单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 1261 - 1280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1261 | 2024-08-04 |
Epigenetic landscape reveals MECOM as an endothelial lineage regulator
2023-04-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38002-w
PMID:37185814
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研究论文 | 这篇文章系统地研究了内皮细胞谱系的表观遗传图谱，并确定MECOM作为内皮细胞谱系调节因子 | 文章创新性地识别了MECOM作为内皮细胞谱系的主要调节因子，并揭示了其在细胞身份基因调控中的作用 | 文章未提及具体的限制因素 | 研究内皮细胞谱系特化的表观遗传机制以促进心血管再生医学的进展 | 研究对象为来源于诱导多能干细胞的内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 (Single-cell RNA-Seq), Hi-C, DNase-Seq, ChIP-Seq, RNA-Seq | NA | 基因组数据 | 使用了来自诱导多能干细胞的内皮细胞群体 |
| 1262 | 2024-08-05 |
STREAK: A supervised cell surface receptor abundance estimation strategy for single cell RNA-sequencing data using feature selection and thresholded gene set scoring
2023-08, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011413
PMID:37603589
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研究论文 | 本研究介绍了一种新的监督细胞表面受体丰度估计方法STREAK，用于单细胞转录组数据。 | 提出了一种利用联合scRNA-seq/CITE-seq训练数据的监督受体丰度估计方法，并结合了一种阈值基因集评分机制。 | NA | 开发一种更准确的细胞表面受体丰度估计方法。 | 针对六个联合scRNA-seq/CITE-seq数据集进行的受体丰度估计评估。 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序数据 | 六个联合scRNA-seq/CITE-seq数据集，代表四种人类和小鼠组织类型 |
| 1263 | 2024-08-05 |
Growth Hormone Accelerates Recovery From Acetaminophen-Induced Murine Liver Injury
2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.17.537197
PMID:37131727
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研究论文 | 本研究探讨了生长激素在乙酰氨基酚诱导的小鼠肝损伤中的治疗作用 | 首次提出使用生长激素作为治疗乙酰氨基酚肝毒性的替代疗法，并探讨了性别对肝脏修复的影响 | 研究的局限性在于只在小鼠模型中进行，尚未验证在人类中的有效性 | 旨在建立生长激素作为治疗乙酰氨基酚肝毒性的替代疗法 | 研究重点是乙酰氨基酚诱导的小鼠肝损伤 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 涉及小鼠的实验，样本数量未具体说明 |
| 1264 | 2024-08-05 |
SPECK: an unsupervised learning approach for cell surface receptor abundance estimation for single-cell RNA-sequencing data
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad073
PMID:37359727
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研究论文 | 本文提出了一种新的无监督方法SPECK，用于单细胞RNA测序数据的受体丰度估计 | 创新点在于提出了一种基于CKmeans聚类阈值的无监督算法来估计细胞表面受体的丰度 | 依赖于scRNA-seq数据进行受体丰度估计，无法直接测量表面蛋白，可能影响结果的准确性 | 旨在提高细胞表面蛋白丰度估计的准确性，以支持单细胞转录组学的研究 | 主要研究人类25种受体在多种组织类型中的丰度估计 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督算法 | RNA测序数据 | 涉及至少25个人类受体和多个组织类型 |
| 1265 | 2024-08-04 |
Self-patterning of human stem cells into post-implantation lineages
2023-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06354-4
PMID:37369348
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研究论文 | 这项研究展示了人类多能干细胞被触发自我组织成三维结构，重现早期人类胚胎发育的一些关键时空事件 | 提供了一种可重复、易于处理和可扩展的实验平台以理解人类发育的基本细胞和分子机制 | 未建立胎盘细胞类型，局限于人胚胎发育的特定阶段 | 探索人类发育的基本细胞和分子机制 | 人类多能干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | 三维自组织模型 | 细胞状态无特定类型 | NA |
| 1266 | 2024-08-05 |
Multiplexed single-cell lineage tracing of mitotic kinesin inhibitor resistance in glioblastoma
2023-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.09.557001
PMID:37745469
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研究论文 | 本研究探讨了神经胶质瘤中对KIF11抑制剂的耐药性 | 首次使用多重谱系追踪条形码和单细胞RNA测序分析患者来源的神经胶质瘤细胞对药物耐药性的时间过程 | 研究主要集中在患者来源细胞的体外实验，临床转化的经历尚不明确 | 研究KIF11抑制剂在神经胶质瘤中的耐药机制 | 患者来源的神经胶质瘤神经球 | 数字病理学 | 神经胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 患者来源的神经胶质瘤神经球 |
| 1267 | 2024-08-05 |
Evaluating the transcriptional landscape and cell-cell communication networks in chronically irradiated parotid glands
2023-May-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106660
PMID:37168562
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研究论文 | 本文探讨了长期辐射后唾液腺的转录组景观和细胞间通信网络 | 识别了特定表达的分泌细胞群体，可能是腺泡细胞前体，并展示了放射治疗后免疫参与的转录影响 | 研究仅限于小鼠模型，可能无法完全代表人类的生理情况 | 揭示辐射导致的慢性唾液功能低下的转录机制，以帮助识别损伤机制和开发再生疗法 | 采用了来自对照组和经过辐射的鼠类唾液腺的单细胞RNA测序分析 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA序列数据 | 对照组和辐射组的小鼠唾液腺样本，具体数量未说明 |
| 1268 | 2024-08-05 |
Genetic and Molecular Contributors in Eosinophilic Esophagitis
2023-05, Current allergy and asthma reports
IF:5.4Q1
DOI:10.1007/s11882-023-01075-0
PMID:37084008
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综述 | 本文旨在提供关于嗜酸性食管炎的遗传和分子进展的历史和最新更新 | 文章总结了最近的遗传和分子进展，强调了多种发现对理解该疾病的影响 | 没有明确提及具体的限制 | 旨在深入理解嗜酸性食管炎的遗传和分子机制 | 研究嗜酸性食管炎的遗传和分子因素 | 数字病理学 | 嗜酸性食管炎 | 新一代测序技术，包括全基因组关联研究、全外显子测序和RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 1269 | 2024-08-05 |
Isolation of human cutaneous immune cells for single-cell RNA sequencing
2023-Apr-28, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102239
PMID:37120815
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研究论文 | 本研究展示了一种从人类皮肤中分离高活性免疫细胞以进行单细胞RNA测序的方案 | 提出了一种新的方案来有效分离人类皮肤中的免疫细胞，以克服其屏障特性带来的挑战 | 该研究未提供关于该协议在其它类型皮肤或疾病背景下的验证 | 研究旨在开发从人类皮肤中分离可用于单细胞RNA测序的免疫细胞的技术 | 本研究的对象为人类皮肤的免疫细胞 | 数字病理学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 皮肤活检样本 |
| 1270 | 2024-08-05 |
Reprogramming the tumor microenvironment leverages CD8+ T cell responses to a shared tumor/self antigen in ovarian cancer
2023-Mar-16, Molecular therapy oncolytics
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.omto.2023.02.002
PMID:36875325
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研究论文 | 本文研究了CXCR4拮抗剂武装的溶瘤病毒疗法对卵巢癌微环境和抗肿瘤免疫的影响 | 提出CXCR4-A武装的溶瘤病毒疗法在耐受性的肿瘤微环境中增强CD8 T细胞反应的机制 | 研究主要集中在转基因小鼠模型上，临床应用效果尚未证实 | 探索增强卵巢癌免疫治疗效果的新策略 | 使用SV40 T抗原卵巢癌的小鼠模型 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像，基因组数据 | 使用了抗原天真的野生型小鼠和转基因小鼠 |
| 1271 | 2024-08-05 |
Single-cell insights into epithelial morphogenesis in the neonatal mouse uterus
2023-Dec-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2316410120
PMID:38019863
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研究论文 | 本文探讨了新生小鼠子宫上皮的单细胞转录组分析 | 揭示了子宫上皮成熟、谱系分叉和分化的轨迹分析，并识别了新的腺体上皮表达基因 | 所研究的模型仅限于新生小鼠，可能无法完全代表其他生物或成年状态 | 阐明子宫上皮发育过程中的细胞和分子机制 | 新生小鼠的子宫上皮细胞 | 数字病理 | NA | 单细胞转录组学 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 子宫上皮细胞样本 |
| 1272 | 2024-08-04 |
Re-convolving the compositional landscape of primary and recurrent glioblastoma reveals prognostic and targetable tissue states
2023-05-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38186-1
PMID:37142563
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研究论文 | 本文研究了原发性和复发性胶质母细胞瘤中的细胞组成和转录状态 | 通过研究特定亚群体之间的共居模式识别了三种组成性组织状态，并提出了针对GBM微环境相互依赖性的治疗方案 | 未说明样本数量和研究范围的具体限制 | 本研究旨在确定原发性和复发性胶质母细胞瘤的细胞组成及其转录状态 | 研究对象为原发性和复发性胶质母细胞瘤中的细胞类型及其相互关系 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单核RNA测序和空间转录组学 | NA | RNA数据 | NA |
| 1273 | 2024-08-05 |
Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease
2023-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.01.530562
PMID:36993439
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研究论文 | 本研究探讨了Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化机制 | 揭示了Esm-1在糖尿病肾病发病机制中的作用及其在肾脏内皮细胞中的表达模式 | 未详细研究Esm-1在所有成熟组织中的表达及其潜在的生物学效应 | 研究Esm-1在糖尿病肾病中的表达和功能 | 研究对象包括成年人和小鼠的肾脏内皮细胞 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 27,786个肾脏内皮细胞，及20名健康受试者和41名糖尿病肾病患者 |
| 1274 | 2024-08-05 |
Benchmarking single-cell hashtag oligo demultiplexing methods
2023-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad086
