单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 1241 - 1260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1241 | 2024-09-21 |
eSPRESSO: topological clustering of single-cell transcriptomics data to reveal informative genes for spatio-temporal architectures of cells
2023-Jun-15, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05355-4
PMID:37322439
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为eSPRESSO的新方法，用于通过单细胞转录组数据进行拓扑聚类，以揭示细胞时空结构中的信息基因 | eSPRESSO方法通过随机自组织映射聚类和马尔可夫链蒙特卡罗计算，能够有效地从转录组数据中重建细胞的时空拓扑结构，并揭示拓扑信息基因 | NA | 研究动物发育过程中基因表达的时空动态，并开发新的计算方法来重建组织结构 | 人类胚胎心脏、小鼠胚胎、大脑、胚胎心脏和肝小叶的细胞时空结构 | 生物信息学 | NA | 随机自组织映射聚类、马尔可夫链蒙特卡罗计算 | NA | 转录组数据 | 人类胚胎心脏、小鼠胚胎、大脑、胚胎心脏和肝小叶的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1242 | 2024-09-21 |
Integration single-cell and bulk RNA-sequencing data to reveal senescence gene expression profiles in heart failure
2023-Jun, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e16214
PMID:37332931
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了心力衰竭中的衰老基因表达谱 | 首次整合单细胞和批量RNA测序数据来研究心力衰竭中的衰老基因表达谱 | 需要进一步研究衰老基因在心力衰竭中的表达模式和分子调控机制 | 揭示衰老在心力衰竭中的作用 | 心力衰竭心脏样本和衰老基因数据 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 心力衰竭心脏样本数据来自Gene Expression Omnibus数据库，衰老基因数据来自CellAge | NA | NA | NA | NA |
| 1243 | 2024-09-21 |
Single-cell RNA sequencing reveals the effects of chemotherapy on human pancreatic adenocarcinoma and its tumor microenvironment
2023-02-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36296-4
PMID:36781852
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了化疗对人类胰腺导管腺癌及其肿瘤微环境的影响 | 首次深入分析了化疗前后胰腺导管腺癌肿瘤微环境的单细胞特征，揭示了化疗对肿瘤细胞和免疫细胞的转录组影响 | 研究样本仅限于化疗前后的新鲜胰腺导管腺癌样本，可能无法全面代表所有患者的情况 | 探讨化疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响及其与免疫治疗抵抗的关系 | 化疗前后的胰腺导管腺癌样本及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 化疗前后的新鲜胰腺导管腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1244 | 2024-09-21 |
From neurodevelopment to neurodegeneration: utilizing human stem cell models to gain insight into Down syndrome
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1198129
PMID:37323671
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综述 | 本文综述了利用人类干细胞模型研究唐氏综合症（DS）的最新进展 | 本文介绍了利用人类干细胞培养方法、基因编辑技术和单细胞转录组学等新技术，为研究复杂神经系统疾病如DS提供了新的视角 | 尽管本文综述了多种新技术，但仍有许多DS的神经学特征的细胞和分子机制尚未完全理解 | 探讨如何利用人类干细胞模型深入理解唐氏综合症的神经发育和神经退行性病变 | 唐氏综合症的神经学特征及其相关器官系统 | 干细胞研究 | 唐氏综合症 | 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1245 | 2024-09-20 |
Revealing spatial multimodal heterogeneity in tissues with SpaTrio
2023-12-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100446
PMID:38116121
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaTrio的计算方法，用于整合单细胞多组学和空间转录组学数据，以揭示组织中的空间多模态异质性 | SpaTrio通过概率对齐技术整合单细胞多组学和空间转录组学数据，能够准确重建空间分布并分析基因调控和细胞间相互作用 | NA | 开发一种计算方法以解决单细胞多组学和空间转录组学技术在捕捉和描绘组织多模态信息方面的局限性 | 单细胞多组学和空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 概率对齐模型 | 多组学数据 | 多个实际数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1246 | 2024-09-20 |
Neuroepithelial organoid patterning is mediated by a neighborhood watch mechanism
2023-11-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113334
PMID:38511989
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研究论文 | 本文研究了神经上皮类器官的图案化机制，提出了一种基于“邻里观察”（NW）机制的细胞命运决定模型 | 开发了一种计算方法来定义图案化的条件，并通过实验验证了模型的预测 | NA | 揭示神经上皮类器官图案化的机制 | 人类神经管类器官 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 计算模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1247 | 2024-09-20 |
scCURE identifies cell types responding to immunotherapy and enables outcome prediction
2023-11-20, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100643
PMID:37989083
|
研究论文 | 开发了一种名为scCURE的方法，用于识别免疫治疗响应和非响应的细胞类型，并预测治疗结果 | 提出了基于单细胞RNA测序数据的新方法scCURE，能够区分免疫治疗干预下受影响和未受影响的细胞 | NA | 深入理解免疫治疗响应和抵抗机制，并开发高度可靠的治疗响应预测模型 | 黑色素瘤和乳腺癌免疫治疗中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及黑色素瘤和乳腺癌的免疫治疗单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 1248 | 2024-09-20 |
Barcoding intracellular reverse transcription enables high-throughput phenotype-coupled T cell receptor analyses
2023-10-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100600
PMID:37776855
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研究论文 | 本文介绍了一种名为INCERTS的新方法，通过细胞内逆转录和荧光激活细胞分选技术，实现高通量表型耦合的T细胞受体分析 | 提出了INCERTS方法，结合分子索引和荧光激活细胞分选技术，显著提高了样本处理量和成本效益 | NA | 开发一种高通量、低成本的方法来分析T细胞受体与细胞表型的关联 | T细胞受体序列与细胞表型的关联，特别是从癌症患者中发现的抗原特异性TCRs | 生物信息学 | 癌症 | 荧光激活细胞分选（FACS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | T细胞受体序列，单细胞RNA数据 | 从28个患者样本中处理了数百万个外周血单核细胞（PBMC） | NA | NA | NA | NA |
| 1249 | 2024-09-20 |
A comprehensive mouse kidney atlas enables rare cell population characterization and robust marker discovery
2023-Jun-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106877
PMID:37275529
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研究论文 | 本文创建了一个全面的成年小鼠肾脏图谱，整合了来自八个独立研究的140,000个细胞和细胞核的单细胞和单核RNA测序数据，以识别和表征罕见的细胞群体及其标记物 | 本文构建了一个层次模型来协调不同数据集的注释，并利用该模型预测了先前缺失的细胞注释，同时识别了难以理解的细胞类型和过渡状态的可重复标记物 | NA | 创建一个全面的成年小鼠肾脏图谱，以识别和表征罕见的细胞群体及其标记物 | 成年小鼠肾脏的细胞群体及其标记物 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 层次模型 | RNA测序数据 | 140,000个细胞和细胞核，来自59个公开的单细胞和单核RNA测序数据集，涉及八个独立研究 | NA | NA | NA | NA |
| 1250 | 2024-09-20 |
microRNA-132 regulates gene expression programs involved in microglial homeostasis
2023-Jun-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106829
PMID:37250784
|
研究论文 | 研究了microRNA-132在调节小胶质细胞稳态中的基因表达程序 | 首次深入分析了miR-132在调节小胶质细胞稳态中的分子途径 | 需要进一步研究miR-132补充对阿尔茨海默病治疗的潜在影响 | 探讨miR-132在阿尔茨海默病中的作用及其对小胶质细胞稳态的影响 | miR-132及其在小胶质细胞稳态中的作用 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学、蛋白质组学和AGO-CLIP数据集 | NA | 基因表达数据 | 小鼠海马体和人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1251 | 2024-09-20 |
A village in a dish model system for population-scale hiPSC studies
2023-06-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38704-1
PMID:37296104
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为“village in a dish”的模型系统，用于大规模hiPSC研究 | 提出了village cultures方法，将多个hiPSC细胞系在同一培养皿中培养和分化，以实现大规模样本量的研究 | NA | 研究DNA等位基因如何影响疾病风险、药物反应和其他人类表型的机制 | hiPSC细胞系及其在不同条件下的基因表达变化 | 细胞生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 数百或数千个hiPSC细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 1252 | 2024-09-20 |
Inhibition of YAP1 activity ameliorates acute lung injury through promotion of M2 macrophage polarization
2023-Jun, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.293
PMID:37287755
|
研究论文 | 研究探讨了YAP1蛋白在急性肺损伤（ALI）中的作用及其通过促进M2巨噬细胞极化来减轻肺损伤的机制 | 揭示了YAP1通过调节M2巨噬细胞极化来减轻急性肺损伤的新机制 | NA | 研究YAP1在急性肺损伤中的作用及其对M1/M2巨噬细胞极化的调控 | YAP1蛋白、M1/M2巨噬细胞极化、急性肺损伤 | NA | 急性肺损伤 | RNA干扰、单细胞RNA测序 | NA | RNA | ALI小鼠、LPS处理的骨髓来源巨噬细胞（BMMs） | NA | NA | NA | NA |
| 1253 | 2024-09-20 |
Cultured Renal Proximal Tubular Epithelial Cells Resemble a Stressed/Damaged Kidney While Supporting BK Virus Infection
2023-05-31, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00343-23
PMID:37166336
|
研究论文 | 研究了培养的肾近端小管上皮细胞在BK病毒感染下的基因表达模式 | 首次比较了原代和永生化肾近端小管上皮细胞在BK病毒感染下的基因表达差异 | 仅限于细胞培养实验，未涉及体内实验 | 探讨BK病毒在肾近端小管上皮细胞中的感染机制 | 原代和永生化肾近端小管上皮细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1254 | 2024-09-20 |
NPM3 as a novel oncogenic factor and poor prognostic marker contributes to cell proliferation and migration in lung adenocarcinoma
2023-May-31, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-023-00289-6
PMID:37254219
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研究论文 | 研究探讨了NPM3在肺腺癌中的表达及其作为致癌因子和预后不良标志物的作用 | 首次揭示了NPM3在肺腺癌中的高表达与不良预后和免疫抑制微环境的关联，并证明了NPM3通过促进细胞增殖和迁移促进肺腺癌进展 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探讨NPM3在肺腺癌肿瘤微环境中的表达和功能 | NPM3在肺腺癌中的表达及其对细胞增殖和迁移的影响 | 数字病理学 | 肺癌 | 生物信息学工具、单细胞测序、siRNA敲低 | NA | 基因表达数据、单细胞数据 | 包括NCI-H1299和SPC-A1细胞在内的多个肺腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1255 | 2024-09-20 |
Single-cell technologies in multiple myeloma: new insights into disease pathogenesis and translational implications
2023-May-31, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-023-00502-8
PMID:37259170
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在多发性骨髓瘤中的应用及其对疾病发病机制和转化医学的影响 | 单细胞测序技术揭示了多发性骨髓瘤的细胞和分子景观，改变了我们对肿瘤间和肿瘤内异质性、肿瘤微环境和治疗抵抗机制的理解 | NA | 总结单细胞测序方法在多发性骨髓瘤研究中的最新进展，并讨论其在临床转化中的未来方向 | 多发性骨髓瘤的细胞和分子景观、肿瘤异质性、治疗反应和抵抗的机制及生物标志物 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1256 | 2024-09-20 |
Emergence of division of labor in tissues through cell interactions and spatial cues
2023-05-30, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112412
PMID:37086403
|
研究论文 | 本文开发了一个计算框架，研究细胞类型群体中劳动分工的机制 | 提出了一个方法来构建专家细胞之间的配体-受体网络，并使用单细胞RNA测序和空间转录组学数据推断劳动分工机制 | NA | 研究细胞类型群体中劳动分工的机制 | 细胞类型群体中的劳动分工 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 (RNA-seq) 和空间转录组学 | 计算框架 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1257 | 2024-09-20 |
Multimodal single cell analysis infers widespread enhancer co-activity in a lymphoblastoid cell line
2023-05-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04954-4
PMID:37237005
|
研究论文 | 本文利用单细胞技术分析了淋巴母细胞系中增强子的共活性 | 首次在单细胞水平上研究了增强子对同一基因的共活性，并预测了增强子之间的关联 | 研究仅基于单一细胞系，预测的增强子关联需要进一步的功能验证 | 探究增强子在基因表达调控中的共活性模式 | 人类淋巴母细胞系中的增强子和基因表达 | 基因组学 | NA | 单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据和染色质状态数据 | 24,844个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1258 | 2024-09-20 |
Subcellular spatially resolved gene neighborhood networks in single cells
2023-05-22, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100476
PMID:37323566
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于分析亚细胞基因邻近关系的空间解析基因邻域网络（spaGNN）管道 | 提出了一种新的空间解析基因邻域网络（spaGNN）方法，用于分析亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系 | NA | 开发一种新的方法来分析亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系，并展示其在细胞类型分类任务中的应用 | 亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系 | 数字病理学 | NA | 荧光原位杂交（FISH） | 机器学习 | 图像 | 使用了成纤维细胞、U2-OS细胞和间充质干细胞（MSCs）的FISH数据 | NA | NA | NA | NA |
| 1259 | 2024-09-20 |
Deciphering tumor ecosystems at super resolution from spatial transcriptomics with TESLA
2023-05-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.03.008
PMID:37164011
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TESLA的机器学习框架，用于在空间转录组学中以像素级分辨率进行组织注释 | TESLA整合了组织学信息和基因表达，直接在组织学图像上注释异质性免疫和肿瘤细胞，并检测独特的肿瘤微环境特征，如三级淋巴结构 | 本文主要展示了TESLA在癌症中的应用，未详细探讨其在其他疾病中的应用 | 开发一种能够以高分辨率解析肿瘤微环境的空间转录组学方法 | 肿瘤微环境中的细胞群体及其丰度、组成和空间位置 | 机器学习 | 癌症 | 空间转录组学 | 机器学习框架 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1260 | 2024-09-20 |
Applying causal discovery to single-cell analyses using CausalCell
2023-05-02, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81464
PMID:37129360
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研究论文 | 本文介绍了CausalCell工作流程和平台，用于在单细胞分析中应用因果发现 | 开发了CausalCell平台，通过基准测试四种因果发现方法，并分析多个单细胞RNA测序数据集，提出在大多数情况下基于约束的PC算法与基于核的条件独立性测试效果最佳 | 评估和选择因果发现方法以及开发和执行适当的工作流程仍然存在挑战 | 将因果发现应用于单细胞分析，以解决科学问题中的因果关系 | 单细胞RNA测序数据中的因果交互 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PC算法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |