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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1241 | 2024-08-05 |
Anatomical Diversity of the Adult Corticospinal Tract Revealed by Single-Cell Transcriptional Profiling
2023-11-22, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0811-22.2023
PMID:37748862
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研究论文 | 文章通过单细胞转录组分析揭示了成人皮质脊髓束的解剖多样性 | 首次通过结合脊髓逆行追踪与单细胞RNA测序的方式,详细索引了不同类型的皮质脊髓神经元 | 当前对皮质脊髓束的修复策略仍不理想,部分原因是对分子异质性了解不够全面 | 研究皮质脊髓神经元的亚型及其在运动皮层中的分布模式 | 成年小鼠的皮质脊髓神经元亚型 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 成年小鼠(男女各一) |
1242 | 2024-08-05 |
IL-1β inhibition partially negates the beneficial effects of diet-induced lipid lowering
2023-Oct-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.13.562255
PMID:37873280
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研究论文 | 本研究探讨了IL-1β抑制对饮食诱导的脂质降低效果的部分抵消作用 | 研究揭示了IL-1β在饮食诱导的斑块负担减少和斑块稳定性提高中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,可能无法完全适用于人类 | 探讨饮食改变对动脉粥样硬化病变的影响及其机制 | 采用Apoe-/-小鼠作为研究对象,以分析饮食对动脉粥样硬化病变的影响 | 医学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, CyTOF, 免疫染色, 高分辨率共聚焦显微镜z堆叠分析 | NA | 组织样本 | Apoe-/-小鼠,18周喂养西方饮食后切换到低脂饮食 |
1243 | 2024-08-04 |
Single-cell and spatial transcriptomics identify a macrophage population associated with skeletal muscle fibrosis
2023-07-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add9984
PMID:37418531
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研究论文 | 该文章研究了与骨骼肌纤维化相关的巨噬细胞群体 | 通过单细胞转录组分析,揭示了骨骼肌巨噬细胞的新型转录程序和其在肌肉病中的作用 | 未详细讨论巨噬细胞在不同类型肌病中的具体功能 | 探讨巨噬细胞在肌肉疾病发展中作用机制 | 骨骼肌中的健康和病变的巨噬细胞 | 数字病理学 | 肌肉萎缩症 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 发现六个巨噬细胞群体,涉及不同的肌肉病变样本 |
1244 | 2024-08-04 |
Nextflow Pipeline for Visium and H&E Data from Patient-Derived Xenograft Samples
2023-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.27.550727
PMID:37546876
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研究论文 | 我们开发了一个自动化数据处理流程,以量化来自患者衍生异种移植样本的鼠和人数据 | 该文章的创新点在于设计了一个基于Nextflow DSL2的流程,首次组合了空间转录组学数据和对应的H&E染色全序列图像的数据处理 | 文章未提及具体的局限性 | 本研究旨在优化对患者衍生异种移植癌症标本的空间转录组学数据和H&E图像的同时处理 | 研究对象为来自四个黑色素瘤患者衍生异种移植样本的数据集 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学和H&E染色成像 | NA | 图像和基因表达数据 | 四个黑色素瘤患者衍生异种移植样本 |
1245 | 2024-08-05 |
Probe-based bacterial single-cell RNA sequencing predicts toxin regulation
2023-05, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-023-01348-4
PMID:37012420
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研究论文 | 本研究开发了一种基于探针的细菌单细胞RNA测序方法,以研究细菌的转录变异性 | 创新点在于开发了ProBac-seq方法,利用DNA探针库和现有的商业微流体平台进行细菌单细胞RNA测序 | 尚未提及具体的局限性 | 研究细菌在单细胞水平的转录变异性和相关性 | 研究对象包括拟杆菌和大肠杆菌,以及在病原过程中应用于梭状芽孢杆菌 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 每次实验测序数千个个体细菌细胞 |
1246 | 2024-08-05 |
Preparation of Drosophila Ovarioles for Single-Cell RNA Sequencing
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2970-3_17
PMID:36715913
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研究论文 | 本文描述了为单细胞RNA测序准备果蝇卵巢的过程 | 提出了一种新的孤立和准备果蝇卵巢以进行单细胞RNA测序的协议 | 研究主要集中在建立方法上,未涉及具体的生物学发现 | 旨在提高果蝇卵巢单细胞RNA测序的准备效率 | 果蝇卵巢细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
1247 | 2024-08-04 |
TIMP1 is an early biomarker for detection and prognosis of lung cancer
2023-10, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1391
PMID:37759102
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研究论文 | 本文研究了TIMP1作为肺癌早期生物标志物的潜力 | 首次将TIMP1确定为肺癌早期生物标志物,并验证其在临床样本中的有效性 | 研究主要依赖于小鼠模型和已公开的数据,可能需要更大范围的人类临床验证 | 确定TIMP1在肺癌早期检测和预后中的作用 | KrasG12D/+; Lkb1f/f小鼠模型及肺癌患者的血浆样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组织化学(IHC)、单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | 小鼠模型 | 血浆、肿瘤组织 | 包含小鼠模型与临床样本 |
1248 | 2024-08-05 |
ScRNA-seq revealed an immunosuppression state and tumor microenvironment heterogeneity related to lymph node metastasis in prostate cancer
2023-May-23, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-023-00407-0
PMID:37221625
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研究论文 | 本研究使用scRNA-seq分析前列腺癌的肿瘤微环境异质性与淋巴结转移相关的免疫抑制状态 | 本研究揭示了MYC途径在前列腺癌进展和肿瘤微环境免疫抑制中的作用 | 样本数量较少,可能影响研究结果的普遍性 | 探索前列腺癌淋巴结转移的机制 | 前列腺癌组织样本中的细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | scRNA-seq | NA | 细胞数据 | 32,766个细胞来自四个前列腺癌组织样本 |
1249 | 2024-08-04 |
Spatial mapping of the total transcriptome by in situ polyadenylation
2023-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01517-6
PMID:36329320
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研究论文 | 本文展示了一种酶促原位多腺苷酸化RNA的方法,以便检测全范围的RNA。 | 文章首次扩展了基于测序的空间转录组学,能够捕获所有类型的RNA,包括编码RNA、非编码RNA和病毒RNA。 | NA | 研究空间转录组学方法,以捕捉全转录组信息。 | 本文应用空间总RNA测序方法研究骨骼肌再生和病毒诱导的心肌炎。 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | NA |
1250 | 2024-08-05 |
Immature natural killer cells promote progression of triple-negative breast cancer
2023-03-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abl4414
PMID:36888695
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研究论文 | 这篇文章研究了不成熟的自然杀伤细胞在三阴性乳腺癌进展中的作用 | 识别了一种仅存在于三阴性乳腺癌样本中的不成熟NK细胞亚群,且其促进肿瘤进展的机制新颖 | 研究主要在小鼠模型中进行,临床转化需要进一步的验证 | 探讨自然杀伤细胞在三阴性乳腺癌中的潜在作用及机制 | 以多种三阴性乳腺癌和基底肿瘤样本为研究对象 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 样本 | 多个三阴性乳腺癌和基底肿瘤样本 |
1251 | 2024-08-05 |
tauFisher accurately predicts circadian time from a single sample of bulk and single-cell transcriptomic data
2023-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.04.535473
PMID:37066246
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研究论文 | 本文介绍了tauFisher,这是一种能从单个转录组样本中准确预测生物钟时间的计算管道 | tauFisher通过寻找样本中节律基因之间的相关性,提供了一种新的方法来预测生物钟时间 | 未提及具体的局限性 | 本研究旨在提高对生物钟时间的预测,以促进生物钟医学和研究 | 研究对象是来自多个组织类型和实验设置的转录组数据 | 计算生物学 | NA | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 使用了来自多个组织类型的单个样本 |
1252 | 2024-08-05 |
Dendritic Cell Vaccination in Conjunction with a TLR Agonist Polarizes Interferon Immune Responses in Malignant Glioma Patients
2023-Sep-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3287211/v1
PMID:37790490
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研究论文 | 该研究探讨了自体肿瘤溶解物脉冲树突细胞疫苗联合TLR激动剂的免疫疗法在恶性胶质瘤患者中的应用 | 创新点在于首次展示了ATL-DC与TLR激动剂联合使用能够诱导肿瘤患者的干扰素免疫反应的差异 | 研究样本量较小,仅限于23名患者,可能影响结果的普遍适用性 | 研究ATL-DC疫苗与TLR激动剂的最佳组合,评估其对高等级胶质瘤患者的免疫反应影响 | 研究对象为新诊断或复发的WHO三级和四级恶性胶质瘤患者 | 数字病理 | 恶性胶质瘤 | bulk RNAseq和cyTOF分析 | NA | 基因表达数据 | 23名恶性胶质瘤患者 |
1253 | 2024-08-05 |
WNT signaling in the tumor microenvironment promotes immunosuppression in murine pancreatic cancer
2023-01-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20220503
PMID:36239683
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研究论文 | 研究了WNT信号传导在小鼠胰腺癌肿瘤微环境中的作用。 | 首次探讨了WNT信号传导如何调控胰腺癌的肿瘤微环境。 | WNT信号抑制由于毒性限制了治疗窗口,而PD-L1阻断在胰腺癌中无效。 | 探讨WNT信号在胰腺癌免疫微环境中的作用和潜在的治疗策略。 | 胰腺导管腺癌(PDA)和小鼠模型中的T细胞。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA数据 | 使用小鼠模型进行实验,具体样本量未说明 |
1254 | 2024-08-05 |
Role of Matrix Gla Protein in Transforming Growth Factor-β Signaling and Nonalcoholic Steatohepatitis in Mice
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.08.007
PMID:37611662
