单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1641	2024-08-07	Trajectory reconstruction identifies dysregulation of perinatal maturation programs in pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes 2023-04-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112330 PMID:37014753	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）重建轨迹，识别了多能干细胞衍生的心肌细胞（PSC-CMs）中胎儿成熟程序的失调	首次通过单细胞RNA测序技术，比较了体内外心肌细胞成熟过程的差异，并识别了跨物种间在PSC-CMs中持续失调的转录因子网络	多能干细胞衍生的心肌细胞未能达到完全功能成熟	探究多能干细胞衍生的心肌细胞成熟过程中的机制差异，并寻找改善其临床应用的方法	多能干细胞衍生的心肌细胞及其成熟过程	干细胞研究	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	广泛采样了先前难以分离的胎儿期时间段的鼠体内心肌细胞
1642	2024-08-04	Wnt signal-dependent antero-posterior specification of early-stage CNS primordia modeled in EpiSC-derived neural stem cells 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1260528 PMID:38405136	研究论文	本文研究了早期中枢神经系统（CNS）前后轴的特征化过程，利用来源于EpiSC的神经干细胞模型。	该研究展示了Wnt信号在中枢神经系统前后轴特征化中所起的重要作用，特别是在不同Wnt信号强度影响转瞬细胞的区域特征化方面。	研究未展示后续中枢神经系统区域的特征，可能限制了对后部更后部区域的理解。	研究中胚胎早期CNS前后规格化过程中的分子机制。	使用小鼠源的EpiSC导出的神经干细胞进行实验和分析。	数字病理学	NA	微阵列和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个神经干细胞系
1643	2024-08-07	Exploring the advances of single-cell RNA sequencing in thyroid cancer: a narrative review 2023-Dec-21, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-023-02260-x PMID:38129369	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在甲状腺癌研究中的应用	scRNA-seq技术革新了细胞亚群的鉴定和特征化，细胞间通信和受体相互作用的研究，揭示了前所未有的异质性，并为治疗发现提供了新的生物标志物	scRNA-seq面临技术偏差、财务障碍和伦理问题等挑战	深入理解甲状腺癌的肿瘤微环境免疫学见解，为患者开发有效的个性化治疗	甲状腺癌的细胞亚群、细胞间通信和受体相互作用	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
1644	2024-08-04	Increased m6A-RNA methylation and demethylase FTO suppression is associated with silica-induced pulmonary inflammation and fibrosis 2023-12, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2023.153673 PMID:37979906	研究论文	该研究探讨了m6A RNA甲基化与硅尘引起的肺部炎症和纤维化的关系	首次揭示了m6A甲基化在硅尘引发的早期肺炎和纤维化中的作用及其效应细胞	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在临床患者中广泛验证	研究硅尘引起的肺炎和纤维化中的m6A修饰及其机制	小鼠模型和硅尘患者的肺组织及外周血单核细胞	数字病理学	肺癌	m6A点杂交、m6A RNA甲基化定量和单细胞测序	小鼠模型	RNA	正常小鼠与硅沉积小鼠的对比及硅尘患者的外周血单核细胞
1645	2024-08-07	Identification of zona pellucida defects revealed a novel loss-of-function mutation in ZP2 in humans and rats 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1169378 PMID:37293489	研究论文	本研究通过全外显子测序和桑格测序，在一位具有薄透明带（ZP）表型的不孕女性中鉴定出一个新的ZP2基因无义突变，并探讨了ZP缺陷对卵母细胞基因转录的影响。	发现了与薄透明带和自然受精失败相关的新ZP2基因突变，并揭示了ZP完整性破坏对TGF-β信号通路的影响。	NA	旨在鉴定导致不孕的ZP2基因致病变异，并研究ZP缺陷对卵母细胞基因转录的影响。	不孕女性及其卵母细胞，以及Zp2mut/mut大鼠模型。	生殖生物学	不孕症	全外显子测序，桑格测序，免疫荧光（IF），单细胞RNA测序，定量实时PCR（qRT-PCR）	NA	基因组数据，转录组数据	一位不孕女性，Zp2mut/mut大鼠模型中的卵母细胞
1646	2024-08-04	Single-Cell Transcriptomics Reveals Crucial Cell Subsets and Functional Heterogeneity Associated With Carotid Atherosclerosis and Cerebrovascular Events 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.318974 PMID:37881939	研究论文	这篇文章揭示了与颈动脉粥样硬化和脑血管事件相关的重要细胞亚群及功能异质性	文章提供了来自20名患者的颈动脉斑块及配对外周血单核细胞的前所未有的大数据集，揭示了动脉粥样硬化微环境的超高精度细胞景观	未具体提及高通量数据在临床应用中的限制	研究颈动脉粥样硬化和脑血管事件相关的免疫和内皮细胞亚群的功能特征	研究对象为来自20名颈动脉粥样硬化患者的颈动脉斑块及外周血单核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	20名患者的颈动脉斑块和外周血单核细胞
