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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-11-26 |
Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.07.570603
PMID:38106230
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研究论文 | 对三种商业化成像空间转录组平台在FFPE组织中的性能进行系统性基准测试 | 首次在包含23种肿瘤和正常组织类型的组织芯片上对三种商业iST平台进行全面性能比较 | 研究基于组织芯片样本,可能无法完全代表完整组织切片的情况 | 评估成像空间转录组平台在FFPE组织中的技术和生物学性能 | 包含23种肿瘤和正常组织类型的组织芯片连续切片 | 空间转录组学 | 多种肿瘤类型 | 成像空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 包含23种组织类型的组织芯片 | 10x Genomics | 成像空间转录组学 | 10x Xenium | 三种商业化成像空间转录组平台(包括10x Xenium) |
| 102 | 2025-11-24 |
Potential to Enhance Large Scale Molecular Assessments of Skin Photoaging through Virtual Inference of Spatial Transcriptomics from Routine Staining
2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.30.551188
PMID:37577612
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研究论文 | 本研究开发了从常规H&E染色组织切片推断空间转录组信息的机器学习方法 | 首次探索从常规H&E染色切片虚拟推断空间转录组信息,以克服现有技术成本高和样本间变异大的限制 | 研究样本量相对较小(仅4名患者),可能限制结果的普适性 | 通过虚拟推断空间转录组信息来增强皮肤光老化的大规模分子评估能力 | 皮肤光老化组织,特别是基底细胞和鳞状细胞角质瘤手术切除部位邻近的皮肤标本 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学,全玻片成像,机器学习 | 机器学习模型 | 图像,转录组数据 | 来自261个皮肤标本队列中的4名患者样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium CytAssist | Visium CytAssist空间转录组分析,50微米分辨率,分析超过18,000个基因 |
| 103 | 2025-11-24 |
Spatial Omics Driven Crossmodal Pretraining Applied to Graph-based Deep Learning for Cancer Pathology Analysis
2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.30.551187
PMID:37577686
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研究论文 | 本研究探索利用空间转录组学数据通过对比跨模态预训练机制生成深度学习模型,以提取分子和组织学信息用于基于图的学习任务 | 首次将空间组学数据与组织学成像配对,通过对比跨模态预训练机制增强基于图的深度学习模型在癌症病理分析中的性能 | NA | 开发能够更好理解癌变形态学和分子基础的算法,提升基于图的深度学习在癌症病理分析中的性能 | 癌症组织病理学全切片图像和空间转录组学数据 | 数字病理学 | 癌症 | 对比跨模态预训练,基于图的深度学习 | 图神经网络 | 图像,空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 50微米分辨率定位的组织学成像 |
| 104 | 2025-11-22 |
Identification of tumor immunophenotypes associated with immunotherapy response in bladder cancer
2023-12, International journal of urology : official journal of the Japanese Urological Association
IF:1.8Q3
DOI:10.1111/iju.15276
PMID:37602677
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研究论文 | 本研究通过分析膀胱癌免疫表型,开发了与免疫治疗反应相关的基因特征,并验证了SRRM4、NPHS1和TMEM72作为预测生物标志物的潜力 | 首次基于肿瘤免疫细胞评分系统性地定义了膀胱癌的炎症型和免疫排斥型免疫表型,并建立了可预测免疫检查点抑制剂治疗反应的基因特征模型 | 研究主要基于公共数据集进行回顾性分析,缺乏前瞻性临床验证 | 揭示与膀胱癌免疫治疗反应相关的免疫表型特征,为改善免疫治疗效果提供新的分子靶点 | 膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | 风险评分模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据,临床预后数据 | 多个膀胱癌队列数据集(GSE32894、Imvigor210、GSE145140) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2025-11-20 |
Revisiting the critical roles of reactive astrocytes in neurodegeneration
2023-07, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-023-02061-8
PMID:37037874
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综述 | 重新探讨反应性星形胶质细胞在神经退行性疾病中的多维作用 | 基于单细胞测序分析提出星形胶质细胞亚群与其功能的精确关联 | NA | 重新评估反应性星形胶质细胞在神经退行性疾病中的关键作用 | 反应性星形胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞测序分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 106 | 2025-11-19 |
Single-cell RNA sequencing identifies eggplant as a regulator of germ cell development in Drosophila
2023-10-09, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202256475
PMID:37603128
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术发现茄子基因(eggpl)在果蝇生殖细胞发育中起关键调控作用 | 首次发现茄子基因(eggpl)在连接营养状态与生殖细胞增殖分化中的调控作用 | 研究仅限于果蝇模型,未在其他生物中进行验证 | 探索果蝇生殖细胞发育的调控机制 | 果蝇卵巢生殖系干细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,RNAi筛选,生物信息学分析 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 107 | 2025-11-19 |
Defects in microvillus crosslinking sensitize to colitis and inflammatory bowel disease
2023-10-09, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202357084
PMID:37691494
|
研究论文 | 本研究探讨微绒毛交联缺陷如何通过破坏肠道屏障功能增加结肠炎和炎症性肠病的易感性 | 首次揭示微绒毛交联在肠道屏障功能中的关键作用,并证明CDHR5缺陷与黏液层通透性增加共同导致炎症性肠病易感性 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅来自单细胞RNA测序分析,需要进一步验证 | 探究微绒毛交联在结肠炎和炎症性肠病发病机制中的作用 | CDHR5基因敲除小鼠和溃疡性结肠炎患者的肠道上皮细胞 | 细胞生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,电子显微镜 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,显微图像 | CDHR5缺陷小鼠和溃疡性结肠炎患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 108 | 2025-11-19 |
Deciphering pathogenic cellular module at single-cell resolution in checkpoint inhibitor-related pneumonitis
2023-10, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-023-02805-4
PMID:37653115
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示检查点抑制剂相关肺炎的关键致病细胞模块和分子通路 | 首次在单细胞分辨率下系统解析CIP的免疫微环境,发现CXCL13+ T细胞和CXCL9+单核细胞的关键作用,并提出具有高诊断能力的免疫特征 | 样本来源仅限于支气管肺泡灌洗液,未涉及其他组织部位;样本量相对有限 | 阐明检查点抑制剂相关肺炎的病理生理机制,为精准诊断和治疗提供新策略 | 支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞 | 单细胞生物学 | 免疫相关肺炎 | 单细胞RNA测序,T细胞受体分析,拟时序分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 109 | 2025-11-19 |
Old and newly synthesized histones are asymmetrically distributed in Drosophila intestinal stem cell divisions
2023-07-05, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202256404
PMID:37255015
|
研究论文 | 本研究报道了果蝇肠道干细胞分裂过程中新旧组蛋白H3和H4的不对称分配现象及其与细胞命运决定的关系 | 首次在体细胞干细胞谱系中发现组蛋白不对称继承现象,并证明其通过影响Delta基因表达参与细胞命运决定 | 研究仅针对果蝇肠道干细胞,在其他物种或组织中的普适性尚未验证 | 探究组蛋白继承模式在干细胞分裂和细胞命运决定中的作用机制 | 果蝇肠道干细胞及其分裂后的细胞对 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,突变体表达 | NA | 基因表达数据,蛋白质分布数据 | 果蝇肠道干细胞及其衍生细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 110 | 2025-11-19 |
Monocytes differentiate along two alternative pathways during sterile inflammation
2023-07-05, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202256308
PMID:37191947
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了单细胞在无菌炎症中沿两种不同途径分化为巨噬细胞或树突状细胞的命运决定机制 | 首次通过时间序列单细胞RNA测序在体外模型中同时追踪人类单细胞向巨噬细胞和树突状细胞的分化路径,并鉴定出关键的命运决定转录因子 | 研究主要基于体外模型和小鼠体内验证,人类体内直接证据有限 | 阐明单细胞在炎症过程中分化为巨噬细胞或树突状细胞的命运决定机制 | 人类单细胞和小鼠无菌性腹膜炎模型 | 单细胞生物学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序,计算生物学方法 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2025-11-18 |
Multiomic analysis of cervical squamous cell carcinoma identifies cellular ecosystems with biological and clinical relevance
2023-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01570-0
PMID:37985817
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示宫颈鳞状细胞癌的肿瘤细胞状态多样性及其与免疫微环境的相互作用 | 首次在宫颈鳞癌中系统绘制高分辨率空间转录组图谱,发现三种肿瘤状态及其特异性免疫微环境,揭示FABP5介导的免疫排斥机制 | 临床样本分析尚属初步,需要更大规模验证 | 解析宫颈鳞癌肿瘤异质性及其对免疫治疗响应的机制 | 宫颈鳞状细胞癌组织样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,空间蛋白质组学,遗传扰动,药理学扰动 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 112 | 2025-11-18 |
East Asian-specific and cross-ancestry genome-wide meta-analyses provide mechanistic insights into peptic ulcer disease
2023-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01569-7
PMID:38036781
|
研究论文 | 通过跨祖先基因组荟萃分析揭示消化性溃疡疾病的遗传机制 | 首次进行大规模跨祖先(东亚和欧洲)消化性溃疡疾病基因组荟萃分析,发现25个新位点并揭示胃溃疡和十二指肠溃疡的遗传结构差异 | NA | 探索消化性溃疡疾病的遗传基础和发病机制 | 消化性溃疡疾病患者(52,032例)和对照人群(905,344例) | 基因组学 | 消化性溃疡 | 全基因组关联研究(GWAS)、转录组分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 52,032病例和905,344对照 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2025-11-18 |
Single-cell RNAseq analysis of spinal locomotor circuitry in larval zebrafish
2023-11-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.89338
PMID:37975797
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析斑马鱼幼体脊髓运动神经元的分子特征及其在游泳行为中的功能差异 | 首次在斑马鱼脊髓运动神经元中发现特定电压依赖性离子通道和突触蛋白组合形成的功能'盒',并揭示其与高速游泳行为的关系 | 研究主要聚焦于斑马鱼模型,结果向其他物种的普适性需要进一步验证 | 探究脊髓运动神经元在游泳行为中的功能差异的分子基础 | 斑马鱼幼体脊髓神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼幼体脊髓神经元单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 114 | 2025-11-18 |
A single-cell atlas depicting the cellular and molecular features in human anterior cruciate ligamental degeneration: A single cell combined spatial transcriptomics study
2023-11-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85700
PMID:37970848
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学构建了人类前交叉韧带退变的细胞图谱 | 首次在单细胞和空间水平揭示了韧带退变过程中新的成纤维细胞亚群及其动态轨迹 | 样本量相对有限,需要进一步验证关键发现 | 系统识别人类韧带细胞类型,研究韧带退变过程中的细胞身份、功能和相互作用 | 人类前交叉韧带健康与退变组织 | 空间转录组学 | 韧带退行性疾病 | 单细胞RNA测序,空间RNA测序,免疫组织化学染色,免疫荧光染色 | 计算分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 约49,356个细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 115 | 2025-11-18 |
Ruxolitinib improves hematopoietic regeneration by restoring mesenchymal stromal cell function in acute graft-versus-host disease
2023-08-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI162201
PMID:37338986
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现芦可替尼可通过JAK2/STAT1通路直接修复骨髓间充质基质细胞功能,从而改善急性移植物抗宿主病相关的造血功能障碍 | 首次揭示急性移植物抗宿主病中骨髓微环境损伤的具体机制,并发现芦可替尼对骨髓间充质基质细胞的直接保护作用 | 研究主要基于小鼠模型,虽在患者样本中得到验证但样本量有限 | 探究急性移植物抗宿主病中骨髓微环境损伤机制及芦可替尼的治疗作用 | 小鼠模型和患者样本中的骨髓非造血细胞,特别是骨髓间充质基质细胞 | 单细胞测序分析 | 急性移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 单倍体MHC匹配移植急性移植物抗宿主病小鼠模型及患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 116 | 2025-11-18 |
Combined lineage tracing and scRNA-seq reveals unexpected first heart field predominance of human iPSC differentiation
2023-06-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.80075
PMID:37284748
|
研究论文 | 开发结合谱系追踪和单细胞RNA测序的系统,揭示人iPSC分化过程中第一心区祖细胞占主导地位 | 首次建立TBX5/MYL2谱系追踪报告系统,结合单细胞RNA测序全面分析hiPSC心脏分化过程 | 研究基于体外iPSC分化模型,不能完全模拟体内胚胎发育环境 | 研究人诱导多能干细胞向心脏细胞分化的发育轨迹和细胞谱系 | 人诱导多能干细胞(hiPSCs)及其分化产生的心脏祖细胞和心肌细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2个独立iPSC细胞系,12个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基于寡核苷酸样本多重分析的scRNA-seq技术 |
| 117 | 2025-11-17 |
Single-cell RNA sequencing unveils Lrg1's role in cerebral ischemia‒reperfusion injury by modulating various cells
2023-Nov-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02941-4
PMID:38037097
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了Lrg1在脑缺血再灌注损伤中通过调节多种细胞功能状态的作用机制 | 首次在单细胞水平上系统阐明Lrg1通过调控多种细胞类型功能状态参与脑缺血再灌注损伤的机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究Lrg1在脑缺血再灌注损伤中的具体作用机制 | 野生型和Lrg1敲除小鼠的脑组织 | 单细胞组学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 微血管白蛋白渗漏检测 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 组织染色图像 | 野生型和Lrg1敲除小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2025-11-16 |
Single-cell transcriptomics reveals the brain evolution of web-building spiders
2023-12, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-023-02238-y
PMID:37919396
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示结网蜘蛛大脑进化机制 | 首次构建结网蜘蛛大脑单细胞图谱,发现蘑菇体样神经元中正选择基因与学习记忆行为的关联 | 仅分析一种结网蜘蛛物种,未涵盖所有蜘蛛多样性 | 探究蜘蛛神经系统如何进化以适应结网捕食策略 | 结网蜘蛛(Hylyphantes graminicola)和两种原始穴居蜘蛛 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,基因组测序,基因富集分析,RNA干扰实验 | NA | 单细胞转录组数据,基因组数据 | 超过30,000个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq,全基因组测序 | NA | NA |
| 119 | 2025-11-16 |
Mouse gingival single-cell transcriptomic atlas identified a novel fibroblast subpopulation activated to guide oral barrier immunity in periodontitis
2023-11-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88183
PMID:38015204
|
研究论文 | 通过小鼠牙龈单细胞转录组图谱发现新型成纤维细胞亚群在牙周炎中引导口腔屏障免疫 | 首次识别出AG成纤维细胞亚群及其与中性粒细胞、ILC3细胞形成的免疫轴机制 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明牙周炎中口腔屏障免疫异常启动机制 | 小鼠牙周炎模型的牙龈组织细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠牙周炎模型牙龈组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 120 | 2025-11-16 |
Single-cell RNA sequencing unravels the transcriptional network underlying zebrafish retina regeneration
2023-11-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86507
PMID:37988404
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示斑马鱼视网膜再生过程中穆勒胶质细胞的转录网络和命运决定机制 | 发现了损伤诱导的穆勒胶质细胞分化轨迹,识别出具有穆勒胶质细胞和祖细胞混合身份特征的细胞群体 | 研究仅限于斑马鱼模型,未直接验证在人类视网膜疾病中的适用性 | 研究穆勒胶质细胞反应性与祖细胞产生和神经元分化的分子机制 | 斑马鱼视网膜中的穆勒胶质细胞、祖细胞和再生后代细胞 | 单细胞基因组学 | 视网膜营养不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未损伤和光损伤视网膜样本中的穆勒胶质细胞、祖细胞及再生后代 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |