单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-07	Spatial transcriptomics deconvolution at single-cell resolution using Redeconve 2023-12-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43600-9 PMID:38040768	研究论文	介绍了一种名为Redeconve的算法，用于在单细胞分辨率下解卷积空间转录组数据	Redeconve算法能够在单细胞分辨率下解卷积空间转录组数据，揭示数千种细微细胞状态	NA	提高空间转录组数据的解卷积分辨率和准确性	空间转录组数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序	Redeconve算法	空间转录组数据	多种空间转录组平台和数据集，包括人类胰腺癌数据集和淋巴结样本
102	2025-05-07	Preventing recurrence in Sonic Hedgehog Subgroup Medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179 2023-Jun-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2949436/v1 PMID:37333134	research paper	研究使用OLIG2抑制剂CT-179预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发的潜力	首次证明CT-179通过破坏OLIG2二聚化、DNA结合和磷酸化，增加肿瘤细胞分化和凋亡，从而减少复发	研究中发现的CDK4上调可能导致CT-179耐药性，需要联合CDK4/6抑制剂	探索预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发的新方法	Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤患者来源的类器官、异种移植肿瘤和基因工程小鼠	肿瘤学	髓母细胞瘤	scRNA-seq	GEMM和PDX模型	转录组数据	患者来源的类器官、异种移植肿瘤和基因工程小鼠
103	2025-05-07	Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534442 PMID:37034703	研究论文	介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，用于量化单细胞中磷酸化蛋白的动态变化，并将其与基因调控元件和转录目标联系起来	开发了一种简化的实验台抗体偶联方法，用于创建大规模定制抗体面板，实现蛋白质和scATAC-seq的同时分析，并通过桥接整合与scRNA-seq数据集结合	NA	旨在量化细胞内和核内磷酸化蛋白的动态变化，并探索其与基因调控和转录目标的关系	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官	单细胞测序技术	NA	Phospho-seq, scATAC-seq, scRNA-seq	NA	蛋白质组学数据、表观遗传学数据和转录组数据	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官
104	2025-05-03	Circadian regulation of lung repair and regeneration 2023-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.164720 PMID:37463053	研究论文	探讨生物钟对肺修复和再生的调控作用及其机制	首次揭示了生物钟通过不同途径调控肺再生，并提出将生物钟维度纳入肺修复治疗的新思路	未明确生物钟调控肺再生的具体分子机制	研究生物钟在肺修复和再生中的作用	肺器官样体、气管细胞、肺泡上皮细胞	生物医学	呼吸道感染	单细胞RNA测序、器官样体培养	生物钟紊乱模型	基因表达数据、临床数据	UK Biobank数据库样本及实验模型
105	2025-05-02	GNTD: reconstructing spatial transcriptomes with graph-guided neural tensor decomposition informed by spatial and functional relations 2023-12-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44017-0 PMID:38092776	研究论文	本文提出了一种图引导的神经张量分解模型（GNTD），用于重建组织中的全空间转录组	GNTD模型通过分层张量结构和非线性分解，结合空间和功能关系，提高了从高度稀疏的空间分析数据中重建转录组的准确性	未明确提及具体限制，但可能受限于数据稀疏性和技术局限性	重建组织中的全空间转录组，以更好地理解细胞的结构组织和功能角色	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术	GNTD（图引导的神经张量分解模型）	空间基因表达数据	22个Visium空间转录组数据集和3个高分辨率Stereo-seq数据集以及模拟数据
106	2025-05-02	Geometric constraint-triggered collagen expression mediates bacterial-host adhesion 2023-12-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43827-6 PMID:38071397	研究论文	研究几何约束对宿主细胞与细菌相互作用的影响及其机制	揭示了空间几何约束如何通过胶原蛋白IV的异质性表达调控细菌与宿主细胞的粘附	研究仅限于体外细胞单层和动物实验，未涉及更复杂的体内环境	探究几何约束对细菌-宿主相互作用的调控机制	细菌与几何约束下的宿主细胞单层	细胞生物学	细菌感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
107	2025-05-02	STalign: Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping 2023-12-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43915-7 PMID:38065970	research paper	开发STalign工具，用于对齐空间转录组数据，考虑部分匹配的组织切片和其他局部非线性畸变	使用微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）技术对齐空间转录组数据，显著提高了基因表达和细胞类型在匹配空间位置的对应性	未明确提及具体限制	解决空间转录组数据在不同切片、样本和技术之间比较的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术（ST）	微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
108	2025-05-02	Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping 2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.11.534630 PMID:37090640	research paper	开发了一种名为STalign的方法，用于对齐空间转录组学数据，考虑了部分匹配的组织切片和其他局部非线性畸变	使用微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）技术对齐空间转录组学数据，显著提高了基因表达和细胞类型在匹配空间位置上的对应性	未明确提及具体局限性	解决空间转录组学数据在不同切片、样本和技术之间比较的挑战	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学（ST）技术	diffeomorphic metric mapping	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠脑部数据集
109	2025-04-27	DeMixSC: a deconvolution framework that uses single-cell sequencing plus a small benchmark dataset for improved analysis of cell-type ratios in complex tissue samples 2023-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.10.561733 PMID:37873318	研究论文	介绍了一个名为DeMixSC的去卷积框架，该框架利用单细胞测序数据和一个小型基准数据集来提高复杂组织样本中细胞类型比例的分析准确性	提出了一个新颖的加权非负最小二乘框架，能够识别和调整具有高技术差异的基因，并将基准数据与大量患者队列对齐，用于大规模去卷积	NA	解决跨测序平台的技术差异对去卷积准确性的限制	复杂生物样本中的细胞类型比例	生物信息学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	加权非负最小二乘框架	RNA测序数据	453名患者
110	2025-04-27	Comprehensive single cell aging atlas of mammary tissues reveals shared epigenomic and transcriptomic signatures of aging and cancer 2023-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.20.563147 PMID:37961129	研究论文	该研究通过单细胞分辨率分析了小鼠乳腺组织的转录组和表观基因组变化，揭示了衰老与癌症之间的潜在机制联系	首次在单细胞水平上构建了乳腺组织衰老的综合图谱，并发现了衰老与癌症共享的表观基因组和转录组特征	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	探索衰老如何通过细胞和分子事件影响癌症发生	小鼠乳腺组织中的上皮细胞、间质细胞和免疫细胞	生物医学	乳腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据	NA（未明确提及具体样本数量）
111	2025-04-27	Epigenetics of Early Cardiometabolic Disease: Mechanisms and Precision Medicine 2023-06-09, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.322135 PMID:37289899	综述	本文全面概述了表观遗传学在心血管和代谢疾病中的作用及其在精准医学中的潜力	探讨了DNA甲基化作为精准医学生物标志物的潜力，以及社会健康决定因素、肠道细菌表观基因组学、非编码RNA和表观转录组学对疾病发展的影响	讨论了推动心脏代谢表观遗传学研究的挑战和障碍，包括技术、伦理和资源获取问题	探索表观遗传学在心血管和代谢疾病中的作用，以推动精准医学和个性化医疗	心血管和代谢疾病	表观遗传学	心血管疾病	单细胞测序、表观遗传编辑	NA	NA	NA
112	2025-04-26	Programs, Origins, and Niches of Immunomodulatory Myeloid Cells in Gliomas 2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.24.563466 PMID:37961527	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了胶质瘤中髓系细胞的免疫调节程序及其驱动因素	发现了胶质瘤相关髓系细胞表达的四种免疫调节活性程序，并揭示了这些程序由微环境信号和治疗驱动，而非细胞类型、起源或突变状态	研究主要基于人类肿瘤样本，未涉及动物模型验证	理解胶质瘤中免疫调节性髓系细胞的特征及其对免疫治疗的影响	胶质瘤中的髓系细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-seq, 线粒体DNA谱系追踪, 空间转录组学, 类器官外植系统	NA	单细胞RNA测序数据	85个人类肿瘤中的183,062个髓系细胞
113	2025-04-26	High-throughput single nucleus total RNA sequencing of formalin-fixed paraffin-embedded tissues by snRandom-seq 2023-05-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-38409-5 PMID:37173341	research paper	开发了一种基于液滴的单核RNA测序技术（snRandom-seq），用于福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织的全长度总RNA捕获	snRandom-seq技术具有较低的双重率（0.3%）、更高的RNA覆盖度，并能检测更多非编码RNA和新转录RNA，相比现有高通量scRNA-seq技术具有优势	未提及具体局限性	开发适用于FFPE组织的单核RNA测序技术，以促进生物医学研究	福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织	生物医学研究	肝癌	snRandom-seq	NA	RNA测序数据	临床FFPE人肝癌标本
114	2025-04-25	Single cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation 2023-Dec-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3656139/v1 PMID:38106071	research paper	该研究通过单细胞空间转录组学技术，探究了Trem2R47H突变对阿尔茨海默病风险基因在非神经元和神经元细胞中引起的转录失调模式	首次在单细胞水平上揭示了Trem2R47H突变独立于淀粉样蛋白病理引起的神经元转录变化，并发现了该突变对BDNF信号通路的特异性影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Trem2R47H突变对阿尔茨海默病相关细胞类型特异性转录调控的影响	小鼠脑组织切片（野生型、Trem2R47H突变型、5xFAD模型及双突变模型）	digital pathology	geriatric disease	MERFISH空间转录组学	NA	空间转录组数据	15个小鼠脑切片样本
