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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-11-15 |
Single-cell meta-analysis of inflammatory bowel disease with scIBD
2023-06, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00464-9
PMID:38177426
|
研究论文 | 开发了一个用于炎症性肠病单细胞元分析的交互式可视化平台scIBD | 首次提供了炎症性肠病单细胞RNA测序数据集的综合集成分析平台,能够识别罕见细胞类型并解析溃疡性结肠炎与克罗恩病的异同 | 未提及具体的数据集规模限制或分析灵敏度限制 | 揭示炎症性肠病的异质性肠道微环境发病机制 | 炎症性肠病患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 142 | 2025-11-15 |
Apoptosis recognition receptors regulate skin tissue repair in mice
2023-Jan-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.523241
PMID:36711968
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了凋亡识别受体在小鼠皮肤组织修复中的调控机制 | 首次在皮肤伤口炎症期间系统描绘细胞动态图谱,发现Axl和Timd4两种凋亡清除受体在组织修复中具有不同作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类糖尿病足伤口数据相对有限 | 探究凋亡细胞识别和清除机制如何调控组织修复过程 | 小鼠皮肤伤口模型和人类糖尿病足伤口 | 单细胞组学 | 皮肤创伤/糖尿病足 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 143 | 2025-11-14 |
Clonally expanded memory CD8+ T cells accumulate in atherosclerotic plaques and are pro-atherogenic in aged mice
2023-12, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00515-w
PMID:37996758
|
研究论文 | 本研究揭示了衰老过程中记忆CD8+ T细胞在动脉粥样硬化斑块中的克隆性扩增及其促动脉粥样硬化作用 | 首次发现衰老相关的记忆CD8+ T细胞亚群在动脉粥样硬化斑块中克隆性扩增并具有促动脉粥样硬化功能 | 研究仅使用雌性小鼠,未涉及雄性动物模型 | 探究衰老对CD8 T细胞在动脉粥样硬化发生过程中的作用机制 | 年轻和年老雌性小鼠的CD8 T细胞及动脉粥样硬化斑块 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,适应性转移实验,细胞清除实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和年老雌性小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 144 | 2025-11-14 |
scDiffCom: a tool for differential analysis of cell-cell interactions provides a mouse atlas of aging changes in intercellular communication
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00514-x
PMID:37919434
|
研究论文 | 开发了scDiffCom工具和scAgeCom图谱,用于分析细胞间通讯的年龄相关变化 | 提供了首个覆盖23个小鼠组织的细胞间通讯衰老变化图谱,基于约5000个配体-受体相互作用 | 仅基于小鼠单细胞转录组数据,尚未在人类数据中验证 | 量化并探索细胞间通讯在衰老过程中的变化 | 小鼠23个组织的单细胞RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 58个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 145 | 2025-11-14 |
Spatial and single-cell profiling of the metabolome, transcriptome and epigenome of the aging mouse liver
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00513-y
PMID:37946043
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学结合单细胞多组学技术揭示了小鼠肝脏中不同区域细胞随年龄变化的代谢、表观遗传和转录组特征 | 首次整合空间转录组学、单细胞ATAC-seq和RNA-seq、脂质组学及功能分析,揭示肝脏微环境对细胞衰老轨迹的空间依赖性影响 | 研究仅针对雄性小鼠肝脏,未涉及雌性个体或其他组织类型 | 探究组织微环境变化如何影响不同空间位置细胞的表观遗传、代谢和表型特征随年龄的变化 | 雄性小鼠肝脏中的肝细胞 | 空间生物学,单细胞多组学 | 衰老相关疾病 | 空间转录组学,单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq,脂质组学,功能分析 | NA | 空间转录组数据,单细胞表观基因组数据,单细胞转录组数据,代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq,脂质组学 | NA | NA |
| 146 | 2025-11-14 |
CD133+ endothelial-like stem cells restore neovascularization and promote longevity in progeroid and naturally aged mice
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00512-z
PMID:37946040
|
研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学鉴定出CD133+骨髓源性内皮样细胞,证明其能恢复衰老小鼠的新血管形成并延长寿命 | 首次鉴定CD133+内皮样干细胞作为潜在内皮祖细胞,并发现法尼基二磷酸合酶(FDPS)在衰老过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果仍需验证 | 探索干细胞衰老机制及治疗早衰症和年龄相关疾病的策略 | 早衰模型小鼠和自然衰老小鼠 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 谱系追踪, 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 早衰和自然衰老小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 147 | 2025-11-14 |
Targeting lymphoid-derived IL-17 signaling to delay skin aging
2023-06, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00431-z
PMID:37291218
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现皮肤老化与淋巴源性IL-17信号通路相关,并证明阻断该通路可延缓皮肤衰老特征 | 首次揭示皮肤衰老过程中T细胞、γδ T细胞和先天淋巴样细胞向IL-17表达表型的倾斜,并证明靶向IL-17信号可延缓皮肤老化 | 研究基于小鼠模型,尚未在人类皮肤中得到验证 | 探究皮肤衰老的炎症机制及干预策略 | 小鼠皮肤真皮层细胞 | 单细胞组学 | 皮肤衰老 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-11-12 |
Structural and functional properties of mSWI/SNF chromatin remodeling complexes revealed through single-cell perturbation screens
2023-04-20, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2023.03.013
PMID:37028419
|
研究论文 | 通过单细胞扰动筛选揭示mSWI/SNF染色质重塑复合物的结构和功能特性 | 首次结合Perturb-seq、CRISPR-Cas9敲除和单细胞多组学技术系统解析mSWI/SNF亚基功能 | NA | 解析mSWI/SNF染色质重塑复合物各亚基对基因表达的贡献 | 哺乳动物SWI/SNF染色质重塑复合物亚基 | 表观遗传学 | 癌症 | Perturb-seq, CRISPR-Cas9敲除, 单细胞RNA-seq, SHARE-seq | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 149 | 2025-11-09 |
Cellular senescence in white matter microglia is induced during ageing in mice and exacerbates the neuroinflammatory phenotype
2023-06-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05027-2
PMID:37353538
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示白质小胶质细胞在衰老过程中发生细胞衰老,并加剧神经炎症表型 | 首次发现白质小胶质细胞在衰老和疾病模型中发生细胞衰老,并证实共生细菌促进衰老小胶质细胞积累 | 研究主要基于小鼠模型,人类中枢神经系统中的相关性尚需进一步验证 | 探讨中枢神经系统细胞衰老特征及其在神经功能障碍中的作用 | 小鼠脑部和脊髓中的小胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多种小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 150 | 2025-11-06 |
ScRNA analysis and ferroptosis-related ceRNA regulatory network investigation in microglia cells at different time points after spinal cord injury
2023-Sep-19, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-023-04195-5
PMID:37726826
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞,并研究铁死亡相关的ceRNA调控网络 | 首次在单细胞水平揭示脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞的铁死亡相关ceRNA调控网络,鉴定出关键基因Stmn1和Fgfbr1 | 研究基于小鼠模型数据,尚未进行实验验证 | 探究脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞的免疫炎症生物标志物和调控机制 | 小鼠脊髓损伤后3天和14天的小胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠脊髓损伤后3天和14天的单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 151 | 2025-11-05 |
Early events marking lung fibroblast transition to profibrotic state in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Apr-21, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02419-0
PMID:37085855
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学识别了特发性肺纤维化中成纤维细胞向促纤维化状态转变的早期事件 | 首次发现核糖体蛋白全局下调和铜结合蛋白显著上调标志着IPF转变,并识别了新的过渡性成纤维细胞亚群 | 研究样本量有限,且主要关注成纤维细胞而忽略了其他细胞类型在疾病进展中的作用 | 探究特发性肺纤维化中成纤维细胞从正常向促纤维化状态转变的早期分子事件 | 健康对照和IPF患者肺组织中的成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序,免疫荧光检测 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫荧光图像 | 健康对照和IPF患者肺组织样本(上下肺叶) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 152 | 2025-10-23 |
Accurate estimation of rare cell type fractions from tissue omics data via hierarchical deconvolution
2023-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.532820
PMID:36993280
|
研究论文 | 提出一种名为HiDecon的分层反卷积方法,用于从组织组学数据中准确估计稀有细胞类型的比例 | 使用单细胞RNA测序参考和分层细胞类型树来建模细胞类型间的相似性和分化关系,通过跨层级协调细胞比例来校正估计偏差 | 需要单细胞RNA测序参考数据,且在细胞类型高度相关或极稀有情况下仍可能存在估计挑战 | 开发能够准确估计组织中细胞类型比例的方法,特别是针对稀有细胞类型 | 组织样本中的细胞类型比例 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,分层反卷积 | 分层反卷积模型 | 批量转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 153 | 2025-10-22 |
Universal recording of cell-cell contacts in vivo for interaction-based transcriptomics
2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.533003
PMID:36993443
|
研究论文 | 开发了一种通用型细胞间接触记录技术uLIPSTIC,用于在体监测免疫细胞间的瞬时相互作用 | 将LIPSTIC技术从特定CD40L-CD40通路扩展为不依赖特定受体-配体的通用型细胞相互作用记录平台 | 技术仍处于开发验证阶段,在更多生物系统中的适用性有待进一步验证 | 建立能够普遍记录体内细胞间物理相互作用的技术方法 | 免疫细胞(T细胞、树突状细胞、调节性T细胞、滤泡辅助T细胞)与肠道上皮细胞等 | 单细胞生物学 | NA | 酶标记技术、单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 154 | 2025-10-17 |
Stomach encyclopedia: Combined single-cell and spatial transcriptomics reveal cell diversity and homeostatic regulation of human stomach
2023-10-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113236
PMID:37819756
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学技术构建人类胃部细胞图谱,揭示胃部细胞多样性和稳态调控机制 | 构建了迄今为止最大的胃部单细胞和空间转录组数据集,发现LEFTY1作为未表征的干细胞标志物 | NA | 阐明人类胃部的精确细胞生物学特征和稳态调控机制 | 人类胃部组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 约380,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 155 | 2025-10-16 |
A Novel Prognostic Pyroptosis-Related Gene Signature Correlates to Oxidative Stress and Immune-Related Features in Gliomas
2023, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2023/4256116
PMID:36778205
|
研究论文 | 构建并验证了一个基于焦亡相关基因的胶质瘤预后模型 | 首次将焦亡相关基因与胶质瘤预后关联,并构建了包含9个基因的预后特征 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发胶质瘤预后预测工具并探索潜在治疗靶点 | 胶质瘤患者和U87胶质瘤细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,LASSO-Cox回归,Kaplan-Meier分析,KEGG/GO富集分析 | 预后风险模型 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA和CGGA队列的胶质瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2025-10-15 |
Differential detection workflows for multi-sample single-cell RNA-seq data
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.17.572043
PMID:38187695
|
研究论文 | 开发用于单细胞转录组数据中差异检测分析的工作流程 | 提出差异检测(DD)概念,关注基因在样本或细胞中被检测到的平均比例差异,而非传统差异基因表达(DE)的平均表达量差异 | NA | 建立联合评估差异基因表达和差异检测的统一工作流程 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 157 | 2025-10-12 |
A transcriptional response to replication stress selectively expands a subset of Brca2-mutant mammary epithelial cells
2023-08-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40956-w
PMID:37626143
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研究论文 | 本研究揭示了BRCA2突变乳腺上皮细胞在复制压力下通过转录反应选择性扩增激素受体阴性管腔细胞的机制 | 首次发现BRCA2杂合突变乳腺器官在复制压力下通过激活特定转录反应选择性扩增HR-管腔细胞,并鉴定出Tspan8和Thrsp基因在此过程中的关键作用 | 研究主要基于乳腺器官模型,需要在体内环境中进一步验证这些发现 | 探究BRCA2突变如何影响乳腺上皮亚群在复制压力下的行为 | Brca2突变乳腺器官和乳腺上皮细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | CyTOF质谱流式,scRNA-seq单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 野生型和Brca2突变乳腺器官 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 158 | 2025-10-11 |
A comparative study of in vitro air-liquid interface culture models of the human airway epithelium evaluating cellular heterogeneity and gene expression at single cell resolution
2023-Aug-28, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02514-2
PMID:37635251
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研究论文 | 比较BCi-NS1.1细胞系与原发性细胞来源的气液界面培养模型在单细胞分辨率下的细胞异质性和基因表达差异 | 首次在单细胞分辨率下系统比较工程化基底细胞系与原发性细胞来源的气液界面培养模型的基因表达和免疫功能差异 | 样本量较小(各3个独立分化/供体),未完全表征所有基因表达和免疫功能差异 | 评估BCi-NS1.1细胞系作为气液界面培养模型的适用性 | 人气道上皮细胞的气液界面培养模型 | 单细胞生物学 | 呼吸道感染疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据,图像数据 | BCi-NS1.1来源培养物(3个独立分化),原代细胞来源培养物(3个不同供体) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 159 | 2025-10-05 |
CD34+ cell-derived fibroblast-macrophage cross-talk drives limb ischemia recovery through the OSM-ANGPTL signaling axis
2023-04-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add2632
PMID:37043578
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研究论文 | 本研究揭示了CD34+细胞通过OSM-ANGPTL信号轴促进肢体缺血恢复的细胞机制 | 首次结合单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术,提供了正常和缺血肢体组织的精确单细胞图谱,发现CD34+细胞作为成纤维细胞前体促进组织再生 | 未明确说明样本规模和技术重复次数 | 探究CD34+细胞在缺血肌肉微环境中的分化潜能和功能作用 | 人类和小鼠的正常及缺血肢体组织 | 单细胞生物学 | 肢体缺血 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 160 | 2025-10-05 |
Atypical B cells consist of subsets with distinct functional profiles
2023-Dec-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108496
PMID:38098745
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研究论文 | 通过单细胞测序技术识别了非典型B细胞中三个功能各异的亚群 | 首次在慢性疟疾暴露人群中鉴定出三个具有不同转录和功能特征的非典型B细胞新亚群 | 研究聚焦于疟疾慢性感染人群,结果可能不适用于其他免疫激活状态 | 阐明非典型B细胞在人类适应性免疫应答中的具体作用 | 慢性疟疾寄生虫暴露个体的非典型B细胞 | 单细胞生物学 | 疟疾 | 单细胞测序 | NA | 转录组、细胞表面标志物、B细胞受体 | 慢性疟疾暴露个体(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |