单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1401	2024-08-04	It is better to light a candle than to curse the darkness: single-cell transcriptomics sheds new light on pancreas biology and disease 2023-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-329313 PMID:36997301	综述	本文回顾了单细胞转录组学如何改变我们对胰腺生物学和疾病进展的理解	引入了单细胞转录组学，揭示了胰腺的细胞组成和分子机制	本文没有具体提及研究的样本量和实验限制	探讨单细胞转录组学在胰腺生物学和疾病中的应用	胰腺及相关细胞类型和状态	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞类型和状态	NA
1402	2024-08-07	Hedgehog signalling in Foxd1+ embryonic kidney stromal progenitors controls nephron formation via Cxcl12 and Wnt5a 2023-12, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6195 PMID:37772431	研究论文	研究揭示了胚胎肾脏间质祖细胞中Hedgehog信号通路在通过Cxcl12和Wnt5a调控肾单位形成中的主要致病作用	首次确定了Hedgehog信号通路在胚胎肾脏间质细胞中的过度激活导致先天性肾单位数量减少的机制，并发现Cxcl12和Wnt5a是其下游关键分子	研究主要基于小鼠模型和人类肾脏类器官，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	探讨先天性肾脏和尿道异常（CAKUT）中肾单位数量减少的病理机制	胚胎肾脏间质祖细胞中的Hedgehog信号通路及其对肾单位形成的影响	数字病理学	先天性肾脏和尿道异常	单细胞RNA测序	NA	组织	小鼠模型和人类肾脏类器官
1403	2024-08-07	Prostatic proliferative inflammatory atrophy: welcome to the club† 2023-12, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6213 PMID:37775958	研究论文	本研究使用RNA原位杂交技术，在人类前列腺中发现了与肺部club细胞具有转录相似性的上皮细胞，并探讨了这些细胞在前列腺炎症和癌症中的潜在作用	首次在人类前列腺中定位了club-like细胞，并揭示了它们在前列腺炎症和癌症中的表达模式	尚未完全理解club-like细胞在人类前列腺炎症、再生和疾病中的功能角色	探讨club-like细胞在人类前列腺炎症、再生和疾病中的作用	人类前列腺中的club-like细胞及其与前列腺炎症和癌症的关系	数字病理学	前列腺癌	RNA原位杂交	NA	RNA序列	未具体说明样本数量
1404	2024-08-07	Single-cell profiling identifies distinct hormonal, immunologic, and inflammatory signatures of endometriosis-constituting cells 2023-11, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6178 PMID:37807404	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了卵巢子宫内膜囊肿、浅表腹膜子宫内膜异位症和深部浸润性子宫内膜异位症患者的细胞类型及其分子特征	发现了子宫内膜异位症特有的MUC5B细胞、间皮细胞来源的肌成纤维细胞以及NRG1-ERBB3相互作用，这些可能与子宫内膜异位症的发病机制有关	NA	探讨子宫内膜异位症构成细胞与正常子宫内膜的差异及其分子特征与表型表现的关系	卵巢子宫内膜囊肿、浅表腹膜子宫内膜异位症和深部浸润性子宫内膜异位症	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA	12名患者
1405	2024-08-07	Club-like cells in proliferative inflammatory atrophy of the prostate 2023-09, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6149 PMID:37550827	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和染色RNA原位杂交技术，在前列腺增生性炎症萎缩（PIA）中发现并定位了类似肺部纤毛细胞的细胞群	首次在前列腺中发现与肺部纤毛细胞相似的细胞群，并探讨了这些细胞在前列腺炎症和癌变中的作用	研究主要集中在前列腺癌手术标本，对健康前列腺组织的研究较少	识别并定位前列腺中的纤毛细胞样细胞，并探讨其在前列腺炎症和癌变中的作用	前列腺组织，包括健康捐赠者和前列腺癌患者的前列腺标本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），染色RNA原位杂交	NA	组织样本	包括健康前列腺组织和前列腺癌手术标本
1406	2024-08-04	Revolutionizing cancer immunotherapy in solid tumor: CAR engineering and single-cell sequencing insights 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1310285 PMID:38090577	mini-review	这篇文章探讨了嵌合抗原受体（CAR）细胞疗法在实体肿瘤治疗中的进展及单细胞RNA测序（scRNA-seq）的应用	结合scRNA-seq与CAR疗法，提供了对CAR细胞生物特性及肿瘤免疫逃逸的新见解，推动癌症免疫治疗的创新	主要面临识别可靠的肿瘤相关抗原和肿瘤微环境复杂性的问题	研究CAR细胞疗法在实体肿瘤中的应用以及scRNA-seq的潜力	CAR-T细胞和实体肿瘤	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	NA
1407	2024-08-04	An integrated analysis of bulk and single-cell sequencing data reveals that EMP1+/COL3A1+ fibroblasts contribute to the bone metastasis process in breast, prostate, and renal cancers 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1313536 PMID:38187400	研究论文	本研究通过综合分析大规模测序和单细胞RNA转录组数据，揭示了EMP1+/COL3A1+成纤维细胞在乳腺癌、前列腺癌和肾癌的骨转移过程中的作用	首次调查了成纤维细胞与多种肿瘤微环境中的骨转移过程之间的关系	尚未明确骨转移机制的所有细节	探索不同肿瘤的骨转移相关特征	乳腺癌、前列腺癌和肾癌样本中的成纤维细胞	数字病理学	乳腺癌、前列腺癌、肾癌	大规模测序和单细胞RNA测序	NA	RNA转录组数据	乳腺癌、前列腺癌和肾癌的骨转移样本
1408	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity in esophageal squamous epithelial cells and constructs models for predicting patient prognosis and immunotherapy 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1322147 PMID:38098487	研究论文	该文章探讨了食管鳞状上皮细胞异质性，并建立了预测患者预后和免疫治疗模型	通过单细胞转录组学揭示了恶性上皮细胞亚群的异质性，并建立了与生存相关的预后模型	样本量和所用数据集的选择可能限制了结果的普遍适用性	全面探索食管鳞状细胞癌微环境中恶性鳞状上皮细胞亚群的异质性	主要研究食管鳞状细胞癌患者中的恶性鳞状上皮细胞及其与肿瘤微环境的相互作用	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA数据	TCGA和GSE53624队列的样本
1409	2024-08-07	Single-cell landscape of immune cells during the progression from HBV infection to HBV cirrhosis and HBV-associated hepatocellular carcinoma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1320414 PMID:38116005	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了不同疾病阶段的人类肝脏免疫微环境，揭示了HBV感染至HBV相关肝硬化和肝细胞癌过程中免疫细胞的变化	首次详细描述了从HBV感染到肝硬化和肝细胞癌进展过程中肝脏免疫微环境的单细胞景观，并识别了两个相关的免疫细胞亚群Macrophage-CD9/IL18和macrophage-CD9/IFI6	研究样本量相对较小，可能需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性	探究HBV相关肝脏疾病进展过程中肝脏免疫环境的变化	HBV感染、HBV肝硬化和HBV相关肝细胞癌患者的肝脏免疫细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	118,455个免疫细胞，来自6名健康个体、4名HBV感染患者、5名HBV肝硬化患者和3名HBV相关肝细胞癌患者
1410	2024-08-07	Unraveling the enigma of B cells in diffuse large B-cell lymphoma: unveiling cancer stem cell-like B cell subpopulation at single-cell resolution 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1310292 PMID:38149239	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据和多种生物信息学工具，全面分析了弥漫大B细胞淋巴瘤中的B细胞亚群，特别是揭示了一种具有癌症干细胞特性的B细胞亚群	首次在单细胞分辨率下揭示了弥漫大B细胞淋巴瘤中存在具有癌症干细胞特性的B细胞亚群，并探讨了其与不良预后的关联	研究样本量较小，且仅限于DLBCL和正常淋巴组织，未来需扩大样本量和涵盖更多类型的淋巴瘤	揭示弥漫大B细胞淋巴瘤中癌症干细胞样B细胞亚群的特性和其在疾病进展中的作用	弥漫大B细胞淋巴瘤中的B细胞亚群及其与癌症干细胞的关系	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	230个DLBCL组织样本和3个DLBCL样本及1个正常淋巴组织样本