1647	2024-08-04	Clonal Proliferation Within Smooth Muscle Cells in Unstable Human Atherosclerotic Lesions 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319479 PMID:37881937	研究论文	本研究探讨了人类不稳定动脉粥样硬化病变中平滑肌细胞的克隆增殖	提出了一种新的方法来检测动脉粥样硬化病变中的平滑肌细胞克隆性	本研究的空间分辨率和模型的可转化性受到限制	旨在研究人类动脉粥样硬化病变中平滑肌细胞的克隆性	研究对象为人类不稳定动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞	数字病理学	动脉粥样硬化	RNA原位杂交	NA	RNA	来自杂合女性的三种不同类型的冠状动脉斑块
1648	2024-08-07	Discovering a Rare Smooth Muscle Cell Population Specific to Men in Ascending Aortic Aneurysm Using Spatial Transcriptomics 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320235 PMID:37916413	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1649	2024-08-07	PD-1 signaling uncovers a pathogenic subset of T cells in inflammatory arthritis 2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.16.566893 PMID:38014321	研究论文	本研究通过流式细胞术和CRISPR/Cas9全基因组筛选分析了类风湿关节炎患者外周血和滑膜液中的T细胞，发现PD-1信号通路相关基因在炎症性关节炎中的作用	发现了与PD-1抑制T细胞功能相关的1,112个独特基因，并揭示了PD-1 + HLA-DR HIGH KLRG LOW T细胞作为炎症性T细胞的新亚群	需要进一步研究以完全阐明PD-1在滑膜T细胞亚群中的作用	探索PD-1信号通路在炎症性关节炎中的作用，并寻找新的治疗靶点	类风湿关节炎患者的T细胞	免疫学	类风湿关节炎	流式细胞术，CRISPR/Cas9全基因组筛选	NA	RNA测序数据	来自类风湿关节炎患者的外周血和滑膜液中的T细胞
1650	2024-08-07	Morphological, molecular, and functional characterization of mouse glutamatergic myenteric neurons 2023-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.18.558146 PMID:37781576	研究论文	本文系统地表征了小鼠远端结肠和直肠中VGLUT2阳性肠神经元（VGLUT2-ENs）的形态、分子和功能特征	首次详细描述了VGLUT2-ENs的形态特征和功能激活机制，揭示了它们在肠神经系统中的独特作用	研究主要集中在小鼠的远端结肠和直肠，可能不完全适用于其他物种或其他肠段	探究VGLUT2阳性肠神经元的形态、分子和功能特征，以及它们在肠神经系统中的作用	小鼠远端结肠和直肠中的VGLUT2阳性肠神经元	神经科学	NA	单细胞mRNA测序（scRNA-seq），GCaMP6f钙成像	NA	mRNA序列，钙成像数据	52个VGLUT2阳性肠神经元，215个GCaMP6f记录
1651	2024-08-04	Technical optimization of spatially resolved single-cell transcriptomic datasets to study clinical liver disease 2023-Sep-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3307940/v1 PMID:37720049	研究论文	本研究针对临床肝病进行单细胞和空间转录组学的技术优化，揭示了RNA质量对转录组数据的影响	开发了多个去卷积方法，以在组织切片上的每个转录组'点'中预测单细胞类型	转录组平台成本高，限制了样本量，且空间转录组尚未达到单细胞分辨率	研究临床样本中基因表达和细胞间相互作用的空间解析单细胞数据集	来自肝病患者的配对组织标本，包括组织学正常和严重纤维化患者	数字病理学	肝病	空间转录组学，单细胞RNA测序	去卷积方法	转录组数据	来自肝病患者的配对样本
1652	2024-08-07	Lysyl oxidase regulates epithelial differentiation and barrier integrity in eosinophilic esophagitis 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534387 PMID:37034590	研究论文	本文研究了赖氨酰氧化酶（LOX）在嗜酸性食管炎（EoE）中调控上皮细胞分化和屏障完整性的功能	首次揭示了LOX在食管上皮细胞中的非经典信号分子作用，通过激活骨形态发生蛋白（BMP）途径维持上皮稳态	NA	探究LOX在嗜酸性食管炎中对上皮细胞分化和屏障完整性的调控作用	人食管上皮细胞	NA	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序，定量逆转录-聚合酶链反应，蛋白质印迹，组织学	NA	RNA	患者来源的类器官
1653	2024-08-04	IL-21R signal reprogramming cooperates with CD40 and BCR signals to select and differentiate germinal center B cells 2023-02-24, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.add1823 PMID:36800413	研究论文	本文研究了IL-21R信号如何与CD40和BCR信号共同作用，选择并分化生发中心B细胞	发现IL-21R与CD40信号的协同作用引导生发中心B细胞（GCBCs）走向特定命运，揭示了第二条正选择通路	研究主要基于体外和体内的细胞分选和转录组测序，可能未能完全模拟体内复杂的微环境	阐明IL-21R信号在生发中心B细胞命运决定中的作用	生发中心B细胞，特别是受IL-21R和CD40共同信号影响的细胞	免疫学	NA	RNA测序，单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	细胞，转录组数据	具体细胞数量未在摘要中提供
1654	2024-08-07	Tumor-derived Endothelial Cell: Important Etiological Factors in Endometriosis 2023-11, Archives of medical research IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102891 PMID:37738888	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了子宫内膜异位症细胞的转录组特征，并分析了肿瘤来源的内皮细胞在疾病中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了子宫内膜异位症中细胞异质性，并发现了肿瘤来源内皮细胞在疾病中的重要作用	研究样本量较小，且仅包括了三名患者，可能影响结果的普遍性	探究子宫内膜异位症中肿瘤来源内皮细胞的作用及其病理特征	子宫内膜异位症患者的异位和正常子宫内膜组织	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三名子宫内膜异位症患者，包括114例回顾性病例
1655	2024-08-07	DOT1L regulates lung developmental epithelial cell fate and adult alveolar stem cell differentiation after acute injury 2023-09-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.07.006 PMID:37595582	研究论文	研究探讨了DOT1L在肺发育和急性损伤后成年肺泡干细胞分化中的调控作用	首次发现DOT1L是AT2细胞生长和分化的调控因子，并揭示了Dot1l失活后AT2细胞的新状态	NA	识别控制肺AT2-AT1再生反应的表观遗传途径	肺AT2细胞和AT1细胞的分化	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
1656	2024-08-04	Temporal and spatial staging of lung alveolar regeneration is determined by the grainyhead transcription factor Tfcp2l1 2023-05-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112451 PMID:37119134	研究论文	本研究探讨了转录因子Tfcp2l1在肺泡再生过程中对细胞命运的调控作用	本研究揭示了Tfcp2l1在肺泡AT2细胞自我更新与分化中的时间和空间调控功能	本研究主要基于小鼠模型，可能限制了其在其他物种中的适用性	探讨Tfcp2l1在肺泡再生过程中的作用及其机制	焦点是肺泡上皮2型（AT2）细胞及其在再生过程中的行为	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学	NA	单细胞数据	通过小鼠进行的多次实验和细胞追踪
1657	2024-08-07	A proteo-transcriptomic map of non-alcoholic fatty liver disease signatures 2023-04, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-023-00775-1 PMID:37037945	研究论文	本文提供了一个详细的非酒精性脂肪肝病（NAFLD）进展过程中的脂肝炎和纤维化的蛋白质组-转录组图谱	通过多中心蛋白质组学研究，结合转录组分析，确定了与活动性脂肝炎和高级纤维化相关的循环蛋白质标志物，并通过单细胞RNA测序揭示了可能参与蛋白质变化进展的肝细胞类型	NA	研究NAFLD进展过程中循环蛋白质的系统性变化	306名具有组织学特征的NAFLD患者	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	蛋白质组学, 转录组学, 单细胞RNA测序	逻辑回归模型	蛋白质, 转录组数据	4,730个循环蛋白质, 31个标志物
1658	2024-08-04	Patient-Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Hepatostellate Organoids Establish a Basis for Liver Pathologies in Telomeropathies 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.06.003 PMID:37302654	研究论文	研究利用患者诱导多能干细胞衍生的肝星状细胞类器官探讨端粒病中的肝脏病理机制	首次利用同源诱导多能干细胞衍生的类器官模型建立端粒病相关肝病的研究基础	尚未明确端粒功能障碍引发肝病的具体机制	探索端粒病中肝脏病理的机制	利用人类诱导多能干细胞研究有端粒病突变的肝脏细胞	数字病理学	端粒病	CRISPR/Cas9	类器官	单细胞转录组数据	NA
1659	2024-08-07	Integrative analysis implicates the significance of m6A in the liver fibrosis of biliary atresia by regulating THY1 2023-01-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000004 PMID:36633486	研究论文	本研究全面评估了m6A在胆道闭锁（BA）中的表达情况，并探讨了m6A通过调控THY1在BA引起的肝纤维化中的作用	首次揭示了m6A在BA中的重要作用，并提出了通过靶向m6A/THY1轴来缓解BA引起的肝纤维化的新疗法	NA	探讨m6A在胆道闭锁肝纤维化中的作用及其调控机制	m6A在胆道闭锁中的表达及其对THY1的调控作用	数字病理学	胆道疾病	甲基化RNA免疫沉淀测序（MeRIP-seq）	NA	RNA序列	涉及大量阵列（GSE46960, GSE15235）和单细胞RNA测序（GSE136103）数据，以及体外培养的LX-2细胞和原代HSCs
1660	2024-08-07	A single-cell transposable element atlas of human cell identity 2023-Dec-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.28.573568 PMID:38234829	研究论文	本研究开发了一种名为Stellarscope的工具和分析流程，用于单细胞转座子位点水平分析，通过重新分配多重映射的读取到特定的基因组位点，构建了人类PBMCs中的转座子表达图谱	首次系统地量化了单细胞RNA测序中的转座子表达，并发现转座子位点特异性表达可以区分细胞类型并定义新的细胞亚群	NA	探索转座子在人类生物学中的影响	人类PBMCs中的转座子表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	期望最大化算法	RNA序列	人类PBMCs样本