单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5350 篇文献，本页显示第 1241 - 1260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1241 | 2024-09-11 |
A distinct human cell type expressing MHCII and RORγt with dual characteristics of dendritic cells and type 3 innate lymphoid cells
2023-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2318710120
PMID:38109523
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序，鉴定了一种表达MHCII和RORγt的罕见人类细胞亚群，具有树突状细胞和第3型先天淋巴细胞的双重特征 | 首次在人类中发现了一种具有树突状细胞和第3型先天淋巴细胞双重特征的RORγt细胞亚群，并命名为RORγt DC-like细胞 | 本文主要集中在体外实验，尚未深入探讨这些细胞在体内的功能和影响 | 鉴定和描述一种新型的人类细胞亚群，并探讨其在免疫稳态、炎症和自身免疫中的潜在作用 | 表达MHCII和RORγt的罕见人类细胞亚群 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1242 | 2024-09-11 |
Massively parallel base editing to map variant effects in human hematopoiesis
2023-05-25, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.03.035
PMID:37137305
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研究论文 | 本文介绍了在人类造血干细胞和祖细胞中进行大规模并行碱基编辑筛选的方法 | 开发了适用于血液和免疫细胞等原代细胞的大规模并行碱基编辑筛选方法 | NA | 系统评估遗传变异对人类生理和疾病的影响 | 人类造血干细胞和祖细胞 | 基因工程 | 血液疾病 | 碱基编辑 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1243 | 2024-09-11 |
Subclonal evolution and expansion of spatially distinct THY1-positive cells is associated with recurrence in glioblastoma
2023-02, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2022.100872
PMID:36621024
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研究论文 | 研究揭示了胶质母细胞瘤复发与THY1阳性细胞的亚克隆进化和空间扩展之间的关系 | 首次揭示了THY1阳性细胞在胶质母细胞瘤复发中的作用，并提出了通过抑制TGFBRI活性来恢复对治疗的敏感性的新策略 | 研究主要基于小鼠模型和临床数据库分析，需要进一步的临床试验验证 | 探讨胶质母细胞瘤复发相关的分子机制，寻找新的治疗机会 | 胶质母细胞瘤患者样本和复发模型 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个患者样本和复发模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1244 | 2024-09-11 |
Alternative normalization and analysis pipeline to address systematic bias in NanoString GeoMx Digital Spatial Profiling data
2023-Jan-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105760
PMID:36590163
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研究论文 | 本文评估了NanoString GeoMx数字空间分析平台的数据质量，并提出了替代的归一化和分析流程以解决系统性偏差 | 提出了基于分位数归一化的替代方法，有效解决了NanoString GeoMx DSP数据中的技术问题 | NanoString DSP数据与批量RNA测序相比，动态范围有限，低估了条件间的差异 | 评估NanoString GeoMx数字空间分析平台的数据质量，并提出改进的归一化和分析方法 | 72个感兴趣区域（ROI）来自12个胶质瘤样本，以及8个样本的重复实验和5个外部数据集 | 数字病理 | 脑肿瘤 | NanoString GeoMx数字空间分析 | NA | RNA表达数据 | 72个感兴趣区域（ROI）来自12个胶质瘤样本，8个样本的重复实验，5个外部数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1245 | 2024-09-11 |
Deciphering postnatal limb development at single-cell resolution
2023-Jan-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105808
PMID:36619982
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，描绘了小鼠后肢在四个产后阶段的发育图谱 | 首次系统性地描绘了产后肢体发育的单细胞图谱，并发现了关节软骨和附着点中的候选前体亚群 | 研究仅限于小鼠后肢，且样本量相对有限 | 揭示产后肢体发育的细胞异质性和关键调控机制 | 小鼠后肢的单细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 19,952个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1246 | 2024-09-11 |
Technology meets TILs: Deciphering T cell function in the -omics era
2023-01-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.011
PMID:36206755
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研究论文 | 本文讨论了在-omics时代利用新技术解码T细胞功能的机会与挑战 | 本文结合单细胞RNA测序和高维流式细胞术等多维分析平台，揭示了肿瘤浸润免疫细胞在单个肿瘤、不同肿瘤类型及个体间的显著异质性 | 本文主要关注高维研究中CD8 T细胞在肿瘤微环境中的解释机会与局限性 | 探讨利用-omics技术研究复杂肿瘤微环境的机会与挑战 | T细胞功能及肿瘤微环境中的CD8 T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、高维流式细胞术 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1247 | 2024-09-11 |
The STRING database in 2023: protein-protein association networks and functional enrichment analyses for any sequenced genome of interest
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1000
PMID:36370105
|
