究对象包括人及小鼠的急性肾损伤和慢性肾脏病。 | NA | 肾脏病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及人及小鼠的AKI和CKD样本，具体数量未详细说明。 |
| 1659 | 2024-08-04 |
Dissecting cellular states of infiltrating microenvironment cells in melanoma by integrating single-cell and bulk transcriptome analysis
2023-12-12, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-023-00587-8
PMID:38082384
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA-seq数据解析黑色素瘤微环境细胞状态的组成 | 首次识别了三种不同的肿瘤微环境免疫表型，并揭示其与临床结果的关系 | 使用的样本仅限于463个黑色素瘤肿瘤样本，可能不具有广泛适用性 | 研究微环境细胞状态对黑色素瘤免疫活动的影响 | 463个皮肤黑色素瘤的肿瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA-seq | CIBERSORT | 基因表达数据 | 463个黑色素瘤样本 |
| 1660 | 2024-08-07 |
Integrated genomic and single-cell transcriptomic analyses reveal clonal evolution and immune signature in donor cell leukemia after haploidentical allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
2023-10, Leukemia & lymphoma
IF:2.2Q3
DOI:10.1080/10428194.2023.2232493
PMID:37424322
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研究论文 | 本文报道了一例罕见的在同种异体造血干细胞移植后发生的供者细胞白血病病例，通过全基因组测序和单细胞RNA测序揭示了克隆进化和免疫特征。 | 首次通过全基因组测序和单细胞RNA测序技术，揭示了供者细胞白血病中的克隆进化和免疫特征，为理解其发病机制提供了新的视角。 | 研究基于单一病例，其普遍性和可重复性有待进一步验证。 | 探讨同种异体造血干细胞移植后供者细胞白血病的发病机制。 | 供者细胞白血病中的克隆进化和免疫特征。 | 数字病理学 | 白血病 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 单一病例 |