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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-04-09 |
Multiomic analyses implicate a neurodevelopmental program in the pathogenesis of cerebral arachnoid cysts
2023-03, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-023-02238-2
PMID:36879130
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨了脑蛛网膜囊肿的发病机制,揭示了其与神经发育程序的关联 | 首次整合患者-父母外显子组、单细胞RNA测序转录组和医疗记录自然语言处理数据,系统性分析脑蛛网膜囊肿的遗传基础和临床亚型 | 研究样本量相对有限,且主要基于外显子组数据,可能遗漏非编码区域的变异 | 阐明脑蛛网膜囊肿的发病机制及其与神经发育障碍的关联 | 脑蛛网膜囊肿患者及其父母、人类和小鼠的脑及脑膜单细胞转录组数据 | 自然语言处理 | 脑蛛网膜囊肿 | 外显子组测序、单细胞RNA测序、自然语言处理 | NA | 基因组数据、转录组数据、文本数据 | 617个患者-父母三重外显子组、152,898个人类和小鼠脑及脑膜单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2026-04-08 |
An Integrated Map of Cell Type-Specific Gene Expression in Pancreatic Islets
2023-11-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db23-0130
PMID:37582230
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序构建了一个胰腺胰岛细胞类型特异性基因表达的综合图谱,涵盖多种疾病状态 | 首次整合了来自65名供体的192,203个细胞的单细胞RNA测序数据,创建了一个易于查询和用于生物信息学流程的胰岛细胞类型特异性基因表达参考图谱 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,可能未涵盖其他组学层面(如蛋白质组学或表观遗传学)的信息,且样本来源和数量可能限制某些罕见细胞类型的全面表征 | 构建一个全面的胰岛细胞类型特异性基因表达参考图谱,以促进胰岛生物学研究和糖尿病相关疾病的理解 | 来自无糖尿病、1型糖尿病自身抗体阳性、1型糖尿病和2型糖尿病供体的胰腺胰岛细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 192,203个细胞,来自65名供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2026-04-08 |
The 'omics of obesity in B-cell acute lymphoblastic leukemia
2023-05-04, Journal of the National Cancer Institute. Monographs
DOI:10.1093/jncimonographs/lgad014
PMID:37139973
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨肥胖如何影响B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)的细胞功能和化疗耐药性 | 首次结合单细胞和批量转录组学、代谢组学及蛋白质组学分析,揭示脂肪细胞分泌组对B-ALL细胞的代谢、氧化应激保护、生存和化疗耐药性的调控作用,并发现肥胖相关的B细胞特异性转录特征与患者生存结局相关 | 研究主要基于体外和动物模型,人类样本分析可能受限于样本数量和异质性,且未详细探讨肥胖与B-ALL之间的因果关系机制 | 探究肥胖如何通过脂肪细胞影响B-ALL细胞的生物学功能及化疗耐药性,以识别潜在的治疗靶点 | 正常和恶性B细胞、小鼠模型、健康捐赠者和B-ALL患者的血清和血浆样本 | 数字病理学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | RNA测序(单细胞和批量转录组学)、质谱分析(代谢组学和蛋白质组学) | NA | 转录组数据、代谢组数据、蛋白质组数据 | 涉及小鼠模型、健康捐赠者和B-ALL患者的样本,具体数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 代谢组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 104 | 2026-04-08 |
Single-cell RNA-seq integrated with multi-omics reveals SERPINE2 as a target for metastasis in advanced renal cell carcinoma
2023-01-16, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-05566-w
PMID:36646679
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序与多组学数据,揭示了SERPINE2作为晚期肾细胞癌转移的潜在治疗靶点 | 首次在晚期肾细胞癌中整合单细胞转录组、Hi-C、ATAC-seq和RNA-seq多组学数据,系统解析了恶性细胞与肿瘤微环境的相互作用,并鉴定出SERPINE2作为关键转移驱动因子 | 样本量相对有限(8例患者组织样本),主要基于细胞系验证,需要在更大规模临床队列中进一步验证 | 揭示晚期肾细胞癌进展中基因组、转录组和表观遗传改变的机制,并寻找转移治疗靶点 | 肾细胞癌患者组织样本、Caki-1肾癌细胞系、HK-2人肾小管上皮细胞系 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序, Hi-C, ATAC-seq, RNA测序, 微阵列, 组织芯片 | 非负矩阵分解 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 三维基因组数据, 批量转录组数据 | 8例RCC患者组织样本(含2对原发-转移匹配样本), 407例RCC患者微阵列数据, 两个组织芯片队列(TMA-30和TMA-2020) | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2026-04-07 |
AML/T cell interactomics uncover correlates of patient outcomes and the key role of ICAM1 in T cell killing of AML
2023-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.21.558911
PMID:37790561
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析急性髓系白血病(AML)与T细胞间的相互作用,揭示了ICAM1在T细胞杀伤AML中的关键作用及其与患者预后的关联 | 首次在单细胞水平上系统解析AML与T细胞相互作用的转录组特征,并发现ICAM1作为免疫突触关键成分在AML免疫杀伤中的决定性作用 | 研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证;样本量相对有限;未涵盖所有AML亚型 | 探究AML对T细胞杀伤抵抗的机制,并寻找影响患者预后的关键分子 | 原发性AML患者样本和人类工程化CD4+ T细胞 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,使用原发性AML患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2026-04-07 |
Molecular and spatial profiling of the paraventricular nucleus of the thalamus
2023-03-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81818
PMID:36867023
|
研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和多重荧光原位杂交技术,揭示了小鼠丘脑室旁核的分子多样性和空间组织特征 | 首次识别了五种分子上不同的PVT神经元亚型,并发现了以前未知的分子梯度组织模式,提供了对PVT与皮层连接的新见解 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类或其他物种;单核RNA测序可能无法完全捕获所有细胞类型的转录组信息 | 阐明丘脑室旁核的分子身份和空间分布,以理解其功能多样性 | 小鼠丘脑室旁核的神经元 | 神经科学 | NA | 单核RNA测序,多重荧光原位杂交 | NA | RNA序列数据,图像数据 | 未明确指定样本数量,但基于小鼠脑组织 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 107 | 2026-04-06 |
Canine peripheral blood TCRαβ T cell atlas: Identification of diverse subsets including CD8A+ MAIT-like cells by combined single-cell transcriptome and V(D)J repertoire analysis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1123366
PMID:36911660
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组库测序技术,首次构建了健康犬外周血TCRαβ T细胞的详细图谱,并鉴定了包括CD8A+ MAIT样细胞在内的多种新亚群 | 首次在犬中结合单细胞转录组和V(D)J组库分析,揭示了犬T细胞多样性,特别是发现了犬黏膜相关恒定T细胞(MAIT)样细胞等先前未描述的亚群 | 研究仅基于健康犬外周血样本,未涉及疾病状态或其他组织,且犬特异性抗体的缺乏限制了传统流式细胞术验证 | 生成健康犬外周血TCRαβ T细胞的详细图谱,以增进对犬T细胞多样性的理解,并为人类疾病模型研究提供参考 | 健康犬的外周血TCRαβ T细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq),免疫组库测序 | NA | 单细胞转录组数据,V(D)J序列数据 | 未明确指定样本数量,但基于健康犬外周血 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 108 | 2026-04-05 |
Single-cell transcriptomic profiling of microvascular endothelial cell heterogeneity in congenital diaphragmatic hernia
2023-06-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-37050-y
PMID:37330615
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了先天性膈疝(CDH)肺中微血管内皮细胞的异质性,特别是炎症性mvEC簇和mvCa4+ ECs的减少,可能参与疾病发病机制 | 首次在CDH模型中利用单细胞RNA测序识别出转录组学上不同的微血管内皮细胞簇,包括独特的炎症性mvEC簇和与肺发育相关的mvCa4+ ECs减少 | 研究基于大鼠硝苯酮模型,可能无法完全模拟人类CDH的复杂性;样本量相对较小;未进行功能验证实验 | 探究先天性膈疝肺中微血管内皮细胞异质性及其与肺发育不良和重塑的关系 | 大鼠胎儿肺组织(E21.5),包括健康对照组、硝苯酮暴露对照组和硝苯酮诱导的CDH组 | 数字病理学 | 先天性膈疝 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三组大鼠胎儿肺组织(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 109 | 2026-04-03 |
Combined near infrared photoacoustic imaging and ultrasound detects vulnerable atherosclerotic plaque
2023-11, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本研究结合近红外自发光声成像与超声成像,用于检测动脉粥样硬化斑块的脆弱性 | 首次将NIRAPA成像与超声结合,以区分稳定与脆弱斑块,并通过空间转录组学和蛋白质组学验证信号来源 | 研究为离体实验,样本量较小(25例患者),临床适用性需进一步验证 | 开发一种成像方法以检测动脉粥样硬化斑块的脆弱性 | 动脉粥样硬化斑块,特别是脆弱斑块 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 近红外自发光声成像,超声成像,免疫组化,空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | 图像,分子数据 | 25例患者的切除斑块样本 | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 110 | 2026-04-03 |
Single-cell transcriptomic dissection of the cellular and molecular events underlying the triclosan-induced liver fibrosis in mice
2023-02-22, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00441-3
PMID:36814339
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术,系统解析了三氯生(TCS)暴露诱导小鼠肝纤维化的细胞和分子机制 | 首次提供了TCS暴露下小鼠肝脏的全面单细胞图谱,揭示了TCS如何调控多种特定细胞类型的活动和命运,以及细胞间配体-受体相互作用,从而促进肝纤维化 | 研究基于小鼠模型和短期TCS暴露,可能无法完全反映人类长期暴露的复杂情况;体外细胞模型的验证仍需进一步扩展 | 阐明TCS在起始阶段诱导肝毒性的潜在细胞和分子机制 | C57BL/6小鼠、正常肝细胞MIHA和肝星状细胞LX-2 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Western blotting、免疫荧光、Masson三色染色、天狼星红染色、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据、图像数据、蛋白质数据、代谢物数据 | TCS处理组和对照组小鼠肝脏,超过76,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2026-04-03 |
Targeting macrophagic 17β-HSD7 by fenretinide for the treatment of nonalcoholic fatty liver disease
2023-Jan, Acta pharmaceutica Sinica. B
DOI:10.1016/j.apsb.2022.04.003
PMID:36815031
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研究论文 | 本研究揭示了17β-HSD7通过调节巨噬细胞极化在非酒精性脂肪肝病(NAFLD)发病机制中的作用,并发现芬维A胺可通过抑制该靶点治疗NAFLD | 首次发现17β-HSD7通过增加游离胆固醇含量触发NLRP3炎症小体激活,从而促进巨噬细胞M1极化;首次将FDA批准药物芬维A胺重新用于靶向17β-HSD7治疗NAFLD | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证芬维A胺对NAFLD的疗效 | 探究巨噬细胞极化在NAFLD发病中的调控机制并寻找潜在治疗靶点 | 高脂饮食诱导的NAFLD小鼠模型、肝非实质细胞、巨噬细胞 | 单细胞组学 | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型、细胞共培养模型 | 单细胞转录组数据 | 野生型同窝小鼠与巨噬细胞特异性17-HSD7敲除小鼠(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2026-04-02 |
Senescent cancer cell vaccines induce cytotoxic T cell responses targeting primary tumors and disseminated tumor cells
2023-02, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-005862
PMID:36792123
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研究论文 | 本文研究了衰老癌细胞疫苗通过诱导细胞毒性T细胞反应来靶向原发性肿瘤和播散性肿瘤细胞 | 利用辐射和veliparib处理诱导癌细胞衰老,将其作为疫苗或激活树突状细胞,以增强抗肿瘤免疫反应,特别是针对播散性肿瘤细胞 | 将肿瘤细胞重新注射到患者体内可能不切实际,但研究通过体外激活的树突状细胞解决了这一问题 | 开发基于衰老癌细胞的治疗性疫苗,以改善基因毒性和免疫疗法,并限制肿瘤复发或转移 | 小鼠CT26结肠癌细胞和4T1乳腺癌细胞 | 免疫学 | 癌症 | scRNA-seq, 流式细胞术, T细胞增殖实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2026-04-01 |
A time-resolved meta-analysis of consensus gene expression profiles during human T-cell activation
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03120-7
PMID:38098113
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研究论文 | 本文通过时间分辨的元分析,识别并验证了人类T细胞激活过程中的共识基因表达特征 | 首次描述了跨T细胞群体的时间分辨基因表达模式,并开发了用于稳健评估T细胞激活的共识生物标志物特征 | NA | 分析不同T细胞群体在激活过程中的时间模式,以开发T细胞激活的共识基因特征 | 人类T细胞 | 自然语言处理 | NA | 元分析,基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 114 | 2026-04-01 |
Unsupervised removal of systematic background noise from droplet-based single-cell experiments using CellBender
2023-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01943-7
PMID:37550580
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度生成模型的工具CellBender,用于无监督去除液滴式单细胞实验中的系统性背景噪声 | 提出了一种基于液滴式检测噪声生成现象学的深度生成模型,能准确区分含细胞与无细胞液滴,学习背景噪声特征,并以端到端方式提供无噪声量化 | NA | 去除液滴式单细胞实验中的系统性背景噪声,以提高数据质量 | 液滴式单细胞实验数据,包括scRNA-seq、snRNA-seq和CITE-seq | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、CITE-seq | 深度生成模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 115 | 2026-04-01 |
Lineage plasticity enables low-ER luminal tumors to evolve and gain basal-like traits
2023-03-01, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-023-01621-8
PMID:36859337
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研究论文 | 本研究揭示了低雌激素受体(ER)表达的管腔型乳腺肿瘤可通过谱系可塑性演化并获得基底样特征 | 首次通过谱系追踪和单细胞RNA测序证明低ER管腔肿瘤可通过谱系可塑性演化出基底样特征,并发现SOX10是这一过程的关键驱动因子 | 研究主要基于MMTV-PyMT小鼠模型,人类肿瘤中的验证尚需进一步研究 | 探究低ER管腔型乳腺肿瘤如何演化并获得基底样特征的分子机制 | MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤模型及乳腺肿瘤细胞 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | MMTV-PyMT小鼠肿瘤模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2026-03-31 |
Single-cell RNA sequencing reveals characteristics of myeloid cells in pulmonary post-acute sequelae of SARS-CoV-2
2023-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.31.551349
PMID:37577518
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了SARS-CoV-2感染后肺部长期后遗症(PPASC)中髓系细胞的免疫特征和代谢变化 | 首次在单细胞水平上详细描述了PPASC患者外周血单核细胞中髓系细胞的转录组特征,并发现了与纤维化、免疫抑制和代谢改变相关的基因表达模式 | 样本量相对较小,且主要关注外周血细胞,未直接分析肺部组织;研究为观察性,需进一步功能验证 | 探究SARS-CoV-2感染后肺部长期后遗症(PPASC)的免疫学机制 | SARS-CoV-2感染后出现慢性肺部症状的患者(PPASC)与未感染对照者的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过34,139个外周血单核细胞,整合了公开数据集(GSM4509024) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞RNA测序技术 |
| 117 | 2026-03-31 |
Proteomic Profiling of Fallopian Tube-Derived Extracellular Vesicles Using a Microfluidic Tissue-on-Chip System
2023-Mar-27, Bioengineering (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/bioengineering10040423
PMID:37106610
|
研究论文 | 本研究建立了一个微流控组织芯片系统,用于培养人输卵管上皮细胞并收集其分泌的小细胞外囊泡,首次报道了295种常见的hFTE sEV蛋白,并揭示了这些蛋白与输卵管组织转录组之间的相关性 | 首次利用微流控平台培养人输卵管上皮细胞进行sEV收集,并通过质谱蛋白质组学分析,首次报道了295种常见的hFTE sEV蛋白质,并关联了sEV蛋白谱与组织空间转录组数据 | 研究受限于生物材料的可用性和适当的培养方法,且样本规模可能较小 | 研究人输卵管上皮细胞来源的小细胞外囊泡的蛋白质组成及其功能,探索其在卵巢癌发生和生殖功能中的作用 | 人输卵管上皮细胞及其分泌的小细胞外囊泡 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 质谱蛋白质组学分析,空间转录组学分析 | 微流控组织芯片系统 | 蛋白质组数据,转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | GeoMx Cancer Transcriptome Atlas | NA |
| 118 | 2026-03-29 |
Preparation of noninfectious scRNAseq samples from SARS-CoV-2-infected epithelial cells
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0281898
PMID:36827401
|
研究论文 | 本文描述了一种从SARS-CoV-2感染细胞中制备非传染性单细胞RNA测序样本的方法,使研究能在BSL2设施中安全进行 | 开发了一种使用甲醇-丙酮固定和灭活SARS-CoV-2的方法,使单细胞RNA测序分析能在较低生物安全级别的设施中进行,扩大了研究社区的可及性 | 方法仅在非洲绿猴肾上皮细胞和原代人肺上皮细胞上测试,可能不适用于所有细胞类型或病毒株,且未评估长期存储对样本质量的影响 | 开发一种安全制备非传染性单细胞RNA测序样本的方法,以促进SARS-CoV-2宿主反应的高通量研究 | SARS-CoV-2感染的非洲绿猴肾上皮细胞(Vero-E6)和原代人肺上皮细胞 | 单细胞测序 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNAseq)、组织培养感染剂量测定(TCID50)、流式细胞术 | NA | RNA序列数据 | 未明确指定样本数量,但涉及两种细胞类型(Vero-E6细胞和原代人肺上皮细胞) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 119 | 2026-03-28 |
Protocol for using single-cell sequencing to study the heterogeneity of NF1 nerve sheath tumors from clinical biospecimens
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102297
PMID:37167059
|
研究论文 | 本文介绍了一种从神经纤维瘤病1型相关神经鞘肿瘤中获取单细胞悬液,并在10x平台上进行转录组分析的实验方案 | 提出了一种针对临床神经鞘肿瘤样本的单细胞测序实验方案,并整合了生物信息学工具进行发育轨迹构建和比较分析 | 该方案主要针对神经纤维瘤病1型相关肿瘤,可能不适用于其他类型肿瘤,且依赖于10x平台技术 | 研究神经纤维瘤病1型相关神经鞘肿瘤的异质性 | 神经纤维瘤病1型相关的神经鞘肿瘤临床样本 | 数字病理学 | 神经纤维瘤病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x平台单细胞转录组分析 |
| 120 | 2026-03-28 |
Differentiation and single-cell RNA-seq analyses of human pluripotent-stem-cell-derived renal organoids
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102314
PMID:37220001
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研究论文 | 本文介绍了一种将人类多能干细胞分化为肾脏类器官的协议,包括维护、分化、单细胞RNA-seq分析和验证步骤 | 提供了一种快速、可重复的人类肾脏发育和疾病建模模型,并详细描述了使用CRISPR-Cas9同源定向修复进行基因组工程以生成肾脏疾病模型 | NA | 开发人类肾脏发育和疾病建模的协议 | 人类多能干细胞衍生的肾脏类器官 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA-seq,CRISPR-Cas9 | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |