本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1301 | 2024-08-07 |
A lipid-associated macrophage lineage rewires the spatial landscape of adipose tissue in early obesity
2023-10-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.171701
PMID:37651193
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和成像技术,探讨了小鼠饮食诱导肥胖过程中脂肪组织巨噬细胞(ATM)的动态变化及其与代谢疾病发展的关系 | 首次将单细胞RNA测序与空间转录组学结合,揭示了肥胖早期脂肪组织中脂质相关巨噬细胞(LAM)前体(pre-LAM)的空间分布及其与脂肪组织功能障碍标志物的共定位 | 研究主要集中在小鼠模型上,未来研究需要验证这些发现是否适用于人类 | 深入理解肥胖过程中脂肪组织巨噬细胞的多样性及其在代谢疾病发展中的作用 | 脂肪组织巨噬细胞及其在肥胖过程中的动态变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据、图像数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1302 | 2024-08-07 |
Targeting m6A reader YTHDF1 augments antitumour immunity and boosts anti-PD-1 efficacy in colorectal cancer
2023-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2022-328845
PMID:36717220
|
研究论文 | 本文研究了m6A阅读蛋白YTHDF1在结直肠癌免疫微环境中的作用及其机制 | 首次揭示了YTHDF1通过m6A-p65-CXCL1/CXCR2轴影响结直肠癌的免疫微环境,并增强抗PD-1疗法的效果 | NA | 阐明YTHDF1在结直肠癌免疫微环境中的功能和机制 | YTHDF1在结直肠癌中的表达及其对免疫微环境的影响 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)、RNA测序(RNA-seq)和核糖体测序(Ribo-seq) | NA | 组织微阵列、TCGA数据集 | 组织微阵列(N=408)、TCGA数据集(N=526) | NA | NA | NA | NA |
| 1303 | 2024-08-07 |
Isoformic PD-1-mediated immunosuppression underlies resistance to PD-1 blockade in hepatocellular carcinoma patients
2023-Aug, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2022-327133
PMID:36450387
|
研究论文 | 本文探讨了程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)的同种型Δ42PD-1在肝细胞癌(HCC)进展和对抗PD-1免疫检查点阻断(ICB)耐药性中的作用 | 发现了Δ42PD-1同种型在HCC患者中对抗PD-1 ICB耐药性的机制,并验证了针对Δ42PD-1的单克隆抗体在HCC免疫治疗中的效用 | NA | 阐明HCC患者对抗PD-1 ICB耐药性的机制,并探索新的免疫治疗策略 | 74名HCC患者,包括未治疗、接受nivolumab治疗和接受pembrolizumab治疗的患者 | 免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液样本和肿瘤组织中的外周血单个核细胞及肿瘤浸润淋巴细胞 | 74名HCC患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1304 | 2024-08-07 |
Dry eye disease in mice activates adaptive corneal epithelial regeneration distinct from constitutive renewal in homeostasis
2023-01-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2204134120
PMID:36595669
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术,分析了小鼠角膜上皮在稳态、老化、糖尿病和干眼病(DED)状态下的转录状态,揭示了DED中角膜上皮适应性再生的独特响应。 | 本研究首次提供了区分稳态更新与适应性再生的全局标记,并验证了SPARC作为适应性再生标记的表达,加速了角膜上皮细胞的伤口闭合。 | NA | 探索干眼病状态下角膜上皮的适应性再生机制,并为未来研究眼部表面干细胞在健康和疾病中的功能提供框架和图谱。 | 小鼠角膜上皮细胞在不同生理和病理状态下的转录状态。 | 数字病理学 | 干眼病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1305 | 2024-08-07 |
Renin Cell Development: Insights From Chromatin Accessibility and Single-Cell Transcriptomics
2023-08-04, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.322827
PMID:37395102
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1306 | 2024-08-07 |
NNMT enriches for AQP5+ cancer stem cells to drive malignant progression in early gastric cardia adenocarcinoma
2023-12-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2022-328408
PMID:36977555
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探索早期胃食管腺癌(EGCA)的细胞和分子异质性 | 本研究首次揭示了NNMT+/AQP5+细胞群在EGCA恶性进展中的作用,并提出了可能的早期诊断和治疗策略 | NA | 深入理解早期胃食管腺癌的异质性及其恶性进展机制 | 早期胃食管腺癌及其配对的非恶性活检样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 细胞 | 95,551个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1307 | 2024-08-04 |
Molecular and immune signatures, and pathological trajectories of fatal COVID-19 lungs defined by in situ spatial single-cell transcriptome analysis
2023-08, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.29009
PMID:37563850
|
研究论文 | 本研究通过原位测序分析了COVID-19死亡患者肺部的单细胞分子和细胞特征 | 首次建立了COVID-19肺部细胞和分子特征的空间单细胞图谱 | 仅针对死后肺组织进行研究,可能无法全面代表所有COVID-19患者的肺部病理 | 旨在定义COVID-19肺部的分子和免疫特征及病理轨迹 | 研究对象为COVID-19死亡患者的肺部组织样本 | 数字病理学 | 肺炎COVID-19 | 原位测序(ISS) | 稀疏非负矩阵分解(SNMF) | 转录组数据 | 研究中涉及221个基因,分析了1719459个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1308 | 2024-08-04 |
The progenitor basis of cortical projection neuron diversity
2023-08, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2023.102726
PMID:37148649
|
研究论文 | 本研究探讨了不同类型的神经祖细胞如何产生皮层投射神经元的多样性。 | 创新点在于通过细胞类型解析的追踪方法来理解神经祖细胞在投射神经元多样性中的作用。 | 目前关于中间祖细胞在投射神经元多样性中的角色仍然研究不足。 | 研究神经祖细胞如何产生皮层投射神经元的多样性和层级组织。 | 主要研究对象为辐射胶质细胞和中间祖细胞。 | 神经科学 | NA | 细胞类型解析遗传命运追踪,轴突追踪,空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1309 | 2024-08-05 |
Protective Renalase Deficiency in β-Cells Shapes Immune Metabolism and Function in Autoimmune Diabetes
2023-08-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db23-0030
PMID:37216639
|
研究论文 | 本文探讨了肾素缺乏如何影响自身免疫糖尿病中β细胞的免疫代谢和功能 | 首次揭示了肾素缺乏在移植的β细胞中调节局部免疫细胞代谢和功能的能力 | 研究仅在小鼠模型中进行,缺乏对人类适用性的验证 | 本研究旨在了解肾素缺乏对自身免疫糖尿病中β细胞的影响 | 主要研究对象为小鼠模型中的β细胞和浸润的免疫细胞 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 流式细胞术和单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1310 | 2024-08-05 |
Ezh2 Knockout in B Cells Impairs Plasmablast Differentiation and Ameliorates Lupus-like Disease in MRL/lpr Mice
2023-08, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42492
PMID:36897808
|
研究论文 | 本研究评估了EZH2在B细胞中的表达对狼疮病理机制的影响 | 首次揭示EZH2缺失对浆细胞发育和狼疮样疾病的改善效果 | 研究主要集中在小鼠模型,临床相关性尚需进一步验证 | 评估EZH2在B细胞中的角色及其与狼疮发病机制的关系 | MRL/lpr小鼠模型中的B细胞和人类狼疮患者的B细胞 | 数字病理 | 狼疮 | 单细胞RNA测序 | 鼠模型 | 细胞类型数据 | 小鼠模型和人类狼疮患者的多样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1311 | 2024-08-05 |
Stimulation of Immune Checkpoint Molecule B and T-Lymphocyte Attenuator Alleviates Experimental Crescentic Glomerulonephritis
2023-08-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000159
PMID:37367205
|
研究论文 | 这篇文章探讨了免疫检查点分子BTLA在实验性新月型肾小管肾炎中的作用 | 这项研究首次揭示BTLA在新月型肾小管肾炎中的保护作用和抗体治疗的潜力 | 研究主要集中在小鼠模型上,可能在临床应用中存在差异 | 研究BTLA在新月型肾小管肾炎中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | BTLA缺陷小鼠和野生型小鼠的实验 | 免疫学 | 肾炎 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 生物样本(小鼠模型) | 使用BTLA缺陷小鼠和野生型小鼠进行实验,但具体样本量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 1312 | 2024-08-05 |
Spatially patterned 3D model mimics key features of cancer metastasis to bone
2023-08, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本文报道了空间模式化的组织工程3D模型,模仿乳腺癌和前列腺癌骨转移的关键特征 | 提出了一种空间模式化的3D骨转移模型,可以模拟骨特异性侵袭和癌症对骨重塑的诱导性失调 | 缺乏对这些模型的广泛验证和应用研究 | 填补缺乏生理相关的体外模型的空白,探索骨转移的生物学 | 乳腺癌和前列腺癌的骨转移 | 数字病理学 | 乳腺癌和前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 3D模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1313 | 2024-08-05 |
Characterization of altered molecular mechanisms in Parkinson's disease through cell type-resolved multiomics analyses
2023-04-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abo2467
PMID:37058563
|
研究论文 | 通过细胞类型解析的多组学分析,揭示帕金森病中改变的分子机制。 | 首次通过多组学数据整合提供了细胞类型特异性的cREs失调及其对帕金森病相关基因的转录影响。 | 未具体讨论其他神经退行性疾病的相关性及其影响。 | 研究帕金森病的细胞类型依赖性转录调控机制。 | 健康对照者和帕金森病患者的113,207个细胞核样本。 | 数字病理学 | 帕金森病 | 转录组学和表观基因组学 | NA | 单细胞转录组和表观基因组数据 | 113,207个细胞核 | NA | NA | NA | NA |
| 1314 | 2024-08-04 |
A Universal Method for Crossing Molecular and Atlas Modalities using Simplex-Based Image Varifolds and Quadratic Programming
2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534622
PMID:37034802
|
研究论文 | 本文阐明了一种在分子尺度转录组学和组织尺度图谱之间建立对应关系的解决方案 | 提出了一种通用算法,通过交替优化LDDMM和二次规划方法,解决坐标和潜在转录特征分数的最小化几何形状的变换 | NA | 研究目的在于结合分子和细胞数据,创建一个统一的坐标系统 | 主要涉及分子尺度转录组学数据和组织尺度图谱数据 | 数字病理学 | NA | LDDMM优化与二次规划 | NA | 转录组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1315 | 2024-08-05 |
DUSP6 mediates resistance to JAK2 inhibition and drives leukemic progression
2023-01, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-022-00486-8
PMID:36581736
|
研究论文 | 本研究揭示DUSP6在髓系恶性肿瘤转化中的作用及其作为潜在治疗靶点的价值 | 发现DUSP6的异常表达与疾病转化相关,且DUSP6-RSK1通路可作为药物靶点 | 未详细探讨DUSP6在不同患者中的具体作用机制 | 探索DUSP6在髓系恶性肿瘤和急性髓性白血病转化中的角色 | 靶向DUSP6 的治疗效果及其在患者衍生的异种移植模型中的作用 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序 | PDX模型 | 基因表达数据 | 多名患者的骨髓干细胞和祖细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1316 | 2024-08-04 |
IL-33 Expression Is Lower in Current Smokers at both Transcriptomic and Protein Levels
2023-11-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202210-1881OC
PMID:37708400
|
研究论文 | 这项研究探讨吸烟状态对IL-33表达的影响。 | 本研究首次显示吸烟会导致IL-33在转录组和蛋白水平上的减少,特别是在当前吸烟者中。 | 研究主要集中在COPD患者身上,可能不适用于其他疾病。 | 了解吸烟状态如何影响IL-33的表达情况。 | 研究对象为肺气道中的IL-33表达水平和吸烟状态。 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | RNA-seq, 西方印迹分析, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 生物组织样本 | 涉及八个独立的转录组研究和来自COPD患者的肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1317 | 2024-08-04 |
Spatiotemporal mapping of immune and stem cell dysregulation after volumetric muscle loss
2023-04-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.162835
PMID:36821376
|
研究论文 | 本研究探讨了体积肌肉损失后免疫细胞和干细胞失调的时空分布 | 创新点在于使用空间转录组学揭示了在VML反应中纤维化与炎性巨噬细胞与间充质来源细胞之间的细胞间相互作用 | 未提及具体的限制 | 研究体积肌肉损失后细胞间的通讯及其对肌肉修复的影响 | 以小鼠模型为对象,研究VML后的细胞行为 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1318 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals unique monocyte-derived interstitial macrophage subsets during lipopolysaccharide-induced acute lung inflammation
2023-04-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00223.2022
PMID:36852927
|
研究论文 | 本研究揭示了在脂多糖诱导的急性肺炎症期间独特的单核细胞源间质巨噬细胞亚群 | 研究深入探讨了间质巨噬细胞的起源、亚群及转录组特征,并提出了其特定功能的可能性 | 缺乏对IMs在不同类型炎症中的作用的全面理解 | 特征化间质巨噬细胞在稳态和急性肺炎症中的起源及亚群 | 研究对象为小鼠肺中的间质巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用了小鼠模型及其肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1319 | 2024-08-05 |
A comprehensive assessment of hurdle and zero-inflated models for single cell RNA-sequencing analysis
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad272
PMID:37507115
|
研究论文 | 本文全面评估了单细胞RNA测序分析中的障碍和零膨胀模型 | 提出了一个基于TensorFlow的Python包TensorZINB,解决了零膨胀负二项式模型的数值稳定性问题,并结合了混合模型来提高性能 | 未提及特定的局限性 | 提高单细胞RNA测序数据分析中的统计模型的准确性和计算速度 | 障碍和零膨胀模型的性能评估及其对单细胞RNA测序数据的应用 | 数字病理 | NA | RNA-seq | 零膨胀负二项式(ZINB)模型 | 文本 | 使用真实的单细胞RNA测序数据集进行评估 | NA | NA | NA | NA |
| 1320 | 2024-08-05 |
A wound-induced differentiation trajectory for neurons
2023-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.10.540286
PMID:37214981
|
研究论文 | 本研究探讨了伤口诱导的神经元分化轨迹 | 揭示了NFY转录因子在伤口诱导神经元分化中的关键作用 | 尚未详细阐明其它可能影响神经元分化的转录调控机制 | 研究伤口诱导过程中的转录调控事件及其对神经元产生的影响 | 聚焦于再生能力强的无脊椎动物acoel worm及其神经细胞的分化 | 数字病理学 | NA | 染色质可及性数据分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及了多个不同神经亚型的干细胞 | NA | NA | NA | NA |