单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 1401 - 1420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1401 | 2024-08-07 |
Comparative analysis of dimension reduction methods for cytometry by time-of-flight data
2023-04-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37478-w
PMID:37005472
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研究论文 | 本文比较了21种降维方法在110个真实和425个合成CyTOF样本上的性能 | 发现了一些不太知名但表现优异的降维方法，如SAUCIE、SQuaD-MDS和scvis | 选择降维方法应取决于数据结构和分析需求 | 评估和发展适用于CyTOF数据的计算方法 | CyTOF数据的降维方法 | 生物信息学 | NA | CyTOF | NA | 数据 | 110个真实样本和425个合成样本 |
| 1402 | 2024-08-04 |
Compressed Perturb-seq: highly efficient screens for regulatory circuits using random composite perturbations
2023-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.23.525200
PMID:36747806
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研究论文 | 本文提出了一种压缩的Perturb-seq技术，以提高功能基因组学中干扰电路的筛选效率 | 创新性在于通过算法对随机低维观察进行重新设计，显著降低了成本并提高了学习遗传互作的能力 | 该方法在规模上仍受到一定限制，具体的实验规模未在摘要中明确说明 | 研究旨在提高功能基因组学中基因调控电路筛选的效率 | 研究对象为与细菌脂多糖免疫反应相关的598个基因 | 功能基因组学 | 免疫疾病 | CRISPR筛选 | NA | 基因表达数据 | 涉及598个基因 |
| 1403 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing of Sox17-Expressing Lineages Reveals Distinct Gene Regulatory Networks and Dynamic Developmental Trajectories
2023-06-15, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxad030
PMID:37085274
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研究论文 | 本研究通过结合双色时间线追踪策略和单细胞RNA测序，分析了Sox17表达谱系中的6934个细胞，揭示了不同的基因调控网络和动态发育轨迹。 | 开发了一种双色时间线追踪策略，结合单细胞RNA测序技术，深入分析了Sox17在发育中的内胚层和内皮细胞中的功能。 | NA | 旨在更好地理解Sox17在发育中的内胚层和内皮细胞中的功能。 | Sox17表达谱系中的细胞，特别是内胚层和内皮细胞。 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6934个细胞 |
| 1404 | 2024-08-07 |
TripletCell: a deep metric learning framework for accurate annotation of cell types at the single-cell level
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad132
PMID:37080771
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研究论文 | 本文提出了一种名为TripletCell的新型深度度量学习框架，用于跨物种、跨协议和跨样本的细胞类型注释 | TripletCell利用深度度量学习算法，通过特征提取模块TripletCell-FE，有效地处理了scRNA-seq数据中的批次效应和数据异质性问题 | NA | 开发一种高效准确的细胞类型注释方法，以克服传统手动注释的局限性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 深度度量学习 | 基因表达矩阵 | 21个数据集，涵盖九种scRNA-seq协议、两种物种和三种组织 |
| 1405 | 2024-08-07 |
Genomic characterization and therapeutic utilization of IL-13-responsive sequences in asthma
2023-Jan-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100229
PMID:36777184
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研究论文 | 本文利用多种基因组技术在支气管上皮细胞中识别IL-13响应的调控元件，并开发基于CRISPR干扰（CRISPRi）的治疗方法，以细胞类型特异性和IL-13特异性的方式下调引起气道阻塞的基因。 | 本文首次利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）在人类支气管上皮细胞中识别IL-13响应基因和调控元件，并通过大规模并行报告分析（MPRAs）验证和优化这些序列的IL-13诱导活性。 | NA | 研究IL-13在哮喘中的基因组特征及其在治疗中的应用。 | 支气管上皮细胞中的IL-13响应调控元件。 | 基因组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq），大规模并行报告分析（MPRAs） | CRISPR干扰（CRISPRi） | 基因组数据 | 人类支气管上皮细胞 |
| 1406 | 2024-08-04 |
Neighbor-specific gene expression revealed from physically interacting cells during mouse embryonic development
2023-01-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2205371120
PMID:36595695
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研究论文 | 本文探讨了小鼠胚胎发育过程中物理相互作用细胞的邻特异性基因表达 | 提出了物理相互作用细胞RNA测序（PIC-seq）技术，以克服单细胞RNA测序中缺失空间信息的局限性，揭示了接触特异的基因调控机制 | 主要集中于小鼠胚胎的特定发展阶段，未涵盖其他发育阶段或物种 | 研究胚胎发育过程中邻近细胞之间的相互作用如何影响基因表达 | 小鼠胚胎发育过程中的物理相互作用细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠胚胎在胚胎日7.5到9.5期间产生的相互作用细胞 |
| 1407 | 2024-08-04 |
Prerequisite endocardial-mesenchymal transition for murine cardiac trabecular angiogenesis
2023-05-08, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.03.009
PMID:37023750
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研究论文 | 本文探讨了小鼠心脏内膜细胞如何通过“血管内皮细胞-间充质转化”机制生成小梁血管 | 首次揭示了小梁血管起源于心室内膜细胞的二步血管内皮细胞-间充质转化机制 | 研究主要集中于小鼠模型，可能对其他物种的应用有限 | 研究心脏小梁血管的起源和发育机制 | 心室内膜细胞及其在小梁血管形成中的作用 | 数字病理学 | 冠心病 | 单细胞转录组学、免疫荧光 | NA | NA | NA |
| 1408 | 2024-08-04 |
Integrative single-cell characterization of frugivory adaptations in the bat kidney and pancreas
2023-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.12.528204
PMID:36824791
|
research paper | 本文使用综合单细胞测序研究了蝙蝠肾脏和胰腺中的果食适应性 | 研究揭示了与果食适应性相关的关键细胞群体、基因表达和调控元件差异 | 研究可能只针对特定的蝙蝠种类，结果的普遍性尚待验证 | 研究果食适应性的细胞和分子机制 | 研究对象为昆虫食性和果食性蝙蝠的肾脏和胰腺 | NA | 糖尿病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1409 | 2024-08-04 |
Single cell and immunity: Better understanding immune cell heterogeneities with single cell sequencing
2023-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1159
PMID:36579366
|
研究论文 | 单细胞测序在理解免疫细胞的异质性方面具有科学影响 | 探讨单细胞测序在免疫细胞功能多样性研究中的新进展和应用 | 需要更强的程序以及预临床和临床验证的确凿证据 | 旨在深入了解单细胞基础的免疫细胞异质性和功能 | 单细胞基础的免疫细胞在发展和疾病中的研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 1410 | 2024-08-04 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal POSTN+ cancer-associated fibroblasts correlated with immune suppression and tumour progression in non-small cell lung cancer
2023-12, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1515
PMID:38115703
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研究论文 | 本研究揭示了POSTN+癌症相关成纤维细胞与非小细胞肺癌中的免疫抑制和肿瘤进展的相关性 | 识别了POSTN+成纤维细胞亚群，与肿瘤进展和免疫抑制相关 | 研究局限于16例NSCLC患者的样本，且仅分析特定的CAF亚群 | 探讨癌症相关成纤维细胞在非小细胞肺癌进展中的作用 | 对16例非小细胞肺癌患者的肿瘤及其相邻样本进行单细胞转录组测序 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序，SpaTial增强分辨率组学测序，免疫组化 | NA | RNA数据 | 16名非小细胞肺癌患者的肿瘤和相邻样本 |
| 1411 | 2024-08-07 |
Immunological link between periodontitis and type 2 diabetes deciphered by single-cell RNA analysis
2023-12, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1503
PMID:38082425
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了牙周炎与2型糖尿病之间的免疫学联系 | 首次揭示了2型糖尿病如何加剧T/NK细胞免疫的恶化以及牙周炎与糖尿病之间的免疫学基础 | 样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在比较单纯牙周炎患者与同时患有牙周炎和2型糖尿病患者的免疫反应，以扩展对牙周炎与糖尿病复杂联系的理解 | 外周血单个核细胞 | NA | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 11名健康对照者，10名单纯牙周炎患者，6名同时患有牙周炎和2型糖尿病的患者 |
| 1412 | 2024-08-04 |
Crosstalk between alternative splicing and inflammatory bowel disease: Basic mechanisms, biotechnological progresses and future perspectives
2023-11, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1479
PMID:37983927
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综述 | 这篇文章总结了替代剪接与炎症性肠病之间的关系，以及相关的生物技术进展和未来的前景 | 这是首个评估替代剪接事件在炎症性肠病中潜在调控机制的综述 | 文章未详细讨论所有潜在的异常剪接基因及其机制 | 探讨替代剪接在炎症性肠病发病机制中的作用 | 涉及炎症性肠病中的异常替代剪接事件及其相关分子 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 下一代测序（NGS）、微阵列、第三代测序（TGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 数据 | NA |
| 1413 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing of multi-region resolves geospatial architecture and therapeutic target of endothelial cells in esophageal squamous cell carcinoma
2023-11, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1487
PMID:37987158
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1414 | 2024-08-04 |
Single-cell analysis reveals the multiple patterns of immune escape in the nasopharyngeal carcinoma microenvironment
2023-06, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1315
PMID:37349991
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研究论文 | 该研究揭示了鼻咽癌微环境中免疫逃逸的多种模式。 | 首次识别了特定于鼻咽癌微环境的CD8+自然杀伤细胞集群，并展示了肿瘤细胞中主要组织相容性复合体分子的丧失等免疫逃逸机制。 | 该技术未能捕捉到上皮/肿瘤细胞，限制了对肿瘤异质性和免疫逃逸的进一步研究。 | 分析鼻咽癌肿瘤细胞的转录组和空间特性。 | 鼻咽癌肿瘤细胞。 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | scRNA/snRNA-seq和成像质谱细胞术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1415 | 2024-08-04 |
Prioritization of Monogenic Congenital Anomalies of the Kidney and Urinary Tract Candidate Genes with Existing Single-Cell Transcriptomics Data of the Human Fetal Kidney
2023, Nephron
IF:2.3Q2
DOI:10.1159/000531770
PMID:37499630
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研究论文 | 本研究利用人类胎儿肾脏的单细胞转录组学数据，优先考虑单基因先天性肾脏和尿道异常（CAKUT）候选基因。 | 提出了通过时间轴上的共表达模式来优先选择CAKUT候选基因的独立方法，识别出新的CAKUT候选基因 | 仅分析了已知CAKUT基因的共表达，可能未考虑所有潜在的候选基因 | 优先考虑人类先天性肾脏和尿道异常的候选基因 | 已知的40个CAKUT基因及其在肾脏发育中的共表达模式 | 数字病理学 | 先天性肾脏和尿道异常 | 单细胞mRNA转录组学 | NA | RNA数据 | 研究了40个已知基因和100个在肾小管祖细胞中高表达的基因 |
| 1416 | 2024-08-04 |
Stemness-related genes revealed by single-cell profiling of naïve and stimulated human CD34+ cells from CB and mPB
2023-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1175
PMID:36683248
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了来自脐带血和动员外周血的人类CD34+细胞中的干性相关基因 | 揭示了干性相关基因与细胞来源和培养时间的关系，并发现了小分子药物对扩展HSCs的有效性 | 本研究中样本数量相对较少，可能影响结果的普遍性 | 深入理解不同来源的造血干细胞的特性及其干性维持机制 | 脐带血和动员外周血的人类CD34+细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 超过16000个高质量单细胞数据 |
| 1417 | 2024-08-04 |
Differential developmental blueprints of organ-intrinsic nervous systems
2023-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.12.571306
PMID:38168446
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研究论文 | 本文描述了肠道神经系统与心脏内在神经系统之间实现器官特异性组织的不同策略 | 揭示了内脏器官特异性神经元分化路径受其宿主器官影响的基本原则 | 对心脏内在神经系统的了解仍然较少，可能影响研究深入性 | 探讨内在神经系统的发展蓝图及其器官特异性 | 研究对象包括肠道神经系统和心脏内在神经系统的前体细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 高分辨率全胚胎成像、单细胞基因组学、空间转录组学、蛋白质组学和生物信息学 | NA | NA | NA |
| 1418 | 2024-08-07 |
CXCR4 expression is associated with proneural-to-mesenchymal transition in glioblastoma
2023-02-15, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.34329
PMID:36250346
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研究论文 | 研究探讨了CXCR4表达与胶质母细胞瘤中从proneural型向mesenchymal型转变的关系 | 首次揭示了CXCR4信号在胶质母细胞瘤中促进proneural型向mesenchymal型转变的作用，并提出了抑制CXCR4作为潜在治疗策略 | 研究主要基于RNA测序数据和遗传小鼠模型，需要进一步的临床试验验证 | 探究CXCR4表达与胶质母细胞瘤分子亚型转变及患者生存期的关系 | 胶质母细胞瘤的分子亚型转变及CXCR4表达的影响 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | RNA | 包括TCGA数据库中的proneural型胶质母细胞瘤样本和内部高级别胶质瘤样本，以及单细胞RNA测序数据和小鼠模型 |
| 1419 | 2024-08-07 |
Tet2- and Tet3- Mediated Cytosine Hydroxymethylation in Six2 Progenitor Cells in Mice Is Critical for Nephron Progenitor Differentiation and Nephron Endowment
2023-04-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2022040460
PMID:36522157
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研究论文 | 本研究通过遗传删除小鼠肾元祖细胞中的Tet1、Tet2和Tet3基因，探讨了Tet2和Tet3介导的胞嘧啶羟甲基化在肾元祖细胞分化和肾元赋予中的关键作用。 | 首次揭示了Tet2和Tet3介导的胞嘧啶羟甲基化在肾元祖细胞分化和肾元赋予中的生理作用。 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现。 | 探讨表观遗传变化在肾元赋予和肾脏发育中的作用。 | 小鼠肾元祖细胞中的Tet1、Tet2和Tet3基因。 | NA | 肾脏疾病 | 全基因组亚硫酸氢盐测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 1420 | 2024-08-04 |
Reconstruction of 3-dimensional tissue organization at the single-cell resolution
2023-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.04.522502
PMID:36711844
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研究论文 | 这篇文章介绍了一种名为scHolography的新计算方法，用于在单细胞分辨率下重建三维组织结构 | scHolography使用深度学习将单细胞转录组数据映射到三维空间，克服了现有方法的限制 | 文章未具体提及方法的潜在局限性 | 该研究旨在提高对基因表达模式和细胞间相互作用的理解 | 研究对象包括人类皮肤、人类皮肤癌和小鼠大脑数据集 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 深度学习 | 神经网络 | 转录组数据 | 涉及人类皮肤和皮肤癌以及小鼠大脑的数据集 |