115	2025-04-25	The Histone Methyltransferase SETDB2 Modulates Tissue Inhibitors of Metalloproteinase-Matrix Metalloproteinase Activity During Abdominal Aortic Aneurysm Development 2023-09-01, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000005963 PMID:37325923	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶SETDB2在腹主动脉瘤(AAA)发展过程中对金属蛋白酶组织抑制剂-基质金属蛋白酶活性的调控作用	首次揭示了SETDB2通过调控TIMP1-3基因启动子上的组蛋白H3K9三甲基化标记来影响AAA发展的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明巨噬细胞特异性表观遗传酶在AAA发展中的作用机制	人类主动脉组织样本和髓系特异性SETDB2缺陷小鼠模型	表观遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序	髓系特异性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类AAA组织样本和小鼠模型
116	2025-04-25	Macrophage-mediated PDGF Activation Correlates With Regenerative Outcomes Following Musculoskeletal Trauma 2023-08-01, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000005704 PMID:36111847	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了与肌肉骨骼损伤后再生或纤维化愈合相关的巨噬细胞亚群和基因特征	发现了两种纤维化样和三种再生样巨噬细胞亚群，并揭示了这些亚群在转录水平上的差异，以及它们在损伤后微环境调控中的作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	识别与肌肉骨骼损伤后不同愈合结果相关的巨噬细胞亚群和分子机制	小鼠肌肉骨骼损伤模型中的巨噬细胞亚群	生物医学	肌肉骨骼损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Harmony, MacSpectrum, Seurat	NA	基因表达数据	多种肌肉骨骼损伤小鼠模型(包括再生性和纤维化模型)
117	2025-04-24	Identification and validation of key biomarkers and potential therapeutic targets for primary open-angle glaucoma 2023-12, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2344-5 PMID:37610681	研究论文	本研究旨在识别原发性开角型青光眼(POAG)的新型生物标志物和潜在治疗靶点	通过整合多种组学数据和单细胞RNA测序技术，筛选并验证了POAG相关的关键基因FN1、GPX3和VAV3	需要进一步研究揭示这些基因在POAG中表达变化的机制	探索POAG的发病机制并寻找潜在治疗靶点	原发性开角型青光眼(POAG)相关基因	生物信息学	青光眼	mRNA表达微阵列、scRNA-seq、PPI分析、WGCNA、qPCR	NA	基因表达数据	三个数据集(GSE27276、GSE138125、GSE148371)
118	2025-04-24	Spatial heterogeneity of bone marrow endothelial cells unveils a distinct subtype in the epiphysis 2023-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-023-01240-7 PMID:37798545	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了骨髓内皮细胞的空间异质性，并鉴定了一种仅存在于骨骺的毛细血管亚型——S型（次级骨化）内皮细胞	首次定义了骨髓内皮细胞的空间异质性，发现并表征了骨骺特异性S型内皮细胞亚型，揭示了其通过分泌I型胶原蛋白促进骨强度获取的非典型功能	未探讨S型内皮细胞与其他骨髓微环境组分的相互作用机制	解析骨髓内皮细胞的异质性及其在骨骼和造血发育中的作用	骨髓内皮细胞（BMECs）	单细胞生物学	骨骼疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（骨髓内皮细胞）
119	2025-04-23	Screening of four lysosome-related genes in sepsis based on RNA sequencing technology 2023-12-06, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-023-00588-7 PMID:38057716	研究论文	通过RNA测序技术筛选与脓毒症相关的溶酶体相关基因，为溶酶体靶向治疗提供方向	首次筛选出与脓毒症预后密切相关的四个溶酶体相关基因（GNLY、GZMB、PRF1和RASGRP1），并明确了它们在T细胞和NK细胞中的高表达	样本量较小（22例脓毒症患者和10例正常对照），可能影响结果的普遍性	筛选脓毒症患者中与溶酶体相关的基因，探索溶酶体靶向治疗的潜在靶点	脓毒症患者和正常对照者的外周血样本	基因表达分析	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、PPI分析、GO分析、KEGG分析	NA	RNA测序数据	22例脓毒症患者和10例正常对照者
120	2025-04-22	KRT19 is a Promising Prognostic Biomarker and Associates with Immune Infiltrates in Serous Ovarian Cystadenocarcinoma 2023, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S419235 PMID:37916194	research paper	该研究通过生物信息学分析探讨了KRT19在浆液性卵巢囊腺癌中的预后价值和与免疫浸润的关联	首次揭示了KRT19作为浆液性卵巢囊腺癌预后生物标志物的潜力及其与肿瘤免疫细胞浸润的相关性	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索KRT19在卵巢癌中的生物学功能和临床意义	浆液性卵巢囊腺癌患者样本	digital pathology	ovarian cancer	生物信息学分析（TCGA、GTEx、GEO、HPA数据库）	NA	基因表达数据	多个公共数据库中的卵巢癌样本（具体数量未明确说明）