单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 1381 - 1400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1381 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptional landscapes of bovine peri-implantation development
2023-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.13.544813
PMID:37398069
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研究论文 | 该文章展示了牛的胚胎植入前发育过程中单细胞转录组的全景视图 | 发现了一种之前未被认识的原始滋养层细胞谱系，负责牛的妊娠维持 | 没有提供具体的样本量信息 | 全面理解牛的植入前发育中的细胞层次及其分子机制 | 牛的植入前胚胎在不同发育阶段的细胞组成和基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 不同发育阶段（第12、14、16和18天）的单细胞样本 |
| 1382 | 2024-08-05 |
Inference of cell type-specific gene regulatory networks on cell lineages from single cell omic datasets
2023-05-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38637-9
PMID:37244909
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研究论文 | 本文提出了一种新颖的方法，通过单细胞组学数据推断特定细胞类型的基因调控网络 | 开发了单细胞多任务网络推断(scMTNI)框架，可以整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，推断细胞谱系上的基因调控网络 | 当前方法在整合scRNA-seq和scATAC-seq测量及建模网络动态方面存在局限性 | 旨在提高细胞类型特异性基因调控网络的推断精度 | 特定细胞类型的基因调控网络 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞可转座酶可及染色质测序(scATAC-seq) | 多任务学习框架 | 模拟数据和真实数据 | NA |
| 1383 | 2024-08-04 |
Hypercapnia alters stroma-derived Wnt production to limit β-catenin signaling and proliferation in AT2 cells
2023-02-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.159331
PMID:36626234
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研究论文 | 这篇文章探讨了高二氧化碳血症如何通过限制β-连环蛋白信号传导和增殖能力，影响肺泡Ⅱ型细胞的功能 | 研究揭示了高二氧化碳血症对肺泡Ⅱ型细胞增殖能力的抑制及其机制，尤其是Wnt信号通路的改变 | 该研究主要基于小鼠模型，可能在人类中的适用性有限 | 了解高二氧化碳血症对肺损伤后肺修复过程的影响 | 小鼠模型中的肺泡Ⅱ型细胞及其周围的基质细胞 | 数字病理学 | 肺病 | 空间转录组学、细胞谱系追踪、3D培养 | NA | NA | 小鼠模型，样本数量未明确描述 |
| 1384 | 2024-08-05 |
Sodium glucose co-transporter 2 inhibition increases epidermal growth factor expression and improves outcomes in patients with type 2 diabetes
2023-10, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2023.07.007
PMID:37543256
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研究论文 | 本研究探讨了钠-葡萄糖共转运蛋白2抑制剂在2型糖尿病患者中对表皮生长因子表达的影响及其对肾脏结果的改善 | 本研究首次揭示了SGLT2抑制剂能agliflozin对EGF表达的影响及其在肾脏疾病进展中的潜在机制 | 本文的局限性在于使用的样本量及单细胞RNA测序的具体实验条件可能影响结果的普遍性 | 本研究的目的是探讨SGLT2抑制剂对2型糖尿病患者肾脏保护机制中的EGF表达的影响 | 研究对象包括3521名参与CANVAS研究的2型糖尿病患者及10名年轻的2型糖尿病患者的肾组织样本 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 生物样本 | 3521名参与者和20个肾组织样本 |
| 1385 | 2024-08-05 |
Improved Protocol for Reproducible Human Cortical Organoids Reveals Early Alterations in Metabolism with MAPT Mutations
2023-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.11.548571
PMID:37503195
|
研究论文 | 本研究报告了一种96孔方法，用于高效、可扩展和可重复的人类皮层类器官的生产 | 采用可控释放的FGF2和适当浓度的SB431542显著提高了类器官的皮层模式化和重复性 | 不同hPSC供体线和实验重复之间的高变异性仍然存在 | 研究人类皮层类器官的建立及分析与前额叶痴呆相关的突变对代谢的早期影响 | 来源于人类多能干细胞（hPSCs）的皮层类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | NA |
| 1386 | 2024-08-05 |
Lactate from glycolysis regulates inflammatory macrophage polarization in breast cancer
2023-Jun, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03382-x
PMID:36729212
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研究论文 | 乳腺癌中，来自糖酵解的乳酸调节炎症性巨噬细胞的极化 | 本文揭示了糖酵解产生的乳酸如何影响乳腺癌中巨噬细胞的极化模式 | 该研究主要基于细胞水平的数据，临床验证仍需进一步研究 | 探讨乳腺癌中乳酸的来源及其对炎症巨噬细胞极化的影响 | 主要研究乳腺癌细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 多组学数据分析、单细胞转录组分析、临床数据分析、体外实验 | NA | RNA、细胞 | 22种免疫细胞与临床数据分析 |
| 1387 | 2024-08-04 |
YAP1 and WWTR1 expression inversely correlates with neuroendocrine markers in Merkel cell carcinoma
2023-03-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI157171
PMID:36719743
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研究论文 | 本文探讨了Merkel细胞癌（MCC）中YAP1和WWTR1的表达与神经内分泌标志物之间的反向关系 | 研究揭示了MCC中NE基因表达的异质性，并发现YAP1/WWTR1沉默对MCPyV阳性MCC的发展至关重要 | 目前的临床诊断标志物无法区分MCPyV阳性和阴性亚型，且MCC肿瘤的表达谱尚未探索 | 研究MCC的转录环境及其与YAP1和WWTR1的关系 | 针对来自患者的肿瘤活检和细胞系进行的RNA-Seq分析 | 数字病理学 | 皮肤癌 | RNA-Seq | NA | 转录组数据 | 多个肿瘤活检样本和细胞系 |
| 1388 | 2024-08-05 |
The interleukin-1 receptor type-1 in disturbed flow-induced endothelial mesenchymal activation
2023, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2023.1190460
PMID:37539090
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研究论文 | 本研究探讨了干扰流动（d-flow）诱导的内皮间充质转化（EndMT）中白细胞介素-1受体类型1（IL-1R1）的角色 | 发现IL-1R1作为内皮细胞中新型的机械敏感受体，连接d-flow与EndMT信号通路 | 不同血管细胞类型的IL-1R1信号数据不一致，尚需进一步验证 | 揭示IL-1R1在内皮细胞对干扰流动反应中的作用 | 研究动脉粥样硬化中内皮细胞和EndMT相关转录因子SNAI1的相互作用 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | scRNA-seq | Cre-lox系统小鼠 | 基因表达数据 | 人类动脉粥样硬化样本和特定小鼠模型 |
| 1389 | 2024-08-05 |
Trem2 promotes foamy macrophage lipid uptake and survival in atherosclerosis
2023-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-023-00354-3
PMID:38646596
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研究论文 | 本研究揭示了Trem2在动脉粥样硬化中对泡沫巨噬细胞分化和生存的调节作用 | 首次确定Trem2作为泡沫巨噬细胞特性的调节因子，并揭示其作为动脉粥样硬化潜在治疗靶点的可能性 | 本研究可能未能充分考虑动脉粥样硬化中其他潜在调节因子的影响 | 探讨Trem2在动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞的角色 | 泡沫巨噬细胞及其在动脉粥样硬化中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，基因组范围的CRISPR筛选 | NA | NA | NA |
| 1390 | 2024-08-05 |
Cell-type specific molecular architecture for mu opioid receptor function in pain and addiction circuits
2023-11-01, Neuropharmacology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.neuropharm.2023.109597
PMID:37271281
|
研究论文 | 该文章描述了在疼痛和成瘾电路中，特定细胞类型的μ阿片受体功能的分子结构。 | 研究中使用单细胞RNA测序技术识别了整个神经系统中表达μ阿片受体的细胞类型，提供了将阿片类药物影响映射到新发现细胞类型的新机会。 | 该研究可能在细胞特征与阿片类药物作用之间的因果关系上存在探索的局限性 | 阐明与阿片类药物相关的细胞类型和神经电路，以促进安全的疼痛管理和阿片使用障碍的治疗。 | 研究对象为表达μ阿片受体的神经元细胞类型。 | 数字病理学 | 阿片类药物使用障碍 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | NA | NA |
