单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 981 - 1000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2024-10-13 |
A statistical framework for differential pseudotime analysis with multiple single-cell RNA-seq samples
2023-11-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42841-y
PMID:37949861
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研究论文 | 介绍了一种用于多单细胞RNA测序样本差异伪时间分析的统计框架Lamian | Lamian考虑了跨样本变异性，减少了样本特定的假发现，提高了结果的可推广性 | NA | 开发一种能够比较不同实验条件下多个样本伪时间模式的统计方法 | 单细胞RNA测序数据中的伪时间轨迹 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 统计框架 | 基因表达数据 | 包括COVID-19患者在内的真实和模拟数据 | NA | NA | NA | NA |
| 982 | 2024-10-13 |
Evaluation of deep learning-based feature selection for single-cell RNA sequencing data analysis
2023-11-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03100-x
PMID:37950331
|
研究论文 | 本文评估了基于深度学习的特征选择方法在单细胞RNA测序数据分析中的应用 | 本文探讨了基于深度学习的特征选择方法与传统基于差异分布的方法相比的优势 | NA | 评估基于深度学习的特征选择方法在单细胞RNA测序数据分析中的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 深度学习 | 基因表达数据 | 从Tabula Muris和Tabula Sapiens图谱中抽取的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 983 | 2024-10-13 |
FICTURE: Scalable segmentation-free analysis of submicron resolution spatial transcriptomics
2023-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.04.565621
PMID:37961699
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FICTURE的无分割空间分解方法，用于处理亚微米分辨率的空间转录组数据 | FICTURE方法比现有方法效率高几个数量级，并且适用于基于测序和成像的空间转录组数据 | NA | 开发一种可扩展的无分割分析方法，用于处理高分辨率空间转录组数据 | 亚微米分辨率的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间分解 | NA | 空间转录组数据 | 数十亿个亚微米分辨率的空间坐标数据点 | NA | NA | NA | NA |
| 984 | 2024-10-13 |
Performance of computational algorithms to deconvolve heterogeneous bulk ovarian tumor tissue depends on experimental factors
2023-10-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03077-7
PMID:37864274
|
研究论文 | 研究了计算算法在解卷积异质性卵巢肿瘤组织时受实验因素影响的性能 | 首次系统研究了实验因素对肿瘤解卷积方法结果的影响，并提供了方法开发者和实验设计者的建议 | 未详细讨论所有可能的实验因素对解卷积方法的影响 | 探讨实验因素对肿瘤解卷积方法结果的影响 | 高级别浆液性卵巢肿瘤 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞基因表达谱 | NA | 基因表达数据 | 多个高级别浆液性卵巢肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 985 | 2024-10-13 |
Measuring cell-to-cell expression variability in single-cell RNA-sequencing data: a comparative analysis and applications to B cell aging
2023-10-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03036-2
PMID:37864221
|
研究论文 | 本文系统评估了14种常用的变异性度量方法在单细胞RNA测序数据中测量细胞间表达变异性的表现，并应用于B细胞老化研究 | 本文通过模拟和真实数据集，比较了14种变异性度量方法的性能，并强调了在复杂生物过程中捕捉细胞间基因表达变异性的重要性 | 本文未明确指出最佳的统计方法，尤其是在面对单细胞RNA测序数据的独特数据结构如零膨胀问题时 | 评估不同变异性度量方法在单细胞RNA测序数据中的表现，并研究B细胞分化和老化过程中的细胞间表达变异性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间表达变异性，以及B细胞分化和老化过程中的基因表达变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及造血干细胞（HSCs）和B淋巴细胞分化过程中的主要细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 986 | 2024-10-13 |
Data-driven identification of total RNA expression genes for estimation of RNA abundance in heterogeneous cell types highlighted in brain tissue
2023-10-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03066-w
PMID:37845779
|
研究论文 | 本文定义并识别了一种新的控制基因类别，称为总RNA表达基因（TREGs），用于下一代测序，这些基因与不同大小和转录活性的细胞类型中的总RNA丰度相关 | 提出了一个新的数据驱动方法，从单细胞RNA测序数据中识别TREGs，用于估计总RNA量 | NA | 开发一种新的方法来识别与总RNA丰度相关的基因，用于估计不同细胞类型中的RNA量 | 总RNA表达基因（TREGs） | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 五个脑区 | NA | NA | NA | NA |
| 987 | 2024-10-13 |
Spatial transcriptomics in development and disease
2023-Oct-09, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-023-00144-0
PMID:37806992
|
综述 | 本文综述了空间转录组学在生物系统中的发展及其在疾病研究中的应用 | 空间转录组学技术能够同时捕获基因表达谱和细胞的空间位置信息，为研究区域基因表达、空间域和细胞间相互作用提供了新的维度 | 当前空间转录组学技术在通量和分辨率上仍存在局限，且数据分析和整合仍面临挑战 | 总结空间转录组学技术的发展历程、技术原理及其在生物医学研究中的应用，并探讨其未来发展方向 | 空间转录组学技术及其在发育和疾病研究中的应用 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 988 | 2024-10-13 |