PMID:37829177
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研究论文 | 本研究对七种HTO去复用工具的性能进行了评估 | 首次比较了七种HTO去复用工具的性能，并引入了对比基于遗传变异的数据 | 部分方法在较低质量数据下表现不佳 | 评估多种HTO去复用工具在单细胞RNA测序中的性能 | 七种HTO去复用工具 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 七种工具，在多个样本中使用遗传变异进行比较 |
| 1275 | 2024-08-05 |
Spatial Single Cell Analysis of Proteins in 2D Human Gastruloids Using Iterative Immunofluorescence
2023-Oct, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.915
PMID:37882990
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研究论文 | 本文描述了一种迭代免疫荧光协议和计算管道，用于在2D人类胚层模型中分析蛋白质的空间模式形成 | 提出的迭代免疫荧光协议实现了比标准免疫荧光技术更高的多重测量能力，并能够同时分析27种蛋白质 | 未详细讨论方法在实际生物样本中的应用限制 | 揭示细胞信号如何在时间和空间上共同指示细胞命运 | 主要研究2D人类胚层的细胞及其在不同信号通路下的蛋白质表达 | 数字病理学 | NA | 免疫荧光 | NA | 图像 | 超过27种蛋白质的单细胞表达聚类分析 |
| 1276 | 2024-08-05 |
Single-Cell Profiling of Tumor Immune Microenvironment Reveals Immune Irresponsiveness in Gastric Signet-Ring Cell Carcinoma
2023-07, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2023.03.008
PMID:36921674
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研究论文 | 本研究揭示了胃信号环细胞癌（GSRCC）肿瘤免疫微环境的特征及其临床意义 | 提供了GSRCC肿瘤免疫微环境特征的全面分子图谱，并指出CXCL13在适应性免疫无反应中的中介作用 | 样本量有限，仅包含32名晚期GC患者，可能影响结果的广泛适用性 | 探讨胃信号环细胞癌的肿瘤免疫微环境特征及其对临床结果的影响 | 纳入32名不同亚型的晚期胃癌患者 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 针对抗体面板的质量细胞计数 | NA | RNA, 蛋白质 | 32名晚期胃癌患者 |
| 1277 | 2024-08-05 |
Functional characterization of age-dependent p16 epimutation reveals biological drivers and therapeutic targets for colorectal cancer
2023-May-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02689-y
PMID:37143122
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研究论文 | 本文探讨了与年龄相关的p16表观突变在结直肠癌中的角色及其潜在的治疗靶点 | 本研究首次揭示了年龄依赖的p16表观突变在肠道肿瘤发生中的生物驱动因素和治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，临床适用性需要进一步验证 | 改善结直肠癌患者的临床治疗 | 对携带Apc突变和p16表观突变的小鼠进行肿瘤发展与进展的研究 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 小鼠肿瘤和结肠上皮细胞样本 |
| 1278 | 2024-08-04 |
Transcriptomic signature, bioactivity and safety of a non-hepatoxic analgesic generating AM404 in the mid-brain PAG region
2023-May-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2883310/v1
PMID:37205420
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研究论文 | 这篇文章探讨了一种新型非肝毒性的镇痛药SRP-001的转录组特征、生物活性和安全性 | SRP-001作为一种小分子药物，具有非肝毒性并能够在中脑PAG区域生成AM404，展现出与传统镇痛药相比的创新效果 | 研究主要集中在转录组学的分析上，未提供大规模的临床验证数据 | 本研究旨在开发一种安全有效的非opioid镇痛药以替代现有的药物 | 主要研究对象是SRP-001及其在中脑PAG区域的生物作用及安全性 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 生物样本 | NA |
| 1279 | 2024-08-05 |
Dedifferentiation maintains melanocyte stem cells in a dynamic niche
2023-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05960-6
PMID:37076619
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研究论文 | 该文章研究了黑色素干细胞在动态微环境中的去分化现象 | 文章提出黑色素干细胞在发育和成熟过程中在不同状态间转变的机制，挑战了现有理论 | 研究未详细探讨外部因素如何影响黑色素干细胞的迁移和去分化 | 探索黑色素干细胞如何在动态微环境中维持 | 黑色素干细胞及其在毛囊中的行为 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，活体成像 | NA | NA | NA |
| 1280 | 2024-08-05 |
Identification of GPI-anchored protein LYPD1 as an essential factor for odontoblast differentiation in tooth development
2023-05, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2023.104638
PMID:36963497
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研究论文 | 本研究识别了GPI锚定蛋白LYPD1作为牙齿发育中牙本质细胞分化的关键因素 | LYPD1被发现是发育中牙齿中前牙本质细胞的新标记，并且在通过其GPI-AP功能调节Smad1/5/8磷酸化以促进牙本质细胞分化中扮演重要角色 | 研究仅在小鼠牙髓细胞和外源性器官培养系统中验证，可能无法完全概括人类牙齿发育机制 | 探讨脂质筏对牙齿发育的具体影响，并确认LYPD1在牙本质细胞分化中的作用 | 通过微阵列和单细胞RNA测序方法研究前牙本质细胞以及相关的信号传导机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了小鼠牙髓细胞和牙胚的外源性器官培养 |