1411	2024-08-07	Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1315602 PMID:38268924	研究论文	本研究旨在通过分析COVID-19患者外周血中的干扰素（IFN）反应基因表达，深入了解COVID-19感染期间的系统性干扰素反应	首次在未接种疫苗的COVID-19患者中研究了干扰素反应基因的表达，并利用单细胞RNA测序数据分析了特定细胞类型在干扰素反应中的作用	样本仅限于疾病发作后10天内的血液样本，且未考虑接种疫苗后的情况	研究COVID-19患者在自然感染期间的先天免疫反应，特别是干扰素反应	COVID-19患者和健康对照组的外周血样本	数字病理学	COVID-19	RNA测序	NA	RNA	105名COVID-19患者和30名健康对照
1412	2024-08-07	Effect of sodium stibogluconate in recruiting and awakening immune cells in the pleural fluid of pancreatic cancer: preparation for immunotherapy 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1315468 PMID:38313432	研究论文	研究钠锑葡萄糖酸盐（SSG）在胰腺癌患者的胸腔积液中招募和唤醒免疫细胞的效果，为免疫治疗做准备	首次使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究SSG在胰腺癌胸腔积液中的免疫激活作用	研究仅限于胰腺癌患者的胸腔积液，未涉及其他类型的癌症或疾病	探讨SSG在胰腺癌胸腔积液中激活免疫细胞的机制，为免疫治疗提供新策略	胰腺癌患者的胸腔积液中的免疫细胞	免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中明确
1413	2024-08-04	Current annotation strategies for T cell phenotyping of single-cell RNA-seq data 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1306169 PMID:38187377	综述	本文评估了当前单细胞RNA测序数据中T细胞表型注释的策略	提出了对T细胞及其亚群体的自动注释策略，并指出了现有工具中缺失的关键信息	缺乏金标准的细胞表型注释方法，导致对T细胞亚型的标记仍然存在问题	研究单细胞RNA测序中T细胞的表型注释方法	针对T细胞及其亚群体的注释工具和策略	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1414	2024-08-04	Single-cell sequencing analysis related to sphingolipid metabolism guides immunotherapy and prognosis of skin cutaneous melanoma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1304466 PMID:38077400	研究论文	本文探讨了与皮肤黑色素瘤相关的鞘脂代谢基因，以开发患者预后的指标	本文通过单细胞测序分析识别了与免疫微环境相关的关键预后基因，提出了一种基于SRG的风险标志	鞘脂代谢在黑色素瘤中的具体作用和机制尚不完全明确	开发一个与皮肤黑色素瘤患者预后相关的指标	研究对象为皮肤黑色素瘤患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	皮肤黑色素瘤	scRNA-seq	LASSO和Cox回归	基因表达数据	来自GEO数据库的黑色素瘤患者的单细胞测序数据
1415	2024-08-07	Expansion of CD4+ cytotoxic T lymphocytes with specific gene expression patterns may contribute to suppression of tumor immunity in oral squamous cell carcinoma: single-cell analysis and in vitro experiments 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1305783 PMID:38077321	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、T细胞受体和B细胞受体序列分析以及多色免疫荧光染色，探讨了CD4+细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）在口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的免疫抑制作用及其与B细胞的相互作用。	本研究首次详细描述了CD4+ CTLs在OSCC中的独特基因表达模式及其与B细胞的潜在相互作用，为癌症免疫治疗提供了新的见解。	研究主要集中在体外实验和单细胞分析，尚未进行临床试验验证其在实际治疗中的效果。	深入理解CD4+ T细胞和B细胞在口腔鳞状细胞癌中的作用，以促进癌症免疫治疗的发展。	CD4+ T细胞、CD8+ T细胞和B细胞在口腔鳞状细胞癌中的免疫反应和效应功能。	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、T细胞受体和B细胞受体序列分析、多色免疫荧光染色	NA	基因表达数据	多个口腔鳞状细胞癌病变中的免疫细胞样本
1416	2024-08-07	H2-O deficiency promotes regulatory T cell differentiation and CD4 T cell hyperactivity 2023-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.14.553240 PMID:37645777	研究论文	本文首次提供了H2-O分子在胸腺调节性T细胞选择中的直接证据，并探讨了H2-O缺乏对调节性T细胞和CD4 T细胞活性的影响。	首次直接证明H2-O在胸腺调节性T细胞选择中的作用，并揭示了H2-O缺乏对免疫细胞功能的影响。	NA	探讨H2-O缺乏对调节性T细胞和CD4 T细胞活性的影响，以更好地理解自身免疫病的易感性并设计治疗方案。	胸腺调节性T细胞的发育和CD4 T细胞的活性。	免疫学	自身免疫病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
1417	2024-08-04	Wnt signaling preserves progenitor cell multipotency during adipose tissue development 2023-06, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-023-00813-y PMID:37337125	研究论文	该文章研究了Wnt信号在脂肪组织发育过程中如何维持祖细胞的多能性	本研究揭示了Wnt信号激活在祖细胞维持中的重要作用，并识别了一种新的细胞类型，即结构性Wnt调节的脂肪组织细胞	该研究主要基于人类祖细胞的单细胞转录组学数据，可能在其它类型细胞中的普遍性尚待验证	探讨在慢性分化压力下，间充质干细胞/祖细胞的维持机制	人类祖细胞及其在脂肪组织发育过程中的变化	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	人类祖细胞的单细胞数据
1418	2024-08-04	Friend or foe? The elusive role of hepatic stellate cells in liver cancer 2023-10, Nature reviews. Gastroenterology & hepatology DOI:10.1038/s41575-023-00821-z PMID:37550577	综述	本文讨论了肝星形细胞在肝癌中的双重角色	揭示了肝星形细胞亚群在肝纤维化和肝癌发展中的不同作用	NA	探讨肝星形细胞在肝纤维化及肝癌进展中的作用	肝星形细胞及其在肝癌中的不同亚群	数字病理学	肝癌	单细胞转录组学	NA	RNA序列数据	NA
1419	2024-08-07	Longitudinal scRNA-seq analysis in mouse and human informs optimization of rapid mouse astrocyte differentiation protocols 2023-10, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01424-2 PMID:37697111	研究论文	本研究利用单细胞/单核RNA测序技术分析了超过298,000个细胞和细胞核，以优化小鼠和人类星形胶质细胞的分化协议	通过计算方法识别了参与胶质细胞命运指定的候选基因，并利用转录组数据优化了小鼠星形胶质细胞分化协议，缩短了协议长度和复杂性	NA	优化小鼠和人类星形胶质细胞的分化协议	小鼠胚胎和人类诱导多能干细胞中的星形胶质细胞和少突胶质细胞的分化	数字病理学	NA	单细胞/单核RNA测序（scRNA-seq/snRNA-seq）	NA	转录组数据	超过298,000个细胞和细胞核
1420	2024-08-04	CD168+ macrophages promote hepatocellular carcinoma tumor stemness and progression through TOP2A/β-catenin/YAP1 axis 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106862 PMID:37275516	研究论文	本研究探讨了肝癌干样细胞的起源及TOP2A/β-catenin/YAP1轴在肝细胞癌干性和进展中的作用	首次揭示了M2样巨噬细胞对肝癌干样细胞的调控及TOP2A/β-catenin/YAP1轴在肝细胞癌干性中的关键作用	研究未全面评估其他免疫细胞在肝细胞癌干样细胞中的作用	探究肝癌干样细胞的起源及其在肝细胞癌进展中的机制	肝细胞癌干样细胞及其微环境中的M2样巨噬细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据	NA