| 1391 | 2024-08-05 |
Illuminating the Terminal Nerve: Uncovering the Link between GnRH-1 and Olfactory Development
2023-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.31.555770
PMID:37693459
|
研究论文 | 该研究揭示了GnRH-1神经元与嗅觉发育之间的联系 | 首次发现Prokr2在终末神经元中的表达与GnRH-1神经元形成及迁徙的关键时期相关 | 研究主要依赖于小鼠模型，可能不完全适用于人类 | 探讨嗅觉系统与GnRH-1发育之间的机制联系 | 重点研究终末神经元及其在嗅觉发育中的作用 | 数字病理学 | Kallmann综合症 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | NA |
| 1392 | 2024-08-05 |
CXCL9 influences the tumor immune microenvironment by stimulating JAK/STAT pathway in triple-negative breast cancer
2023-Jun, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-022-03343-w
PMID:36472587
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研究论文 | 这项研究探讨了CXCL9在三阴性乳腺癌中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响 | 发现CXCL9通过刺激JAK/STAT信号通路在三阴性乳腺癌中影响肿瘤免疫微环境，并可能作为临床预后和免疫治疗疗效的生物标志物 | 研究未提及样本规模和临床数据的全面性 | 探讨CXCL9在三阴性乳腺癌中对肿瘤免疫微环境的影响 | 研究对象为三阴性乳腺癌中的M1和M2巨噬细胞 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 在研究中包含了三阴性乳腺癌样本，但具体样本数量未提及 |
| 1393 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of human lung innate lymphoid cells in the vascular and tissue niche reveals molecular features of tissue adaptation
2023, Discovery immunology
DOI:10.1093/discim/kyad007
PMID:38650756
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研究论文 | 本研究利用人源化小鼠模型，通过单细胞RNA测序技术，揭示了人体肺部血管和组织微环境中先天淋巴细胞（ILCs）的基因特征及其组织适应性的分子机制 | 首次在人源化小鼠模型中定义了肺部血管和组织微环境中人体ILCs的基因特征，并揭示了微环境信号对ILCs分子程序的塑造作用 | NA | 研究人体肺部不同解剖微环境中先天淋巴细胞（ILCs）的分子特征及其组织适应性 | 人体肺部的先天淋巴细胞（ILCs）及其在血管和组织微环境中的适应性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人源化MISTRG小鼠模型中的肺部ILCs和NK细胞 |
| 1394 | 2024-08-07 |
Stromal STAT5-Mediated Trophic Activity Regulates Hematopoietic Niche Factors
2023-10-08, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxad055
PMID:37465968
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研究论文 | 研究通过STAT5ab敲除小鼠模型，探讨STAT5在骨髓造血微环境中的作用及其对造血干细胞的影响 | 首次揭示了STAT5ab在骨髓微环境中对造血干细胞分化的调控作用，并通过单细胞转录组分析验证了其机制 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现 | 探讨STAT5在骨髓造血微环境中的作用及其对造血干细胞的影响 | STAT5ab敲除小鼠模型及其对骨髓造血微环境的影响 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | mRNA表达 | 多种Cre转基因小鼠品系 |
| 1395 | 2024-08-07 |
scMultiGAN: cell-specific imputation for single-cell transcriptomes with multiple deep generative adversarial networks
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad384
PMID:37903416
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMultiGAN的新型深度学习模型，用于单细胞转录组数据的插补，该模型利用多个协作生成对抗网络（GAN）实现细胞特异性插补 | scMultiGAN采用两阶段训练过程和多个GAN实现细胞特异性插补，与传统基于GAN的插补方法不同，后者基于随机噪声生成缺失值 | NA | 提高单细胞RNA测序数据分析中缺失值插补的准确性 | 单细胞转录组数据中的缺失值 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 生成对抗网络（GAN） | 转录组数据 | NA |
| 1396 | 2024-08-04 |
Clinical, morphologic and molecular heterogeneity of HPV-associated oropharyngeal cancer
2023-09, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-023-02819-y
PMID:37666939
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综述 | 本综述探讨了HPV相关的口咽癌的临床、形态和分子异质性 | 提出了针对HPV+口咽鳞状细胞癌的不同亚型及其相关生物标志物的分类概念 | 缺乏对多中心临床试验结果的非劣性分析 | 识别与患者分层和个性化治疗相关的HPV+口咽鳞状细胞癌生物标志物 | HPV+口咽鳞状细胞癌的多样性及其相关临床和生物特征 | 数字病理学 | 咽癌 | 单细胞测序 | NA | 肿瘤样本数据 | NA |
| 1397 | 2024-08-07 |
ONECUT2 regulates RANKL-dependent enterocyte and microfold cell differentiation in the small intestine; a multi-omics study
2023-02-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1236
PMID:36625255
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研究论文 | 本研究采用多组学方法探讨了小肠类器官中M细胞分化的分子机制 | 揭示了ONECUT2通过RANK/RANKL信号轴调控小肠中肠上皮细胞和M细胞分化的机制 | NA | 探究小肠中M细胞分化的分子机制及其调控因素 | 小肠类器官中的M细胞分化 | 分子生物学 | NA | 多组学分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 小鼠小肠类器官 |
| 1398 | 2024-08-04 |
The aryl hydrocarbon receptor cell intrinsically promotes resident memory CD8+ T cell differentiation and function
2023-01-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111963
PMID:36640340
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研究论文 | 该文章探讨了芳香烃受体(Ahr)在CD8 T细胞分化和功能中的内在作用 | 首次揭示了Ahr在CD8 T细胞蕴藏的记忆细胞分化和功能中的促进作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能在转化为人类时受到限制 | 研究Ahr在CD8 T细胞功能及其记忆细胞分化中的作用 | 小鼠CD8 T细胞及人类肠道内的CD8 T细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及小鼠和人类的CD8 T细胞 |
| 1399 | 2024-08-07 |
Friend leukemia integration 1 overexpression decreases endometrial receptivity and induces embryo implantation failure by promoting PART1 transcription in the endometrial epithelial cells
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16105
PMID:37780395
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研究论文 | 本研究探讨了FLI1在子宫内膜容受性和反复植入失败（RIF）中的作用及其机制 | 发现FLI1通过结合PART1启动子区域促进PART1表达，从而抑制胚胎植入 | NA | 探索FLI1在子宫内膜容受性和反复植入失败中的作用及机制 | 子宫内膜细胞和胚胎植入 | 生殖医学 | 不孕症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）、蛋白质印迹（western blotting）、细胞计数试剂盒（CCK）-8、划痕愈合试验、染色质免疫沉淀、双荧光素酶报告试验 | NA | RNA | 包括RIF患者和对照组的子宫内膜组织样本 |
| 1400 | 2024-08-07 |
Lamin A upregulation reorganizes the genome during rod photoreceptor degeneration
2023-10-25, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06224-x
PMID:37880237
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研究论文 | 研究了核纤层在杆状光感受器退化过程中对基因组组织的作用 | 首次展示了在视网膜色素变性模型中，核纤层蛋白A的异常上调与基因组可及性的增加相关，表明异染色质锚定蛋白对基因组可及性有全局影响 | 研究主要集中在杆状光感受器，未涉及其他类型的光感受器或细胞类型 | 探讨核纤层在神经退行性疾病中对基因组组织的影响 | 杆状光感受器及其在视网膜色素变性中的退化过程 | NA | 视网膜色素变性 | scRNA-seq, ATAC-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 未具体说明样本数量 |