研究论文 | 本文介绍了STRING数据库在2023年的更新，重点在于蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能富集分析，适用于任何感兴趣的测序基因组 | 引入了变分自编码器来预测共表达通道中的相互作用，并增加了单细胞RNA-seq和实验蛋白质组数据作为新来源；改进了实验性相互作用的置信度估计 | NA | 系统地收集和整合蛋白质-蛋白质相互作用信息，并提供功能富集分析工具 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能富集分析 | 生物信息学 | NA | 变分自编码器 | 变分自编码器 | 蛋白质相互作用数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1248 | 2024-09-11 |
HUSCH: an integrated single-cell transcriptome atlas for human tissue gene expression visualization and analyses
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1001
PMID:36318258
|
研究论文 | 本文介绍了HUSCH，一个集成的人类组织单细胞转录组图谱数据库，用于基因表达的可视化和分析 | HUSCH整合了近300万个细胞的单细胞转录组数据，提供了跨多个来源和平台的基因表达综合可视化和分析功能 | NA | 研究不同人类细胞类型的基因表达模式，以探索细胞类型分化、疾病发生和进展的机制 | 人类组织的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 近300万个细胞，来自185个高质量的人类scRNA-seq数据集，涵盖45种不同组织 | NA | NA | NA | NA |
| 1249 | 2024-09-11 |
SPEED: Single-cell Pan-species atlas in the light of Ecology and Evolution for Development and Diseases
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac930
PMID:36305818
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为SPEED的新数据库，用于整合和展示来自多种物种和组织的单细胞数据 | SPEED数据库整合了来自127个物种的单细胞测序数据，并提供了多种分析模块，包括进化、发育和疾病相关的数据分析 | NA | 开发一个集成平台，用于整合和分析多物种的单细胞数据，以深入挖掘细胞、组织和物种之间的异质性 | 单细胞RNA测序和单细胞全基因组测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞全基因组测序（scWGS） | NA | 单细胞数据 | 127个物种的单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 1250 | 2024-09-11 |
ImmCluster: an ensemble resource for immunology cell type clustering and annotations in normal and cancerous tissues
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac922
PMID:36271790
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研究论文 | 介绍了一个名为ImmCluster的资源，用于免疫细胞类型的聚类和注释，特别是在正常和癌变组织中 | 整合了来自九种健康组织和17种癌症类型的超过100万免疫细胞数据，并开发了一种集成方法以提供比单个方法更一致的细胞聚类 | NA | 开发一个资源用于免疫细胞类型的聚类和注释，特别是在癌症微环境中 | 免疫细胞的聚类和注释 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞转录组测序 | 集成方法 | 基因表达数据 | 超过100万免疫细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1251 | 2024-09-11 |
Single-cell multi-omics integration for unpaired data by a siamese network with graph-based contrastive loss
2023-Jan-04, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-05126-7
PMID:36600199
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研究论文 | 本文提出了一种基于孪生网络和图对比损失的单细胞多组学数据整合方法MinNet | MinNet是一种新颖的深度学习框架，用于单细胞多组学测序数据的整合，在基准测试中表现优异，特别适用于整合具有批次和生物变异的数据集 | NA | 研究目的是开发一种能够有效整合不同模态单细胞组学数据的方法 | 研究对象包括scRNA-seq、scATAC-seq和抗原数据 | 机器学习 | NA | 单细胞多组学测序 | 孪生网络 | 单细胞数据 | 涉及多个基准数据集和COVID-19数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1252 | 2024-09-11 |
Liver-resident CD8+ T cells in viral hepatitis: not always good guys
2023-01-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI165033
PMID:36594469
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研究论文 | 研究了在慢性HBV感染中，非特异性CD8+ T细胞对肝脏免疫病理的影响 | 应用肝穿刺活检和单细胞RNA测序技术，定义了一组与肝脏损伤相关的非病毒特异性CD8+ T细胞 | 非特异性旁观者CD8+ T细胞的确切性质仍未明确 | 探讨HBV特异性CD8+ T细胞在病毒控制中的作用及其在持续感染中的失败机制 | HBV特异性CD8+ T细胞和非特异性旁观者CD8+ T细胞 | 免疫学 | 肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1253 | 2024-09-11 |
The heterogeneity of cellular senescence: insights at the single-cell level
2023-01, Trends in cell biology
IF:13.0Q1
DOI:10.1016/j.tcb.2022.04.011
PMID:35599179
|
综述 | 本文综述了细胞衰老的异质性，并强调了在单细胞水平上研究衰老细胞的重要性 | 本文介绍了通过单细胞RNA测序和单核RNA测序等高通量技术在单细胞水平上研究衰老细胞的新方法 | NA | 探讨细胞衰老的异质性及其在衰老和病理条件中的作用 | 衰老细胞及其在不同细胞类型和组织中的异质性 | NA | NA | 单细胞RNA测序、单核RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1254 | 2024-09-10 |
SARS-CoV-2 niches in human placenta revealed by spatial transcriptomics
2023-09-08, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2023.06.003
PMID:37423216
|
研究论文 | 研究利用空间转录组学揭示了SARS-CoV-2在人类胎盘中的微环境 | 首次利用空间转录组学技术生成高分辨率的胎盘转录图谱，揭示了SARS-CoV-2在胎盘微环境中的动态响应 | 样本量较小，仅包括少数健康对照和COVID-19感染者 | 探究SARS-CoV-2在人类胎盘中的微环境及其对胎盘功能的影响 | 人类胎盘中的SARS-CoV-2感染及其转录组变化 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组 | 13个胎盘样本，包括4个健康对照、4个无症状感染者和5个有症状感染者 | NA | NA | NA | NA |
| 1255 | 2024-09-10 |
Durable alveolar engraftment of PSC-derived lung epithelial cells into immunocompetent mice
2023-09-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.07.016
PMID:37625412
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研究论文 | 本文研究了多能干细胞衍生的肺上皮细胞在免疫活性小鼠中的持久植入 | 首次实现了多能干细胞衍生的肺上皮祖细胞在免疫活性小鼠中的持久植入，并展示了其在肺损伤修复中的潜力 | NA | 探索多能干细胞衍生的肺上皮细胞在肺损伤修复中的应用 | 多能干细胞衍生的肺上皮祖细胞在免疫活性小鼠中的植入和成熟 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1256 | 2024-09-10 |
SOX2-positive retinal stem cells are identified in adult human pars plicata by single-cell transcriptomic analyses
2023-Feb, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.198
PMID:36582303
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析在成人人类睫状体区（pars plicata）中鉴定出SOX2阳性视网膜干细胞 | 首次通过单细胞RNA测序技术在成人人类睫状体区中鉴定出SOX2阳性视网膜干细胞，并验证了其增殖和分化潜力 | 研究仅限于成人人类睫状体区，未涉及其他眼部区域或不同年龄段 | 探索成人人类眼部组织中是否存在内源性视网膜干细胞，并评估其治疗视网膜疾病的潜力 | 成人人类睫状体区、睫状体平坦部、视网膜色素上皮、虹膜和神经视网膜中的细胞异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 成人人类眼部组织的多个亚区域 | NA | NA | NA | NA |
| 1257 | 2024-09-10 |
Pevonedistat, a Nedd8-activating enzyme inhibitor, in combination with ibrutinib in patients with relapsed/refractory B-cell non-Hodgkin lymphoma
2023-01-11, Blood cancer journal
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41408-022-00763-w
PMID:36631449
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研究论文 | 研究了Pevonedistat（一种Nedd8激活酶抑制剂）与Ibrutinib联合治疗复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病的安全性与初步疗效 | 首次评估了Pevonedistat与Ibrutinib联合治疗的安全性和初步疗效，并使用scRNA-Seq分析了Pevonedistat对NFκB信号通路的下调作用 | 研究样本量较小，且仅限于复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病患者 | 评估Pevonedistat与Ibrutinib联合治疗的安全性和初步疗效 | 复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病患者 | NA | 非霍奇金淋巴瘤 | scRNA-Seq | NA | NA | 18名患者，包括8名套细胞淋巴瘤患者和4名慢性淋巴细胞白血病患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1258 | 2024-09-10 |
Protocol for Classification Single-Cell PBMC Types from Pathological Samples Using Supervised Machine Learning
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3239-0_4
PMID:37258906
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研究论文 | 本文描述了一种使用监督机器学习方法对来自病理样本的单细胞PBMC类型进行分类的协议 | 本文提出了一种使用监督机器学习方法对单细胞转录组数据进行分类的新协议，相比传统的无监督聚类或结合无监督和监督方法的手动校正，该方法具有更高的准确性和效率 | 本文的示例主要集中在10× Genomics技术上，尽管适用于其他单细胞转录组平台的数据，但可能需要针对不同平台进行调整 | 开发一种高效准确的监督机器学习方法，用于对病理样本中的单细胞PBMC类型进行分类 | 单细胞外周血单核细胞（PBMC）及其在病理状态下的分类 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学（SCT） | 监督机器学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1259 | 2024-09-10 |
Concordance of MERFISH spatial transcriptomics with bulk and single-cell RNA sequencing
2023-01, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202201701
PMID:36526371
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研究论文 | 本文比较了MERFISH空间转录组学与bulk和单细胞RNA测序的一致性 | MERFISH技术在单细胞分辨率下直接将单细胞身份映射到空间位置，并能独立解析不同的细胞类型和空间结构 | 计算整合Tabula Muris Senis图谱并未增强MERFISH的结果 | 评估MERFISH空间转录组学与bulk和单细胞RNA测序的一致性 | 小鼠肝脏和肾脏的细胞类型和空间结构 | 空间转录组学 | NA | MERFISH | NA | RNA | 小鼠肝脏和肾脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1260 | 2024-09-08 |
Single-cell transcriptomics supports presence of cryptic species and reveals low levels of population genetic diversity in two testate amoebae morphospecies with large population sizes
2023-11-02, Evolution; international journal of organic evolution
DOI:10.1093/evolut/qpad158
PMID:37672006
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研究论文 | 研究分析了两种形态种的单细胞转录组数据，评估了其种群遗传多样性 | 首次使用单细胞转录组数据研究不可培养的异养原生生物的种群遗传学，揭示了隐秘物种的存在 | 研究样本仅来自新英格兰沼泽，可能无法代表所有种群 | 评估两种形态种的种群遗传多样性，揭示隐秘物种的存在 | 两种形态种的单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 72个单细胞转录组数据，来自两种形态种 | NA | NA | NA | NA |