单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 1381 - 1400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1381 | 2024-08-07 |
Repression of the aryl-hydrocarbon receptor prevents oxidative stress and ferroptosis of intestinal intraepithelial lymphocytes
2023-04-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2023.01.023
PMID:36801011
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研究论文 | 研究揭示了芳基烃受体抑制剂（AHRR）对维持肠道上皮内淋巴细胞（IELs）的重要性，以及其缺乏导致的氧化应激和铁死亡 | 首次展示了AHRR在维持IELs中的关键作用，以及其缺乏如何导致氧化应激和铁死亡 | 研究主要集中在实验室模型和小鼠实验上，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨AHRR在调节肠道免疫反应和防止氧化应激及铁死亡中的作用 | 肠道上皮内淋巴细胞（IELs）和芳基烃受体（AHR）及其抑制剂（AHRR） | NA | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及小鼠模型和炎症性肠病患者的组织样本 |
| 1382 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Sequencing Reveals Molecular Mechanisms of Renal Injury in Essential Hypertension
2023, Kidney & blood pressure research
IF:2.3Q2
DOI:10.1159/000530624
PMID:37062270
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，探索了原发性高血压肾损伤的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了高血压肾损伤早期细胞特异性基因表达的变化 | 研究仅限于大鼠模型，结果的临床应用需要进一步验证 | 识别高血压肾损伤的早期生物标志物和信号通路 | 高血压肾损伤的大鼠肾脏样本 | 数字病理学 | 高血压 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 10,602个单细胞转录组来自2个对照组和2个早期高血压肾损伤样本 |
| 1383 | 2024-08-07 |
Multiplexed evaluation of mouse wound tissue using oligonucleotide barcoding with single-cell RNA sequencing
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101946
PMID:36525348
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研究论文 | 本文介绍了一种使用寡核苷酸条形码标记和混合多个愈合伤口样本的单细胞RNA测序协议 | 提出了使用寡核苷酸条形码技术降低单细胞RNA测序成本的方法 | 目前仅适用于小鼠，但可扩展到其他物种如大鼠、猪和人类 | 开发一种成本效益高的方法来研究复杂组织的单细胞RNA测序 | 愈合伤口组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个样本 |
| 1384 | 2024-08-07 |
Editorial: Spatial single-cell sequencing in studying solid cancer development
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1342989
PMID:38149241
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1385 | 2024-08-05 |
Human monoclonal antibodies against Staphylococcus aureus A protein identified by high-throughput single-cell sequencing of phase I clinical volunteers' B cells
2023-12, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2023.109843
PMID:37981106
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研究论文 | 本研究通过高通量单细胞测序识别出对抗金黄色葡萄球菌A蛋白的人源单克隆抗体 | 发现了一种特异性针对金黄色葡萄球菌A蛋白的高表达的人单克隆抗体IgG-6 | 本研究仅在I期临床试验中进行，样本量相对较小，长期效果尚未验证 | 研究人源单克隆抗体作为对付金黄色葡萄球菌感染的新策略 | 从64名志愿者的外周血淋巴细胞中分离的抗原特异性记忆B细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | 64名临床志愿者的外周血淋巴细胞 |
| 1386 | 2024-08-07 |
Ruxolitinib attenuates acute rejection and can serve as an immune induction therapy in heart transplantation
2023-12, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2023.109851
PMID:38008145
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研究论文 | 研究探讨了IL2RA拮抗剂在心脏移植患者中的效果，并发现鲁索利替尼可能是一种新的免疫诱导治疗药物 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了IL2RA拮抗剂治疗后免疫细胞的动态变化，并发现鲁索利替尼可作为新的免疫诱导治疗药物，不影响调节性T细胞的激活 | 研究主要基于小鼠模型，需要在人体中进一步验证 | 阐明IL2RA拮抗剂的效果并寻找优于IL2RA拮抗剂的治疗目标 | 心脏移植患者及IL2RA拮抗剂治疗后的免疫细胞 | NA | 心脏移植 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 十九种细胞类型 |
| 1387 | 2024-08-07 |
Single-cell dissection, hdWGCNA and deep learning reveal the role of oxidatively stressed plasma cells in ulcerative colitis
2023-11-25, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2023237
PMID:37814814
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和高级加权基因共表达网络分析，揭示了氧化应激浆细胞在溃疡性结肠炎中的作用，并利用深度学习模型进行诊断 | 首次通过单细胞水平分析和多种机器学习方法，识别出氧化应激浆细胞在溃疡性结肠炎中的关键作用，并开发了用于诊断的深度学习模型 | NA | 阐明溃疡性结肠炎在单细胞水平的发病机制及其临床意义 | 溃疡性结肠炎中的氧化应激浆细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络 | 转录组数据 | NA |
| 1388 | 2024-08-07 |
scAce: an adaptive embedding and clustering method for single-cell gene expression data
2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad546
PMID:37672035
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research paper | 本文提出了一种名为scAce的自适应嵌入和聚类方法，用于单细胞基因表达数据的分析 | scAce方法通过构建变分自编码器同时学习细胞嵌入和聚类分配，并开发了一种自适应聚类合并方法，无需预先估计聚类数量 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类分析，区分细胞类型并发现新的细胞类型 | 单细胞基因表达数据 | machine learning | NA | scRNA-seq | variational autoencoder | gene expression data | NA |
| 1389 | 2024-08-07 |
NMFClustering: Accessible NMF-based clustering utilizing GPU acceleration
2023-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.16.545370
PMID:37398372
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研究论文 | 本文介绍了一种基于非负矩阵分解（NMF）的聚类方法，通过GPU加速提高了计算效率 | 实现了基于NMF的聚类方法在GPU计算节点上的运行，使用Cupy库和消息传递接口（MPI），显著减少了计算时间 | NA | 旨在解决非负矩阵分解在处理大规模基因表达数据时的计算密集问题 | 基因表达数据，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq）计数矩阵 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解（NMF） | NA | 基因表达数据 | 涉及数万个基因的高维数据集 |
| 1390 | 2024-08-04 |
Cellular states are coupled to genomic and viral heterogeneity in HPV-related oropharyngeal carcinoma
2023-04, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01357-3
PMID:37012457
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序分析HPV阳性和阴性口咽肿瘤，揭示肿瘤内外的细胞多样性。 | 首次揭示了口咽癌细胞状态与基因组和病毒异质性的关系 | 研究中未明确涉及样本的具体数量和来源 | 探索HPV相关的口咽癌细胞的多样性及其对预后影响 | HPV阳性和阴性口咽肿瘤 | 数字病理学 | 其他癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1391 | 2024-08-07 |
Identification of antigen-presentation related B cells as a key player in Crohn's disease using single-cell dissecting, hdWGCNA, and deep learning
2023-Dec, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-023-01145-7
PMID:37550553
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，结合高维加权基因共表达网络分析和深度学习方法，识别出与克罗恩病发病机制相关的抗原呈递相关B细胞亚群 | 首次揭示了抗原呈递相关B细胞在克罗恩病发病机制中的潜在促进作用，并开发了一种基于基因-免疫卷积神经网络的深度学习模型，有效区分疾病与正常黏膜 | NA | 探究克罗恩病的发病机制及其临床意义 | 克罗恩病中的B细胞亚群及其在疾病中的作用 | 机器学习 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 1392 | 2024-08-07 |
COX5A as a potential biomarker for disease activity and organ damage in lupus
2023-Dec, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-023-01215-w
PMID:37891386
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研究论文 | 本研究通过综合分析RNA-seq数据和单细胞RNA测序数据，探讨了系统性红斑狼疮（SLE）中的关键通路和驱动基因，并评估了COX5A作为SLE疾病活动和器官损伤的潜在生物标志物的价值 | 本研究首次发现氧化磷酸化（OXPHOS）是SLE中最显著改变的代谢途径，并识别了与OXPHOS相关的酶COX5A，其表达与SLE的疾病活动、器官损伤和皮质类固醇治疗相关 | NA | 旨在深入了解SLE的免疫学途径和预后生物标志物 | SLE的免疫细胞类型、关键通路和驱动基因，以及COX5A作为生物标志物的潜在价值 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据 | 64例SLE患者和62例健康对照 |
| 1393 | 2024-08-07 |
The Poisson distribution model fits UMI-based single-cell RNA-sequencing data
2023-Jun-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05349-2
PMID:37330471
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研究论文 | 本文提出了一种基于独立泊松分布（IPD）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据建模方法，通过引入一种新的数据表示方法——从简单均匀IPD的偏离（DIPD）来捕捉细胞簇生成的每个基因每个细胞的内在异质性 | 本文的创新点在于提出了一种新的数据表示方法DIPD，用于捕捉细胞簇生成的每个基因每个细胞的内在异质性，并展示了该方法在发现新的细胞亚型方面的优势 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的建模方法，以更好地支持下游数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 泊松分布模型 | 基因表达数据 | NA |
| 1394 | 2024-08-07 |
Single cell sequencing revealed the mechanism of CRYAB in glioma and its diagnostic and prognostic value
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1336187
PMID:38274814
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探讨了CRYAB在胶质瘤中的作用机制及其诊断和预后价值 | 首次通过单细胞测序数据分析CRYAB在胶质瘤中的具体作用和机制，并建立了基于CRYAB的风险模型用于预测胶质母细胞瘤的预后 | 研究主要基于数据库中的数据和体外实验，尚未进行临床试验验证模型的有效性 | 探索CRYAB在胶质瘤中的作用机制及其在诊断和预后中的应用 | 胶质母细胞瘤患者的单细胞分化数据和CRYAB表达 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | LASSO和逐步回归算法 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及TCGA和GEO数据库中的数据以及GEO数据库中的胶质瘤患者单细胞测序数据 |
| 1395 | 2024-08-07 |
Inhibition of anti-tumor immunity by melanoma cell-derived Activin-A depends on STING
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1335207
PMID:38304252
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研究论文 | 本文研究了黑色素瘤细胞分泌的Activin-A通过STING途径抑制抗肿瘤免疫的机制 | 发现Activin-A诱导的免疫逃避与多种细胞类型的促炎性干扰素特征相关，并揭示了STING在其中的关键作用 | NA | 探讨Activin-A在黑色素瘤中的作用及其对免疫疗法的影响 | 黑色素瘤细胞、CD8 T细胞及免疫微环境 | 肿瘤学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用突变型YUMM3.3小鼠黑色素瘤细胞进行同基因移植实验 |
| 1396 | 2024-08-04 |
Direct Male Development in Chromosomally ZZ Zebrafish
2023-Dec-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.27.573483
PMID:38234788
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研究论文 | 该文章研究了NA斑马鱼的性别决定和生殖腺发展机制 | 揭示了NA斑马鱼在生殖腺发育中直接形成睾丸而非经过幼年卵巢阶段的机制 | 未明确提及该研究的局限性 | 理解NA斑马鱼的性别决定和生殖腺发育机制 | ZZ和ZW斑马鱼的生殖腺发育过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 肝脏组织样本 | 涉及19天和30天后生殖腺的样本 |
| 1397 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics reveals molecular dysfunction associated with Lewy pathology
2023-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.17.541144
PMID:37292685
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研究论文 | 本研究使用空间转录组学揭示与路易体病理相关的分子功能失调 | 首次识别出在皮质中易患路易体病的特定兴奋性神经元，并提出了路易体相关分子功能失调的基因特征 | 研究仅集中于那些有无病理的皮质神经元，可能未覆盖其他类型神经元的变化 | 探讨哪些神经元易于发展为路易体病，并识别相关的分子变化 | 路易体病的皮质神经元及其转录组特征 | 数字病理学 | 帕金森病 | 空间转录组学 | 小鼠模型 | 转录组数据 | 使用了来自人类及小鼠的多个皮质神经元样本 |
| 1398 | 2024-08-07 |
A vein wall cell atlas of murine venous thrombosis determined by single-cell RNA sequencing
2023-01-31, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04492-z
PMID:36721040
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠下腔静脉在血栓形成24小时后的细胞图谱 | 首次在单细胞水平上描述了急性静脉血栓形成期间静脉壁的转录组变化，为早期病理事件提供了新见解 | NA | 探讨深静脉血栓的细胞和分子机制 | 小鼠下腔静脉在血栓形成后的细胞类型和转录组变化 | 数字病理学 | 静脉血栓 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠下腔静脉样本 |
| 1399 | 2024-08-07 |
CD31 promotes diffuse large B-cell lymphoma metastasis by upregulating OPN through the AKT pathway and inhibiting CD8+ T cells through the mTOR pathway
2023, American journal of translational research
IF:1.7Q4
PMID:37193155
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研究论文 | 本研究探讨了CD31在弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）转移中的作用及其机制 | 首次揭示了CD31通过上调OPN和抑制CD8+ T细胞在DLBCL转移中的作用 | NA | 探究DLBCL侵袭机制及CD31在其中的作用 | DLBCL细胞、CD31、CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 实时聚合酶链反应、蛋白质印迹、免疫荧光、免疫组化染色、RNA测序 | NA | RNA | 40名新诊断的DLBCL患者 |
| 1400 | 2024-08-07 |
Dynamic states of cervical epithelia during pregnancy and epithelial barrier disruption
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.105953
PMID:36718364
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和空间分析，识别了非孕期、孕期和分娩期小鼠宫颈上皮的亚型 | 发现了孕期中两种杯状细胞亚型在宫颈上皮最表层的分布，并揭示了它们表达的新保护因子和独特的黏膜网络 | NA | 探究宫颈上皮在孕期和分娩期间的动态变化及其对维持妊娠的重要性 | 宫颈上皮在不同妊娠阶段的亚型及其功能变化 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及非孕期、孕期和分娩期的小鼠宫颈上皮样本 |