单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 1121 - 1140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1121 | 2024-09-28 |
TissUUmaps 3: Improvements in interactive visualization, exploration, and quality assessment of large-scale spatial omics data
2023-May, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e15306
PMID:37131430
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研究论文 | 本文介绍了TissUUmaps 3在交互式可视化、探索和大规模空间组学数据质量评估方面的改进 | TissUUmaps 3通过优化减少了交互数据探索的时间和成本，显著提高了对大规模多重数据集的处理能力 | NA | 改进大规模空间组学数据的交互式可视化和探索工具 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1122 | 2024-09-28 |
Comparison of transformations for single-cell RNA-seq data
2023-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01814-1
PMID:37037999
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研究论文 | 本文比较了四种用于单细胞RNA测序数据转换的方法，并评估了它们在模拟和真实数据上的表现 | 本文提出了四种基于不同理论基础的数据转换方法，并发现简单的对数变换结合伪计数和主成分分析在实际应用中表现最佳 | 目前的理论分析在实际性能基准测试中存在局限性 | 比较不同数据转换方法在单细胞RNA测序数据分析中的效果 | 单细胞RNA测序数据的转换方法 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 模拟数据和真实世界数据 | NA | NA | NA | NA |
| 1123 | 2024-09-28 |
Pan-cancer classification of single cells in the tumour microenvironment
2023-03-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37353-8
PMID:36959212
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scATOMIC的模块化注释工具，用于恶性与非恶性细胞的分类，并展示了其在肿瘤微环境中的应用 | scATOMIC通过训练超过30万细胞的数据，定义了19种常见癌症的泛癌参考，采用分层方法，优于当前的分类方法 | NA | 开发一种高精度的细胞分类工具，以深入理解肿瘤微环境中的细胞机制 | 恶性与非恶性细胞的分类 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过30万癌症、免疫和基质细胞，以及225个肿瘤活检样本，包含超过35万癌症和多种肿瘤微环境细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1124 | 2024-09-28 |
Vancomycin-induced gut microbial dysbiosis alters enteric neuron-macrophage interactions during a critical period of postnatal development
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1268909
PMID:37901245
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研究论文 | 研究万古霉素引起的肠道微生物失调如何影响新生期关键阶段的肠神经-巨噬细胞相互作用 | 首次揭示了新生期万古霉素暴露通过影响巨噬细胞数量和表型，进而改变肠神经系统发育的机制 | 研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨万古霉素引起的肠道微生物失调对新生期肠神经-巨噬细胞相互作用的影响 | 新生期小鼠的肠神经系统和巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 新生期小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 1125 | 2024-09-28 |
Using combined single-cell gene expression, TCR sequencing and cell surface protein barcoding to characterize and track CD4+ T cell clones from murine tissues
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1241283
PMID:37901204
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研究论文 | 本文描述了从鼠类组织中分离scRNA/TCR-seq兼容的CD4 T细胞的方法，并详细介绍了细胞处理、质量控制、样本多路复用和测序策略，以及从测序数据生成的生物信息学分析流程 | 本文结合了单细胞基因表达、TCR测序和细胞表面蛋白条形码技术，以无偏的方式研究细胞转录程序及其异质性 | NA | 开发和优化从鼠类组织中分离和分析CD4 T细胞克隆的方法 | 鼠类组织中的CD4 T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、TCR测序 | NA | 基因表达数据 | 鼠类皮肤、脾脏和淋巴结中的CD4 T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1126 | 2024-09-28 |
Single-cell profiling reveals immune disturbances landscape and HLA-F-mediated immune tolerance at the maternal-fetal interface in preeclampsia
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1234577
PMID:37854606
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研究论文 | 研究揭示了子痫前期中母胎界面免疫紊乱的图谱以及HLA-F介导的免疫耐受 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了子痫前期中母胎界面免疫紊乱的图谱，并探讨了HLA-F在母胎免疫耐受中的作用 | 研究主要集中在细胞水平，未涉及更广泛的临床数据或动物模型 | 探讨子痫前期中母胎界面免疫紊乱的机制及HLA-F的作用 | 子痫前期的母胎界面免疫状态及HLA-F的功能 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 101,250个细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1127 | 2024-09-27 |
Comprehensive analysis of scRNA-Seq and bulk RNA-Seq data reveals dynamic changes in tumor-associated neutrophils in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma and leads to the establishment of a neutrophil-related prognostic model
2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03567-4
PMID:38006433
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研究论文 | 研究分析了肝细胞癌中单细胞测序和批量RNA测序数据，揭示了肿瘤相关中性粒细胞在肿瘤微环境中的动态变化，并建立了一个与中性粒细胞相关的预后模型 | 首次通过单细胞测序数据识别出271个肿瘤相关中性粒细胞的标记基因，并基于TCGA数据建立了包含八个基因的预后模型 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在数据偏差和样本量不足的问题 | 探索肿瘤相关中性粒细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用，并建立预后模型 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的肿瘤相关中性粒细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 预后模型 | RNA测序数据 | 12个肝细胞癌肿瘤核心和5个肝细胞癌癌旁组织 | NA | NA | NA | NA |
| 1128 | 2024-09-27 |
Unraveling intratumoral complexity in metastatic dermatofibrosarcoma protuberans through single-cell RNA sequencing analysis
2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03577-2
PMID:37938367
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示转移性皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内复杂性 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性，并提供了全面的单细胞转录组图谱 | NA | 揭示皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性和分子机制 | 皮肤纤维肉瘤的原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本 | 数字病理学 | 皮肤纤维肉瘤 | 单细胞RNA测序 | t-分布随机邻域嵌入分析 | RNA | 原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1129 | 2024-09-27 |
Single-cell RNA sequencing reveals the effects of capsaicin in the treatment of sepsis-induced liver injury
2023-Oct, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.395
PMID:37808269
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了辣椒素对脓毒症诱导的肝损伤中不同细胞类型的动态响应 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用及其机制 | 正常小鼠、盲肠结扎穿刺诱导的脓毒症模型小鼠和辣椒素处理的小鼠的肝细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 86,830个肝细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1130 | 2024-09-27 |
Single-cell assignment using multiple-adversarial domain adaptation network with large-scale references
2023-09-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100577
PMID:37751689
|
研究论文 | 介绍了一种名为SELINA的单细胞RNA-seq数据注释框架，利用多对抗域适应网络和预先整理的参考图谱进行细胞类型注释 | 提出了SELINA框架，通过多对抗域适应网络消除批次效应，并使用合成少数类过采样技术增强稀有细胞类型的注释 | NA | 开发一种能够准确注释单细胞RNA-seq数据的自动化框架 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 多对抗域适应网络 | 单细胞RNA-seq数据 | 170万细胞，涵盖230种不同的人类细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 1131 | 2024-09-27 |
Generation and molecular characterization of human pluripotent stem cell-derived pharyngeal foregut endoderm
2023-09-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.024
PMID:37751684
|
研究论文 | 本文介绍了一种从人类多能干细胞高效生成咽前肠内胚层的方法，并对其进行了分子表征 | 开发了一种高效的逐步分化方法，并引入了计算分类工具CellMatch，用于确认细胞成熟度 | NA | 研究与咽部发育和器官发生相关的人类综合征，并提供疾病相关位点和基因调控网络的研究方法 | 人类咽前肠内胚层及其衍生物 | NA | NA | 转录组分析、染色质分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1132 | 2024-09-27 |
Inferring single-cell transcriptomic dynamics with structured latent gene expression dynamics
2023-09-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100581
PMID:37708894
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研究论文 | 本文提出了一种名为LatentVelo的方法，利用深度学习计算单细胞RNA测序数据的基因表达动态的低维表示 | LatentVelo通过变分自编码器将细胞嵌入潜在空间，并使用神经常微分方程在基于动态的潜在空间中建模分化动态，能够推断潜在的调节状态以模拟多个谱系 | NA | 开发一种新的方法来推断单细胞RNA测序数据中的基因表达动态 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达动态 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 变分自编码器，神经常微分方程 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1133 | 2024-09-27 |
Single-cell multi-omics defines the cell-type-specific impact of splicing aberrations in human hematopoietic clonal outgrowths
2023-09-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.07.012
PMID:37582363
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研究论文 | 本文通过整合基因型转录组学（GoT）与长读长单细胞转录组学和蛋白质组学，研究了人类造血克隆性增殖中剪接异常的细胞类型特异性影响 | 本文创新性地应用了GoT-Splice技术，结合单细胞多组学分析，揭示了SF3B1突变在不同造血祖细胞群体中的隐秘3'剪接位点使用情况及其在红细胞分化过程中的阶段特异性异常剪接 | 本文主要集中在SF3B1突变相关的骨髓增生异常综合征（MDS）患者样本，未来研究可以扩展到其他类型的血液疾病和突变 | 研究剪接因子突变在人类造血克隆性增殖中的细胞类型特异性影响 | 骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞 | 数字病理学 | 血液疾病 | 基因型转录组学（GoT）、长读长单细胞转录组学、蛋白质组学 | NA | 转录组、表面蛋白、体细胞突变、RNA剪接 | 骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1134 | 2024-09-27 |
TGF-β1 mediates tumor immunosuppression aggravating at the late stage post-high-light-dose photodynamic therapy
2023-Sep, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03479-3
PMID:37351605
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研究论文 | 本研究探讨了光动力疗法（PDT）后肿瘤微环境中免疫状态的动态变化，揭示了高剂量PDT诱导的早期免疫激活和晚期免疫抑制的机制 | 首次系统阐述了高剂量PDT后免疫抑制的机制，并提出了TGF-β阻断治疗策略作为逆转免疫抑制的潜在组合策略 | 研究主要集中在体外实验和动物模型上，尚未进行临床试验验证 | 揭示光动力疗法后肿瘤免疫抑制的机制，并提出改进策略 | 光动力疗法后的肿瘤微环境及免疫状态变化 | 肿瘤学 | 肿瘤 | 光动力疗法 | NA | 空间转录组学数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 1135 | 2024-09-27 |
Epstein-Barr virus evades restrictive host chromatin closure by subverting B cell activation and germinal center regulatory loci
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112958
PMID:37561629
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研究论文 | 研究EB病毒如何通过改变B细胞激活和生发中心调控位点的染色质可及性来逃避宿主的限制 | 首次捕捉到EB病毒感染期间单个B细胞的动态染色质景观，并整合了scATAC-seq、scRNA-seq和ChIP-seq数据进行基因组范围的cis-调控预测 | NA | 研究EB病毒如何通过改变染色质可及性来逃避宿主的限制 | EB病毒感染的B细胞及其染色质可及性 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因组数据 | 单个B细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1136 | 2024-09-27 |
The brain's dark transcriptome: Sequencing RNA in distal compartments of neurons and glia
2023-08, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2023.102725
PMID:37196598
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综述 | 本文综述了单细胞数据和亚转录组数据在哺乳动物大脑中的应用，探讨了细胞和亚细胞多样性的发展 | 本文介绍了大脑中'暗转录组'的概念，即位于细胞体之外的亚转录组，这些转录组在脑发育和功能中起重要作用 | 本文主要讨论了单细胞RNA测序在捕捉远离细胞体的转录本方面的局限性 | 探讨大脑中细胞和亚细胞多样性的发展，并介绍新兴技术在亚转录组发现中的应用 | 哺乳动物大脑中的神经元和胶质细胞的亚转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1137 | 2024-09-27 |
Single-cell profiling of Arabidopsis leaves to Pseudomonas syringae infection
2023-07-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112676
PMID:37342910
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析拟南芥叶片对丁香假单胞菌感染的响应 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了拟南芥叶片在感染丁香假单胞菌后的细胞异质性 | 研究仅限于拟南芥叶片对丁香假单胞菌的响应，未涉及其他植物或病原体 | 探讨植物叶片在病原体感染下的细胞异质性及其响应机制 | 拟南芥叶片在丁香假单胞菌感染下的单细胞响应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过11,000个单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1138 | 2024-09-27 |
Independent prognostic biomarker FERMT3 associated with immune infiltration and immunotherapy response in glioma
2023, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2023.2264325
PMID:37795794
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研究论文 | 研究探讨了FERMT3作为胶质瘤独立预后生物标志物及其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系 | 首次揭示了FERMT3在胶质瘤中的独立预后价值及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关联 | 研究主要基于现有数据集和临床组织样本的分析，缺乏大规模前瞻性临床试验验证 | 探讨FERMT3在胶质瘤中的预后价值及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关系 | 胶质瘤患者的FERMT3表达及其与免疫细胞浸润和免疫治疗反应的关系 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 免疫组化、多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序 | NA | 组织样本、基因表达数据 | 多个数据集和临床组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1139 | 2024-09-27 |
Preparing Arabidopsis thaliana root protoplasts for cryo electron tomography
2023, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2023.1261180
PMID:37810374
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研究论文 | 本文描述了一种用于冷冻电子断层扫描（cryo-ET）的拟南芥根原生质体制备工作流程 | 首次将原生质体用于冷冻电子显微镜（cryo-EM）和冷冻电子断层扫描（cryo-ET）研究 | 整个工作流程从植物生长到倾斜系列采集可能需要几个月时间 | 开发一种新的方法，将植物原生质体作为冷冻电子断层扫描的工具 | 拟南芥根原生质体 | NA | NA | 冷冻电子显微镜（cryo-EM）、冷冻电子断层扫描（cryo-ET）、冷冻聚焦离子束铣削（cryo-FIB） | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1140 | 2024-09-27 |
New insight into the role of fibroblasts in the epithelial immune microenvironment in the single-cell era
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1259515
PMID:37809065
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综述 | 本文综述了单细胞时代下成纤维细胞在表皮免疫微环境中的作用 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了成纤维细胞在表皮免疫微环境中的功能和空间异质性及其与其他细胞类型的相互作用 | NA | 总结成纤维细胞在炎症性皮肤病表皮免疫微环境中的最新进展，并讨论其在纤维化和非纤维化炎症性皮肤病中的不同功能和分子机制 | 成纤维细胞在表皮免疫微环境中的作用 | NA | 炎症性皮肤病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 (ST) | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |