单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1341	2024-08-05	The interleukin-1 receptor type-1 in disturbed flow-induced endothelial mesenchymal activation 2023, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2023.1190460 PMID:37539090	研究论文	本研究探讨了干扰流动（d-flow）诱导的内皮间充质转化（EndMT）中白细胞介素-1受体类型1（IL-1R1）的角色	发现IL-1R1作为内皮细胞中新型的机械敏感受体，连接d-flow与EndMT信号通路	不同血管细胞类型的IL-1R1信号数据不一致，尚需进一步验证	揭示IL-1R1在内皮细胞对干扰流动反应中的作用	研究动脉粥样硬化中内皮细胞和EndMT相关转录因子SNAI1的相互作用	数字病理学	动脉粥样硬化	scRNA-seq	Cre-lox系统小鼠	基因表达数据	人类动脉粥样硬化样本和特定小鼠模型
1342	2024-08-05	Trem2 promotes foamy macrophage lipid uptake and survival in atherosclerosis 2023-Nov, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-023-00354-3 PMID:38646596	研究论文	本研究揭示了Trem2在动脉粥样硬化中对泡沫巨噬细胞分化和生存的调节作用	首次确定Trem2作为泡沫巨噬细胞特性的调节因子，并揭示其作为动脉粥样硬化潜在治疗靶点的可能性	本研究可能未能充分考虑动脉粥样硬化中其他潜在调节因子的影响	探讨Trem2在动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞的角色	泡沫巨噬细胞及其在动脉粥样硬化中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序，基因组范围的CRISPR筛选	NA	NA	NA
1343	2024-08-05	Cell-type specific molecular architecture for mu opioid receptor function in pain and addiction circuits 2023-11-01, Neuropharmacology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.neuropharm.2023.109597 PMID:37271281	研究论文	该文章描述了在疼痛和成瘾电路中，特定细胞类型的μ阿片受体功能的分子结构。	研究中使用单细胞RNA测序技术识别了整个神经系统中表达μ阿片受体的细胞类型，提供了将阿片类药物影响映射到新发现细胞类型的新机会。	该研究可能在细胞特征与阿片类药物作用之间的因果关系上存在探索的局限性	阐明与阿片类药物相关的细胞类型和神经电路，以促进安全的疼痛管理和阿片使用障碍的治疗。	研究对象为表达μ阿片受体的神经元细胞类型。	数字病理学	阿片类药物使用障碍	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	NA	NA
1344	2024-08-05	Illuminating the Terminal Nerve: Uncovering the Link between GnRH-1 and Olfactory Development 2023-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.31.555770 PMID:37693459	研究论文	该研究揭示了GnRH-1神经元与嗅觉发育之间的联系	首次发现Prokr2在终末神经元中的表达与GnRH-1神经元形成及迁徙的关键时期相关	研究主要依赖于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探讨嗅觉系统与GnRH-1发育之间的机制联系	重点研究终末神经元及其在嗅觉发育中的作用	数字病理学	Kallmann综合症	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
1345	2024-08-05	CXCL9 influences the tumor immune microenvironment by stimulating JAK/STAT pathway in triple-negative breast cancer 2023-Jun, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-022-03343-w PMID:36472587	研究论文	这项研究探讨了CXCL9在三阴性乳腺癌中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响	发现CXCL9通过刺激JAK/STAT信号通路在三阴性乳腺癌中影响肿瘤免疫微环境，并可能作为临床预后和免疫治疗疗效的生物标志物	研究未提及样本规模和临床数据的全面性	探讨CXCL9在三阴性乳腺癌中对肿瘤免疫微环境的影响	研究对象为三阴性乳腺癌中的M1和M2巨噬细胞	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	在研究中包含了三阴性乳腺癌样本，但具体样本数量未提及
1346	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of human lung innate lymphoid cells in the vascular and tissue niche reveals molecular features of tissue adaptation 2023, Discovery immunology DOI:10.1093/discim/kyad007 PMID:38650756	研究论文	本研究利用人源化小鼠模型，通过单细胞RNA测序技术，揭示了人体肺部血管和组织微环境中先天淋巴细胞（ILCs）的基因特征及其组织适应性的分子机制	首次在人源化小鼠模型中定义了肺部血管和组织微环境中人体ILCs的基因特征，并揭示了微环境信号对ILCs分子程序的塑造作用	NA	研究人体肺部不同解剖微环境中先天淋巴细胞（ILCs）的分子特征及其组织适应性	人体肺部的先天淋巴细胞（ILCs）及其在血管和组织微环境中的适应性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人源化MISTRG小鼠模型中的肺部ILCs和NK细胞
1347	2024-08-07	Stromal STAT5-Mediated Trophic Activity Regulates Hematopoietic Niche Factors 2023-10-08, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxad055 PMID:37465968	研究论文	研究通过STAT5ab敲除小鼠模型，探讨STAT5在骨髓造血微环境中的作用及其对造血干细胞的影响	首次揭示了STAT5ab在骨髓微环境中对造血干细胞分化的调控作用，并通过单细胞转录组分析验证了其机制	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现	探讨STAT5在骨髓造血微环境中的作用及其对造血干细胞的影响	STAT5ab敲除小鼠模型及其对骨髓造血微环境的影响	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	mRNA表达	多种Cre转基因小鼠品系
1348	2024-08-07	scMultiGAN: cell-specific imputation for single-cell transcriptomes with multiple deep generative adversarial networks 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad384 PMID:37903416	研究论文	本文介绍了一种名为scMultiGAN的新型深度学习模型，用于单细胞转录组数据的插补，该模型利用多个协作生成对抗网络（GAN）实现细胞特异性插补	scMultiGAN采用两阶段训练过程和多个GAN实现细胞特异性插补，与传统基于GAN的插补方法不同，后者基于随机噪声生成缺失值	NA	提高单细胞RNA测序数据分析中缺失值插补的准确性	单细胞转录组数据中的缺失值	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生成对抗网络（GAN）	转录组数据	NA
1349	2024-08-04	Clinical, morphologic and molecular heterogeneity of HPV-associated oropharyngeal cancer 2023-09, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-023-02819-y PMID:37666939	综述	本综述探讨了HPV相关的口咽癌的临床、形态和分子异质性	提出了针对HPV+口咽鳞状细胞癌的不同亚型及其相关生物标志物的分类概念	缺乏对多中心临床试验结果的非劣性分析	识别与患者分层和个性化治疗相关的HPV+口咽鳞状细胞癌生物标志物	HPV+口咽鳞状细胞癌的多样性及其相关临床和生物特征	数字病理学	咽癌	单细胞测序	NA	肿瘤样本数据	NA
1350	2024-08-07	ONECUT2 regulates RANKL-dependent enterocyte and microfold cell differentiation in the small intestine; a multi-omics study 2023-02-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1236 PMID:36625255	研究论文	本研究采用多组学方法探讨了小肠类器官中M细胞分化的分子机制	揭示了ONECUT2通过RANK/RANKL信号轴调控小肠中肠上皮细胞和M细胞分化的机制	NA	探究小肠中M细胞分化的分子机制及其调控因素	小肠类器官中的M细胞分化	分子生物学	NA	多组学分析, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	小鼠小肠类器官
1351	2024-08-04	The aryl hydrocarbon receptor cell intrinsically promotes resident memory CD8+ T cell differentiation and function 2023-01-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111963 PMID:36640340	研究论文	该文章探讨了芳香烃受体(Ahr)在CD8 T细胞分化和功能中的内在作用	首次揭示了Ahr在CD8 T细胞蕴藏的记忆细胞分化和功能中的促进作用	研究主要基于小鼠模型，可能在转化为人类时受到限制	研究Ahr在CD8 T细胞功能及其记忆细胞分化中的作用	小鼠CD8 T细胞及人类肠道内的CD8 T细胞	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及小鼠和人类的CD8 T细胞
1352	2024-08-07	Friend leukemia integration 1 overexpression decreases endometrial receptivity and induces embryo implantation failure by promoting PART1 transcription in the endometrial epithelial cells 2023, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.16105 PMID:37780395	研究论文	本研究探讨了FLI1在子宫内膜容受性和反复植入失败（RIF）中的作用及其机制	发现FLI1通过结合PART1启动子区域促进PART1表达，从而抑制胚胎植入	NA	探索FLI1在子宫内膜容受性和反复植入失败中的作用及机制	子宫内膜细胞和胚胎植入	生殖医学	不孕症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）、蛋白质印迹（western blotting）、细胞计数试剂盒（CCK）-8、划痕愈合试验、染色质免疫沉淀、双荧光素酶报告试验	NA	RNA	包括RIF患者和对照组的子宫内膜组织样本
1353	2024-08-07	Lamin A upregulation reorganizes the genome during rod photoreceptor degeneration 2023-10-25, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-023-06224-x PMID:37880237	研究论文	研究了核纤层在杆状光感受器退化过程中对基因组组织的作用	首次展示了在视网膜色素变性模型中，核纤层蛋白A的异常上调与基因组可及性的增加相关，表明异染色质锚定蛋白对基因组可及性有全局影响	研究主要集中在杆状光感受器，未涉及其他类型的光感受器或细胞类型	探讨核纤层在神经退行性疾病中对基因组组织的影响	杆状光感受器及其在视网膜色素变性中的退化过程	NA	视网膜色素变性	scRNA-seq, ATAC-seq	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	未具体说明样本数量
1354	2024-08-07	Comparative analysis of dimension reduction methods for cytometry by time-of-flight data 2023-04-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37478-w PMID:37005472	研究论文	本文比较了21种降维方法在110个真实和425个合成CyTOF样本上的性能	发现了一些不太知名但表现优异的降维方法，如SAUCIE、SQuaD-MDS和scvis	选择降维方法应取决于数据结构和分析需求	评估和发展适用于CyTOF数据的计算方法	CyTOF数据的降维方法	生物信息学	NA	CyTOF	NA	数据	110个真实样本和425个合成样本
1355	2024-08-04	Compressed Perturb-seq: highly efficient screens for regulatory circuits using random composite perturbations 2023-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.23.525200 PMID:36747806	研究论文	本文提出了一种压缩的Perturb-seq技术，以提高功能基因组学中干扰电路的筛选效率	创新性在于通过算法对随机低维观察进行重新设计，显著降低了成本并提高了学习遗传互作的能力	该方法在规模上仍受到一定限制，具体的实验规模未在摘要中明确说明	研究旨在提高功能基因组学中基因调控电路筛选的效率	研究对象为与细菌脂多糖免疫反应相关的598个基因	功能基因组学	免疫疾病	CRISPR筛选	NA	基因表达数据	涉及598个基因
1356	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing of Sox17-Expressing Lineages Reveals Distinct Gene Regulatory Networks and Dynamic Developmental Trajectories 2023-06-15, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxad030 PMID:37085274	研究论文	本研究通过结合双色时间线追踪策略和单细胞RNA测序，分析了Sox17表达谱系中的6934个细胞，揭示了不同的基因调控网络和动态发育轨迹。	开发了一种双色时间线追踪策略，结合单细胞RNA测序技术，深入分析了Sox17在发育中的内胚层和内皮细胞中的功能。	NA	旨在更好地理解Sox17在发育中的内胚层和内皮细胞中的功能。	Sox17表达谱系中的细胞，特别是内胚层和内皮细胞。	基因调控	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6934个细胞
1357	2024-08-07	TripletCell: a deep metric learning framework for accurate annotation of cell types at the single-cell level 2023-05-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad132 PMID:37080771	研究论文	本文提出了一种名为TripletCell的新型深度度量学习框架，用于跨物种、跨协议和跨样本的细胞类型注释	TripletCell利用深度度量学习算法，通过特征提取模块TripletCell-FE，有效地处理了scRNA-seq数据中的批次效应和数据异质性问题	NA	开发一种高效准确的细胞类型注释方法，以克服传统手动注释的局限性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	数字病理学	NA	scRNA-seq	深度度量学习	基因表达矩阵	21个数据集，涵盖九种scRNA-seq协议、两种物种和三种组织
1358	2024-08-07	Genomic characterization and therapeutic utilization of IL-13-responsive sequences in asthma 2023-Jan-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2022.100229 PMID:36777184	研究论文	本文利用多种基因组技术在支气管上皮细胞中识别IL-13响应的调控元件，并开发基于CRISPR干扰（CRISPRi）的治疗方法，以细胞类型特异性和IL-13特异性的方式下调引起气道阻塞的基因。	本文首次利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）在人类支气管上皮细胞中识别IL-13响应基因和调控元件，并通过大规模并行报告分析（MPRAs）验证和优化这些序列的IL-13诱导活性。	NA	研究IL-13在哮喘中的基因组特征及其在治疗中的应用。	支气管上皮细胞中的IL-13响应调控元件。	基因组学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq），H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq），大规模并行报告分析（MPRAs）	CRISPR干扰（CRISPRi）	基因组数据	人类支气管上皮细胞
1359	2024-08-04	Neighbor-specific gene expression revealed from physically interacting cells during mouse embryonic development 2023-01-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2205371120 PMID:36595695	研究论文	本文探讨了小鼠胚胎发育过程中物理相互作用细胞的邻特异性基因表达	提出了物理相互作用细胞RNA测序（PIC-seq）技术，以克服单细胞RNA测序中缺失空间信息的局限性，揭示了接触特异的基因调控机制	主要集中于小鼠胚胎的特定发展阶段，未涵盖其他发育阶段或物种	研究胚胎发育过程中邻近细胞之间的相互作用如何影响基因表达	小鼠胚胎发育过程中的物理相互作用细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	小鼠胚胎在胚胎日7.5到9.5期间产生的相互作用细胞
1360	2024-08-04	Prerequisite endocardial-mesenchymal transition for murine cardiac trabecular angiogenesis 2023-05-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.03.009 PMID:37023750	研究论文	本文探讨了小鼠心脏内膜细胞如何通过“血管内皮细胞-间充质转化”机制生成小梁血管	首次揭示了小梁血管起源于心室内膜细胞的二步血管内皮细胞-间充质转化机制	研究主要集中于小鼠模型，可能对其他物种的应用有限	研究心脏小梁血管的起源和发育机制	心室内膜细胞及其在小梁血管形成中的作用	数字病理学	冠心病	单细胞转录组学、免疫荧光	NA	NA	NA