单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1361	2024-08-04	Integrative single-cell characterization of frugivory adaptations in the bat kidney and pancreas 2023-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.12.528204 PMID:36824791	research paper	本文使用综合单细胞测序研究了蝙蝠肾脏和胰腺中的果食适应性	研究揭示了与果食适应性相关的关键细胞群体、基因表达和调控元件差异	研究可能只针对特定的蝙蝠种类，结果的普遍性尚待验证	研究果食适应性的细胞和分子机制	研究对象为昆虫食性和果食性蝙蝠的肾脏和胰腺	NA	糖尿病	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
1362	2024-08-04	Single cell and immunity: Better understanding immune cell heterogeneities with single cell sequencing 2023-01, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1159 PMID:36579366	研究论文	单细胞测序在理解免疫细胞的异质性方面具有科学影响	探讨单细胞测序在免疫细胞功能多样性研究中的新进展和应用	需要更强的程序以及预临床和临床验证的确凿证据	旨在深入了解单细胞基础的免疫细胞异质性和功能	单细胞基础的免疫细胞在发展和疾病中的研究	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
1363	2024-08-04	Single-cell and spatial transcriptomics reveal POSTN+ cancer-associated fibroblasts correlated with immune suppression and tumour progression in non-small cell lung cancer 2023-12, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1515 PMID:38115703	研究论文	本研究揭示了POSTN+癌症相关成纤维细胞与非小细胞肺癌中的免疫抑制和肿瘤进展的相关性	识别了POSTN+成纤维细胞亚群，与肿瘤进展和免疫抑制相关	研究局限于16例NSCLC患者的样本，且仅分析特定的CAF亚群	探讨癌症相关成纤维细胞在非小细胞肺癌进展中的作用	对16例非小细胞肺癌患者的肿瘤及其相邻样本进行单细胞转录组测序	数字病理学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序，SpaTial增强分辨率组学测序，免疫组化	NA	RNA数据	16名非小细胞肺癌患者的肿瘤和相邻样本
1364	2024-08-07	Immunological link between periodontitis and type 2 diabetes deciphered by single-cell RNA analysis 2023-12, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1503 PMID:38082425	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了牙周炎与2型糖尿病之间的免疫学联系	首次揭示了2型糖尿病如何加剧T/NK细胞免疫的恶化以及牙周炎与糖尿病之间的免疫学基础	样本量较小，可能影响结果的普遍性	旨在比较单纯牙周炎患者与同时患有牙周炎和2型糖尿病患者的免疫反应，以扩展对牙周炎与糖尿病复杂联系的理解	外周血单个核细胞	NA	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	11名健康对照者，10名单纯牙周炎患者，6名同时患有牙周炎和2型糖尿病的患者
1365	2024-08-04	Crosstalk between alternative splicing and inflammatory bowel disease: Basic mechanisms, biotechnological progresses and future perspectives 2023-11, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1479 PMID:37983927	综述	这篇文章总结了替代剪接与炎症性肠病之间的关系，以及相关的生物技术进展和未来的前景	这是首个评估替代剪接事件在炎症性肠病中潜在调控机制的综述	文章未详细讨论所有潜在的异常剪接基因及其机制	探讨替代剪接在炎症性肠病发病机制中的作用	涉及炎症性肠病中的异常替代剪接事件及其相关分子	数字病理学	炎症性肠病	下一代测序（NGS）、微阵列、第三代测序（TGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
1366	2024-08-07	Single-cell sequencing of multi-region resolves geospatial architecture and therapeutic target of endothelial cells in esophageal squamous cell carcinoma 2023-11, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1487 PMID:37987158	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1367	2024-08-04	Single-cell analysis reveals the multiple patterns of immune escape in the nasopharyngeal carcinoma microenvironment 2023-06, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1315 PMID:37349991	研究论文	该研究揭示了鼻咽癌微环境中免疫逃逸的多种模式。	首次识别了特定于鼻咽癌微环境的CD8+自然杀伤细胞集群，并展示了肿瘤细胞中主要组织相容性复合体分子的丧失等免疫逃逸机制。	该技术未能捕捉到上皮/肿瘤细胞，限制了对肿瘤异质性和免疫逃逸的进一步研究。	分析鼻咽癌肿瘤细胞的转录组和空间特性。	鼻咽癌肿瘤细胞。	数字病理学	鼻咽癌	scRNA/snRNA-seq和成像质谱细胞术	NA	转录组数据	NA
1368	2024-08-04	Prioritization of Monogenic Congenital Anomalies of the Kidney and Urinary Tract Candidate Genes with Existing Single-Cell Transcriptomics Data of the Human Fetal Kidney 2023, Nephron IF:2.3Q2 DOI:10.1159/000531770 PMID:37499630	研究论文	本研究利用人类胎儿肾脏的单细胞转录组学数据，优先考虑单基因先天性肾脏和尿道异常（CAKUT）候选基因。	提出了通过时间轴上的共表达模式来优先选择CAKUT候选基因的独立方法，识别出新的CAKUT候选基因	仅分析了已知CAKUT基因的共表达，可能未考虑所有潜在的候选基因	优先考虑人类先天性肾脏和尿道异常的候选基因	已知的40个CAKUT基因及其在肾脏发育中的共表达模式	数字病理学	先天性肾脏和尿道异常	单细胞mRNA转录组学	NA	RNA数据	研究了40个已知基因和100个在肾小管祖细胞中高表达的基因
1369	2024-08-04	Stemness-related genes revealed by single-cell profiling of naïve and stimulated human CD34+ cells from CB and mPB 2023-01, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1175 PMID:36683248	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了来自脐带血和动员外周血的人类CD34+细胞中的干性相关基因	揭示了干性相关基因与细胞来源和培养时间的关系，并发现了小分子药物对扩展HSCs的有效性	本研究中样本数量相对较少，可能影响结果的普遍性	深入理解不同来源的造血干细胞的特性及其干性维持机制	脐带血和动员外周血的人类CD34+细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	超过16000个高质量单细胞数据
1370	2024-08-04	Differential developmental blueprints of organ-intrinsic nervous systems 2023-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.12.571306 PMID:38168446	研究论文	本文描述了肠道神经系统与心脏内在神经系统之间实现器官特异性组织的不同策略	揭示了内脏器官特异性神经元分化路径受其宿主器官影响的基本原则	对心脏内在神经系统的了解仍然较少，可能影响研究深入性	探讨内在神经系统的发展蓝图及其器官特异性	研究对象包括肠道神经系统和心脏内在神经系统的前体细胞	数字病理学	心血管疾病	高分辨率全胚胎成像、单细胞基因组学、空间转录组学、蛋白质组学和生物信息学	NA	NA	NA
1371	2024-08-07	CXCR4 expression is associated with proneural-to-mesenchymal transition in glioblastoma 2023-02-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.34329 PMID:36250346	研究论文	研究探讨了CXCR4表达与胶质母细胞瘤中从proneural型向mesenchymal型转变的关系	首次揭示了CXCR4信号在胶质母细胞瘤中促进proneural型向mesenchymal型转变的作用，并提出了抑制CXCR4作为潜在治疗策略	研究主要基于RNA测序数据和遗传小鼠模型，需要进一步的临床试验验证	探究CXCR4表达与胶质母细胞瘤分子亚型转变及患者生存期的关系	胶质母细胞瘤的分子亚型转变及CXCR4表达的影响	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	NA	RNA	包括TCGA数据库中的proneural型胶质母细胞瘤样本和内部高级别胶质瘤样本，以及单细胞RNA测序数据和小鼠模型
1372	2024-08-07	Tet2- and Tet3- Mediated Cytosine Hydroxymethylation in Six2 Progenitor Cells in Mice Is Critical for Nephron Progenitor Differentiation and Nephron Endowment 2023-04-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2022040460 PMID:36522157	研究论文	本研究通过遗传删除小鼠肾元祖细胞中的Tet1、Tet2和Tet3基因，探讨了Tet2和Tet3介导的胞嘧啶羟甲基化在肾元祖细胞分化和肾元赋予中的关键作用。	首次揭示了Tet2和Tet3介导的胞嘧啶羟甲基化在肾元祖细胞分化和肾元赋予中的生理作用。	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现。	探讨表观遗传变化在肾元赋予和肾脏发育中的作用。	小鼠肾元祖细胞中的Tet1、Tet2和Tet3基因。	NA	肾脏疾病	全基因组亚硫酸氢盐测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
1373	2024-08-04	Reconstruction of 3-dimensional tissue organization at the single-cell resolution 2023-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.04.522502 PMID:36711844	研究论文	这篇文章介绍了一种名为scHolography的新计算方法，用于在单细胞分辨率下重建三维组织结构	scHolography使用深度学习将单细胞转录组数据映射到三维空间，克服了现有方法的限制	文章未具体提及方法的潜在局限性	该研究旨在提高对基因表达模式和细胞间相互作用的理解	研究对象包括人类皮肤、人类皮肤癌和小鼠大脑数据集	数字病理学	皮肤癌	深度学习	神经网络	转录组数据	涉及人类皮肤和皮肤癌以及小鼠大脑的数据集
1374	2024-08-04	A Population of Tumor-Infiltrating CD4+ T Cells Co-Expressing CD38 and CD39 Is Associated with Checkpoint Inhibitor Resistance 2023-10-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0653 PMID:37505479	研究论文	本研究探讨了一种共表达CD38和CD39的肿瘤浸润CD4+ T细胞人口及其与检查点抑制剂抗性的关系	发现了一种新的人群CD4+ T细胞共同表达CD38和CD39，并关联到检查点免疫治疗抗性	未详细描述具体的机制或治疗干预措施	进一步研究CD38+CD39+ T细胞与转移黑色素瘤患者检查点免疫治疗抗性之间的关系	来自转移性黑色素瘤患者的外周血T细胞	数字病理学	黑色素瘤	RNA测序和流式细胞术	NA	RNA数据及免疫荧光成像数据	来自转移性黑色素瘤患者的外周血和肿瘤组织样本
1375	2024-08-04	Global chromatin landscapes identify candidate noncoding modifiers of cardiac rhythm 2023-02-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI153635 PMID:36454649	研究论文	这篇文章建立了一个全球心脏传导系统的cis调控数据库，以研究心脏节律的非编码调节因子	首次建立了CCS-ATAC数据库，并识别了新型心脏增强子元素	未提及特定细胞类型的功能重要性和潜在影响	研究心脏传导系统的cis调控景观及其与心脏节律相关的人类基因组变异的关系	大鼠心脏传导系统的cis调控元件	数字病理学	心脏病	ATAC-Seq	NA	基因组数据，单细胞RNA-Seq数据	大鼠心脏传导系统相关细胞
1376	2024-08-04	Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis 2023-Nov-17, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-023-02572-6 PMID:37978501	研究论文	本研究展示了特发性肺纤维化（IPF）中表面正常的肺组织在转录上的差异	应用空间转录组学平台识别了IPF与正常对照组在不同肺区域的转录差异	样本量相对较小，仅包括32个IPF和12个对照受试者	旨在理解IPF肺部的病理异质性及其可能的治疗靶点	研究对象为特发性肺纤维化患者及正常对照的肺组织样本	数字病理学	特发性肺纤维化	空间转录组学 (GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling)	NA	组织样本	32个IPF样本和12个对照样本
1377	2024-08-05	Phylogenomics of novel ploeotid taxa contribute to the backbone of the euglenid tree 2023 Jul-Aug, The Journal of eukaryotic microbiology IF:2.1Q3 DOI:10.1111/jeu.12973 PMID:36912454	研究论文	这篇文章描述了新的ploeotid类群在euglenid谱系中的重要性和演化关系。	该研究通过光学显微镜和单细胞转录组学特征分析新的ploeotid类群，并在多基因系统发育框架中定位它们。	尚有一些taxa未被纳入多基因系统发育的分析，可能影响对谱系的全面理解。	研究ploeotid类群在euglenid演化中的角色和关系。	重点研究了五个新的ploeotid euglena，并将其放入多基因系统发育框架。	生物信息学	NA	光学显微镜和单细胞转录组学	多基因系统发育模型	NA	五个ploeotid euglena
1378	2024-08-07	Estradiol Augments Tumor-Induced Neutrophil Production to Promote Tumor Cell Actions in Lymphangioleiomyomatosis Models 2023-04-17, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqad061 PMID:37042477	研究论文	本文研究了雌二醇在淋巴管平滑肌瘤病模型中通过促进中性粒细胞产生来增强肿瘤细胞作用的现象	首次报道了雌二醇通过促进中性粒细胞产生来间接促进肿瘤生长的机制	NA	探究雌二醇在淋巴管平滑肌瘤病中的作用机制	淋巴管平滑肌瘤病模型中的肿瘤细胞和中性粒细胞	数字病理学	淋巴管平滑肌瘤病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	使用TSC2-null小鼠子宫肌细胞系和来自淋巴管平滑肌瘤病患者的单细胞RNA测序数据
1379	2024-08-04	Cerebral organoids derived from patients with Alzheimer's disease with PSEN1/2 mutations have defective tissue patterning and altered development 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113310 PMID:37864790	研究论文	本研究创建了一个来自阿尔茨海默病患者的脑类器官模型，探讨了早期事件和病理进程	利用来自具有PSEN1/2突变的阿尔茨海默病患者的诱导多能干细胞创建了特定的脑类器官，并发现了组织模式缺陷和发育改变	研究主要集中在体外模型上，可能不完全反映体内的病理情况	探讨阿尔茨海默病的早期病理事件和进展	利用来自家族性阿尔茨海默病患者的诱导多能干细胞生成的脑类器官	数字病理学	阿尔茨海默病	诱导多能干细胞(iPSC)	脑类器官(CO)	单细胞测序数据	来自三条阿尔茨海默病-iPSC线的样本
1380	2024-08-07	Inverse agonists of retinoic acid receptor/retinoid X receptor signaling as lineage-specific antitumor agents against human adenoid cystic carcinoma 2023-07-06, Journal of the National Cancer Institute DOI:10.1093/jnci/djad062 PMID:37040084	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和异种移植实验，探讨了人腺样囊性癌中两种不同细胞类型的肿瘤起始能力和分化关系，并测试了视黄酸受体/视黄酸X受体信号通路作为特定治疗靶点的潜力。	首次揭示了腺样囊性癌中肌上皮样细胞作为导管样细胞的前体，并发现抑制视黄酸受体/视黄酸X受体信号通路对导管样细胞具有选择性毒性，为治疗提供了新策略。	NA	探索人腺样囊性癌中不同细胞类型的肿瘤起始能力和分化关系，并寻找特定治疗靶点。	人腺样囊性癌中的肌上皮样细胞和导管样细胞。	数字病理学	腺样囊性癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自人腺样囊性癌的患者源性异种移植模型。