单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 1261 - 1280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1261 | 2024-08-04 |
Pancreatic lipase-related protein 2 is selectively expressed by peritubular myoid cells in the murine testis and sustains long-term spermatogenesis
2023-Jul-19, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-04872-y
PMID:37468762
|
研究论文 | 研究表明胰脂肪酶相关蛋白2在小鼠睾丸中的周管平滑肌细胞中特异性表达，支持长期的精子发生 | 首次揭示了Pnliprp2在小鼠睾丸中的周管平滑肌细胞中特异性表达及其在精子发生中的新角色 | 研究仅限于小鼠模型，可能无法完全推广到其他物种 | 探讨Pnliprp2在小鼠睾丸周管平滑肌细胞中的功能及其对精子发生的影响 | 小鼠睾丸中的周管平滑肌细胞和精子发生过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和代谢组学 | NA | 生物样本及代谢物数据 | Pnliprp2基因敲除小鼠的多个样本 |
| 1262 | 2024-08-04 |
Autologous humanized PDX modeling for immuno-oncology recapitulates features of the human tumor microenvironment
2023-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-006921
PMID:37487666
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研究论文 | 本研究开发了一种自体人源化PDX模型，旨在模拟个体固体肿瘤的肿瘤微环境 | 创建了一种从患者的骨髓中获取HSPC的自体系统，为肿瘤-免疫相互作用的研究提供了完全基因匹配的模型 | 研究可能受到样本数量和个体差异的限制 | 研究免疫细胞与肿瘤细胞的相互作用及其对癌症进展和治疗反应的影响 | 使用人源化的MISTRG6小鼠和患者来源的肿瘤组织进行研究 | 数字病理学 | NA | HSPC移植 | 人源化PDX模型 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 1263 | 2024-08-05 |
Reconstruction Set Test (RESET): a computationally efficient method for single sample gene set testing based on randomized reduced rank reconstruction error
2023-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.03.535366
PMID:37066315
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研究论文 | 本文介绍了一种名为重建集测试（RESET）的新型单样本基因集测试方法 | RESET在样本级和整个数据集的基因集重要性量化方面具有分析上的创新 | 现有技术在识别差异相关模式、检测竞争场景以及跨样本比较得分方面存在局限性 | 研究旨在提供一种更有效的单样本基因集测试方法 | 本文研究的对象为基因集及其在样本中的重要性体现 | 数字病理学 | NA | 随机降秩重建算法 | NA | 基因表达数据 | 使用了真实和模拟的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 |
| 1264 | 2024-08-05 |
Single-Cell B-Cell Sequencing to Generate Natively Paired scFab Yeast Surface Display Libraries
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3279-6_11
PMID:37405649
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研究论文 | 该文章阐述了一种使用单细胞RNA测序生成天然配对的B细胞受体序列的方法。 | 提出了一种简化的工作流程，将单链抗体片段表达在酵母表面用于高通量特征化。 | 章节中并未详细描述具体的实施细节。 | 旨在设计用于治疗和诊断的单克隆抗体。 | 免疫小鼠的天然配对B细胞受体序列。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 1265 | 2024-08-04 |
Anterior Pituitary Transcriptomics Following a High-Fat Diet: Impact of Oxidative Stress on Cell Metabolism
2023-Dec-23, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqad191
PMID:38103263
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研究论文 | 本研究探讨高脂饮食对前垂体转录组的影响，特别是氧化压力对细胞代谢的影响。 | 本研究首次比较了男女小鼠在高脂饮食下前垂体细胞对氧化压力的适应能力。 | 未能深入分析高脂饮食对前垂体基因表达长期影响的变化。 | 研究高脂饮食对前垂体功能及其转录组的影响。 | 使用FVB.129P小鼠探讨高脂饮食对男女前垂体细胞的影响。 | 数字病理学 | 肥胖相关病 | 单细胞RNA测序 | NA | 血清激素和细胞转录组数据 | 男性和女性FVB.129P小鼠，每组增加了20克体重 |
| 1266 | 2024-08-04 |
Single-Molecule Spatial Transcriptomics of Human Thoracic Aortic Aneurysms Uncovers Calcification-Related CARTPT-Expressing Smooth Muscle Cells
2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319329
PMID:37823268
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研究论文 | 本研究揭示了人类胸主动脉瘤中与钙化相关的CARTPT表达的平滑肌细胞的稀有亚型 | 采用高分辨率单细胞转录组成像技术揭示了胸主动脉瘤组织样本中稀有平滑肌细胞类型 | 主要集中于男性TAA样本，可能限制了对其他人群的普遍适用性 | 揭示人类胸主动脉瘤中平滑肌细胞的异质性及其功能 | 人类胸主动脉瘤组织样本中的平滑肌细胞亚型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单分子空间转录组成像 | NA | 组织样本 | 140个基因的转录本在新鲜冷冻的TAA样本中分析 |
| 1267 | 2024-08-04 |
Mettl14-mediated m6A modification ensures the cell-cycle progression of late-born retinal progenitor cells
2023-06-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112596
PMID:37269288
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研究论文 | 该文章探讨了Mettl14介导的m6A修饰如何确保晚出生视网膜前体细胞的细胞周期进展 | 该研究揭示了m6A甲基化在调节晚出生视网膜前体细胞细胞周期中的重要作用 | 尚未探讨Mettl14缺失对出生前视网膜发育的其他潜在影响 | 旨在揭示神经前体细胞细胞周期进展的调控机制 | 晚出生的视网膜前体细胞 | 数字病理学 | NA | mA测序，单细胞转录组分析 | NA | mRNA | NA |
| 1268 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics of human-skin-equivalent organoids
2023-05-30, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112511
PMID:37195865
|
研究论文 | 该研究利用单细胞转录组学比较人类皮肤等效类器官和自然皮肤的特征 | 该论文通过重建HSE角质形成细胞的分化轨迹，揭示了HSEs中的独特角质形成细胞状态及其与已知体内分化通路的相似性 | HSEs存在独特的角质形成细胞状态，并且终末分化受损 | 研究人类皮肤等效类器官的生物学特性及其分化过程 | 人类皮肤等效(organoid)培养物、异种移植物和体内表皮 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 1269 | 2024-08-05 |
Monocyte depletion enhances neutrophil influx and proneural to mesenchymal transition in glioblastoma
2023-04-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37361-8
PMID:37012245
|
研究论文 | 本文探讨了单核细胞耗竭如何增强神经元至间充质转变和中性粒细胞的涌入。 | 研究揭示了单核细胞和中性粒细胞在不同肿瘤类型和基因型中的入侵和功能差异，并强调了同时靶向这两类细胞对癌症治疗的重要性 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能限制了结果对人类癌症的直接应用 | 探讨单核细胞耗竭对胶质母细胞瘤中中性粒细胞行为的影响 | 利用CRISPR/Cas9基因编辑生成缺乏单核细胞趋化因子的小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | CRISPR/Cas9基因编辑 | 小鼠模型 | 单细胞RNA测序 | 使用了基因工程小鼠模型，包括PDGFB驱动的胶质母细胞瘤和肝细胞癌的多个样本 |
| 1270 | 2024-08-04 |
Transcriptional activation of Jun and Fos members of the AP-1 complex is a conserved signature of immune aging that contributes to inflammaging
2023-04, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13792
PMID:36840360
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研究论文 | 该文章研究了AP-1复合体中Jun和Fos成员的转录激活在免疫衰老中的作用 | 发现AP-1复合体的转录激活在不同小鼠品系和组织中是一个保守的衰老特征 | 研究主要集中在小鼠模型，可能对人类应用的普遍性有限 | 探索免疫衰老中的转录激活机制及其对慢性炎症的影响 | 长寿和短寿小鼠品系的免疫细胞转录组和表观基因组 | 数字病理学 | 老年疾病 | ATAC-seq、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠的免疫细胞样本 |
| 1271 | 2024-08-05 |
Renal enhanced CT images reveal the tandem mechanism between tumor cells and immunocytes based on bulk/single-cell RNA sequencing
2023-Mar-18, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01011-5
PMID:36933049
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研究论文 | 这篇文章探讨了代谢重编程在透明细胞肾癌中的作用，尤其是谷氨酰胺代谢对肿瘤微环境的影响 | 文章首次揭示了谷氨酰胺代谢在透明细胞肾癌的免疫微环境形成中的关键作用，并构建了有效的影像基因组模型 | 样本主要来源于公开数据库，可能存在选择偏差，且未能全面覆盖不同的肾癌亚型 | 研究透明细胞肾癌中谷氨酰胺代谢的作用及其对肿瘤微环境和免疫细胞浸润的影响 | 涉及539个透明细胞肾癌样本和59个正常样本的数据分析 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | 转录组数据 | 539个透明细胞肾癌样本和59个正常样本 |
| 1272 | 2024-08-04 |
Identifying strengths and weaknesses of methods for computational network inference from single-cell RNA-seq data
2023-03-09, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkad004
PMID:36626328
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研究论文 | 本文对十一种近期的网络推断方法在七个已发布的单细胞RNA测序数据集上的性能进行评估 | 扩展的基准研究评估了不同类型的黄金标准网络和评估指标 | 推断网络准确性的改进方法和更好的黄金标准仍然需要 | 研究不同方法在单细胞RNA测序数据上推断转录基因调控网络的有效性 | 评估十一种方法在不同物种（人类、小鼠和酵母）上处理的scRNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | SCENIC, PIDC, MERLIN, Correlation | 转录组数据 | 七个已发布的数据集 |
| 1273 | 2024-08-04 |
A lamprey neural cell type atlas illuminates the origins of the vertebrate brain
2023-Oct, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-023-02170-1
PMID:37710042
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研究论文 | 这篇文章建立了盲鳗整个大脑的细胞类型图谱，探讨了脊椎动物大脑的起源 | 通过单细胞RNA-seq和在位测序数据，首次系统描绘了盲鳗大脑的细胞和分子起源 | 研究发现了在进化过程中出现的关键组织和细胞类型，可能限制了对所有脊椎动物特征的认识 | 追踪脊椎动物大脑的细胞和分子起源 | 盲鳗这一无颚类物种的整个大脑 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq和在位测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 1274 | 2024-08-05 |
MetaTiME integrates single-cell gene expression to characterize the meta-components of the tumor immune microenvironment
2023-05-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38333-8
PMID:37149682
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研究论文 | MetaTiME整合单细胞基因表达以表征肿瘤免疫微环境的元组成部分 | 本研究开发了一个数据驱动框架MetaTiME，以克服手动标注已知基因标记所导致的分辨率和一致性局限性 | NA | 旨在通过集成多个scRNA-seq数据集来表征肿瘤微环境中的细胞类型和状态 | 使用数百万TME单细胞数据学习与癌症类型相关的独立基因表达组分 | 数字病理学 | 癌症免疫疗法 | 单细胞RNA测序 | 数据驱动模型 | 基因表达数据 | 数百万TME单细胞 |
| 1275 | 2024-08-04 |
Neural cell diversity in the light of single-cell transcriptomics
2023 Jun-Oct, Transcription
DOI:10.1080/21541264.2023.2295044
PMID:38229529
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review | 本文总结了单细胞转录组学如何改变我们对人脑细胞多样性的看法 | 探讨了单细胞转录组学对以前认为同质的细胞类型的重新审视，揭示了性别、年龄和脑部位置等因素的影响 | NA | 介绍单细胞转录组学对神经退行性疾病研究的潜在影响 | 人脑中的细胞多样性及其调控程序 | NA | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1276 | 2024-08-05 |
Pancreatic islet cell type-specific transcriptomic changes during pregnancy and postpartum
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106439
