单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 1021 - 1040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1021 | 2024-08-10 |
Reference-free and cost-effective automated cell type annotation with GPT-4 in single-cell RNA-seq analysis
2023-May-02, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2824971/v1
PMID:37205379
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研究论文 | 本文展示了GPT-4这一强大的大型语言模型在单细胞RNA测序分析中自动准确地进行细胞类型注释的能力 | GPT-4无需高质量参考数据集和额外开发流程，能利用标准单细胞RNA测序分析流程生成的标记基因信息自动注释细胞类型 | NA | 探索在单细胞RNA测序分析中自动进行细胞类型注释的新方法 | 单细胞RNA测序分析中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | GPT-4 | 文本 | 数百种组织类型和细胞类型 |
| 1022 | 2024-08-07 |
Single-cell and Spatial Transcriptomics Clustering with an Optimized Adaptive K-Nearest Neighbor Graph
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.13.562261
PMID:37905097
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研究论文 | 本文开发了一种名为aKNNO的方法，通过优化的自适应k近邻图同时识别丰富和稀有细胞类型 | aKNNO方法能够在不牺牲丰富细胞类型聚类性能的情况下，准确发现已知和新的稀有细胞类型 | NA | 开发一种新的方法来同时识别单细胞和空间转录组学数据中的丰富和稀有细胞类型 | 单细胞和空间转录组学数据中的细胞类型 | 单细胞测序 | NA | 单细胞和空间转录组学 | 自适应k近邻图 | 转录组数据 | 38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组学数据集 |
| 1023 | 2024-08-07 |
A lipid-associated macrophage lineage rewires the spatial landscape of adipose tissue in early obesity
2023-10-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.171701
PMID:37651193
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和成像技术，探讨了小鼠饮食诱导肥胖过程中脂肪组织巨噬细胞（ATM）的动态变化及其与代谢疾病发展的关系 | 首次将单细胞RNA测序与空间转录组学结合，揭示了肥胖早期脂肪组织中脂质相关巨噬细胞（LAM）前体（pre-LAM）的空间分布及其与脂肪组织功能障碍标志物的共定位 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来研究需要验证这些发现是否适用于人类 | 深入理解肥胖过程中脂肪组织巨噬细胞的多样性及其在代谢疾病发展中的作用 | 脂肪组织巨噬细胞及其在肥胖过程中的动态变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据、图像数据 | 小鼠模型 |
| 1024 | 2024-08-07 |
Mild/asymptomatic COVID-19 in unvaccinated pregnant mothers impairs neonatal immune responses
2023-09-12, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172658
PMID:37698937
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研究论文 | 研究分析了未接种疫苗的孕妇在孕期经历轻度或无症状COVID-19感染后，新生儿脐带血和绒毛膜绒毛的免疫细胞组成变化 | 首次详细探讨了轻度或无症状孕妇COVID-19感染对新生儿免疫反应的影响，包括免疫细胞的重编程和功能状态的改变 | 研究主要集中在脐带血和绒毛膜绒毛的免疫细胞分析，未涉及其他可能的影响因素 | 探讨孕妇轻度或无症状COVID-19感染对新生儿免疫系统的影响 | 未接种疫苗的孕妇及其新生儿 | NA | COVID-19 | 流式细胞术，单细胞RNA测序，体外刺激试验 | NA | 细胞 | 多个新生儿的脐带血和绒毛膜绒毛样本 |
| 1025 | 2024-08-07 |
Targeting m6A reader YTHDF1 augments antitumour immunity and boosts anti-PD-1 efficacy in colorectal cancer
2023-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2022-328845
PMID:36717220
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研究论文 | 本文研究了m6A阅读蛋白YTHDF1在结直肠癌免疫微环境中的作用及其机制 | 首次揭示了YTHDF1通过m6A-p65-CXCL1/CXCR2轴影响结直肠癌的免疫微环境，并增强抗PD-1疗法的效果 | NA | 阐明YTHDF1在结直肠癌免疫微环境中的功能和机制 | YTHDF1在结直肠癌中的表达及其对免疫微环境的影响 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、甲基化RNA免疫沉淀测序（MeRIP-seq）、RNA测序（RNA-seq）和核糖体测序（Ribo-seq） | NA | 组织微阵列、TCGA数据集 | 组织微阵列（N=408）、TCGA数据集（N=526） |
| 1026 | 2024-08-07 |
Isoformic PD-1-mediated immunosuppression underlies resistance to PD-1 blockade in hepatocellular carcinoma patients
2023-Aug, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2022-327133
PMID:36450387
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研究论文 | 本文探讨了程序性细胞死亡蛋白1（PD-1）的同种型Δ42PD-1在肝细胞癌（HCC）进展和对抗PD-1免疫检查点阻断（ICB）耐药性中的作用 | 发现了Δ42PD-1同种型在HCC患者中对抗PD-1 ICB耐药性的机制，并验证了针对Δ42PD-1的单克隆抗体在HCC免疫治疗中的效用 | NA | 阐明HCC患者对抗PD-1 ICB耐药性的机制，并探索新的免疫治疗策略 | 74名HCC患者，包括未治疗、接受nivolumab治疗和接受pembrolizumab治疗的患者 | 免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液样本和肿瘤组织中的外周血单个核细胞及肿瘤浸润淋巴细胞 | 74名HCC患者 |
| 1027 | 2024-08-07 |
An integrated single-cell analysis of human adrenal cortex development
2023-07-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.168177
PMID:37440461
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研究论文 | 本文通过结合单细胞和批量RNA测序、空间转录组学、免疫组化及微焦点计算机断层扫描技术，研究了人类肾上腺皮质在前20周妊娠期的发展关键方面 | 首次展示了肾上腺快速生长和血管化，以及外层确定区（DZ）中细胞分裂的增加，同时揭示了皮质醇和醛固酮合成能力随时间发展的机制 | NA | 探究人类肾上腺皮质在妊娠早期的发育过程 | 人类肾上腺皮质发育 | NA | 肾上腺疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化, 微焦点计算机断层扫描 | NA | RNA序列 | 前20周妊娠期的人类肾上腺样本 |
| 1028 | 2024-08-07 |
Delayed boosting improves human antigen-specific Ig and B cell responses to the RH5.1/AS01B malaria vaccine
2023-01-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.163859
PMID:36692019
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研究论文 | 研究通过延迟分次剂量（DFx）给药方案（0-1-6个月），使用AS01B佐剂的RH5.1疟疾抗原，深入分析了PfRH5特异性Ig和B细胞反应，发现DFx给药能增加循环中PfRH5特异性B细胞和血清IgG1的数量和持久性 | 首次揭示了DFx给药对体液反应的深远影响，并提出了可能增强抗体持久性的机制，包括血清Ig通过改善FcRn结合和潜在的细胞反应从循环短命浆细胞向非外周长命浆细胞的转变 | NA | 研究疫苗递送方式的改进如何增加血清抗体持久性，以最大化疫苗效力 | PfRH5特异性Ig和B细胞反应 | 免疫学 | 疟疾 | ELISA, 流式细胞术, 系统血清学, 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 血清, 细胞 | NA |
| 1029 | 2024-08-07 |
Dry eye disease in mice activates adaptive corneal epithelial regeneration distinct from constitutive renewal in homeostasis
2023-01-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2204134120
PMID:36595669
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了小鼠角膜上皮在稳态、老化、糖尿病和干眼病（DED）状态下的转录状态，揭示了DED中角膜上皮适应性再生的独特响应。 | 本研究首次提供了区分稳态更新与适应性再生的全局标记，并验证了SPARC作为适应性再生标记的表达，加速了角膜上皮细胞的伤口闭合。 | NA | 探索干眼病状态下角膜上皮的适应性再生机制，并为未来研究眼部表面干细胞在健康和疾病中的功能提供框架和图谱。 | 小鼠角膜上皮细胞在不同生理和病理状态下的转录状态。 | 数字病理学 | 干眼病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1030 | 2024-08-07 |
Renin Cell Development: Insights From Chromatin Accessibility and Single-Cell Transcriptomics
2023-08-04, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.322827
PMID:37395102
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1031 | 2024-08-07 |
NNMT enriches for AQP5+ cancer stem cells to drive malignant progression in early gastric cardia adenocarcinoma
2023-12-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2022-328408
PMID:36977555
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探索早期胃食管腺癌（EGCA）的细胞和分子异质性 | 本研究首次揭示了NNMT+/AQP5+细胞群在EGCA恶性进展中的作用，并提出了可能的早期诊断和治疗策略 | NA | 深入理解早期胃食管腺癌的异质性及其恶性进展机制 | 早期胃食管腺癌及其配对的非恶性活检样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 95,551个细胞 |
| 1032 | 2024-08-04 |
Molecular and immune signatures, and pathological trajectories of fatal COVID-19 lungs defined by in situ spatial single-cell transcriptome analysis
2023-08, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.29009
PMID:37563850
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研究论文 | 本研究通过原位测序分析了COVID-19死亡患者肺部的单细胞分子和细胞特征 | 首次建立了COVID-19肺部细胞和分子特征的空间单细胞图谱 | 仅针对死后肺组织进行研究，可能无法全面代表所有COVID-19患者的肺部病理 | 旨在定义COVID-19肺部的分子和免疫特征及病理轨迹 | 研究对象为COVID-19死亡患者的肺部组织样本 | 数字病理学 | 肺炎COVID-19 | 原位测序（ISS） | 稀疏非负矩阵分解（SNMF） | 转录组数据 | 研究中涉及221个基因，分析了1719459个细胞 |
| 1033 | 2024-08-04 |
The progenitor basis of cortical projection neuron diversity
2023-08, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2023.102726
PMID:37148649
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研究论文 | 本研究探讨了不同类型的神经祖细胞如何产生皮层投射神经元的多样性。 | 创新点在于通过细胞类型解析的追踪方法来理解神经祖细胞在投射神经元多样性中的作用。 | 目前关于中间祖细胞在投射神经元多样性中的角色仍然研究不足。 | 研究神经祖细胞如何产生皮层投射神经元的多样性和层级组织。 | 主要研究对象为辐射胶质细胞和中间祖细胞。 | 神经科学 | NA | 细胞类型解析遗传命运追踪，轴突追踪，空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 1034 | 2024-08-05 |
Protective Renalase Deficiency in β-Cells Shapes Immune Metabolism and Function in Autoimmune Diabetes
2023-08-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db23-0030
PMID:37216639
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研究论文 | 本文探讨了肾素缺乏如何影响自身免疫糖尿病中β细胞的免疫代谢和功能 | 首次揭示了肾素缺乏在移植的β细胞中调节局部免疫细胞代谢和功能的能力 | 研究仅在小鼠模型中进行，缺乏对人类适用性的验证 | 本研究旨在了解肾素缺乏对自身免疫糖尿病中β细胞的影响 | 主要研究对象为小鼠模型中的β细胞和浸润的免疫细胞 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 流式细胞术和单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 细胞 | NA |
| 1035 | 2024-08-05 |
Ezh2 Knockout in B Cells Impairs Plasmablast Differentiation and Ameliorates Lupus-like Disease in MRL/lpr Mice
2023-08, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42492
PMID:36897808
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研究论文 | 本研究评估了EZH2在B细胞中的表达对狼疮病理机制的影响 | 首次揭示EZH2缺失对浆细胞发育和狼疮样疾病的改善效果 | 研究主要集中在小鼠模型，临床相关性尚需进一步验证 | 评估EZH2在B细胞中的角色及其与狼疮发病机制的关系 | MRL/lpr小鼠模型中的B细胞和人类狼疮患者的B细胞 | 数字病理 | 狼疮 | 单细胞RNA测序 | 鼠模型 | 细胞类型数据 | 小鼠模型和人类狼疮患者的多样本 |
| 1036 | 2024-08-05 |
Stimulation of Immune Checkpoint Molecule B and T-Lymphocyte Attenuator Alleviates Experimental Crescentic Glomerulonephritis
2023-08-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000159
PMID:37367205
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研究论文 | 这篇文章探讨了免疫检查点分子BTLA在实验性新月型肾小管肾炎中的作用 | 这项研究首次揭示BTLA在新月型肾小管肾炎中的保护作用和抗体治疗的潜力 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能在临床应用中存在差异 | 研究BTLA在新月型肾小管肾炎中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | BTLA缺陷小鼠和野生型小鼠的实验 | 免疫学 | 肾炎 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 生物样本（小鼠模型） | 使用BTLA缺陷小鼠和野生型小鼠进行实验，但具体样本量未提及 |
| 1037 | 2024-08-05 |
Distinct Inflammatory Milieu in Patients With Right Heart Failure
2023-08, Circulation. Heart failure
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研究论文 | 这项研究探讨了右心衰竭患者的循环炎症环境 | 识别了可预测患者预后的新生物标志物soluble CD163和CXCL12 | 样本数量较小，且需进一步研究这些分子如何影响心衰表现和疾病进展 | 了解右心衰竭与肝脏相互作用的机制 | 包括正常心脏功能的对照组和满足右心衰竭标准的心衰患者 | 数字病理学 | 心衰 | 多重蛋白检测和单细胞RNA测序 | NA | 血液样本和组织成像 | 三组患者的血液样本，具体数量未说明 |
| 1038 | 2024-08-05 |
Spatially patterned 3D model mimics key features of cancer metastasis to bone
2023-08, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本文报道了空间模式化的组织工程3D模型，模仿乳腺癌和前列腺癌骨转移的关键特征 | 提出了一种空间模式化的3D骨转移模型，可以模拟骨特异性侵袭和癌症对骨重塑的诱导性失调 | 缺乏对这些模型的广泛验证和应用研究 | 填补缺乏生理相关的体外模型的空白，探索骨转移的生物学 | 乳腺癌和前列腺癌的骨转移 | 数字病理学 | 乳腺癌和前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 3D模型 | NA | NA |
| 1039 | 2024-08-05 |
Characterization of altered molecular mechanisms in Parkinson's disease through cell type-resolved multiomics analyses
2023-04-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abo2467
PMID:37058563
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研究论文 | 通过细胞类型解析的多组学分析，揭示帕金森病中改变的分子机制。 | 首次通过多组学数据整合提供了细胞类型特异性的cREs失调及其对帕金森病相关基因的转录影响。 | 未具体讨论其他神经退行性疾病的相关性及其影响。 | 研究帕金森病的细胞类型依赖性转录调控机制。 | 健康对照者和帕金森病患者的113,207个细胞核样本。 | 数字病理学 | 帕金森病 | 转录组学和表观基因组学 | NA | 单细胞转录组和表观基因组数据 | 113,207个细胞核 |
| 1040 | 2024-08-04 |
A Universal Method for Crossing Molecular and Atlas Modalities using Simplex-Based Image Varifolds and Quadratic Programming
2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534622
PMID:37034802
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研究论文 | 本文阐明了一种在分子尺度转录组学和组织尺度图谱之间建立对应关系的解决方案 | 提出了一种通用算法，通过交替优化LDDMM和二次规划方法，解决坐标和潜在转录特征分数的最小化几何形状的变换 | NA | 研究目的在于结合分子和细胞数据，创建一个统一的坐标系统 | 主要涉及分子尺度转录组学数据和组织尺度图谱数据 | 数字病理学 | NA | LDDMM优化与二次规划 | NA | 转录组学数据 | NA |