单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 1421 - 1440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1421 | 2024-08-04 |
A Population of Tumor-Infiltrating CD4+ T Cells Co-Expressing CD38 and CD39 Is Associated with Checkpoint Inhibitor Resistance
2023-10-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0653
PMID:37505479
|
研究论文 | 本研究探讨了一种共表达CD38和CD39的肿瘤浸润CD4+ T细胞人口及其与检查点抑制剂抗性的关系 | 发现了一种新的人群CD4+ T细胞共同表达CD38和CD39，并关联到检查点免疫治疗抗性 | 未详细描述具体的机制或治疗干预措施 | 进一步研究CD38+CD39+ T细胞与转移黑色素瘤患者检查点免疫治疗抗性之间的关系 | 来自转移性黑色素瘤患者的外周血T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA测序和流式细胞术 | NA | RNA数据及免疫荧光成像数据 | 来自转移性黑色素瘤患者的外周血和肿瘤组织样本 |
| 1422 | 2024-08-04 |
Global chromatin landscapes identify candidate noncoding modifiers of cardiac rhythm
2023-02-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI153635
PMID:36454649
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研究论文 | 这篇文章建立了一个全球心脏传导系统的cis调控数据库，以研究心脏节律的非编码调节因子 | 首次建立了CCS-ATAC数据库，并识别了新型心脏增强子元素 | 未提及特定细胞类型的功能重要性和潜在影响 | 研究心脏传导系统的cis调控景观及其与心脏节律相关的人类基因组变异的关系 | 大鼠心脏传导系统的cis调控元件 | 数字病理学 | 心脏病 | ATAC-Seq | NA | 基因组数据，单细胞RNA-Seq数据 | 大鼠心脏传导系统相关细胞 |
| 1423 | 2024-08-05 |
Phylogenomics of novel ploeotid taxa contribute to the backbone of the euglenid tree
2023 Jul-Aug, The Journal of eukaryotic microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1111/jeu.12973
PMID:36912454
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研究论文 | 这篇文章描述了新的ploeotid类群在euglenid谱系中的重要性和演化关系。 | 该研究通过光学显微镜和单细胞转录组学特征分析新的ploeotid类群，并在多基因系统发育框架中定位它们。 | 尚有一些taxa未被纳入多基因系统发育的分析，可能影响对谱系的全面理解。 | 研究ploeotid类群在euglenid演化中的角色和关系。 | 重点研究了五个新的ploeotid euglena，并将其放入多基因系统发育框架。 | 生物信息学 | NA | 光学显微镜和单细胞转录组学 | 多基因系统发育模型 | NA | 五个ploeotid euglena |
| 1424 | 2024-08-07 |
Estradiol Augments Tumor-Induced Neutrophil Production to Promote Tumor Cell Actions in Lymphangioleiomyomatosis Models
2023-04-17, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqad061
PMID:37042477
|
研究论文 | 本文研究了雌二醇在淋巴管平滑肌瘤病模型中通过促进中性粒细胞产生来增强肿瘤细胞作用的现象 | 首次报道了雌二醇通过促进中性粒细胞产生来间接促进肿瘤生长的机制 | NA | 探究雌二醇在淋巴管平滑肌瘤病中的作用机制 | 淋巴管平滑肌瘤病模型中的肿瘤细胞和中性粒细胞 | 数字病理学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用TSC2-null小鼠子宫肌细胞系和来自淋巴管平滑肌瘤病患者的单细胞RNA测序数据 |
| 1425 | 2024-08-04 |
Cerebral organoids derived from patients with Alzheimer's disease with PSEN1/2 mutations have defective tissue patterning and altered development
2023-11-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113310
PMID:37864790
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研究论文 | 本研究创建了一个来自阿尔茨海默病患者的脑类器官模型，探讨了早期事件和病理进程 | 利用来自具有PSEN1/2突变的阿尔茨海默病患者的诱导多能干细胞创建了特定的脑类器官，并发现了组织模式缺陷和发育改变 | 研究主要集中在体外模型上，可能不完全反映体内的病理情况 | 探讨阿尔茨海默病的早期病理事件和进展 | 利用来自家族性阿尔茨海默病患者的诱导多能干细胞生成的脑类器官 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 诱导多能干细胞(iPSC) | 脑类器官(CO) | 单细胞测序数据 | 来自三条阿尔茨海默病-iPSC线的样本 |
| 1426 | 2024-08-07 |
Inverse agonists of retinoic acid receptor/retinoid X receptor signaling as lineage-specific antitumor agents against human adenoid cystic carcinoma
2023-07-06, Journal of the National Cancer Institute
DOI:10.1093/jnci/djad062
PMID:37040084
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和异种移植实验，探讨了人腺样囊性癌中两种不同细胞类型的肿瘤起始能力和分化关系，并测试了视黄酸受体/视黄酸X受体信号通路作为特定治疗靶点的潜力。 | 首次揭示了腺样囊性癌中肌上皮样细胞作为导管样细胞的前体，并发现抑制视黄酸受体/视黄酸X受体信号通路对导管样细胞具有选择性毒性，为治疗提供了新策略。 | NA | 探索人腺样囊性癌中不同细胞类型的肿瘤起始能力和分化关系，并寻找特定治疗靶点。 | 人腺样囊性癌中的肌上皮样细胞和导管样细胞。 | 数字病理学 | 腺样囊性癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自人腺样囊性癌的患者源性异种移植模型。 |
| 1427 | 2024-08-07 |
Repression of the aryl-hydrocarbon receptor prevents oxidative stress and ferroptosis of intestinal intraepithelial lymphocytes
2023-04-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2023.01.023
PMID:36801011
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研究论文 | 研究揭示了芳基烃受体抑制剂（AHRR）对维持肠道上皮内淋巴细胞（IELs）的重要性，以及其缺乏导致的氧化应激和铁死亡 | 首次展示了AHRR在维持IELs中的关键作用，以及其缺乏如何导致氧化应激和铁死亡 | 研究主要集中在实验室模型和小鼠实验上，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨AHRR在调节肠道免疫反应和防止氧化应激及铁死亡中的作用 | 肠道上皮内淋巴细胞（IELs）和芳基烃受体（AHR）及其抑制剂（AHRR） | NA | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及小鼠模型和炎症性肠病患者的组织样本 |
| 1428 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Sequencing Reveals Molecular Mechanisms of Renal Injury in Essential Hypertension
2023, Kidney & blood pressure research
IF:2.3Q2
DOI:10.1159/000530624
PMID:37062270
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，探索了原发性高血压肾损伤的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了高血压肾损伤早期细胞特异性基因表达的变化 | 研究仅限于大鼠模型，结果的临床应用需要进一步验证 | 识别高血压肾损伤的早期生物标志物和信号通路 | 高血压肾损伤的大鼠肾脏样本 | 数字病理学 | 高血压 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 10,602个单细胞转录组来自2个对照组和2个早期高血压肾损伤样本 |
| 1429 | 2024-08-07 |
Multiplexed evaluation of mouse wound tissue using oligonucleotide barcoding with single-cell RNA sequencing
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101946
PMID:36525348
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研究论文 | 本文介绍了一种使用寡核苷酸条形码标记和混合多个愈合伤口样本的单细胞RNA测序协议 | 提出了使用寡核苷酸条形码技术降低单细胞RNA测序成本的方法 | 目前仅适用于小鼠，但可扩展到其他物种如大鼠、猪和人类 | 开发一种成本效益高的方法来研究复杂组织的单细胞RNA测序 | 愈合伤口组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个样本 |
| 1430 | 2024-08-07 |
Editorial: Spatial single-cell sequencing in studying solid cancer development
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1342989
PMID:38149241
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1431 | 2024-08-05 |
Human monoclonal antibodies against Staphylococcus aureus A protein identified by high-throughput single-cell sequencing of phase I clinical volunteers' B cells
2023-12, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2023.109843
PMID:37981106
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研究论文 | 本研究通过高通量单细胞测序识别出对抗金黄色葡萄球菌A蛋白的人源单克隆抗体 | 发现了一种特异性针对金黄色葡萄球菌A蛋白的高表达的人单克隆抗体IgG-6 | 本研究仅在I期临床试验中进行，样本量相对较小，长期效果尚未验证 | 研究人源单克隆抗体作为对付金黄色葡萄球菌感染的新策略 | 从64名志愿者的外周血淋巴细胞中分离的抗原特异性记忆B细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | 64名临床志愿者的外周血淋巴细胞 |
| 1432 | 2024-08-07 |
Ruxolitinib attenuates acute rejection and can serve as an immune induction therapy in heart transplantation
2023-12, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2023.109851
PMID:38008145
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研究论文 | 研究探讨了IL2RA拮抗剂在心脏移植患者中的效果，并发现鲁索利替尼可能是一种新的免疫诱导治疗药物 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了IL2RA拮抗剂治疗后免疫细胞的动态变化，并发现鲁索利替尼可作为新的免疫诱导治疗药物，不影响调节性T细胞的激活 | 研究主要基于小鼠模型，需要在人体中进一步验证 | 阐明IL2RA拮抗剂的效果并寻找优于IL2RA拮抗剂的治疗目标 | 心脏移植患者及IL2RA拮抗剂治疗后的免疫细胞 | NA | 心脏移植 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 十九种细胞类型 |
| 1433 | 2024-08-07 |
Single-cell dissection, hdWGCNA and deep learning reveal the role of oxidatively stressed plasma cells in ulcerative colitis
2023-11-25, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2023237
PMID:37814814
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和高级加权基因共表达网络分析，揭示了氧化应激浆细胞在溃疡性结肠炎中的作用，并利用深度学习模型进行诊断 | 首次通过单细胞水平分析和多种机器学习方法，识别出氧化应激浆细胞在溃疡性结肠炎中的关键作用，并开发了用于诊断的深度学习模型 | NA | 阐明溃疡性结肠炎在单细胞水平的发病机制及其临床意义 | 溃疡性结肠炎中的氧化应激浆细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络 | 转录组数据 | NA |
| 1434 | 2024-08-07 |
scAce: an adaptive embedding and clustering method for single-cell gene expression data
2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad546
PMID:37672035
