单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5350 篇文献，本页显示第 1461 - 1480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1461 | 2024-08-05 |
Molecular heterogeneity of quiescent melanocyte stem cells revealed by single-cell RNA-sequencing
2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.19.571712
PMID:38187565
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了休眠黑素细胞干细胞的分子异质性 | 确认了休眠黑素细胞干细胞亚群的分子特征，并鉴定了新的亚群 | 研究可能受限于小鼠模型的生物限制 | 研究黑素细胞干细胞的转录组特征及其异质性 | 成人女性C57BL/6J小鼠的休眠黑素细胞干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从小鼠皮肤中分离KIT+/CD45-细胞的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1462 | 2024-08-04 |
SGCAST: symmetric graph convolutional auto-encoder for scalable and accurate study of spatial transcriptomics
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad490
PMID:38171928
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研究论文 | 本文开发了SGCAST，一个高效的自编码器框架，用于识别空间域 | SGCAST采用对称图卷积自编码器，通过整合基因表达相似性和空间点接近性来学习聚合的潜在嵌入 | NA | 研究空间转录组学中的空间域识别与分析 | 空间转录组学数据与图卷积自编码器模型 | 计算机视觉 | NA | 自编码器 | 对称图卷积自编码器 | 转录组学数据 | 多个平台的不同比例的ST数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1463 | 2024-08-05 |
scFed: federated learning for cell type classification with scRNA-seq
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad507
PMID:38221903
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研究论文 | 本文介绍了一种新的统一联邦学习框架scFed，以实现细胞类型分类 | 提出scFed框架，允许在不违反数据隐私的情况下基准四种分类算法 | Transformer模型在scFed框架中的性能稍逊于专门的单细胞模型，并且存在显著的时间复杂性问题 | 探讨如何在保护数据隐私的情况下进行高效的细胞识别 | 使用不同大小、物种和技术的八个公开可用的scRNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | Transformer, 单细胞特定模型 | 数据集 | 八个公开可用的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1464 | 2024-08-05 |
GTAD: a graph-based approach for cell spatial composition inference from integrated scRNA-seq and ST-seq data
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad469
PMID:38127088
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研究论文 | 提出GTAD方法，通过图注意力网络从整合的scRNA-seq和ST-seq数据中推断细胞空间组成 | GTAD利用图结构和图注意力网络改善细胞空间关系和形态结构的捕捉 | 未提及具体的限制 | 旨在通过联合分析scRNA-seq和ST-seq数据，精确识别组织中的细胞空间组成 | 研究对象为小鼠大脑皮层、小脑、人类发育心脏和胰腺导管癌中的细胞 | 数字病理学 | 胰腺导管癌 | scRNA-seq和ST-seq | 图注意力网络 | 整合的基因表达数据 | 未提及具体的样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 1465 | 2024-08-05 |
Unraveling Neuronal Identities Using SIMS: A Deep Learning Label Transfer Tool for Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.28.529615
PMID:36909548
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞RNA测序分析的深度学习标签转移工具SIMS | 提出了一种高效的数据驱动的机器学习管道SIMS，用于单细胞数据的离散分类，并在复杂数据集中展现出更好的性能 | 未提及具体的局限性 | 开发一种新方法来准确注释复杂的单细胞RNA数据集 | 主要研究成人大脑皮层、海马以及发育中的大脑细胞的分类 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞数据 | 涉及不同多能干细胞系来源的人类皮层类器官及复杂脑组织的单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1466 | 2024-08-05 |
Inferring therapeutic vulnerability within tumors through integration of pan-cancer cell line and single-cell transcriptomic profiles
2023-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.29.564598
PMID:37961545
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研究论文 | 该文章提出了一种计算框架scIDUC，用于通过整合单细胞转录组数据和全癌种细胞系筛选数据来预测肿瘤内的治疗脆弱性 | 文章创新性地结合了单细胞转录组数据和丰富的细胞系筛选数据，以单细胞为基础预测治疗效果 | 该研究的局限性在于可能未涵盖所有肿瘤亚型和微环境影响的复杂性 | 研究旨在提升对肿瘤异质性的理解，进而改善针对性治疗策略 | 研究对象为不同肿瘤类型的单细胞和细胞系，包括横纹肌肉瘤、胰腺导管腺癌和去势抵抗前列腺癌 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包含多个细胞亚群，以及特定疾病的细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 1467 | 2024-08-05 |
Mapping pediatric brain tumors to their origins in the developing cerebellum
2023-10-03, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad124
PMID:37534924
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研究论文 | 本研究揭示了三种最常见儿童脑肿瘤的细胞起源 | 通过使用人类发育小脑地图，揭示了儿童脑肿瘤的细胞起源，提供了新的治疗靶点 | 由于仅使用正常发育人类小脑作为参考，可能无法覆盖所有变异情况 | 理解儿童脑肿瘤的起源，以识别潜在的肿瘤特异性疗法 | 主要研究三种儿童脑肿瘤：室管膜瘤、毛细胞星形胶质瘤和小脑神经母细胞瘤 | 数字病理学 | NA | 基因组变异分析，相关性分析，单细胞匹配技术 | NA | 转录组数据 | 使用了4416个肿瘤数据集，包括批量和单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 1468 | 2024-08-05 |
An integrated genomic approach identifies follistatin as a target of the p63-epidermal growth factor receptor oncogenic network in head and neck squamous cell carcinoma
2023-Sep, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcad038
PMID:37492374
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研究论文 | 这篇文章通过整合基因组分析确定了follistatin作为头颈部鳞状细胞癌中p63-表皮生长因子受体肿瘤网络的靶点 | 揭示了follistatin作为p63的直接转录靶标，并且其表达还受到EGFR信号的驱动 | 尚未详细阐明这些致癌基因及其下游靶点介导肿瘤进展的具体机制 | 识别与头颈部鳞状细胞癌相关的p63肿瘤相关转录靶点 | 来自HNSCC患者的转录组数据以及代表性细胞系模型 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 多个转录组数据集，具体样本数未提供 | NA | NA | NA | NA |
| 1469 | 2024-08-04 |
APOL1 kidney risk variants in glomerular diseases modeled in transgenic mice
2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.27.534273
PMID:37090576
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研究论文 | 本文研究了携带APOL1肾脏风险变异的小鼠模型中肾小管病的特征 | 研究提出了两种小鼠模型，以展示APOL1-G1等位基因在肾小管疾病中的作用，并发现了潜在的新的肾小管损伤标记 | 缺乏在人类模型中的直接验证和对比 | 探讨APOL1基因变异对不同小鼠模型中肾脏疾病的影响 | 研究对象是HIV相关肾病（HIVAN）小鼠模型和接收到干扰素-γ的APOL1转基因小鼠 | 数字病理 | 肾脏疾病 | RNA测序 | 转基因小鼠 | RNA序列 | 不同类型的转基因小鼠样本（具体数量未提及） | NA | NA | NA | NA |
| 1470 | 2024-08-04 |
Resveratrol attenuates staphylococcal enterotoxin B-activated immune cell metabolism via upregulation of miR-100 and suppression of mTOR signaling pathway
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1106733
PMID:36909201
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研究论文 | 该研究探讨了白藜芦醇如何通过上调miR-100和抑制mTOR信号通路减轻金黄色葡萄球菌肠毒素B激活的免疫细胞的代谢。 | 发现miR-100在RES处理的肺单核细胞中的上调以及其对mTOR的靶向作用。 | 该研究主要在小鼠模型中进行，可能不完全适用于人类。 | 研究白藜芦醇对金黄色葡萄球菌肠毒素B引发的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）免疫细胞代谢的影响。 | 处理了小鼠模型以研究RES对金黄色葡萄球菌肠毒素B激活的免疫细胞的影响。 | 数字病理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 小鼠模型，样本数量未具体说明 | NA | NA | NA | NA |
| 1471 | 2024-08-05 |
Interleukin-17-mediated protective cytokine signaling against degeneration of the retinal pigment epithelium
2023-Dec-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2311647120
PMID:38085785
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研究论文 | 本研究探讨了IL-17介导的细胞因子信号在视网膜色素上皮退化中的保护作用。 | 首次揭示了脉络膜γδ T细胞在视网膜色素上皮损伤后的保护性细胞因子信号机制。 | 本研究主要基于小鼠模型，可能限制了结果的广泛适用性。 | 探讨IL-17信号通路在视网膜色素上皮退化中的作用。 | 研究对象是小鼠脉络膜中的免疫细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞免疫资料 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1472 | 2024-08-05 |
Lymph node stromal cell responses to perinatal T cell waves, a temporal atlas
2023-Dec-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2316957120
PMID:38079541
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研究论文 | 这篇文章探讨了围产期T细胞在淋巴结中的独特环境及其演变。 | 文章创新性地利用单细胞RNA测序生成初期淋巴结生态的地图，并揭示了基质细胞和T细胞之间的相互作用。 | 没有提及本研究的具体局限性。 | 阐明围产期T细胞在淋巴结中如何生成和作用。 | 主要研究小鼠的围产期调节性T细胞及其在淋巴结中的反应。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 未具体说明样本数量，但涉及小鼠的研究 | NA | NA | NA | NA |
| 1473 | 2024-08-04 |
The activation of SIRT1 by resveratrol reduces breast cancer metastasis to lung through inhibiting neutrophil extracellular traps
2023-12, Journal of drug targeting
IF:4.3Q1
DOI:10.1080/1061186X.2023.2265585
PMID:37772906
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研究论文 | 这项研究探讨了白藜芦醇对乳腺癌转移到肺部的影响。 | 该研究首次将白藜芦醇与抑制中性粒细胞外陷阱的作用联系起来，展示了其对乳腺癌转移的治疗潜力。 | 该研究在小鼠模型中进行，可能无法完全反映人类的生理条件。 | 研究白藜芦醇通过抑制中性粒细胞外陷阱来减少乳腺癌转移的机制。 | 主要研究对象为乳腺癌转移及中性粒细胞外陷阱。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | 小鼠正位4T1乳腺癌模型 | 血清样本 | 小鼠乳腺癌模型中的样本数量未具体提到 | NA | NA | NA | NA |
| 1474 | 2024-08-05 |
Aerobic Exercise Alters the Melanoma Microenvironment and Modulates ERK5 S496 Phosphorylation
2023-09-01, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0465
PMID:37307577
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研究论文 | 本文展示了运动如何改变黑色素瘤微环境以及调节ERK5 S496磷酸化 | 揭示了运动导致的肿瘤微环境变化中的肿瘤特异性免疫反应差异以及ERK5信号通路的重要性 | 研究仅使用了小鼠模型，可能无法完全代表人类的反应 | 探讨运动如何影响黑色素瘤的微环境及其机制 | YUMMER 1.7 和 B16F10小鼠模型的黑色素瘤 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | NA | 使用了YUMMER 1.7和B16F10小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1475 | 2024-08-05 |
Non-classical circulating monocytes expressing high levels of microsomal prostaglandin E2 synthase-1 tag an aberrant IFN-response in systemic sclerosis
2023-Nov, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2023.103097
PMID:37633117
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研究论文 | 该研究探讨了在系统性硬化症中，外周血单核细胞的组成和活化异变 | 首次揭示了非经典单核细胞在系统性硬化症患者中的过度表达及其异常IFN反应 | 样本数量较小，仅包括8名系统性硬化症患者和8名对照组 | 了解CD14外周血单核细胞在系统性硬化症中的作用 | 系统性硬化症患者与健康对照患者的外周血单核细胞 | 数字病理 | 系统性硬化症 | 单细胞转录组分析 (scRNA-seq) | NA | 血液样本 | 共16个样本，8名系统性硬化症患者和8名对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 1476 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of the nervous system at small and large scales with instant partitions
2023-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.14.549051
PMID:37503160
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研究论文 | 这篇文章探讨了PIPseq在神经科学中进行单细胞RNA测序的应用。 | 引入PIPseq方法，能够在不同规模和神经科学实验中收集和序列化单细胞基因表达变化。 | 样本输入大小和初始资本投入的限制可能会排除一些研究者的应用。 | 研究PIPseq在单细胞RNA测序中的有效性和应用。 | 涉及多种样本和实验，包括小鼠模型和非传统模型物种的基因表达分析。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 数十个样本（每个样本1,000-100,000个细胞） | NA | NA | NA | NA |
| 1477 | 2024-08-05 |
A targeted CRISPR-Cas9 mediated F0 screen identifies genes involved in establishment of the enteric nervous system
2023-Dec-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.28.573581
PMID:38234831
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研究论文 | 本研究利用CRISPR-Cas9介导的筛查识别参与肠神经系统建立的基因 | 使用高效的CRISPR筛查方法，发现新基因进而推动肠神经系统的研究 | 研究仅限于斑马鱼模型，可能不完全适用于其他脊椎动物 | 探讨和识别参与肠神经系统发育的基因 | 以斑马鱼为模型研究肠神经系统的形成与基因调控 | 数字病理学 | Hirschsprung病 | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1478 | 2024-08-04 |
Combined near infrared photoacoustic imaging and ultrasound detects vulnerable atherosclerotic plaque
2023-11, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 该研究显示近红外自发光声成像(NIRAPA)与超声联合可检测易损的动脉粥样硬化斑块 | 创新点在于首次将近红外自发光声成像与超声成像结合，用于区分稳定与易损斑块 | 研究的局限性在于仅在25名患者的切除斑块上进行的体外研究 | 研究旨在通过成像技术有效管理动脉粥样硬化疾病 | 研究对象为25例患者的切除动脉粥样硬化斑块 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 近红外自发光声成像(NIRAPA)与超声成像 | NA | 图像 | 25个切除的动脉粥样硬化斑块样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1479 | 2024-08-05 |
Hypoxia-Inducible Factor-1α in SM22α-Expressing Cells Modulates Alveolarization
2023-10, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0045OC
PMID:37290124
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研究论文 | 本文研究了HIF-1α在SM22α表达细胞中的作用对肺泡化的影响 | 文章创新性地探讨了HIF-1α在特定间充质细胞亚群中调节出生后肺泡化的机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，可能无法完全推及人类 | 研究HIF-1α在SM22α表达细胞中的功能及其对肺发育的影响 | 以SM22α-表达细胞为对象，分析其在肺泡化中的作用 | 数字病理学 | 慢性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本 | 使用了小鼠模型和早产儿样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1480 | 2024-08-04 |
Cardiac pericytes mediate the remodeling response to myocardial infarction
2023-05-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI162188
PMID:37183820
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研究论文 | 这篇文章探讨了心脏周细胞在心肌梗死后的重塑反应中的作用 | 首次揭示了心脏周细胞在急性缺血损伤后调控血管稳态和纤维化反应的关键角色 | 未详细探讨心脏周细胞的全部作用机制 | 旨在阐明心脏周细胞在缺血性重塑中的角色 | 心脏周细胞与心肌梗死后的纤维化及血管通透性变化 | 数字病理学 | 心脏病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 多个来源的心脏周细胞样本 | NA | NA | NA | NA |