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研究论文 | 本文分析了基因在非酒精性脂肪性肝炎(NASH)中作用的关键因子,即基质Gla蛋白(MGP) | 提出MGP在肝纤维化和TGF-β信号传导中的调控作用,是NASH病理机制的新见解 | 研究主要基于小鼠模型,可能无法完全泛化到人类疾病中 | 探讨MGP在非酒精性脂肪性肝炎发病机制中的作用 | 使用基因多样性小鼠群体分析NASH表型及其相关基因 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因组数据,转录组数据,表型数据 | 使用的样本包括多种小鼠模型和人类患者的肝组织 |
1255 | 2024-08-05 |
Intratumoral Microbiota Composition Regulates Chemoimmunotherapy Response in Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2023-09-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-2593
PMID:37433041
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤内微生物组对食管鳞状细胞癌患者接受新辅助化疗免疫治疗的反应的影响 | 该研究揭示了肿瘤内微生物组成可以预测新辅助化疗免疫治疗的治疗效果,且Streptococcus的丰富度与肿瘤微环境中CD8+ T细胞的浸润正相关 | 该研究可能缺乏大规模临床验证,且未探讨其他微生物对治疗反应的影响 | 研究肿瘤内微生物组对食管鳞状细胞癌患者化疗免疫治疗反应的影响 | 食管鳞状细胞癌患者及其肿瘤内微生物组 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 生物样本(肿瘤组织) | NA |
1256 | 2024-08-04 |
Integrated regulatory and metabolic networks of the tumor microenvironment for therapeutic target prioritization
2023-01-01, Statistical applications in genetics and molecular biology
IF:0.8Q3
DOI:10.1515/sagmb-2022-0054
PMID:37988745
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研究论文 | 本研究开发了一种整合基因调控网络和代谢网络的方法以指导治疗目标优先排序 | 提出了一种整合基于约束的代谢模型与概率基因调控网络的方法,使得可以通过贝叶斯网络进行细胞特异性变化的预测 | 对这两种模型的整合研究仍然有限,且可能不适用于所有类型的细胞和疾病 | 旨在提高基因组发现到临床决策的转化效率 | 关注胶质母细胞瘤脑肿瘤的单细胞测序数据 | 计算生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞测序 | 贝叶斯网络 | 基因组数据 | NA |
1257 | 2024-08-05 |
Disruption of cholangiocyte-B cell crosstalk by blocking the CXCL12-CXCR4 axis alleviates liver fibrosis
2023-Nov-27, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-05032-y
PMID:38010435
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研究论文 | 本研究探讨了阻断CXCL12-CXCR4轴如何通过破坏胆管细胞与B细胞的相互作用来减轻肝纤维化 | 提出了通过干扰胆管细胞和B细胞之间的通讯来减轻肝纤维化的新机制 | 未评估其他潜在的机制或临床应用环境 | 研究B细胞在肝纤维化中的作用及干预策略 | 以小鼠模型为基础,分析了B细胞和胆管细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | RNA序列 | 使用小鼠模型进行实验 |
1258 | 2024-08-05 |
NMDAR antagonists suppress tumor progression by regulating tumor-associated macrophages
2023-Nov-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302126120
PMID:37967215
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研究论文 | 这篇文章探讨了NMDAR在肿瘤微环境中对巨噬细胞的调节作用 | 揭示了NMDAR在肝细胞肉瘤和纤维肉瘤微环境中调节肿瘤相关巨噬细胞的全新作用 | 未明确提及研究的具体局限性 | 研究NMDAR在抗肿瘤免疫中对肿瘤相关巨噬细胞的影响 | 肝细胞肉瘤和纤维肉瘤中的肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 主要涉及肝细胞肉瘤和纤维肉瘤的预临床肿瘤 |
1259 | 2024-08-05 |
Mammalian esophageal stratified tissue homeostasis is maintained distinctively by the epithelial pluripotent p63+Sox2+ and p63-Sox2+ cell populations
2023-Sep-26, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-04952-z
PMID:37752383
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研究论文 | 研究了哺乳动物食管上皮组织的自我更新及其稳态调控机制 | 揭示了p63和Sox2依赖的细胞谱系在维持食管组织稳态中的独特作用 | 未能在食管鳞状细胞癌细胞系形成的类器官中检测到p63Sox2细胞群 | 探讨哺乳动物食管鳞状上皮组织的稳态以及相关的调控机制 | 通过建立大鼠食管类器官体外系统,研究食管上皮细胞群的特性 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 使用了大鼠食管类器官的多个细胞群 |
1260 | 2024-08-05 |
Transcriptomic landscape reveals germline potential of porcine skin-derived multipotent dermal fibroblast progenitors
2023-Jul-22, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-04869-7
PMID:37480481
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研究论文 | 本研究揭示了猪皮肤来源的多能成纤维母细胞前体的转录组特征及其潜在生殖功能 | 本研究发现猪皮肤来源干细胞(SDSCs)主要源于多能成纤维母细胞前体(MDFPs),并展示了其分化为原始生殖细胞样细胞(PGCLCs)的多能性和转录调控机制 | 尚未讨论SDSCs的细胞起源及其在体外分化成PGCLCs过程中的动态转录特征 | 探讨猪皮肤来源干细胞在不育治疗中的潜在应用 | 研究对象为猪皮肤来源干细胞及其分化过程 | 再生医学 | 不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |