单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 1601 - 1620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1601 | 2024-08-04 |
Lineage skewing and genome instability underlie marrow failure in a zebrafish model of GATA2 deficiency
2023-06-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112571
PMID:37256751
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研究论文 | 本研究探讨了GATA2缺乏的斑马鱼模型中的骨髓衰竭机制。 | 揭示了gata2a缺失导致的细胞谱系偏倚及基因组不稳定性对骨髓衰竭的影响 | 研究仅在斑马鱼模型中进行，未验证在人类中的结果 | 研究GATA2缺乏所致骨髓衰竭的机制 | 斑马鱼模型中的HSPC细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学和染色质可及性分析 | NA | 细胞 | NA |
| 1602 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA sequencing reveals transcriptional changes of human choroidal and retinal pigment epithelium cells during fetal development, in healthy adult and intermediate age-related macular degeneration
2023-05-05, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddad007
PMID:36645183
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序揭示了人类脉络膜和视网膜色素上皮细胞在胎儿发育期间、健康成人和中间阶段年龄相关性黄斑变性的转录变化 | 研究揭示了从胎儿到成人状态转变过程中与氧化应激反应和重金属毒性解毒相关的基因表达增加 | 结果需要通过在更大数量的AMD患者和对照者中使用额外技术进行验证，因为单细胞RNA测序的复杂组织处理可能导致技术伪影 | 解析不同发育阶段及疾病状态下人类RPE和脉络膜细胞的转录变化 | 人类胎儿和成人的RPE-脉络膜组织 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 涉及人类胎儿和成人RPE-脉络膜组织的样本 |
| 1603 | 2024-08-07 |
Human γδ T cell identification from single-cell RNA sequencing datasets by modular TCR expression
2023-11-24, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiad069
PMID:37437101
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研究论文 | 本研究开发了一种基于TCR模块基因表达评分策略，用于从单细胞RNA测序数据中准确识别人类γδ T细胞 | 提出了一种新的TCR模块评分策略，无需额外的单细胞γδ T细胞受体测序或CITE-seq数据，即可在大型单细胞RNA测序数据集中识别γδ T细胞 | NA | 开发一种新的方法，用于在大型单细胞RNA测序数据集中准确识别γδ T细胞 | 人类γδ T细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 多个不同组织和不同亚型的γδ T细胞的单细胞RNA测序数据集 |
| 1604 | 2024-08-07 |
Single-cell mapping of combinatorial target antigens for CAR switches using logic gates
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01686-y
PMID:36797491
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研究论文 | 本研究通过构建单细胞表达图谱，整合了来自412个肿瘤和12个正常器官的约140万个肿瘤细胞、肿瘤浸润正常细胞和参考正常细胞，以解析组织复杂性至单个细胞水平，并利用随机森林和卷积神经网络的两步筛选方法，选择对区分单个恶性细胞和正常细胞贡献最大的基因对，评估基于配对基因组合表达模式的AND、OR和NOT逻辑门的肿瘤覆盖率和特异性，并通过单细胞转录组耦合表位分析验证了在卵巢癌和结直肠癌中识别的AND、OR和NOT开关靶点。 | 本研究通过构建大规模的单细胞表达图谱，结合机器学习和深度学习技术，创新性地筛选和验证了用于CAR细胞疗法的组合靶抗原逻辑门开关。 | NA | 旨在解决肿瘤内异质性对CAR细胞疗法中靶抗原选择的关键挑战。 | 研究对象包括肿瘤细胞、肿瘤浸润正常细胞和参考正常细胞。 | 数字病理学 | 卵巢癌、结直肠癌 | 单细胞转录组分析 | 卷积神经网络 | 单细胞表达数据 | 约140万个细胞，来自412个肿瘤和12个正常器官 |
| 1605 | 2024-08-07 |
scPrisma infers, filters and enhances topological signals in single-cell data using spectral template matching
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01663-5
PMID:36849830
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研究论文 | 本文提出了一种名为scPrisma的光谱计算方法，用于在单细胞数据中推断、过滤和增强拓扑信号 | scPrisma方法利用拓扑先验来解耦、增强和过滤单细胞数据中的不同生物过程信号，如周期性和线性信号 | NA | 开发一种新的计算方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的生物信号 | 单细胞RNA测序数据中的细胞周期、昼夜节律和空间分区等生物过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 光谱计算方法 | 单细胞数据 | 涉及HeLa细胞、肝小叶、Chlamydomonas和大脑中的视交叉上核等多种样本 |
| 1606 | 2024-08-07 |
The next generation of single-cell sequencing methods can be microfluidics-free
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01710-1
PMID:36879009
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1607 | 2024-08-07 |
Neutrophilic granulocyte-derived B-cell activating factor supports B cells in skin lesions in hidradenitis suppurativa
2023-04, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.10.034
PMID:36481267
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研究论文 | 本研究旨在探讨支持藏毛窦病灶中B细胞/浆细胞持续存在的介质 | 发现中性粒细胞衍生的B细胞激活因子（BAFF）在藏毛窦病灶中支持B细胞/浆细胞的持续存在和功能 | NA | 研究藏毛窦病灶中支持B细胞/浆细胞持续存在的介质 | 藏毛窦病患者的皮肤样本和对照组样本 | 免疫学 | 藏毛窦病 | mRNA测序、定量PCR、流式细胞术、免疫荧光染色 | NA | RNA测序数据 | 多个藏毛窦病患者和对照组的皮肤样本 |
| 1608 | 2024-08-07 |
Cellular and Transcriptional Dynamics during Brown Adipose Tissue Regeneration under Acute Injury
2023, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0268
PMID:38434240
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research paper | 本文建立了一种新的棕色脂肪组织（BAT）损伤与再生模型（BAT-IR），并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序研究了BAT在急性损伤后的细胞和转录组动态变化。 | 首次详细描述了BAT在急性损伤后的再生过程，并鉴定了参与再生的特定纤维脂肪生成和髓系祖细胞群。 | NA | 探究棕色脂肪组织在急性损伤后的再生机制。 | 棕色脂肪组织（BAT）及其在急性损伤后的再生过程。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 1609 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-sequencing uncovers the dynamic changes of tumour immune microenvironment in advanced lung adenocarcinoma
2023-12-11, BMJ open respiratory research
IF:3.6Q1
DOI:10.1136/bmjresp-2023-001878
PMID:38081768
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了晚期肺腺癌肿瘤免疫微环境的动态变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肺腺癌肿瘤微环境中未被充分认识的细胞组成和动态变化 | 研究仅基于34名患者的样本，可能存在样本量不足的问题 | 阐明肺腺癌的细胞组成并揭示其肿瘤微环境的先前未被充分认识的特征 | 肺腺癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 106,829个高质量细胞来自34名患者 |
| 1610 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals endometrial immune microenvironment in minimal/mild endometriosis
2023-06-05, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxad029
PMID:36869723
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了极轻度/轻度子宫内膜异位症患者的子宫内膜免疫微环境特征 | 首次在单细胞分辨率下系统地分析了子宫内膜异位症患者的子宫内膜白细胞类型、炎症环境和受损的容受性 | 样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在系统地理解子宫内膜异位症患者的子宫内膜白细胞类型、炎症环境和受损的容受性 | 子宫内膜异位症患者和对照组的子宫内膜细胞 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 138,057个子宫内膜细胞，来自6名子宫内膜异位症患者和7名对照组 |
| 1611 | 2024-08-07 |
Single Cell Transcriptomics Identifies Distinct Choroid Cell Populations Involved in Visually Guided Eye Growth
2023-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.30.542876
PMID:37398381
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了鸡视网膜色素上皮层（choroid）在视觉引导眼球生长过程中的细胞群体及其基因表达变化 | 首次提供了视网膜色素上皮层主要细胞类型及其在视觉引导眼球生长过程中的基因表达变化的综合图谱 | 基因表达变化主要较小（< 2倍），且最高变化出现在一个罕见的细胞群体中 | 阐明视网膜色素上皮层在视觉引导眼球生长过程中的作用 | 鸡视网膜色素上皮层的细胞群体及其在视觉引导眼球生长过程中的基因表达变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 24个不同的细胞集群，代表了95%的总视网膜色素上皮层细胞 |
| 1612 | 2024-08-04 |
TIME for Bugs: The Immune Microenvironment and Microbes in Precancer
2023-09-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.)
DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-23-0087
PMID:37428011
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综述 | 本文探讨了在癌前状态下免疫微环境和微生物的作用 | 本文提出了在癌前阶段利用药物和生活方式干预改变免疫微环境的潜力 | 文章主要基于现有的数据和研究，可能缺乏新的实验结果 | 进一步澄清癌前免疫微环境的特征，并探讨癌症预防策略 | 癌前组织和早期肿瘤的免疫微环境与微生物 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学和蛋白质组学 | NA | 数据综述 | NA |
| 1613 | 2024-08-04 |
Dissecting and improving gene regulatory network inference using single-cell transcriptome data
2023-09, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277488.122
PMID:37580132
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组数据系统性地揭示并改善基因调控网络的推断精度 | 本研究通过使用前信使RNA信息来提高基因调控推断的准确性，提出了一种新的方法 | 研究中可能存在模拟数据集的局限性，实际应用中的复杂性可能带来挑战 | 探讨影响基因调控网络推断准确性的因素及改进方法 | 单细胞转录组数据及其在基因调控网络推断中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 动力学建模 | 转录组数据 | 公共单细胞RNA-seq数据集和实验数据集 |
| 1614 | 2024-08-07 |
Fast and accurate out-of-core PCA framework for large scale biobank data
2023-09, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277525.122
PMID:37620119
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机奇异值分解（RSVD）算法的新型主成分分析（PCA）框架PCAone，通过窗口优化方案加速收敛并提高准确性，同时支持外存和多线程实现 | PCAone算法在计算时间上显著优于现有方法，同时保持与较慢的IRAM方法相当的准确性 | NA | 开发快速且内存高效的PCA方法以应对大规模生物银行数据处理挑战 | 大规模真实世界数据集，包括UK Biobank数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 随机奇异值分解（RSVD） | 主成分分析（PCA） | 基因组数据 | UK Biobank数据包含约50万个体和610万个常见单核苷酸多态性；单细胞RNA测序数据包含130万个细胞 |
| 1615 | 2024-08-04 |
Analysis of Donor Pancreata Defines the Transcriptomic Signature and Microenvironment of Early Neoplastic Lesions
2023-06-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0013
PMID:37021392
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研究论文 | 该文章分析了来自脑死亡供体的胰腺组织，以定义早期肿瘤病变的转录组特征和微环境。 | 首次对健康成人胰腺和散发性PanIN病变的独特微环境进行了特征描述 | 供体胰腺组织样本的获取受到限制，仅来自脑死亡供体 | 旨在揭示成人健康胰腺及早期肿瘤病变的转录组特征 | 研究对象为脑死亡供体的胰腺组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、复合免疫组化 | NA | 组织样本 | 30个胰腺组织样本 |
| 1616 | 2024-08-04 |
Nephronectin is required to maintain right lung lobar separation during embryonic development
2023-03-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00505.2021
PMID:36719987
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研究论文 | 本研究探讨了Nephronectin在胚胎发育过程中维持右肺叶分离的作用 | 首次揭示了Nephronectin通过整合素α8维持右肺叶分离的机制 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于其他生物 | 研究Nephronectin在肺发育中的潜在角色 | 使用全身敲除的小鼠胚胎进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本 | 使用的样本为敲除小鼠胚胎和成年的肺组织 |
| 1617 | 2024-08-07 |
Haplotype-aware analysis of somatic copy number variations from single-cell transcriptomes
2023-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01468-y
PMID:36163550
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Numbat的计算方法，该方法结合了从群体分型中获得的单细胞转录组中的等位基因和表达信号，以增强对拷贝数变异的检测 | Numbat利用亚克隆之间的进化关系，迭代推断单细胞拷贝数谱和肿瘤克隆系统发育，无需样本匹配的DNA数据或先验基因分型 | NA | 开发一种新的计算方法，以提高从单细胞转录组中检测拷贝数变异的准确性 | 单细胞转录组中的拷贝数变异 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤，胃癌，乳腺癌，甲状腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 22个肿瘤样本 |
| 1618 | 2024-08-07 |
Preparation of single-cell suspensions from the human placenta
2023-03, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-022-00772-w
PMID:36451054
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研究论文 | 本文描述了一种从人类胎盘中制备高质量单细胞悬液的协议 | 首次描述了从胎盘制备单细胞悬液的协议 | NA | 制备高质量单细胞悬液以进行单细胞RNA测序 | 人类胎盘组织，包括基底层、胎盘绒毛和绒毛膜羊膜 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | NA |
| 1619 | 2024-08-07 |
Senescent cell population with ZEB1 transcription factor as its main regulator promotes osteoarthritis in cartilage and meniscus
2023-03, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2022-223227
PMID:36564153
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析健康和骨关节炎（OA）膝关节的关节软骨和半月板组织，发现了一个与OA和衰老相关的细胞亚群，该亚群受转录因子ZEB1和成纤维细胞活化蛋白（FAP）调控。 | 首次在单细胞水平上识别出关节软骨和半月板中与骨关节炎和衰老相关的细胞亚群，并确定ZEB1和FAP为主要调控因子，为OA治疗提供了新的潜在靶点。 | 研究仅限于单细胞RNA测序和免疫组织化学分析，未涉及临床试验或治疗干预。 | 旨在通过单细胞水平分析，识别和理解骨关节炎中关节软骨和半月板的关键病理细胞亚群及其调控机制。 | 人类健康和骨关节炎膝关节的关节软骨和半月板组织。 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 健康膝关节样本各6例和7例，骨关节炎膝关节样本各6例。 |
| 1620 | 2024-08-07 |
Tubular-specific expression of HIV protein Vpr leads to severe tubulointerstitial damage accompanied by progressive fibrosis and cystic development
2023-03, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2022.12.012
PMID:36565808
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研究论文 | 本研究利用一种新型诱导性管状上皮细胞特异性Vpr转基因小鼠模型，展示了Vpr表达导致渐进性管间质损伤、间质炎症和纤维化以及管状囊肿发展的过程 | 首次详细研究了Vpr在体内的管状损伤和慢性肾脏疾病（CKD）发病机制，并揭示了Vpr介导的转录组响应在特定管状亚群中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨HIV病毒蛋白Vpr在管状细胞中的表达对肾脏疾病进展和纤维化的影响 | HIV病毒蛋白Vpr在管状上皮细胞中的表达及其对肾脏疾病的影响 | NA | 慢性肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | RNA | 小鼠模型 |