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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1541 | 2024-08-05 |
Immature natural killer cells promote progression of triple-negative breast cancer
2023-03-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abl4414
PMID:36888695
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研究论文 | 这篇文章研究了不成熟的自然杀伤细胞在三阴性乳腺癌进展中的作用 | 识别了一种仅存在于三阴性乳腺癌样本中的不成熟NK细胞亚群,且其促进肿瘤进展的机制新颖 | 研究主要在小鼠模型中进行,临床转化需要进一步的验证 | 探讨自然杀伤细胞在三阴性乳腺癌中的潜在作用及机制 | 以多种三阴性乳腺癌和基底肿瘤样本为研究对象 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 样本 | 多个三阴性乳腺癌和基底肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1542 | 2024-08-05 |
tauFisher accurately predicts circadian time from a single sample of bulk and single-cell transcriptomic data
2023-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.04.535473
PMID:37066246
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研究论文 | 本文介绍了tauFisher,这是一种能从单个转录组样本中准确预测生物钟时间的计算管道 | tauFisher通过寻找样本中节律基因之间的相关性,提供了一种新的方法来预测生物钟时间 | 未提及具体的局限性 | 本研究旨在提高对生物钟时间的预测,以促进生物钟医学和研究 | 研究对象是来自多个组织类型和实验设置的转录组数据 | 计算生物学 | NA | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 使用了来自多个组织类型的单个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1543 | 2024-08-05 |
Dendritic Cell Vaccination in Conjunction with a TLR Agonist Polarizes Interferon Immune Responses in Malignant Glioma Patients
2023-Sep-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3287211/v1
PMID:37790490
|
研究论文 | 该研究探讨了自体肿瘤溶解物脉冲树突细胞疫苗联合TLR激动剂的免疫疗法在恶性胶质瘤患者中的应用 | 创新点在于首次展示了ATL-DC与TLR激动剂联合使用能够诱导肿瘤患者的干扰素免疫反应的差异 | 研究样本量较小,仅限于23名患者,可能影响结果的普遍适用性 | 研究ATL-DC疫苗与TLR激动剂的最佳组合,评估其对高等级胶质瘤患者的免疫反应影响 | 研究对象为新诊断或复发的WHO三级和四级恶性胶质瘤患者 | 数字病理 | 恶性胶质瘤 | bulk RNAseq和cyTOF分析 | NA | 基因表达数据 | 23名恶性胶质瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1544 | 2024-08-05 |
WNT signaling in the tumor microenvironment promotes immunosuppression in murine pancreatic cancer
2023-01-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20220503
PMID:36239683
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研究论文 | 研究了WNT信号传导在小鼠胰腺癌肿瘤微环境中的作用。 | 首次探讨了WNT信号传导如何调控胰腺癌的肿瘤微环境。 | WNT信号抑制由于毒性限制了治疗窗口,而PD-L1阻断在胰腺癌中无效。 | 探讨WNT信号在胰腺癌免疫微环境中的作用和潜在的治疗策略。 | 胰腺导管腺癌(PDA)和小鼠模型中的T细胞。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA数据 | 使用小鼠模型进行实验,具体样本量未说明 | NA | NA | NA | NA |
| 1545 | 2024-08-05 |
Role of Matrix Gla Protein in Transforming Growth Factor-β Signaling and Nonalcoholic Steatohepatitis in Mice
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.08.007
PMID:37611662
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研究论文 | 本文分析了基因在非酒精性脂肪性肝炎(NASH)中作用的关键因子,即基质Gla蛋白(MGP) | 提出MGP在肝纤维化和TGF-β信号传导中的调控作用,是NASH病理机制的新见解 | 研究主要基于小鼠模型,可能无法完全泛化到人类疾病中 | 探讨MGP在非酒精性脂肪性肝炎发病机制中的作用 | 使用基因多样性小鼠群体分析NASH表型及其相关基因 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因组数据,转录组数据,表型数据 | 使用的样本包括多种小鼠模型和人类患者的肝组织 | NA | NA | NA | NA |
| 1546 | 2024-08-05 |
Intratumoral Microbiota Composition Regulates Chemoimmunotherapy Response in Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2023-09-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-2593
PMID:37433041
|
研究论文 | 本研究探讨了肿瘤内微生物组对食管鳞状细胞癌患者接受新辅助化疗免疫治疗的反应的影响 | 该研究揭示了肿瘤内微生物组成可以预测新辅助化疗免疫治疗的治疗效果,且Streptococcus的丰富度与肿瘤微环境中CD8+ T细胞的浸润正相关 | 该研究可能缺乏大规模临床验证,且未探讨其他微生物对治疗反应的影响 | 研究肿瘤内微生物组对食管鳞状细胞癌患者化疗免疫治疗反应的影响 | 食管鳞状细胞癌患者及其肿瘤内微生物组 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 生物样本(肿瘤组织) | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1547 | 2024-08-04 |
Integrated regulatory and metabolic networks of the tumor microenvironment for therapeutic target prioritization
2023-01-01, Statistical applications in genetics and molecular biology
IF:0.8Q3
DOI:10.1515/sagmb-2022-0054
PMID:37988745
|
研究论文 | 本研究开发了一种整合基因调控网络和代谢网络的方法以指导治疗目标优先排序 | 提出了一种整合基于约束的代谢模型与概率基因调控网络的方法,使得可以通过贝叶斯网络进行细胞特异性变化的预测 | 对这两种模型的整合研究仍然有限,且可能不适用于所有类型的细胞和疾病 | 旨在提高基因组发现到临床决策的转化效率 | 关注胶质母细胞瘤脑肿瘤的单细胞测序数据 | 计算生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞测序 | 贝叶斯网络 | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1548 | 2024-08-05 |
Disruption of cholangiocyte-B cell crosstalk by blocking the CXCL12-CXCR4 axis alleviates liver fibrosis
2023-Nov-27, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-05032-y
PMID:38010435
|
研究论文 | 本研究探讨了阻断CXCL12-CXCR4轴如何通过破坏胆管细胞与B细胞的相互作用来减轻肝纤维化 | 提出了通过干扰胆管细胞和B细胞之间的通讯来减轻肝纤维化的新机制 | 未评估其他潜在的机制或临床应用环境 | 研究B细胞在肝纤维化中的作用及干预策略 | 以小鼠模型为基础,分析了B细胞和胆管细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | RNA序列 | 使用小鼠模型进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 1549 | 2024-08-05 |
Mammalian esophageal stratified tissue homeostasis is maintained distinctively by the epithelial pluripotent p63+Sox2+ and p63-Sox2+ cell populations
2023-Sep-26, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-04952-z
PMID:37752383
|
研究论文 | 研究了哺乳动物食管上皮组织的自我更新及其稳态调控机制 | 揭示了p63和Sox2依赖的细胞谱系在维持食管组织稳态中的独特作用 | 未能在食管鳞状细胞癌细胞系形成的类器官中检测到p63Sox2细胞群 | 探讨哺乳动物食管鳞状上皮组织的稳态以及相关的调控机制 | 通过建立大鼠食管类器官体外系统,研究食管上皮细胞群的特性 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 使用了大鼠食管类器官的多个细胞群 | NA | NA | NA | NA |
| 1550 | 2024-08-05 |
Transcriptomic landscape reveals germline potential of porcine skin-derived multipotent dermal fibroblast progenitors
2023-Jul-22, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-04869-7
PMID:37480481
|
研究论文 | 本研究揭示了猪皮肤来源的多能成纤维母细胞前体的转录组特征及其潜在生殖功能 | 本研究发现猪皮肤来源干细胞(SDSCs)主要源于多能成纤维母细胞前体(MDFPs),并展示了其分化为原始生殖细胞样细胞(PGCLCs)的多能性和转录调控机制 | 尚未讨论SDSCs的细胞起源及其在体外分化成PGCLCs过程中的动态转录特征 | 探讨猪皮肤来源干细胞在不育治疗中的潜在应用 | 研究对象为猪皮肤来源干细胞及其分化过程 | 再生医学 | 不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1551 | 2024-08-04 |
Pancreatic lipase-related protein 2 is selectively expressed by peritubular myoid cells in the murine testis and sustains long-term spermatogenesis
2023-Jul-19, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-04872-y
PMID:37468762
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研究论文 | 研究表明胰脂肪酶相关蛋白2在小鼠睾丸中的周管平滑肌细胞中特异性表达,支持长期的精子发生 | 首次揭示了Pnliprp2在小鼠睾丸中的周管平滑肌细胞中特异性表达及其在精子发生中的新角色 | 研究仅限于小鼠模型,可能无法完全推广到其他物种 | 探讨Pnliprp2在小鼠睾丸周管平滑肌细胞中的功能及其对精子发生的影响 | 小鼠睾丸中的周管平滑肌细胞和精子发生过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和代谢组学 | NA | 生物样本及代谢物数据 | Pnliprp2基因敲除小鼠的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1552 | 2024-08-04 |
Autologous humanized PDX modeling for immuno-oncology recapitulates features of the human tumor microenvironment
2023-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-006921
PMID:37487666
|
研究论文 | 本研究开发了一种自体人源化PDX模型,旨在模拟个体固体肿瘤的肿瘤微环境 | 创建了一种从患者的骨髓中获取HSPC的自体系统,为肿瘤-免疫相互作用的研究提供了完全基因匹配的模型 | 研究可能受到样本数量和个体差异的限制 | 研究免疫细胞与肿瘤细胞的相互作用及其对癌症进展和治疗反应的影响 | 使用人源化的MISTRG6小鼠和患者来源的肿瘤组织进行研究 | 数字病理学 | NA | HSPC移植 | 人源化PDX模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1553 | 2024-08-05 |
Reconstruction Set Test (RESET): a computationally efficient method for single sample gene set testing based on randomized reduced rank reconstruction error
2023-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.03.535366
PMID:37066315
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研究论文 | 本文介绍了一种名为重建集测试(RESET)的新型单样本基因集测试方法 | RESET在样本级和整个数据集的基因集重要性量化方面具有分析上的创新 | 现有技术在识别差异相关模式、检测竞争场景以及跨样本比较得分方面存在局限性 | 研究旨在提供一种更有效的单样本基因集测试方法 | 本文研究的对象为基因集及其在样本中的重要性体现 | 数字病理学 | NA | 随机降秩重建算法 | NA | 基因表达数据 | 使用了真实和模拟的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据 | NA | NA | NA | NA |
| 1554 | 2024-08-05 |
Single-Cell B-Cell Sequencing to Generate Natively Paired scFab Yeast Surface Display Libraries
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3279-6_11
PMID:37405649
|
研究论文 | 该文章阐述了一种使用单细胞RNA测序生成天然配对的B细胞受体序列的方法。 | 提出了一种简化的工作流程,将单链抗体片段表达在酵母表面用于高通量特征化。 | 章节中并未详细描述具体的实施细节。 | 旨在设计用于治疗和诊断的单克隆抗体。 | 免疫小鼠的天然配对B细胞受体序列。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1555 | 2024-08-04 |
Mettl14-mediated m6A modification ensures the cell-cycle progression of late-born retinal progenitor cells
2023-06-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112596
PMID:37269288
|
研究论文 | 该文章探讨了Mettl14介导的m6A修饰如何确保晚出生视网膜前体细胞的细胞周期进展 | 该研究揭示了m6A甲基化在调节晚出生视网膜前体细胞细胞周期中的重要作用 | 尚未探讨Mettl14缺失对出生前视网膜发育的其他潜在影响 | 旨在揭示神经前体细胞细胞周期进展的调控机制 | 晚出生的视网膜前体细胞 | 数字病理学 | NA | mA测序,单细胞转录组分析 | NA | mRNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1556 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics of human-skin-equivalent organoids