Fibroblast growth factor 18 stimulates the proliferation of hepatic stellate cells, thereby inducing liver fibrosis
2023-10-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42058-z
PMID:37813881
|
研究论文 | 本文研究了成纤维细胞生长因子18（Fgf18）在肝星状细胞（HSCs）增殖和肝纤维化中的作用 | 首次揭示了Fgf18在肝纤维化中的关键作用，并提出了其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和人类肝活检样本，缺乏更大规模的人类临床数据 | 探讨Fgf18在肝纤维化中的作用机制 | 肝星状细胞（HSCs）和小鼠肝纤维化模型 | NA | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型和人类肝活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 989 | 2024-10-13 |
Thalamocortical control of cell-type specificity drives circuits for processing whisker-related information in mouse barrel cortex
2023-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41749-x
PMID:37770450
|
研究论文 | 研究了小鼠体感皮层中棘星形神经元和锥体神经元在处理胡须诱发信号中的不同作用 | 通过空间转录组学技术，识别了与细胞类型相关的基因表达模式，并揭示了这些模式与特定丘脑输入在发育过程中的关联 | NA | 探讨棘星形神经元在处理特定胡须信号和形成特定胡须相关皮层回路中的作用 | 小鼠体感皮层中的棘星形神经元和锥体神经元 | 神经科学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠体感皮层样本 | NA | NA | NA | NA |
| 990 | 2024-10-13 |
scBridge embraces cell heterogeneity in single-cell RNA-seq and ATAC-seq data integration
2023-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41795-5
PMID:37770437
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scBridge的多组学数据整合方法，通过利用细胞异质性来提高单细胞RNA测序和ATAC测序数据的整合效果 | 本文创新性地利用细胞异质性来改善多组学数据整合，而不是将其视为干扰因素 | NA | 研究如何通过利用细胞异质性来提高单细胞多组学数据的整合效果 | 单细胞RNA测序和ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因组数据 | 七个多组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 991 | 2024-10-13 |
Spatial transcriptomics: recent developments and insights in respiratory research
2023-08-17, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00471-x
PMID:37592342
|
综述 | 本文综述了空间转录组学在呼吸系统研究中的最新进展及其应用 | 空间转录组学填补了传统RNA测序方法在空间定位和细胞相互作用方面的空白 | 当前挑战包括高通量全长转录组、多组学整合、时空组学和生物信息学分析等 | 探讨空间转录组学在呼吸系统生理和病理过程中的应用 | 呼吸系统的细胞异质性和空间定位 | 空间转录组学 | 呼吸系统疾病 | 空间转录组学 (ST) | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 992 | 2024-10-13 |
Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data
2023-08-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40503-7
PMID:37563115
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的共表达关系 | CS-CORE方法明确地建模了单细胞RNA测序数据中的测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在这方面的不足 | NA | 旨在改进从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型共表达关系的方法 | 单细胞RNA测序数据中的特定细胞类型共表达关系 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | RNA测序数据 | 包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的脑组织和血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 993 | 2024-10-13 |
Macrophage-organoid co-culture model for identifying treatment strategies against macrophage-related gemcitabine resistance
2023-Aug-09, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02756-4
PMID:37553567
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研究论文 | 研究通过巨噬细胞与肿瘤类器官共培养模型，揭示了巨噬细胞介导的吉西他滨耐药机制，并提出了新的治疗策略 | 首次揭示了巨噬细胞-CCL5-Sp1-AREG反馈环在吉西他滨耐药中的作用，并验证了靶向该反馈环的药物组合在胰腺癌治疗中的潜力 | 研究主要基于体外模型和动物模型，临床应用的有效性和安全性仍需进一步验证 | 揭示巨噬细胞在胰腺癌吉西他滨耐药中的作用机制，并开发新的治疗策略 | 胰腺癌患者来源的类器官、巨噬细胞、胰腺癌细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 48名胰腺癌患者，3年内的肿瘤组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 994 | 2024-10-13 |
Identification of hepatocellular carcinoma-related subtypes and development of a prognostic model: a study based on ferritinophagy-related genes
2023-Aug-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-023-00756-6
PMID:37555866
|
研究论文 | 本研究基于铁蛋白自噬相关基因，识别肝细胞癌相关亚型并开发预测模型 | 首次探讨了铁蛋白自噬相关基因在肝细胞癌中的潜在作用，并构建了基于这些基因的风险模型 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据异质性 | 深入研究肝细胞癌的发生和发展机制，识别新的治疗靶点 | 肝细胞癌患者及其铁蛋白自噬相关基因的表达 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | LASSO和COX回归分析 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的肝细胞癌患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 995 | 2024-10-12 |
Defining spatiotemporal gene modules in liver regeneration using Analytical Dynamic Visual Spatial Omics Representation (ADViSOR)
2023-11-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000289
PMID:37889540
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研究论文 | 本文使用ADViSOR计算管道分析空间转录组数据，揭示了肝脏再生过程中基因表达的时空变化 | 提出了ADViSOR计算管道，结合时间间隔主成分分析和滑动动态超图，用于分析空间转录组数据，揭示肝脏再生过程中的时空分子机制 | NA | 研究肝脏再生过程中基因表达的时空变化 | 肝脏再生过程中的基因表达 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 100个基因在肝脏再生过程中的连续检测 | NA | NA | NA | NA |
| 996 | 2024-10-12 |
Spatial tumour gene signature discriminates neoplastic from non-neoplastic compartments in colon cancer: unravelling predictive biomarkers for relapse
2023-08-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04384-0
PMID:37543577
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研究论文 | 本文通过空间转录组技术研究结肠癌II期患者的组织成分，以识别复发相关的预测性生物标志物 | 开发了一种名为Genes-To-Count（GTC）的计算工具，用于自动化定量原位信号，并准确识别肿瘤和非肿瘤组织区域 | 样本量较小，仅包括10名患者（5名复发和5名未复发） | 探索结肠癌II期患者复发与未复发组织的空间基因表达差异，以发现新的预测性生物标志物 | 结肠癌II期患者的组织样本 | 数字病理学 | 结肠癌 | 原位测序 | NA | 基因表达数据 | 10名结肠癌II期患者（5名复发和5名未复发） | NA | NA | NA | NA |
| 997 | 2024-10-12 |
Spatially resolved transcriptomic profiles reveal unique defining molecular features of infiltrative 5ALA-metabolizing cells associated with glioblastoma recurrence
2023-07-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01207-1
PMID:37434262
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研究论文 | 研究通过空间解析的转录组分析揭示了与胶质母细胞瘤复发相关的5-氨基乙酰丙酸代谢细胞的独特分子特征 | 首次揭示了5-氨基乙酰丙酸代谢细胞在胶质母细胞瘤复发中的作用及其独特的分子特征 | 研究样本量较小，且仅限于IDH-wt胶质母细胞瘤患者 | 探讨5-氨基乙酰丙酸代谢细胞在胶质母细胞瘤复发中的分子特征及其潜在治疗价值 | 5-氨基乙酰丙酸代谢细胞及其在胶质母细胞瘤复发中的作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 空间解析的批量RNA分析 | NA | 转录组数据 | 10名IDH-wt胶质母细胞瘤患者和16名独立IDH-wt胶质母细胞瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 998 | 2024-10-12 |
Methylcellulose colony assay and single-cell micro-manipulation reveal progenitor-like cells in adult human pancreatic ducts
2023-03-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.02.001
PMID:36868230
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研究论文 | 本文通过微操作和三维集落分析，在成人胰腺外分泌组织中鉴定出类似祖细胞的细胞 | 首次在成人胰腺外分泌组织中发现具有自我更新和三系分化能力的祖细胞样细胞 | 研究主要在体外和动物模型中进行，尚未在人体内验证 | 探索成人胰腺中具有再生医学潜力的祖细胞 | 成人胰腺外分泌组织中的祖细胞样细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 成人胰腺外分泌组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 999 | 2024-10-11 |
Systematic investigation of mitochondrial transfer between cancer cells and T cells at single-cell resolution
2023-10-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.09.003
PMID:37816332
|
研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术和MERCI统计反卷积方法，系统研究了癌细胞和T细胞之间线粒体转移的现象 | 引入MERCI方法，能够追踪和量化癌细胞和T细胞之间的线粒体转移，并准确预测接收细胞及其相对线粒体组成 | NA | 研究癌细胞和T细胞之间线粒体转移的现象，并探索其潜在的治疗机会 | 癌细胞和T细胞之间的线粒体转移 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 统计反卷积方法 | RNA序列 | 涉及多种癌症类型的人类癌症样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1000 | 2024-10-11 |
ZNF683 marks a CD8+ T cell population associated with anti-tumor immunity following anti-PD-1 therapy for Richter syndrome
2023-10-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.08.013
PMID:37738974
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研究论文 | 研究分析了Richter综合征患者在接受PD-1阻断治疗后的单细胞转录组数据，发现ZNF683标记的CD8+ T细胞与抗肿瘤免疫反应相关 | 首次发现ZNF683在PD-1阻断治疗后标记的CD8+ T细胞与Richter综合征患者的抗肿瘤免疫反应相关 | 研究样本量较小，仅涉及6名Richter综合征患者和10名其他患者的预处理外周血样本 | 探究Richter综合征患者在接受PD-1阻断治疗后的抗肿瘤免疫反应机制 | Richter综合征患者的骨髓样本和外周血样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 17个骨髓样本和10个外周血样本 | NA | NA | NA | NA |