单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5354 篇文献，本页显示第 1021 - 1040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1021 | 2024-11-23 |
SPICEMIX enables integrative single-cell spatial modeling of cell identity
2023-01, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01256-z
PMID:36624346
|
研究论文 | 介绍了一种名为SPICEMIX的计算方法，用于整合单细胞空间转录组数据，以揭示细胞身份 | SPICEMIX基于概率潜变量建模，能够显著改进细胞类型及其空间模式的推断，优于现有方法 | NA | 开发一种能够利用空间转录组数据独特性质揭示细胞身份的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞类型及其空间模式 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 概率潜变量模型 | 基因表达数据 | 人类和小鼠脑区的空间转录组数据，通过seqFISH+、STARmap和Visium技术获取 | NA | NA | NA | NA |
| 1022 | 2024-11-22 |
Single-Cell Analysis Reveals Distinct Immune and Smooth Muscle Cell Populations that Contribute to Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension
2023-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202203-0441OC
PMID:36803741
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压中不同的免疫和肌细胞群体及其功能障碍 | 首次通过单细胞RNA测序技术，全面分析了慢性血栓栓塞性肺动脉高压中的多种细胞类型及其功能，并识别出潜在的治疗靶点PAR1 | 研究样本量较小，仅涉及五名患者，可能影响结果的普适性 | 识别构成慢性血栓栓塞性肺动脉高压血栓的多种细胞类型，并研究其功能障碍 | 慢性血栓栓塞性肺动脉高压中的免疫细胞和肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 五名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1023 | 2024-11-21 |
Dissecting mammalian reproduction with spatial transcriptomics
2023-11-02, Human reproduction update
IF:14.8Q1
DOI:10.1093/humupd/dmad017
PMID:37353907
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的应用，重点介绍了其在配子发生、胚胎发生和生殖病理学方面的生物学新见解 | 空间转录组学技术通过保留细胞在原生组织环境中的空间背景，揭示了细胞状态如何通过与邻近体细胞的相互作用进行调控 | 当前的空间转录组学技术在应用于生殖研究时仍面临实验和计算上的挑战 | 综述空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的最新进展，并讨论其在未来的应用前景 | 哺乳动物生殖系统中的配子发生、胚胎发生和生殖病理学 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1024 | 2024-11-20 |
The testicular microvasculature in Klinefelter syndrome is immature with compromised integrity and characterized by excessive inflammatory cross-talk
2023-12-04, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/dead224
PMID:37910660
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研究论文 | 研究探讨了Klinefelter综合征（KS）患者的睾丸微血管在单细胞水平上的基因表达模式，揭示了微血管功能障碍的潜在机制 | 首次在单细胞水平上揭示了KS患者睾丸微血管相关细胞的独特基因表达模式，表明内皮细胞过度激活、血管形成紊乱和血管完整性受损 | 研究样本量不平衡，各组样本数量和细胞数量不同，且缺乏临床信息的限制，无法推断基因表达变化可能导致的生物学后果，未包含青春期前年龄组限制了研究结果的普遍性 | 探讨KS是否会导致睾丸中独特的基因表达模式，从而揭示报道的睾丸微血管功能障碍 | Klinefelter综合征（KS）、非阻塞性无精子症（NOA）、隐匿性精子症和对照组的睾丸细胞 | NA | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | KS组6例，NOA组5例，隐匿性精子症3例，对照组15例 | NA | NA | NA | NA |
| 1025 | 2024-11-18 |
Technical Advances and Applications of Spatial Transcriptomics
2023-Oct, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0032
PMID:39544230
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术的最新进展及其在生物学研究中的应用 | 本文系统地介绍了空间转录组学技术在揭示RNA分子在亚细胞、细胞和组织水平上的位置模式方面的创新应用 | 本文主要讨论了现有空间转录组学技术的局限性，包括方法上的挑战和应用中的限制 | 旨在为研究人员提供关于空间转录组学技术的全面指南 | 空间转录组学技术及其在生物学研究中的应用 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1026 | 2024-11-17 |
Ezh2-dependent methylation in oral epithelia promotes secondary palatogenesis
2023-11-15, Birth defects research
IF:1.6Q4
DOI:10.1002/bdr2.2216
PMID:37435868
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研究论文 | 研究Ezh2依赖的甲基化在口腔上皮中对次级腭发育的影响 | 首次揭示了Ezh2在口腔上皮中的甲基化对次级腭发育的作用 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨Ezh2依赖的甲基化在次级腭发育中的上皮作用 | 小鼠胚胎的口腔上皮 | NA | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光、RT-qPCR | NA | RNA | 小鼠胚胎的口腔上皮样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1027 | 2024-11-17 |
ScRNAPip: A systematic and dynamic pipeline for single-cell RNA sequencing analysis
2023-Nov, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.132
PMID:38868218
|
研究论文 | 本文开发了一个可重复的计算工作流程，用于单细胞RNA测序数据分析 | 提出了一个系统化和动态的单细胞RNA测序分析管道ScRNAPip | NA | 为研究人员提供一个全面的教程，帮助他们构建和优化自己的分析管道 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用公开数据集进行演示 | NA | NA | NA | NA |
| 1028 | 2024-11-17 |
CIMLA: Interpretable AI for inference of differential causal networks
2023-Apr-25, ArXiv
PMID:37163135
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CIMLA的新工具，用于发现条件依赖的因果关系变化，并展示了其在基因调控网络中的应用 | CIMLA工具在发现条件依赖的因果关系变化方面比现有方法更稳健和准确 | NA | 发现高维数据中的因果关系 | 基因调控网络在不同生物条件下的差异 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 特征归因模型 | 高维数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1029 | 2024-11-15 |
ISG15 and ISGylation modulates cancer stem cell-like characteristics in promoting tumor growth of anaplastic thyroid carcinoma
2023-Jul-27, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02751-9
PMID:37501099
|
研究论文 | 研究揭示了ISG15和ISGylation在调节甲状腺未分化癌（ATC）干细胞样特性中的新作用 | 首次揭示了ISG15在调节ATC干细胞样特性中的作用及其机制 | NA | 探讨ISG15和ISGylation在ATC干细胞样特性中的作用及其机制 | 甲状腺未分化癌（ATC）的干细胞样特性 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、免疫沉淀、质谱分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1030 | 2024-11-12 |
Myeloid Cell Derived IL1β Contributes to Pulmonary Hypertension in HFpEF
2023-11-10, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323119
PMID:37929582
|
研究论文 | 研究探讨了骨髓细胞衍生的IL-1β在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）中的肺动脉高压（PH）中的作用 | 提出了一个新的HFpEF相关PH和右心重塑的研究模型，并识别出骨髓细胞衍生的IL-1β是HFpEF中PH的重要贡献者 | NA | 确定HFpEF小鼠模型是否也表现出PH特征，并识别可能驱动HFpEF早期肺血管重塑的通路 | C57BL/6J小鼠和db/db小鼠模型，以及PH-HFpEF患者的肺组织 | NA | 心血管疾病 | RNA测序、免疫染色、ELISA | NA | RNA | C57BL/6J小鼠（8周龄，雄性和雌性）和db/db小鼠，以及PH-HFpEF患者的肺组织和血浆 | NA | NA | NA | NA |
| 1031 | 2024-11-09 |
Characterization of cell-type specific circular RNAs associated with colorectal cancer metastasis
2023-Jun, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcad021
PMID:37213253
|
研究论文 | 研究了与结直肠癌转移相关的细胞类型特异性环状RNA | 首次系统地研究了结直肠癌转移过程中细胞类型特异性环状RNA的表达和功能 | 研究样本量有限，且仅限于结直肠癌患者 | 探讨环状RNA在结直肠癌转移中的作用及其细胞类型特异性 | 结直肠癌患者的正常、原发和转移样本以及结直肠癌细胞系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序 | 非负最小二乘统计模型 | RNA | 30个匹配的正常、原发和转移样本，14名结直肠癌转移患者，5个结直肠癌细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 1032 | 2024-11-09 |
A human model of asthma exacerbation reveals transcriptional programs and cell circuits specific to allergic asthma
2023-05-12, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abq6352
PMID:37146132
|
研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序比较过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组的下呼吸道黏膜，揭示了过敏性哮喘特有的转录程序和细胞回路 | 首次在人类模型中揭示了过敏性哮喘加重的特异性转录程序和细胞回路，特别是涉及T2细胞、DC2和MCs的相互作用 | 研究仅限于过敏性哮喘患者和对照组，未涵盖其他类型的哮喘 | 探究过敏性哮喘加重的分子机制和细胞回路 | 过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组的下呼吸道黏膜 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 1033 | 2024-11-08 |
Reconstructing human brown fat developmental trajectory in vitro
2023-11-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.001
PMID:37647896
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肩胛间棕色脂肪的发育过程，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化轨迹 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了棕色脂肪细胞分化过程中GATA6转录因子的表达，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化 | 研究主要集中在小鼠模型上，人类棕色脂肪细胞的分化过程可能存在差异 | 揭示棕色脂肪细胞的发育轨迹，并探索在体外重现人类棕色脂肪细胞分化的方法 | 小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1034 | 2024-11-08 |
Combined inactivation of RB and Hippo converts differentiating Drosophila photoreceptors into eye progenitor cells through derepression of homothorax
2023-11-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.003
PMID:37848027
|
研究论文 | 研究了RB和Hippo通路在果蝇光感受器细胞分化中的相互作用 | 揭示了RB和Hippo通路通过抑制homothorax表达来维持光感受器细胞分化的机制 | NA | 探讨RB和Hippo通路在细胞增殖和分化中的相互作用机制 | 果蝇光感受器细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1035 | 2024-11-08 |
Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses
2023-Oct-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3384541/v1
PMID:37886581
|
研究论文 | 本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架用于单细胞RNA测序分析 | 本文的创新点在于提出了贝叶斯-频率主义混合框架，以提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力 | 本文的局限性在于仅在一个特例（特发性肺纤维化）中进行了验证，尚未在其他疾病或数据集中进行广泛验证 | 本文的研究目的是提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力 | 本文的研究对象是单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯-频率主义混合框架 | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 1036 | 2024-11-08 |
Single-nucleus chromatin accessibility identifies a critical role for TWIST1 in idiopathic pulmonary fibrosis myofibroblast activity
2023-07, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00474-2022
PMID:37142338
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研究论文 | 研究通过单核染色质可及性分析，揭示了TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞活性中的关键作用 | 首次通过单核染色质可及性分析结合单细胞RNA测序数据，精确识别了TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞中的关键转录因子活性 | 研究样本量较小，仅包括3例特发性肺纤维化患者和2例供体对照 | 探讨TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞活性中的调控作用 | 特发性肺纤维化患者的肺组织和肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、单核染色质可及性测序 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 3例特发性肺纤维化患者和2例供体对照的肺组织，以及10例特发性肺纤维化和8例对照的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 1037 | 2024-11-08 |
Single-cell transcriptomics reveals that tumor-infiltrating natural killer cells are activated by localized ablative immunotherapy and share anti-tumor signatures induced by immune checkpoint inhibitors
2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.02.539163
PMID:37205468
|
研究论文 | 研究通过单细胞转录组学揭示肿瘤浸润自然杀伤细胞在局部消融免疫疗法激活下与免疫检查点抑制剂诱导的抗肿瘤特征共享 | 首次揭示局部消融免疫疗法激活自然杀伤细胞的细胞毒性，并发现上调基因与癌症患者的有益临床结果正相关 | NA | 探讨自然杀伤细胞在癌症治疗中的激活基因特征和通路 | 自然杀伤细胞在肿瘤微环境中的转录变化 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用MMTV-PyMT小鼠模型和人类样本进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 1038 | 2024-11-07 |
Transcriptional Landscape of Cotton Roots in Response to Salt Stress at Single-cell Resolution
2023-Oct-27, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2023.100740
PMID:39492159
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组技术系统分析了棉花根系对盐胁迫的响应 | 首次在单细胞分辨率下描绘了盐胁迫下棉花根系的转录图谱，揭示了细胞异质性和分化轨迹 | NA | 探究盐胁迫下棉花根系的分子机制 | 棉花根系在盐胁迫下的响应 | NA | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 转录组数据 | 从自然生长和不同盐处理条件下的5天龄侧根尖中获得了56,281个高质量细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1039 | 2024-11-07 |
SOX9 Modulates the Transformation of Gastric Stem Cells Through Biased Symmetric Cell Division
2023-06, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2023.01.037
PMID:36740200
|
研究论文 | 研究探讨了SOX9基因在胃干细胞通过偏向性对称细胞分裂进行恶性转化中的作用 | 提出了SOX9+SOX2+细胞在胃癌发生中的重要作用，并开发了一种新的鼠模型来研究这一过程 | 研究主要基于鼠模型和胃癌患者样本，可能无法完全反映人类胃癌的复杂性 | 研究胃干细胞在胃癌发生初期的行为，并探讨SOX9基因在这一过程中的作用 | 胃干细胞和胃癌 | NA | 胃癌 | 单细胞RNA测序、免疫染色、CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 组织样本 | 鼠模型和胃癌患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1040 | 2024-11-06 |
STGNNks: Identifying cell types in spatial transcriptomics data based on graph neural network, denoising auto-encoder, and k-sums clustering
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107440
PMID:37738898
|
研究论文 | 本文提出了一种基于图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类的空间转录组数据细胞类型识别方法STGNNks | 首次将图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类结合用于空间转录组数据的细胞类型识别 | NA | 开发一种创新的空间聚类方法，以提高空间转录组数据分析的效率 | 空间转录组数据中的细胞类型识别 | 机器学习 | NA | 图神经网络、去噪自编码器、k-sums聚类 | 图卷积网络 | 转录组数据 | 六个10x Genomics Visium数据集 | NA | NA | NA | NA |