2023-05-30, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112511
PMID:37195865
|
研究论文 | 该研究利用单细胞转录组学比较人类皮肤等效类器官和自然皮肤的特征 | 该论文通过重建HSE角质形成细胞的分化轨迹,揭示了HSEs中的独特角质形成细胞状态及其与已知体内分化通路的相似性 | HSEs存在独特的角质形成细胞状态,并且终末分化受损 | 研究人类皮肤等效类器官的生物学特性及其分化过程 | 人类皮肤等效(organoid)培养物、异种移植物和体内表皮 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1557 | 2024-08-05 |
Monocyte depletion enhances neutrophil influx and proneural to mesenchymal transition in glioblastoma
2023-04-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37361-8
PMID:37012245
|
研究论文 | 本文探讨了单核细胞耗竭如何增强神经元至间充质转变和中性粒细胞的涌入。 | 研究揭示了单核细胞和中性粒细胞在不同肿瘤类型和基因型中的入侵和功能差异,并强调了同时靶向这两类细胞对癌症治疗的重要性 | 研究主要集中在小鼠模型上,可能限制了结果对人类癌症的直接应用 | 探讨单核细胞耗竭对胶质母细胞瘤中中性粒细胞行为的影响 | 利用CRISPR/Cas9基因编辑生成缺乏单核细胞趋化因子的小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | CRISPR/Cas9基因编辑 | 小鼠模型 | 单细胞RNA测序 | 使用了基因工程小鼠模型,包括PDGFB驱动的胶质母细胞瘤和肝细胞癌的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1558 | 2024-08-04 |
Transcriptional activation of Jun and Fos members of the AP-1 complex is a conserved signature of immune aging that contributes to inflammaging
2023-04, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13792
PMID:36840360
|
研究论文 | 该文章研究了AP-1复合体中Jun和Fos成员的转录激活在免疫衰老中的作用 | 发现AP-1复合体的转录激活在不同小鼠品系和组织中是一个保守的衰老特征 | 研究主要集中在小鼠模型,可能对人类应用的普遍性有限 | 探索免疫衰老中的转录激活机制及其对慢性炎症的影响 | 长寿和短寿小鼠品系的免疫细胞转录组和表观基因组 | 数字病理学 | 老年疾病 | ATAC-seq、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠的免疫细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1559 | 2024-08-05 |
Renal enhanced CT images reveal the tandem mechanism between tumor cells and immunocytes based on bulk/single-cell RNA sequencing
2023-Mar-18, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01011-5
PMID:36933049
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研究论文 | 这篇文章探讨了代谢重编程在透明细胞肾癌中的作用,尤其是谷氨酰胺代谢对肿瘤微环境的影响 | 文章首次揭示了谷氨酰胺代谢在透明细胞肾癌的免疫微环境形成中的关键作用,并构建了有效的影像基因组模型 | 样本主要来源于公开数据库,可能存在选择偏差,且未能全面覆盖不同的肾癌亚型 | 研究透明细胞肾癌中谷氨酰胺代谢的作用及其对肿瘤微环境和免疫细胞浸润的影响 | 涉及539个透明细胞肾癌样本和59个正常样本的数据分析 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | 转录组数据 | 539个透明细胞肾癌样本和59个正常样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1560 | 2024-08-04 |
Identifying strengths and weaknesses of methods for computational network inference from single-cell RNA-seq data
2023-03-09, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkad004
PMID:36626328
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研究论文 | 本文对十一种近期的网络推断方法在七个已发布的单细胞RNA测序数据集上的性能进行评估 | 扩展的基准研究评估了不同类型的黄金标准网络和评估指标 | 推断网络准确性的改进方法和更好的黄金标准仍然需要 | 研究不同方法在单细胞RNA测序数据上推断转录基因调控网络的有效性 | 评估十一种方法在不同物种(人类、小鼠和酵母)上处理的scRNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | SCENIC, PIDC, MERLIN, Correlation | 转录组数据 | 七个已发布的数据集 | NA | NA | NA | NA |