单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1161	2024-08-04	Novel Populations of Lung Capillary Endothelial Cells and Their Functional Significance 2023-May-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2887159/v1 PMID:37205391	研究论文	本研究通过单细胞转录组学发现了肺毛细血管内皮细胞的新亚群及其功能意义	识别出五种具有不同分子特征和角色的新亚群，包括与血管分区和再生修复相关的细胞	未提及具体的实验数据或样本特征，可能影响所发现细胞的普遍性	探索肺毛细血管内皮细胞的多样性及其在肺部疾病中的作用	新鉴定的肺毛细血管内皮细胞亚群	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学 (scRNAseq)	NA	基因表达数据	NA
1162	2024-08-04	IL-13-associated epithelial remodeling correlates with clinical severity in nasal polyposis 2023-05, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2022.12.826 PMID:36736797	研究论文	这篇文章探讨了上皮细胞重塑与慢性鼻窦炎的炎症表型和疾病结果之间的关系	本研究首次通过单细胞测序和RNA测序分析，揭示了IL-13介导的上皮重塑与鼻息肉临床严重程度之间的相关性	研究的样本主要来自于慢性鼻窦炎患者，未涵盖所有潜在的鼻窦炎类型及其相应的临床数据	本研究旨在理解上皮细胞重塑与慢性鼻窦炎的炎症表型和疾病结果之间的关系	研究对象为慢性鼻窦炎患者，比较有鼻息肉和无鼻息肉患者的上皮细胞特征	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	参与研究的样本包括来自慢性鼻窦炎患者的筛查样本和健康对照样本
1163	2024-08-04	Apoptotic cell fragments locally activate tingible body macrophages in the germinal center 2023-03-16, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.02.004 PMID:36868219	研究论文	文章探讨了凋亡细胞碎片如何在生发中心局部激活蜕变体巨噬细胞	研究揭示了蜕变体巨噬细胞的前体来源及其对凋亡细胞的捕获机制	本文没有讨论其他类型巨噬细胞的潜在作用	研究凋亡细胞在免疫反应中的作用及其对巨噬细胞的影响	研究对象为在淋巴结的蜕变体巨噬细胞及其与凋亡细胞的相互作用	数字病理学	自身免疫病	单细胞转录组学	NA	细胞	免疫淋巴结中的单细胞簇
1164	2024-08-05	A single-cell atlas of murine reproductive tissues during preterm labor 2023-01-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111846 PMID:36599348	研究论文	本文生成了小鼠生殖组织在早产劳动期间的单细胞图谱。	使用单细胞RNA测序技术揭示了早产劳动对特定免疫和非免疫细胞亚群转录组特征的影响	研究主要集中在小鼠模型，可能不完全适用于人类早产的情况	揭示早产劳动中生殖组织的细胞景观和细胞通讯	小鼠子宫、蜕膜和宫颈的单细胞数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	小鼠生殖组织的多个细胞类型
1165	2024-08-04	Statistical Inference for High-Dimensional Generalized Linear Models with Binary Outcomes 2023, Journal of the American Statistical Association IF:3.0Q1 DOI:10.1080/01621459.2021.1990769 PMID:37366472	研究论文	本文提出了一种高维二元广义线性模型统计推断的统一框架	引入了新的下界技术，提供了自适应的最优置信区间分析，并展示了对回归向量稀疏性的适应性	关于已知与未知设计分布的情况的讨论较为有限	研究高维二元广义线性模型的统计推断方法	研究高维二元广义线性模型，及其置信区间和假设检验的构建	统计	NA	仿真研究，单细胞RNA序列分析	广义线性模型	RNA-seq数据	单细胞RNA-seq数据集中的样本
1166	2024-08-04	Multimodal single-cell and whole-genome sequencing of small, frozen clinical specimens 2023-01, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01268-9 PMID:36624340	研究论文	本文展示了从小型冷冻临床标本中进行多模态单细胞和全基因组测序的可能性	首次将多模态单核RNA/T细胞受体测序、空间转录组学和全基因组测序应用于小型冷冻组织	仍然面临一些实际和预分析挑战，可能影响方法的广泛临床应用	探索小型冷冻临床标本中进行单细胞基因组学的可行性和应用	研究对象包括皮肤黑色素瘤患者以及与之匹配的全基因组数据	数字病理学	皮肤黑色素瘤	snRNA/TCR测序, 全基因组测序	NA	基因组数据	从KEYNOTE-001试验中收集的多个黑色素瘤样本和与其匹配的全基因组数据
1167	2024-08-05	Age-associated B cells are heterogeneous and dynamic drivers of autoimmunity in mice 2023-05-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20221346 PMID:36828389	研究论文	年龄相关的B细胞（ABCs）在小鼠中是异质性和动态的自身免疫驱动因子	首次揭示了ABCs在狼疮发病机制中的直接作用及其异质性和动态特性	研究主要集中于小鼠模型，临床相关性尚未得到验证	探讨年龄相关B细胞在自身免疫病中的作用	小鼠中的年龄相关B细胞及其在自身免疫中的作用	数字病理学	狼疮	scRNA-seq	MRL/lpr SLE模型	细胞数据	NA
1168	2024-08-04	The Genetic Landscape of Familial Pulmonary Fibrosis 2023-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202204-0781OC PMID:36622818	研究论文	本文综合评估了家族性肺纤维化（FPF）的遗传风险，通过分析569个FPF家族的遗传稀有变异。	首次确定了已知与FPF相关的基因中遗传稀有变异的流行率，并识别出新的候选基因和通路。	未能识别多个家族共享的新稀有变异基因，表明大多数FPF家族的遗传风险涉及多样化的基因和通路。	研究FPF的遗传风险，揭示其相关的基因和通路。	569个FPF家族的受影响个体及其遗传稀有变异。	数字病理学	肺纤维化	全外显子组测序和候选基因测序	NA	基因组数据	569个FPF家族的样本
1169	2024-08-05	An atlas of gene regulatory networks for memory CD4 + T cells in youth and old age 2023-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.07.531590 PMID:36945549	研究论文	该文章整合了单细胞RNA测序、scATAC-seq和基因组规模建模，表征了年轻和老年小鼠的记忆CD4 T细胞的基因调控网络	文章中建立的基因调控网络为记忆T细胞中的预测调控机制提供了全面资源，并揭示了与年龄相关的CD4 TM的变化	研究中可能缺乏对其他免疫细胞类型的全面考察	研究旨在阐明衰老对记忆CD4 T细胞功能和调控机制的影响	研究对象为年轻和老年小鼠的记忆CD4 T细胞	数字病理学	NA	RNA-seq, scATAC-seq	NA	基因表达数据	年轻和老年小鼠的13个CD4 TM群体
1170	2024-08-07	Heterogeneity and transcriptional drivers of triple-negative breast cancer 2023-12-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113564 PMID:38100350	研究论文	本研究通过结合功能和分子 profiling 以及计算分析，定义了三阴性乳腺癌（TNBC）的转录、表观遗传和代谢亚型及其亚型驱动的超级增强子和转录因子	本研究首次揭示了三阴性乳腺癌的转录亚型在单细胞水平上的相对均一性，并发现 PRRX1 转录因子是驱动间质型 TNBC 的关键因素	NA	旨在表征三阴性乳腺癌的异质性及其转录驱动因素	三阴性乳腺癌的转录、表观遗传和代谢亚型及其驱动因素	数字病理学	乳腺癌	单细胞 RNA 测序	NA	转录组数据	大规模多平台多组学研究
1171	2024-08-05	A longitudinal single-cell atlas of treatment response in pediatric AML 2023-12-11, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.10.008 PMID:37977148	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序剖析儿童急性髓系白血病(pAML)的治疗反应。	揭示了在治疗过程中，亚型特异性的细胞塑性出现，并识别了可能的靶向过程。	该研究样本规模较小，仅涉及28名患者。	研究儿童急性髓系白血病不同亚型的细胞组成及其对治疗反应的影响。	28名代表不同pAML亚型的儿童患者，涵盖诊断、缓解和复发阶段。	数字病理学	儿童急性髓系白血病	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序	NA	基因组数据	28名患者
1172	2024-08-05	Cell-in-Cell-Mediated Entosis Reveals a Progressive Mechanism in Pancreatic Cancer 2023-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2023.08.035 PMID:37657757	研究论文	该文章探讨了细胞间介导的细胞吞噬在胰腺癌中的作用机制	研究首次揭示了NET1作为胰腺癌进展的一个新型相关基因，且细胞吞噬与胰腺癌预后不良相关	未能全面探索细胞吞噬在所有胰腺癌表现中发挥的作用	阐明细胞吞噬在胰腺导管腺癌进展中的作用	研究对象包括胰腺导管腺癌细胞和其在不同培养条件下的表现	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	涉及胰腺癌样本及其肝转移样本
1173	2024-08-05	Stricturing Crohn's Disease Single-Cell RNA Sequencing Reveals Fibroblast Heterogeneity and Intercellular Interactions 2023-11, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2023.07.014 PMID:37507073	研究论文	这篇文章通过单细胞RNA测序揭示了克罗恩病狭窄中的成纤维细胞异质性和细胞间相互作用	首次生成了狭窄肠道的单细胞RNA测序图谱，揭示了成纤维细胞异质性和相互作用	该研究可能未涵盖所有克罗恩病狭窄的生物学特征，且主要集中于成纤维细胞	探索克罗恩病中狭窄形成的机制并识别新的治疗靶点	克罗恩病的全厚度组织样本，特别是成纤维细胞的异质性和功能	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	组织样本和细胞数据	99个组织样本和409,001个细胞
1174	2024-08-04	AML/T cell interactomics uncover correlates of patient outcomes and the key role of ICAM1 in T cell killing of AML 2023-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.21.558911 PMID:37790561	research paper	本研究探讨了AML患者样本与T细胞相互作用对患者预后的影响及ICAM1的关键作用	揭示了与AML敏感性或抗性相关的转录程序，并发现ICAM1在T细胞介导的杀伤中扮演重要角色	研究可能未涵盖所有AML患者的异质性	探讨T细胞与急性髓性白血病之间的相互作用及其对患者预后的影响	急性髓性白血病患者样本及其与工程化CD4 T细胞的相互作用	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	多例AML患者样本及CD4 T细胞
1175	2024-08-05	Temporal dynamics and genomic programming of plasma cell fates 2023-Sep-06, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3296446/v1 PMID:37720050	研究论文	研究浆细胞命运的时序动态和基因组程序	提出了一种新的浆细胞过渡状态，促使功能性浆细胞前体的生成	尚未明确抗原特异性浆细胞前体的发育动力学和基因组程序	阐明浆细胞的发育动态和基因组程序	研究抗原特异性的浆细胞前体	NA	NA	scRNA-seq+BCR-seq	NA	NA	NA
1176	2024-08-04	The Use of Single-Cell RNA-Sequencing and Spatial Transcriptomics in Understanding the Pathogenesis and Treatment of Skin Diseases 2023-Jul, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2023.100198 PMID:37205302	review	本论文回顾了单细胞RNA测序和空间转录组学在皮肤疾病研究中的应用	结合单细胞RNA测序和空间转录组学来剖析皮肤疾病的关键细胞成分及其空间排列	NA	提升皮肤疾病治疗的精准医学水平	皮肤疾病，包括异常伤口愈合、炎症性皮肤疾病和癌症	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	NA	NA
1177	2024-08-05	Identification of an adipose tissue-resident pro-preadipocyte population 2023-05-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112440 PMID:37119138	研究论文	本研究揭示了脂肪组织中一种特定的前脂肪细胞群体及其分化路径	通过单细胞RNA测序发现了一种新的人类CD31 CD45细胞群，并将其放置于已知前脂肪细胞群之前的表观遗传路径上	研究可能受到样本选择和细胞异质性的限制	揭示脂肪细胞的分化过程及其生理机制	研究了脂肪组织中的间质血管部分(SVF)中细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
1178	2024-08-05	Osteoblast-intrinsic defect in glucose metabolism impairs bone formation in type II diabetic male mice 2023-05-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.85714 PMID:37144869	研究论文	本研究揭示了糖尿病小鼠骨生成受损的机制，强调了骨母细胞内在的葡萄糖代谢缺陷	首次识别糖尿病小鼠中骨母细胞内在的葡萄糖代谢缺陷是糖尿病性骨质疏松的潜在原因	仅在小鼠模型中进行研究，限制了结果对人类的直接适用性	探讨2型糖尿病对骨生成的影响及其机制	以青少年2型糖尿病小鼠为研究对象	数字病理学	糖尿病性骨质疏松	稳定同位素追踪，Seahorse测定，单细胞RNA测序	NA	生物样本	NA
1179	2024-08-05	A discrete 'early-responder' stromal-cell subtype orchestrates immunocyte recruitment to injured tissue 2023-Dec, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01669-w PMID:37932455	研究论文	这篇文章探讨了一种在急性损伤后促进组织再生的特殊间充质干细胞亚型。	首次识别了'早期反应'间充质干细胞亚型，并展示了其如何促进免疫细胞的募集与组织再生。	未详细阐述该亚型在其他组织和病理情况中的作用。	研究急性损伤后间充质干细胞如何促进组织再生。	肌肉间充质干细胞(MmSCs)及其在急性损伤后的反应。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	转录组数据	NA
1180	2024-08-05	CO-CLUSTERING OF SPATIALLY RESOLVED TRANSCRIPTOMIC DATA 2023-Jun, The annals of applied statistics DOI:10.1214/22-aoas1677 PMID:37811520	研究论文	本文介绍了一种新统计模型SpaRTaCo，用于对空间基因表达数据进行共聚类	提出了一种利用空间信息进行细胞和基因聚类的新方法	尚欠缺广泛的实证验证，尤其在不同类型组织样本中的适用性	旨在更好地理解组织中基因功能和相互作用的空间变化	研究细胞类型和基因在组织中空间表达模式的聚类	数字病理学	NA	10X-Visium	聚类模型	转录组数据	应用于一个人脑组织样本