单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 1321 - 1340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1321 | 2024-08-04 |
Identification and Localization of Cell Types in the Mouse Olfactory Bulb Using Slide-SeqV2
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3425-7_13
PMID:37688732
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研究论文 | 本文记录了使用Slide-SeqV2技术在小鼠嗅球中可视化基因表达。 | 提出了一种无偏见的方法，通过空间识别的珠子定位和量化个体转录本，从而识别和定位个别细胞类型。 | NA | 研究小鼠嗅球中细胞类型的识别和定位。 | 小鼠嗅球中的细胞类型和亚型。 | 数字病理学 | NA | Slide-SeqV2 | NA | RNA分子 | NA |
| 1322 | 2024-08-05 |
Tissue-specific Cre driver mice to study vascular diseases
2023-12, Vascular pharmacology
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.vph.2023.107241
PMID:37923099
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研究论文 | 本文探讨了组织特异性Cre驱动小鼠在血管疾病研究中的应用 | 介绍了革命性的单细胞RNA测序和双重重组酶系统对于组织特异性Cre驱动小鼠的未来发展 | 未提及具体实验局限性 | 扩展对血管疾病的理解 | 主要研究血管壁的主要细胞类型及相关的Cre驱动小鼠 | 数字病理学 | NA | Cre-loxP系统 | 条件性基因敲除小鼠 | NA | NA |
| 1323 | 2024-08-05 |
Endothelial cells are a key target of IFN-g during response to combined PD-1/CTLA-4 ICB treatment in a mouse model of bladder cancer
2023-Oct-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107937
PMID:37810214
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研究论文 | 本研究探讨了在膀胱癌小鼠模型中，内皮细胞如何响应联合PD-1/CTLA-4免疫检查点抑制治疗 | 揭示了内皮细胞中IFN-g信号传导在免疫检查点抑制诱导的抗肿瘤活性中的关键作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，可能限制了对人类疾病的直接应用 | 探索不同细胞类型对联合PD-1/CTLA-4免疫检查点抑制治疗的响应机制 | 侵袭性尿路上皮癌小鼠模型中的肿瘤细胞及内皮细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | scRNA-seq | NA | 表格数据 | 三种条件下的细胞样本：未治疗肿瘤、治疗肿瘤、CD4 T细胞耗竭后治疗的肿瘤 |
| 1324 | 2024-08-04 |
CCR7+ CD4 T Cell Immunosurveillance Disrupted in Chronic SIV-Induced Neuroinflammation in Rhesus Brain
2023-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.28.555037
PMID:37693567
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研究论文 | 这篇文章探讨了CCR7+ CD4 T细胞在恒河猴脑中慢性SIV诱导的神经炎症中的免疫监视功能的破坏 | 首次揭示了CCR7+ CD4 T细胞在中枢神经系统中的特定亚群及其功能特点 | 样本主要来自恒河猴，可能限制了结果对人类的直接适用性 | 研究CCR7+ CD4 T细胞在慢性SIV诱导的神经炎症中的角色 | 恒河猴的CCR7+ CD4 T细胞及其在神经炎症中的功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析、ATAC-seq、空间转录组学、流式细胞术 | NA | NA | 慢性SIV感染的恒河猴 |
| 1325 | 2024-08-05 |
Lactate-dependent transcriptional regulation controls mammalian eye morphogenesis
2023-07-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39672-2
PMID:37452018
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研究论文 | 这篇文章研究了乳酸在哺乳动物眼形态发生中的转录调控作用 | 揭示了乳酸作为信号分子在哺乳动物眼形态发生中扮演的重要角色 | 未详细探讨其他代谢途径对 retinal morphogenesis 的潜在影响 | 探讨乳酸在视网膜发育早期阶段的重要性和机制 | 研究了小鼠胚胎中的视网膜祖细胞及其代谢活动 | 数字病理学 | NA | 单细胞 RNA 测序 | NA | NA | NA |
| 1326 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies response of renal lymphatic endothelial cells to acute kidney injury
2023-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.09.544380
PMID:37333313
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研究论文 | 该文章通过单细胞RNA测序鉴定了肾脏淋巴内皮细胞对急性肾损伤的反应 | 首次对小鼠肾脏淋巴内皮细胞亚群进行了特征描述，并揭示了它们在急性肾损伤中的基因变化 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全代表人类情况 | 研究肾脏淋巴内皮细胞在急性肾损伤中的响应 | 小鼠肾脏淋巴内皮细胞亚群 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠模型的不同急性肾损伤类型的淋巴内皮细胞 |
| 1327 | 2024-08-04 |
Insulin-like growth factor 1 reduces coronary atherosclerosis in pigs with familial hypercholesterolemia
2023-02-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.165713
PMID:36602878
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研究论文 | 这项研究探讨了类胰岛素生长因子1在家族性高胆固醇血症猪中的动脉粥样硬化作用 | 首次在家族性高胆固醇血症猪模型中证实IGF-1能减少冠状动脉粥样硬化并促进稳定斑块特征 | 本研究的结果可能仅限于猪模型，需在临床试验中进一步验证 | 研究IGF-1对冠状动脉粥样硬化的影响及其机制 | 家族性高胆固醇血症（FH）猪 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | 使用家族性高胆固醇血症猪进行6个月的实验 |
| 1328 | 2024-08-04 |
Single cell and spatial transcriptomics analysis of kidney double negative T lymphocytes in normal and ischemic mouse kidneys
2023-11-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48213-2
PMID:38017015
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研究论文 | 本文探讨了小鼠正常和缺血性肾脏中双阴性T淋巴细胞的单细胞与空间转录组学分析 | 研究首次揭示了相比传统CD4和CD8T细胞，DN T细胞在急性肾损伤中的分子特征和空间动态 | 对于DN T细胞的研究信息仍然非常有限，与CD4和CD8细胞的比较尚需进一步研究 | 阐明急性肾损伤期间DN T细胞的分子特征和空间动态 | 小鼠的DN、CD4和CD8 T细胞 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 | NA | RNA数据 | 排序的小鼠DN、CD4和CD8细胞 |
| 1329 | 2024-08-05 |
Uncovering the Heterogeneity of Cardiac Lin-KIT+ Cells: A scRNA-seq Study on the Identification of Subpopulations
2023-10-08, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxad057
PMID:37539750
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析心脏Lin-KIT+细胞的异质性及其亚群体。 | 该研究揭示并分类了心脏KIT细胞的三种主要亚群体及其独特的代谢适应性。 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类心脏细胞的特性。 | 揭示心脏Lin-KIT+细胞的异质性并识别其亚群体及标记物。 | 成年小鼠心脏来源的细胞群体。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 成年小鼠心脏细胞 |
| 1330 | 2024-08-05 |
ScRNA-seq defines dynamic T-cell subsets in longitudinal colon and peripheral blood samples in immune checkpoint inhibitor-induced colitis
2023-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-007358
PMID:37586769
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研究论文 | 这篇文章研究了在免疫检查点抑制剂诱导的结肠炎中动态变化的T细胞亚群 | 文章通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序识别了在结肠炎不同阶段的T细胞群体特征 | 这个研究是基于单一患者的样本，结果可能无法广泛应用于所有患者 | 旨在深入理解免疫检查点抑制剂诱导的结肠炎过程中的免疫环境变化 | 研究对象为接受了pembrolizumab治疗并发生结肠炎的Merkel细胞癌患者 | 数字病理学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序和T细胞受体测序 | NA | 血液和结肠组织样本 | 一个患者的样本 |
| 1331 | 2024-08-05 |
Accurate estimation of rare cell type fractions from tissue omics data via hierarchical deconvolution
2023-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.532820
PMID:36993280
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研究论文 | 提出了一种新的Hierarchical Deconvolution方法以准确估计组织样本中稀有细胞类型的比例 | 该方法采用单细胞RNA测序参考和层次细胞类型树，能够在相关细胞类型之间传递信息并改进稀有细胞的比例估计 | 现有方法对于细胞类型不明显的组织样本估计困难 | 提高组织样本中细胞类型比例的估计精度 | 组织样本中的细胞类型及其相关细胞比例 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | 层次细胞类型树 | 转录组数据 | 通过模拟和真实数据应用进行了验证 |
| 1332 | 2024-08-04 |
SUMA: a lightweight machine learning model-powered shared nearest neighbour-based clustering application interface for scRNA-Seq data
2023, Turkish journal of biology = Turk biyoloji dergisi
DOI:10.55730/1300-0152.2675
PMID:38681777
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研究论文 | 本文介绍了SUMA，一个轻量级的机器学习模型驱动的共享最近邻聚类应用界面，用于scRNA-Seq数据 | SUMA使用随机森林模型预测邻居的最优数量，从而获得最佳聚类结果，并集成了多种常用方法 | 主要依赖用户定义的参数，可能会影响聚类结果的有效性 | 开发一种有效的工具用于单细胞转录组数据的聚类和细胞类型标注 | 公开的scRNA-Seq数据集及三种不同的基于图形的聚类算法 | 机器学习 | NA | 随机森林 | NA | 基因表达数据 | 多个公开可用的scRNA-Seq数据集 |
| 1333 | 2024-08-05 |
StemnesScoRe: an R package to estimate the stemness of glioma cancer cells at single-cell resolution
2023, Turkish journal of biology = Turk biyoloji dergisi
DOI:10.55730/1300-0152.2672
PMID:38681778
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研究论文 | 本研究开发了一个用于估计胶质瘤癌细胞干性指数的R软件包StemnesScoRe，达到单细胞分辨率。 | 首次使用scATAC-seq数据构建了特定于胶质瘤的干性评分模型。 | 尚未提及本研究的具体局限性 | 旨在更好地理解胶质瘤细胞的干性特征。 | 研究对象为胶质瘤癌症干细胞。 | 机器学习 | 胶质瘤 | scATAC-seq | 随机森林、梯度提升、极端梯度提升 | 转录组和表观基因组数据 | 涉及多个患者的胶质瘤单细胞RNA-seq数据和scATAC-seq数据 |
| 1334 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptional landscapes of bovine peri-implantation development
2023-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.13.544813
PMID:37398069
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研究论文 | 该文章展示了牛的胚胎植入前发育过程中单细胞转录组的全景视图 | 发现了一种之前未被认识的原始滋养层细胞谱系，负责牛的妊娠维持 | 没有提供具体的样本量信息 | 全面理解牛的植入前发育中的细胞层次及其分子机制 | 牛的植入前胚胎在不同发育阶段的细胞组成和基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 不同发育阶段（第12、14、16和18天）的单细胞样本 |
| 1335 | 2024-08-05 |
Inference of cell type-specific gene regulatory networks on cell lineages from single cell omic datasets
2023-05-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38637-9
PMID:37244909
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研究论文 | 本文提出了一种新颖的方法，通过单细胞组学数据推断特定细胞类型的基因调控网络 | 开发了单细胞多任务网络推断(scMTNI)框架，可以整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，推断细胞谱系上的基因调控网络 | 当前方法在整合scRNA-seq和scATAC-seq测量及建模网络动态方面存在局限性 | 旨在提高细胞类型特异性基因调控网络的推断精度 | 特定细胞类型的基因调控网络 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞可转座酶可及染色质测序(scATAC-seq) | 多任务学习框架 | 模拟数据和真实数据 | NA |
| 1336 | 2024-08-04 |
Hypercapnia alters stroma-derived Wnt production to limit β-catenin signaling and proliferation in AT2 cells
2023-02-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.159331
PMID:36626234
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研究论文 | 这篇文章探讨了高二氧化碳血症如何通过限制β-连环蛋白信号传导和增殖能力，影响肺泡Ⅱ型细胞的功能 | 研究揭示了高二氧化碳血症对肺泡Ⅱ型细胞增殖能力的抑制及其机制，尤其是Wnt信号通路的改变 | 该研究主要基于小鼠模型，可能在人类中的适用性有限 | 了解高二氧化碳血症对肺损伤后肺修复过程的影响 | 小鼠模型中的肺泡Ⅱ型细胞及其周围的基质细胞 | 数字病理学 | 肺病 | 空间转录组学、细胞谱系追踪、3D培养 | NA | NA | 小鼠模型，样本数量未明确描述 |
| 1337 | 2024-08-05 |
Sodium glucose co-transporter 2 inhibition increases epidermal growth factor expression and improves outcomes in patients with type 2 diabetes
2023-10, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2023.07.007
PMID:37543256
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研究论文 | 本研究探讨了钠-葡萄糖共转运蛋白2抑制剂在2型糖尿病患者中对表皮生长因子表达的影响及其对肾脏结果的改善 | 本研究首次揭示了SGLT2抑制剂能agliflozin对EGF表达的影响及其在肾脏疾病进展中的潜在机制 | 本文的局限性在于使用的样本量及单细胞RNA测序的具体实验条件可能影响结果的普遍性 | 本研究的目的是探讨SGLT2抑制剂对2型糖尿病患者肾脏保护机制中的EGF表达的影响 | 研究对象包括3521名参与CANVAS研究的2型糖尿病患者及10名年轻的2型糖尿病患者的肾组织样本 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 生物样本 | 3521名参与者和20个肾组织样本 |
| 1338 | 2024-08-05 |
Improved Protocol for Reproducible Human Cortical Organoids Reveals Early Alterations in Metabolism with MAPT Mutations
2023-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.11.548571
PMID:37503195
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研究论文 | 本研究报告了一种96孔方法，用于高效、可扩展和可重复的人类皮层类器官的生产 | 采用可控释放的FGF2和适当浓度的SB431542显著提高了类器官的皮层模式化和重复性 | 不同hPSC供体线和实验重复之间的高变异性仍然存在 | 研究人类皮层类器官的建立及分析与前额叶痴呆相关的突变对代谢的早期影响 | 来源于人类多能干细胞（hPSCs）的皮层类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | NA |
| 1339 | 2024-08-05 |
Lactate from glycolysis regulates inflammatory macrophage polarization in breast cancer
2023-Jun, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03382-x
PMID:36729212
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研究论文 | 乳腺癌中，来自糖酵解的乳酸调节炎症性巨噬细胞的极化 | 本文揭示了糖酵解产生的乳酸如何影响乳腺癌中巨噬细胞的极化模式 | 该研究主要基于细胞水平的数据，临床验证仍需进一步研究 | 探讨乳腺癌中乳酸的来源及其对炎症巨噬细胞极化的影响 | 主要研究乳腺癌细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 多组学数据分析、单细胞转录组分析、临床数据分析、体外实验 | NA | RNA、细胞 | 22种免疫细胞与临床数据分析 |
| 1340 | 2024-08-04 |
YAP1 and WWTR1 expression inversely correlates with neuroendocrine markers in Merkel cell carcinoma
2023-03-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI157171
PMID:36719743
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研究论文 | 本文探讨了Merkel细胞癌（MCC）中YAP1和WWTR1的表达与神经内分泌标志物之间的反向关系 | 研究揭示了MCC中NE基因表达的异质性，并发现YAP1/WWTR1沉默对MCPyV阳性MCC的发展至关重要 | 目前的临床诊断标志物无法区分MCPyV阳性和阴性亚型，且MCC肿瘤的表达谱尚未探索 | 研究MCC的转录环境及其与YAP1和WWTR1的关系 | 针对来自患者的肿瘤活检和细胞系进行的RNA-Seq分析 | 数字病理学 | 皮肤癌 | RNA-Seq | NA | 转录组数据 | 多个肿瘤活检样本和细胞系 |