PMID:37020962
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研究论文 | 研究发现孕期及产后胰岛细胞特定的转录组变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了β细胞及其他胰岛细胞在孕期和产后特有的转录特征 | 研究只针对小鼠模型，结果可能不适用于人类 | 理解在孕期和产后胰岛细胞转录变化的驱动因素 | 对处于不同生理阶段的小鼠胰岛细胞进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从处女、小鼠孕晚期及早期产后小鼠的胰岛中获取样本 |
| 1277 | 2024-08-05 |
Aberrant cell state plasticity mediated by developmental reprogramming precedes colorectal cancer initiation
2023-03-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf0927
PMID:36989360
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研究论文 | 该文章探讨了细胞状态可塑性的改变如何在结直肠癌发生之前发挥作用 | 提出了通过再生活性和发育重编程介导的异常细胞状态可塑性在癌症发生前的作用 | 研究主要基于小鼠模型，临床应用需进一步验证 | 研究细胞状态可塑性在结直肠癌发生中的角色 | 基因工程和致癌物诱导的小鼠模型和患者样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因组数据 | 来自小鼠模型的前癌变病变和一个患者的样本 |
| 1278 | 2024-08-05 |
Dysregulated miRNAs modulate tumor microenvironment associated signaling networks in pancreatic ductal adenocarcinoma
2023-Mar, Precision clinical medicine
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/pcmedi/pbad004
PMID:37007745
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研究论文 | 该文章探讨了微调miRNAs在胰腺导管腺癌(Tumor Microenvironment, TME)中的作用 | 本文创新性地重点分析了miRNAs如何影响胰腺导管腺癌微环境的信号网络，并提出了它们作为潜在的诊断和预后生物标志物的应用 | 研究主要集中于PDAC的miRNA表达，限制了对其他癌症类型的比较和理解 | 旨在深入理解miRNAs对胰腺导管腺癌微环境重塑的影响 | 主要研究来自胰腺导管腺癌患者的plasma和肿瘤组织中的miRNAs及其调控的信号通路 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA-seq, miRNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq) | NA | RNA数据 | 在研究中涉及了PDAC患者的plasma和肿瘤组织样本 |
| 1279 | 2024-08-05 |
Cancer cell-derived extracellular vesicles drive pre-metastatic niche formation of lymph node via IFNGR1/JAK1/STAT1-activated-PD-L1 expression on FRCs in head and neck cancer
2023-10, Oral oncology
IF:4.0Q2
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研究论文 | 本研究评估了癌细胞来源的细胞外囊泡（CEVs）调节的成纤维网状细胞（FRCs）在淋巴结（LN）前转移生态位形成中的作用 | 发现癌细胞来源的细胞外囊泡通过IFNGR1/JAK1/STAT1通路促进FRCs上PD-L1的表达，进而导致CD8+ T细胞耗竭 | 本研究仅基于有限的样本数量，需进一步验证 | 评估癌细胞来源的细胞外囊泡在前转移生态位形成中的角色 | 来自20例癌症患者的60个新鲜颈部淋巴结中的FRCs | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序、质谱分析、蛋白质印迹法 | NA | 细胞、蛋白质 | 60个颈部淋巴结样本来自20位患者 |
| 1280 | 2024-08-05 |
Lymphoid tissues contribute to viral clonotypes present in plasma at early post-ATI in SIV-infected rhesus macaques
2023-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.30.542512
PMID:37398418
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研究论文 | 本研究揭示了淋巴组织在抗逆转录病毒治疗干预后早期对血浆中病毒克隆型的贡献 | 通过使用条形码SIVmac239M感染狒狒，监测病毒条形码克隆型的动态，这为减小复发病毒储存库提供了新见解 | 样本量有限，仅涉及七只狒狒，并且在某些情况下血浆病毒RNA仍然低于检测阈值 | 探究抗逆转录病毒治疗干预后，病毒群体的细胞和组织来源以及动态变化 | 感染了SIV的狒狒，具体分析了其血液和多种淋巴及非淋巴组织样本 | 数字病理学 | NA | 条形码测序、完整前病毒DNA检测、单细胞RNA测序、结合CODEX/RNAscope/杂交 | NA | 血液和组织样本 | 七只狒狒 |