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research paper | 本文提出了一种名为scAce的自适应嵌入和聚类方法，用于单细胞基因表达数据的分析 | scAce方法通过构建变分自编码器同时学习细胞嵌入和聚类分配，并开发了一种自适应聚类合并方法，无需预先估计聚类数量 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类分析，区分细胞类型并发现新的细胞类型 | 单细胞基因表达数据 | machine learning | NA | scRNA-seq | variational autoencoder | gene expression data | NA |
| 1435 | 2024-08-07 |
NMFClustering: Accessible NMF-based clustering utilizing GPU acceleration
2023-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.16.545370
PMID:37398372
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研究论文 | 本文介绍了一种基于非负矩阵分解（NMF）的聚类方法，通过GPU加速提高了计算效率 | 实现了基于NMF的聚类方法在GPU计算节点上的运行，使用Cupy库和消息传递接口（MPI），显著减少了计算时间 | NA | 旨在解决非负矩阵分解在处理大规模基因表达数据时的计算密集问题 | 基因表达数据，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq）计数矩阵 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解（NMF） | NA | 基因表达数据 | 涉及数万个基因的高维数据集 |
| 1436 | 2024-08-04 |
Cellular states are coupled to genomic and viral heterogeneity in HPV-related oropharyngeal carcinoma
2023-04, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01357-3
PMID:37012457
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序分析HPV阳性和阴性口咽肿瘤，揭示肿瘤内外的细胞多样性。 | 首次揭示了口咽癌细胞状态与基因组和病毒异质性的关系 | 研究中未明确涉及样本的具体数量和来源 | 探索HPV相关的口咽癌细胞的多样性及其对预后影响 | HPV阳性和阴性口咽肿瘤 | 数字病理学 | 其他癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1437 | 2024-08-07 |
Identification of antigen-presentation related B cells as a key player in Crohn's disease using single-cell dissecting, hdWGCNA, and deep learning
2023-Dec, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-023-01145-7
PMID:37550553
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，结合高维加权基因共表达网络分析和深度学习方法，识别出与克罗恩病发病机制相关的抗原呈递相关B细胞亚群 | 首次揭示了抗原呈递相关B细胞在克罗恩病发病机制中的潜在促进作用，并开发了一种基于基因-免疫卷积神经网络的深度学习模型，有效区分疾病与正常黏膜 | NA | 探究克罗恩病的发病机制及其临床意义 | 克罗恩病中的B细胞亚群及其在疾病中的作用 | 机器学习 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 1438 | 2024-08-07 |
COX5A as a potential biomarker for disease activity and organ damage in lupus
2023-Dec, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-023-01215-w
PMID:37891386
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研究论文 | 本研究通过综合分析RNA-seq数据和单细胞RNA测序数据，探讨了系统性红斑狼疮（SLE）中的关键通路和驱动基因，并评估了COX5A作为SLE疾病活动和器官损伤的潜在生物标志物的价值 | 本研究首次发现氧化磷酸化（OXPHOS）是SLE中最显著改变的代谢途径，并识别了与OXPHOS相关的酶COX5A，其表达与SLE的疾病活动、器官损伤和皮质类固醇治疗相关 | NA | 旨在深入了解SLE的免疫学途径和预后生物标志物 | SLE的免疫细胞类型、关键通路和驱动基因，以及COX5A作为生物标志物的潜在价值 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据 | 64例SLE患者和62例健康对照 |
| 1439 | 2024-08-07 |
The Poisson distribution model fits UMI-based single-cell RNA-sequencing data
2023-Jun-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05349-2
PMID:37330471
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研究论文 | 本文提出了一种基于独立泊松分布（IPD）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据建模方法，通过引入一种新的数据表示方法——从简单均匀IPD的偏离（DIPD）来捕捉细胞簇生成的每个基因每个细胞的内在异质性 | 本文的创新点在于提出了一种新的数据表示方法DIPD，用于捕捉细胞簇生成的每个基因每个细胞的内在异质性，并展示了该方法在发现新的细胞亚型方面的优势 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的建模方法，以更好地支持下游数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 泊松分布模型 | 基因表达数据 | NA |
| 1440 | 2024-08-07 |
Single cell sequencing revealed the mechanism of CRYAB in glioma and its diagnostic and prognostic value
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1336187
PMID:38274814
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探讨了CRYAB在胶质瘤中的作用机制及其诊断和预后价值 | 首次通过单细胞测序数据分析CRYAB在胶质瘤中的具体作用和机制，并建立了基于CRYAB的风险模型用于预测胶质母细胞瘤的预后 | 研究主要基于数据库中的数据和体外实验，尚未进行临床试验验证模型的有效性 | 探索CRYAB在胶质瘤中的作用机制及其在诊断和预后中的应用 | 胶质母细胞瘤患者的单细胞分化数据和CRYAB表达 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | LASSO和逐步回归算法 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及TCGA和GEO数据库中的数据以及GEO数据库中的胶质瘤患者单细胞测序数据 |