单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-01-23	Epigenetic Induction of Smooth Muscle Cell Phenotypic Alterations in Aortic Aneurysms and Dissections 2023-09-19, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.063332 PMID:37555319	研究论文	本研究探讨了主动脉瘤和夹层（AAD）中平滑肌细胞（SMC）表型转换的转录组和表观遗传动态	揭示了SMC从收缩表型向增殖、细胞外基质产生和炎症表型转变的表观遗传机制，并识别了IRF3在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探讨主动脉瘤和夹层中平滑肌细胞表型转换的机制	小鼠和人类主动脉瘤和夹层组织中的平滑肌细胞	表观遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性测序	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据	小鼠模型和人类主动脉瘤和夹层组织样本
122	2025-01-23	Machine Learning Reveals Synovial Fibroblast Genes Associated with Pain Affect Sensory Nerve Growth in Rheumatoid Arthritis 2023-Aug-23, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.08.17.23294232 PMID:37662384	研究论文	本文通过机器学习方法揭示了与类风湿性关节炎疼痛相关的滑膜成纤维细胞基因，这些基因影响感觉神经的生长	使用了一种新的机器学习方法——基于图的基因表达模块识别（GbGMI），来识别与疼痛相关的基因模块，并验证了这些基因在早期未治疗的类风湿性关节炎患者中的表达	研究样本主要来自长期类风湿性关节炎患者和早期未治疗患者，可能不适用于其他类型的关节炎或疾病阶段	研究类风湿性关节炎疼痛的分子机制，特别是滑膜成纤维细胞基因与感觉神经生长的关系	类风湿性关节炎患者的滑膜组织和感觉神经元	机器学习	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	GbGMI	基因表达数据	长期类风湿性关节炎患者和早期未治疗患者的滑膜活检样本
123	2025-01-23	Single-cell transcriptomics and epigenomics unravel the role of monocytes in neuroblastoma bone marrow metastasis 2023-06-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39210-0 PMID:37365178	研究论文	本文通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞在神经母细胞瘤骨髓转移中的作用	首次在神经母细胞瘤骨髓转移的背景下，结合单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞的角色及其与肿瘤微环境的相互作用	样本量较小，仅包括11名患者和5名年龄匹配的无转移对照	研究神经母细胞瘤骨髓转移的分子机制，特别是单核细胞在其中的作用	神经母细胞瘤患者的骨髓样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、表观基因组分析	NA	单细胞RNA测序数据、表观基因组数据	11名神经母细胞瘤患者和5名年龄匹配的无转移对照的骨髓样本
124	2025-01-22	Single cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation 2023-Dec-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3656139/v1 PMID:38106071	研究论文	本文通过单细胞空间转录组学技术，研究了Trem2R47H突变对阿尔茨海默病风险基因的影响，揭示了该突变在非神经元和神经元细胞中引起的转录失调模式	首次使用MERFISH空间转录组学技术，揭示了Trem2R47H突变在不同细胞类型中的特异性转录变化，独立于淀粉样蛋白病理	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	研究Trem2R47H突变对阿尔茨海默病风险基因的转录失调影响	小鼠脑切片，包括野生型、Trem2R47H、5xFAD和Trem2R47H; 5xFAD基因型	数字病理学	阿尔茨海默病	MERFISH空间转录组学	NA	空间转录组数据	15个小鼠脑切片
125	2025-01-22	Proximal immune-epithelial progenitor interactions drive chronic tissue sequelae post COVID-19 2023-Nov-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3587418/v1 PMID:38077031	研究论文	本文研究了COVID-19后急性后遗症（PASC）的长期生理后果，特别是呼吸系统PASC的病理生理机制	通过空间转录组学和成像技术，发现了免疫细胞与上皮祖细胞之间的失调近端相互作用，这在呼吸系统PASC中独特存在，而在急性COVID-19或特发性肺纤维化（IPF）中不存在	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨COVID-19后急性后遗症（PASC）的病理生理机制，特别是呼吸系统PASC的驱动因素	PASC患者的肺功能异常和/或病毒感染介导的肺纤维化	病理生理学	COVID-19后遗症	空间转录组学、成像技术	小鼠模型	转录组数据、图像数据	三个独立的PASC患者临床队列
126	2025-01-19	Expansion spatial transcriptomics 2023-08, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01911-1 PMID:37349575	研究论文	本文介绍了一种扩展空间转录组学方法，通过组织清除和扩展来提高空间分辨率，并在小鼠脑样本中展示了其效果	通过组织清除和扩展技术克服了传统捕获阵列空间分辨率受限的问题，实现了更高的空间分辨率	目前仅在小鼠脑样本中进行了验证，尚未在其他组织或物种中广泛应用	提高空间转录组学的空间分辨率，以更精确地解析组织中的基因表达	小鼠脑组织	空间转录组学	NA	扩展空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠脑样本
127	2025-01-19	Generation and Functional Analysis of Defective Viral Genomes during SARS-CoV-2 Infection 2023-06-27, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00250-23 PMID:37074178	研究论文	本研究探讨了SARS-CoV-2感染过程中缺陷病毒基因组（DVGs）的生成及其与宿主抗病毒免疫反应的关系	首次揭示了SARS-CoV-2 DVGs在自然感染中的干扰素刺激活性，并确定了DVG重组的新热点	需要进一步研究DVG生成的机制及其如何调节宿主反应和感染结果	探讨SARS-CoV-2感染过程中DVGs的生成和功能	COVID-19患者的感染和尸检肺组织	病毒学	COVID-19	RNA-seq, NGS	NA	RNA-seq数据	COVID-19患者的感染和尸检肺组织样本
128	2025-01-19	scRNA-Seq and imaging mass cytometry analyses unveil iNKT cells-mediated anti-tumor immunity in pancreatic cancer liver metastasis 2023-05-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216149 PMID:36990268	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和成像质谱流式细胞术分析，揭示了iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的抗肿瘤免疫作用	首次全面探索了iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的作用，并揭示了α-半乳糖神经酰胺（αGC）激活iNKT细胞后对肿瘤微环境中免疫细胞的全局变化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的抗肿瘤免疫作用	胰腺癌肝转移小鼠模型中的iNKT细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），成像质谱流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，成像质谱流式细胞术数据	超过30,000个免疫细胞
129	2025-01-19	Preparation of noninfectious scRNAseq samples from SARS-CoV-2-infected epithelial cells 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0281898 PMID:36827401	研究论文	本文描述了一种从SARS-CoV-2感染的上皮细胞中制备非传染性单细胞RNA测序（scRNAseq）样本的方法	提出了一种在BSL2设施中安全进行scRNAseq分析的方法，使更多研究人员能够进行SARS-CoV-2细胞的分子分析	需要进一步验证该方法在其他类型细胞和病毒中的适用性	开发一种安全的方法，用于在较低生物安全级别的实验室中研究SARS-CoV-2感染的细胞	SARS-CoV-2感染的非洲绿猴肾上皮细胞（Vero-E6）和分化在气液界面上的人肺上皮细胞	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA数据	非洲绿猴肾上皮细胞和人肺上皮细胞
130	2025-01-16	Ancestry-based differences in the immune phenotype are associated with lupus activity 2023-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169584 PMID:37606045	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫改变，这些改变可能与疾病差异有关	使用多组学方法（包括细胞组成、信号传导、表观遗传学和蛋白质组学）全面评估了SLE患者和健康对照者的免疫表型，揭示了种族相关的免疫差异	研究主要关注黑人和白人患者之间的差异，未涉及其他种族或更广泛的人群	揭示系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫表型差异，以解释疾病严重性和病程的不同	系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康对照者	免疫学	系统性红斑狼疮	质谱流式细胞术、单细胞转录组学、蛋白质组学、多重可溶性介质水平检测	NA	细胞组成、信号传导、表观遗传学、蛋白质组学数据	黑人和白人SLE患者及健康对照者
131	2025-01-16	Integrative analysis of transcriptome dynamics during human craniofacial development identifies candidate disease genes 2023-08-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40363-1 PMID:37532691	研究论文	本文通过整合转录组和表观基因组数据，研究了人类颅面发育过程中的基因表达动态，以识别与颅面疾病相关的候选基因	首次结合bulk和单细胞RNA-seq技术，系统分析了人类颅面发育过程中的基因表达模式，并识别出539个可能与颅面疾病相关的基因	研究样本仅涵盖4-8周孕期的颅面组织，未覆盖更广泛的发育阶段	研究人类颅面发育过程中的基因表达动态，识别与颅面疾病相关的候选基因	人类颅面组织	基因组学	颅面疾病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据, 表观基因组数据	4-8周孕期的颅面组织样本
132	2025-01-16	Single-cell RNA sequencing reveals distinct T cell populations in immune-related adverse events of checkpoint inhibitors 2023-01-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100868 PMID:36513074	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件（irAEs）中T细胞的不同群体	首次使用单细胞RNA测序技术分析抗PD-1治疗期间循环T细胞的细胞变化，识别出与不同irAEs相关的特定T细胞亚群	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探讨抗PD-1治疗中免疫相关不良事件的细胞基础	癌症患者的循环T细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	K近邻网络图绘制布局	RNA序列数据	未明确说明
133	2025-01-16	HIV-1 activates oxidative phosphorylation in infected CD4 T cells in a human tonsil explant model 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1172938 PMID:37325659	研究论文	本研究通过人类扁桃体离体模型，探讨了HIV-1感染对不同细胞类型转录组变化的影响，特别是CD4+ T细胞中氧化磷酸化的激活	首次在人类扁桃体离体模型中揭示了HIV-1感染导致的CD4+ T细胞氧化磷酸化基因上调及巨噬细胞中NLRP3炎症小体通路基因表达增加	研究仅限于离体模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨HIV-1感染在淋巴组织不同细胞类型中诱导的转录组变化及其对慢性炎症的贡献	人类扁桃体离体模型中的CD4+ T细胞和巨噬细胞	生物医学	HIV-1感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	健康人类供体的扁桃体组织
134	2025-01-16	The slan antigen identifies the prototypical non-classical CD16+-monocytes in human blood 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1287656 PMID:37965335	研究论文	本文通过转录组、蛋白质组、细胞表面标志物和细胞因子产生分析，比较了人类外周血中slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞的特征，证明slan+/NC-单核细胞更符合非经典单核细胞的典型特征	首次通过转录组和蛋白质组分析，证明slan+/NC-单核细胞比slan-/NC-单核细胞更能代表非经典单核细胞的典型特征	研究未涉及slan+/NC-单核细胞在疾病中的具体功能和作用机制	研究人类外周血中非经典单核细胞的典型特征	人类外周血中的slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞	免疫学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析	NA	转录组数据, 蛋白质组数据, 细胞表面标志物数据	人类外周血单核细胞样本
135	2025-01-15	Rapid and Quantitative Functional Interrogation of Human Enhancer Variant Activity in Live Mice 2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.10.570890 PMID:38105996	研究论文	本文介绍了一种名为dual-enSERT的Cas9基础的双色荧光报告系统，用于在活体小鼠中快速、定量比较增强子等位基因活性	引入了dual-enSERT技术，能够在任何遗传背景的活体小鼠中快速、定量比较增强子等位基因活性，并结合单细胞转录组学在细胞分辨率上表征变异增强子等位基因	NA	研究人类先天性障碍相关的非编码变异的功能分析	与肢体多指症、自闭症和颅面畸形相关的增强子变异	基因功能分析	先天性障碍	Cas9基础的双色荧光报告系统（dual-enSERT），单细胞转录组学	NA	基因表达数据	活体小鼠胚胎
136	2025-01-15	Transcriptomic research in atherosclerosis: Unravelling plaque phenotype and overcoming methodological challenges 2023-Dec, Journal of molecular and cellular cardiology plus DOI:10.1016/j.jmccpl.2023.100048 PMID:39802625	综述	本文综述了转录组学在动脉粥样硬化研究中的应用，探讨了其在揭示斑块表型及克服方法学挑战方面的潜力	强调了转录组学研究在理解动脉粥样硬化斑块表型中的价值，并讨论了单细胞测序和多组学数据整合及机器学习在提升研究深度方面的最新进展	研究结果的可重复性低和程序缺乏标准化是该领域面临的主要挑战	通过转录组学研究深入理解动脉粥样硬化的分子机制，推动个性化和以患者为中心的医疗保健	动脉粥样硬化斑块	生物信息学	心血管疾病	bulk或单细胞测序	机器学习	转录组数据	NA
137	2025-01-14	Bioinformatics and system biology analysis revealed the crosstalk between COVID-19 and osteoarthritis 2023-12, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.1123 PMID:38156385	研究论文	本文通过生物信息学和系统生物学分析揭示了COVID-19与骨关节炎之间的相互作用	首次通过生物信息学方法系统地分析了COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制，并筛选出关键基因、miRNAs、转录因子和潜在药物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认这些发现的临床意义	探索COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制，寻找潜在的治疗靶点	COVID-19患者和骨关节炎患者的基因表达数据	生物信息学	COVID-19, 骨关节炎	RNA-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 免疫浸润分析	NA	基因表达数据	74个共同差异表达基因，外部数据集和OA小鼠模型验证
138	2025-01-14	Size matters: the impact of nucleus size on results from spatial transcriptomics 2023-04-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04129-z PMID:37081484	研究论文	本文研究了连续切片数据整合（CSDI）对空间转录组学数据聚类和解卷积的影响，特别是在人类死后大脑中的应用	提出了连续切片数据整合（CSDI）方法，以提高空间转录组学数据的聚类和解卷积准确性	研究主要针对人类死后大脑，可能不适用于其他组织或活体样本	探讨连续切片数据整合（CSDI）对空间转录组学数据聚类和解卷积的影响	人类死后大脑	空间转录组学	NA	Visium Spatial Gene Expression (ST), 单核RNA-seq	NA	空间转录组学数据	人类死后大脑样本
139	2025-01-13	Differences in cell shape, motility, and growth reflect chromosomal number variations that can be visualized with live-cell ChReporters 2023-Dec-01, Molecular biology of the cell IF:3.1Q3 DOI:10.1091/mbc.E23-06-0207 PMID:37903225	研究论文	本文使用活细胞ChReporter方法识别单染色体缺失的细胞，以更好地理解细胞形状、运动性和生长差异	使用活细胞ChReporter方法可视化染色体数量变化，揭示细胞形态、运动性和生长差异	机械型-基因型关系复杂，需要进一步研究	理解染色体数量变化对细胞形态、运动性和生长的影响	标准癌细胞系	细胞生物学	癌症	活细胞ChReporter方法、单细胞RNA测序	NA	细胞图像、基因表达数据	标准癌细胞系的克隆群体
140	2025-01-13	Sex specific molecular networks and key drivers of Alzheimer's disease 2023-06-20, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-023-00624-5 PMID:37340466	研究论文	本研究通过系统生物学方法探讨了阿尔茨海默病（AD）的性别特异性分子网络，并识别了关键驱动因素	首次整合大规模人类死后脑转录组数据，通过多尺度网络分析识别性别特异性分子网络和关键驱动因素，特别是LRP10在AD发病机制中的性别差异作用	研究主要依赖于死后脑样本，可能无法完全反映活体中的分子变化	探讨阿尔茨海默病的性别特异性分子机制，以促进性别和APOE基因型特异性治疗的发展	人类死后脑样本和AD小鼠模型	生物信息学	阿尔茨海默病	多尺度网络分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、酵母双杂交系统筛选	EFAD小鼠模型	转录组数据	两个队列（MSBB和ROSMAP）的人类死后脑样本和AD小鼠模型